CRITICAL JURNAL REVIEW

FISIKA DASAR
(TERMODINAMIKA)

Dosen Pengampu:
Eviyona Laurenta Br Barus, S.Pd.,M.Sc.
Disusun Oleh:
Lia Kristiani Manihuruk (4223121005)
PSPF 22D

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM

UNIVERSITAS NEGERI MEDAN

2023
 KATA PENGANTAR

Puji syukur kehadirat Tuhan yang Maha Esa, karena atas rahmat serta karunia-Nya,
sehingga penulis mampu menyelesaikan tugas Critical Jurnal Review ini. Tugas ini dibuat
semestinya untuk memenuhi salah satu tugas dari mata kuliah Fisika Dasar yang diampu oleh
ibu Eviyona Laurenta Br Barus, S.Pd, M.Sc.

Critical Jurnal Review ini disusun dengan harapan dapat menambah pengetahuan
serta wawasan dalam berfikir maupun memahami pembelajaran Fisika Dasar bagi para
pembacanya dan mampu memenuhi salah satu tugas pada Mata Kuliah Fisika Dasar.

Saya menyadari bahwa tugas Critical Jurnal Review ini masih jauh dari kata
sempurna, jika di dalam tugas ini terdapat banyak kekurangan maupun kesalahan dalam
penulisan saya mohon maaf. Karena itu saya sangat menerima kritik dan saran dari para
pembaca yang sifatnya membangun guna menyempurnakan tugas ini. Atas perhatiannnya
saya ucapkan terima kasih.

Penyusun

Lia Kristiani Manihuruk

i
 DAFTAR ISI

KATA PENGANTAR ................................................................................................................ i

BAB I ......................................................................................................................................... 1
PENDAHULUAN ..................................................................................................................... 1
A. LATAR BELAKANG PENULISAN ............................................................................. 1
B. RUMUSAN MASALAH ................................................................................................ 1
C. TUJUAN PENULISAN .................................................................................................. 2
D. IDENTITAS JURNAL ................................................................................................... 2
BAB II........................................................................................................................................ 3
PEMBAHASAN ........................................................................................................................ 3
A. RINGKASAN JURNAL................................................................................................. 3
B. PEMBAHASAN ............................................................................................................. 3
C. KELEBIHAN DAN KEKURANGAN JURNAL .......................................................... 4
1. KELEBIHAN JURNAL.............................................................................................. 4
2. KEKURANGAN JURNAL ........................................................................................ 4
BAB III ...................................................................................................................................... 5
PENUTUP.................................................................................................................................. 5
A. KESIMPULAN ............................................................................................................... 5
B. SARAN ........................................................................................................................... 5
DAFTAR PUSTAKA ................................................................................................................ 6

ii
 BAB I

PENDAHULUAN

A. LATAR BELAKANG PENULISAN

Ilmu termodinamika membahas tentang hubungan antara panas dan energi dalam sistem
fisika dan kimia, sehingga ilmu termodinamika dapat diaplikasikan pada berbagai aspek
kehidupan seperti pada pembangkitan listrik, industri farmasi, dan industri kimia.

Sejarah termodinamika dimulai pada abad ke-19 ketika para ahli fisika seperti Nicolas
Carnot, James Joule, dan Hermann von Helmholtz memulai studi tentang energi panas dan
hubungannya dengan kerja. Pada saat itu, energi panas dan energi mekanik dipandang
sebagai hal yang berbeda dan tidak saling berkaitan. Namun, melalui penelitian dan
percobaan, mereka menemukan bahwa energi panas dapat diubah menjadi energi mekanik
dan sebaliknya.

Dalam perkembangannya, termodinamika menjadi ilmu yang semakin kompleks dan

mencakup berbagai aspek seperti termodinamika klasik, termodinamika statistik,
termodinamika non-equlibrium, dan termodinamika kuantum. Seiring dengan semakin
luasnya bidang termodinamika, ilmu ini pun semakin banyak memberikan manfaat pada
kehidupan manusia.

Contoh penerapan termodinamika pada kehidupan sehari-hari adalah pada penggunaan

sistem pendingin dan pemanas di rumah atau gedung. Sistem pendingin dan pemanas
menggunakan prinsip termodinamika untuk mengatur suhu dan udara dalam ruangan
sehingga lebih nyaman untuk dihuni. Selain itu, termodinamika juga digunakan dalam
perancangan dan peningkatan efisiensi mesin-mesin industri seperti pada pembangkit listrik
dan mesin-mesin transportasi seperti mobil, pesawat, dan kapal.

