Jenis Dan Fungsi Cyp450 Id

Subscribe to DeepL Pro to translate larger documents.
Visit www.DeepL.com/pro for more information.

Naskah Penulis
Akses Publik HHS

Naskah penulis
Trends Pharmacol Sci. Naskah penulis; tersedia di PMC 2017 Agustus 01.
Diterbitkan dalam bentuk akhir yang telah diedit sebagai:
Trends Pharmacol Sci. 2016 Agustus; 37(8): 625–640. doi:10.1016/j.tips.2016.05.006.
Wawasan Struktural Terbaru tentang Fungsi Sitokrom P450

F. Peter Guengerich, Michael R. Waterman, dan Martin Egli
Departemen Biokimia, Fakultas Kedokteran Universitas Vanderbilt, Nashville, TN 37232-0146 AS
Naskah Penulis
Abstrak
Enzim sitokrom P450 (P450) penting dalam metabolisme obat-obatan, steroid, vitamin yang larut
dalam lemak, karsinogen, pestisida, dan banyak jenis bahan kimia lainnya. Aktivitas katalitiknya
merupakan masalah penting dalam berbagai bidang seperti interaksi obat-obat dan fungsi
endokrin. Selama 30 tahun terakhir, struktur P450 telah sangat membantu dalam memahami
fungsi, terutama struktur P450 mamalia yang tersedia dalam 15 tahun terakhir. Kami meninjau
aktivitas terbaru di bidang ini, dengan fokus pada dua tahun terakhir (2014-2015). Pekerjaan
struktural dengan P450 mikroba mencakup studi yang berkaitan dengan biosintesis produk alami
dan penggunaan struktur P450 parasit dan jamur sebagai target penemuan obat. Studi tentang
P450 mamalia meliputi pemanfaatan informasi tentang P450 'pemetabolisme obat' untuk
meningkatkan pengembangan obat dan juga untuk memahami dasar molekuler disfungsi endokrin.
Naskah Penulis
Kata kunci
sitokrom P450; metabolisme obat; metabolisme steroid; penemuan antibiotik; biosintesis produk alami
Pentingnya Enzim Sitokrom P450

Enzim sitokrom P450 (P450, CYP) ditemukan pada awal tahun 1960-an [1]. Mereka terlibat
dalam sejumlah reaksi yang terlibat dalam metabolisme obat-obatan, steroid, dan
karsinogen, yang telah dibuktikan [2-4]. Ketertarikan pada bidang-bidang ini terus
mendorong penelitian di bidang P450, dan sekarang diketahui bahwa enzim P450 terlibat
dalam oksidasi / reduksi 95% dari semua bahan kimia organik yang reaksi-reaksinya telah
Naskah Penulis
diketahui [5]. Karena itu, repertoar bidang di mana P450 menjadi perhatian telah diperluas
untuk mencakup bioremediasi, pertanian, bakteriologi, dan pengembangan obat.
Alamatkan korespondensi kepada: F. Peter Guengerich, Departemen Biokimia, Fakultas Kedokteran Universitas Vanderbilt, 638B
Robinson Research Building, 2200 Pierce Avenue, Nashville, Tennessee 37232-0146 AS, Telp: 1 (615) 322-2261, FAX: 1 (615)
343-0704, f.guengerich@vanderbilt.edu ATAU Prof. Martin Egli, Departemen Biokimia, Fakultas Kedokteran Universitas
Vanderbilt, Gedung Penelitian Robinson 836A, 2200 Pierce Avenue, Nashville, Tennessee 37232-0146 A.S.A., Tlp: 1 (615) 343-
8070, FAKS: 1 (615) 322-7122, martin.egli@vanderbilt.edu.
Penafian Penerbit: Ini adalah file PDF dari naskah yang belum diedit dan telah diterima untuk dipublikasikan. Sebagai layanan
kepada pelanggan kami, kami menyediakan naskah versi awal ini. Naskah ini akan melalui proses p e n y u n t i n g a n , penyusunan
huruf, dan peninjauan ulang sebelum diterbitkan dalam bentuk final. Harap dicatat bahwa selama proses produksi, kesalahan dapat
ditemukan yang dapat memengaruhi konten, dan semua penafian hukum yang berlaku untuk jurnal terkait.
Peter Guengerich dkk. Halaman 2
P450 terlibat dalam ~ 75% reaksi enzimatik yang terjadi dalam metabolisme obat [5-7].
Dari 57 gen P450 yang ada pada manusia, lima di antaranya terlibat dalam metabolisme
Naskah Penulis
~ 90% dari obat molekul kecil yang digunakan saat ini, dengan selektivitas dan tumpang
tindih yang bervariasi [5, 6]. Sekarang dimungkinkan untuk melakukan tes in vitro untuk
menentukan P450 mana (dan enzim lain) yang akan terlibat dalam pembersihan kandidat
obat baru dan dengan demikian untuk memprediksi parameter pembersihan obat, interaksi
obat-obat, dan masalah yang terkait dengan variasi antar-individu pasien [7]
(medicine.iupui.edu/clinpharm/ddis/clinical-table).
Tujuan jangka panjangnya adalah pengembangan templat untuk enzim-enzim yang

memetabolisme obat ini untuk mengurangi desain obat menjadi proses in silico. Untuk
melakukan hal tersebut, diperlukan pengetahuan yang akurat tentang struktur 3 dimensi
P450 yang terlibat dalam metabolisme obat dan deskripsi yang tepat tentang interaksi
protein dengan atom-atom obat secara individual.
Naskah Penulis
Pengetahuan struktural tentang P450 tidak hanya penting untuk memahami dan
memprediksi metabolisme obat. Beberapa P450 mikroba dan manusia adalah target obat,
dan desain obat sangat difasilitasi oleh struktur P450 ini. P450 mikroba penting dalam
industri bioteknologi, dalam konteks penggunaan P450 dalam katalisis langkah-langkah
reaksi biosintesis. P450 yang terlibat dalam oksidasi steroid sangat penting dalam
endokrinologi, dan banyak cacat genetik, terutama pada P450 17A1 dan 21A2, membuat
manusia mengalami berbagai gangguan endokrin [8]. Memahami sifat molekuler dari cacat
ini harus mengarah pada pemahaman yang lebih baik tentang alasan hilangnya fungsi dan
prediksi efek dari varian baru.
Sejarah singkat pekerjaan struktural sebelumnya dengan P450

Naskah Penulis
P450 mamalia terkenal sulit untuk ditangani dalam hal upaya pemurnian awal, dan
perkembangan teknologi deterjen sangat penting [9]. Dari 57 P450 manusia, semuanya
dianggap sebagai protein yang terikat membran intrinsik, dengan 50 di retikulum
endoplasma dan tujuh lainnya di membran mitokondria [7]. Meskipun banyak dari P450
yang terikat membran ini telah dimurnikan dari jaringan hewan dan manusia, munculnya
metode ekspresi heterolog (terutama sistem bakteri) telah membuat studi struktural dan
studi fisik lainnya menjadi lebih layak [10].
P450 ditemukan di seluruh alam, dan beberapa P450 bakteri telah berfungsi sebagai model
penting untuk bekerja dengan P450 yang lebih relevan dengan masalah medis dan masalah
praktis lainnya. Yang pertama di antaranya adalah P450cam, yang sekarang disebut P450
101A1, yang diisolasi dari pseudomonad [11]. Kristal pertama dari protein ini diperoleh di
Naskah Penulis
laboratorium Gunsalus pada tahun 1970-an dan strukturnya dipublikasikan pada

pertengahan tahun 1980-an (www.rcsb.org: PDB 1CPP, 2CPP) [12, 13]. Struktur ini
digunakan sebagai template untuk membangun homologi untuk sekuens primer P450
lainnya, meskipun dalam retrospeksi banyak kesimpulan yang harus dianggap
mencurigakan. Struktur berikutnya (1993, PBD 2HPD) adalah domain heme dari P450
bakteri lain, P450BM-3 atau P450 102A1, hidroksilase asam lemak dari Bacillus megaterium
[14].
Beberapa struktur P450 bakteri lainnya mengikuti P450BM-3, misalnya P450eryF (PDB 1OXA)
[15], tetapi kemajuan utama adalah struktur P450 kelinci yang dimodifikasi, P450 2C5
(PDB 1DT6), oleh Johnson dan rekan-rekannya pada tahun 2000 [16]. Pada saat itu, ini
adalah perkembangan yang sangat signifikan
yang menunjukkan bahwa P450 yang terikat membran dapat dimanipulasi untuk
menghasilkan kristal dan struktur, dan elemen kuncinya adalah protein yang dimodifikasi
Naskah Penulis
masih aktif secara katalitik. Pada tahun 2004, struktur P450 manusia yang penting dalam
bidang metabolisme obat mulai dipublikasikan, misalnya PDB 1R9O, 1W0E, 1W0F,
1W0G, 1TQN [17-20].
Saat ini Bank Data Protein (PDB) mencantumkan 812 entri dengan nama P450 (P450;
catatan: CYP adalah sebutan PDB untuk siklofilin; juga, 10 struktur reduktase NADPH-
P450 ditemukan dalam pencarian). Dari entri ini, 590 adalah untuk P450 mikroba dan 218
untuk P450 mamalia, termasuk 163 struktur dari 22 P450 manusia [7] (Tabel 1).
Arsitektur Keseluruhan
Enzim sitokrom P450, dalam arti yang sebenarnya, bukanlah sitokrom karena tidak
Naskah Penulis
mentransfer elektron ke protein lain. Enzim ini adalah oksigenase, karena mereka
mentransfer elektron ke oksigen dan juga mengkatalisis oksidasi bahan kimia organik.
Secara khusus, mereka umumnya adalah 'monooksigenase' atau 'oksidase fungsi campuran'.
Mereka diklasifikasikan sebagai P450 karena urutan tanda tangan FXXGXbXXCXG, di mana
Xb adalah residu basa dan residu sistein berfungsi pada ligan aksial ke heme dan
memberikan P450 sifat spektral yang agak unik, yaitu pita serapan sekitar 450 nm dalam
bentuk sistein-tiolat untuk kompleks besi-karbon monoksida [1]. Beberapa protein, misalnya
sintase oksida nitrat dan beberapa peroksidase, juga memiliki ligan tiolat aksial, sifat
spektral yang serupa, dan beberapa reaksi katalitik terkait tetapi tidak diklasifikasikan
sebagai P450. Mereka juga memiliki struktur 3 dimensi yang berbeda [21, 22].
Kimiawi reaksi P450 umumnya terkait dengan peran kompleks oksigen perferril (secara
formal FeO3+) [23, 24]. Stoikiometri reaksi hidroksilasi karbon secara umum
Naskah Penulis
NADPH + H+ + RH + O2 → NADP+ + H2O + ROH

