Translasi protein pada eukariota

1. Inisiasi
Terdiri atas 10 eukariot inisiasi faktor, disosiasi ribosom antara 80s menjadi 60s dan 40 s
● Ribosom disosiasi
● Lepas 80s jd 40s dan 60s
● Pembentukan pre inisiasi komplek 43s perlu ribosom 40 s dan trna
1. PIC 43s yang terbentuk
2. pengikatan pic dan mrna,
3. Membloking situs e supaya 60 s bisa nempel, supaya trna perlu ikat
ternary kompleks formasi Ef1A supaya tidak lepas
● Kalo 43s sudah terbentuk sudah bs belum inisiasi?? Belum masuk dulu je
pembentukan 48s perlu mrna dan 43s pre inisiasi komplek. Kalo di euk yg
terpenting itu ujung 5 ujung capping dan poliadenilosin. Kalo di prok gaada
capping adanya 16s shine dalgarno ini harus berikatan dengan IF komplek
4. Pembentukan kompleks 48s
5. Pembentukan kompleks 80s butuh 60s supaya bisa terbentuk maka ada
pelepasan IF supaya 60s visa diikat sehingga yg fakto rkosong akan
mengikat IF5B dan energi GTP akan mengikat pd site A. Lrpas IF5B sama
GTP baru bisa melakukan inisiasi.
2. Tahap elongasi dimulai kalo adaa ElF1A yang melekat pada tRNA metionin yang menempati
posisi xite A dengan bantuan (AMINOACYL TRNA) trna transferase ditambah GTP.
Diperlukan translokasi dr ribosom yang melibatkan peptida tadi. Ketika dia ketemu darrah stop
kodon UAA UGA masuk ke tahap TERMINASI. Berarti yang masuk adalah tRNA tapi tidak
membawa cetakan jodon tapi membawa trna dengan releasing faktor di eukariot. Subunit akan
terdisosiasi gara2 qda releasing faktor. Maka akan balik lagi ke fase degradasi untuk sintesis
polipeptida yang baru dari mrna yang baru.

ELONGASI by EF1A
1. Pembentukan ikatan peptida
2. Trasblokasu 1 kodon dr ujung 5 ke 3
3. Trna di a site, mrna p site. E site

Introduce - Mechanism of 5′ end-dependent initiation : sintiullll

Inisiasi translasi adalah proses perakitan ribosom 80S dalam pemanjangan, di mana
kodon inisiasi berpasangan dengan loop antikodon tRNA inisiator (Met-tRNA) di situs-P
ribosom 1 yang membutuhkan setidaknya sembilan faktor inisiasi eukariotik (eIFs; TABEL 1)
dan terdiri dari dua langkah: formasi kompleks inisiasi 48S dengan kodon – pasangan basa
antikodon di situs P dari subunit ribosom 40S, dan penggabungan kompleks 48S dengan subunit
60S. Pada sebagian besar mRNA, kompleks 48S terbentuk oleh mekanisme 'pemindaian', di
mana prainisiasi 43S kompleks (terdiri dari subunit 40S, eIF2–GTP– Met-tRNA kompleks terner
(eIF2 TC), eIF3, eIF1, eIF1A dan eIF5) menempel pada daerah proksimal 5′ mRNA yang
tertutup dalam langkah yang melibatkan pelepasan struktur sekunder terminal 5′ mRNA oleh
eIF4A, eIF4B dan eIF4F. Kompleks 43S kemudian memindai 5′ wilayah yang tidak
diterjemahkan (5′ UTR) di 5′ hingga 3′ arah ke kodon inisiasi (Gbr.1). Setelah inisiasi
pengenalan kodon dan pembentukan kompleks 48S, eIF5 dan eIF5B mempromosikan hidrolisis
ikatan eIF2 GTP, perpindahan eIF dan penggabungan unit 60S. Meskipun sebagian besar mRNA
menggunakan pemindaian mekanisme, inisiasi pada beberapa mRNA dimediasi oleh tempat
masuk ribosom internal.

Mechanism of 5′ end-dependent initiation

Pembentukan kompleks pra inisiasi 43S
Translasi inisiasi membutuhkan kumpulan subunit ribosom yang terpisah. Translasi
adalah proses siklus, dan ribosom subunit yang berpartisipasi dalam inisiasi berasal dari daur
ulang kompleks ribosom pasca-terminasi (post-TCs), yang terdiri dari ribosom 80S yang terikat
pada mRNA, tRNA deasilasi situs-P dan setidaknya satu faktor pelepasan, faktor pelepasan
eukariotik 1 (eRF1). Pasca-TC didaur ulang dengan melepaskan ligan dan memisahkan ribosom
menjadi subunit. Pada konsentrasi Mg2+ (1 mM) bebas yang rendah (nukleotida-tidak terikat),
daur ulang dapat dimediasi oleh eIFs2. eIF3, bekerja sama dengan subunit eIF3j yang terkait
secara longgar, eIF1 dan eIF1A, memisahkan post-TC menjadi subunit 60S gratis dan mRNA
dan subunit 40S yang terikat tRNA. Selanjutnya, eIF1 mempromosikan pelepasan tRNA, setelah
itu eIF3j, yang berikatan Subunit 40S dengan kooperatifitas negatif dengan mRNA3,4,
memediasi disosiasi mRNA. eIF3, dan mungkin eIF1 dan eIF1A, tetap terkait dengan subunit
40S daur ulang, mencegah asosiasi ulang mereka dengan subunit 60S. Mendaur ulang pada
konsentrasi Mg2+ yang sedikit lebih tinggi (yang menstabilkan asosiasi subunit ribosom) juga
membutuhkan anggota E subfamili kaset pengikat ATP 1 (ABCE1), anggota penting dari famili
(ABC) protein pengikat ATP. ABCE1 membagi post-TC menjadi subunit 60S gratis dan subunit
40S yang terikat tRNA dan mRNA, dan rilis berikutnya tRNA situs-P dan mRNA dari subunit
40S ini juga membutuhkan eIF3, eIF1 dan eIF1A. Jadi, eIF3, eIF1 dan eIF1A direkrut ke subunit
40S selama daur ulang, sedangkan eIF2–GTP–Met-tRNA selanjutnya melekat ke subunit 40S
daur ulang, terikat secara bersamaan ke eIF3, eIF1 dan eIF1A, untuk membentuk kompleks 43S.
Protein lain yang dapat mencegah asosiasi ulang subunit ribosom, dalam hal ini kasus dengan
mengikat subunit 60S, adalah eIF6, tetapi statusnya sebagai faktor inisiasi tidak pasti.
Eukariotik dan prokariotik subunit ribosom kecil berbagi struktural umum inti yang
mencakup pusat decoding, sedangkan protein ribosom eukariotik tambahan (rps) dan 18S rRNA
segmen ekspansi (daerah yang berkembang pesat diselingi seluruh inti rRNA dalam aspek
terjemahan khusus eukariota) adalah terletak di perifer. Struktur dengan resolusi tertinggi
ribosom eukariotik telah ditentukan oleh mikroskop cryoelectron, tetapi homologi struktural
antara ribosom eukariotik dan prokariotik memungkinkan penggunaan struktur kristal ribosom
prokariotik beresolusi tinggi untuk memodelkan interaksi 40S–eIF, berdasarkan data biokimia.
Subunit 40S terdiri dari kepala, platform dan badan, dengan saluran pengikat mRNA
membungkus leher (Gbr.2). Sebagian besar molekul eIF3 bercuping 5 berikatan dengan sisi
subunit 40S yang menghadap pelarut(Gbr.2a), sedangkan terminal karboksi eIF3j domain
terlokalisasi di saluran pengikat mRNA, di area A-site di sisi intersubunit. Walaupun struktur
eIF2 tersedia, posisi eIF2–GTP–Met-tRNA pada subunit 40S belum ditentukan. Namun, dalam
kompleks 43S, Met-tRNA bertemu loop antikodon mungkin tidak dimasukkan
sedalam-dalamnya situs-P seperti dalam kompleks ribosom dengan mapan pasangan basa
kodon-antikodon (seperti yang ditunjukkan pada (Gbr.2b), dan ujung akseptornya, yang
terhubung dengan Met, mungkin diputar menuju situs-E10–12. eIF1 mengikat antarmuka antara
platform dan Met-tRNA. Domain terstruktur eIF1A berada di situs-A, membentuk jembatan
saluran mRNA, sedangkan ujung N- dan C-terminalnya meluas ke P-site (Gbr.2b). Mengikat
subunit eIF1 dan eIF1A ke 40S menginduksi konformasi perubahan, yang melibatkan
pembukaan entri mRNA saluran 'kait' (dibentuk oleh helix 18 (h18) di badan dan h34 dan rpS3
di leher) dan pembentukan koneksi kepala-tubuh baru di sisi pelarut antara h16 dan rpS3
(Gbr.2c)

