LAPORAN PRAKTIKUM BIOKIMIA TANAMAN

“ISOLASI DNA”

Disusun oleh:
Nama : Dita Ayu Suci Permatasari
NIM : 205040200111082
Kelas :D
Asisten : Jopie Meiske

PROGRAM STUDI AGROEKOTEKNOLOGI

FAKULTAS PERTANIAN
UNIVERSITAS BRAWIJAYA
MALANG
2021
 BAB I
PENDAHULUAN
1.1 Latar Belakang
Salah satu asam nukleat yaitu DNA yang membawa informasi genetik dan
disusun dalam bentuk kodon berupa basa nukleotida yang mampu menentukan
bentuk, struktur, maupun fisiologis suatu tanaman. DNA memiliki struktur pilinan
utas ganda yang antiparalel dengan komponen-komponennya, yaitu gula pentosa
(deoksiribosa), gugus fosfat, dan pasangan basa nitrogen. Isolasi DNA sendiri dapat
dilakukan dalam skala labolatorium dan skala rumah tangga. Dalam skala
labolatorium menggunakan CTAB, PCR, RAPD, dan lain sebagainya. Adapun
dalam proses rekayasa genetika, langkah awal yang harus dikerjakan adalah isolasi
DNA. Isolasi DNA dilakukan dengan tujuan untuk memisahkan DNA dari bahan
lain seperti protein, lemak, dan karbohidrat.
Pada bidang Pertanian, isolasi DNA sangat penting penting untuk dipelajari
terkhusus dalam menciptakan varietas unggul baru. Dengan varietas unggul baru,
produktivitas pertanian akan meningkat atau lebih terjaga kestabilannya. Dengan
demikian, praktikum Isolasi DNA ini perlu dilakukan yaitu untuk mengetahui dan
memahami hal-hal yang bersangkutan dalam isolasi DNA.
1.2 Tujuan
Adapun tujuan dari praktikum Biokimia Tanaman pada materi Isolasi DNA
ini yaitu untuk mengetahui:
1. Definisi Asam Nukleat
2. Definisi Isolasi DNA
3. Struktur DNA beserta fungsinya
4. Tahapan Isolasi DNA
5. Manfaat Isolasi DNA dalam Bidang Pertanian
1.3 Manfaat
Manfaat yang dapat diambil dari praktikum kali ini yaitu mahasiswa dapat
mengetahui definisi asam nukleat, definisi isolasi DNA, struktur DNA beserta
fungsinya, tahapan isolasi DNA, dan manfaat isolasi DNA dalam bidang Pertanian.
 BAB II
TINJAUAN PUSTAKA
2.1 Definisi Asam Nukleat
Asam nukleat merupakan sebuah biopolimer yang memiliki bobot molekul
tinggi dengan monomer berupa mononukleotida dan bertugas untuk menyimpan
dan mentransfer genetik (Rahmadina, 2019).
Asam nukleat merupakan makromolekul biokimia yang kompleks, berbobot
molekul tinggi, dan tersusun atas rantai nukleotida yang mengandung informasi
genetik (Suharsono, 2018).
Nucleic acids are complex macromolecules consisting of nucleotide chains
that store the genetic information of living things (Alberts et al., 2015).
(Asam nukleat merupakan makromolekul kompleks yang tersusun atas rantai
nukleotida yang menyimpan informasi genetik dari suatu makhluk hidup).
2.2 Definisi Isolasi DNA
Isolasi DNA merupakan proses pengeluaran DNA dari tempatnya berada
(ekstraksi atau lisis) biasanya dilakukan homogenasi dan penambahan buffer
ekstraksi dan buffer lisis untuk pencegahan DNA rusak. Adapun pernyataan dari
Faatih (2009), yang mengungkapkan bahwa isolasi DNA/RNA merupakan langkah
