TUGAS RESUME BIOTEKNOLOGI LAUT

METODE CRISPR-CAS-9 PADA PENYAKIT WHITE SPOT

SYNDROME VIRUSES (WSSV) PADA UDANG VANNAMEI
(Litopenaeus vannamei)

Dosen Pengampu :
Prof. Dr. Ir. Diah Permata Wijayanti, M. Sc.
NIP. 196901161993032001

Disusun Oleh :
Arshy Paramita
26040121130079
Ilmu Kelautan B

DEPARTEMEN ILMU KELAUTAN

FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN
UNIVERSITAS DIPONEGORO
SEMARANG
2023
 PENDAHULUAN

Metode CRISPR-Cas9 merupakan suatu metode pengeditan genom yang efektif,

efisien, dan akurat di semua sel hidup dan dimanfaatkan di banyak disiplin ilmu. CRISPR
merupakan singkatan dari Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeat
merupakan susunan DNA bakteri yang repetitif dan Cas-9 merupakan protein yang berfungsi
sebagai gunting molekuler. Dua komponen penting dalam sistem CRISPR-Cas9 adalah RNA
panduan (gRNA) dan protein Cas-9. Mekanisme pengeditan genom CRISPR-Cas9 terdiri dari
tiga langkah, yaitu pengenalan, pemotongan, dan perbaikan. Guide RNA (gRNA) dirancang
untuk mengenali urutan target pada gen yang ingin diedit melalui pasangan basa
komplementer. Protein Cas-9 kemudian memotong untai gantai DNA pada situs 3 basa
pasangan hulu dari motif protospacer yang berdekatan (PAM). Pemotongan DNA kemudian
diperbaiki oleh mekanisme seluler non-homolog end joining (NHEJ) atau homology-directed
repair (HDR) (Asmamaw et al., 2021).
Metode CRISPR-Cas9 memiliki banyak aplikasi di bidang kedokteran, pertanian, dan
bioteknologi. Di bidang kedokteran, metode ini sedang diteliti untuk kanker, HIV, dan terapi
gen seperti penyakit sel sabit, fibrosis kistik, dan distrofi otot Duchenne. Di bidang pertanian,
metode ini dapat membantu merancang biji-bijian baru untuk meningkatkan nilai gizi.
Teknologi ini juga dapat digunakan untuk mengatur ekspresi gen tertentu melalui modifikasi
lanjutan protein Cas-9. Namun, imunogenisitas, sistem pengantaran yang efektif, efek
samping, dan isu etis menjadi hambatan utama untuk memperluas teknologi ini dalam
aplikasi klinis. Meskipun CRISPR-Cas9 menjadi era baru dalam biologi molekuler dan
memiliki peran tak terhitung mulai dari penelitian molekuler dasar hingga aplikasi klinis,
masih ada tantangan untuk menerapkannya dalam praktik dan berbagai perbaikan diperlukan
untuk mengatasi kendala (Horodecka dan Duchler, 2021).
 ISI

