KATA PENGANTAR

Assalamu’alaikum Warahmatullahi Wabarakatuh

Puji syukur diucapkan kehadirat Allah SWT, atas segala rahmat-Nya

sehingga makalah dengan judul “Regulasi Ekspresi Gen” ini dapat tersusun
sampai selesai. Tidak lupa kami mengucapkan terima kasih kepada Dosen
pengampu mata kuliah, Prof. Dr. Adnan, MS. atas bantuan materi dan juga
kepada pihak yang telah berkontribusi dengan memberikan sumbangan baik
pikiran maupun materi.
Penulis sangat berharap semoga makalah ini dapat menambah pengetahuan
dan pengalaman tentang Pengembangan Kreativitas dan Bakat Peserta Didik
bagi pembaca. Bahkan kami berharap lebih jauh lagi agar makalah ini bisa
pembaca praktikkan dalam kehidupan sehari-hari.
Bagi kami sebagai penyusun makalah merasa bahwa masih banyak
kekurangan dalam penyusanan makalan ini karena keterbatasan pengetahuan
dan pengalaman kami. Untuk itu kami sangat mengharapkan kritik dan saran
yang membangun dari pembaca demi kesempurnaan makalah ini.

Wassalamu’alaikum Warahmatullahi Wabarakatuh

Penulis

Kelompok 4

ii
 DAFTAR ISI

KATA PENGANTAR ............................................................................................... ii

DAFTAR ISI ............................................................................................................. iii
BAB I PENDAHULUAN............................................................................................ 1
A. Latar Belakang ................................................................................................ 1
B. Rumusan Masalah ........................................................................................... 2
C. Tujuan Penulisan ............................................................................................. 2
BAB II PEMBAHASAN.............................................................................................. 3
A. Perkenalan Gambaran Umum tentang Kontrol Gen ...................................... 3
B. Motif Pengikatan DNA dalam Protein Pengatur Gen .................................... 7
C. Cara Kerja Genetic Switches .......................................................................... 21
D. Struktur Kromatin dan Kontrol Ekspresi Gen ............................................... 35
F. Mekanisme Genetik Molekuler yang Menciptakan Sel Khusus Jenis ............ 41
G. Kontrol Pascatranskripsi ................................................................................ 56
BAB III KESIMPULAN DAN SARAN.................................................................... 77
A. Kesimpulan ..................................................................................................... 77
B. Saran .............................................................................................................. 78
DAFTAR PUSTAKA ............................................................................................... 79

iii
 PENDAHULUAN
A. Latar Belakang

Gen merupakan unit molekul DNA atau RNA dengan panjang molekul tertentu yang
membawa informasi mengenai urutan asam amino yang lengkap suatu protein atau yang
menentukanstruktur lengkap suatu molekul rRNA atau tRNA. Gen dapat diwariskan dan
diekspresikan. Ekspresi genetik adalah suatu rangkaian proses kompleks yang melibatkan
banyak faktor. Proses ekspresi gen adalah proses transformasi informasi genetik melalui
transkripsi dan translasi, untuk pembentukan protein dan enzim. secara umum, proses
ekspresi genetik dimulai dan diatur sejak pra-inisiasi transkripsi.Pada tiap organisme
(prokariot&eukariot) regulasi suatu gen terekspresi memiliki mekanisme yang berbeda.
Regulasi suatu gen berbeda-beda, bahkan dalam suatu individu terdapat gen yang
terusdiekspresi (Housekeeping Gene) dan ada gen yang hanya diekspresikan pada tempat dan
saat tertentusaja (Luxuries Gene). Regulasi ekspresi gen merupakan aspek yang sangat
penting bagi jasad hidup. Tanpa sistem pengendali yang efisien, sel akan kehilangan banyak
energi yang akan merugikan jasadhidup. Dalam sistem molekuler ada banyak sistem
pengendali ekspresi gen yang menentukan kapansuatu gen tertentu diaktifkan dan
diekspresikan untuk menghasilkan suatu produk ekspresi.
Regulasi gen adalah istilah informal yang digunakan untuk menggambarkan setiap
mekanismeyang digunakan oleh sel untuk menambah atau mengurangi produksi produk gen
tertentu (protein atauRNA). Sel dapat memodifikasi pola ekspresi gen mereka untuk memicu
jalur perkembangan,menanggapi rangsangan lingkungan, atau beradaptasi dengan sumber
makanan baru. Semua titik ekspresi gen dapat diatur. Ini termasuk transkripsi, pemrosesan
RNA dan transportasi, translasi dan modifikasi pasca-translasi protein, dan degradasi
mRNA.
Berdasarkan sel penyusunnya regulasi ekspresi gen dapat dikelompokkan atas regulasi
ekspresigen pada Prokariotik dan eukariotik. Pada Prokariotik, pengendalian ekspresi gen
hanya terjadi pada aras transkripsi. Sedangkan pada eukariotik pengendalian ekspresi gen
terjadi mulai dari transkripsisampai pasca translasi. Secara umum regulasi ekspresi gen dapat
ditinjau dari tiga sisi, yaitu sinyal pengendali ekspresi, aras pengendali ekspresi dan
mekanisme pengendalian. maka makalah ini dibuat untuk membahas lebih jelas mengenai
proses regulasi ekspresi prokariotik dan eukariotik.

1
B. Rumusan Masalah

Berdasarkan latar belakang di atas, maka rumusan masalah pada makalah ini adalah
sebagai berikut:
1. Bagaimana gambaran umum tentang kontrol gen?
2. Bagaimana pengikatan DNA dalam protein pengatur gen ?
3. Bagaimana cara kerja genetic switches ?
4. Bagaimana struktur kromatin dan kontrol ekspresi gen ?
5. Bagaimana mekanisme genetik molekuler yang menciptakan sel khusus ?
6. Bagaimana kontrol pascatranskripsi ?

C. Tujuan Penulisan

Berdasarkan rumusan masalah di atas, maka tujuan dari makalah ini adalah:

1. Untuk mengetahui gambaran umum tentang kontrol gen

2. Untuk mengetahui pengikatan DNA dalam protein pengatur gen
3. Untuk mengetahui cara kerja genetic switches
4. Untuk mengetahui struktur kromatin dan kontrol ekspresi gen
5. Untuk mengetahui mekanisme genetik molekuler yang menciptakan sel khusus
6. Untuk mengetahui kontrol pascatranskripsi

2
PEMBAHASAN

01 UMUM TENTANG
GAMBARAN

KONTROL GEN

Jenis sel yang berbeda dalam organisme ini alasan, dan karena diferensiasi sel
multisel berbeda secara dramatis baik biasanya tidak dapat diubah, para ahli
dalam struktur maupun fungsi. Jika kita biologi awalnya menduga demikian gen
membandingkan neuron mamalia mungkin hilang secara selektif ketika sel
dengan limfosit, misalnya, perbedaannya berdiferensiasi. Namun, sekarang kita
adalah sangat ekstrem sehingga sulit tahu sel itu diferensiasi umumnya
membayangkan bahwa kedua sel tergantung pada perubahan ekspresi gen
tersebut mengandung genom yang sama. daripada hilangnya gen.
Untuk

3
 4

A. Berbagai Jenis sel dari Organisme Multisesuler Mengandung DNA yang Sama

Jenis sel dalam organisme multiseluler menjadi berbeda satu sama lain karena mereka
mensintesis dan mengakumulasi kumpulan molekul RNA dan protein yang berbeda. Mereka
umumnya melakukan ini tanpa mengubah urutan DNA mereka. Bukti terbaik untuk
pelestarian genom selama diferensiasi sel berasal dari serangkaian eksperimen klasik pada
katak. Ketika nukleus sel katak yang berdiferensiasi penuh disuntikkan ke dalam telur katak
yang nukleusnya telah ada dikeluarkan, nukleus donor yang disuntikkan mampu
memprogram sel telur penerima untuk menghasilkan kecebong biasa. Karena kecebong
mengandung berbagai sel terdiferensiasi yang berasal dari mereka Urutan DNA dari inti sel
donor asli, mengikuti donor yang dibedakan sel tidak mungkin kehilangan urutan DNA yang
penting. Kesimpulan serupa telah dicapai di percobaan dilakukan dengan berbagai
tumbuhan. Di sini potongan-potongan jaringan tanaman yang berbeda ditempatkan kultur
dan kemudian dipisahkan menjadi sel tunggal. Seringkali, salah satu dari sel individu ini
dapat beregenerasi seluruh tanaman dewasa (Gambar 9-1).

Gambar 9-1. Regenerasi seluruh tumbuhan dari satu sel yang berdiferensiasi. Dalam
banyak jenis tumbuhan, sel-sel yang berdiferensiasi mempertahankan kemampuan untuk
"mendediferensiasi" sehingga sel tunggal dapat membentuk klon sel progeni yang
nantinya dapat memunculkan seluruh tanaman.

Bukti lebih lanjut bahwa blok besar DNA tidak hilang atau tersusun ulang selama vertebrata
pengembangan berasal dari membandingkan pola pita terperinci yang dapat dideteksi dalam
kondensasi kromosom pada mitosis. Dengan kriteria ini set kromosom semua sel-sel yang
berdiferensiasi dalam tubuh manusia tampak identik. Selain itu, perbandingan dari genom sel
yang berbeda berdasarkan teknologi DNA rekombinan telah ditunjukkan, secara umum
aturan, bahwa perubahan ekspresi gen yang mendasari perkembangan multiseluler organisme
tidak disertai dengan perubahan urutan DNA dari gen yang sesuai.

B. Jenis Sel yang Berbeda Menyintesis Kumpulan Protein yang Berbeda

Sebagai langkah pertama dalam mencoba memahami diferensiasi sel, seseorang ingin
mengetahui berapa jumlahnya perbedaan ada antara satu jenis sel dan yang lain. Meskipun
kita masih tidak tahu menjawab pertanyaan mendasar ini, pernyataan umum tertentu dapat
dibuat.
Banyak proses yang umum untuk semua sel, dan karena itu setiap dua sel dalam satu
organisme memiliki banyak protein yang sama. Ini termasuk beberapa protein berlimpah
yang mudah dianalisis, seperti protein struktural utama sitoskeleton dan kromosom,
beberapa di antaranya protein penting untuk retikulum endoplasma dan membran Golgi,
protein ribosom, dan segera. Banyak protein yang tidak melimpah, seperti berbagai enzim
yang terlibat dalam reaksi sentral metabolisme, juga sama di semua jenis sel.
Beberapa protein berlimpah dalam sel-sel khusus di mana mereka berfungsi dan tidak
bisa terdeteksi di tempat lain, bahkan dengan tes sensitif. Hemoglobin, misalnya, hanya
dapat dideteksi di dalam sel darah merah.
 5

Jika 2000 atau lebih protein yang paling melimpah (yang terdapat dalam jumlah 50.000
atau lebih salinan per sel) dibandingkan antara jenis sel yang berbeda dari organisme
yang sama menggunakan dua dimensi elektroforesis poliakrilamida-gel, sangat sedikit
perbedaan yang ditemukan. Apakah perbandingannya adalah antara dua garis sel yang
tumbuh dalam kultur (seperti garis sel otot dan saraf) atau di antara sel-sel dari dua
jaringan hewan pengerat muda (seperti hati dan paru-paru), sebagian besar dari protein
yang terdeteksi disintesis di kedua jenis sel dan pada tingkat yang berbeda kurang dari
satu factor dari lima; hanya beberapa persen dari protein yang hadir dalam jumlah yang
sangat berbeda dalam dua sel.
Studi tentang jumlah urutan mRNA yang berbeda dalam sel menunjukkan bahwa tipikal
lebih tinggi sel eukariotik mensintesis 10.000 hingga 20.000 protein berbeda. Sebagian besar
terlalu langka untuk menjadi terdeteksi oleh elektroforesis gel dua dimensi dari ekstrak sel.
Jika protein sel minor ini berbeda di antara sel pada tingkat yang sama dengan protein yang
lebih banyak, seperti yang umumnya diasumsikan, hanya sejumlah kecil perbedaan protein
(mungkin beberapa ratus) cukup untuk membuat sangat besar perbedaan morfologi sel dan
perilaku, jenis.

C. Sebuah Sel Dapat Mengubah Ekspresi Gennya Sebagai Respons ke Sinyal Eksternal

Sebagian besar sel khusus dalam organisme multisel mampu mengubah polanya ekspresi gen
sebagai respons terhadap isyarat ekstraseluler. Jika sel hati terpapar glukokortikoid hormon,
misalnya, produksi beberapa protein spesifik meningkat secara dramatis. Glukokortikoid
dilepaskan selama periode kelaparan atau olahraga intens dan memberi sinyal pada hati
untuk meningkatkan produksi glukosa dari asam amino dan molekul kecil lainnya;
sekumpulan dari protein yang produksinya diinduksi termasuk enzim seperti tyrosine amino-
transferase, yang membantu mengubah tirosin menjadi glukosa. Ketika hormon tidak lagi
hadir, produksi protein ini turun ke tingkat normal.

Jenis sel lain merespons glukokortikoid dengan cara yang berbeda. Pada sel lemak, misalnya,
produksi tyrosine aminotransferase berkurang, sedangkan beberapa jenis sel lainnya tidak
merespon. glukokortikoid sama sekali. Contoh-contoh ini mengilustrasikan fitur umum dari
spesialisasi sel - jenis sel yang berbeda sering merespons dengan cara yang berbeda terhadap
sinyal ekstraseluler yang sama. Mendasari spesialisasi ini adalah fitur yang tidak berubah,
yang memberikan setiap jenis sel secara permanen karakter yang khas. Fitur-fitur ini
mencerminkan ekspresi gigih dari set gen yang berbeda.

