Journal reading, 02 februari 2022

DECREASED SEVERITY OF DISEASE DURING THE FIRST GLOBAL

OMICRON VARIANT COVID-19 OUTBREAK IN A LARGE HOSPITAL IN
TSHWANE, SOUTH AFRICA

Oleh:
Yuliy Riayanti
(2111201054)

Pembimbing:
dr.Fahmi Nofriandi, Sp.P

KEPANITRAAN KLINIK SENIOR

ILMU PENYAKIT PARU RSUD DUMAI
FAKULTAS KEDOKTERAN
UNIVERSITAS ABDURRAB
PEKANBARU
2021
 DECREASED SEVERITY OF DISEASE DURING THE FIRST GLOBAL
OMICRON VARIANT COVID-19 OUTBREAK IN A LARGE HOSPITAL IN
TSHWANE, SOUTH AFRICA

PENGANTAR :Penyakit coronavirus 2019 (COVID-19) pertama kali dilaporkan di

Wuhan, Cina pada Desember 2019 sebagai pandemi global yang mengancam kesehatan
dan kesejahteraan orang-orang di seluruh dunia. Sampai saat ini telah ada lebih dari
274 juta kasus yang dilaporkan dan 5,3 juta kematian. Varian Omicron pertama kali
didokumentasikan di Kota Tshwane, Provinsi Gauteng, Afrika Selatan pada 9
November 2021 menyebabkan peningkatan eksponensial dalam kasus dan peningkatan
tajam dalam penerimaan rumah sakit. Profil klinis pasien yang dirawat di rumah sakit
besar di Tshwane dibandingkan dengan gelombang sebelumnya.
METODE:466 rawat inap COVID-19 di rumah sakit sejak 14 November 2021
dibandingkan dengan 3962 rawat inap sejak 4 Mei 2020, sebelum wabah Omicron.
Sembilan puluh delapan catatan pasien pada hunian tempat tidur puncak selama wabah
ditinjau untuk indikasi utama untuk masuk, keparahan klinis, tingkat suplementasi
oksigen, vaksinasi dan infeksi COVID-19 sebelumnya. Kasus harian provinsi dan kota-
lebar dan kematian yang dilaporkan, penerimaan rumah sakit dan data kematian berlebih
bersumber dari Institut Nasional untuk Penyakit Menular, Departemen Kesehatan
Nasional dan Dewan Penelitian Medis Afrika Selatan.
HASIL:Untuk Omicron dan gelombang sebelumnya, kematian dan penerimaan ICU
adalah 4,5% vs 21,3% (P<0,00001), dan 1% vs 4,3% (p<0,00001) masing-masing; lama
tinggal adalah 4 hari vs 8 hari; dan usia rata-rata adalah 39 tahun vs 49,8 tahun.
Penerimaan di gelombang Omicron memuncak dan menurun dengan cepat dengan
hunian tempat tidur puncak di 51% dari puncak tertinggi sebelumnya selama
gelombang Delta Enam puluh tiga (63%) pasien di bangsal COVID-19 memiliki COVID-
19 insidental setelah tes PCR positif SARS-CoV-2 . Hanya sepertiga (36) yang menderita
pneumonia COVID-19, di mana 72% di antaranya menderita penyakit ringan hingga
sedang. Sisanya 28% membutuhkan perawatan tinggi atau masuk ICU. Kurang dari
setengah (45%) pasien di bangsal COVID-19 membutuhkan suplementasi oksigen
dibandingkan dengan 99,5% pada gelombang pertama. Tingkat kematian dalam
menghadapi peningkatan eksponensial dalam kasus selama gelombang Omicron di
tingkat kota dan provinsi menunjukkan pemisahan kasus dan kematian dibandingkan
dengan gelombang sebelumnya, menguatkan temuan klinis penurunan keparahan
penyakit terlihat pada pasien yang dirawat di Rumah Sakit Akademik Steve Biko.
KESIMPULAN: Ada penurunan keparahan penyakit COVID-19 dalam gelombang
keempat yang digerakkan oleh Omicron di Kota Tshwane, pusat gempa global
pertamanya.
 PENGANTAR