(di mana RH adalah substrat) sering terlihat, tetapi P450 juga menggunakan kimia perferril
dasar yang sama untuk mengkatalisis reaksi lain termasuk desaturasi, pembelahan ikatan C-
C, penggandengan cincin aril, dealkilasi heteroatom, oksigenasi heteroatom, pembentukan
cincin, dan penataan ulang bahan kimia teroksigenasi seperti prostaglandin [24-26].
Struktur P450 agak mirip, dan melihat struktur keseluruhan dari beberapa tidak
menunjukkan perbedaan yang jelas (Gambar 1) [27, 28]. Heliks I dan L bersentuhan dengan
heme, dan terdapat segmen β-bulge dari ligan sistein, tepat sebelum heliks L. Ada juga
'tambalan' dasar pada permukaan P450 yang terdiri dari arginin yang terletak berdekatan
dengan heme dan di sisi yang sama dengan sistein katalitik (misalnya, pada P450 17A1
Naskah Penulis
manusia, Arg-347 dan Arg-358 dari heliks K dan Arg-449 dari heliks M [30]. Residu dasar
ini umumnya dianggap terlibat dalam mengikat sitokrom b5 mitra redoks, yang dapat
memainkan peran aksesori dalam beberapa (tetapi tidak semua) reaksi P450 eukariotik
sebagai mitra redoks atau sebagai beberapa jenis modulator alosterik. Daerah dasar yang
sama juga dipostulatkan untuk mengikat flavoprotein aksesori eukariotik, NADPH-P450
reduktase [30].
Konsensus umum di bidang P450 adalah bahwa kimiawi P450 relatif tidak berubah-ubah,
dengan beberapa kemungkinan pengecualian, dan bahwa spesifisitas katalitik sebagian
besar disebabkan oleh bagaimana protein individu memposisikan substrat di situs aktif,
dengan entitas FeO3 + bertindak sebagai
'Obor alam' [31], yang disebut karena kekuatan oksidatifnya dan kemampuannya untuk
mengkatalisis berbagai macam reaksi yang berbeda [32]. Dengan demikian, struktur masing-
Naskah Penulis
masing P450 menunjukkan perbedaan yang cukup besar, sebagian besar disebabkan oleh
posisi dan konformasi loop B-C [33], dan mendorong selektivitas katalitik.
Ukuran situs aktif (nyata) sangat bervariasi, dari ~ 190 Å3 pada manusia P450 2E1 (PDB
3E6I) [34] hingga sekitar 1385 Å3 pada (manusia) P450 3A4 (PDB 1TQN) [19] dan 1438 Å3
pada (manusia) P450 2C8 (PDB 2NNI) [35]. Sebuah laporan terbaru dari P450 bakteri
memiliki volume situs aktif yang dihitung sebesar 2446 Å3 [36] (semua volume seperti yang
dilaporkan dalam literatur asli) (Gambar 2). Ukuran situs aktif P450 sesuai dengan
selektivitas substrat yang diketahui.
Masalah lainnya adalah bentuk situs aktif. Misalnya, dengan P450 2C8 (PDB 2NNI) rongga
besar agak "berbentuk L" tetapi dengan P450 3A4 (PDB 1TQN) rongga lebih "terbuka" dan
menjelaskan kekhususan katalitik yang lebih luas. Dalam contoh lain, situs aktif P450
Naskah Penulis
Keluarga 1 (1A1, 1A2, 1B1) mendukung pengikatan molekul datar dan planar, misalnya α-
naftoflavon dan hidrokarbon aromatik polisiklik (PDB 2HI4, 4I8V, 3PMO) [37-39]. P450
dengan spesifisitas katalitik tinggi, misalnya yang terlibat dalam beberapa oksidasi steroid
[7], memiliki residu kunci yang terlibat dalam pembuatan ikatan hidrogen dan ikatan ionik
untuk mengarahkan substrat ke oksidasi yang sesuai, misalnya P450 19A1 Asp-309 (PDB
4KQ8) [40, 41], P450 17A1 Asn-202 (PDB 4NKW, 4NKX, 4NKY, 4NKZ) [42] (ikatan
hidrogen ke gugus 3-keto steroid dalam kedua kasus).
Masalah umum fleksibilitas lokasi aktif dan hunian ganda

Pada awal penelitian P450cam, disadari bahwa substrat (kamper) tertanam di dalam struktur
'tertutup' (PDB 1CPP, 2CPP) [13]. Lebih lanjut, struktur yang diperoleh setelah perendaman
Naskah Penulis
untuk menghilangkan substrat (kamper) juga tertutup [43]. Struktur 'terbuka' dari protein
bebas substrat telah dipublikasikan (PDB 3L61) [44]. Struktur 'terbuka' juga telah
ditemukan pada protein yang berikatan silang dengan mitra redoksnya, putidaredoksin, dan
dengan kamper yang terikat pada situs aktif (PDB 2JWU, 2JWS) [45]. Dalam struktur
terbuka kompleks kamper, substrat melindungi tempat pengikatan oksigen dari pelarut di
saluran masuk, dan mungkin tidak perlu bagi protein untuk menutup untuk metabolisme
kamper yang efisien. Namun, beberapa perpindahan yang diinduksi substrat yang terlihat
pada kopling dipolar residu-NMR belum terlihat dalam struktur kristal P450cam yang bebas
substrat dan terikat [46].
Struktur P450cam mungkin bebas untuk mengambil sampel ruang konformasi dengan cara
yang dicegah oleh kendala pengemasan kristalografi. Pekerjaan struktural dengan banyak
P450 telah mengarah pada pandangan umum bahwa siklus P450 antara struktur terbuka dan
tertutup [33]. Karena pengikatan substrat adalah proses yang cepat dengan banyak P450
Naskah Penulis
[47, 48], P450 harus memiliki gerakan yang cukup besar dan membuka dan menutup dalam
skala waktu yang cepat (milidetik).
Ada beberapa konsekuensi yang mengikutinya. Pertama, struktur P450 tanpa adanya ligan
mungkin tidak terlalu berguna dalam memprediksi seperti apa bentuk kompleks P450-
substrat. Masalah lain adalah bahwa bahkan ketika struktur kompleks P450-substrat
dipecahkan, itu mungkin tidak instruktif mengenai katalisis. Meskipun banyak struktur yang
cukup konsisten dengan fungsi (misalnya P450 17A1 (PDB 4NKW, 4NKX, 4NKY, 4NKZ)
[42], P450 21A2 (PDB
4Y8W) [49]), yang lainnya tidak. Dalam struktur P450 1A1 dan 1A2 yang dipublikasikan
yang dikomplekskan dengan α-naftoflavon (PDB 2HI4, 4I8V) [37, 38], tempat utama
oksidasi (untuk 5,6-
epoksidasi) [50] adalah yang terjauh dari besi heme (12 Å). Dengan (manusia) P450 3A4,
beberapa struktur yang terikat eritromisin, bromoergokriptin, dan progesteron telah
Naskah Penulis
dipublikasikan [18, 51-53] tetapi hanya kompleks bromoergokriptin (PDB 3XNU) yang
secara katalitik kompeten, yaitu tempat utama oksidasi (8' dan 9' karbon dari cincin prolin)
adalah 4.1 dan
3,7 Å, masing-masing, dari besi [52, 54].
Masalah lainnya adalah bahwa banyak P450 yang mudah dibentuk dan struktur protein
tergantung pada ligan spesifik. Contoh dari hal ini terlihat pada P450 3A4 (PDB 2J0D) [51],
yang memiliki pergerakan internal protein dalam kompleks dengan eritromisin dan
ketokonazol. Selain itu P450 2E1, dengan situs aktif yang kecil, dapat menjebak substrat
yang lebih besar seperti asam lemak (yang juga merupakan substrat) (PDB 3LC4) [55].
Hunian ligan ganda diusulkan lebih dari 20 tahun yang lalu untuk menjelaskan beberapa
Naskah Penulis
perilaku kooperatif P450 3A4, baik homotropik maupun heterotropik [56, 57]. Selama
bertahun-tahun, bukti yang ditawarkan tidak langsung dan hasilnya dapat dirasionalisasi
dalam hal fenomena lain, misalnya sistem klasik dengan situs alosterik yang jauh dari situs
katalitik ('aktif') enzim. Namun, hipotesis bahwa dua molekul ligan keduanya ada,
bersebelahan, sulit dibuktikan tanpa adanya data struktural. Hipotesis tentang 'hunian ganda'
tidak terbukti hingga tahun 2006, ketika dua molekul ketokonazol inhibitor (dan substrat
yang buruk) diidentifikasi di situs aktif 'kanonik' P450 3A4 (PDB 2V0M) [51]. Dua ligan
sekarang telah ditemukan dalam struktur kristal P450s 2C8 (PDB 2NNH) [35], 158A2
(PDB 1T93) [58], 2D6 (PDB 3TBG) [59], 21A2
(PDB 3QZ1) [60], dan 3A4 (PDB 2V0M, 4K9T, 4K9U) [51, 61] dan kemungkinan yang
lainnya (Gambar 3). Hunian ganda dapat digunakan untuk menjelaskan fenomena kerja
sama homotropik (misalnya, 3A4), tetapi dalam beberapa kasus di mana kerapatan elektron
Naskah Penulis
untuk dua molekul sangat meyakinkan, analisis yang cermat belum mengungkapkan bukti
untuk kerja sama homotropik,
misalnya P450 2C8 [35]. Kooperatifitas heterotropik diketahui ada dalam P450, misalnya
[62, 63], tetapi prospek untuk mendapatkan kristal P450 dengan salah satu dari masing-
masing dari dua molekul yang berbeda tampaknya tidak mungkin.
Struktur P450 Mikroba

Struktur bakteri awal P450cam dan P450BM-3 sangat berguna dalam memandu upaya
selanjutnya dalam kristalografi; intinya juga dapat dibuat bahwa P450BM-3 telah berguna
dalam konteks beberapa aplikasi bioteknologi [64]. Sejak saat itu, banyak struktur P450
bakteri telah dipecahkan karena berbagai alasan.
Naskah Penulis
Beberapa bakteri yang lebih kompleks (misalnya Actinobacter) dan P450 mikroba lainnya
menarik dalam konteks perannya dalam biosintesis antibiotik dan obat lain, misalnya
vankomisin. Memvisualisasikan struktur P450 ini dapat menjadi instruktif dalam
memahami dasar kekhususan katalitik dan dalam memodifikasi protein untuk fungsi-fungsi
baru.
Bidang yang penting adalah penghambatan P450 yang memetabolisme sterol pada ragi dan
jamur sebagai cara untuk mengendalikan infeksi. P450 51 adalah target umum, misalnya
untuk azoles, dan struktur pertama diterbitkan pada tahun 2001 [65]. P450 ini (Keluarga 51)
juga merupakan target untuk tuberkulosis (Mycobacterium tuberculosis CYP51B1) dan
trypanosomiasis (penyakit Chagas,
Tryposoma cruzi) [66, 67], dan upaya penemuan obat yang rasional telah dibantu oleh
ketersediaan struktur. Manusia juga memiliki P450 51A1, yang terlibat dalam sintesis
Naskah Penulis
kolesterol, dan diskriminasi antara bentuk manusia dan mikroba adalah penting [68].
Struktur P450 Bakteri Terbaru