D. Ekspresi Gen Dapat Diatur pada Banyak Langkah di Jalur dari DNA ke RNA ke Protein

Jika perbedaan antara berbagai jenis sel suatu organisme tergantung pada gen tertentu itu
ekspresi sel, pada tingkat apa kontrol ekspresi gen dilakukan? ada banyak langkah-langkah
dalam jalur yang mengarah dari DNA ke protein, dan semuanya pada prinsipnya dapat
diatur. Dengan demikian sel dapat mengontrol protein yang dibuatnya dengan (1)
mengontrol kapan dan seberapa sering suatu gen diberikan ditranskripsi (kontrol transkripsi),
(2) mengontrol bagaimana transkrip RNA primer disambung atau jika tidak diproses
(kontrol pemrosesan RNA), (3) memilih mRNA mana yang telah selesai dalam sel nukleus
diekspor ke sitoplasma (kontrol transportasi RNA), (4) memilih mRNA mana di sitoplasma
diterjemahkan oleh ribosom (kontrol translasi), (5) secara selektif mendestabilisasi tertentu
molekul mRNA dalam sitoplasma (kontrol degradasi mRNA), atau (6) mengaktifkan secara
selektif, menonaktifkan, atau mengelompokkan molekul protein tertentu setelah dibuat
(kontrol aktivitas protein) (Gambar 9-2).
 6

Gambar 9-2. Enam langkah di mana ekspresi gen eukariota dapat dikontrol. Hanya
mengontrol itu beroperasi pada langkah 1 sampai 5 dibahas dalam bab ini. Pengaturan
aktivitas protein (langkah 6) dibahas dalam Bab 5; ini termasuk aktivasi atau inaktivasi
reversibel oleh protein fosforilasi serta inaktivasi ireversibel oleh degradasi proteolitik.

Untuk sebagian besar kontrol transkripsi gen adalah yang terpenting. Ini masuk akal karena,
dari semua titik kontrol yang mungkin diilustrasikan pada Gambar 9-2, hanya kontrol
transkripsional yang memastikan tidak ada intermediet yang berlebihan disintesis. Pada
bagian berikut kita membahas DNA dan komponen protein yang mengatur inisiasi
transkripsi gen. Kami kembali pada akhir bab ke cara-cara lain untuk mengatur ekspresi gen.

RINGKASAN

Genom sel berisi dalam urutan DNA-nya informasi untuk menghasilkan ribuan molekul
protein dan RNA yang berbeda. Sel biasanya hanya mengekspresikan sebagian kecil dari
gennya, dan berbagai jenis sel dalam organisme multisel muncul karena kumpulan gen yang
berbeda menyatakan. Selain itu, sel dapat mengubah pola gen yang diekspresikan sebagai
responsnya perubahan di lingkungan mereka, seperti sinyal dari sel lain. Meskipun semua
langkah terlibat dalam mengekspresikan gen pada prinsipnya dapat diatur, untuk sebagian
besar gen inisiasi RNA transkripsi adalah titik kontrol yang paling penting
 02
MOTIF PENGIKATAN
DNA PADA PROTEIN
PENGATUR GEN

Transkripsi setiap gen dikendalikan oleh daerah pengatur DNA di dekat lokasi tempat
transkripsi dimulai. Beberapa wilayah pengaturan sederhana dan bertindak sebagai sakelar yang
dilemparkan oleh sinyal tunggal. Wilayah regulasi lainnya kompleks dan bertindak sebagai
mikroprosesor kecil, yang merespons ke berbagai sinyal yang mereka interpretasikan dan
integrasikan untuk menghidupkan atau mematikan gen tetangga. Apakah rumit atau sederhana,
perangkat switching ini terdiri dari dua tipe dasar komponen:

Regangan pendek DNA Protein pengatur gen yang

dengan urutan tertentu. mengenali dan mengikat mereka.

7
 8

A. Protein Pengatur Gen Ditemukan Menggunakan Bakteri Genetika

Analisis genetik pada bakteri yang dilakukan pada 1950-an memberikan bukti pertama
keberadaannya protein pengatur gen yang menghidupkan atau mematikan kumpulan gen
tertentu. Salah satu regulator tersebut, yaitu represor lambda, dikodekan oleh virus bakteri,
bacteriophage lambda. Represor dimatikan gen virus yang mengkode komponen protein dari
partikel virus baru dan karenanya memungkinkan genom virus tetap menjadi penumpang
diam dalam kromosom bakteri, mengalikan dengan bakteri ketika kondisi menguntungkan
untuk pertumbuhan bakteri. Lambda represor adalah salah satu protein pengatur gen
pertama yang dicirikan, dan tetap menjadi salah satunya yang paling dipahami, seperti yang
akan kita bahas nanti. Regulator bakteri lainnya merespons nutrisi kondisi dengan
mematikan gen yang mengkode set tertentu dari enzim metabolisme ketika mereka tidak
diperlukan. Represor lac, misalnya, protein bakteri pertama yang dikenali, mematikan
produksi protein yang bertanggung jawab untuk metabolisme laktosa saat gula ini absen dari
media.

Langkah pertama menuju pemahaman regulasi gen adalah isolasi strain mutan bakteri dan
bacteriophage lambda yang tidak mampu mematikan set gen tertentu. Itu diusulkan di waktu,
dan kemudian terbukti, bahwa sebagian besar mutan ini kekurangan protein yang bertindak
sebagai spesifik represor untuk set gen ini. Karena protein ini, seperti kebanyakan protein
pengatur gen, hadir dalam jumlah kecil, sulit dan memakan waktu untuk mengisolasi mereka.
Mereka akhirnya dimurnikan dengan fraksionasi ekstrak sel pada serangkaian kolom
kromatografi standar. Setelah diisolasi, protein terbukti berikatan dengan urutan DNA
tertentu dekat dengan gen yang mereka atur. Urutan DNA yang tepat yang mereka kenali
saat itu ditentukan oleh kombinasi genetika klasik, pengurutan DNA, dan jejak DNA
percobaan.

B. Bagian Luar Heliks DNA Dapat Dibaca oleh Protein

DNA dalam kromosom terdiri dari heliks ganda yang

sangat panjang. Protein pengatur gen harus mengenali
urutan nukleotida spesifik yang tertanam di dalamnya
struktur ini. Awalnya diperkirakan bahwa protein ini
mungkin memerlukan akses langsung ke ikatan hidrogen
antara pasangan basa di bagian dalam heliks ganda untuk
membedakan antara satu. Urutan DNA dan lainnya.
Namun sekarang jelas bahwa bagian luar heliks ganda
adalah bertatahkan informasi sekuens DNA yang tidak
dapat dikenali oleh protein pengatur gen harus membuka
heliks ganda. Tepi setiap pasangan basa terlihat di
permukaan heliks ganda, menghadirkan pola khas donor
ikatan hidrogen, akseptor ikatan hidrogen, dan tambalan
hidrofobik untuk dikenali protein baik di alur mayor
maupun minor (Gambar 9-4). Tetapi hanya pada alur
utama yang polanya unik untuk masing-masing dari
empat pasangan basa pengaturan (Gambar 9-5).
Gambar 9-3. Struktur DNA heliks
Untuk alasan ini, protein pengatur gen umumnya
ganda. Alur mayor dan minor di
berikatan dengan yang utama alur, seperti yang akan
bagian luar heliks ganda ditunjukkan.
kita lihat.
Atom-atom diwarnai sebagai berikut:
karbon, biru tua; nitrogen, ringan
biru; hidrogen, putih; oksigen, merah;
fosfor, kuning.
 9

Gambar 9-4. Bagaimana perbedaan pasangan basa dalam DNA dapat dikenali dari
tepinya tanpa perlu membuka heliks ganda. Empat kemungkinan konfigurasi pasangan
basa ditunjukkan, dengan donor ikatan hidrogen ditunjukkan dengan warna biru,
akseptor ikatan hidrogen dengan warna merah, dan ikatan hidrogen diri mereka sendiri
sebagai serangkaian redlines paralel pendek. Gugus metil, yang membentuk hidrofobik
tonjolan, ditunjukkan dengan warna kuning, dan atom hidrogen yang melekat pada
karbon, dan karena itu tidak tersedia untuk ikatan hidrogen, berwarna putih.

Gambar 9-5. Kode pengenalan DNA. Tepi setiap pasangan basa, terlihat di sini melihat
langsung ke alur mayor atau minor, mengandung pola khas donor ikatan hidrogen,
ikatan hidrogen akseptor, dan gugus metil. Dari alur utama, masing-masing dari empat
konfigurasi pasangan basa memproyeksikan pola fitur yang unik. Namun, dari alur
minor, polanya serupa G-C dan C-G serta untuk A-T dan T-A. Kode warnanya sama
dengan yang ada di Gambar 9-4.
 10

Meskipun pola kelompok donor dan akseptor ikatan hidrogen adalah yang paling penting
fitur yang dikenali oleh protein pengatur gen, mereka bukan satu-satunya: nukleotida urutan
juga menentukan geometri keseluruhan heliks ganda.

C. Geometri Heliks Ganda DNA Tergantung pada Urutan Nukleotida

Selama 20 tahun setelah penemuan heliks ganda DNA pada tahun 1953, DNA dianggap
memiliki struktur monoton yang sama, dengan putaran heliks tepat 36° di antara pasangan
nukleotida yang berdekatan (10 pasang nukleotida per putaran heliks) dan geometri heliks
yang seragam. Pandangan ini didasarkan pada studi struktural campuran heterogen molekul
DNA, bagaimanapun, dan itu berubah sekali struktur tiga dimensi molekul DNA pendek
dari urutan nukleotida yang ditentukan diselesaikan dengan kristalografi sinar-x dan
spektroskopi NMR. Sedangkan studi sebelumnya memberikan gambar molekul DNA rata-
rata yang diidealkan, studi selanjutnya menunjukkan bahwa setiap nukleotida diberikan
urutan memiliki penyimpangan lokal, seperti pasangan nukleotida yang miring atau sudut
putaran heliks yang lebih besar atau lebih kecil dari 36°. Fitur unik ini dapat dikenali oleh
protein pengikat DNA spesifik.

Keberangkatan yang sangat mencolok dari struktur rata-rata terlihat dalam kasus nukleotida
urutan yang menyebabkan heliks ganda DNA membengkok. Beberapa urutan (misalnya,
AAAANNN, di mana N dapat menjadi basis apa pun kecuali A) membentuk heliks ganda
dengan ketidakteraturan yang jelas yang menyebabkan sedikit tikungan; jika urutan ini
diulang pada interval 10-nukleotida-pasangan dalam molekul DNA yang panjang, lekukan-
lekukan kecil itu menyatu sehingga molekul DNA tampak melengkung luar biasa jika dilihat
dari dalam mikroskop elektron.

Fitur variabel yang terkait dan sama pentingnya dari struktur DNA adalah sejauh mana
kembarannya heliks dapat dideformasi. Agar protein mengenali dan mengikat urutan DNA
tertentu, harus ada menjadi sangat cocok antara DNA dan protein, dan seringkali
konformasi DNA normal harus demikian terdistorsi untuk memaksimalkan kecocokan ini
(Gambar 9-7). Biaya energik dari distorsi tersebut tergantung pada urutan nukleotida lokal.
Kami menemukan contohnya dalam diskusi tentang nukleosom perakitan di Bab 8: beberapa
urutan DNA dapat mengakomodasi pembungkusan DNA yang ketat yang diperlukan untuk
pembentukan nukleosom lebih baik daripada yang lain. Demikian pula, beberapa protein
pengatur gen menginduksi tikungan yang mencolok pada DNA ketika mereka berikatan
dengannya (Gambar 9-8). Secara umum, protein ini dikenali Urutan DNA yang mudah
ditekuk.

Gambar 9-7. Deformasi DNA yang disebabkan oleh

pengikatan protein. Gambar tersebut menunjukkan
perubahan DNA struktur, dari B-DNA biasa (A) ke
versi terdistorsi dari B-DNA (B), yang diamati saat
protein pengatur gen yang dipelajari dengan baik
(penekan dari bakteriofag 434) berikatan dengan
spesifik urutan DNA. Kemudahan urutan DNA
dapat dideformasi sering mempengaruhi afinitas
dengan mana protein mengikatnya
 11

Gambar 9-8. Pembengkokan DNA

diinduksi oleh pengikatan protein
aktivator katabolit (CAP). CAP
adalah protein pengatur gen dari E.
coli. Dengan tidak adanya protein
yang terikat, heliks DNA ini lurus

D. Urutan DNA Pendek Merupakan Komponen Dasar dari Sakelar Genetik

Kita telah melihat bagaimana urutan nukleotida tertentu dapat dideteksi sebagai pola
struktural fitur pada permukaan heliks ganda DNA. Urutan nukleotida tertentu, masing-
masing biasanya panjangnya kurang dari 20 pasang nukleotida, berfungsi sebagai komponen
fundamental dari saklar genetik dengan melayani sebagai situs pengenalan untuk pengikatan
protein pengatur gen tertentu. Ratusan urutan DNA seperti itu telah diidentifikasi, masing-
masing dikenali oleh protein pengatur gen yang berbeda atau oleh satu set protein pengatur
gen terkait. Beberapa contoh protein tersebut tercantum dalam Tabel 9-1 bersama dengan
urutan DNA yang mereka kenali.

Kita sekarang beralih ke protein pengatur gen - komponen fundamental kedua dari genetic
sakelar - yang mengenali urutan DNA pendek dan spesifik yang terkandung dalam heliks
ganda yang jauh lebih panjang.