Penyakit coronavirus 2019 (COVID-19) pertama kali dilaporkan di Wuhan Cina

pada Desember 2019, sebagai pandemi global yang mengancam kesehatan dan
kesejahteraan orang-orang di seluruh dunia. Sampai saat ini telah dilaporkan lebih dari
274 juta kasus dan 5,3 juta kematian (Organisasi Kesehatan Dunia 2021). Afrika Selatan
telah menanggung beban terberat COVID-19 di benua Afrika, mencatat lebih dari 3 juta
kasus dan 90.000 kematian yang dilaporkan secara resmi ( Departemen Kesehatan
Nasional 2021). Jumlah kematian bisa setinggi 275.976 (Bradshaw dkk., 2021),
menempatkan angka kematian negara ini di antara yang tertinggi di dunia dengan
tingkat kematian berlebih kumulatif 464 per 100.000. Afrika Selatan saat ini mengalami
gelombang keempat COVID-19, didorong oleh varian Omicron yang baru-baru ini yang
diidentifikasi. Gelombang sebelumnya dikaitkan dengan kasus covid 19 varian, Beta dan
Delta. Kota Tshwane (menggabungkan daerah Pretoria dan daerah sekitarnya di utara
Johannesburg), dengan populasi 3,31 juta orang (Kantor Walikota Eksekutif 2021)
memiliki 241.794 kasus SARS-CoV-2, 35.0090 rawat inap dan 7.086 kematian (Institut
Nasional untuk Penyakit Menular 2021) sejak pertama kali dirawat di Rumah Sakit
Akademik Steve Biko karena COVID-19 pada 4 Mei 2020.
Kasus pertama Omicron didokumentasikan di Kota Tshwane pada 9 November
2021 (Organisasi Kesehatan Dunia 2021). Ini diikuti oleh peningkatan pesat dalam
infeksi SARS-CoV-2 dan rawat inap terkait COVID-19 mulai 14 November 2021,
menandai dimulainya gelombang keempat di Afrika Selatan. Omicron dengan cepat
menggantikan varian Delta di Kota Tshwane dan Provinsi Gauteng di Afrika Selatan
(Jaringan untuk Pengawasan Genomics di Afrika Selatan (NGS-SA) 2021).
Selama kebangkitan di Tshwane, kami mengamati perbedaan gambaran klinis
pasien bangsal COVID-19 dibandingkan dengan gelombang COVID-19 sebelumnya.
Kami melaporkan dari pusat global pertama kebangkitan yang digerakkan oleh Omicron
pada profil pasien yang masuk ke Rumah Sakit Akademik Steve Biko di Pretoria,
jantung Distrik Tshwane. Dalam studi saat ini, kami membandingkan profil klinis
dari 466 pasien COVID-19 yang dirawat dalam 33 hari pertama sejak dimulainya
gelombang keempat yang digerakkan oleh Omicron dengan 3962 pasien yang dirawat
selama 3 gelombang pandemi selama 18 bulan sebelumnya sejak Mei 2020 dan
memberikan gambaran profil klinis 98 pasien di rumah sakit pada puncak gelombang
Omicron pada 14-15 Desember 2021.
 METODE
Rumah Sakit Akademik Steve Biko (SBAH) adalah rumah sakit akademik tersier
dengan 800 tempat tidur yang terhubung dengan Rumah Sakit Distrik Tshwane dengan
240 tempat tidur dan Fakultas Ilmu Kesehatan Universitas Pretoria. Bagian rumah sakit,
termasuk ICU, perawatan tinggi, dan bangsal umum diubah untuk pengelolaan pasien
COVID-19 dewasa dan anak-anak. Ini termasuk area di Unit Gawat Darurat, bangsal
persalinan dan teater. Semua departemen klinis menyediakan staf dan layanan ke area
COVID-19 sesuai kebutuhan.
Pada awal pandemi pada Maret 2020, sistem pengawasan penerimaan rumah sakit
nasional (DATCOV) didirikan oleh National Institute of Communicable Diseases
(NICD). Data tingkat rumah sakit diambil dari sistem surveilans rumah sakit COVID-19
untuk pasien yang dirawat di Rumah Sakit Akademik Steve Biko (SBAH) dari 4 Mei
2020 hingga 16 Desember 202. Catatan rumah sakit ini ditinjau untuk perbandingan
antara pasien yang dirawat selama gelombang Omicron dan gelombang sebelumnya.
Semua pasien termasuk dalam sampel yaitu 466 catatan dari DATCOV pasien yang
dirawat selama gelombang Omicron dibandingkan dengan 3962 catatan pasien yang
dirawat selama tiga gelombang sebelumnya selama periode 18 bulan. Selain itu, analisis
snapshot dari 98 catatan pasien yang menempati tempat tidur COVID-19 di rumah sakit
dengan tingkat hunian tempat tidur puncak ditinjau untuk tingkat keparahan penyakit,
indikasi utama untuk masuk, tingkat suplementasi oksigen, vaksinasi yang dilaporkan
sendiri, dan status infeksi COVID-19 sebelumnya. Data tersebut dimasukkan ke dalam
sistem informasi internal rumah sakit. Tingkat suplementasi oksigen untuk 588 pasien
yang dirawat di rumah sakit selama gelombang pertama ditinjau (Boswell dkk., 09
Desember 2021).
Berkas catatan 21 pasien meninggal untuk periode 14 November hingga 16
Desember 2021 diminta dari pendaftaran rumah sakit dan ditinjau penyebab
kematiannya. Hunian tempat tidur rumah sakit COVID-19 diperoleh dari statistik
harian yang ditangkap oleh Manajer Layanan Perawatan yang bertanggung jawab
atas pengelolaan tempat tidur di fasilitas tersebut. Data untuk kasus di seluruh kota
dan provinsi, kematian dan penerimaan rumah sakit disediakan oleh NDOH
(Departemen Kesehatan Nasional 2021) dan NICD (Institut Nasional untuk Penyakit
Menular 2021). Analisis data dilakukan dengan menggunakan Excel dan STATA 16.
Data smoothing dilakukan dengan menggunakan LOWESS pada STATA 16 (Stata/IC
16 2020).
Gambar 1. Jumlah mingguan kasus SARS-CoV-2 di Distrik Tshwane, 24 Oktober hingga 11 Desember
 HASIL