Dalam dua tahun terakhir (2014-2015), setidaknya enam struktur P450 bakteri telah
dipublikasikan. Salah satunya adalah P450 154C5 dari Nocardia farcinica, steroid 16α-
hidroksilase [69]. P450 ini mengikat steroid dengan nilai Kd sub-µM, dan struktur protein
dengan empat steroid yang berbeda telah ditentukan (PDB 4J6B, 4J6C, 4J6D, 4J6T).
Enzim ini merupakan kandidat untuk sintesis steroid baru berbasis bioteknologi.
Setidaknya dua keluarga P450, P450 125 dan P450 142, terlibat dalam degradasi kolesterol,
sebuah jalur kritis dalam M. tuberculosis. Frank dkk. [70] melaporkan struktur P450
Naskah Penulis
142A2 yang kompleks dengan kolesterol 3-sulfat (PDB 4TRI, 4UAX). Situs aktifnya jauh
lebih kecil dibandingkan dengan kompleks P450 125A1: 4-kolesten-3-satu (PDB 2X5W)
[71], dan kecocokan yang lebih ketat diusulkan untuk membantu menjelaskan oksidasi yang
lebih efisien dari ester kolesterol, menyediakan sumber karbon untuk pertumbuhan.
P450 bakteri yang tidak biasa (152L1) dari Jeotgalicoccus sp. 8456 mendekarboksilasi
asam lemak untuk membentuk alkena terminal, bertindak sebagai peroksigenase
(menggunakan H O22 ) [72]. Peran fisiologis P450 ini tidak diketahui. Struktur P450 152L1
(diperoleh baik dengan atau tanpa adanya substrat asam lemak, PDB 4L40, 4L54) mirip
dengan dua P450 pengoksidasi asam lemak bakteri peroksigenase, P450SPα [73] dan
P450BSβ [74], yang mengkatalis hidroksilasi pada karbon α dan β, masing-masing.
Penjelasan berasal dari struktur dan peran His-85 di situs aktif. His-85 diusulkan untuk
menyumbangkan proton ke bentuk Senyawa I dari heme (FeO3+) bersamaan dengan reduksi
Naskah Penulis
ke Senyawa II (FeOH3+) melalui abstraksi elektron (dan penambahan proton) dari gugus asam
karboksilat asam lemak [72, 75]. Pemotongan homolitik ikatan C-C diusulkan untuk
mengikuti pembentukan radikal karboksilat.
P450 bakteri juga menarik karena perannya dalam reaksi biosintesis, dan spesies
Streptomyces menghasilkan berbagai macam produk alami yang digunakan sebagai obat.
Salah satunya adalah reveromycin A, senyawa utama dalam pengembangan dengan
aktivitas anti-osteoklastik. P450revI mengkatalisis hidroksilasi C18, sebuah langkah
biosintesis utama [36] (Gambar 2). Struktur 1,4 Å dengan substrat reveromisin T (PDB 3
WVS) sebangun dengan situs hidroksilasi yang diamati. Pengikatan karboksilat substrat ke
dua arginin P450revI, yang diamati dalam struktur, selanjutnya ditetapkan oleh mutagenesis
yang diarahkan oleh situs.
Naskah Penulis
Salah satu spesies Streptomyces, Streptomyces avermitilis, memiliki 33 gen P450. Struktur
beberapa Streptomyces P450 pertama kali dipublikasikan beberapa tahun yang lalu [58, 76].
Baru-baru ini Han dkk. [77] melaporkan struktur 2,1 Å (PDB 4WPZ) untuk P450 107W1,
enzim yang terlibat dalam hidroksilasi C12 dalam biosintesis oligomisin A makrolida.
Substrat tidak ada dalam kristal, tetapi pada awal tahun 2016 struktur baru dengan produk
oliomisin A telah dipublikasikan [78], Struktur (PDB 4WQ0) menunjukkan bahwa Trp-178,
yang terletak di saku terbuka dari situs aktif, mungkin merupakan residu penting untuk
konformasi pengikatan yang produktif.
Juga dalam bidang biosintesis obat, Rhodococcus erythropolis JCM 6824 P450 RauA
(sementara P450 1050) telah terbukti mengkatalisis N-hidroksilasi kuinolon untuk
Naskah Penulis
membentuk aurachin RE, yang memiliki aktivitas antibiotik [79]. Penjajaran substrat dalam
struktur kristal (PDB 3WEC) tampaknya konsisten dengan lokasi oksigenasi.
Entri keenam adalah P450 (105AS1) dari Amycolatopsis orientalis, yang terbukti efisien
dalam mengubah compactin (statin pertama yang dipertimbangkan untuk aktivitas
hiperkolesterolemia) menjadi pravastatin, statin yang sangat sukses di pasaran [80]. Struktur
P450 105AS1 ditentukan (2,05 Å) dalam keadaan bebas ligan (PDB 40QS) tetapi kristal
bersama dengan compactin tidak dapat diperoleh. Mutagenesis acak P450 105AS1
menghasilkan protein baru, P450prava, dengan aktivitas katalitik yang lebih baik, sebagai hasil
dari lima mutasi. Kristal bersama P450prava dengan compactin (PDB 40QR, 1,8 Å) -
dibandingkan dengan struktur terbuka P450 105AS1 - menunjukkan reorientasi daerah loop
BC dan reorganisasi heliks FG. Atom C6 dari compactin (yang terhidroksilasi) diposisikan
Naskah Penulis
4,7 Å dari besi heme (Gambar 4). Tiga dari lima mutasi terletak dalam kontak van der Waals
dari substrat compactin. Selain itu, mutasi Q127R disimpulkan mengganggu jaringan
'konformasi terbuka', mendukung bentuk tertutup. Dengan demikian, banyak perubahan
yang menyebabkan peningkatan katalisis dapat dipahami secara struktural.
Awal tahun ini (2016), Haslinger dan Cryle [81] melaporkan struktur (PDB 5HH3) dari
Actinoplanes teichomyceticus P450 yang disebut OxyAtei, melengkapi galeri struktur P450
yang terlibat dalam biosintesis glikopeptida teicoplanin. Struktur ini telah dibandingkan
dengan OxyB, OxyC, dan OxyE [81]. Terlepas dari karakter hidrofobik dari prekursor
peptida, situs aktif OxyAtei agak polar dan dilestarikan di antara enzim pembentuk cincin
glikopeptida D-O-E.
Naskah Penulis
Pekerjaan struktural P450 terbaru dengan jamur dan parasit

Seperti yang telah disebutkan sebelumnya, gangguan biosintesis sterol telah menjadi
mekanisme yang berguna untuk pengembangan anti-jamur, dan beberapa struktur enzim
P450 51 telah tersedia [65-67]. Pendekatan serupa telah diterapkan untuk mengembangkan
penghambat penyakit Chagas yang disebabkan oleh parasit protozoa T. cruzi, misalnya
VNI ((R)-N-(1-(2,4-diklorofenil) -2-(1H-imidazol-1-yl)etil) -4-(5-fenil-1,3,4-oksadiazol-2-
il) benzamida) [82]. Struktur T. cruzi P450 51 telah dipublikasikan dengan tiga inhibitor
kuat (nilai IC50 nM rendah) (PEB 4CKA, 4CK8, 4CK9) [67].
P450 pada cacing Schistosoma mansoni (CYP3050A1) telah terbukti penting untuk
kelangsungan hidup dan perkembangan telur [83]. Substratnya tidak diketahui tetapi P450
ini membentuk kompleks yang erat dengan banyak obat antijamur. Tidak ada struktur yang
Naskah Penulis
tersedia; pemodelan telah dilakukan berdasarkan kelinci P450 2C5 [83].
Struktur P450 terbaru yang melibatkan P450 yang terlibat dalam metabolisme obat
Seperti yang telah disebutkan sebelumnya, struktur sekarang tersedia untuk semua P450
utama manusia yang terlibat dalam metabolisme obat (Tabel 1) [7, 33]. Salah satunya adalah
P450 2D6, yang memiliki beberapa ketenaran karena merupakan P450 pertama yang
terbukti menunjukkan distribusi monogenik dan polimorfisme genetik [84]. P450 2D6
terlibat dalam metabolisme 20-25% obat yang dipasarkan [5]. Pada tahun 2006
Rowland dkk. mempublikasikan struktur kristal pertama P450 2D6 (PDB 4F9Q) [85],
meskipun struktur tersebut melibatkan pengenalan beberapa substitusi asam amino dan tidak
Naskah Penulis
memiliki ligan. Selanjutnya Wang dkk. [86] melaporkan struktur untuk P450 2D6 yang
terikat pada molekul netral prinomastat (PDB 3QM4).
Baru-baru ini Wang dkk. [59] melaporkan struktur terbuka dan tertutup baru dari P450 2D6
(PDB 3QM4). Banyak substrat dan inhibitor P450 2D6 mengandung atom nitrogen basa,
dan pada awal sejarah P450 2D6, dogma yang ada adalah bahwa semua ligan bersifat basa
[87, 88], meskipun pengecualian sekarang diketahui [86, 89]. Studi mutagenesis yang
diarahkan pada situs [89-91] menyarankan peran untuk Asp-301 dan Glu-216 dalam
mengikat atom dasar. Struktur yang diperoleh dengan ligan thioridazine, kina, dan
ajmalicine menunjukkan ikatan hidrogen yang distabilkan muatannya dengan Asp-301 dan
Glu-216 (PDB 4WNT, 4WNU, 4WNV, 4NVW) [59].
Kompleks terbuka dan tertutup diamati dengan thioridazine (PDB 3DTA, 4WNW), dan
Naskah Penulis
konformasi terbuka termasuk molekul kedua dari obat yang terikat dalam antechamber
saluran akses substrat yang diperluas, dengan ikatan hidrogen yang distabilkan dengan
muatan ke Glu-222 (PDB 3TBG). Para penulis menyimpulkan bahwa P450 2D6 cukup
elastis untuk memungkinkan perjalanan senyawa antara situs aktif dan pelarut curah dan
untuk mengadopsi bentuk yang lebih tertutup yang tampaknya beradaptasi untuk mengikat
ligan alternatif, dengan tingkat penutupan yang berbeda.
Dalam penelitian lain yang melibatkan struktur P450 2D6, Brodney dkk. [92]
mempertimbangkan obat kandidat (inhibitor β-sekretase) yang hampir secara eksklusif
dimetabolisme melalui rute P450 2D6 (> 95%). Situasi seperti itu bisa jadi tidak
menguntungkan karena polimorfisme genetik P450 2D6 dan variasi antar individu yang
luas dalam tingkat metabolisme, yaitu pada beberapa individu obat tersebut mungkin tidak
Naskah Penulis
dapat dibersihkan secara signifikan [84, 93]. Obat, N-metilpirazol, dan produk N-
demetilasinya dikristalisasi dengan P450 2D6 dan situs kontak dibuat (PDB 4XRY,
4XRZ). Dengan pengetahuan ini, ditambah data penghambatan saluran hERG, timbal
alternatif (isoksazol) dirancang yang memiliki nilai IC50 yang mirip dengan senyawa timbal
awal tetapi sekarang dimetabolisme melalui beberapa rute [92].
Contoh terbaru lainnya yang melibatkan P450 dan obat-obatan berkaitan dengan P450 3A4,
P450 hati dan usus utama pada manusia, dan penghambatannya [94]. Saat ini inhibitor
ritonavir dan turunannya cobicistat digunakan sebagai 'pharmacoenhancer' dengan obat
yang diberikan pada pasien HIV. Sevrioukova dan Poulos [54] telah meninjau studi
struktural dan biokimia lainnya dengan P450 3A4 dan analog ritonavir (PDB 4D6Z, 4D75,
4D78, 4D7D). Beberapa kesimpulan dicapai. Pengikatan heme yang kuat sangat penting,
dan heterosiklus yang paling efektif adalah piridin. Penghapusan hidroksil tulang punggung
Naskah Penulis
meningkatkan interaksi. Dua tempat, yang disebut kantong Phe-1 dan Phe-2, ditemukan
penting dalam pengikatan analog ritonavir ini ke P450 3A4. Semua temuan ini digunakan
dalam pengembangan farmakofor baru [54].
Pekerjaan struktural terbaru yang terkait dengan metabolisme steroid

P450 7A1 adalah kolesterol hati 7α-hidroksilase, enzim pertama yang terlibat dalam
metabolisme asam empedu. Tempel dkk. [95] memecahkan struktur bebas ligan dari P450
7A1 manusia dan juga terikat pada cholest-4-en-3-one (homolog "∆4" dari kolesterol) dan 7-
ketokolesterol, sebuah produk dari oksidasi substrat alternatif 7-dehidrokolesterol [96].
Atom C7
diposisikan untuk oksidasi, konsisten dengan reaksi 7-dehidrokolesterol. Struktur tersebut

menunjukkan kekakuan situs aktif, konsisten dengan spesifisitas yang tinggi dari enzim ini.
Naskah Penulis
Penelitian sebelumnya menghasilkan struktur untuk P450 19A1 asli, steroid aromatase, dan
bentuk rekombinan [40, 97] (PDB 3EQM, 3S79, 3S7S, 4GL5, 4GL7). Penelitian terakhir
menghasilkan beberapa penghambat baru aromatase pada tahun 2012 [97]. Baru-baru ini,
ada bukti biofisik untuk keberadaan residu aspartat (Asp-309) di situs aktif dengan pKa
tinggi (8,2) [98]. Residu ini dipostulatkan terlibat dalam pengikatan pada kelompok 3-keto
androstenedion dan testosteron.
P450 21A2 adalah steroid 21-hidroksilase utama dan membentuk 11-deoksikortikosteron

dan 11-deoksikortisol di korteks adrenal. Struktur enzim sapi (PDB 3QZ1) [60] ditemukan
digunakan sebagai model untuk menjelaskan> 100 varian yang diidentifikasi dalam
endokrinologi klinis [99]. Struktur P450 21A2 manusia (PDB 48YW), yang terikat pada
Naskah Penulis
progesteron, telah dipecahkan (2,7 Å) dan memberikan model yang lebih tepat [49].
Penjajaran C21 di dekat heme sesuai untuk reaksi yang diamati (Gambar 1B) dan konsisten
dengan (i) efisiensi katalitik yang tinggi (107 M-1 s-1) dan (ii) pemutusan ikatan C-H yang
membatasi laju. Ketersediaan struktur manusia memungkinkan untuk mendapatkan lebih
banyak wawasan tentang kelainan genetik daripada yang dimungkinkan dengan model yang
berasal dari struktur sapi [99]. Meskipun struktur sapi adalah panduan yang masuk akal,
beberapa kesimpulan tentang jembatan garam dan kontak lainnya mungkin salah dan
sekarang digantikan oleh struktur manusia (PDB 48YW) [28]. Kasus klinis yang paling
parah (pemborosan garam) masuk ke dalam kelompok varian di dekat situs aktif (dekat
heme atau substrat). Mutasi 'non-klasik' yang lebih ringan sering ditemukan di dekat
pinggiran dan dekat dengan permukaan protein [28]. Fenotipe ini sering dikaitkan dengan
mutasi yang memiliki efek kompensasi, misalnya ikatan H yang menggantikan interaksi
Naskah Penulis
hidrofobik.
P450 17A1 adalah enzim penting, yang mengubah progesteron dan pregnenolon menjadi
androgen. Lebih dari 50 varian telah diidentifikasi di klinik [100]. Enzim ini juga
merupakan target untuk kanker prostat. DeVore dan Scott pertama kali melaporkan struktur
enzim yang terikat pada dua obat penghambat (PDB 3RUK, 3SWZ) [100]. Baru-baru ini
kelompok yang sama melaporkan struktur sinar-X dari P450 17A1 dengan keempat substrat
fisiologis - progesteron, pregnenolon, 17a-hidroksiprogesteron, dan 17-hidroksipregnenolon
(PDB 4NKW, 4NKX, 4NKY, 4NKZ) [42]. Pola pengikatan memberikan wawasan yang
berguna tentang pola hidroksilasi.
P450 17A1 agak membingungkan karena mengkatalisis dua oksidasi berikutnya -