Attachment of 43S complexes to mRNA - Ribosome scanning of mRNA 5′ UTRs : PIPIN

Attachment of 43S complexes to mRNA
43S complex secara intrinsik mampu melakukan penempelan ujung 5’ end-dependent ke
model mRNA dengan sepenuhnya tidak terstruktur 5′UTR dan memiliki struktur sekunder yang
cukup untuk memuat kompleks 43S yang memerlukan eIF4F dan eIF4B atau eIF4H yang yang
melepas 5’ cap-proximal region untuk mempersiapkannya untuk perlekatan ribosom. eIF4B dan
eIF4H meningkatkan aktivitas helikase eIF4A, mengandung domain RRM dan homolog
sepanjang eIF4H1.
 Tumpukan cap antara dua residu Trp pada permukaan cekung eIF4E dan kontak
tambahan dengan nukleotida proksimal tcap menstabilkan pengikatan eIF4E ke mRNA yang
capped. Segmen eIF4G membungkus eIF4E’s N terminus yang mendorong perubahan struktural
yang meningkatkan afinitas eIF4E untuk penutup.
eIF4A memiliki dua domain dan bergantian antara:
● konformasi 'terbuka' yang tidak aktif dan konformasi
● 'tertutup' yang aktif,
kedua domain membentuk permukaan pengikat RNA yang berdekatan dan situs pengikatan ATP
berada di antarmuka domain.
N-terminal eIF4G domain HEAT, HEAT1, merangsang aktivitas helikase eIF4A dengan
menyelaraskan motif DEAD-box di kedua domain dalam konformasi produktif. HEAT2, yang
juga mengikat eIF4A, memainkan peran modulasi.
eIF4H mengikat mRNA beruntai tunggal di belakang eIF4A (relatif terhadap arah
translokasi helicase), menunjukkan bahwa eIF4H (atau eIF4B) dapat merangsang aktivitas
helicase eIF4A dengan mencegah re-annealing mRNA dan merangsang gerakan eIF4A searah
prosesif. Prosesivitas kompleks eIF4F– eIF4B (atau eIF4F–eIF4H) yang tinggi, namun tetap
terbatas, eIF4A akhirnya berdisosiasi dari mRNA tetapi, berlabuh ke 5′ diakhiri dengan interaksi
eIF4E-cap, kompleks ini melanjutkan siklus pelepasan lainnya dan mempertahankan 5′proximal
region secara konstan disiapkan untuk perlekatan ribosom yang mungkin difasilitasi oleh
interaksi eIF3-eIF4G. Kompleks 43S pada akhirnya dicapai oleh rantai interaksi
cap-eIF4E-eIF4G-eIF3-40S.

Ribosome scanning of mRNA 5′ UTRs

Setelah penempelan, 43S memindai mRNA di bagian hilir tutup ke kodon inisiasi.
Pemindaian terdiri dari dua proses terkait: pelepasan struktur sekunder di 5′UTR dan gerakan
ribosom di sepanjang itu. Kompleks 43S dapat memindai yang tidak terstruktur 5′UTR tanpa
faktor yang terkait dengan pelepasan RNA dan dengan demikian secara intrinsik mampu
bergerak di sepanjang mRNA.
Pergerakan kompleks 43S memerlukan konformasi kompeten pemindaian yang diinduksi
oleh eIF1 dan eIF1A. Pemindaian 5′UTR yang mengandung struktur sekunder yang lemah
membutuhkan ATP dan eIF4A, eIF4G, dan eIF4B, dan persyaratan ATP dan eIF4A sebanding
dengan derajat struktur sekunder. Selain merangsang penempelan, eIF4A, eIF4G, dan eIF4B
membantu kompleks 43S selama pemindaian.
Pemodelan berbasis mikroskop Cryoelectron menempatkan eIF4G di trailing edge
subunit 40S, dekat situs-E8, yang akan konsisten dengan eIF4A, eIF4G dan eIF4B yang
bertindak dengan 'ratcheting' mRNA yang dimediasi oleh helicase melalui saluran pengikat
mRNA, sedangkan struktur sekunder mRNA akan dilepaskan oleh subunit 40S. Meskipun
penempelan ribosom dicapai oleh rantai interaksi cap-eIF4E-eIF4G-eIF3-40S. Nasib setiap
tautan selama transisi dari lampiran ke pemindaian dan selama pemindaian sendiri tidak jelas.
Pemeliharaan mereka akan menyebabkan 5′UTR untuk 'loop out', memungkinkan hanya satu
kompleks 43S untuk memindai pada satu waktu, sedangkan memutus satu mata rantai saja akan
memungkinkan banyak kompleks untuk memindai secara bersamaan pada satu 5′UTR.
Frekuensi inisiasi pada 5′AUG proksimal dikurangi dengan adanya AUG hilir terdekat
menunjukkan bahwa pemindaian dapat terdiri dari maju (5′ ke 3′)dorong bergantian dengan
relaksasi terbatas pada jarak beberapa nukleotida dalam arah sebaliknya. Data terbaru yang
diperoleh dengan menggunakan sistem ragi dan mamalia menunjukkan bahwa inisiasi
melibatkan DEAD box family members selain eIF4A. Protein kotak DExH mamalia 29 (DHX29)
mengikat subunit 40S secara langsung dan diperlukan untuk pemindaian yang efisien melalui 5
yang sangat terstruktur 5′UTR dalam in vitro. In vivo, silencing DHX29 merusak terjemahan,
menghasilkan pembongkaran polisom dan akumulasi monomer 80S bebas mRNA.
Ded1 cenderung menjadi helikase yang lebih kuat daripada eIF4A dan fungsinya tidak
berlebihan, menunjukkan bahwa eIF4A mempromosikan perlekatan ribosom sedangkan Ded1
membantu pemindaian, terutama pada panjang 5′UTR.
p97, yang diekspresikan dalam jaringan mamalia, burung, dan beberapa serangga,
homolog dengan dua pertiga C-terminal eIF4G dan mengikat eIF4A dan eIF3, tetapi tidak
memiliki wilayah pengikatan eIF4E. P97 mengaktifkan terjemahan mRNA yang tidak tertutupin
vitro dan perannya dalam terjemahan mRNA yang dibatasi. Penipisan eIF4GI dan p97 secara
individual merusak terjemahan sebesar 20–30% dan penipisan bersama menguranginya hingga
60%, penipisan eIF4GI, tetapi bukan p97, terjemahan mRNA yang terganggu secara selektif
yang mengandung upstream open reading frames (uORFs) menunjukkan bahwa faktor-faktor ini
merangsang inisiasi pada kelas mRNA yang berbeda

