Laporan Praktikum Biokimia Tanaman

“Isolasi DNA”

Disusun Oleh :
Nama : Adjen Falah Muhammad

NIM : 215040200111158
Kelas :P
Asisten : Sofika Rahmadani

PROGRAM STUDI AGROEKOTEKNOLOGI

FAKULTAS PERTANIAN
UNIVERSITAS BRAWIJAYA
MALANG
2022
 BAB I
Pendahuluan

1.1 Latar Belakang

Pada setiap makhluk hidup tentunya mempunyai DNA yang menyusun
mahkluk hidurp itu sendiri, tidak terkecuali tanaman. DNA memiliki
informasi-informasi atau dengan kata lain menyimpan karakteristik makhluk
hidup. DNA berstruktur double helix atau untai ganda yang terdiri atas dari
gula deoksiribosa, gugus fosfat serta basa nitrogen. Pada mahkluk hidup, DNA
dapat diekstraksi atau diisolasi untuk mencapai kepentingan atau keperluan
tertentu.
Isolasi DNA merupakan inovasi teknologi yang diciptakan dengan tujuan
mengekstrak atau mendapatkan DNA murni dari mahkluk hidup dengan
teknik pemisahan antara DNA dengan komponen lain seperti protein, lemak,
dan karbohidrat. Isolasi DNA sendiri digunakan pada bidang pertanian pada
pemuliaan tanaman yakni dengan cara memasukkan gen dari satu tanaman ke
tanaman lain dengan harapan memperbaiki produksi, produktivitas, maupun
mutu suatu tanaman.
Oleh karena itu, materi terkait isolasi DNA antara lain definisi asam
nukleat, definisi isolasi DNA, struktur DNA, tahapan isolasi DNA, dan
manfaat isolasi DNA dalam bidang pertanian menjadi alasan penulisan
laporan ini.

1.2 Tujuan
Laporan ini bertujuan supaya pembaca nantinya dapat memahami materi
terkait isolasi DNA sebagai berikut :
1. Mengetahui pengertian asam nukleat
2. Mengetahui pengertian dari isolasi DNA
3. Memahami struktur DNA
4. Memahami tahapan-tahapan isolasi DNA
5. Mengatehui manfaat isolasi DNA dalam bidang pertanian.
1.3 Manfaat
Manfaat dari pembuatan laporan ini diharapkan pembaca dan penulis
mendapatkan pemahaman lebih mendalam terkait kromatografi. Pemahaman
ini mencakup pemahaman terkait isolasi DNA yang mencakup tentang definisi
asam nukleat, definisi isolasi DNA, struktur DNA, tahapan isolasi DNA, dan
manfaat isolasi DNA dalam bidang pertanian.
 BAB II
Tinjauan Pustaka

2.1 Definisi Asam Nukleat

Asam nukleat merupakan polimer yang memiliki nukleotida sebagai
satuan pembentuknya, masing-masing terdiri dari gugus fosfat, gula berkarbon
lima, serta basa yang memiliki kandungan nitrogen (James, 2008).
Asam nukleat yakni biopolimer molekultinggi yang unit monomernya
adalah mononukleotida (Setiawan, 2013).
Nucleic acids are very large biomolecules made of monomers known as
nucleotides (Ngwuluka, 2018). Yang diterjemahkan menjadi asam nukleat
adalah biomoleku besar dengan ukuran sangat besar yang dibuat dari
monomer bernama nukleotida.
2.2 Definisi Isolasi DNA
Isolasi DNA merupakan sebuah teknik mendapatkan DNA murni atau
dengan kata lain tidak tercampur komponen lainnya (Murtiyaningsih, 2017).
DNA isolation is a basic biotechnological technique that aims to separate
particles such as lipids, proteins, polysaccharides (Tan et al., 2009). Yang
diterjemahkan menjadi isolasi DNA merupakan teknik dasar bioteknologi
dengan bertujuan memisahkan partikel seperti lipid, protein, polisakarida.
2.3 Struktur DNA
DNA memiliki struktur penyusun. Sesuai dengan pendapat Nur’aini
(2019) bahwasannya DNA atau dalam bahasa inggris Deoxyribonucleic Acid
yakni polinukleotida yang susunannya antara lain gula deoksiribosa, gugus
fosfat serta basa nitrogen (adenin, guanin, timin dan sitosin). Gugus fosfat
yang menciptakan ikatan fosfodiester akan membentuk DNA. Sedangkan
untai ganda sendiri terbentuk ketika pasangan basa nitrogen menciptakan
ikatan hidrogen.
 Struktur Untai Ganda DNA
(Alberts et al., 2015)