Ada peningkatan eksponensial dalam infeksi SARS-CoV-2 di Kota Tshwane, dimulai

pada minggu 7 November 2021 seperti yang ditunjukkan pada Gambar 1, mencapai
11.010 kasus pada pekan 28 November 2021 dan puncaknya pada pekan 5 Desember
2021. Okupansi tempat tidur COVID satu hari tertinggi selama gelombang Omicron
adalah 108 pada 13 Desember 2021, jauh lebih rendah dari tingkat hunian tempat tidur
COVID tertinggi dibandingkan gelombang sebelumnya, yaitu 213 tempat tidur pada 13
Juli 2021 pada puncak gelombang Delta.
Ada 466 rawat inap di bangsal COVID-19 antara 14 November dan 16 Desember
2021 dibandingkan dengan 20 rawat inap dalam dua minggu sebelumnya, menunjukkan
peningkatan pesat dalam penerimaan rumah sakit selama periode ini (Gambar 2).
Tabel 1 membandingkan 466 pasien yang dirawat selama gelombang Omicron dan 3962
selama gelombang sebelumnya, menunjukkan perbedaan yang signifikan dalam
distribusi usia, hasil, tingkat perawatan yang diperlukan, dan lama tinggal di rumah
sakit. Usia rata-rata secara signifikan lebih rendah (39 vs 49,8 tahun), sebagian besar
penerimaan berada pada kelompok usia 30 – 39 tahun, 68% penerimaan adalah untuk
mereka yang berusia di bawah 50 tahun dibandingkan dengan 44,5% sebelumnya, dan
proporsi penerimaan pada kelompok usia 0-9 tahun menjadi dua kali lipat.
Ada 21 (4,5%) kematian di rumah sakit dibandingkan dengan 847 (21,3%) dan 5 (1%)
penerimaan ICU dibandingkan dengan 172 (4,3%) pada gelombang Omicron
dibandingkan dengan gelombang sebelumnya. Lama rawat inap di rumah sakit secara
signifikan lebih pendek (4,0 hari) pada gelombang Omicron dibandingkan dengan 8,8
hari pada gelombang sebelumnya. Analisis penyebab kematian untuk 21 pasien
meninggal dalam gelombang sebelumnya