Initiation codon recognition

Untuk membuktikan ketepatan dari proses inisiasi, kompleks pemindaian harus memiliki
mekanisme diskriminatif yang dapat mencegah pasangan basa parsial dari triplet di 5′UTR
dengan MettRNA bertemu dengan antikodonnya dan mendorong translasi inisiasi kodon yang
benar. Biasanya ini merupakan triplet AUG pertama dalam konteks optimal —
GCC(A/G)CCAUGG, dengan purin pada posisi –3 dan G pada posisi +4 (relatif terhadap A dari
kodon AUG, yang ditunjuk +1). eIF1 merupakan kunci utama dari ketepatan inisiasi kodon yang
memungkinkan kompleks 43S untuk membedakan triplet non-AUG dan triplet AUG yang
memiliki konteks buruk atau terletak di dalam 8 nukleotida mRNA 5′akhir, dan juga
mendisosiasi kompleks ribosom yang secara tidak sengaja berkumpul pada triplet tersebut.
Untuk membentuk pasangan basa kodon-antikodon yang stabil, kompleks ribosom harus
mengalami perubahan konformasi yang diantagonis oleh eIF1. Secara konsisten, mutan eIF1 ragi
yang berdisosiasi lebih cepat dari subunit 48S meningkatkan inisiasi pada kodon non-AUG43.
Ekor N-terminal dan C-terminal eIF1A, yang menjangkau ke situs-P13 (Gbr.2b),memiliki efek
yang berlawanan pada pemilihan kodon awal. Purin pada posisi –3 dan +4 mungkin
mempengaruhi seleksi kodon inisiasi dengan menstabilkan perubahan konformasi yang terjadi
pada pasangan basa kodon-antikodon, dengan berinteraksi dengan eIF2α (eIF2S1) subunit dari
eIF2 dan nukleotida AA. Dengan tidak adanya eIF1, stabilitas kompleks 48S tidak ditentang,
sehingga kompleks dengan pasangan basa parsial dapat terbentuk dan berpartisipasi dalam
langkah selanjutnya dalam translasi. Kompleks seperti itu tidak dapat mempertahankan
konformasinya pada pengikatan eIF1, dan tRNA yang salah pasangan mungkin dikeluarkan.

Situs entri ribosom internal (IRES) adalah elemen RNA yang memediasi perekrutan ribosom
independen akhir ke lokasi internal dalam mRNA. Inisiasi pada IRES tipe 1 dan tipe 2
melibatkan pengikatan spesifiknya ke domain p50 eIF4G yang ditingkatkan oleh eIF4A, pada
IRES tipe 3 melibatkan interaksinya dengan komponen subunit eIF3 dan 40S dari kompleks 43S,
pada IRES tipe 4 melibatkanpengikatannya ke subunit 40S. Kompleks eIF4G – eIF4A merekrut
kompleks 43S ke IRES tipe 1 dan tipe 2 tanpa keterlibatan eIF4E. Tipe 3 IRES langsung
melampirkan kompleks 43S ke kodon inisiasi secara independen dari eIF4F, eIF4B, eIF1 dan
eIF1A, sedangkan tipe 4 IRES memulai tanpa eIF atau tRNA bertemu(situs-P dari subunit 40S
ditempati oleh domain IRES yang meniru pasangan basa kodon-antikodon). Inisiasi pada
beberapa IRES juga memerlukan IREStrans-acting factors (ITAFs) — Protein pengikat RNA
yang dianggap menstabilkan konformasi IRES tiga dimensi yang optimal
Commitment of ribosomes to a start codon
Langkah komitmen dimediasi oleh eIF5, khusus eIF2 Protein pengaktif GTPase (GAP).
eIF5 berikatan dengan subunit ß eIF2 tetapi menginduksi aktivitas GTPase dari subunit γ eIF2
hanya dalam kompleks eIF2–GTP– Met-tRNA yang terikat pada sub unit 40S. eIF5 bertindak
sebagai GAP klasik dengan menyediakan arginin finger. Hidrolisis prematur dari GTP yang
terikat eIF2 dalam kompleks 43S, dan khususnya pelepasan Pi berikutnya, dicegah oleh
eIF13,47.

Selain pemilihan kodon inisiasi selama pembentukan kompleks 48S,e IF1 juga
mempertahankan ikatan inisiasi pada tahap selanjutnya dengan menghubungkan hidrolisis GTP
yang terikat eIF2 dengan pembentukan pasangan basa kodon-antikodon. Hidrolisis GTP
mengurangi afinitas eIF2 untuk Met-tRNA Met, yang menyebabkan disosiasi parsial eIF2- GDP
dari subunit 40S. eIF2B memediasi pertukaran nukleotida guanin pada eIF2, dan kemudian
mendaur ulangnya untuk putaran inisiasi yang berikutnya.

Ribosomal subunit joining.

Penggabungan subunit 60S dan disosiasi eIF1, eIF1A, eIF3 dan residual eIF2– PDB
dimediasi oleh eIF5B, GTPase bergantung pada ribosom yang homolog dengan faktor inisiasi
prokariotik IF2. Hidrolisis GTP yang terikat eIF5B tidak diperlukan untuk penggabungan
subunit, tetapi sangat penting untuk pelepasan eIF5B dari ribosom 80S yang dirakit. eIF5B dan
IF2 menempati wilayah yang sama di celah inter subunit untuk mempromosikan penggabungan
subunit. Interaksi domain C-terminal eIF5B dengan ujung C-terminal eIF1A yang mungkin
menjadi hanya setelah pemindahan ekor terminal-C eIF1A dari situs-P. Pada pengenalan kodon
inisiasi, diperlukan untuk penggabungan subunit yang efisien dan hidrolisis GTP oleh eIF5B.
menunjukkan bahwa eIF1A tetap terkait dengan kompleks ribosom selama proses penggabungan
subunit dan terdisosiasi dari ribosom yang dirakit dengan eIF5B.

Reinitiation after a short upstream ORF

45%-50% Gen mamalia (hanya ~ 13% gen ragi) mengkodekan mRNA yang memiliki
setidaknya satu uORF pendek (<30 kodon) di hulu dari protein utama yang mengkode ORF.
biasanya <50%) dari ribosoM yang telah menerjemahkan uORF melanjutkan pemindaian dan
memulai kembali di situs downstream. Post terminasi pada kodon stop uORF berlangsung secara
konvensional dengan melepaskan subunit 40S dan kemudian tRNA terdeasilasi, namun beberapa
subunit 40S tetap berada di mRNA dan melanjutkan pemindaian. Subunit 40S tidak kompeten
untuk inisiasi ulang karena tidak memiliki eIF2-TC, tetapi tidak mencegah pemindaian, di mana
eIF2-TC baru dapat diperoleh. Ketersediaan eIF2-TC menentukan seberapa jauh subunit 40S
bermigrasi. Interaksi kritis adalah yang melibatkan eIF4G (dan karena itu juga eIF3, yang
menjembatani eIF4G yang mengikat subunit 40S), karena reinisiasi hanya terlihat jika eIF4F dan
eIF4B, atau minimal fragmen eIF4G p50 ditambah eIF4A dan eIF4B yang berpartisipasi pada
inisiasi utama di uORF AUG. Karena eIF3 mengikat terutama ke permukaan pelarut subunit 40S
maka tidak semua kontak eIF3–40S perlu diputus untuk memungkinkan subunit bergabung. eIF3
karena itu dapat tetap terikat secara sementara ke subunit 40S dalam keadaan metastabil, dan jika
interaksi eIF4G-eIF3 masih ada pada saat terjemahan uORF telah selesai, maka dapat
mempertahankan subunit 40S pasca-pengakhiran pada mRNA dan mempromosikan pemindaian
ulangnya.