2.4 Tahapan Isolasi DNA

Ketika melaksanakan kegiatan isolasi DNA, ada tahapan-tahapan yang
harus diikuti. Sesuai dengan yang disampaikan Tan et al., (2009)
bahwasannya ada tahapan dasar yang sama dalam melaksanakan kegiatan
isolasi DNA pada segala bahan dengan: lisis sel atau jaringan yang efektif,
denaturasi kompleks nukleoprotein, serta inaktivasi nuklease.
2.5 Manfaat Isolasi DNA dalam Pertanian
Pada bidang pertanian, isolasi DNA memiliki manfaat yang signifikan.
Sesuai dengan yang disampaikan Nugroho et al., (2015) bahwa isolasi DNA
yakni suatu kegiatan dengan basis molekular, yang penggunaan teknik
molekular ini sendiri dapat dipergunakan sebagai proses pemuliaan. Teknik
yang digunakan mampu mempermudah introgasi gen dari satu individu ke
individu lain dengan bertujuan mendapatan varietas unggul.
 BAB III
Metodologi
3.1 Alat dan Bahan
3.1.1 Alat
No. Alat Fungsi
1. Mortar dan Pastel Sebagai penghalus spesimen
2. Saringan Sebagai penyaring bahan praktikum
3. Breaker glass Sebagai wadah untuk spesimen
4. Pipet tetes Sebagai alat pemindah cairan
5. Gelas ukur Sebagai pengukur volume cairan
3.1.2 Bahan
No. Bahan Fungsi
1. Brokoli Sebagai spesimen atau objek praktikum
2. Garam Dapur Untuk mengikat DNA yang terpisah
3. Detergen bubuk Untuk memecahkan membran sel
4. Alkohol 96% Untuk menggumpalkan perlakuan

3.2 Cara Kerja

Siapkan alat dan bahan

Timbang 5 gr brokoli serta mengulangi hingga 3 kali

Haluskan brokoli dengan mortal dan pistil

Tambahkan 50 ml aquades pada masing-masing ulangan

lalu dihomogenkan (diaduk)

Tandai gelas dengan huruf A, B, dan C

Timbang 0,5 gr garam sebanyak 1 kali ulangan, 1 gr garam sebanyak 2 kali

ulangan, 0,5 deterjen gr sebanyak 1 kali ulangan, dan 1 gr deterjen
sebanyak 2 kali ulangan
 Komposisi bahan A (0,5 gr garam : 1 gr detergen), perlakuan B (1 gr garam
: 1 gr detergen), perlakuan C (1 gr garam : 0,5 gr detergen)

Campurkan komposisi setiap bahan (bahan A, B, C) serta masukkan dalam

gelas yang telah diberi penanda

Saring perlakuan A lalu masukkan ke wadah lain, perlakuan yang sama

dilakukan pada B dan C

Ambil 2,5 ml larutan lalu masukkan ke tabung reaksi ke setiap perlakuan

(A, B, dan C)

Mengambil 5 ml alkohol dan masukkan ke dalam masing-masing tabung

reaksi

Amati hasil praktikum

3.3 Analisa Perlakuan

Pada pelaksanaan praktikum ini, ada beberapa langkah yang harus
diikuti. Langkah pertama yakni menyiapkan alat serta bahan. Setelah itu
menimbang 5 gr brokoli dan mengulangi hingga 3 kali. Setelah ditimbang,
brokoli dihaluskan dengan mortar dan pastel. Setelah itu tambahkan aquades
hingga 50 ml dan melakukannya pada setiap masing ulangan lalu
dihomogenkan. Tiga gelas untuk setiap perlakuan ditandai dengan A, B, dan
C. Setelah itu timbang 0,5 gr garam sebanyak 1 kali ulangan, 1 gr garam
sebanyak 2 kali ulangan, 0,5 gr deterjen sebanyak 1 kali ulangan, dan 1 gr
deterjen sebanyak 2 kali ulangan. Lalu menyusun komposisi antara lain bahan
A (0,5 gr garam : 1 gr detergen), bahan B (1 gr garam : 1 gr detergen), dan
bahan C (1 gr garam : 0,5 gr detergen). Homogenkan bahan A ke dalam gelas
dengan penanda A, perlakuan yang sama dilakukan pada B dan C. Lalu saring
perlakuan A dan masukkan ke wadah lain, perlakuan yang sama dilakukan
pada B dan C. Tambahkan 5 ml alkohol ke masing-masing tabung reaksi. Lalu
yang terakhir amati dan catat hasil praktikum
 BAB IV
Hasil dan Pembahasan

4.1 Hasil Pengamatan

No. Perlakuan (Garam : Detergen) Banyaknya Gumpalan
1. 0,5 : 1 Sedang
2. 1:1 Banyak
3. 1 : 0,5 Sedikit