hidroksilasi 17a- dan kemudian reaksi 17α, 20-liase. Sitokrom b5 menstimulasi, terutama
Naskah Penulis
reaksi lisase [101], tetapi tanpa transfer elektron [102]. Pada beberapa varian yang diamati
secara klinis, P450 17A1 hanya mengkatalisis reaksi pertama (17α-hidroksilasi). Ikan
memiliki dua gen, P450 17A1 - dengan dua aktivitas normal - dan P450 17A2 - tanpa
aktivitas lisase. Kedua protein tersebut dikristalisasi (PDB 4R20, 4R21, 4R1Z) [103] dan
dibandingkan dengan enzim manusia (PDB 3SWZ), semuanya dengan penghambat obat
yang sama (Gambar 5A, B). Daerah situs aktif dari ketiga protein tersebut, meskipun hanya
~ 50% dari keseluruhan identitas, sangat mirip. Hanya lima residu di dekat pinggiran heme
yang berbeda antara ikan zebra P450 17A1 dan 17A2 [103] (Gambar 5C).
Salah satu penjelasan untuk perbedaan antara ikan P450 17A1 dan 17A2 adalah bahwa
residu di dekat pinggiran heme mengubah distribusi muatan heme dan mendukung konversi
Naskah Penulis
ferri peroksida2(FeO -, Senyawa 0) menjadi oksigen perferril (FeO3+, Senyawa I) [103].

Sebagai alternatif, P450 17A1 mungkin memiliki konformasi yang tersedia yang
memungkinkan penataan ulang dan reaksi 17α, 20-lipase. Estrada dkk. [104, 105] telah
memberikan bukti NMR untuk hipotesis yang terakhir ini. Spektroskopi NMR memiliki
keunggulan dibandingkan kristalografi sinar-X karena memberikan wawasan tentang proses
dinamis dan mungkin lebih berguna dalam mengidentifikasi beberapa konformasi yang
hidup berdampingan. Bukti NMR mendukung peran NADPH- P450 reduktase dan sitokrom
b5 dalam memodulasi konformasi. Data NMR juga menyatakan bahwa kedua protein
aksesori ini menempati tempat yang sama pada P450 17A1 dan bersaing untuk
mendapatkan tempat [104-106] (Gambar 6A). Mengingat bukti bahwa sitokrom b5 tidak
meningkatkan aktivitas melalui transfer elektron [102], mekanisme stimulasi masih menjadi
teka-teki: pada prinsipnya, reduktase mentransfer dua elektron ke dalam sistem Fe / FeO
Naskah Penulis
(menghasilkan kompleks yang sangat reaktif), ia terdisosiasi, sitokrom b5 mengikat dan

mengubah konformasi, reaksi terjadi, dan kemudian sitokrom b5 (dan produk reaksi)
terdisosiasi (sehingga reduktase dapat berikatan lagi). Urutan ini harus terjadi setiap siklus,
jadi dengan
tingkat tipikal ~ 6 menit-1 yang berarti setiap 10 detik.
yang menarik.
Fenomena umum reaksi P450 yang dipelajari dengan metode struktural

Dua makalah yang diterbitkan pada tahun 2015 oleh kelompok terkemuka di bidang ini,
sangat menarik dari segi masalah umum yang diangkat tentang P450.
Naskah Penulis
Dalam sebuah makalah, Sevrioukova dan Poulos [53] mempelajari beberapa struktur P450
3A4, sebuah enzim yang agak membingungkan dalam hal perilaku alosteriknya. Seperti
pada salah satu struktur P450 yang pertama kali dipublikasikan (PDB 1W0E, 1W0F, 1W0G)
[18], molekul progesteron (ditambahkan selama kristalisasi) ditemukan di daerah periferal
yang sama (PDB 51AP). Para penulis berpendapat bahwa posisi steroid membuatnya tidak
mungkin menjadi substrat (dalam posisi ini) atau bertindak sebagai efektor. Steroid lain juga
ditemukan di wilayah ini (testosteron, androstenedion, kolesterol). Hal lain yang menarik
adalah bahwa sitrat, yang ditambahkan dalam buffer, hadir dalam struktur (PDB 51AP). Uji
biokimia selanjutnya menunjukkan bahwa sitrat dan berbagai anion lainnya dapat
memengaruhi aktivitas katalitik, yang bekerja di beberapa titik dalam siklus mekanistik.
Perilaku ini mengingatkan pada stimulasi yang sebelumnya dilaporkan dengan fosfolipid
anionik [109] dan glutathione [110]. Relevansi fisiologis masih belum jelas.
Naskah Penulis
Akhirnya, bekerja dengan bakteri P450 119 adalah hal yang menarik [111]. Struktur kristal
P450 119 telah diketahui. Salah satu masalah umum dengan P450 adalah apakah
menambahkan ligan menginduksi perubahan konformasi ('kecocokan yang diinduksi' [112])
atau apakah penambahan ligan mengarah pada pengikatan dan pemilihan salah satu dari
beberapa keadaan konformasi yang sudah ada sebelumnya. Ini adalah masalah umum dalam
kimia protein [113, 114]. Perbedaannya tidak kentara, karena dalam analisis 'kotak
termodinamika' [115], perubahan energi bebas adalah identik (yaitu energi keseluruhan
sama terlepas dari apakah perubahan konformasi terjadi sebelum atau sesudah pengikatan
ligan).
Basudhar dkk. [111] menggunakan serangkaian ligan azol dan kristalografi sinar-X dan
NMR dengan P450 119. Mereka menyimpulkan bahwa beberapa azol terikat pada bentuk terbuka dan bahwa
beberapa fenilimidazol tersubstitusi memunculkan dua konformasi tertutup yang

bergantung pada ukuran para-substituen (PDB 4TT5, 4TUV, 4WPD, .4WQJ). Dengan
Naskah Penulis
demikian, setidaknya dengan model P450 119, ligan secara selektif menstabilkan populasi
keadaan konformasi yang tersembunyi.
Kebutuhan masa depan dalam pekerjaan struktural P450

Kami telah memberikan latar belakang umum tentang penelitian P450 dan berfokus pada
wawasan struktural baru dalam dua tahun terakhir (2014-2015). Dapat dikatakan bahwa
kemajuan yang cukup besar telah dicapai (misalnya, Tabel 1), di berbagai bidang. Apa
yang masih harus dilakukan? Ada beberapa hal yang bisa didaftarkan.
Satu masalah adalah bahwa hampir semua pekerjaan struktural P450 telah dilakukan pada
protein tunggal, tetapi kita tahu bahwa hampir semuanya beroperasi dengan mitra redoks.
Naskah Penulis
Hanya beberapa laporan yang muncul tentang struktur kompleks [45, 107, 116] (Gambar 6).
Beberapa penelitian NMR telah dilakukan untuk mengidentifikasi bagian protein yang
terlibat dalam kompleksasi [104, 117], tetapi masih banyak pertanyaan yang tersisa, seperti
yang dibahas dalam deskripsi P450 17A1.
Masalah lainnya adalah bahwa melalui pendekatan genetik modern, telah menjadi hampir
rutin untuk mengidentifikasi varian nukleotida tunggal dengan P450 manusia yang terlihat
di klinik dan memengaruhi aktivitas katalitik. Namun, hampir tidak ada informasi struktural
tentang varian tersebut, biasanya hanya pemodelan. Lebih banyak aktivitas di bidang ini
akan sangat berguna dengan P450 yang terlibat dalam metabolisme steroid dan obat-obatan.
Salah satu kekhawatiran dengan varian nukleotida tunggal dari 'P450 yang memetabolisme
obat' adalah bahwa apa yang dipelajari dengan satu obat mungkin tidak berlaku untuk obat
berikutnya.
Naskah Penulis
Peringatan ini mengarah pada masalah utama terakhir yang akan kami sajikan. Salah satu
contoh telah disajikan tentang masalah metabolisme dengan obat yang dapat diatasi dengan
informasi struktural [92]. Idealnya, banyak kandidat obat dapat diperiksa dengan cara ini
jika masalah didefinisikan secara empiris. Namun, kumpulan kandidat bahan kimia untuk
proyek obat apa pun sangat banyak (~ 104 bahan kimia untuk setiap obat yang akhirnya
mencapai pasar), dan waktu yang dialokasikan untuk analisis pendahuluan senyawa
individu singkat di setiap program (umumnya ~ 2 minggu). Ini terlalu singkat untuk
kecepatan di mana struktur kristal sinar-X dapat diperoleh.
Ingatlah diskusi tentang kelenturan P450 dan bukti bahwa ligan yang berbeda dapat
menghasilkan struktur protein yang berbeda, sehingga membuat prediktabilitas menjadi
sulit untuk entitas kimia yang baru. Apa jawabannya? Akankah ada terobosan dalam
Naskah Penulis
pengembangan teknologi kristalografi throughput yang lebih tinggi? Dapatkah sistem

NMR seperti kopling dipolar residual diterapkan setelah struktur kristal dipecahkan [46,
118]? Akankah kita menemukan bahwa sebagian besar P450 dapat didefinisikan dalam
konteks sejumlah kecil keadaan berbeda yang dapat dikaitkan dengan semua ligan, dan
dapatkah kita memanfaatkannya dalam pemodelan?
Ini adalah pertanyaan bagi para ilmuwan saat ini dan ilmuwan baru di bidang P450.
Jawabannya akan membutuhkan lebih banyak pekerjaan, seperti halnya dalam semua jenis
ilmu pengetahuan lainnya.
Ucapan terima kasih
Kami berterima kasih kepada K. Trisler atas bantuannya dalam persiapan naskah dan Dr. Pradeep S. Pallan untuk
pemodelan kompleks P450 17A1-cytochrome b5 yang digambarkan pada Gambar 6. Dukungan oleh NIH AS
diakui dengan penuh syukur (hibah R01 GM103937 untuk FPG, MRW, dan ME).
Referensi
Naskah Penulis
1. Omura T, Sato R. Sitokrom baru dalam mikrosom hati. J. Biol. Chem. 1962; 237:1375-1376.
[PubMed: 14482007]
2. Mueller GC, Miller JA. Metabolisme 4-dimetilaminoazobenzena oleh homogenat hati tikus. J. Biol.
Chem. 1948; 176:535-544. [PubMed: 18889911]
3. Ryan KJ. Konversi androstenedion menjadi estron oleh mikrosom plasenta. Biochim. Biofisika.
Acta. 1958; 27:658-662. [PubMed: 13535661]
4. Gillette JR, Brodie BB, La Du BN. Oksidasi obat oleh mikrosom hati: tentang peran TPNH
dan oksigen. J. Farmakol. Exp. Therapeut. 1957; 119:532-540.
5. Rendic S, Guengerich FP. Survei enzim oksidoreduktase manusia dan sitokrom P450 yang terlibat
dalam metabolisme bahan kimia xenobiotik dan alami. Chem. Res. toksikol. 2015; 28:38-
42. [PubMed: 25485457]
6. Williams JA, Hyland R, Jones SM, Smith DA, Hurst S, Goosen TC, Peterkin V, Koup JR, Ball SE.
Interaksi obat-obat untuk substrat UDP-glukuronosiltransferase: penjelasan farmakokinetik untuk
rasio paparan rendah (AUCi / AUC) yang biasanya diamati. Metabolisme Obat. Dispos. 2004;
Naskah Penulis
32:1201-1208. [PubMed: 15304429]