Oleh karena itu, pemahaman tentang termodinamika menjadi sangat penting bagi para
insinyur dan ahli teknik yang bekerja di berbagai bidang industri. Penerapan prinsip-prinsip
termodinamika dapat membantu dalam meningkatkan efisiensi dan kinerja sistem serta
mengurangi dampak negatif terhadap lingkungan. Selain itu, pemahaman tentang
termodinamika juga penting bagi para ilmuwan dan peneliti dalam memahami sifat dan
perilaku material di berbagai kondisi tekanan dan suhu yang berbeda.

B. RUMUSAN MASALAH

1. Bagaimana memahami sifat-sifat termal material?

2. Bagaimana mengukur dan mengontrol energi dalam suatu sistem?
3. Bagaimana merancang dan meningkatkan efisiensi mesin termal?
4. Bagaimana mengembangkan sistem pendingin dan pemanas yang efisien?

1
C. TUJUAN PENULISAN

1. Mencari dan mengetahui informasi mengenai isi jurnal.

2. Mengulas dan memahami isi jurnal.
3. Untuk menambah wawasan mengenai materi Termodinamika.
4. Melatih diri untuk berfikir kritis dan mencari informasi dari sebuah jurnal.

D. IDENTITAS JURNAL

Judul Jurnal : Editorial: Mechanisms, thermodynamics and kinetics of ligand binding

revealed from molecular simulations and machine learning

Nama Jurnal : Frontiers in Molecular Biosciences

Nama Penulis : Yinglong Miaol, Chia-En A. Chang2, Weiliang Zhu3 and J. Andrew
McCammon

Tahun Terbit : 2023

Volume : 10

Nomor :1

DOI : 10.3389/fmolb.2023.1139471

Halaman : 1- 3

2
 BAB II

PEMBAHASAN
A. RINGKASAN JURNAL

Pengikatan ligand memainkan peran penting dalam sinyal seluler. Pemahaman rinci
tentang mekanisme, struktur, termodinamika, dan kinetika pengikatan ligand sangat penting
dalam penemuan obat di industri farmasi dan akademisi (Baron dan McCammon, 2013;
Peng et al., 2019). Meskipun begitu, tugas-tugas seperti itu masih sulit dalam kimia
komputasional dan biofisika. Docking molekuler telah terbukti berguna dalam skrining
virtual cepat senyawa kecil untuk penemuan obat, meskipun sering sulit untuk sepenuhnya
menggabungkan fleksibilitas reseptor ke dalam perhitungan docking. Perkembangan terbaru
dalam perangkat keras komputasi dan algoritma simulasi telah memungkinkan simulasi
dinamika molekuler (MD) untuk menangkap proses pengikatan dan disosiasi ligand yang
dinamis.

Simulasi ini kemudian dapat dianalisis untuk menghitung energi bebas termodinamika
dan laju kinetik pengikatan ligand (Pang dan Zhou, 2017; Tang et al., 2017; Nunes-Alves et
al., 2020; Wang et al., 2022). Selain itu, simulasi dinamika Brownian sangat efisien dalam
menghasilkan sejumlah besar jalur pengikatan ligand dan memperkirakan laju kinetik
pengikatan (Huber dan McCammon, 2019; Muñiz-Chicharro et al., 2022). Akhirnya, teknik
pembelajaran mesin yang muncul telah sangat meningkatkan simulasi molekuler dan
memfasilitasi analisis dari jalur simulasi (Glielmo et al., 2021). Topik Penelitian ini
difokuskan pada studi tentang jalur, mekanisme, energi bebas, dan kinetika pengikatan
ligand pada reseptor target.

Xue et al. telah melakukan simulasi dinamika molekular pada reseptor glukokortikoid
(GR) yang diikat dengan ko-faktor TIF2 dan lima agonis yang berbeda. Mereka menemukan
mekanisme komunikasi antara kantong pengikat ligand dan kantong pengikat ko-faktor, dan
mengidentifikasi sepasang residu penting (D590 dan T739) dalam jalur komunikasi
alosterik, yang dapat berguna untuk penemuan obat yang ditargetkan pada GR. Shen et al.
telah memeriksa 130 struktur kompleks RORγ dengan agonis dan antagonis terbalik yang
berbeda.

Mengidentifikasi perubahan spesifik dalam interaksi kontak untuk membedakan

konformasi aktif dan tidak aktif, dan mengamati mode penting untuk memisahkan
pengikatan alosterik vs pengikatan kanonik dan struktur aktif vs tidak aktif. Simulasi dan
analisis mereka juga telah mengungkap beberapa kontak penting dengan aktivitas konstitutif
RORγ. Huang et al. telah membangun struktur 3D yang paling mungkin dari domain
alfa/beta hidrolase yang mengandung 5 (ABHD5) dan kompleks ABHD5-ligand dengan
menggabungkan berbagai metode komputasi dan eksperimental.