E. Protein Pengatur Gen Mengandung Motif Struktural Itu Dapat Membaca Urutan
DNA

Pengenalan molekuler dalam biologi

umumnya bergantung pada kecocokan
yang tepat antara dua permukaan
molekul, dan studi tentang protein
pengatur gen telah memberikan beberapa
contoh paling jelas dari prinsip ini. Protein
pengatur gen mengenali urutan DNA
spesifik karena permukaan protein secara
luas melengkapi fitur permukaan khusus
dari ganda spiral di wilayah itu. Dalam
kebanyakan kasus, protein membuat
sejumlah besar kontak dengan DNA,
melibatkan ikatan hidrogen, ikatan ion,
dan interaksi hidrofobik. Meskipun
masing-masing individu kontak lemah, 20
atau lebih kontak yang biasanya terbentuk
pada antarmuka protein-DNA bertambah
bersama untuk memastikan bahwa
interaksinya sangat spesifik dan sangat
kuat (Gambar 9-9). Nyatanya, Interaksi Gambar 9-9. Pengikatan protein pengatur gen
DNA-protein adalah salah satu interaksi ke alur utama DNA. Hanya satu jenis kontak
molekuler yang paling ketat dan paling ditampilkan. Biasanya, antarmuka protein-
spesifik yang diketahui biologi. DNA akan terdiri dari 10 hingga 20 kontak,
melibatkan asam amino yang berbeda, masing-
masing berkontribusi pada energi pengikat
protein- interaksi DNA
 12

Meskipun setiap contoh pengenalan protein-DNA memiliki detail yang unik, kristalografi
sinar-x dan Studi spektroskopi NMR dari sekitar 30 protein pengatur gen yang
dikomplekskan dengan urutan DNA spesifiknya telah mengungkapkan bahwa banyak dari
protein tersebut mengandung salah satu dari sekumpulan kecil pengikat DNA. motif
struktural. Masing-masing motif ini menggunakan lembaran heliks atau b untuk mengikatnya
alur utama DNA; alur ini, seperti yang telah kita lihat, berisi informasi yang cukup untuk
dibedakan satu urutan DNA dari yang lain. Kesesuaiannya sangat bagus sehingga tergoda
untuk berspekulasi bahwa dimensi unit struktural dasar asam nukleat dan protein berevolusi
bersama untuk memungkinkan molekul-molekul ini untuk saling mengunci.

F. Motif Helix-Turn-Helix Merupakan Salah Satu Motif Yang Paling Sederhana Dan
Terampil Motif pengikat DNA yang umum

Motif protein pengikat DNA pertama yang dikenali adalah helix-turn-helix. Awalnya
diidentifikasi dalam protein bakteri, motif ini telah ditemukan pada ratusan protein pengikat
DNA dari baik eukariota maupun prokariota. Itu dibangun dari dua heliks yang
dihubungkan oleh pendek rantai asam amino yang diperpanjang, yang merupakan "putaran".
Kedua heliks ditahan pada posisi tetap sudut, terutama melalui interaksi antara dua heliks.
Semakin banyak karboksil-terminal heliks disebut heliks pengenalan karena cocok dengan
alur utama DNA; sisi asam aminonya rantai, yang berbeda dari protein ke protein,
memainkan peran penting dalam mengenali DNA spesifik urutan yang mengikat protein
(Gambar 9-10).
Gambar 9-10. Motif helix-turn-helix
pengikat DNA. Motif ditunjukkan
pada (A), dimana masing-masing
berwarna putih lingkaran menunjukkan
karbon pusat dari asam amino.
Terminal karboksil heliks (merah)
disebut pengakuan heliks karena
berpartisipasi dalam pengenalan DNA
urutan-spesifik. Seperti yang
ditunjukkan pada (B), heliks ini cocok
dengan alur utama DNA, di mana ia
bersinggungan dengan tepi pasangan
basa (lihat juga Gambar 9-4).

Di luar wilayah helix-turn-helix

struktur berbagai protein yang
mengandung motif ini bisa
sangat bervariasi (Gambar 9-11).
Jadi setiap protein
"menghadirkan" motif heliks-
putar-heliksnya ke dalam DNA
cara yang unik, fitur yang
dianggap meningkatkan
keserbagunaan motif helix-turn- Gambar 9-11. Beberapa protein pengikat DNA helix-
helix meningkatkan jumlah turn-helix. Semua protein mengikat DNA sebagai dimer
urutan DNA yang dapat di mana dua salinan heliks pengenalan (silinder merah)
digunakan untuk mengenali dipisahkan tepat satu putaran heliks DNA (3,4 nm).
motif. Apalagi di sebagian besar Helix kedua dari motif helix-turn-helix berwarna biru,
protein ini, bagian dari rantai seperti pada Gambar 9-10. Represor lambda dan protein
polipeptida di luar domain helix- cro mengontrol ekspresi gen lambda bakteriofag, dan
turn-helix juga membuat kontak represor triptofan dan protein aktivator katabolit (CAP)
penting dengan DNA, membantu mengontrol ekspresi set gen E. coli.
menyempurnakan interaksi.
 13

Kelompok protein helix-turn-helix yang ditunjukkan pada Gambar 9-11 menunjukkan ciri
yang umum untuk banyak protein pengikat DNA urutan-spesifik. Mereka mengikat sebagai
dimer simetris ke DNA urutan yang terdiri dari dua "setengah situs" yang sangat mirip, yang
juga diatur simetris (Gambar 9-12). Pengaturan ini memungkinkan setiap monomer protein
untuk membuat hamper set kontak yang identik dan sangat meningkatkan afinitas
pengikatan: sebagai pendekatan pertama, menggandakan jumlah kontak menggandakan
energi bebas interaksi tetapi mengkuadratkan afinitas konstan.

Gambar 9-12. Urutan DNA

spesifik yang dikenali oleh
protein lambda cro
bakteriofag. Itu nukleotida
berlabel hijau dalam urutan ini
disusun secara simetris,
memungkinkan setiap
setengahnya situs DNA untuk
dikenali dengan cara yang
sama oleh setiap monomer
protein, juga ditunjukkan
dengan warna hijau

G. Protein Homeodomain Adalah Kelas Khusus dari Helix-Turn-Helix Protein

Tidak lama setelah protein pengatur gen pertama ditemukan pada bakteri, analisis genetik
masuk lalat buah Drosophila mengarah pada karakterisasi kelas gen yang penting, homeotik
gen pemilih, yang memainkan peran penting dalam mengatur perkembangan lalat. Mereka
sejak itu terbukti memiliki peran mendasar dalam perkembangan hewan tingkat tinggi Sehat.
Mutasi pada gen ini menyebabkan salah satu bagian tubuh lalat diubah menjadi bagian tubuh
lainnya, menunjukkan bahwa protein yang mereka sandikan mengendalikan sakelar
perkembangan.

Ketika urutan nukleotida dari beberapa gen pemilih homeotik ditentukan di awal 1980-an,
masing- masing terbukti mengandung 60 asam amino yang hampir identik yang
mendefinisikan kelas ini protein dan disebut homeodomain. Ketika struktur tiga dimensi dari
homeodomain terpecahkan, terlihat mengandung motif helix-turn-helix terkait dengan itu
protein pengatur gen bakteri, memberikan salah satu indikasi pertama bahwa prinsip-prinsip
gen regulasi yang ditetapkan pada bakteri juga relevan dengan organisme yang lebih tinggi.
Lebih dari 60 protein homeodomain sekarang telah ditemukan di Drosophila saja, dan
homeodomain protein telah diidentifikasi di hampir semua organisme eukariotik yang telah
dipelajari, dari ragi kepada manusia.

Struktur homeodomain yang terikat pada urutan DNA spesifiknya ditunjukkan pada
Gambar 9-13. Sedangkan motif helix-turn-helix dari protein pengatur gen bakteri sering
tertanam di dalamnya konteks struktural yang berbeda, motif helix-turn-helix dari
homeodomain selalu dikelilingi oleh struktur yang sama (yang membentuk sisa
homeodomain), menunjukkan bahwa motifnya selalu disajikan kepada DNA dengan cara
dasar yang sama. Memang, studi struktural menunjukkan bahwa ragi protein homeodomain
dan protein homeodomain Drosophila mengenali DNA hampir persis dengan cara yang
sama, meskipun identik hanya pada 17 dari 60 posisi asam amino.
 14

Gambar 9-13. Sebuah homeodomain terikat pada urutan DNA spesifiknya.

Homeodomain dilipat menjadi tiga heliks, yang dikemas rapat oleh interaksi hidrofobik
(A). Bagian yang mengandung heliks 2 dan 3 sangat mirip dengan motif heliks-putar-
heliks, dengan pengenalan heliks (merah) membuat kontak penting dengan alur utama
(B). Asn heliks 3, misalnya, kontak adenin, seperti yang ditunjukkan pada Gambar 9-9.
Pasangan nukleotida juga dihubungi di bawah umur alur oleh lengan fleksibel yang
melekat pada heliks 1. Homeodomain yang ditampilkan di sini berasal dari gen ragi
protein pengatur, tetapi hampir identik dengan dua homeodomain dari Drosophila, yang
berinteraksi dengan DNA dengan cara yang sama. (Diadaptasi dari C. Wolberger et al.,
Cell 67:517-528, 1991. © CellTekan.)

H. Ada Beberapa Jenis Motif Jari Seng Pengikat DNA

Motif helix-turn-helix hanya terdiri dari asam amino. Kelompok penting kedua dari
pengikatan DNA motif, sebaliknya, menggunakan satu atau lebih molekul seng sebagai
komponen struktural. Meskipun semua motif pengikat DNA yang terkoordinasi dengan seng
disebut jari seng, deskripsi ini hanya mengacu pada penampilan mereka dalam gambar
skematik yang berasal dari penemuan awal mereka (Gambar 9-14A). Studi struktural
selanjutnya menunjukkan bahwa, pada kenyataannya, mereka hanya terbagi dalam beberapa
kelompok dua di antaranya dipertimbangkan di sini. Jenis pertama awalnya ditemukan pada
protein itu mengaktifkan transkripsi RNA ribosom eukariotik. Ini adalah struktur sederhana,
terdiri dari sebuah sebuah heliks dan lembaran b disatukan oleh seng (Gambar 9-14B). Jari
seng jenis ini sering terjadi ditemukan dalam gugusan dengan jari-jari seng tambahan,
tersusun satu demi satu sehingga membentuk heliks masing-masing dapat menghubungi alur
utama DNA, membentuk bentangan heliks yang hampir terus menerus sepanjang alur.
Dengan cara ini interaksi DNA-protein yang kuat dan spesifik dibangun melalui a
pengulangan unit struktur dasar (Gambar 9-15). Keunggulan khusus dari motif ini adalah
kekuatannya dan spesifisitas interaksi DNA-protein dapat disesuaikan selama evolusi dengan
mengubah jumlah pengulangan jari seng. Sebaliknya, sulit membayangkan bagaimana motif
lainnya dibahas dalam bagian ini dapat dibentuk menjadi rantai berulang.
 15

Gambar 9-15. Pengikatan DNA oleh protein jari seng. (A) Struktur fragmen tikus protein
pengatur gen yang terikat pada situs DNA spesifik. Protein ini mengenali DNA
menggunakan tiga jari seng tipe Cys-Cys-His-His (lihat Gambar 9-14) yang disusun
sebagai pengulangan langsung. (B) Itu tiga jari memiliki urutan asam amino yang serupa
dan menghubungi DNA dengan cara yang serupa. Di keduanya (A) dan (B) atom seng di
setiap jari diwakili oleh sebuah bola kecil. (Diadaptasi dari N. Pavletich dan C. Pabo,
Science252:810-817, 1991. © 1991 the AAAS.)

I. Sheets Juga Bisa Mengenali DNA

Dalam motif pengikatan DNA yang dibahas sejauh ini, heliks digunakan sebagai mekanisme
utama untuk mengenali urutan DNA tertentu. Namun, satu kelompok protein pengatur gen
telah berevolusi strategi pengakuan yang sama sekali berbeda dan tidak kurang cerdik.
Dalam hal ini informasi tentang permukaan alur utama dibaca oleh lembaran b beruntai dua,
dengan rantai samping asam amino memanjang dari lembaran menuju DNA. Seperti halnya
pengakuan helix, motif b-sheet ini dapat digunakan untuk mengenali banyak sekuens DNA
yang berbeda; tepat. Urutan DNA yang dikenali tergantung pada urutan asam amino yang
menyusun b sheet

J. Motif Ritsleting Leusin Memediasi Pengikatan DNA dan Dimerisasi Protein

Sebagian besar protein pengatur gen mengenali DNA sebagai dimer, mungkin karena, seperti
yang telah kita lihat, ini adalah cara sederhana untuk mencapai pengikatan spesifik yang kuat
(lihat Gambar 9-12). Biasanya porsi dari protein yang bertanggung jawab untuk dimerisasi
berbeda dari bagian yang bertanggung jawab untuk DNA mengikat (lihat Gambar 9-11).
Namun, satu motif menggabungkan dua fungsi ini dengan elegan dan cara ekonomis. Disebut
motif leucine zipper, dinamakan demikian karena cara keduanya heliks, satu dari masing-
masing monomer, bergabung bersama untuk membentuk gulungan-gulungan pendek. Heliks
disatukan oleh interaksi antara sisi asam amino hidrofobik rantai (sering pada leusin) yang
memanjang dari satu sisi setiap heliks. Tepat di luar dimerisasi antarmuka dua heliks terpisah
satu sama lain untuk membentuk struktur berbentuk Y, yang memungkinkan rantai samping
mereka untuk menghubungi alur utama DNA. Dimer dengan demikian mencengkeram heliks
ganda seperti jepitan pada tali jemuran (Gambar 9-18).
 16

Gambar 9-18. Dimer ritsleting leusin yang terikat pada

DNA. Dua domain pengikat DNA a-heliks (bawah)
dimerisasi melalui daerah ritsleting leusin a-heliks
(atas) untuk membentuk struktur berbentuk Y terbalik.
Setiap lengan Y dibentuk oleh satu heliks, satu dari
setiap monomer, yang memediasi pengikatan urutan
DNA spesifik dalam alur utama DNA. Setiap heliks
berikatan dengan setengah dari struktur DNA simetris.
(Diadaptasi dari T.E. Ellenberger et al., Cell71:1223-
1237, 1992. © Cell Tekan.)