7. Guengerich, FP. Enzim sitokrom P450 manusia. Dalam: Ortiz de Montellano, PR, editor.
Sitokrom P450: Struktur, Mekanisme, dan Biokimia. 4th. New York: Springer; 2015. p. 523-
785.
8. Auchus, RJ; Miller, WL. Enzim P450 dalam pemrosesan steroid. Dalam: Ortiz de Montellano, PR,
editor. Sitokrom P450: Struktur, Mekanisme, dan Biokimia. 4th. New York: Springer; 2015. p.
851-879.
9. Lu AYH, Coon MJ. Peran hemoprotein P-450 dalam hidroksilasi asam lemak dalam sistem
enzim terlarut dari mikrosom hati. J. Biol. Chem. 1968; 243:1331-1332. [PubMed: 4385007]
10. Barnes HJ, Arlotto MP, Waterman MR. Ekspresi dan aktivitas enzimatik sitokrom P450
17α-hidroksilase rekombinan pada Escherichia coli. Proc. Natl. Acad. Sci. Amerika
Serikat. 1991; 88: 5597 - 5601. [PubMed: 1829523]
11. Katagiri M, Ganguli BN, Gunsalus IC. Sitokrom P450 yang dapat larut yang berfungsi
dalam hidroksilasi metilen. J. Biol. Chem. 1968; 243:3543-3546. [PubMed: 4297783]
Naskah Penulis
12. Poulos TL, Perez M, Wagner GC. Data kristalografi awal pada sitokrom P-450cam. J. Biol.
Chem. 1982; 257:10427-10429. [PubMed: 7107613]
13. Poulos TL, Finzel SM, Gunsalus IC, Wagner GC, Kraut J. Struktur kristal 2,6-Å dari
Pseudomonas putida sitokrom P-450. J. Biol. Chem. 1985; 260:16122-16130. [PubMed:
4066706]
14. Ravichandran KG, Boddupalli SS, Hasemann CA, Peterson JA, Deisenhofer J. Struktur kristal
domain hemoprotein P450 BM-3, sebuah prototipe untuk P450 mikrosom. Sains. 1993; 261:731-
736. [PubMed: 8342039]
15. Cupp-Vickery JR, Poulos TL. Struktur sitokrom P450eryF yang terlibat dalam biosintesis
eritromisin. Struct. Biol. 1995; 2: 144-153.
16. Williams PA, Cosme J, Sridhar V, Johnson EF, McRee DE. Sitokrom P450 monooksigenase
mikrosomal mamalia: Adaptasi struktural untuk pengikatan membran dan keragaman fungsional.
Mol. Sel. 2000; 5:121-131. [PubMed: 10678174]
17. Williams PA, Cosme J, Ward A, Angove HC, Matak Vinkovic D, Jhoti H. Struktur kristal
sitokrom P450 2C9 manusia dengan warfarin terikat. Nature. 2003; 424:464-468. [PubMed:
Naskah Penulis
12861225]
18. Williams PA, Cosme J, Vinkovic DM, Ward A, Angove HC, Day PJ, Vonrhein C, Tickle IJ, Jhoti
H. Struktur kristal sitokrom P450 3A4 manusia yang terikat pada metyrapone dan progesteron.
Science. 2004; 305:683-686. [PubMed: 15256616]
19. Yano JK, Wester MR, Schoch GA, Griffin KJ, Stout CD, Johnson EF. Struktur sitokrom
mikrosomal manusia P450 3A4 ditentukan oleh kristalografi sinar-X dengan resolusi 2.05 Å. J.
Biol. Chem. 2004; 279:38091-38094. [PubMed: 15258162]
20. Wester MR, Yano JK, Schoch GA, Yang C, Griffin KJ, Stout CD, Johnson EF. Struktur
sitokrom P450 2C9 manusia yang dikomplekskan dengan flurbiprofen pada resolusi 2.0 Å. J.
Naskah Penulis
Biol. Chem. 2004; 279:35630-35637. [PubMed: 15181000]

21. Crane BR, Arvai AS, Ghosh DK, Wu C, Getzoff ED, Stuehr DJ, Tainer JA. Struktur dimer
oksigenase sintase oksida nitrat oksida dengan pterin dan substrat. Sains. 1998; 279:2121-
2126. [PubMed: 9516116]
22. Sundaramoorthy M, Terner J, Poulos TL. Struktur kristal kloroperoksidase: hibrida fungsi heme
peroksidase-sitokrom P450. Struktur. 1995; 3:1367-1377. [PubMed: 8747463]
23. Groves, JT. Model dan mekanisme aksi sitokrom P450. Dalam: Ortiz de Montellano, PR,
editor. Sitokrom P450: Struktur, Mekanisme, dan Biokimia. Edisi ke-3. New York: Kluwer
Academic/Plenum Publishers; 2005. p. 1-43.
24. Ortiz de Montellano, PR. Oksidasi substrat. Dalam: Ortiz de Montellano, PR, editor. Sitokrom
P450: Struktur, Mekanisme, dan Biokimia. 4th. New York: Springer; 2015. p. 111-176.
25. Guengerich FP. Reaksi sitokrom P450 yang umum dan tidak umum terkait dengan
metabolisme dan toksisitas bahan kimia. Chem. Res. toksikol. 2001; 14:611-650. [PubMed:
11409933]
Naskah Penulis
26. Isin EM, Guengerich FP. Reaksi kompleks yang dikatalisis oleh enzim sitokrom P450.
Biochim. Biofisika. Acta. 2007; 1770:314-329. [PubMed: 17239540]
27. Johnson EF, Stout CD. Keragaman struktural sitokrom P450 membran eukariotik. J. Biol.
Chem. 2013; 288:17082-17090. [PubMed: 23632020]
28. Pallan PS, Lei L, Wang C, Waterman MR, Guengerich FP, Egli M. Sumber Daya Penelitian:
Mengkorelasikan struktur kristal sitokrom P450 21A2 manusia dan fenotipe mutasi pada
hiperplasia adrenal kongenital. Mol. Endokrinol. 2015; 29:1375-1384. [PubMed: 26172259]
29. Pettersen EF, Goddard TD, Huang CC, Couch GS, Greenblatt DM, Meng EC, Ferrin TE. UCSF
Chimera-sebuah sistem visualisasi untuk penelitian dan analisis eksplorasi. J. Computat. Chem.
2004; 25:1605-1612.
30. Estrada DF, Laurence JS, Scott EE. Sitokrom P450 17A1 yang dimodulasi substrat dan sitokrom
b5 interaksi yang diungkap oleh NMR. J. Biol. Chem. 2013; 288:17008-17018. [PubMed: 23620596]
31. Guengerich FP. Membuat katalog repertoar obor alam, P450. Chem. Biol. 2009; 16: 1215 - 1216.
[PubMed: 20064429]
32. Guengerich FP, Munro AW. Enzim dan reaksi sitokrom P450 yang tidak biasa. J. Biol.
Naskah Penulis
Chem. 2013; 288:17065-17073. [PubMed: 23632016]

33. Poulos, T.L.; Johnson, E.F.. Struktur enzim sitokrom P450. Dalam: Ortiz de Montellano, PR,
editor. Sitokrom P450: Struktur, Fungsi, dan Biokimia. 4th. New York: Springer; 2015.
p. 3-32.
34. Porubsky PR, Meneely KM, Scott EE. Struktur sitokrom P-450 2E1 manusia. Wawasan tentang
pengikatan inhibitor dan substrat dengan berat molekul kecil dan asam lemak. J. Biol. Chem.
2008; 283:33698-33707. [PubMed: 18818195]
35. Schoch GA, Yano JK, Sansen S, Dansette PM, Stout CD, Johnson EF. Penentu pengikatan substrat
sitokrom P450 2C8: struktur kompleks dengan montelukast, troglitazone, felodipine, dan asam 9-
cis-retinoat. J. Biol. Chem. 2008; 283:17227-17237. [PubMed: 18413310]
36. Takahashi S, Nagano S, Nogawa T, Kanoh N, Uramoto M, Kawatani M, Shimizu T, Miyazawa T,
Shiro Y, Osada H. Analisis struktur-fungsi sitokrom P450revI yang terlibat dalam biosintesis
reveromisin A dan evaluasi aktivitas biologis substratnya, reveromisin T. J. Biol. Chem. 2014;
289:32446-32458. [PubMed: 25258320]
Naskah Penulis
37. Sansen S, Yano JK, Reynald RL, Schoch GA, Griffin KJ, Stout CD, Johnson EF. Adaptasi untuk
oksidasi hidrokarbon aromatik polisiklik yang ditunjukkan oleh struktur P450 1A2 manusia.
J. Biol. Chem. 2007; 282:14348-14355. [PubMed: 17311915]
38. Walsh AA, Szklarz GD, Scott EE. Struktur sitokrom P450 1A1 manusia dan kegunaannya dalam
memahami metabolisme obat dan xenobiotik. J. Biol. Chem. 2013; 288:12932-12943. [PubMed:
23508959]
39. Wang A, Savas U, Stout CD, Johnson EF. Karakterisasi struktural kompleks antara α-
naftoflavon dan sitokrom P450 1B1 manusia. J. Biol. Chem. 2011; 286:5736-5743. [PubMed:
21147782]
40. Ghosh D, Griswold J, Erman M, Pangborn W. Dasar struktural untuk spesifisitas androgen
dan sintesis estrogen dalam aromatase manusia. Nature. 2009; 457:219-223. [PubMed:
Naskah Penulis
19129847]
41. Lo J, Di Nardo G, Griswold J, Egbuta C, Jiang W, Gilardi G, Ghosh D. Dasar struktural untuk
peran fungsional residu kritis dalam sitokrom P450 aromatase manusia. Biokimia. 2013;
52:5821-5829. [PubMed: 23899247]
42. Petrunak EM, DeVore NM, Porubsky PR, Scott EE. Struktur sitokrom steroidogenik manusia
P450 17A1 dengan substrat. J. Biol. Chem. 2014; 289:32952-32964. [PubMed: 25301938]
43. Poulos TL, Finzel SM, Howard AJ. Struktur kristal Pseudomonas putida bebas substrat
sitokrom P-450. Biokimia. 1986; 25:5314-5322. [PubMed: 3768350]
44. Lee YT, Wilson RF, Rupniewski I, Goodin DB. P450cam mengunjungi konformasi terbuka
tanpa adanya substrat. Biokimia. 2010; 49:3412-3419. [PubMed: 20297780]
45. Tripathi S, Li H, Poulos TL. Dasar struktural untuk kontrol efektor dan pengenalan mitra redoks
dalam sitokrom P450. Sains. 2013; 340:1227-1230. [PubMed: 23744947]
46. Colthart AM, Tietz DR, Ni Y, Friedman JL, Dang M, Pochapsky TC. Deteksi perubahan
konformasi yang bergantung pada substrat dalam lipatan P450 oleh resonansi magnetik
Naskah Penulis
nuklir. Sci. Rep. 2016; 6: 22035. [PubMed: 26911901]