B. PEMBAHASAN

3
 Jurnal yang berjudul "Editorial: Mechanisms, thermodynamics and kinetics of ligand
binding revealed from molecular simulations and machine learning" membahas tentang
peran penting dari ligand binding dalam sinyal seluler dan pembuatan obat. Namun,
pemahaman yang mendalam tentang mekanisme, struktur, termodinamika, dan kinetika dari
ligand binding masih menjadi tantangan di bidang kimia dan biofisika komputasi.

Molecular docking telah terbukti berguna dalam skrining virtual cepat dari molekul-
molekul kecil untuk penemuan obat, meskipun seringkali sulit untuk sepenuhnya
menggabungkan fleksibilitas reseptor ke dalam perhitungan docking. Namun, perkembangan
terbaru di hardware komputasi dan algoritma simulasi telah memungkinkan simulasi
dinamika molekuler (MD) untuk menangkap proses ikatan dan disosiasi ligand yang
dinamis. Simulasi ini kemudian dapat dianalisis untuk menghitung kedua energi bebas
termodinamika dan laju kinetik ligand binding. Selain itu, simulasi dinamika Brownian telah
sangat efisien dalam menghasilkan sejumlah besar jalur ikatan ligand dan memperkirakan
laju kinetik ikatan.

Teknik pembelajaran mesin yang baru muncul telah sangat meningkatkan simulasi
molekuler dan memfasilitasi analisis dari jalur simulasi. Research topic pada jurnal ini
difokuskan pada studi jalur, mekanisme, energi bebas dan kinetika ligand binding ke reseptor
target. Beberapa teknik yang digunakan untuk mengatasi masalah ini termasuk molekul
docking, MD, Brownian dynamics, dan pendekatan pembelajaran mesin.

C. KELEBIHAN DAN KEKURANGAN JURNAL

1. KELEBIHAN JURNAL
Kelebihan dari jurnal ini adalah:

 Memberikan wawasan tentang kemajuan terbaru dalam simulasi molekuler dan

pembelajaran mesin yang memfasilitasi analisis jalur simulasi.
 Menyediakan berbagai teknik yang dapat digunakan untuk memecahkan masalah
ikatan ligand dengan reseptor target, termasuk pengamatan jalur, mekanisme,
energi bebas, dan kinetika.
 Memperlihatkan penggunaan simulasi dinamika molekuler yang efektif dalam
menghasilkan banyak lintasan ikatan ligand dan memperkirakan laju kinetik
ikatan.

2. KEKURANGAN JURNAL
Kekurangan dari jurnal ini adalah:

 Tidak menunjukkan penggunaan teknik baru yang signifikan dalam penemuan

obat.
 Tidak membahas penggunaan simulasi molekuler dalam aplikasi lain seperti
dalam sistem penghantaran obat.

4
 BAB III

PENUTUP
A. KESIMPULAN

Termodinamika adalah cabang ilmu fisika dan kimia yang sangat luas dan penting untuk
dipahami. Ilmu ini membahas tentang hubungan antara panas dan energi dalam sistem fisika
dan kimia serta dapat diaplikasikan pada berbagai aspek kehidupan seperti pada
pembangkitan listrik, industri farmasi, dan industri kimia. Termodinamika telah menjadi
dasar dalam pengembangan teknologi dan aplikasi di berbagai industri.

Dalam perkembangannya, termodinamika menjadi ilmu yang semakin kompleks dan

mencakup berbagai aspek seperti termodinamika klasik, termodinamika statistik,
termodinamika non-equlibrium, dan termodinamika kuantum. Penerapan prinsip-prinsip
termodinamika dapat membantu dalam meningkatkan efisiensi dan kinerja sistem serta
mengurangi dampak negatif terhadap lingkungan.

B. SARAN

Secara keseluruhan, jurnal ini memberikan kontribusi penting untuk pengembangan ilmu
kimia komputasi dan biofisika terutama dalam bidang penemuan obat melalui simulasi
molekuler dan pembelajaran mesin. Namun, tetap ada kelemahan dalam aplikasinya dalam
penemuan obat baru dan belum membahas penggunaannya dalam aplikasi lain di luar sistem
penghantaran obat.

5
 DAFTAR PUSTAKA

Miaol, dkk. (2023). Editorial: Mechanisms, thermodynamics and kinetics of ligand binding
revealed from molecular simulations and machine learning. Frontiers in Molecular
Biosciences, 10(1), 1- 3, 10.3389/fmolb.2023.1139471.