Analisis penyebab kematian untuk 21 pasien meninggal dalam gelombang Omicron

di rumah sakit menunjukkan COVID-19 dengan pneumonia COVID yang dikonfirmasi
sebagai penyebab kematian pada 10 (48%) pasien, penyebab lain yang diperburuk oleh
pneumonia COVID pada 4 (19%) , dan penyebab lain Enam puluh dua (63%) pasien
adalah penerimaan COVID insidental, yang telah dirawat untuk diagnosis medis,
bedah, kebidanan, atau psikiatri primer lainnya yang serius. Kasus-kasus ini telah
diberi label 'covid insidental' karena didiagnosis sebagai hasil dari prosedur masuk
rumah sakit, daripada memiliki profil klinis yang khas atau memenuhi definisi kasus
untuk COVID-19. Fenomena 'covid insidental' ini bukanlah fenomena yang diamati
sebelumnya di Afrika Selatan dan kemungkinan besar mencerminkan tingkat penyakit
asimtomatik yang tinggi di komunitas dengan infeksi Omicron. Karena semua pasien
yang dirawat di rumah sakit diuji untuk SARS-CoV-2 sesuai kebijakan, mereka yang
dites positif dirawat di bangsal COVID yang ditunjuk terkait dengan pneumonia COVID di 7
(33%).
Gambar 3 dan tabel 2 menunjukkan keparahan klinis 98 pasien di bangsal COVID pada 14-
15 Desember 2021.Tiga puluh enam pasien (37%) memiliki diagnosis pneumonia COVID yang
dikonfirmasi, di mana 31 (86%) di antaranya memerlukan suplementasi oksigen. Lima puluh
empat pasien (55%) mengatasi udara ruangan tanpa oksigen tambahan. Kurang dari
setengah (45%) pasien di bangsal COVID-19 dibandingkan dengan 99,5% (Boswell
dkk., 09 Desember 2021) pada gelombang pertama diperlukan suplementasi oksigen.
tabel 2 menunjukkan tingkat suplementasi oksigen sebagai indeks keparahan di antara
pasien dengan pneumonia COVID-19 di antaranya 26 (72%) tidak memerlukan atau
tingkat suplementasi oksigen rendah. Sepuluh pasien (28%) membutuhkan perawatan
tinggi atau perawatan di ICU. Di antara 4 penerimaan ICU, 3 pasien menunjukkan fitur
pneumonia COVID-19, namun hanya 1 pasien yang memerlukan ventilasi mekanis
invasif terutama untuk kegagalan pernapasan terkait COVID-19. Satu (1) pasien
memerlukan ventilasi mekanis invasif untuk pneumonia yang dikonfirmasi dengan
PPOK berat dan syok kardiogenik di Unit Perawatan Darurat. Enam rawat inap
pediatrik ke perawatan tinggi / ICU pediatrik dikaitkan dengan diagnosis yang tidak
terkait dengan COVID-19.
Unit Medis Darurat di kompleks SBAH melaporkan penurunan yang nyata dalam
penggunaan volume oksigen reticulated dibandingkan dengan gelombang sebelumnya.
Di antara 55 wanita hamil yang dirawat di bangsal persalinan COVID-19, hanya 2 yang
membutuhkan oksigen masker wajah, yang mencerminkan gambaran 'covid-19
insidental' yang terlihat di bangsal COVID-19 dewasa dan anak-anak.Salah satu dari
dua pasien ini menderita pneumonia COVID-19 ringan yang membutuhkan oksigen
tambahan selama 3 hari. Yang kedua membutuhkan oksigen tambahan untuk diagnosis
yang tidak terkait dengan COVID-19.
 Temuan yang dijelaskan di atas untuk Rumah Sakit Akademik Steve Biko
sebanding dengan tren di seluruh kota ketika kasus dan penerimaan dari semua rumah
sakit umum dan swasta yang dilaporkan dalam sistem pengawasan rumah sakit
nasional diamati. Data dari database NICD DATCOV menunjukkan bahwa ada total
33.643 kasus SARS-CoV-2, 3.233 rawat inap COVID-19 dan 130 kematian dilaporkan di
Kota Tshwane pada periode yang sama (14 November hingga 16 Desember 2021),
mencerminkan rasio penerimaan per kasus yang lebih rendah, tingkat kematian yang
lebih rendah dan tingkat penerimaan yang lebih rendah ke ICU dibandingkan dengan
gelombang sebelumnya.
Gambar 4 lebih lanjut menunjukkan uncoupling kasus dan tingkat kematian untuk
Provinsi Gauteng secara keseluruhan, mengkonfirmasikan pengalaman rumah sakit lokal
secara signifikan lebih sedikit masuk ke ICU dan kematian dibandingkan dengan
gelombang sebelumnya
 DISKUSI