Control of initiation factor activity : ARA

Control of initiation factor activity
Mekanisme pengaturan inisiasi terbagi dalam dua kategori besar:
1. Mekanisme yang berdampak pada elFs (atau ribosom)
Memengaruhi hampir semua peristiwa inisiasi yang bergantung pada pemindaian. Contoh
terbaik dari tipe pertama adalah kontrol ketersediaan eIF2 dan eIF4F aktif oleh fosforilasi
protein reversibel, tetapi aktivitas eIF4F’s juga diatur oleh proteolisis ireversibel eIF4G.
2. Mekanisme yang berdampak pada mRNA itu sendiri
Baik melalui sequence-specific RNA-binding proteins atau microRNAs (miRNAs), dan
karena itu berpotensi selektif untuk mRNAs tertentu.

Ada empat protein kinase mamalia yang memfosforilasi eIF2α pada Ser51:
1. Haem-regulated kinase (kadang-kadang disebut EIF2AK1), yang mungkin signifikan
hanya pada sel eritroid;
2. PKR (kadang-kadang disebut EIF2AK2), yang diaktifkan oleh RNA untai ganda lebih
dari ~40 bp yang penting dalam respons antivirus;
3. PKR-like endoplasmic reticulum kinase (PERK; kadang-kadang disebut EIF2AK3), yang
merupakan enzim retikulum endoplasma transmembran, dengan domain kinase di
sitoplasma, yang diaktifkan oleh tekanan ER (karena protein yang salah lipatan di lumen
ER);
4. Homologue (kadang disebut EIF2AK4) dari satu-satunya kinase eIF2 dalam ragi, Gcn2 ,
yang diaktifkan oleh starvation asam amino tertentu. EIF2 yang terfosforilasi sepenuhnya
mampu membentuk eIF2-TC yang berkompeten inisiasi, tetapi setelah eIF2-TC dirilis,
eIF2-GDP yang terfosforilasi mengikat erat dan mengasingkan faktor penukar nukleotida
guanin eIF2B, yang menyebabkan pembatalan aktivitas eIF2-TC. Ini mengakibatkan
tingkat eIF2-TC turun dan sebagian besar terjemahan mRNA berkurang, tetapi sintesis
protein dari mRNA tertentu dengan setidaknya dua uORFs dari jenis dan posisi yang
sesuai sebenarnya dapat distimulasi. Contoh mamalia dengan karakteristik terbaik adalah
faktor transkripsi ATF4 dan ATF5, yang ekspresinya meningkat ~ 5 kali lipat dari aktivasi
PERK.
 Gambar 4. |Mekanisme regulasi dari ATF4 danA F5 terjemahan mrna.
a | Diagram yang menunjukkan ukuran, jarak, dan disposisi dari dua upstream Open
Reading Frames (uORF) pada Activating Transcription Factor 4 (ATF4) mRNAS
human, mouse, rat, cow and chicken dan ATF5 mRNAs empat mamalia. b | Pola translasi
dalam kondisi kontrol (tanpa tekanan), ketika Eukaryotic Initiation Factor 2
(eIF2)–GTP–Met tRNA ternary complexes (eIF2-TCs) berlimpah. Subunit ribosom kecil
(40S), dengan eIF2-TCs terkait (biru), memindai mRNA ke arah yang ditunjukkan.
Rantai protein yang baru lahir ditunjukkan oleh garis zigzag hitam yang terkait dengan
subunit ribosom besar (60S). Jika eIF2-TCs berlimpah, sebagian besar subunit 40S yang
melanjutkan pemindaian setelah terjemahan uORF1 akan memperoleh eIF2-TC baru
pada waktunya untuk memulai terjemahan uORF2, dan ribosom yang menerjemahkan
uORF kedua ini tidak akan dapat memulai di ATF4 atau ATF5 AUG karena uORF2
terlalu panjang untuk memungkinkan pemindaian ulang, dan karena akan membutuhkan
pemindaian mundur, yang sepertinya tidak terjadi dalam jarak jauh. c | Pola translasi
dalam kondisi stres (misalnya, mengikuti pengobatan thapsigargin), ketika ketersediaan
eIF2-TC rendah karena fosforilasi eIF2 oleh PKR-like endoplasmic reticulum kinase
(PERK; terkadang disebut EIF2AK3)cyang diaktifkan. Akibatnya, sebagian besar subunit
40S yang melanjutkan pemindaian setelah menerjemahkan uORF1 memperoleh eIF2-TC
baru hanya setelah mereka bermigrasi melewati kodon inisiasi uORF2, tetapi pada
waktunya untuk memulai pada AUG berikutnya, yang merupakan awal dari ATF ORF
dalam kedua kasus.

Seperti yang ditunjukkan di Gambar 4, stimulasi ini dijelaskan oleh konfigurasi uORF
tertentu yang dimiliki oleh kedua mRNA, dengan uORF1 upstream yang sangat pendek,
dan uORF2 yang lebih panjang tumpang tindih dengan ATF4 (atau ATF5) ORF. Ragi
Gcn4 mRNA translation diatur dengan cara yang mirip secara dangkal, tetapi dengan
perbedaan penting.
Fosforilasi juga mempengaruhi konsentrasi intraseluler kompleks eIF4F, tetapi
secara tidak langsung melalui eIF4E-binding proteins, di mana ada tiga homolog yang
setara secara fungsional pada mamalia (4E-BP1, 4E-BP2, dan 4E-BP3; terkadang disebut
EIF4EBP1–3). Ketika hipofosforilasi, 4E-BP mengikat eIF4E (dalam kompleks biner),
yang mencegah eIF4E untuk bergabung dengan eIF4G, tetapi fosforilasi 4E-BP di
beberapa situs, terutama oleh mTOR, melepaskan eIF4E untuk asimilasi menjadi eIF4F.
eIF4E sendiri juga mengalami fosforilasi (pada Ser209) oleh MAP kinase yang
berinteraksi dengan Ser/Thr kinase 1 (MNK1) dan MNK2, yang mengikat terminal C
eIF4G (Gambar. 3a) dan hanya memfosforilasi eIF4E di cis; yaitu, jika eIF4E terikat
pada eIF4G yang sama. Meskipun fosforilasi eIF4E tampaknya berfluktuasi secara
paralel dengan perubahan dalam efisiensi terjemahan, double knockout mice MNK1 dan
MNK2 tidak menunjukkan fosforilasi eIF4E, namun tidak menunjukkan fenotipe negatif,
menunjukkan bahwa siklus fosforilasi-defosforilasi tidak penting untuk translation.
Namun demikian, ketika sel induk hematopoietik direkayasa untuk diekspresikan secara
stabil Myc ditambah mutan MNK1 atau turunan eIF4E disuntikkan ke tikus yang
diradiasi, kejadian limfoma pada tikus penerima jauh lebih tinggi dengan mutan MNK1
yang aktif secara konstitutif dibandingkan dengan mutan MNK1 dominan negatif, dan
juga lebih tinggi dengan eIF4E tipe liar daripada eIF4E yang tidak terfosforilasi, yang
memiliki Ser209 ke mutasi Ala. Dengan demikian, tampaknya fosforilasi eIF4E yang
berlebihan dapat meningkatkan keganasan.