awal yang harus dikerjakan dalam rekayasa genetika sebelum melangkah ke proses
selanjutnya.
DNA isolation is a primary and critical step for molecular analysis of any
plant species (Handayani et al., 2016).
(Isolasi DNA adalah langkah utama dan kritis untuk analisis molekuler dari setiap
spesies tumbuhan).
2.2 Struktur DNA beserta Fungsinya
Secara kimia DNA mengandung karakteristik/sifat di antaranya yaitu: 1)
memiliki gugus gula deoksiribosa; 2) basa nitrogennya guanin (G), sitosin (C),
timin (T) dan adenin (A); 3) memiliki rantai heliks ganda anti parallel; 4)
kandungan basa nitrogen antara kedua rantai sama banyak dan berpasangan
(Suharsono, 2018). Adapun struktur DNA yaitu: 1) gula deoksirobosa berfungsi
sebagai penyusun DNA; 2) gugus phosphat, berfungsi sebagai penghubung dan
pengikat molekul gula yang satu dengan molekul gula yang lain; dan 3) basa
nitrogen, meliputi pirimidin (sitosin dan timin) dan purin (adenin dan guanin) yang
nantinya akan ditranskripsi menjadi RNA atau dengan kata lain, basa nitrogen pada
DNA berfungsi untuk menentukan kode genetik pada RNA.
2.3 Tahapan Isolasi DNA
Isolasi DNA memiliki beberapa tahapan, yaitu: 1) isolasi sel; 2) lisis dinding
dan membran sel; 3) ekstraksi dalam larutan; 4) purifikasi; dan 5) presipitasi
(Faatih, 2009). Prinsip-prinsip dalam melakukan isolasi DNA ada 2, yaitu
sentrifugasi dan presipitasi. Prinsip utama sentrifugasi adalah memisahkan
substansi berdasarkan berat jenis molekul dengan cara memberikan gaya sentrifugal
sehingga substansi yang lebih berat akan berada di dasar, sedangkan substansi yang
lebih ringan akan terletak di atas. Teknik sentrifugasi tersebut dilakukan di dalam
sebuah mesin yang bernama mesin sentrifugasi dengan kecepatan yang bervariasi,
contohnya 2500 rpm (rotation per minute) atau 3000 rpm.
2.4 Manfaat Isolasi DNA dalam Bidang Pertanian
DNA yang telah diisolasi dapat digunakan sebagai bahan uji lanjutan karena
telah diketahui kode genetiknya. Adapun manfaat isolasi DNA dalam bidang
Pertanian yakni: 1) untuk identifikasi varietas tanaman; 2) analisa kerusakan dan
evolusi genetik; 3) konservasi dan evaluasi sumberdaya plasma nuftah tanaman
untuk menghindari terjadinya erosi genetik dan menjaga kelestarian sumberdaya
genetik tanaman, sehingga perakitan varietas unggul baru dapat terus dilakukan
(Fang et al., 2016).
 BAB III
METODOLOGI
3.1 Alat dan Bahan
3.1.1 Alat
Tabel 1. Alat
No. Alat Fungsi
1. Mortar dan pistil Menghaluskan spesimen pengamatan
2. Saringan Menyaring spesimen yang sudah diberi
perlakuan
3. Gelas ukur Mengukur larutan
4. Beaker glass Tempat atau wadah bahan praktikum yang telah
maupun akan diberi perlakuan
5. Pipet tetes Mengambil larutan dan meneteskannya ke
dalam tabung reaksi
7. Tabung reaksi Tempat mereaksikan larutan/bahan-bahan yang
telah dicampurkan
6. Timbangan analitik Menimbang spesimen pengamatan maupun
bahan yang lain