Protein pengatur gen yang mengandung motif ritsleting leusin dapat membentuk salah satu
homodimer, di mana dua monomer identik, atau heterodimer, di mana monomernya
berbeda. Karena heterodimer biasanya terbentuk dari dua protein dengan spesifisitas
pengikatan DNA yang berbeda, kemampuan protein ritsleting leusin untuk membentuk
heterodimer sangat memperluas repertoar pengikatan DNA spesifisitas yang dapat
ditampilkan oleh protein ini. Seperti yang diilustrasikan pada Gambar 9-19, misalnya, tiga
spesifisitas pengikatan DNA yang berbeda, pada prinsipnya, dapat dihasilkan dari dua jenis
monomer, sementara enam dapat dibuat dari tiga jenis monomer, dan seterusnya. Ini adalah
contoh dari kontrol kombinatorial, di mana kombinasi protein, bukan protein individual,
mengendalikan proses seluler. Ini adalah salah satu mekanisme terpenting yang digunakan
oleh sel eukariotik untuk mengontrol ekspresi gen. Seperti yang akan kita bahas nanti,
pembentukan kompleks pengatur gen heterodimerik hanyalah salah satu dari beberapa
mekanisme kombinatorial untuk mengendalikan ekspresi gen.

Gambar 9-19. Heterodimerisasi protein ritsleting leusin dapat mengubah spesifisitas

pengikatan DNA mereka. Homodimer ritsleting leucine berikatan dengan urutan DNA
simetris, seperti yang ditunjukkan di tangan kiri dan gambar tengah. Kedua protein ini
2.mengenali
Jenis Sel urutan
yang Berbeda Menyintesis
DNA yang berbeda, Kumpulan Protein
seperti yang yang Berbeda
ditunjukkan oleh warna merah dan
daerah biru dalam DNA. Dua monomer yang berbeda dapat bergabung untuk
membentuk heterodimer, yang sekarang mengenali urutan DNA hibrida, terdiri dari satu
wilayah merah dan satu wilayah biru.

Ada banyak jenis protein ritsleting leusin, dan semuanya tidak dapat membentuk heterodimer
dengan satu lain. Kalau tidak, jumlah pembicaraan silang antara sirkuit pengatur gen sel
akan menjadi begitu besar untuk menyebabkan kekacauan. Bisa atau tidaknya suatu
heterodimer tertentu dapat terbentuk bergantung pada caranya baik permukaan hidrofobik
dari dua ritsleting leusin sebuah heliks bertautan satu sama lain, yang, di gilirannya,
tergantung pada urutan asam amino yang tepat dari dua daerah ritsleting. Jadi setiap leusin
protein ritsleting dalam sel dapat membentuk dimer dengan hanya satu set kecil protein
ritsleting leusin lainnya.
 17

J. Protein Pengatur Gen Ditemukan Menggunakan Bakteri Genetika

Motif pengikat DNA penting lainnya, terkait dengan ritsleting leucine, adalah helix-loop-
helix (HLH) motif, yang tidak boleh disamakan dengan motif helix-turn-helix yang dibahas
sebelumnya. Motif HLH terdiri dari heliks pendek yang dihubungkan dengan loop ke detik,
heliks yang lebih panjang. Fleksibilitas dari loop memungkinkan satu heliks untuk melipat
kembali dan mengemas yang lain, twohelix ini struktur mengikat DNA dan motif HLH dari
protein HLH kedua. Seperti leusin protein ritsleting, protein HLH kedua bisa sama
(menghasilkan homodimer) atau berbeda (menghasilkan heterodimer), dan heliks yang
memanjang dari antarmuka dimerisasi menjadi spesifik kontak dengan DNA.

Beberapa protein HLH tidak memiliki ekstensi a-heliks yang bertanggung jawab untuk
mengikat DNA. Ini protein terpotong dapat membentuk heterodimer dengan protein HLH
panjang penuh, tetapi heterodimernya tidak dapat mengikat DNA dengan erat karena
mereka hanya dapat membentuk setengah dari kontak yang diperlukan. Jadi, di selain
menciptakan dimer aktif dari spesifisitas DNA hibrid, heterodimerisasi memberikan manfaat
mekanisme kontrol, memungkinkan sel untuk menonaktifkan protein pengatur gen spesifik.

K. Belum Mungkin Memprediksi Urutan DNA Diakui oleh Protein Pengatur Gen

Berbagai motif pengikatan DNA yang telah kita diskusikan memberikan kerangka struktural
dari mana rantai samping asam amino spesifik meluas untuk menghubungi pasangan basa
spesifik dalam DNA. Itu masuk akal untuk bertanya, oleh karena itu, apakah ada kode
pengenalan pasangan asam-basa amino sederhana: adalah basa G-C pasangan, misalnya,
selalu dihubungkan oleh rantai samping asam amino tertentu? Jawabannya tampaknya
menjadi tidak. Kita telah membahas di Bab 3 bagaimana permukaan protein dari hampir
semua bentuk dan kimia bisa dibuat dari hanya 20 asam amino yang berbeda, dan protein
pengatur gen menggunakan berbeda kombinasi rantai sampingnya untuk menciptakan
permukaan yang tepat melengkapi permukaan urutan DNA yang dikenalinya. Oleh karena
itu, tampaknya pasangan basa yang sama dapat dikenali dalam banyak hal. Namun
demikian, ahli biologi molekuler akan segera memahami pengenalan protein-DNA cukup
baik untuk dapat merancang protein yang akan mengenali urutan DNA tertentu.

L. Uji Pergeseran Mobilitas Gel Memungkinkan Protein Pengikat DNA Urutan-spesifik

untuk Dideteksi dengan Mudah
Analisis genetik, yang menyediakan rute ke protein pengatur gen bakteri, ragi, dan
Drosophila, biasanya tidak mungkin pada vertebrata. Oleh karena itu dilakukan isolasi gen
vertebrata protein pengatur harus menunggu pengembangan pendekatan yang berbeda.
Banyak dari ini pendekatan bergantung pada deteksi dalam ekstrak sel dari protein pengikat
DNA yang spesifik mengenali urutan DNA yang diketahui penting dalam mengendalikan
ekspresi tertentu gen. Cara paling umum untuk mendeteksi protein pengikat DNA spesifik
urutan adalah dengan menggunakan teknik yang didasarkan pada pengaruh protein terikat
pada migrasi molekul DNA dalam suatu Medan listrik.

Molekul DNA bermuatan sangat negatif dan karena itu akan bergerak cepat menuju positif
elektroda ketika dikenai medan listrik. Ketika dianalisis dengan poliakrilamida-gel
elektroforesis, molekul DNA dipisahkan menurut ukurannya karena molekulnya lebih kecil
mampu menembus jaring gel halus lebih mudah daripada yang besar. Molekul protein terikat
ke molekul DNA akan menyebabkannya bergerak lebih lambat melalui gel; secara umum,
semakin besar terikat protein, semakin besar keterbelakangan molekul DNA. Fenomena ini
memberikan dasar untuk uji pergeseran gel-mobilitas, yang memungkinkan bahkan jumlah
jejak dari protein pengikat DNA spesifik-sekuens dapat dengan mudah dideteksi.
 18

Dalam pengujian fragmen DNA pendek dengan panjang tertentu dan urutan (diproduksi
baik oleh kloning DNA atau sintesis kimia) diberi label radioaktif dan dicampur dengan
ekstrak sel; campuran tersebut kemudian dimasukkan ke dalam gel poliakrilamida dan
dikenakan ke elektroforesis. Jika fragmen DNA sesuai dengan wilayah kromosom, misalnya,
mengikat beberapa protein spesifik urutan, autoradiografi akan mengungkapkan serangkaian
pita DNA, masing-masing terbelakang ke tingkat yang berbeda dan mewakili kompleks
DNA-protein yang berbeda. Protein bertanggung jawab untuk setiap pita pada gel kemudian
dapat dipisahkan satu sama lain secara berurutan fraksinasi ekstrak sel (Gambar 9-22).

Gambar 9-22. Uji pergeseran gel-mobilitas. Prinsip pengujian ditunjukkan secara

skematis dalam (A). Di dalam contoh ini ekstrak garis sel penghasil antibodi dicampur
dengan DNA radioaktif fragmen yang mengandung sekitar 160 nukleotida dari urutan
DNA pengatur dari pengkodean gen rantai ringan antibodi yang dibuat oleh garis sel.
Pengaruh protein dalam ekstrak pada mobilitas fragmen DNA dianalisis dengan
elektroforesis poliakrilamida-gel diikuti oleh autoradiografi. Fragmen DNA bebas
mengalir dengan cepat ke bagian bawah gel, sementara itu fragmen yang terikat pada
protein terbelakang; temuan enam pita terbelakang menunjukkan bahwa ekstrak
mengandung enam protein pengikat DNA urutan-spesifik yang berbeda (ditunjukkan
sebagai C1-C6) itu mengikat urutan DNA ini. (Untuk kesederhanaan, setiap fragmen
DNA dengan lebih dari satu protein terikat telah dihilangkan dari gambar.) Dalam (B)
ekstrak difraksinasi dengan kromatografi standar teknik (atas), dan setiap fraksi
dicampur dengan fragmen DNA radioaktif, diterapkan ke satu jalur gel poliakrilamida,
dan dianalisis seperti pada (A). (B, dimodifikasi dari C. Scheidereit, A. Heguy, dan R.G.
Roeder, Cell 51:783-793, 1987. © Cell Press.)

M. Kromatografi Afinitas DNA Memfasilitasi Pemurnian Protein pengikat DNA

spesifik urutan
Metode pemurnian yang sangat kuat yang disebut kromatografi afinitas DNA dapat
digunakan sekali urutan DNA yang dikenali oleh protein pengatur gen telah ditentukan.
Sebuah beruntai ganda oligonukleotida dari urutan yang benar disintesis dengan metode
kimia dan dihubungkan ke matriks berpori yang tidak larut seperti agarosa; matriks dengan
oligonukleotida terpasang kemudian digunakan untuk membuat kolom yang secara selektif
mengikat protein yang mengenali DNA tertentu berurutan (Gambar 9-23). Pemurnian
sebesar 10.000 kali lipat dapat dicapai dengan cara ini usaha yang relatif kecil.
 19

Gambar 9-23. kromatografi afinitas DNA. Pada langkah pertama semua protein yang
dapat mengikat DNA adalah dipisahkan dari sisa protein seluler pada kolom yang berisi
sejumlah besar urutan DNA yang berbeda. Sebagian besar protein pengikat DNA urutan-
spesifik memiliki kelemahan (nonspesifik) afinitas untuk DNA massal dan karena itu
dipertahankan pada kolom. Afinitas ini disebabkan sebagian besar untuk daya tarik
ionik, dan protein dapat dicuci dari DNA dengan larutan yang mengandung konsentrasi
garam sedang. Pada langkah kedua campuran protein pengikat DNA adalah melewati
kolom yang hanya berisi DNA dari urutan tertentu. Biasanya, semua pengikatan DNA
protein akan menempel pada kolom, sebagian besar melalui interaksi nonspesifik. Ini
adalah lagi dielusi oleh larutan konsentrasi garam sedang, meninggalkan kolom hanya itu
protein (biasanya satu atau hanya beberapa) yang mengikat secara khusus dan karena itu
sangat erat dengan urutan DNA tertentu. Protein yang tersisa ini dapat dielusi dari kolom
dengan larutan mengandung konsentrasi garam yang sangat tinggi.

Meskipun sebagian besar protein yang mengikat urutan DNA tertentu ada dalam beberapa
ribu salinan per sel eukariotik yang lebih tinggi (dan umumnya hanya mewakili sekitar satu
bagian dalam 50.000 dari protein sel total), protein murni yang cukup biasanya dapat
diisolasi dengan kromatografi afinitas untuk diperoleh urutan asam amino parsial. Urutan ini
kemudian dapat digunakan untuk mensintesis oligonukleotida probe yang pada gilirannya
dapat digunakan untuk mengidentifikasi klon cDNA yang sesuai karena secara khusus
hibridisasi dengan urutan yang mengkode protein. Klon menyediakan urutan asam amino
lengkap dari protein serta sarana untuk menghasilkan protein dalam jumlah yang tidak
terbatas.

Dalam beberapa kasus, metode kedua, yang bahkan bisa lebih kuat daripada afinitas DNA
kromatografi, dapat digunakan lebih langsung untuk mendapatkan klon cDNA yang
mengkodekan suatu urutan tertentu protein pengikat DNA. Metode ini dimulai dengan
perpustakaan cDNA yang dikloning secara tepat vektor ekspresi yang dirancang. Sebuah
koloni bakteri individu (jika vektor ekspresi adalah plasmid) atau plak bakteriofag (jika
vektor ekspresi adalah virus). menghasilkan sejumlah besar protein yang dikodekan oleh
cDNA yang dikandungnya. Untuk menemukan yang langka koloni yang menghasilkan
protein yang diinginkan, suatu oligonukleotida yang mengandung protein yang diinginkan
urutan pengenalan diberi label radioaktif dan digunakan untuk menyelidiki replika bercak
kertas dari kultur yang membawa ribuan koloni individu. Beberapa koloni itu menghasilkan
protein yang secara spesifik mengikat oligonukleotida berlabel radioaktif yang ditumbuhkan
secara selektif dan diuji lebih lanjut untuk menemukan salah satu yang menghasilkan protein
yang diinginkan.
 20

Karena metode ampuh ini baru saja dikembangkan, hanya sebagian kecil dari sekian banyak
ribuan protein pengikat DNA urutan-spesifik dianggap hadir dalam eukariotik yang lebih
tinggi sel telah diisolasi sejauh ini.