Gambar 3 | struktur, interaksi, dan posisi domain eiF4gi dalam kompleks

pemindaian 43S.
a | Representasi skematis dari isoform terpanjang eIF4GI (Genbank accession
NP_937884), fragmen p100 (carboxy-terminal two-thirds) dan fragment p50 (central
 one-third), dan p97, menunjukkan situs pengikatan untuk SLBP-interacting protein 1
(SLIP1; terkadang disebut MIF4GD), poly(A)-binding protein (PABP), eIF4E, eIF4A,
eIF3 and MAP kinase yang berinteraksi dengan Ser/Thr kinase 1 (MNK1) atau MNK2
dan untuk RNA (garis putus-putus di bawah eIF4GI). Interaksi eIF4GI dengan eIF4E dan
MNK1 diperlukan untuk fosforilasi eIF4E oleh MNK1. Interaksi eIF4GI dengan PABP
dan SLIP1 menambatkan eIF4GI ke mRNA′ 3’ akhir. Residu asam amino pada
amino-termini dari domain pengikat PABP (PAM1), domain pengikat eIF4E (4E-BR) dan
HEAT1 (juga dikenal sebagai MIF4G), HEAT2 (juga dikenal sebagai MA3) dan HEAT3
(juga dikenal sebagai W2) domain diindikasikan, seperti situs pembelahan di eIF4GI
untuk picornavirus proteinase 2A, yang membagi eIF4GI menjadi domain terminal-N
yang mengikat eIF4E dan PABP, dan domain terminal-C yang menyediakan semua fungsi
eIF4GI yang diperlukan untuk inisiasi pada situs entri ribosom internal tipe 1 dan tipe 2.
Peristiwa pembelahan ini berkontribusi pada peralihan dari inang ke terjemahan virus
selama banyak infeksi picornavirus.
Fosforilasi beberapa eIFs (eIF1, eIF2β, eIF2Bε, beberapa subunit eIF3, eIF4G,
eIF4B, eIF4H, eIF5 dan eIF5B) dan rpS6 juga telah direkam, dan dalam banyak kasus
meningkat dalam kondisi di mana terjemahan diaktifkan; misalnya, mengikuti
penambahan serum ke quiescent cells. Namun, tidak ada bukti kuat bahwa salah satu dari
peristiwa fosforilasi ini adalah penyebab aktivasi tersebut. Sebaliknya, dalam kasus
fosforilasi rpS6, meskipun korelasi dengan peningkatan translation tampaknya sangat
mencolok, sel-sel yang berasal dari embrio rpS6 kinase 1 dan rpS6 kinase 2 tikus
knockout ganda, atau knock-in dari gen rpS6 dengan kelima fosforilasi situs bermutasi
menjadi residu Ala, menunjukkan regulasi terjemahan yang normal. Kasus-kasus
fosforilasi eIF4E dan rpS6 ini harus berfungsi sebagai peringatan agar tidak terlalu
mementingkan korelasi sugestif.

Regulation by RNA binding proteins - Stimulation by PABP binding to the 3′ poly(A :

Regulation by specific 3′ UTR–protein interactions : NEL

Pengaturan inisiasi oleh interaksi protein-RNA spesifik di 5′UTR, ada banyak kasus,
kebanyakan penting dalam pengembangan, kontrol oleh 3′interaksi UTR-protein. Dahulu
diyakini secara luas bahwa pengaturan seperti itu sepenuhnya bergantung pada perubahan
panjang ekor poli (A) (yang dapat memberikan alasan mengapa protein pengatur berikatan
dengan 3′UTR), karena mRNA yang diatur biasanya memiliki ekor pendek ketika ditekan secara
translasi dan aktivasi bertepatan dengan pemanjangan ekor. Namun, ada pengecualian yang jelas
(misalnya, mRNA protamine 1 tikus, yang mempertahankan ekor panjang selama tujuh hari
ketika translasinya ditekan selama spermatogenesis), dan kasus di mana translasi dapat
diaktifkan tanpa pemanjangan poli (A) ekor pendek 85, yang bersama-sama mengarah pada
hipotesis bahwa harus ada mekanisme dimana 3′ Interaksi UTR-protein mengatur inisiasi lebih
langsung daripada perubahan status poliadenilasi.
 Dalam beberapa kasus protein Z adalah eIF4E kanonik, eIF4E1a, tetapi dalam Xenopus
laevisoocyte cytoplasmic polyadenylation element-binding protein (CPEB)–sistem 4E-T, protein
Z adalah paralog, eIF4E1b, yang terbatas pada oosit, telur, dan embrio awal dan, yang
mengejutkan, lemah afinitas intrinsik untuk 5′topi. Di D. melanogaster embryo (yang kekurangan
eIF4E1b) dan oosit tikus, ada contoh represi di mana protein Z adalah paralog eIF4E lainnya,
protein homolog eIF4E (4EHP), yang juga memiliki afinitas intrinsik yang rendah untuk topi dan
tidak dapat mengikat eIF4G. Selain loop tertutup penghambatan, oligomerisasi mRNA yang
ditekan menjadi agregat yang tidak jelas dapat memberikan lapisan represi lebih lanjut. Protein
yang sama terlibat dalam semua organisme dari cacing hingga vertebrata, yang menunjukkan
bahwa ada mekanisme universal, yang tunduk pada variasi yang relatif kecil. Selain itu,
meskipun model-model ini didasarkan pada peraturan dalam pembangunan, mereka tidak
mungkin terbatas pada situasi seperti itu. Misalnya, paralog CPEB telah ditemukan dalam sel
somatik, khususnya jaringan saraf, di mana mereka dianggap memainkan peran penting dalam
plastisitas sinaptik.
Ada dua kasus regulasi melalui 3′UTR dalam sel somatik yang tidak sesuai dengan model
di atas, tetapi menunjukkan cacat pada tahap akhir inisiasi, pada atau segera setelah langkah
komitmen. Pertama, mengikat dari domain KH -mengandung protein hnRNP-K dan hnRNP-E1
(juga dikenal sebagai PCBP1) untuk mengulang 19 kaya nukleotida CU dalam 3′UTR mRNA
15-lipoksigenase eritroid menekan terjemahannya hingga tahap retikulosit akhir 94. Kedua,
pengikatan ZBP (protein lain yang mengandung domain KH) ke~54 motif 'kode pos' nukleotida,
yang terletak di hilir kodon stop mRNA β-aktin, menekan translasi hingga mRNA terlokalisasi
dengan benar di lamellipodia fibroblas 95. Dalam kedua kasus tersebut, represi dapat
direkapitulasi dalam sebuah in vitro sistem, di mana pembentukan kompleks inisiasi 80S di
hadapan GTP sangat dihambat, sedangkan pembentukan kompleks 48S (dengan subunit 40S
pada kodon inisiasi) di hadapan GMPPNP analog GTP yang tidak dapat dihidrolisis tidak. Ini
menunjukkan bahwa reaksi yang dikatalisis oleh eIF5B dan / atau penggabungan subunit gagal,
menyebabkan pelepasan subunit 40S yang tidak produktif dari mRNA. Namun, sebelum model
ini diambil sebagai injil, kita perlu memastikan bahwa pembentukan kompleks 48S juga tidak
terpengaruh ketika kompleks tersebut terbentuk dengan adanya GTP (tetapi dengan subunit
eIF5B dan 60S tidak ada), untuk menghilangkan kemungkinan artefak GMPPNP.