3.1.2 Bahan
Tabel. 2 Bahan
No. Bahan Fungsi
1. Brokoli Spesimen praktikum
2. Detergen Komposisi perlakuan
3. Garam Komposisi perlakuan
4. Alkohol 96% Untuk mempresipitasikan
5. Aquades Untuk menghomogenkan spesimen yang telah
dihaluskan
3.2 Cara Kerja

Siapkan alat dan bahan

Menimbang brokoli sebanyak 5 g dan diulang sebanyak 3 kali

Menghaluskan brokoli menggunakan mortar dan pistil

Tambahkan brokoli dengan aquades sebanyak 50 ml dan lakukan pada masing-

masing ulangan dan dihomogenkan

Tandai gelas dengan perlakuan A, B, C

Menimbang garam 0,5 g sebanyak satu kali ulangan, meninmbang garam 1 g

sebanyak dua kali ulangan, menimbang detergen 0,5 g sebanyak satu kali ulangan,
menimbang detergen 1 g sebanyak dua kali ulangan

Komposisi bahan A (0,5 g garam : 1 g detergen), perlakuan B (1 g garam: 1 g

detergen), perlakuan C (1 g garam : 0,5 g detergen)

Campurkan komposisi bahan A kedalam gelas A dan dihomogenkan, lakukan hal

yang sama pada perlakuan B dan C

Menyaring perlakuan A dan dimasukkan ke wadah lain, lakukan hal yang sama
pada perlakuan B dan C

Mengambil 5 ml alkohol dan dimasukkan ke dalam masing-masing tabung reaksi

Amati hasil praktikum

3.3 Analisa Perlakuan
Langkah pertama yang harus dilakukan adalah menyiapkan alat dan bahan.
Lalu, memimbang brokoli sebanyak 5 g dan diulang sebanyak 3 kali. Setelah itu,
menghaluskan brokoli dengan mortar dan pistil. Tambahkan larutan aquades pada
masing-masing ulangan serta homogenkan. Selanjutnya, memberikan tanda pada
gelas dengan perlakuan A, B, C. Langkah selanjutnya, menimbang garam 0,5 g
sebanyak satu kali ulangan, meninmbang garam 1 g sebanyak dua kali ulangan,
menimbang detergen 0,5 g sebanyak satu kali ulangan, menimbang detergen 1 g
sebanyak dua kali ulangan. Komposisi bahan A (0,5 g garam : 1 g detergen),
perlakuan B (1 g garam: 1 g detergen), perlakuan C (1 g garam : 0,5 g detergen).
Lalu, campurkan komposisi bahan A kedalam gelas A dan dihomogenkan, lakukan
hal yang sama pada perlakuan B dan C. Selanjutnya, menyaring perlakuan A dan
dimasukkan ke wadah lain, lakukan hal yang sama pada perlakuan B dan C. Setalah
itu, mengambil 5 ml alkohol dan dimasukkan ke dalam masing-masing tabung
reaksi yang bertujuan untuk mempresipitasikan larutan spesimen, sehingga DNA
akan mengendap. Terakhir, amati perubahan dan bandingkan masing-masing
tabung reaksi dari gumpalan yang terbentuk.
 BAB IV
PEMBAHASAN
4.1 Hasil Pembahasan
Tabel 3. Data Hasil Pengamatan
Wadah/Tabung Reaksi Perlakuan Banyaknya Gumpalan
Garam:Detergen (gram)
A 0,5:1 Sedang
B 1:1 Banyak
C 1:0,5 Sedikit