RINGKASAN

Protein pengatur gen mengenali bentangan pendek DNA heliks ganda dari urutan yang
ditentukan dan dengan demikian menentukan mana dari ribuan gen dalam sel yang akan
ditranskripsi. Ratusan protein pengatur gen telah diidentifikasi dalam berbagai macam
organisme. Meskipun masing-masing
protein ini memiliki ciri unik, sebagian besar berikatan dengan DNA sebagai homodimer atau
heterodimer dan mengenali DNA melalui salah satu dari sejumlah kecil motif struktural,
termasuk helix-turn-helix motif, motif homeodomain, motif jari seng, motif leucine zipper,
dan helix-loop-helix motif. Urutan asam amino yang tepat yang dilipat ke dalam motif
menentukan DNA tertentu urutan yang dikenali. Beberapa teknik ampuh tersedia yang
memanfaatkan urutan DNA spesifisitas protein pengatur gen untuk mengidentifikasi dan
mengisolasi protein ini dan gen yang menyandikannya.
 CARA KERJA
03 GENETIC SWITCHES

Pada bagian sebelumnya kami Studi paralel pada bakteriofag lambda

menjelaskan komponen dasar dari saklar menghasilkan banyak kesimpulan yang
genetik - protein pengatur gen dan sama dan membantu membangun dasar
sekuens DNA spesifik yang dikenali oleh pemahaman kita tentang bagaimana
protein ini. Pada bagian ini kita ekspresi gen diatur. Prinsip yang sama
membahas bagaimana komponen ini berlaku untuk sel eukariotik, meskipun
beroperasi untuk menghidupkan dan kompleksitas pengaturan gen yang
mematikan gen sebagai respons terhadap sangat besar pada organisme yang lebih
berbagai sinyal. Hanya 40 tahun yang tinggi, dikombinasikan dengan
lalu, gagasan bahwa gen dapat komplikasi bahwa DNA dalam
dinyalakan dan dimatikan adalah organisme ini dikemas menjadi
revolusioner. Konsep ini merupakan kromatin, menciptakan tantangan
kemajuan besar, dan awalnya berasal khusus dan beberapa peluang baru
dari studi tentang bagaimana bakteri untuk kontrol, seperti yang akan kita
beradaptasi terhadap perubahan lihat. Akan tetapi, kita mulai dengan
komposisi media pertumbuhannya. contoh paling sederhana - sakelar on-off
pada bakteri yang merespons satu sinyal.

21
 22

A. Represor Tryptophan Adalah Sakelar Sederhana Yang Berputar Gen Hidup dan
Mati pada Bakteri
Kromosom bakteri E. coli, organisme bersel tunggal, terdiri dari molekul DNA sirkular
tunggal yang terdiri dari sekitar 5 × 106 pasangan nukleotida. DNA ini, pada prinsipnya,
cukup untuk menyandikan sekitar 4000 protein, meskipun hanya sebagian kecil yang dibuat
pada satu waktu. E. coli mengatur ekspresi banyak gennya sesuai dengan sumber makanan
yang tersedia di lingkungan. Lima kode gen E. coli untuk enzim yang memproduksi asam
amino triptofan, dan ini disusun dalam kelompok pada kromosom dan ditranskripsi dari
promotor tunggal sebagai satu molekul mRNA panjang (Gambar 9-24).

Gambar 9-24. Gen-gen yang berkelompok dalam E. coli yang mengkode enzim yang memproduksi asam amino triptofan.
Kelima gen ini ditranskripsi sebagai molekul mRNA tunggal, sebuah fitur yang memungkinkan ekspresinya dikontrol secara
terkoordinasi. Kelompok gen yang ditranskripsi sebagai molekul mRNA tunggal umum ditemukan pada bakteri. Setiap
cluster tersebut disebut operon.v

Seperti dijelaskan dalam Bab 6, promotor adalah urutan DNA spesifik yang mengarahkan
RNA polimerase untuk berikatan dengan DNA, membuka heliks ganda DNA, dan mulai
mensintesis molekul RNA. Namun, ketika triptofan hadir dalam media pertumbuhan dan
memasuki sel (misalnya, ketika bakteri berada di usus mamalia yang baru saja memakan
makanan protein), enzim ini tidak lagi diperlukan dan produksinya terhenti.
Kita melihat di Bab 6 bahwa E. coli RNA polimerase yang dimurnikan dapat berikatan
dengan promotor dan inisiasi transkripsi DNA. Beberapa promotor bakteri, bagaimanapun,
hanya sedikit berfungsi dengan sendirinya, baik karena mereka dikenali dengan buruk oleh
RNA polimerase atau karena polimerase mengalami kesulitan membuka heliks DNA saat
memulai transkripsi. Dalam kedua kasus promotor yang berfungsi buruk ini dapat
diselamatkan oleh protein pengatur gen yang mengikat ke situs terdekat pada DNA,
menghubungi polimerase RNA dengan cara yang secara dramatis meningkatkan kemungkinan
bahwa transkrip akan dimulai. Karena bentuk pengikat DNA yang aktif dari protein semacam
itu mengaktifkan gen , mode pengaturan gen ini disebut kontrol positif, dan protein pengatur
gen yang berfungsi dengan cara ini dikenal sebagai aktivator transkripsi atau protein aktivator
gen.
Kami sekarang memahami dasar molekuler untuk sakelar ini dengan sangat rinci. Di
dalam promotor yang mengarahkan transkripsi gen biosintetik triptofan terdapat operator.
Operator ini hanyalah wilayah pendek DNA pengatur dari urutan nukleotida yang ditentukan
yang dikenali oleh protein pengatur gen helix-turn-helix yang disebut penekan triptofan (lihat
Gambar 9-11). Promotor dan operator diatur sedemikian rupa sehingga penempatan operator
oleh represor triptofan memblokir akses ke promotor oleh RNA polimerase, sehingga
mencegah ekspresi enzim penghasil triptofan (Gambar 9-25). Blok ini diatur dengan cara yang
cerdik: protein represor dapat berikatan dengan DNA operatornya hanya jika represor juga
mengikat dua molekul asam amino triptofan. Seperti yang ditunjukkan pada Gambar 9-26,
pengikatan triptofan memiringkan motif heliks-putar-heliks dari represor sehingga ditampilkan
dengan baik pada alur utama DNA; tanpa triptofan, motif berayun ke dalam dan protein tidak
dapat mengikat operator. Dengan demikian penekan triptofan adalah perangkat sederhana
yang mengaktifkan dan menonaktifkan produksi enzim biosintetik triptofan sesuai dengan
ketersediaan triptofan bebas. Karena bentuk protein pengikat DNA yang aktif berfungsi untuk
mematikan gen , mode pengaturan gen ini disebut kontrol negatif, dan protein pengatur gen
yang berfungsi dengan cara ini disebut penekan transkripsi atau protein penekan gen.
 23

Gambar 9-11. Beberapa protein pengikat DNA helix-turn-helix. Semua protein mengikat DNA sebagai dimer
di mana dua salinan heliks pengenalan (silinder merah) dipisahkan tepat satu putaran heliks DNA (3,4 nm).
Helix kedua dari motif helix-turn-helix berwarna biru, seperti pada Gambar 9-10. Represor lambda dan protein
cro mengontrol ekspresi gen lambda bakteriofag, dan represor triptofan dan protein aktivator katabolit (CAP)
mengontrol ekspresi set gen E. coli .

Gambar 9-25. Mengaktifkan dan menonaktifkan gen triptofan. Jika kadar triptofan di dalam sel rendah, RNA
polimerase berikatan dengan promotor dan mentranskripsi lima gen operon triptofan (trp) . Namun, jika
tingkat triptofan tinggi, represor triptofan diaktifkan untuk berikatan dengan operator, di mana ia memblokir
pengikatan RNA polimerase ke promotor. Setiap kali tingkat triptofan intraseluler turun, represor melepaskan
triptofannya dan menjadi tidak aktif, memungkinkan polimerase untuk mulai menyalin gen-gen ini.

B. Aktivator Transkripsi Mengaktifkan Gen

Kita melihat di Bab 6 bahwa E. coli RNA polimerase yang dimurnikan dapat berikatan
dengan promotor dan inisiasi transkripsi DNA. Beberapa promotor bakteri, bagaimanapun,
hanya sedikit berfungsi dengan sendirinya, baik karena mereka dikenali dengan buruk oleh
RNA polimerase atau karena polimerase mengalami kesulitan membuka heliks DNA saat
memulai transkripsi. Dalam kedua kasus promotor yang berfungsi buruk ini dapat
diselamatkan oleh protein pengatur gen yang mengikat ke situs terdekat pada DNA,
menghubungi polimerase RNA dengan cara yang secara dramatis meningkatkan
kemungkinan bahwa transkrip akan dimulai. Karena bentuk pengikat DNA yang aktif dari
protein semacam itu mengaktifkan gen , mode pengaturan gen ini disebut kontrol positif, dan
protein pengatur gen yang berfungsi dengan cara ini dikenal sebagai aktivator transkripsi
atau protein aktivator gen.
Seperti pada kontrol negatif oleh represor transkripsional, aktivator transkripsional dapat
beroperasi sebagai saklar genetik on-off sederhana. Protein aktivator bakteri CAP (protein
aktivator katabolit), misalnya, mengaktifkan gen yang memungkinkan E. coli menggunakan
sumber karbon alternatif ketika glukosa, sumber karbon pilihannya tidak tersedia Penurunan
 24

kadar glukosa menginduksi

peningkatan AMP siklik molekul
pensinyalan intraseluler, yang
berikatan dengan protein CAP,
memungkinkannya untuk
mengikat DNA spesifiknya di
dekat promotor target dan
dengan demikian mengaktifkan
gen yang sesuai. Dengan cara ini
ekspresi gen target diaktifkan
atau dinonaktifkan, tergantung
pada apakah level AMP siklik
dalam sel masing-masing tinggi
atau rendah. Rangkuman
berbagai cara kontrol positif dan
negatif dapat digunakan untuk
Gambar 9-27. Ringkasan mekanisme dimana protein pengatur gen mengatur gen ditunjukkan pada
spesifik mengontrol transkripsi gen pada prokariota. (A) Regulasi Gambar 9-27.
negatif; (B) regulasi positif. Perhatikan bahwa penambahan ligan
penginduksi dapat menghidupkan gen baik dengan menghilangkan
protein penekan gen dari DNA (panel kiri atas) atau dengan
menyebabkan protein aktivator gen berikatan (panel kanan bawah).

Dalam banyak hal aktivator transkripsional dan

represor transkripsi serupa dalam desain. Represor
triptofan dan aktivator transkripsi CAP, misalnya,
keduanya menggunakan motif helix-turn helix dan
keduanya membutuhkan kofaktor kecil untuk
mengikat DNA. Bahkan, beberapa protein bakteri
(termasuk CAP dan represor lambda bakteriofag)
diketahui bertindak sebagai aktivator atau
represor, tergantung pada penempatan yang tepat
dari urutan DNA yang mereka kenali sehubungan
dengan promotor: jika tempat pengikatan protein
tumpang tindih promotor, polimerase tidak dapat
mengikat dan protein bertindak sebagai represor
(Gambar 9-28).

Gambar 9-28. Beberapa protein pengatur gen bakteri bertindak sebagai aktivator transkripsi atau penekan,
tergantung pada penempatan yang tepat dari situs pengikatannya dalam DNA. Contohnya adalah represor
lambda bakteriofag. Protein bertindak sebagai aktivator transkripsi dengan menyediakan kontak yang
menguntungkan untuk RNA polimerase (atas). Di bagian bawah gambar, operator terletak satu pasangan
basa lebih dekat ke promotor, dan, alih-alih membantu polimerase, represor sekarang bersaing dengannya
untuk berikatan dengan DNA. Represor lambda mengenali operatornya dengan motif helix turn-helix, seperti
yang ditunjukkan pada Gambar 9-11.

C. Aktivator Transkripsi dan Penekan Transkripsi Mengontrol lac Operon

Jenis sakelar genetik yang lebih rumit dapat dibangun dengan menggabungkan kontrol
positif dan negatif. Operon lac pada E. coli, misalnya, tidak seperti operon trp , masing-masing
berada di bawah kontrol transkripsi negatif dan positif oleh protein penekan lac dan CAP.
Kode operon lac diperlukan untuk mengangkut laktosa disakarida ke dalam sel dan
memecahnya. CAP, memungkinkan bakteri menggunakan sumber karbon alternatif seperti
laktosa tanpa adanya glukosa.
 25

Akan sia-sia, bagaimanapun,

untuk CAP menginduksi
ekspresi operon lac jika
laktosa tidak ada, dan
represor lac memastikan
bahwa operon lac dimatikan
tanpa adanya laktosa.
Susunan ini memungkinkan
operon lac untuk merespon
dan mengintegrasikan dua
sinyal yang berbeda, sehingga
hanya diekspresikan ketika
dua kondisi terpenuhi:
laktosa harus ada dan
glukosa harus tidak ada.
Salah satu dari tiga
kemungkinan kombinasi
sinyal lainnya
mempertahankan gen dalam
keadaan tidak aktif (Gambar
9-29).
Gambar 9-29. Kontrol ganda dari operon lac . Kadar glukosa dan laktosa mengontrol inisiasi transkripsi
operon lac melalui efeknya pada protein represor lac dan CAP. Penambahan laktosa meningkatkan
konsentrasi allolaktosa, yang berikatan dengan protein represor dan menghilangkannya dari DNA.
Penambahan glukosa menurunkan konsentrasi AMP siklik; karena siklik AMP tidak lagi berikatan dengan
CAP, protein aktivator gen ini terlepas dari DNA, mematikan operon. Seperti yang ditunjukkan pada Gambar
9-8, CAP diketahui menginduksi tikungan pada DNA saat berikatan; untuk kesederhanaan, tikungan tidak
ditampilkan di sini. LacZ, gen pertama dari operon lac , mengkodekan enzim ÿ-galactosidase, yang memecah
laktosa menjadi galaktosa dan glukosa
Logika sederhana dari peralihan genetik ini pertama kali menarik perhatian para ahli
biologi lebih dari 50 tahun yang lalu. Seperti dijelaskan di atas, dasar molekuler dari saklar ini
terungkap melalui kombinasi genetika dan biokimia, memberikan wawasan pertama tentang
bagaimana ekspresi gen dikendalikan. Meskipun strategi dasar yang sama digunakan untuk
mengontrol ekspresi gen pada organisme yang lebih tinggi, saklar genetik yang digunakan jauh
lebih kompleks.
D. Peraturan Transkripsi dalam Sel Eukariotik Adalah Kompleks
Regulasi transkripsi pada eukariota berbeda dalam dua cara penting dari yang biasanya
ditemukan pada bakteri. Pertama, polimerase RNA eukariotik tidak dapat memulai
transkripsi sendiri. Mereka membutuhkan satu set protein yang disebut faktor transkripsi
umum, yang harus dirakit di promotor sebelum transkripsi dapat dimulai. Proses perakitan ini
menyediakan beberapa langkah di mana laju inisiasi transkripsi dapat dipercepat atau
diperlambat sebagai respons terhadap sinyal pengaturan, dan banyak protein pengatur gen
eukariotik beroperasi dengan memengaruhi langkah-langkah ini. Kedua, sebagian besar
protein pengatur gen dalam eukariota dapat bertindak bahkan ketika mereka terikat pada
DNA ribuan pasang nukleotida jauh dari promotor yang mereka pengaruhi, yang berarti
bahwa satu promotor dapat dikontrol oleh sekuens pengatur yang tersebar di sepanjang DNA
dalam jumlah yang hampir tidak terbatas. Kami mempertimbangkan kedua fitur regulasi gen
eukariotik ini secara bergantian.
E. Eukariotik RNA Polimerase Memerlukan Transkripsi Umum Faktor