Gambar 5 | Model represi terjemahan mrNas target yang dimediasi oleh mirNa.

Translation regulation by miRNAs - conclusion : nwrylsss

● miRNA adalah alat represi lain melalui 3′ UTR dan dapat bekerja dengan protein
pengikat RNA spesifik, seperti pada regulasi mRNA cationic amino acid transporter 1
(CAT1; kadang-kadang disebut SLC7A1) dalam sel hati. Interaksi miRNA ~ 21
nukleotida dengan situs targetnya mengambil bentuk yang ditunjukkan pada Gambar 5a.
● Tingkat represi meningkat dengan meningkatnya jumlah miRNA yang terkait dengan 3′
UTR, terlepas dari apakah identik atau tidak. Efisiensi represi mungkin juga dipengaruhi
oleh jarak dan urutan antara situs target miRNA dan posisinya di 3′.
● Sebuah protein argonaute (AGO), di terdapat empat isoform mamalia, terkait dengan
interaksi miRNA-mRNA berpasangan dan banyak protein perifer, termasuk helikase
RCK pada protein GW182, di antaranya terdapat tiga paralog mamalia, umumnya disebut
TNRC6A, TNRC6B, dan TNRC6C98. miRNA ini sebagai adaptor yang memberikan
pengikatan mRNA spesifik urutan pada AGO. Represi dapat di rekapitulasi dengan
adanya situs target miRNA, bytheringAGOtothe 3′UTR 99 pada Gambar 5c.

● Selain itu, tiga paralog manusia GW182 dapat melewati persyaratan untuk AGO dan
miRNA 100, 101. Pengujian ini menunjukkan bahwa represi dimediasi oleh C-terminal ~
33% dari GW182 (silenting domain)100, sedangkan domain N-terminal yang
mengandung pengulangan GW mengikat AGO 101. Jadi, miRNA merekrut AGO, yang
pada gilirannya merekrut GW 182 — efektor paling hilir yang diidentifikasi sejauh ini.
● Mekanisme represi tampaknya memiliki dua komponen 98: represi sebenarnya dari
translasi mRNA, dan laju degradasi mRNA yang dipercepat melalui jalur formal yang
bergantung pada deadenilasi 102. Kepentingan relatif dari kedua komponen ini
tampaknya bervariasi antara pasangan miRNA-mRNA yang berbeda untuk alasan yang
tidak diketahui, tetapi dalam pengujian tethering domain pembungkaman GW 182 yang
sama diperlukan dan cukup untuk kedua hasil 101. Dua laporan menunjukkan bahwa
domain GW 182 ini mengikat PABP 103,104 (walaupun mereka tidak setuju mengenai
domain PABP mana yang terlibat), dan ini pada gilirannya dapat merekrut kompleks
enzim yang mematikan.
 ● Mekanisme sebenarnya dari represi terjemahan yang sebenarnya tetap kontroversial.
Beberapa penulis menemukan mRNA yang ditekan dipindahkan dari polisom besar
menjadi polisom kecil atau partikel sub-polisom, yang menunjukkan inisiasi yang
terhambat. Yang lain menemukan mRNA yang ditekan dalam polisom yang berukuran
serupa dengan yang ada ketika mRNA reporter tidak ditekan, menyiratkan penghambatan
pada tahap pasca-inisiasi. Sebuah laporan provokatif baru-baru ini, belum dikonfirmasi
secara independen, menunjukkan bahwa hasil inisiasi atau pasca-inisiasi ditentukan oleh
identitas (tetapi bukan efisiensi) dari promotor yang digunakan untuk mendorong sintesis
mRNA reporter 105, untuk alasan yang masih belum diketahui.
● Mekanisme yang mendasari lesi pasca-inisiasi tetap menjadi misteri. Salah satu alasannya
adalah degradasi kotranslasi spesifik dari protein nascent, karena urutan N-terminal
protein nascent terkait polisom tidak dapat dideteksi dengan imunopresipitasi 106. Jika
dikonfirmasi, ini akan menghilangkan dua saran lain dari drop-off ribosom prematur
(yang harus jarang untuk mempertahankan ukuran polisom) dan tingkat pemanjangan
yang berkurang (yang akan menyebabkan ukuran polisom meningkat kecuali
digabungkan dengan kuantitatif serupa pengurangan frekuensi inisiasi).
● Adapun penghambatan inisiasi, saran sebelumnya bahwa AGO itu sendiri dapat
berinteraksi dengan tutup 5′, atau bahwa mekanisme represi mungkin berdampak pada
eIF6, tampaknya keduanya telah dibantah habis-habisan 107. Mereka yang mengamati
penghambatan inisiasi umumnya setuju bahwa represi yang kuat hanya terlihat jika
mRNA memiliki tutup m7Gpppg normal, dan tidak jika ini digantikan oleh Appp, atau
jika mRNA memiliki IRES virus, menunjukkan bahwa itu mungkin tutupnya. interaksi
eIF4F yang merupakan target proksimal dari mekanisme represi 108–110, secara dangkal
mirip dengan model yang digambarkan dalam KOTAK 2 untuk regulasi oleh interaksi 3′
UTR–protein lainnya. Karena interaksi GW182–PABP yang disebutkan di atas
tampaknya bersaing dengan interaksi eIF4G–PABP yang mempertahankan loop tertutup
103, 104, akibat gangguan loop tertutup dapat menyebabkan represi translasi. Namun, ini
bukan jawaban yang lengkap, karena terjemahan mRNA yang tidak memiliki ekor
poli(A) juga dapat ditekan oleh miRNAs104,111.