47. Yun CH, Kim KH, Calcutt MW, Guengerich FP. Analisis kinetik oksidasi kumarin oleh
sitokrom P450 2A6 manusia. J. Biol. Chem. 2005; 280:12279-12291. [PubMed: 15665333]
48. Griffin BW, Peterson JA. Pengikatan kamper oleh Pseudomonas putida sitokrom P-450.
Kinetika dan termodinamika reaksi. Biokimia. 1972; 11:4740-4746. [PubMed: 4655251]
49. Pallan PS, Wang C, Lei L, Yoshimoto FK, Auchus RJ, Waterman MR, Guengerich FP, Egli
M. Sitokrom P450 21A2 manusia, steroid 21-hidroksilase utama: Struktur kompleks substrat
progesteron enzim dan pembelahan ikatan C-H yang membatasi laju. J. Biol. Chem. 2015;
290:13128-13143. [PubMed: 25855791]
50. Bauer E, Guo Z, Ueng Y-F, Bell LC, Zeldin D, Guengerich FP. Oksidasi benzo [a] pirena oleh
enzim sitokrom P450 manusia rekombinan. Chem. Res. toksikol. 1995; 8:136-142. [PubMed:
7703357]
51. Ekroos M, Sjogren T. Dasar struktural untuk pergaulan ligan dalam sitokrom P450 3A4. Proc.
Natl. Acad. Sci. Amerika Serikat. 2006; 103: 13682 - 13687. [PubMed: 16954191]
52. Sevrioukova IF, Poulos TL. Wawasan struktural dan mekanistik ke dalam interaksi sitokrom
Naskah Penulis
P450 3A4 dengan bromoergocryptine, ligan Tipe I. J. Biol. Chem. 2012; 287:3510-3517.
[PubMed: 22157006]
53. Sevrioukova IF, Poulos TL. Stimulasi yang bergantung pada anion dari CYP3A4
monooksigenase. Biokimia. 2015; 54:4083-4096. [PubMed: 26066995]
54. Sevrioukova IF, Poulos TL. Analog ritonavir sebagai probe untuk menguraikan mekanisme
penghambatan sitokrom P450 3A4. Curr. Topik Med. Chem. 2014; 14:1348-1355.
55. Porubsky PR, Battaile KP, Scott EE. Struktur sitokrom P450 2E1 manusia dengan analog asam
lemak mengungkapkan mode pengikatan yang sebelumnya tidak teramati. J. Biol. Chem.
2010; 285:22282-22290. [PubMed: 20463018]
56. Ueng Y-F, Kuwabara T, Chun YJ, Guengerich FP. Kooperatifitas dalam oksidasi yang
dikatalisis oleh sitokrom P450 3A4. Biokimia. 1997; 36:370-381. [PubMed: 9003190]
57. Shou M, Grogan J, Mancewicz JA, Krausz KW, Gonzalez FJ, Gelboin HV, Korzekwa KR.
Aktivasi CYP3A4: Bukti untuk pengikatan simultan dari dua substrat di situs aktif sitokrom
P450. Biokimia. 1994; 33:6450-6455. [PubMed: 8204577]
Naskah Penulis
58. Zhao B, Guengerich FP, Bellamine A, Lamb DC, Izumikawa M, Lei L, Podust LM,
Sundaramoorthy M, Kalaitzis JA, Reddy LM, Kelly SL, Moore BS, Stec D, Voehler M, Falck
JR, Shimada T, Waterman MR. Pengikatan dua molekul substrat flaviolin, kopling oksidatif, dan
struktur kristal Streptomyces coelicolor A3 (2) sitokrom P450 158A2. J. Biol. Chem. 2005;
280:11599-11607. [PubMed: 15659395]
59. Wang A, Stout CD, Zhang Q, Johnson EF. Kontribusi interaksi ionik dan dinamika protein
terhadap pengikatan substrat dan inhibitor sitokrom P450 2D6 (CYP2D6). J. Biol. Chem. 2015;
290:5092-5104. [PubMed: 25555909]
60. Zhao B, Lei L, Kagawa N, Sundaramoorthy M, Banerjee S, Nagy LD, Guengerich FP,
Waterman MR. Struktur tiga dimensi steroid 21-hidroksilase (sitokrom P450 21A2) dengan dua
substrat mengungkapkan lokasi varian terkait penyakit. J. Biol. Chem. 2012; 287:10613-10622.
[PubMed: 22262854]
Naskah Penulis
61. Sevrioukova IF, Poulos TL. Membedah interaksi ligan sitokrom P450 3A4 menggunakan
analog ritonavir. Biokimia. 2013; 52:4474-4481. [PubMed: 23746300]
62. Huang MT, Chang RL, Fortner JG, Conney AH. Studi tentang mekanisme aktivasi
hidroksilasi benzo [a] pirena mikrosmal oleh flavonoid. J. Biol. Chem. 1981; 256:6829-6836.
[PubMed: 6263924]
63. Shimada T, Guengerich FP. Bukti untuk sitokrom P-450NF, oksidase nifedipin, sebagai enzim
utama yang terlibat dalam bioaktivasi aflatoksin dalam hati manusia. Proc. Natl. Acad. Sci.
U. S. A. 1989; 86: 462 - 465. [PubMed: 2492107]
64. Otey CR, Landwehr M, Endelman JB, Hiraga K, Bloom JD, Arnold FH. Rekombinasi
yang dipandu struktur menciptakan keluarga sitokrom P450 buatan. PLoS Biol. 2006; 4:
e112. [PubMed: 16594730]
65. Podust LM, Poulos TL, Waterman MR. Struktur kristal sitokrom P450 14a-sterol demetilase
(CYP51) dari Mycobacterium tuberculosis yang kompleks dengan inhibitor azole. Proc. Natl.
Acad. Sci. U. S. A. 2001; 98: 3068-3073. [PubMed: 11248033]
Naskah Penulis
66. Lepesheva GI, Park HW, Hargrove TY, Vanhollebeke B, Wawrzak Z, Harp JM,
Sundaramoorthy M, Nes WD, Pays E, Chaudhuri M, Villalta F, Waterman MR. Struktur kristal
Trypanosoma brucei sterol 14a-demethylase dan implikasi untuk pengobatan selektif infeksi
manusia. J. Biol. Chem. 2010; 285:1773-1780. [PubMed: 19923211]
67. Friggeri L, Hargrove TY, Rachakonda G, Williams AD, Wawrzak Z, Di Santo R, De Vita D,
Waterman MR, Tortorella S, Villalta F, Lepesheva GI. Dasar struktural untuk desain
rasional inhibitor yang menargetkan Trypanosoma cruzi sterol 14α-demetilase: Dua
wilayah molekul enzim mempotensiasi penghambatannya. J. Med. Chem. 2014; 57:6704-
6717. [PubMed: 25033013]
68. Strushkevich N, Usanov SA, Park HW. Dasar struktural penghambatan CYP51 manusia oleh
azol antijamur. J. Mol. Biol. 2010; 397: 1067-1078. [PubMed: 20149798]
69. Herzog K, Bracco P, Onoda A, Hayashi T, Hoffmann K, Schallmey A. Struktur kompleks enzim-
substrat CYP154C5 menjelaskan cara hidroksilasi steroid yang sangat selektif. Acta Crystallogr.
Bagian D, Biol. Kristalogr. 2014; 70: 2875-2889. [PubMed: 25372679]
70. Frank DJ, Madrona Y, Ortiz de Montellano PR. Oksidasi ester kolesterol oleh sitokrom
Naskah Penulis
P450 mikobakteri. J. Biol. Chem. 2014; 289:30417-30425. [PubMed: 25210044]

71. Ouellet H, Guan S, Johnston JB, Chow ED, Kells PM, Burlingame AL, Cox JS, Podust LM,
Ortiz de Montellano PR. Mycobacterium tuberculosis CYP125A1, steroid C27
monooksigenase yang mendetoksifikasi cholest-4-en-3-one yang dihasilkan secara intraseluler.
Mol. Mikrobiol. 2010; 77:730-742. [PubMed: 20545858]
72. Belcher J, McLean KJ, Matthews S, Woodward LS, Fisher K, Rigby SE, Nelson DR, Potts D,
Baynham MT, Parker DA, Leys D, Munro AW. Struktur dan sifat biokimia dari sitokrom P450
penghasil alkena OleTJE (CYP152L1) dari bakteri Jeotgalicoccus sp. 8456. J. Biol. Chem. 2014;
289:6535-6550. [PubMed: 24443585]
73. Fujishiro T, Shoji O, Nagano S, Sugimoto H, Shiro Y, Watanabe Y. Struktur kristal sitokrom
P450SPα yang bergantung pada H2O2 dengan substrat asam lemak yang terikat: Wawasan
tentang hidroksilasi regioselektif asam lemak pada posisi alfa. J. Biol Chem. 2011; 286:29941-
29950. [PubMed: 21719702]
74. Lee DS, Yamada A, Sugimoto H, Matsunaga I, Ogura H, Ichihara K, Adachi S, Park SY, Shiro
Y. Pengenalan substrat dan mekanisme molekuler hidroksilasi asam lemak oleh sitokrom P450
Naskah Penulis
dari Bacillus subtilis. Studi kristalografi, spektroskopi, dan mutasi. J. Biol. Chem. 2003;
278:9761-9767. [PubMed: 12519760]
75. Grant JL, Hsieh CH, Makris TM. Dekarboksilasi asam lemak menjadi alkena terminal oleh
senyawa sitokrom P450 I. J. Am. Chem. Soc. 2015; 137: 4940-4943. [PubMed: 25843451]
76. Zhao B, Guengerich FP, Voehler M, Waterman MR. Peran molekul air situs aktif dan gugus
hidroksil substrat dalam aktivasi oksigen oleh sitokrom P450 158A2: Mekanisme baru transfer
proton. J. Biol. Chem. 2005; 280:42188-42197. [PubMed: 16239228]
77. Han S, Pham TV, Kim JH, Lim YR, Park HG, Cha GS, Cha CH, Chun YJ, Kang LW, Kim
D. Karakterisasi fungsional CYP107W1 dari Streptomyces avermitilis dan biosintesis
Naskah Penulis
oligomisin makrolida A. Lengk. Biochem. Biofisika. 2015; 575: 1-7. [PubMed: 25849761]
78. Han S, Pham TV, Kim JH, Lim YR, Park HG, Cha GS, Cha CH, Chun YJ, Kang LW, Kim D.
Analisis struktural kompleks Streptomyces avermitilis CYP107W1-oligomisin A dan peran
residu triptofan 178. Mol. Sel. 2016; 39:211-216. [PubMed: 26883908]
79. Yasutake Y, Kitagawa W, Hata M, Nishioka T, Ozaki T, Nishiyama M, Kuzuyama T, Tamura
T. Struktur sitokrom P450 RauA penghidroksilasi N-kuininolon P450, sebuah enzim penting
yang memberikan aktivitas antibiotik pada alkaloid aurachin. FEBS Lett. 2014; 588: 105-110.
[PubMed: 24269679]
80. McLean KJ, Hans M, Meijrink B, van Scheppingen WB, Vollebregt A, Tee KL, van der Laan
JM, Leys D, Munro AW, van den Berg MA. Produksi fermentatif satu langkah dari obat penurun
kolesterol pravastatin melalui pemrograman ulang Penicillium chrysogenum. Proc. Natl. Acad.
Sci.
U. S A. 2015; 112: 2847-2852. [PubMed: 25691737]
81. Haslinger K, Cryle MJ. Struktur OxyAtei: Melengkapi gambaran kami tentang antibiotik
glikopeptida yang memproduksi kaskade sitokrom P450. FEBS Lett. 2016; 590: 571-581.
Naskah Penulis
[PubMed: 26820384]
82. Hargrove TY, Wawrzak Z, Domba DC, Guengerich FP, Lepesheva GI. Karakterisasi
struktur-fungsional sitokrom P450 sterol 14α-demetilase (CYP51B) dari Aspergillus
fumigatus dan dasar molekuler untuk pengembangan obat antijamur. J. Biol. Chem. 2015;
290:23916-23934. [PubMed: 26269599]
83. Ziniel PD, Karumudi B, Barnard AH, Fisher EM, Thatcher GR, Podust LM, Williams DL.
Sitokrom P450 (CYP3050A1) dari Schistosoma mansoni (CYP3050A1) sangat penting
untuk kelangsungan hidup cacing dan perkembangan telur. PLoS Neglected Trop. Dis. 2015;
10:e0004439.
84. Mahgoub A, Idle JR, Dring LG, Lancaster R, Smith RL. Hidroksilasi polimorfik
debrisoquine pada manusia. Lancet. 1977; ii: 584-586. [PubMed: 71400]
85. Rowland P, Blaney FE, Smyth MG, Jones JJ, Leydon VR, Oxbrow AK, Lewis CJ, Tennant
MG, Modi S, Eggleston DS, Chenery RJ, Bridges AM. Struktur kristal sitokrom P450 2D6
manusia. J. Biol. Chem. 2006; 281:7614-7622. [PubMed: 16352597]
Naskah Penulis
86. Wang A, Savas U, Hsu MH, Stout CD, Johnson EF. Struktur kristal sitokrom P450 2D6 manusia
dengan ikatan prinomastat. J. Biol. Chem. 2012; 287:10834-10843. [PubMed: 22308038]
87. Wolff T, Distlerath LM, Worthington MT, Groopman JD, Hammons GJ, Kadlubar FF, Prough
RA, Martin MV, Guengerich FP. Spesifisitas substrat dari sitokrom P-450 debrisoquin 4-
hidroksilase hati manusia yang diselidiki menggunakan penghambatan imunokimiawi dan
pemodelan kimiawi. Cancer Res. 1985; 45: 2116-2122. [PubMed: 3921236]
88. Koymans L, Vermeulen NPE, van Acker SABE, te Koppele JM, Heykants JJP, Lavrijsen K,
Meuldermans W, Donné-Op den Kelder GM. Model prediktif untuk substrat sitokrom P450-
debrisoquine (2D6). Chem. Res. toksikol. 1992; 5:211-219. [PubMed: 1379482]
89. Guengerich FP, Miller GP, Hanna IH, Martin MV, Leger S, Black C, Chauret N, Silva JM,
Trimble LA, Yergey JA, Nicoll-Griffith DA. Keragaman dalam oksidasi substrat oleh sitokrom
P450 2D6: Kurangnya peran wajib ikatan elektrostatik aspartat 301-substrat. Biokimia. 2002;
41:11025-11034. [PubMed: 12206675]
90. Ellis SW, Hayhurst GP, Smith G, Lightfoot T, Wong MMS, Simula AP, Ackland MJ, Sternberg
MJE, Lennard MS, Tucker GT, Wolf CR. Bukti bahwa asam aspartat 301 adalah residu kontak-
Naskah Penulis
substrat yang kritis di situs aktif sitokrom P450 2D6. J. Biol. Chem. 1995; 270:29055-29058.
[PubMed: 7493924]
91. Paine MJ, McLaughlin LA, Flanagan JU, Kemp CA, Kemp CA, Sutcliffe MJ, Roberts GC, Wolf
CR. Residu glutamat 216 dan aspartat 301 adalah penentu utama spesifisitas substrat dan
regioselektivitas produk dalam sitokrom P450 2D6. J. Biol. Chem. 2003; 278:4021-4027.
[PubMed: 12446689]
92. Brodney MA, Beck EM, Butler CR, Barreiro G, Johnson EF, Riddell D, Parris K, Nolan CE, Fan
Y, Atchison K, Gonzales C, Robshaw AE, Doran SD, Bundesmann MW, Buzon L, Dutra J,
Henegar K, LaChapelle E, Hou X, Rogers BN, Pandit J, Lira R, Martinez-Alsina L, Mikochik P,
Murray JC, Ogilvie K, Price L, Sakya SM, Yu A, Zhang Y, O'Neill BT. Memanfaatkan struktur
kompleks CYP2D6 dan BACE1 untuk mengurangi risiko interaksi obat-obat dengan serangkaian
inhibitor BACE1 yang berkhasiat terpusat. J. Med. Chem. 2015; 58:3223-3252. [PubMed:
25781223]
93. Smith RL. Penghargaan Paton Prize. Penemuan polimorfisme hidroksilasi debrisokuin:
dampak dan konsekuensi ilmiah dan klinis. Toksikologi. 2001; 168:11-19. [PubMed:
Naskah Penulis
11713734]
94. Kempf DJ, Marsh KC, Kumar G, Rodrigues AD, Denissen JF, McDonald E, Kukulka MJ, Hsu
A, Granneman GR, Baroldi PA, Sun E, Pizzuti D, Plattner JJ, Norbeck DW, Leonard JM.
Peningkatan farmakokinetik dari inhibitor protease virus human immunodeficiency dengan
pemberian bersama dengan ritonavir. Antimikroba. Agen Kemoterapi. 1997; 41:654-660.
[PubMed: 9056009]
95. Tempel W, Grabovec I, MacKenzie F, Dichenko YV, Usanov SA, Gilep AA, Park HW,
Strushkevich N. Karakterisasi struktural kolesterol 7α-hidroksilase manusia. J. Lipid Res.
2014; 55: 1925 - 1932. [PubMed: 24927729]
96. Shinkyo R, Xu L, Tallman KA, Cheng Q, Porter NA, Guengerich FP. Konversi 7-
dehidrokolesterol menjadi 7-ketokolesterol dikatalisis oleh sitokrom P450 7A1 manusia dan
terjadi melalui oksidasi langsung tanpa perantara epoksida. J. Biol. Chem. 2011; 286:33021-
33028. [PubMed: 21813643]
97. Ghosh D, Lo J, Morton D, Valette D, Xi J, Griswold J, Hubbell S, Egbuta C, Jiang W, An J,
Davies HM. Penghambat aromatase baru dengan desain yang dipandu struktur. J. Med. Chem.
Naskah Penulis
2012; 55:8464-8476. [PubMed: 22951074]