Temuan awal bahwa enzim RNA polimerase eukariotik murni tidak dapat memulai
transkripsi in vitro mengarah pada penemuan dan pemurnian protein tambahan, faktor
transkripsi umum, yang diperlukan untuk proses ini. Protein-protein ini bukan sekadar subunit
polimerase yang hilang; mereka harus berkumpul menjadi kompleks pada DNA di promotor
untuk merekrut RNA polimerase ke situs ini.
 26

Gambar 9-30 menunjukkan bagaimana faktor transkripsi umum dianggap berkumpul di

promotor yang digunakan oleh RNA polimerase II (Pol II), polimerase yang mentranskripsi
sebagian besar gen eukariotik. Proses perakitan dimulai dengan pengikatan TFIID ke urutan
TATA, urutan DNA heliks ganda pendek yang terutama terdiri dari nukleotida T dan A.
Urutan TATA adalah komponen dari hampir semua promotor yang digunakan oleh Pol II
dan biasanya terletak 25 nukleotida di hulu dari situs awal transkripsi. TFIID terdiri dari
banyak subunit; yang bertanggung jawab untuk mengenali urutan TATA disebut TBP
(TATAbinding protein) (Gambar 9-31). Setelah TFIID terikat ke situs DNA ini, faktor
transkripsi umum lainnya, bersama dengan RNA Pol II, ditambahkan secara bergantian.
Setelah Pol II ditambatkan ke promotor, itu harus dilepaskan dari kompleks faktor
transkripsi umum untuk memulai transkripsi. Langkah kunci dalam inisiasi transkripsi
dilakukan oleh TFIIH, salah satu subunitnya adalah protein kinase yang memfosforilasi Pol
II. Untuk setidaknya beberapa promotor, fosforilasi ini dianggap melepaskan polimerase dan
memungkinkan transkripsi dimulai. Dua polimerase RNA lainnya yang ditemukan pada
eukariota, RNA polimerase I (Pol I) dan RNA. polimerase III (Pol III), juga memerlukan
satu set faktor transkripsi umum. Meskipun TBP diperlukan untuk ketiga polimerase, faktor-
faktor lain berbeda dari yang berkumpul di promotor Pol II, dan pengikatan TBP pada
promotor Pol I dan Pol III tidak bergantung pada urutan TATA dalam DNA.
F. Enhancer Gen Kontrol di Jarak Jauh

Pada tahun 1979, ditemukan

bahwa urutan DNA ribuan pasang
nukleotida dari promotor eukariotik
dapat mengaktifkan transkripsi dari
promotor. Sekarang diketahui bahwa
sekuens penambah seperti itu
berfungsi sebagai tempat pengikatan
khusus untuk protein pengatur gen
yang mengaktifkan atau
meningkatkan transkripsi dan bahwa
"aksi-pada-jarak" semacam ini
adalah aturan daripada pengecualian
untuk protein pengatur gen dalam sel
Gambar 9-32. Aktivasi gen di kejauhan. (A) NtrC adalah protein eukariotik. Fenomena ini juga
pengatur gen bakteri yang mengaktifkan transkripsi dengan memfasilitasi
transisi antara kompleks RNA polimerase tertutup dan terbuka (dibahas
terjadi, meski lebih jarang, pada
dalam Bab 8). (B) Interaksi NtrC dan RNA polimerase, dengan DNA prokariota. Bagaimana protein
yang mengintervensi keluar, dapat dilihat pada mikroskop elektron. semacam itu berfungsi dalam jarak
Meskipun aktivasi transkripsi oleh perulangan DNA tidak biasa pada
bakteri, ini khas protein pengatur gen eukariotik. (B, milik Harrison
jauh ini? Banyak model telah
Echols.) diusulkan, tetapi tampaknya yang
paling sederhana adalah yang benar.
DNA antara enhancer dan promotor berputar keluar untuk memungkinkan protein yang
terikat pada enhancer berinteraksi langsung baik dengan salah satu faktor transkripsi umum
atau dengan RNA polimerase itu sendiri (Gambar 9-32). DNA dengan demikian bertindak
sebagai penambat, menyebabkan protein yang terikat pada penguat bahkan ribuan pasangan
nukleotida bertabrakan berulang kali dengan protein yang terikat pada promotor. Ini adalah
efek yang sama seperti yang diperoleh dengan meningkatkan konsentrasi lokal protein pada
promotor (Gambar 9-33).
Gambar 9-33. Pengikatan dua protein ke situs terpisah pada
heliks ganda DNA dapat sangat meningkatkan kemungkinan
mereka untuk berinteraksi. (A) Penambatan satu protein ke
protein lain melalui loop DNA yang mengintervensi dari 500
pasangan nukleotida meningkatkan frekuensi tumbukan
mereka. Intensitas pewarnaan biru mencerminkan probabilitas
bahwa protein merah akan ditempatkan di setiap posisi dalam
ruang relatif terhadap protein putih . (B) Fleksibilitas DNA
sedemikian rupa sehingga urutan rata-rata membuat tikungan
90° yang bergradasi mulus (putaran melengkung) kira-kira
sekali setiap 200 pasangan nukleotida. (C) Konsentrasi efektif
teoretis dari protein merah pada tempat di mana protein putih
terikat sebagai fungsi pemisahannya.
 27

G. Daerah Kontrol Gen Eukariotik Terdiri dari Promotor dan Urutan DNA Regulasih

Protein pengatur gen eukariotik dapat mengontrol transkripsi ketika terikat pada DNA
yang jauh dari promotor, sekuens DNA yang mengontrol ekspresi gen dapat tersebar di
bentangan DNA yang panjang. Di sini kami menggunakan istilah wilayah kontrol gen untuk
merujuk pada urutan DNA yang diperlukan untuk memulai transkripsi gen ditambah yang
diperlukan untuk mengatur laju terjadinya inisiasi. Dengan demikian wilayah kontrol gen
eukariotik terdiri dari promotor, di mana faktor transkripsi umum dan polimerase
berkumpul, ditambah semua sekuens pengatur yang mengikat protein pengatur gen untuk
mengontrol laju proses perakitan ini di promotor (Gambar 9-34).

Gambar 9-34. Wilayah kontrol gen dari gen eukariotik tipikal. Promotor adalah urutan DNA
tempat faktor transkripsi umum dan polimerase berkumpul. Fitur yang paling penting dari promotor
adalah kotak TATA, urutan singkat pasangan basa TA dan AT yang dikenali oleh faktor transkripsi
umum TFIID. Titik awal transkripsi adalah biasanya terletak sekitar 25 pasang nukleotida hilir dari
kotak TATA. Urutan pengaturan berfungsi sebagai situs pengikatan untuk protein pengatur gen,
yang kehadirannya pada DNA mempengaruhi laju inisiasi transkripsi. Urutan ini dapat ditempatkan
berdekatan dengan promotor, jauh di hulu, atau bahkan di hilir gen. Perulangan DNA dianggap
memungkinkan protein pengatur gen yang terikat pada salah satu posisi ini untuk berinteraksi
dengan protein yang berkumpul di promotor. Sedangkan faktor transkripsi umum yang berkumpul
di promotor serupa untuk semua gen transkripsi polimerase II, protein pengatur gen dan lokasi situs
pengikatannya relatif terhadap promotor berbeda untuk setiap gen.

Pada eukariota yang lebih tinggi, tidak jarang menemukan sekuens pengatur gen yang
bertitik pada jarak sebesar 50.000 pasangan nukleotida, meskipun sebagian besar DNA ini
berfungsi sebagai sekuens "pengatur jarak" dan tidak dikenali oleh protein pengatur gen.
Dalam bab ini kita menggunakan istilah gen untuk merujuk hanya pada DNA yang
ditranskripsi menjadi RNA (lihat Gambar 9-34), meskipun pandangan klasik tentang gen juga
mencakup wilayah kontrol gen. Definisi yang berbeda muncul dari cara berbeda di mana gen
diidentifikasi secara historis, dan penemuan modern telah memperumit bahkan pengertian
kata yang didefinisikan secara sempit - poin yang akan kita bahas nanti di bab ini

Meskipun sebagian besar protein pengatur gen mengikat urutan penambah dan
mengaktifkan transkripsi gen, beberapa berfungsi sebagai pengatur negatif, seperti yang kita
lihat di bawah. Berbeda dengan sejumlah kecil faktor transkripsi umum, yang merupakan
protein berlimpah dan berkumpul di promotor semua gen yang ditranskripsi oleh Pol II, ada
ribuan protein pengatur gen yang berbeda.
H. Banyak Protein Aktivator Gen Mempercepat Perakitan Protein Represor Gen Dapat
Menghambat Transkripsi di Faktor Transkripsi Umum

Sebagian besar protein pengatur gen yang mengaktifkan transkripsi gen - yaitu, sebagian
besar protein aktivator gen - memiliki desain modular yang terdiri dari setidaknya dua
domain berbeda. Satu domain biasanya berisi salah satu motif struktural yang telah dibahas
sebelumnya yang mengenali urutan DNA pengatur tertentu.
 28

Dalam kasus yang paling sederhana, domain lain menghubungi mesin transkripsi dan
mempercepat laju inisiasi transkripsi. Jenis desain modular ini pertama kali diungkapkan
oleh percobaan di mana teknik rekayasa genetika digunakan untuk membuat protein
hibrida yang mengandung domain aktivasi dari satu protein yang menyatu dengan domain
pengikat DNA dari protein yang berbeda (Gambar 9-35).
Gambar 9-35. Struktur modular dari protein aktivator gen.
Garis besar percobaan pertukaran domain yang
mengungkapkan keberadaan domain pengikat DNA dan
pengaktifan transkripsi independen dalam protein aktivator
gen ragi GAL4. Aktivator fungsional dapat disusun kembali
dari bagian karboksil-terminal protein GAL4 jika melekat
pada domain pengikat DNA dari protein pengatur gen
bakteri (protein lexA) dengan teknik fusi gen. Ketika protein
hibrida bakteri-ragi yang dihasilkan diproduksi dalam sel
ragi, itu akan mengaktifkan transkripsi dari gen ragi asalkan
tempat pengikatan DNA spesifik untuk protein bakteri telah
dimasukkan di sebelahnya. (A) Aktivasi normal transkripsi
gen yang dihasilkan oleh protein GAL4. (B) Protein
pengatur gen chimeric membutuhkan situs pengikatan DNA
lexA-protein untuknya aktivitas.GAL4 biasanya
bertanggung jawab untuk mengaktifkan transkripsi gen ragi
yang mengkode enzim yang mengubah galaktosa menjadi
glukosa. Untuk eksperimen yang diperlihatkan di sini,
daerah kontrol untuk salah satu gen ini digabungkan dengan
gen E. coli lacZ , yang mengkode enzim ÿ galaktosidase
(lihat Gambar 9-29). ÿ-galactosidase sangat sederhana untuk
dideteksi secara biokimia dan dengan demikian
menyediakan cara yang nyaman untuk memantau tingkat
ekspresi yang ditentukan oleh wilayah kontrol gen; lacZ
dengan demikian berfungsi sebagai gen pelapor

Dalam satu kelas protein aktivator gen, domain aktivasi mengandung sekelompok
asam amino bermuatan negatif (asam) pada permukaannya. Aktivator asam ini bekerja
dengan mempercepat perakitan faktor transkripsi umum di promotor. Pada prinsipnya,
salah satu langkah perakitan yang ditunjukkan pada Gambar 9-30 bisa menjadi langkah
pembatas laju inisiasi transkripsi. Pada beberapa promotor, masuknya TFIIB ke dalam
kompleks tampaknya menjadi langkah pembatas, dan aktivator asam dianggap dapat
mengatasi blok ini dengan membantu TFIIB berkumpul ke dalam kompleks (Gambar 9-36).
Protein aktivator lain tampaknya bekerja dengan memuat TFIID ke dalam DNA,
sedangkan yang lain dapat mengaktifkan transkripsi dengan mekanisme yang berbeda.
Pada prinsipnya, proses perakitan protein
pada promotor dapat memiliki lebih dari
satu langkah lambat, dan tingkat transkripsi
maksimal dapat bergantung pada beberapa
protein aktivator gen yang terikat di hulu,
masing-masing mempercepat langkah yang
berbeda. Tidaklah sulit untuk melihat
bagaimana banyak protein pengatur gen,
yang masing-masing berikatan dengan
urutan pengatur yang berbeda, dapat
mengontrol transkripsi gen eukariotik.
Tetapi apa pun mekanisme kerjanya yang
tepat, protein pengatur gen harus terikat Gambar 9-36. Sebuah model untuk aksi aktivator asam.
pada DNA, baik secara langsung maupun Protein aktivator gen GAL4, terikat pada DNA di sekitar
tidak langsung, untuk memengaruhi promotor yang kasar, memfasilitasi penambahan TFIIB ke
kompleks faktor transkripsi umum yang baru lahir. Protein
transkripsi promotor targetnya. aktivator yang terikat DNA biasanya meningkatkan laju
transkripsi hingga 1000 kali lipat, yang konsisten dengan
interaksi yang relatif lemah dan nonspesifik antara
aktivator dan faktor transkripsi umum (perubahan afinitas
1000 kali lipat sesuai dengan perubahan DG). sekitar ~4
kkal/mol, yang dapat dijelaskan oleh hanya beberapa
ikatan nonkovalen yang lemah).
 29

I. Protein Represor Gen Dapat Menghambat Transkripsi di Faktor Transkripsi Umum

Berbagai Cara
Protein aktivator gen eukariotik bekerja dengan cara yang pada prinsipnya mirip dengan
yang dijelaskan sebelumnya untuk aktivator gen bakteri: mereka mengkatalisasi aksi
polimerase dengan menghubungi mesin transkripsi. Namun, tidak semua protein pengatur gen
eukariotik mengaktifkan transkripsi. Seperti disebutkan sebelumnya, banyak yang bertindak
sebagai protein penekan gen untuk menekan transkripsi. Tidak seperti represor bakteri,
sebagian besar tidak bertindak langsung bersaing dengan polimerase untuk akses ke DNA.
Meskipun mekanisme kerjanya yang tepat belum dipahami, tampaknya represor yang berbeda
bekerja dengan cara yang berbeda, tiga di antaranya dijelaskan pada Gambar 9-37.