Conclusions and perspectives

● Gambaran yang muncul adalah kemajuan di sebagian besar bidang. Pada mekanisme
inisiasi, kemajuan lebih lanjut dapat diharapkan dari pendekatan yang sebelumnya
terbukti paling informatif: genetika ragi dan analisis kinetik dalam sistem bebas sel ragi,
dan sistem in vitro mamalia yang merekapitulasi semua langkah translasi dengan faktor
yang dimurnikan. Wawasan lebih lanjut tentang struktur kompleks inisiasi dapat
diharapkan dari mikroskop cryo elektron dan pemetaan biokimia dari situs pengikatan
faktor inisiasi pada subunit 40S, mengandalkan pemodelan yang didasarkan pada struktur
kristal ribosom eubacteria (karena struktur kristal ribosom eukariotik tidak mungkin
tersedia. untuk beberapa waktu).
● Masalah yang agak mendesak adalah untuk menyelesaikan kontroversi mengenai
mekanisme represi yang dimediasi miRNA sehingga interpretasi molekuler yang solid
kemudian dapat ditempatkan pada banjir data bioinformatik, microarray dan proteomik
saat ini, yang ditujukan untuk menjelaskan peraturan jaringan bergantung pada beberapa
ratus miRNA yang ada pada vertebrata. Terlepas dari analisis genetik D. melano gaster
dan C. elegans, pengejaran lebih lanjut tentang protein mana yang berinteraksi dengan
AGO dan, khususnya, dengan GW182, tampaknya merupakan cara yang paling
menjanjikan ke depan, ditambah dengan tes fungsi tertambat (FIG.5c). Pendekatan yang
sama juga tampaknya menjadi yang terbaik untuk mendapatkan wawasan lebih jauh ke
dalam mekanisme pengaturan oleh interaksi protein-3′ UTR. Selain itu, interferensi RNA
dan pendekatan antisense untuk merobohkan protein spesifik tidak diragukan lagi akan
memiliki peran yang semakin penting dalam penelitian tentang topik ini.
● Kesenjangan terbesar dalam pengetahuan tetap menjadi mekanisme pengaturan mRNA
TOP vertebrata, yang tidak dapat ditawarkan oleh genetika eukariota yang lebih rendah.
Topik ini mungkin terbukti sangat sulit karena kami belum sepenuhnya memahami
bagaimana dampak jalur pensinyalan PI3K pada terjemahan. Alasan lain mungkin karena
pengaturan kelompok mRNA ini sangat penting sehingga ada banyak jalur yang tumpang
tindih, sebagian redundan sebagai jenis mekanisme pengaman-gagal.
NAMA: Tessalonica
Christianty KELAS: Biologi
B 2020
NIM: 1308620066

TUGAS RESUME
BIOMOL

The mechanism of eukaryotic translation initiation and principles of its regulation

(Mekanisme eukariotik inisiasi terjemahan dan prinsip-prinsip dari regulasinya)

ABSTRAK
Sintesis protein pada prinsipnya diatur pada tahap inisiasi (bukan selama pemanjangan atau
terminasi), memungkinkan kontrol ekspresi gen yang cepat, reversibel, dan spasial. Kemajuan
selama beberapa tahun terakhir dalam menentukan struktur dan aktivitas faktor inisiasi, dan dalam
memetakan interaksinya dalam kompleks inisiasi ribosom, telah meningkatkan pemahaman kita
tentang proses inisiasi translasi kompleks. Perkembangan ini telah memberikan dasar yang kuat
untuk mempelajari regulasi inisiasi translasi dengan mekanisme yang mencakup modulasi aktivitas
faktor inisiasi (yang memengaruhi hampir semua inisiasi yang bergantung pada pemindaian) dan
melalui protein pengikat RNA spesifik dan mikroRNA (yang memengaruhi mRNA individu ).

Inisiasi translasi adalah proses perakitan ribosom 80S yang kompeten dalam pemanjangan, di
mana kodon inisiasi dipasangkan dengan loop antikodon dari tRNA inisiator (Met-tRNAMeti) di
ribosomal P-site1. Ini membutuhkan setidaknya sembilan faktor inisiasi eukariotik (eIFs; TABEL
1) dan terdiri dari dua langkah:
1. pembentukan kompleks inisiasi 48S dengan pemasangan basa kodon-antikodon di situs P
dari subunit ribo somal 40S, dan penggabungan kompleks 48S dengan subunit 60S. Pada
sebagian besar mRNA, kompleks 48S terbentuk melalui mekanisme 'pemindaian', di mana
kompleks prainisiasi 43S (terdiri dari subunit 40S, kompleks terner eIF2–GTP–Met-
tRNAMeti (eIF2 TC), eIF3, eIF1, eIF1A, dan mungkin eIF5) menempel ke daerah 5'
proksimal mRNA yang tertutup dalam langkah yang melibatkan pelepasan struktur
sekunder terminal 5' mRNA oleh eIF4A, eIF4B dan eIF4F.

2. Kompleks 43S kemudian memindai wilayah 5′ yang tidak diterjemahkan (5′ UTR) dalam
arah 5′ ke 3′ menuju kodon inisiasi (Gbr.1). Setelah pengenalan kodon awal dan
pembentukan kompleks 48S, eIF5 dan eIF5B mempromosikan hidrolisis GTP yang terikat
eIF2, perpindahan eIF dan bergabungnya subunit 60S. Meskipun sebagian besar mRNA
menggunakan mekanisme pemindaian, inisiasi pada beberapa mRNA dimediasi oleh situs
entri ribosom internal (IRESs; BOX1).

Pembentukan kompleks prainisiasi 43S. Inisiasi terjemahan membutuhkan kumpulan sub unit
ribosom yang terpisah. Terjemahan adalah proses siklus, dan subunit ribosom yang berpartisipasi
dalam inisiasi berasal dari daur ulang kompleks ribosom pasca-terminasi (pasca-TC), yang terdiri
dari ribosom 80S yang masih terikat pada mRNA, tRNA deasilasi situs-P dan setidaknya satu
faktor pelepasan, faktor pelepasan eukariotik 1 (eRF1). Pasca-TC didaur ulang dengan melepaskan
ligan ini dan memisahkan ribosom menjadi subunit. Pada gratis rendah (nukleotida-tidak terikat)
Konsentrasi Mg2+ (1 mM), daur ulang dapat dimediasi oleh eIFs2. eIF3, bekerja sama dengan
subunit eIF3j yang terkait secara longgar, eIF1 dan eIF1A, memisahkan pasca-TC menjadi subunit
60S gratis dan subunit 40S yang terikat mRNA dan tRNA. Selanjutnya, eIF1 mempromosikan
pelepasan tRNA, setelah itu eIF3j, yang mengikat subunit 40S dengan kooperatifitas negatif dengan
mRNA3,4, memediasi disosiasi mRNA. eIF3, dan mungkin eIF1 dan eIF1A, tetap terkait dengan
subunit 40S daur ulang, mencegah asosiasi ulang mereka dengan subunit 60S.
 TERMINASI

Proses terminasi antara eukariot dan prokariot agaknya tidak jauh berbeda, biasanya terminasi
terbagi menjadi 2 fase
1. Cleavage of the growing chain (belahan belahan rantai)
2. Recycling factor/ribosom (pelepasan atau daur ulang)

Jadi diatas adalah fase untuk penghentian dalam proses terjemhana eukariotik, pertama aka nada
terjadinya proses pembelahan. Pertama pada tiap stage berbeda terdapat ribosom dan memiliki
tiga situs berbeda (E, P, A) dan yang telah kita ketahui bahwa kita memiliki RNA yang ada tRNA
dan dilampirkan dengan urutan asam amino yang berbeda.

Ini merupakan rantai polipetida yang tumbuh, jadi yang perlu kita lakukan Ketika kita mencapai
stop kodon, adalah untuk menghidrolisis rantai asam amino.
Kedua adalah stage pelepasan atau daur ulang semua faktor karena tidak hanya subunit 40-an dan
60-an namun juga ada RNA yang perlu dihapuskan, juga subunit yang perlu dihapus satu sama
lain, serta menghapus semua faktor-faktor terminasi (pemanjangan).