Seperti yang telah ditunjukkan di daerah lain bahwa varian Omicron dengan
cepat menggantikan Delta di wilayah tempat penelitian ini dilakukan (Viana dkk.,
2021), asumsi bahwa profil klinis yang dijelaskan dalam makalah ini mewakili penyakit
yang disebabkan oleh varian Omicron adalah masuk akal. Wabah Omicron telah
menyebar dan menurun di Kota Tshwane dengan kecepatan yang belum pernah terjadi
sebelumnya, memuncak dalam waktu 4 minggu sejak dimulainya. Penerimaan di rumah
sakit meningkat pesat dan mulai menurun dalam jangka waktu 33 hari. Ini
menunjukkan lintasan transmisi dan profil epidemiologis yang berbeda secara
signifikan dari varian yang menjadi perhatian sebelumnya dan dapat diharapkan untuk
direplikasi di bagian lain dunia.
Tingkat hunian tempat tidur di rumah sakit puncaknya sekitar setengah dari
gelombang ketiga (Delta) menunjukkan tingkat penerimaan rumah sakit yang lebih
rendah dibandingkan dengan jumlah kasus di gelombang Omicron dibandingkan
dengan gelombang sebelumnya. Usia rata-rata pasien rawat inap di gelombang Omicron
adalah 11 tahun lebih muda dari gelombang sebelumnya dan mungkin mencerminkan
tingkat vaksinasi yang lebih tinggi pada populasi lanjut usia. Penerimaan dan kematian
ICU yang lebih sedikit dan masa rawat inap yang lebih pendek menunjukkan penurunan
keparahan penyakit yang disebabkan oleh varian Omicron. Sepertiga kematian
disebabkan oleh penyebab selain COVID-19, dan tidak ada kematian anak yang terkait
dengan penyakit COVID-19 yang parah. Enam puluh tiga persen pasien COVID-19
dalam snapshot di hunian tempat tidur puncak berada di rumah sakit untuk diagnosis
primer alternatif COVID. Fenomena ini belum pernah diamati sejauh ini sebelumnya di
Rumah Sakit Akademik Steve Biko atau di mana pun di Afrika Selatan dan
kemungkinan besar mencerminkan tingkat penyakit tanpa gejala yang tinggi di
komunitas dengan infeksi Omicron.
Rendahnya persentase pasien di bangsal COVID-19 dengan diagnosis pasti
pneumonia COVID-19 berimplikasi pada penerapan keterampilan dan keahlian klinis
yang dikerahkan ke bangsal COVID-19, dengan semua spesialisasi yang diperlukan
untuk mengelola 'covid insidental' di bawah standar pengendalian infeksi COVID-19. Ini
juga menyiratkan tingkat pemanfaatan oksigen yang jauh lebih rendah di bangsal
COVID-19. Kategorisasi pasien ke dalam 'SARS-CoV-2 insidental' dan penyakit COVID-
19 sedang hingga berat dapat menyebabkan organisasi internal bangsal COVID-19 yang
sangat berbeda di rumah sakit. Profil pasien serupa terlihat di bangsal COVID-19 di
Provinsi Western Cape, Afrika Selatan (Mendelsohn dkk., 2021) dan laporan pola serupa
dari profil klinis pasien telah dijelaskan oleh salah satu kelompok rumah sakit swasta