Gambar 9-37. Tiga cara di mana protein

penekan gen eukariotik dapat beroperasi.
Pada protein aktivator gen (A) pertama dan
protein penekan gen bersaing untuk
mengikat urutan DNA pengatur yang sama.
Pada bagian kedua (B) kedua protein dapat
mengikat DNA, tetapi kompleks represor
dengan domain aktivasi protein aktivator
dan dengan demikian mencegahnya
menghubungi mesin transkripsi. Pada yang
ketiga (C) represor berinteraksi dengan
tahap awal kompleks perakitan faktor
transkripsi umum, memblokir perakitan
lebih lanjut.

J Protein Represor Gen Dapat Menghambat Transkripsi di Faktor Transkripsi Umum

Berbagai Cara

Meskipun beberapa protein

pengatur gen eukariotik dapat
bekerja secara individual,
sebagian besar bertindak sebagai
bagian dari kompleks yang
terdiri dari beberapa polipeptida,
masing-masing dengan fungsi
yang berbeda. Kompleks sering
Gambar 9-38. Protein pengatur gen eukariotik sering berkumpul berkumpul hanya dengan adanya
menjadi kompleks kecil pada DNA. Lima protein pengatur gen urutan DNA yang sesuai. Dalam
ditunjukkan pada (A). Sifat dan fungsi kompleks yang mereka bentuk beberapa kasus yang dipelajari
bergantung pada urutan DNA spesifik yang membentuk nukleasi
rakitannya. Dalam (B) satu kompleks yang merakit mengaktifkan dengan baik, misalnya, dua
transkripsi gen, sementara yang lain menekan transkripsi. Perhatikan protein pengatur gen dengan
bahwa protein hijau dibagi oleh kompleks pengaktif dan penindas afinitas lemah satu sama lain
bekerja sama untuk mengikat
urutan DNA, tidak ada protein
yang dapat mengikat ke situs
DNA sendiri.
Meskipun beberapa protein pengatur gen eukariotik dapat bekerja secara individual,
sebagian besar bertindak sebagai bagian dari kompleks yang terdiri dari beberapa polipeptida,
masing-masing dengan fungsi yang berbeda. Kompleks sering berkumpul hanya dengan
adanya urutan DNA yang sesuai. Dalam beberapa kasus yang dipelajari dengan baik,
misalnya, dua protein pengatur gen dengan afinitas lemah satu sama lain bekerja sama untuk
mengikat urutan DNA, tidak ada protein yang dapat mengikat ke situs DNA sendiri.
 30

K. Protein Pengatur Gen Eukariotik Sering Berkumpul menjadi Kompleks Kecil Pada
DNA
Meskipun beberapa protein pengatur gen eukariotik dapat bekerja secara individual,
sebagian besar bertindak sebagai bagian dari kompleks yang terdiri dari beberapa polipeptida,
masing-masing dengan fungsi yang berbeda. Kompleks sering berkumpul hanya dengan
adanya urutan DNA yang sesuai. Dalam beberapa kasus yang dipelajari dengan baik,
misalnya, dua protein pengatur gen dengan afinitas lemah satu sama lain bekerja sama untuk
mengikat urutan DNA, tidak ada protein yang dapat mengikat ke situs DNA sendiri. Setelah
terikat pada DNA, dimer protein menciptakan permukaan berbeda yang dikenali oleh protein
ketiga yang membawa domain aktivator yang merangsang transkripsi (Gambar 9-38). Contoh
ini mengilustrasikan poin umum yang penting: interaksi protein-protein yang terlalu lemah
untuk menyebabkan protein berkumpul dalam larutan dapat menyebabkan protein berkumpul
pada DNA; dengan cara ini urutan DNA bertindak sebagai situs nukleasi untuk perakitan
kompleks protein.
Protein pengatur gen individu seringkali dapat berpartisipasi dalam lebih dari satu jenis
kompleks pengatur. Sebuah protein dapat berfungsi, misalnya, dalam satu kasus sebagai
bagian dari kompleks yang mengaktifkan transkripsi dan dalam kasus lain sebagai bagian dari
kompleks yang menekan transkripsi (lihat Gambar 9-38). Jadi protein pengatur gen eukariotik
individu tidak harus merupakan aktivator atau penekan khusus; sebaliknya, mereka berfungsi
sebagai unit pengatur yang digunakan untuk menghasilkan kompleks yang fungsinya
bergantung pada perakitan akhir semua komponen individu

L. Sakelar Genetik Kompleks Yang Mengatur Drosophila Kompleks Kecil pada DNA 30
Pengembangan Dibangun dari Modul yang Lebih Kecil
Mengingat bahwa protein pengatur gen dapat diposisikan di beberapa situs di sepanjang
bentangan panjang DNA, bahwa protein ini dapat berkumpul menjadi kompleks di setiap
situs, dan bahwa kompleks tersebut dapat mempengaruhi dengan cara yang berbeda perakitan
yang dipesan dari faktor transkripsi umum di promotor, di sana tampaknya akan ada
kemungkinan yang hampir tak terbatas untuk membuat sakelar yang rumit untuk mengontrol
transkripsi gen eukariotik. Contoh yang sangat mencolok dari saklar genetik multikomponen
yang kompleks seperti itu adalah yang mengendalikan transkripsi gen Drosophila yang
dilewati genap (malam) , yang ekspresinya memainkan peran penting dalam perkembangan
embrio Drosophila . Jika gen ini dinonaktifkan oleh mutasi, banyak bagian embrio yang gagal
terbentuk, dan embrio mati pada awal perkembangannya.
Seperti dibahas dalam Bab 21, pada tahap awal perkembangan di mana hawa
diekspresikan, embrio adalah sel raksasa tunggal yang mengandung banyak inti dalam
sitoplasma yang sama. Sitoplasma tidak seragam, namun: mengandung campuran protein
pengatur gen yang didistribusikan secara tidak merata di sepanjang embrio, sehingga
memberikan informasi posisi yang membedakan Contoh yang sangat mencolok dari saklar
genetik multikomponen yang kompleks seperti itu adalah yang mengendalikan transkripsi gen
Drosophila yang dilewati genap (malam) , yang ekspresinya memainkan peran penting dalam
perkembangan embrio Drosophila . Jika gen ini dinonaktifkan oleh mutasi, banyak bagian
embrio yang gagal terbentuk, dan embrio mati pada awal perkembangannya. Seperti dibahas
dalam Bab 21, pada tahap awal perkembangan di mana hawa diekspresikan, embrio adalah sel
raksasa tunggal yang mengandung banyak inti dalam sitoplasma yang sama. Sitoplasma tidak
seragam, namun: mengandung campuran protein pengatur gen yang didistribusikan secara
tidak merata di sepanjang embrio, sehingga memberikan informasi posisi yang membedakan
satu bagian embrio dari yang lain (Gambar 9-39). (Cara pembentukan perbedaan ini dibahas
di Bab 21.) Meskipun nukleus pada awalnya identik, nukleus dengan cepat mulai
mengekspresikan gen yang berbeda karena terpapar pada protein pengatur gen yang berbeda.
Nuklei di dekat ujung anterior embrio yang sedang berkembang, misalnya, terpapar pada
sekumpulan protein pengatur gen yang berbeda dari kumpulan yang memengaruhi nukleus di
ujung posterior embrio.
 31

Mengingat bahwa protein pengatur

gen dapat diposisikan di beberapa situs di
sepanjang bentangan panjang DNA, bahwa
protein ini dapat berkumpul menjadi
kompleks di setiap situs, dan bahwa
kompleks tersebut dapat mempengaruhi
dengan cara yang berbeda perakitan yang
dipesan dari faktor transkripsi umum di
promotor, di sana tampaknya akan ada
kemungkinan yang hampir tak terbatas
Gambar 9-39. Distribusi tidak seragam dari empat protein untuk membuat sakelar yang rumit untuk
pengatur gen dalam embrio Drosophila awal . Pada tahap mengontrol transkripsi gen eukariotik.
ini embrio adalah syncytium, dengan banyak inti dalam Contoh yang sangat mencolok dari saklar
sitoplasma yang sama. genetik multikomponen yang kompleks
seperti itu adalah yang mengendalikan
transkripsi gen Drosophila yang dilewati genap (malam) , yang ekspresinya memainkan peran
penting dalam perkembangan embrio Drosophila . Jika gen ini dinonaktifkan oleh mutasi,
banyak bagian embrio yang gagal terbentuk, dan embrio mati pada awal perkembangannya.

M. Gen Drosophila eve Diatur oleh Kombinatorial Kontrol

Studi mendetail tentang modul regulasi stripe 2 telah memberikan wawasan tentang cara
membaca dan menginterpretasikan informasi posisi. Ini berisi urutan pengenalan untuk dua
protein pengatur gen (Bicoid dan Bongkok) yang mengaktifkan transkripsi hawa dan dua
(Krüppel dan Giant) yang menekannya (Gambar 9-42). (Protein pengatur gen Drosophila
sering memiliki nama berwarna yang mencerminkan fenotipe yang dihasilkan jika gen yang
mengkode protein dinonaktifkan oleh mutasi.) Konsentrasi relatif keempat protein ini
menentukan apakah kompleks protein terbentuk pada modul strip 2 yang mengaktifkan
transkripsi gen hawa . Gambar 9-43 menunjukkan distribusi empat protein pengatur gen di
seluruh wilayah embrio Drosophila di mana strip 2 terbentuk. Meskipun rincian yang tepat
tidak diketahui, tampaknya salah satu dari dua protein represor, ketika terikat pada DNA,
akan mematikan modul strip 2, sedangkan Bicoid dan Bongkok harus mengikat untuk aktivasi
modul yang maksimal. Dengan demikian, unit pengatur sederhana ini mengintegrasikan
keempat sinyal posisi ini untuk mengaktifkan modul strip 2 hanya di nuklei yang terletak di
mana level Bicoid dan Bongkok tinggi dan baik Krüppel maupun Raksasa tidak ada.
Kombinasi aktivator dan represor ini hanya terjadi di satu wilayah embrio awal; di tempat
lain, oleh karena itu, modul stripe 2 mati (dan karenanya diam).
Pengaturan eveexpression adalah contoh ekstrem dari kontrol kombinatorial. Tujuh
kombinasi protein pengatur gen - satu kombinasi untuk setiap garis - mengaktifkan ekspresi
hawa , sementara banyak kombinasi lainnya (semua yang ditemukan di daerah antar garis)
membuat elemen garis diam. Modul pengatur garis lainnya dianggap dibangun di sepanjang
garis yang mirip dengan yang dijelaskan untuk garis 2, dirancang untuk membaca informasi
posisi yang disediakan oleh kombinasi lain dari protein pengatur gen. Seluruh wilayah kontrol
gen dirangkai lebih dari 20.000 pasang nukleotida DNA dan mengikat lebih dari 20 protein
berbeda. Dengan demikian, wilayah kontrol yang besar dan kompleks dibangun dari
serangkaian modul yang lebih kecil, yang masing-masing terdiri dari susunan unik sekuens
DNA pendek yang dikenali oleh protein pengatur Persyaratan penting dari strategi ini adalah
tidak adanya pembicaraan silang antara modul: status satu modul tidak boleh memengaruhi
modul lainnya. Bagaimana isolasi molekuler ini dicapai tidak diketahui. Namun, dengan cara
ini, satu gen dapat merespons sejumlah besar masukan kombinatorial.
 32

Gambar 9-42. Tampilan close-up dari unit eve stripe 2. Segmen daerah kontrol gen hawa yang diidentifikasi pada
gambar sebelumnya berisi sekuens pengatur, yang masing-masing mengikat satu atau lain dari empat protein
pengatur gen. Diketahui dari eksperimen genetik bahwa keempat protein pengatur ini bertanggung jawab atas
ekspresi strip 2 hawa yang tepat . Lalat yang kekurangan dua aktivator gen Bicoid dan Bungkuk, misalnya, gagal
mengekspresikan garis 2 hawa secara efisien. Pada lalat yang kekurangan salah satu dari dua represor gen, Giant
dan Krüppel, garis 2 mengembang dan menutupi wilayah embrio yang sangat luas. Situs pengikatan DNA untuk
protein pengatur gen ini ditentukan dengan mengkloning gen yang mengkodekan protein, mengekspresikan
protein secara berlebihan dalam E. coli, memurnikannya, dan melakukan percobaan jejak DNA seperti
dijelaskan dalam Bab 7. diagram atas menunjukkan bahwa, dalam beberapa kasus, situs pengikatan untuk
protein pengatur gen tumpang tindih dan protein dapat bersaing untuk mengikat DNA. Misalnya, pengikatan
Krüppel dan Bicoid ke situs paling kanan dianggap saling eksklusif.