Dapat dilihat pada gambar bagaimana ikatan peptide dibelah, kemudia setelah mencapai stop kodon
perlu diingat bahwa contoh: AG adalah stop kodon jadi setelah mencapai stop kodon, apa yang
akan terjadi pada faktor yang disebur dengan faktor pelepasan yang diperlukan untuk fase terminasi
adalah pelepasan faktor 3 dan faktor 1, yang akan dibawa oleh 2 faktor pelepasan tersebut dan
faktor 1 adalah GT. Jadi faktor 3 hanyalah pembawa yang akan membawa faktpr pelepasan 1 yang
merupakan GTPs ke tempatnya alhi-alih membawa tRNA lain, mereka hanya akan membawa diri
mereka sendiri.
Begitu mereka membawa diri mereka sendiri pada rel, kemudahan faktor 1 dan 3 mereka
membantu fktor 1 yang akan menghidrolisis GTP ini menjadi PDB, ia juga menyediakan energi,
dengan bantuan energi ini ia benar-benar memecah rantai polipeptida seperti gunting pada gambar:

Jadi setelah membawa mereka maka GTP terhidrolisis, jadi untuk membawa fktor pelepasan 1 kita
membuthkan fktr pelepasanC atau GTP di tempat, jadi begitu mereka membawanya, mnereka
membutuhkan energi GTP terhidrolisis PDB, lalu mereka membutuhkan energi lebih dan
keberadaan
molekul untuk menghdidrolisis ikatan peptide dengan benar, hingga faktor GTP tersebut
berdisosiasi, namun mereka memiliki faktor lain yaitu ATP dangan r li 1 yang merupakan
faktor spesifik.
Pada proses terjemahan eukariotik membutuhkan lebih banyak energi untuk memproses,
seperti GTPs protein, lebih banyak ATP agar proses terjadi atau berlangusng dengan benar.

Kompleks terner Met-tRNAMeti menempel pada daerah proksimal 5′ mRNA yang tertutup
dalam langkah yang melibatkan pelepasan struktur sekunder terminal 5′ mRNA oleh eIF4A,
eIF4B, dan eIF4F. Arah ke kodon inisiasi. GTP, perpindahan eIF dan bergabungnya Meskipun
sebagian besar mRNA menggunakan mekanisme pemindaian, inisiasi pada beberapa mRNA
dimediasi oleh tempat masuk ribosom internal. Di sini, kami meringkas keadaan pengetahuan
terkini tentang mekanisme inisiasi penerjemahan pada vertebrata dan membahas prinsip-prinsip
yang mendasari pengaturannya.

Mekanisme inisiasi bergantung akhir 5′

Mekanisme kanonik inisiasi translasi dapat dibagi menjadi beberapa tahap, seperti dijelaskan di
bawah ini. Inisiasi terjemahan membutuhkan kumpulan subunit ribosom yang terpisah.
Translasi adala proses siklus, dan subunit ribosom yang berpartisipasi dalam inisiasi berasal
dari daur ulang komplek ribosom pasca-terminasi, yang terdiri dari ribosom 80S yang masih
terikat pada mRNA, tRNA deasilasi situs- dan setidaknya satu faktor pelepasan, faktor
pelepasan eukariotik 1. Selanjutnya, eIF1 mempromosikan pelepasan tRNA, setelah itu eIF3j,
yang mengikat subunit 40S dengan kooperatifitas negatif dengan mRNA3,4, memediasi
disosiasi mRNA.

Situs masuk ribosom internal

5′ ujung mRNA dengan merekrut ribosom langsung ke posisi internal pada mRNA. ABCE1
membagi post-TC menjadi subunit 60S gratis dan subunit 40S yang terikat tRNA dan mRNA,
dan rilis berikutnya tRNA dan mRNA situs-P dari subunit 40S ini juga memerlukan eIF3, eIF1,
dan eIF1A. Dengan demikian, eIF3, eIF1 dan eIF1A direkrut ke subunit 40S selama daur
ulang, sedangkan eIF2–GTP–Met-tRNAMeti kemudian menempel pada subunit 40S daur
ulang, terikat secara bersamaan ke eIF3, eIF1 dan eIF1A, untuk membentuk kompleks 43S.
Dua paralog, yang dikodekan oleh gen yang berbeda, secara fungsional serupa tetapi
menunjukkan beberapa selektivitas terhadap mRNA yang berbeda.
DEAD-box RNA helicase Subunit 40S terdiri dari kepala, platform, dan badan, dengan saluran
pengikat mRNA yang melingkari lehernya. Sebagian besar molekul eIF3 bercuping lima
berikatan dengan sisi
subunit 40S yang menghadap ke pelarut 8 , sedangkan domain terminal karboksi eIF3j.

terlokalisasi di saluran pengikat mRNA, di area A-site di sisi intersubunit4. GTP–Met-

tRNAMeti pada subunit 40S belum ditentukan. domain terstruktur eIF1A berada di situs-A,
membentuk jembatan di atas saluran mRNA, sedangkan ekor terminal-N dan C-nya meluas ke
situs-P13 . Yang penting, pengikatan subunit eIF1 dan eIF1A ke 40S menginduksi perubahan
konformasi14, yang melibatkan pembukaan 'kait' saluran masuk mRNA yang dibentuk oleh
heliks 18 dan pembentukan koneksi kepala-badan baru di sisi pelarut antara h16 dan rpS3.
Lampiran kompleks 43S ke mRNA. Meskipun kompleks 43S secara intrinsik mampu
memasang 5′ end-dependent attachment pada mRNA model dengan 5′ UTRs15 yang
sepenuhnya tidak terstruktur, 5′ UTR alami memiliki struktur sekunder yang cukup untuk
memuat kompleks 43S ke dalamnya untuk memerlukan aksi kooperatif eIF4F dan eIF4B atau
eIF4H, yang mengendurkan 5' cap-proximal region mRNA untuk menyiapkannya untuk
perlekatan ribosom. eIF4F terdiri dari protein pengikat tutup eIF4E, Topologi kompleks
eIF4A–eIF4G–eIF4H menunjukkan bahwa eIF4H mengikat mRNA beruntai tunggal di
belakang eIF4A, menunjukkan bahwa eIF4H dapat merangsang aktivitas helikase eIF4A
dengan mencegah anil ulang mRNA da n mempromosikan proses searah eIF4A gerakan22.
Seperti yang disarankan 22, karena prosesivitas kompleks eIF4F-eIF4B yang tinggi, namun
tetap terbatas, eIF4A akhirnya berdisosiasi dari mRNA
tetapi, ditambatkan ke ujung 5′ oleh interaksi eIF4E-cap, kompleks ini melanjutkan siklus
pelepasan lainnya, dengan demikian menjaga daerah 5′ proksimal secara konstan disiapkan
untuk perlekatan ribosom yang mungkin difasilitasi oleh interaksi eIF3-eIF4G 23. Dengan
demikian, perekrutan kompleks 43S pada akhirnya dicapai oleh rantai interaksi cap-eIF4E-
eIF4G-eIF3-40S. Terlepas dari kemajuan ini, posisi eIF4E dalam kompleks ribosom dan aspek
mekanistik tentang bagaimana mRNA memasuki saluran pengikat mRNA masih belum
diketahui.

Jika interaksi cap-eIF4E tetap ada selama lampiran, mRNA yang terikat eIF4E tidak
mungkin dapat di-thread melalui seluruh saluran pengikat mRNA, dan pemuatan kompleks 43S
oleh karena itu akan lebih kompatibel dengan pemosisian langsung eIF4E-cap di saluran E -sisi
situs. Pemindaian ribosom mRNA 5 ′ UTR. Setelah lampiran, kompleks 43S memindai mRNA
di bagian hilir tutup ke kodon inisiasi. Kelalaian eIF1A secara substansial mengurangi
kemampuan ini dan kurangnya eIF1 hampir membatalkannya 15, menunjukkan bahwa
pergerakan kompleks 43S memerlukan
konformasi kompeten pemindaian yang diinduksi oleh eIF1 dan eIF1A14.