4.2 Pembahasan
4.2.1 Perlakuan A (0,5 g garam : 1 g detergen)
Pada perlakuan yang pertama (perlakuan A) digunakan garam sebanyak
0,5 gram dan deterjen senbanyak 1 gram. Setelah diberi alkohol 96% terlihat
bahwa gumpalan yang muncul tidak terlalu banyak dan tidak terlalu sedikit
atau sedang. Dari hasil ini terlihat bahwa presipitasi yang terjadi dari
pemberian garam dan deterjen dengan perbandingan 0,5 : 1 tidak terlalu
efektif karena DNA yang menggumpal tidak terlalu banyak dan tidak terlalu
sedikit atau hanya sedang.
4.2.2 Perlakuan B (1 g garam : 1 g detergen)
Pada perlakuan yang kedua (perlakuan B) digunakan garam sebanyak 1
gram dan deterjen senbanyak 1 gram. Setelah diberi alkohol 96% terlihat
bahwa gumpalan yang muncul termasuk banyak. Dari hasil ini terlihat bahwa
presipitasi yang terjadi dari pemberian garam dan deterjen dengan
perbandingan 1 : 1 sangat efektif karena gumpalan yang dihasilkan banyak.
4.2.3 Perlakuan C (1 g garam : 0,5 g detergen)
Pada perlakuan yang kedua (perlakuan B) digunakan garam sebanyak 1
gram dan deterjen senbanyak 0,5 gram. Setelah diberi alkohol 96% terlihat
bahwa gumpalan yang muncul hanya sedikit. Dari hasil ini terlihat bahwa
presipitasi yang terjadi dari pemberian garam dan deterjen dengan
perbandingan 1 : 0,5 sangat tidak efektif karena gumpalan yang dihasilkan
hanya sedikit.
 BAB V
Penutup
5.1 Kesimpulan
Kesimpulan yang dapat diambil dari praktikum ini yakni dari isolasi DNA
dapat dikembangkan bidang-bidang yang memfokuskan perhatian pada tingkat
genetika mahkluk hidup contohnya pemuliaan tanaman. DNA sendiri yakni
Isolasi DNA sendiri dapat dipahami sebagai suatu proses untuk mendapatkan
DNA murni dari suatu bagian mahkluk hidup baik manusia, hewan, ataupun
tumbuhan. DNA yakni asam nukleat yang mengandung materi genetik dimana
peranannya adalah mengatur perkembangan biologis segala kehidupan pada taraf
seluler. Sedangkan Isolasi DNA merupakan sebuah teknik mendapatkan DNA
murni atau dengan kata lain tidak tercampur komponen lainnya.
5.2 Saran
Dengan pembuatan laporan ini diharapkan pembaca dan penulis dapat lebih
memahami tentang isolasi DNA. Terutama pemahaman terkait isolasi DNA yang
mencakup tentang definisi asam nukleat, definisi isolasi DNA, struktur DNA,
tahapan isolasi DNA, dan manfaat isolasi DNA dalam bidang pertanian.
 Daftar Pustaka
Alberts, B., Johnson, A., Lewis, J., Morgan, D., Raff, M., Roberts, K., & Walter,
P. (2015). Molecular Biology of The Cell (sixth). Garland Science, Taylor
& Francis Group, New York.
Nur’aini, S., Mukaromah, A. S., dan Muhlisoh, S. (2019). Pengenalan
Deoxyribonucleic Acid (DNA) dengan Marker-Based Augmented Reality.
Walisongo Journal of Information Technology, 1 (2): 91-100.
Tan, Siun Chee., Beow Chin Yiap. (2009). DNA, RNA, and Protein Extraction:
The Past and The Present. Journal of Biomedicine and Biotechnology.
Volume 2009, Article ID 574398.
Nugroho, K., Terryana, R. T., dan Lestari, P. (2015). Optimasi Metode Isolasi
DNA pada Jatropha spp. Jurnal Agroteknologi, 5 (2): 15-22.
Setiawan, Tirta. (2013). Anabolisme Asam Nukleat Hewan dan Tumbuhan.
Bogor. Institut Pertanian Bogor
Nguluka, Nedir.C. 2018. In Stimuli Responsive Polymeric Nanocarriers for Drug
Delivery Application Volume One : Types and Triggers Discusess.
Woodhead Publihsher. United Kingdom
Murtiyaningsih, H. (2017). Isolasi DNA Genom dan Identifikasi Kekerabatan
Genetik Nanas Menggunakan RAPD (Random Amplified Polimorfic
DNA). Jurnal Agritop, 15 (1): 84–93.
Lampiran