terbesar di Afrika Selatan (Maslo, 2021).
Presentasi klinis yang berubah dari infeksi SARS-CoV-2 kemungkinan
disebabkan oleh tingginya tingkat infeksi sebelumnya dan cakupan vaksinasi dalam
pengaturan ini. Perkiraan seroprevalensi kekebalan dari infeksi sebelumnya dan
kekebalan yang diinduksi vaksin untuk Kota Tshwane adalah 66,7% (95% CI, 54,2
hingga 69,0) (Madhi Shabir dkk., 2021). Sekitar 36% orang dewasa berusia 18 hingga 49
tahun dan 58% di atas usia 50 tahun di Provinsi Gauteng telah divaksinasi. Penyebab
lain yang masuk akal untuk jumlah penerimaan yang lebih rendah dan penurunan
keparahan adalah penurunan patogenisitas atau virulensi dari varian Omicron yang
sangat bermutasi, meskipun penelitian lebih lanjut diperlukan untuk sepenuhnya
menetapkan teori ini.
Pola serupa kemungkinan akan muncul di provinsi lain di Afrika Selatan karena
Omicron menyebar dengan cepat ke seluruh negeri, tetapi mungkin berbeda di negara-
negara di mana tingkat kekebalan hibrida atau campuran kekebalan dari infeksi
sebelumnya dan vaksinasi berbeda.
Keterbatasan penelitian ini termasuk ketidakmampuan untuk membandingkan
gelombang Omicron dengan masing-masing dari tiga gelombang sebelumnya secara
terpisah karena sulitnya menentukan tanggal awal dan akhir dari gelombang
sebelumnya. Keterbatasan lain dari penelitian ini adalah tidak dapat membandingkan
parameter klinis pasien di bangsal COVID-19 secara lintas gelombang karena
pencatatan elektronik yang buruk dari parameter ini, termasuk evaluasi dokter,
temuan rontgen dada, dan biomarker darah untuk COVID-19 penyakit.

KESIMPULAN
Terjadi penurunan keparahan penyakit dalam gelombang keempat yang
digerakkan oleh Omicron di Kota Tshwane, pusat gempa global pertamanya, dengan
lebih sedikit kematian, penerimaan ICU, dan masa rawat inap yang lebih pendek. Profil
usia pasien yang lebih muda kemungkinan menjadi faktor profil klinis ini.
Gelombang meningkat pada tingkat yang lebih cepat dari gelombang
sebelumnya benar-benar menggusur varian Delta dalam beberapa minggu dan mulai
penurunan dalam kedua kasus dan penerimaan rumah sakit pada minggu kelima setelah
dimulainya. mulai penurunan dalam kedua kasus dan penerimaan rumah sakit pada
minggu kelima setelah dimulainya.
Ada tanda-tanda yang jelas bahwa kasus dan tingkat penerimaan di Afrika
Selatan dapat menurun lebih lanjut selama beberapa minggu ke depan. Jika pola ini
berlanjut dan berulang secara global, kemungkinan besar kita akan melihat pemisahan
total kasus dan tingkat kematian, menunjukkan bahwa Omicron mungkin merupakan
pertanda berakhirnya fase epidemi pandemi Covid, mengantarkan fase endemiknya.