Udang vannamei (Litopenaeus vannamei) merupakan salah satu jenis udang yang
banyak dibudidayakandi Indonesia. Udang vannamei (L. vannamei) mendominasi usaha
pertambakan di Indonesia yang sebelumnya di dominasi oleh udang windu (Penaeus
monodon). Namun pada beberapa tahun terakhir seperti halnya pada udang windu, penyakit
yang disebabkan oleh virus White Spot Syndrome Virus (WSSV) juga merupakan masalah
utama pada budidaya udang vannamei. WSSV adalah salah satu penyakit yang telah
merambah secara global dan menjadi masalah serius pada sebagian besar spesies udang yang
dibudidayakan secara komersil. Hal ini juga dijelaskan oleh Yanti et al. (2017), bahwa
WSSV merupakan virus DNA dengan bentuk seperti batang yang menyelubung dan nampak
berpori. Udang yang terinfeksi WSSV akan mengalami kematian mencapai 100 % sehingga
akan merugikan pembudidaya udang secara ekonomis dan akan berdampak negatif terhadap
masyarakat yang mengkonsumsi udang, yaitu mual, sakit perut. Penyebab penyakit WSSV
adalah virus SEMBV (Systemic Ectodermal and Mesodermal Baculo Virus). Virus ini
merupakan virus berbahan genetik DNA (Dioxyribonucleic Acid), berbentuk batang
(Baciliform). Organ yang terinfeksi virus yaitu kaki renang, kaki jalan, insang, lambung, otot
abdomen, gonad, intestinum, karapas, jantung sehingga menimbulkan infeksi yang sistematik
atau menyeluruh. Faktor pemicu timbulnya penyakit WSSV ini yaitu blooming fitoplankton
kemudian mengalami kematian secara mendadak, kadar oksigen rendah, terjadi fluktuasi pH
harian yang besar, rendahnya temperatur air, turun hujan secara mendadak dan pengelolaan
yang kurang.
Penerapan metode CRISPR-Cas9 pada organisme hidup tidak banyak memiliki
perbedaan satu sama lain. Cara kerja atau tahapan pengeditan genetik pada DNA
menggunakan metode CRISPR-Cas9 yang dijelaskan oleh Asmamaw et al., (2021) adalah
sebagai berikut:
1) Protein Cas9 dipasangkan dengan RNA pemandu (gRNA) yang membawa informasi
tentang urutan DNA yang menjadi target. gRNA dapat dibuat secara artifisial untuk
menargetkan bagian DNA tertentu.
2) Kompleks Cas9-gRNA mencari dan mengikat urutan DNA target yang sesuai dengan
gRNA. Urutan DNA target harus memiliki motif protospacer yang berdekatan (PAM)
di sebelahnya, yaitu urutan DNA pendek yang spesifik untuk setiap jenis Cas9.
3) Protein Cas9 memotong kedua untai DNA target pada situs 3 basa pasangan hulu dari
PAM. Pemotongan DNA ini menghasilkan ujung tumpul atau ujung bergerigi
tergantung pada varian Cas9 yang digunakan.
4) DNA yang dipotong dapat dimodifikasi dengan dua cara: Non-Homolog End Joining
(NHEJ) atau Homology-Directed Repair (HDR). NHEJ adalah mekanisme perbaikan
seluler yang menyambungkan kembali ujung-ujung DNA yang terputus secara acak,
sehingga dapat menyebabkan mutasi penghapusan atau penyisipan pada situs target.
HDR adalah mekanisme perbaikan seluler yang menggunakan templat DNA homolog
untuk memperbaiki DNA yang terputus secara akurat, sehingga dapat digunakan
untuk menyisipkan atau mengganti gen tertentu pada situs target.
 PENUTUP

Pemanfaatan teknologi CRISPR-Cas9 untuk mengubah ekspresi gen-gen tertentu

yang berhubungan dengan pertumbuhan, diferensiasi, dan apoptosis sel udang. Hal ini dapat
mempengaruhi replikasi dan penyebaran WSSV di dalam tubuh udang.
 DAFTAR PUSTAKA

Asmamaw, M., Mengstie and B. Z. Wondimu. 2021. Mechanism and Applications of

CRISPR/Cas-9-Mediated Genome Editing. Biologics: Targets and Therapy., 15:
353-361.
Horodecka, K. and M. Duchler. 2021. CRISPR/Cas9: Principle, Applications, and Delivery
through Extracellular Vesicles. International Journal of Molecular Science., 22: 1-
25.
Yanti, M. E. G., N. E. Herliany, B. F. Negara, dan M. A. F. Utami. 2017. Deteksi Molekule
White Spot Syndrome Virus (WSSF) pada Udang Vaname (Litopenaeus
vannamei) di PT. Hasfam Inti Sentosa.