98. Di Nardo G, Breitner M, Bandino A, Ghosh D, Jennings GK, Hackett JC, Gilardi G. Bukti untuk
pKa aspartat yang meningkat di situs aktif aromatase manusia. J. Biol. Chem. 2015; 290:1186-
1196. [PubMed: 25425647]
99. Haider S, Islam B, D'Atri V, Sgobba M, Poojari C, Sun L, Yuen T, Zaidi M, New MI. Korelasi
struktur-fenotipe mutasi CYP21A2 manusia pada hiperplasia adrenal kongenital. Proc. Natl.
Acad. Sci. Amerika Serikat. 2013; 110: 2605 - 2610. [PubMed: 23359706]
100. DeVore NM, Scott EE. Struktur sitokrom P450 17A1 dengan obat kanker prostat
abiraterone dan TOK-001. Nature. 2012; 482:116-119. [PubMed: 22266943]
101. Katagiri M, Kagawa N, Waterman MR. Peran sitokrom b5 dalam biosintesis androgen
oleh P450c17 manusia. Arch. Biokimia. Biofisika. 1995; 317:343-347. [PubMed:
7893148]
102. Auchus RJ, Lee TC, Miller WL. Sitokrom b5 menambah aktivitas 17,20-lipase dari P450c17
manusia tanpa transfer elektron langsung. J. Biol. Chem. 1998; 273:3158-3165. [PubMed:
Naskah Penulis
9452426]
103. Pallan PS, Nagy LD, Lei L, Gonzalez E, Kramlinger VM, Azumaya CM, Wawrzak Z,
Waterman MR, Guengerich FP, Egli M. Dasar struktural dan kinetik aktivitas steroid 17α,20-
lipidase pada ikan teleost sitokrom P450 17A1 dan ketiadaannya pada sitokrom P450 17A2. J.
Biol. Chem. 2015; 290:3248-3268. [PubMed: 25533464]
104. Estrada DF, Skinner AL, Laurence JS, Scott EE. Pemilihan konformasi sitokrom P450 17A1
sitokrom manusia: Modulasi oleh ligan dan sitokrom b5. J. Biol. Chem. 2014; 289:14310-
14320. [PubMed: 24671419]
105. Estrada DF, Laurence JS, Scott EE. Interaksi sitokrom P450 17A1 dengan domain FMN dari
reduktase sebagaimana dicirikan oleh NMR. J. Biol. Chem. 2016; 291:3990-4003. [PubMed:
26719338]
106. Peng HM, Liu J, Forsberg SE, Tran HT, Anderson SM, Auchus RJ. Interaksi elektrostatik yang
relevan secara katalitik dari sitokrom P450c17 (CYP17A1) dan sitokrom b5. J. Biol. Chem.
2014; 289:33838-33849. [PubMed: 25315771]
107. Strushkevich N, MacKenzie F, Cherkesova T, Grabovec I, Usanov S, Park HW. Dasar
Naskah Penulis
struktural untuk biosintesis pregnenolon oleh sistem monooksigenase mitokondria. Proc. Natl.
Acad. Sci. Amerika Serikat. 2011; 108: 10139 - 10143. [PubMed: 21636783]
108. de Vries SJ, van Dijk M, Bonvin AM. Server web HADDOCK untuk docking biomolekuler
berbasis data. Nat. Protocols. 2010; 5:883-897. [PubMed: 20431534]
109. Imaoka S, Imai Y, Shimada T, Funae Y. Peran fosfolipid dalam bentuk sitokrom P450 3A yang
dilarutkan dan mekanisme aktivasi aktivitas katalitiknya. Biokimia. 1992; 31:6063- 6069.
[PubMed: 1627548]
110. Gillam EM, Baba T, Kim BR, Ohmori S, Guengerich FP. Ekspresi sitokrom P450 3A4
manusia yang dimodifikasi pada Escherichia coli dan pemurnian serta rekonstitusi enzim.
Naskah Penulis
Lengkungan. Biokimia. Biofisika. 1993; 305:123-131. [PubMed: 8342945]

111. Basudhar D, Madrona Y, Kandel S, Lampe JN, Nishida CR, Ortiz de Montellano PR. Analisis
dinamika konformasi yang bergantung pada ligan sitokrom P450 CYP119 CYP119 dengan NMR
dua dimensi dan kristalografi sinar-X. J. Biol. Chem. 2015; 290:10000-10017. [PubMed:
25670859]
112. Koshland DE Jr, Nemethy G, Filmer D. Perbandingan data pengikatan eksperimental dan model
teoritis dalam protein yang mengandung subunit. Biokimia. 1966; 5:365-385. [PubMed:
5938952].
113. Johnson KA. Peran kecocokan yang diinduksi dalam spesifisitas enzim: Sakelar maju /
mundur molekuler. J. Biol. Chem. 2008; 283:26297-26301. [PubMed: 18544537]
114. Kellinger MW, Johnson KA. Peran kecocokan yang diinduksi dalam membatasi diskriminasi
terhadap AZT oleh HIV reverse transcriptase. Biokimia. 2011; 50:5008-5015. [PubMed:
21548586]
115. Fersht, A. Struktur dan Mekanisme dalam Ilmu Protein. New York: Freeman; 1999. p. 125-131.
Naskah Penulis
116. Sevrioukova IF, Li H, Zhang H, Peterson JA, Poulos TL. Struktur kompleks transfer elektron
mitra sitokrom P450-redoks sitokrom P450. Proc. Natl. Acad. Sci. Amerika Serikat. 1999; 96:
1863 - 1868. [PubMed: 10051560]
117. Huang R, Zhang M, Rwere F, Waskell L, Ramamoorthy A. Karakterisasi kinetik dan struktural
dari interaksi antara domain pengikatan FMN dari sitokrom P450 reduktase dan sitokrom c. J.
Biol. Chem. 2015; 290:4843-4855. [PubMed: 25512382]
118. Asciutto EK, Young MJ, Madura J, Pochapsky SS, Pochapsky TC. Ansambel struktural solusi
dari sitokrom P450cam bebas substrat. Biokimia. 2012; 51:3383-3393. [PubMed: 22468842]
Naskah Penulis
Naskah Penulis
Pertanyaan-pertanyaan luar biasa

Naskah Penulis
- Ketika beberapa struktur P450 terlihat dengan ligan yang berbeda,

dapatkah kita secara akurat memprediksi apa yang akan terjadi pada
struktur dengan obat baru atau ligan lain?
- Bagaimana protein aksesori seperti NADPH-P450 reduktase dan

sitokrom b5 berikatan dengan P450? Struktur resolusi tinggi
dari kompleksnya dengan P450 diperlukan untuk memetakan
antarmuka pengikatan secara akurat.
- Bagaimana struktur P450 berubah ketika terikat pada protein aksesori