4.2 Pembahasan
4.2.1 Perlakuan A (0,5 g garam : 1 g detergen)
Pada perlakuan A yakni dengan komposisi 0,5 g garam dan 1 g detergen
menghasilkan gumpalan sedang. Dalam praktikum ini, penggunaan detergen dapat
merusak membran dan dinding sel melalui ikatan yang dibentuk pada sisi
hidrofobik detergen dengan protein dan lipid pada membran sel yang membentuk
senyawa lipid-protein-detergen kompleks (Hapsari, 2015). Sedangkan garam yang
mengandung Na+ berfungsi untuk membentuk ikatan dengan kutub negatif pada
ikatan fosfat DNA. Gumpalan yang sedang dikarenakan jumlah garam yang
berfungsi untuk mengikat kutub negatif fosfat DNA tidak sebanding atau hanya
separuhnya dari jumlah detergen yang menggerus membran sel. Menurut Yulianti
(2006), bahwa saat ion Na+ garam berikatan dengan fosfat, pada saat itulah DNA
akan berkumpul membentuk gumpalan. Oleh karena itu, gumpalan yang dihasilkan
pada perlakuan A jumlahnya sedang mengikuti jumlah garam yang dicampurkan
sebesar 0,5 gram (setengahnya jumlah detergen).
4.2.2 Perlakuan B (1 g garam : 1 g detergen)
Pada perlakuan B yakni dengan komposisi 1 g garam dan 1 g detergen
(komposisi seimbang) menghasilkan gumpalan banyak. Hal ini terjadi karena
detergen mampu meluruhkan banyak membran sel dan garam mampu mengikat
kutub negatif fosfat DNA sesuai atau sebanding dengan jumlah yang diluruhkan
detergen. DNA akan berkumpul saat ion Na+ garam berikatan dengan fosfat yang
bermuatan negatif (Yulianti, 2006). Oleh karena itu, gumpalan yang dihasilkan
banyak.
4.2.3 Perlakuan C (1 g garam : 0,5 g detergen)
Pada perlakuan C yakni dengan komposisi 1 g garam dan 0,5 g detergen
menghasilkan gumpalan sedikit jika dibandingkan dengan perlakuan lainnya.
Detergen yang berfungsi untuk merusak membran dan dinding sel melalui ikatan
yang dibentuk (Hapsari, 2015), berjumlah lebih sedikit dibanding dengan garam.
Hal ini menyebabkan muatan positif protein komosomal masih banyak yang tetap
berikatan dengan muatan negatifnya, sehingga garam yang bermuatan Na + hanya
dapat berikatan dengan muatan negatif dalam jumlah yang sedikit.
 BAB V
PENUTUP
5.1 Kesimpulan
Isolasi DNA merupakan proses pengeluaran DNA dari tempatnya berada
(ekstraksi atau lisis) biasanya dilakukan homogenasi dan penambahan buffer
ekstraksi dan buffer lisis untuk pencegahan DNA rusak. Adapun dalam praktikum
kali ini, dilakukan isolasi DNA pada brokoli dengan 3 perlakuan yakni A, B, dan
C. Dalam proses isolasi yang terdiri dari beberapa tahapan, detergen memiliki
peranan yang penting karena berfungsi untuk merusak membrane sel dan dinding
sel serta memisahkan muatan positif fosfat DNA. Sedangkan garam yang
mengandung Na+ berfungsi untuk membentuk ikatan dengan kutub negatif pada
ikatan fosfat DNA serta membentuk gumpalan. Selain itu, perlakuan B yakni 1 g
garam dan 1 g detergen merupakan perlakuan yang menghasilkan gumpalan
terbanyak. Hal ini karena jumlah garam dan detergen yang memiliki fungsi saling
berhubungan berjumlah sama yakni 1:1 (seimbang). Dengan demikian, gumpalan
DNA yang dihasilkan banyak.
5.2 Saran
Diharapkan dengan adanya laporan praktikum biokimia tanaman tentang
isolasi DNA ini, mahasiswa (praktikan) maupun pembaca dapat memahami definisi
dari isolasi DNA, tahapan isolasi DNA, serta mengetahui manfaat dari isolasi DNA
di dalam bidang Pertanian.
 DAFTAR PUSTAKA
Alberts, B., Johnson, A., Lewis, J., Morgan, D., Raff, M., Roberts, K., dan Walter,
P. 2015. Molecular Biology of The Cell (Sixth Edition). New York: Garland
Science.
Faatih, M. 2009. Isolasi dan Digesti DNA Kromosom. Jurnal Penelitian Sains &
Teknologi. 10(1): 61-67.
Fang, J., Zhu, X., Wang, C., dan Shangguan, L. 2016. Application of DNA
Technologies in Agriculture. Current Genomics. 17(4): 379-386.
Handayani, F., Wulandari, R. A., dan Murti, R. H. 2016. Genomic DNA Extraction
Method from Mature Leaf of Lai (Durio kutejensis Becc.). AGRIVITA. 38(1):
73-79.
Hapsari, A. I. 2015. Isolasi DNA Tanaman Bayam (Amaranthus sp.) dan Ikan Lele
(Clarias sp.) sebagai Kajian dalam Biologi Molekuler. Didaktika. 13(2): 23-
30.
Rahmadina. 2019. Biokimia Dalam Kehidupan. Medan: Fakultas Sains dan
Teknologi Universitas Islam Negeri Sumatera Utara.
Suharsono, H. 2018. Asam Urat Akibat Gangguan Metabolisme Asam Nukleat.
Denpasar: Fakultas Kedokteran Hewan Universitas Udayana.
Yulianti, E. 2006. Pengembangan Teknik Isolasi DNA Tumbuhan Menggunakan
Detergen Komersial. SEMINAR NASIONAL MIPA 2006. Yogyakarta:
Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan UNY.
LAMPIRAN