mereka (misalnya NADPH-P450 reduktase dan sitokrom b5)? Apakah
perubahan tersebut menjelaskan perilaku katalitik?
Seberapa berbedakah struktur varian P450 dengan aktivitas rendah
Naskah Penulis
-
yang telah diidentifikasi di klinik? Dapatkah kita merasionalisasi
aktivitas rendah dalam hal kecocokan substrat yang buruk, atau
apakah ini merupakan deformasi protein yang parah?
-
Bagaimana kooperasi heterotopik terjadi? Dapatkah kita menangkap
P450 dengan salah satu dari dua ligan yang ada?
-
Seberapa besar perubahan struktur saat P450 bergerak melalui siklus
katalitik? Saat ini kami hanya memiliki (sebagian) informasi ini dengan
P450cam.
-
Apakah ada port masuk dan keluar yang benar-benar terpisah pada
P450, atau apakah P450 hanya membuka dan menutup untuk mengikat
dan melepaskan ligan?
Naskah Penulis
Naskah Penulis
Kotak tren
Naskah Penulis
P450 adalah enzim dominan yang terlibat dalam metabolisme obat, serta steroid dan
karsinogen kimia.
Dalam 15 tahun terakhir, struktur kristal sinar-X dari hampir 40% P450 manusia telah
tersedia.
Struktur P450 dapat digunakan untuk memahami dasar molekuler dari kesalahan fungsi
endokrin.
Struktur P450 telah digunakan dalam memandu program pengembangan obat,
menghindari masalah ketersediaan hayati dan interaksi obat.
Beberapa P450 adalah target obat pada manusia, serta jamur, bakteri, dan parasit, dan
struktur P450 memfasilitasi penemuan obat di area ini.
Naskah Penulis
Naskah Penulis
Naskah Penulis
Naskah Penulis
Naskah Penulis
Gambar 1.
Gambar 2. Struktur tersier kompleks progesteron P450 21A2 dan konfigurasi situs aktif
(PDB 4Y8W; www.rcsb.org) [28]. (A) Diagram pita dari keseluruhan lipatan P450 21A2
dengan pewarnaan pelangi dari biru (ujung-N) ke merah (ujung-C). Elemen struktural
sekunder individu diberi label; atom karbon heme dan progesteron diwarnai dengan warna
abu-abu;
Fe3+ ditampilkan sebagai bola berwarna oranye. Membran P450 memiliki setidaknya 12 heliks α yang
Naskah Penulis
ditunjuk dengan huruf A hingga L dan domain β-sheet terminal-N dengan penomoran
untaian yang berurutan [27]. Inti protein terdiri dari heliks C, D, I, K, dan L serta lembaran
β yang membentuk bagian dari tempat pengikatan heme dan wilayah yang berdekatan di
mana protein mitra berlabuh. Substrat mengikat dalam celah di atas heme, dengan beberapa
saluran yang terbuka ke permukaan. Sistein katalitik terletak di sisi lain dari heme, sehingga
gugus tiolatnya menempati situs koordinasi aksial besi yang berlawanan dengan oksigen
yang terikat. Heliks B, C, F, dan G yang terletak lebih banyak di pinggiran protein dan
membentuk batas luar rongga substrat menunjukkan lebih banyak variasi struktural dan
dapat diharapkan untuk menunjukkan perilaku yang lebih dinamis seperti halnya ujung
terminal N dan C. (B) Tampilan close-up dari situs aktif dengan progesteron yang
dikelilingi oleh Fourier 2Fo-Fc menghilangkan kerapatan elektron yang digambar pada
ambang batas 1,2 σ. Asam amino yang dipilih dan heliks α yang membungkus heme atau
membentuk langit-langit situs aktif diberi label. Semua gambar dihasilkan dengan program
Naskah Penulis
UCSF Chimera [29].
Naskah Penulis
Naskah Penulis
Naskah Penulis
Gambar 2.
Struktur kristal dan volume situs aktif bakteri P450revI (PDB 3WVS) [36]. Diagram pita
P450revI dengan pewarnaan pelangi dari biru (ujung N) ke merah (ujung C). Situs aktif
dengan volume yang sangat besar ~2500 Å3 (perbedaan antara tubuh abu-abu dan magenta,
yang terakhir ditempati oleh heme yang merupakan bagian dari enzim) ditampilkan sebagai
permukaan semi-transparan, dan heme dan reveromisin T disorot dalam mode bola-dan-
tempel dengan atom karbon yang masing-masing diwarnai dengan warna magenta dan
hitam.
Naskah Penulis
Naskah Penulis
Naskah Penulis
Gambar 3.
Pengikatan dua ligan dalam struktur kristal kompleks P450: progesteron (PDB 4Y8W)
manusia [49] dan kompleks P450 21A2: 17α-hidroksiprogesteron (PDB 3QZ1) sapi [60].
(A) Superimposisi struktur kompleks manusia (hijau) dan sapi (merah muda) dengan ligan
yang terikat pada situs aktif kanonik (progesteron - mode tongkat dengan ikatan hitam, atau
17α-hidroksiprogesteron - mode bola-dan-tongkat dengan atom karbon berwarna abu-
abu) dan situs distal (17α-hidroksiprogesteron) yang diindikasikan. (B) Tampilan close-
up dari daerah situs distal yang ditumpangkan pada struktur kompleks manusia dan sapi,
dengan kepadatan jumlah elektron Fourier 2Fo-Fc dari struktur manusia (jaring hijau,
Naskah Penulis
ambang batas 0,7σ) yang menunjukkan pengikatan progesteron dengan hunian parsial di
lokasi yang cocok dengan situs distal 17α-hidroksiprogesteron pada struktur sapi. Heliks
dan asam amino yang dipilih diberi label.
Naskah Penulis
Naskah Penulis
Naskah Penulis
Naskah Penulis
Gambar 4.
Struktur kristal P450 105AS1 bebas ligan dan dengan ligan terikat (PDB 4OQR dan 4OQS,
masing-masing) [80]. Superimposisi struktur bebas ligan P450 105AS1 (pita krem dan
heme) dan struktur kompleks dengan compactin (pita cyan dan heme, dan ligan yang
digambarkan dalam mode bola-dan-tempel dengan atom karbon diwarnai dengan warna
magenta). Perbandingan tersebut menunjukkan reorientasi daerah loop B-C (kiri) dan
pergerakan heliks F dan G (atas).
Naskah Penulis
Naskah Penulis
Naskah Penulis
Naskah Penulis
Gambar 5.
Naskah Penulis
Lipatan struktur tersier yang serupa dari P450 17A1 manusia dan ikan zebra P450 17A1 /
A2 dan perbedaan halus di situs aktif ikan zebra P450 17A1 dan 17A2 [103]. (A) Hamparan
kompleks abiraterone (abi) dari P450 17A1 manusia (PDB 3RUK; coklat) [84] dan ikan
zebra 17A1 (PDB 4R1Z; hijau). (B) Hamparan kompleks abirateron ikan zebra P450 17A1
(hijau) dan P450 17A2 (PDB 4R20; merah muda). (C) Perbandingan antara konfigurasi
situs aktif kompleks zebrafish P450 17A1: abirateron (hijau), 17A2: abirateron (merah
muda) dan 17A2: progesteron (PDB 4R21; oranye) mengungkapkan lima perbedaan dalam
amino
komposisi asam 17A1 (dari manusia atau ikan zebra) dan 17A2 (dari ikan zebra) di sekitar
rongga heme dan di dekat langit-langit situs aktif. Label warna residu sesuai dengan struktur
Naskah Penulis
yang sesuai.
Naskah Penulis
Naskah Penulis
Naskah Penulis
Naskah Penulis
Naskah Penulis
Gambar 6.
Gambar 1. Struktur tiga dimensi kompleks P450. (A) Representasi permukaan kompleks
antara P450 17A1 manusia (abu-abu) dan sitokrom b5 (krem) berdasarkan analisis ikatan
silang dan spektrometri massa [106]. Model ini dibuat dengan program HADDOCK [108],
menggunakan koordinat sinar-X manusia 17A1 (PDB 3RUK) [100] dan koordinat NMR
manusia b5 (PDB 2I96). Dua jembatan garam yang diidentifikasi oleh XLMS disorot dengan
warna biru (lisin) dan merah (glutamat), dan residu terminal N dan C dari kedua protein
diberi label. (B) Struktur kristal kompleks antara P450 11A1 dan adrenodoxin (Adx, PDB
3N9Y) [107]. P450 11A1 ditampilkan dalam mode kartun dengan pewarnaan pelangi dari
Naskah Penulis
biru (ujung-N) ke merah (ujung-C), adrenodoksin digambarkan sebagai pita abu-abu gelap
(hanya sebagian dari Adx, residu Ser-28 ke Cys-95, yang terlihat dalam struktur kristal),
atom karbon
heme dan kolesterol masing-masing berwarna hitam dan abu-abu, dan zat besi (P450 Fe3+ dan
Gugus Adx [2Fe-2S]) dan atom belerang disorot sebagai bola merah muda dan kuning,
masing-masing. Kompleks yang digambarkan dalam dua panel ditampilkan dalam orientasi
yang sama.
Naskah Penulis
Naskah Penulis Naskah Penulis Naskah Penulis Naskah Penulis
Tabel 1
Klasifikasi P450 Manusia Berdasarkan Kelas Substrat Utama [7]
Peter Guengerich et al.

Sterol Xenobiotik Asam lemak Eikosanoid Vitamin Tidak
diketahui
1B1* 1A1* 2J2 4F2 2R1* 2A7
7A1* 1A2* 2U1 4F3 24A1** 2S1
7B1 2A6* 4A11 4F8 26A1 2W1

8B1 2A13* 4B1** 5A1 26B1 4A22
11A1* 2B6* 4F11 8A1* 26C1 4F22
11B1 2C8* 4F12 27B1 4X1
11B2* 2C9* 4V2 27C1 4Z1
17A1* 2C18 20A1
19A1* 2C19*
21A2* 2D6*
27A1 2E1*
39A1 2F1
46A1* 3A4*
51A1* 3A5
3A7
3A43
sinar-X yang
*Struktur kristal dilaporkan (untuk enzim manusia).
tikus
**Struktur kristal sinar-X atau kelinci yang dilaporkan.
n 28
Halama

Jenis Dan Fungsi Cyp450 Id

Diunggah oleh

Informasi Dokumen

Judul Asli

Hak Cipta

Format Tersedia

Bagikan dokumen Ini

Bagikan atau Tanam Dokumen

Opsi Berbagi

Apakah menurut Anda dokumen ini bermanfaat?

Apakah konten ini tidak pantas?

Hak Cipta:

Format Tersedia

Jenis Dan Fungsi Cyp450 Id

Diunggah oleh

Hak Cipta:

Format Tersedia

Subscribe to DeepL Pro to translate larger documents.

Visit www.DeepL.com/pro for more information.

Akses Publik HHS

Wawasan Struktural Terbaru tentang Fungsi Sitokrom P450

Pentingnya Enzim Sitokrom P450

Tujuan jangka panjangnya adalah pengembangan templat untuk enzim-enzim yang

Sejarah singkat pekerjaan struktural sebelumnya dengan P450

laboratorium Gunsalus pada tahun 1970-an dan strukturnya dipublikasikan pada

NADPH + H+ + RH + O2 → NADP+ + H2O + ROH

Masalah umum fleksibilitas lokasi aktif dan hunian ganda

Struktur P450 Mikroba

Struktur P450 Bakteri Terbaru

Pekerjaan struktural P450 terbaru dengan jamur dan parasit

tersedia; pemodelan telah dilakukan berdasarkan kelinci P450 2C5 [83].

Pekerjaan struktural terbaru yang terkait dengan metabolisme steroid

diposisikan untuk oksidasi, konsisten dengan reaksi 7-dehidrokolesterol. Struktur tersebut

P450 21A2 adalah steroid 21-hidroksilase utama dan membentuk 11-deoksikortikosteron

P450 17A1 agak membingungkan karena mengkatalisis dua oksidasi berikutnya -

ferri peroksida2(FeO -, Senyawa 0) menjadi oksigen perferril (FeO3+, Senyawa I) [103].

(menghasilkan kompleks yang sangat reaktif), ia terdisosiasi, sitokrom b5 mengikat dan

Fenomena umum reaksi P450 yang dipelajari dengan metode struktural

beberapa fenilimidazol tersubstitusi memunculkan dua konformasi tertutup yang

Kebutuhan masa depan dalam pekerjaan struktural P450

pengembangan teknologi kristalografi throughput yang lebih tinggi? Dapatkah sistem

32:1201-1208. [PubMed: 15304429]

Biol. Chem. 2004; 279:35630-35637. [PubMed: 15181000]

Chem. 2013; 288:17065-17073. [PubMed: 23632016]

nuklir. Sci. Rep. 2016; 6: 22035. [PubMed: 26911901]

P450 mikobakteri. J. Biol. Chem. 2014; 289:30417-30425. [PubMed: 25210044]

2012; 55:8464-8476. [PubMed: 22951074]

Lengkungan. Biokimia. Biofisika. 1993; 305:123-131. [PubMed: 8342945]

Pertanyaan-pertanyaan luar biasa

- Ketika beberapa struktur P450 terlihat dengan ligan yang berbeda,

- Bagaimana protein aksesori seperti NADPH-P450 reduktase dan

- Bagaimana struktur P450 berubah ketika terikat pada protein aksesori

UCSF Chimera [29].

Klasifikasi P450 Manusia Berdasarkan Kelas Substrat Utama [7]

Peter Guengerich et al.

7A1* 1A2* 2U1 4F3 24A1** 2S1

7B1 2A6* 4A11 4F8 26A1 2W1

8B1 2A13* 4B1** 5A1 26B1 4A22

11A1* 2B6* 4F11 8A1* 26C1 4F22

11B1 2C8* 4F12 27B1 4X1

11B2* 2C9* 4V2 27C1 4Z1

17A1* 2C18 20A1

Anda mungkin juga menyukai