N. Daerah Kontrol Gen Mamalia Kompleks Juga Dibangun dari Modul Peraturan
Sederhana

Diperkirakan bahwa beberapa persen dari kapasitas pengkodean genom mamalia

dikhususkan untuk sintesis protein yang berfungsi sebagai pengatur transkripsi gen. Ini
mencerminkan kontrol yang sangat kompleks yang mengatur ekspresi gen mamalia. Bukan hal
yang aneh, misalnya, untuk menemukan gen dengan daerah kontrol yang panjangnya 50.000
pasangan nukleotida, di mana banyak modul, masing-masing berisi sejumlah urutan pengatur
yang mengikat protein pengatur gen, diselingi dengan bentangan panjang DNA pengatur
jarak. Salah satu contoh yang paling dipahami dari wilayah regulasi kompleks mamalia
ditemukan dalam gen ÿ-globin manusia, yang diekspresikan secara eksklusif dalam sel darah
merah dan pada waktu tertentu dalam perkembangannya. Susunan kompleks protein pengatur
gen mengontrol ekspresi gen, beberapa bertindak sebagai aktivator dan lainnya sebagai
represor (Gambar 9-45). Konsentrasi (atau aktivitas) dari banyak protein pengatur gen ini
diperkirakan berubah selama perkembangan, dan hanya kombinasi tertentu dari semua
protein yang memicu transkripsi gen. Kita lihat kemudian bahwa gen ÿ-globin juga tunduk
pada lapisan kontrol kedua yang lebih tinggi yang melibatkan perubahan global dalam
struktur kromatin.
Gambar 9-45. Model untuk kontrol gen ÿ-globin manusia.
Diagram menunjukkan beberapa protein pengatur gen yang
dianggap mengontrol ekspresi gen selama perkembangan sel
darah merah (lihat Gambar 9-52). Beberapa protein
pengatur gen yang ditunjukkan, seperti CP1, ditemukan di
banyak jenis sel, sementara yang lain, seperti GATA-1,
hanya ada di beberapa jenis sel termasuk sel darah merah
dan karena itu dianggap berkontribusi pada spesifisitas tipe
sel dari ekspresi gen ÿ-globin. Seperti yang ditunjukkan oleh
panah berkepala dua, beberapa situs pengikatan untuk
GATA-1 tumpang tindih dengan protein pengatur gen
lainnya; diperkirakan bahwa penempatan situs-situs ini oleh
GATA-1 tidak termasuk pengikatan protein lain
 33

O. Aktivitas Protein Pengatur Gen Itu Sendiri Bisa Diatur

Strategi untuk mengatur gen hawa dan gen ÿ-globin manusia serupa dalam hal bahwa
daerah kontrol gen merespons serangkaian protein pengatur gen yang membingungkan.
Drosophila adalah tidak biasa, bagaimanapun, dalam cara distribusi spasial protein pengatur
gen dalam sitoplasma mengontrol ekspresi gen. Seperti yang telah dibahas sebelumnya, embrio
Drosophila awal adalah sel raksasa tunggal yang berisi ribuan nuklei dalam sitoplasma umum,
dan protein pengatur gen itu sendiri didistribusikan dalam pola spasial yang kompleks
sehingga nuklei yang berbeda terpapar pada konsentrasi protein yang berbeda. Protein
pengatur gen ini memasuki inti secara langsung untuk mengaktifkan atau menekan transkripsi
gen target mereka. Pada sebagian besar embrio organisme lain, inti individu berada dalam sel
yang terpisah, dan informasi posisi ekstraseluler harus melewati membran plasma atau,
biasanya, menghasilkan sinyal dalam sitosol untuk mempengaruhi genom.
Mekanisme dimana sinyal ekstraseluler mengkomunikasikan pesan mereka melintasi
membran plasma ke protein pengatur gen di dalam sel dibahas di Bab 15. Di sini kita hanya
perlu berurusan dengan langkah terakhir dalam kaskade pensinyalan intraseluler yang
diaktifkan oleh sinyal ekstraseluler - langkahlangkah di mana aktivitas protein pengatur gen
diubah. Dalam banyak kasus protein pengatur gen hadir dalam sel dalam bentuk tidak aktif
dan sinyal mengubah protein untuk mengaktifkannya. Protein dapat diaktifkan oleh
fosforilasi yang dikatalisis oleh protein kinase, misalnya, atau dapat dilepaskan dari kompleks
ketat dengan protein kedua yang menahan protein pengatur gen dalam sitosol, mencegahnya
memasuki nukleus. Ini dan beberapa cara lain untuk mengontrol aktivitas protein pengatur
gen diilustrasikan pada Gambar 9-46.

Gambar 9-46. Beberapa cara di mana aktivitas protein pengatur gen diatur dalam sel eukariotik. (A) Protein
disintesis hanya bila diperlukan dan dengan cepat didegradasi oleh proteolisis sehingga tidak terakumulasi. (B)
Aktivasi dengan pengikatan ligan. (C) Aktivasi oleh fosforilas ( D ) Pembentukan kompleks antara protein
pengikat DNA dan protein terpisah dengan domain pengaktif transkripsi. (E) Membuka kedok domain aktivasi
dengan fosforilasi protein penghambat. (F) Stimulasi masuknya nukleus dengan menghilanggkan protein
penghambat yang sebaliknya menjaga protein pengatur agar tidak memasuki nukleus.

P. Bakteri Menggunakan Subunit RNA Polimerase yang Dapat Dipertukarkan untuk

Membantu Mengatur Transkripsi Gen
Kita telah melihat pentingnya protein pengatur gen yang mengikat sekuens pengatur
dalam DNA dan memberi sinyal ke alat transkripsi apakah akan memulai sintesis rantai RNA
atau tidak. Meskipun ini adalah cara utama untuk mengendalikan inisiasi transkripsi pada
eukariota dan prokariota, beberapa bakteri dan virusnya menggunakan strategi tambahan
berdasarkan subunit RNA polimerase yang dapat dipertukarkan. Seperti dijelaskan dalam
Bab 8, subunit sigma diperlukan untuk polimerase RNA bakteri untuk mengenali promotor.
Beberapa bakteri membuat beberapa subunit sigma yang berbeda, yang masing-masing dapat
berinteraksi dengan inti RNA polimerase dan mengarahkannya ke promotor spesifik yang
berbeda. Skema ini memungkinkan satu set besar gen dimatikan dan satu set baru dihidupkan
hanya dengan mengganti satu subunit sigma dengan yang lain. Strategi ini efisien karena
melewati kebutuhan untuk berurusan dengan gen satu per satu, dan sering digunakan oleh
virus bakteri untuk mengaktifkan beberapa set gen secara cepat dan berurutan (Gambar 9-47).
Dalam arti tertentu, eukariota menggunakan strategi analog melalui penggunaan tiga
polimerase RNA yang berbeda (I, II, dan III) yang berbagi beberapa subunitnya. Sebaliknya,
prokariota hanya menggunakan satu jenis molekul inti RNA polimerase tetapi
memodifikasinya dengan subunit sigma yang berbeda.
 34

Gambar 9-47. Subunit RNA polimerase yang dapat dipertukarkan sebagai strategi untuk mengontrol ekspresi
gen dalam virus bakteri Virus bakteri SPO1, yang menginfeksi bakteri B. subtilis, menggunakan polimerase
bakteri untuk menyalin gen awalnya. Salah satu gen awal, disebut 28, mengkodekan faktor mirip sigma yang
berikatan dengan RNA polimerase dan menggantikan faktor sigma bakteri. Bentuk baru polimerase ini secara
khusus menginisiasi transkripsi gen "tengah" SPO1. Salah satu gen tengah mengkode faktor mirip sigma kedua
yang menggantikan produk 28 dan mengarahkan RNA polimerase untuk mentranskripsi gen "terlambat".
Kumpulan gen terakhir ini menghasilkan protein yang mengemas kromosom virus menjadi selubung virus dan
melisiskan sel. Dengan demikian, dengan strategi ini, set gen virus diekspresikan dalam urutan tertentu,
memungkinkan replikasi virus yang cepat, namun dikendalikan sementara

Q. Peralihan Gen Secara Bertahap Berevolusi

Kita telah melihat bahwa daerah kontrol gen eukariotik sering tersebar di bentangan
DNA yang panjang, sedangkan gen prokariotik biasanya tersusun rapat di sekitar titik awal
transkripsi. Beberapa protein pengatur gen bakteri, bagaimanapun, mengenali urutan DNA
yang terletak banyak pasangan nukleotida jauh dari promotor. Contoh perulangan DNA pada
E. coli yang ditunjukkan sebelumnya pada Gambar 9-32 menyerupai cara gen eukariotik
protein pengatur bertindak dari kejauhan. Faktanya, kasus ini memberikan salah satu contoh
pertama perulangan DNA dalam regulasi gen dan sangat memengaruhi penelitian selanjutnya
tentang protein pengatur gen eukariotik. Nampaknya susunan sakelar genetik bakteri yang
padat berkembang dari bentuk sakelar yang lebih luas sebagai respons terhadap tekanan
evolusioner pada bakteri untuk mempertahankan ukuran genom yang kecil. (Argumen yang
sama telah digunakan untuk menjelaskan kurangnya intron pada bakteri, seperti yang dibahas
dalam Bab 8.) Namun, kompresi ini ada harganya, karena sulit untuk membayangkan
bagaimana sakelar kompak dapat dengan mudah diubah untuk menggabungkan level baru.
kontrol. Bentuk wilayah kontrol eukariotik yang diperluas, sebaliknya, dengan modul
pengaturan diskrit yang dipisahkan oleh DNA pengatur jarak yang panjang, diharapkan
dapat memfasilitasi perombakan modul selama evolusi, baik untuk membuat sirkuit
pengaturan baru maupun untuk memodifikasi yang lama. Mengungkap sejarah bagaimana
daerah kontrol gen berevolusi menghadirkan tantangan yang menarik, dan banyak petunjuk
dapat ditemukan dalam sekuens DNA masa kini (Gambar 9-48).
Gambar 9-48. Perbandingan bagian daerah
kontrol hulu dari gen terukir dalam dua spesies
Drosophila. Perbandingan sekuens DNA antara
Drosophila melanogaster dan Drosophila virilis
ditampilkan, dengan wilayah konservasi sekuens
90% ditampilkan dengan warna merah. Salah satu
contoh pencocokan urutan aktual diilustrasikan
secara detail di bagian atas. Urutan yang
dilestarikan mungkin menandai situs di mana
protein pengatur gen penting mengikat,
sedangkan loop menunjukkan tempat di mana
penyisipan atau penghapusan nukleotida telah
terjadi sejak kedua spesies ini berevolusi dari
nenek moyang yang sama sekitar 60 juta tahun
yang lalu.
 STRUKTUR KROMATIN
04 DAN KONTROL
EKSPRESI GEN
Kita melihat di bagian ini bahwa dua prinsip umum telah muncul dari studi tentang
struktur kromatin dan pengaruhnya terhadap ekspresi gen. Pertama, nukleosom
biasanya tidak menimbulkan gangguan serius baik pada protein pengatur gen atau
RNA polimerase. Enhancer masih dapat berfungsi meskipun demikian, histon yang
memblokir promotor dapat dipindahkan, dan, setelah transkripsi dimulai, Pol II
dapat mentranskripsi melalui nukleosom tanpa mencabutnya. Bahkan polimerase
bakteri, yang tidak bertemu dengan nukleosom in vivo, dapat mentranskripsi
melaluinya, menunjukkan bahwa nukleosom dibangun untuk dilintasi dengan
muda. Prinsip umum kedua adalah bahwa beberapa bentuk pengemasan DNA
tingkat tinggi membuat DNA tidak dapat diakses baik oleh protein pengatur gen
maupun faktor transkripsi umum. Pengemasan DNA orde tinggi dengan demikian
memainkan peran penting dalam kontrol ekspresi gen pada eukariota, berfungsi
untuk membungkam sebagian besar genom - dalam beberapa kasus dapat dibalik,
dalam kasus lain.

35
 36

A. Transkripsi Dapat Diaktifkan pada DNA yang Dikemas menjadi Nukleosom

Pada bagian sebelumnya kami menjelaskan model sederhana bagaimana transkripsi gen
eukariotik diaktifkan oleh protein pengatur gen (lihat Gambar 9-36). Bagaimana model ini
harus dimodifikasi untuk memperhitungkan keberadaan nukleosom? Untuk memulai dengan
langkah pertama, bagaimana nukleosom memengaruhi pengikatan protein aktivator gen ke
urutan DNA pengaturnya? Dalam beberapa kasus urutan pengaturan berada di daerah bebas
nukleosom pendek, sehingga tidak ada masalah yang muncul. Tidak pasti bagaimana daerah
bebas nukleosom dipertahankan, tetapi, seperti yang dibahas dalam Bab 8, beberapa regangan
DNA terlalu kaku untuk mengakomodasi pelipatan rapat yang diperlukan untuk
pembentukan nukleosom. Namun, dalam kasus lain, urutan pengaturan dikemas menjadi
nukleosom dan setidaknya beberapa protein aktivator gen masih dapat mengenali dan
mengikatnya. Setelah terikat, protein pengatur tampak mengacaukan nukleosom, yang
kemudian setidaknya sebagian dibongkar.
Jenis protein pengatur gen mana yang dapat mencapai prestasi ini dan bagaimana mereka
melakukannya masih belum diketahui. Sebaliknya, faktor transkripsi umum tampaknya tidak
dapat berkumpul menjadi promotor yang dikemas menjadi nukleosom. Faktanya,
pengemasan seperti itu mungkin telah berevolusi sebagian untuk memastikan bahwa inisiasi
transkripsi yang bocor, atau basal, (yaitu, inisiasi tanpa protein aktivator gen yang terikat di
hulu) tidak terjadi. Pengikatan protein aktivator gen ribuan pasangan nukleotida dari
promotor yang dikemas nukleosom, bagaimanapun, tampaknya dapat menggantikan
nukleosom dari promotor dan dengan demikian memungkinkan perakitan faktor transkripsi
umum. Pergeseran tersebut dapat disebabkan oleh aktivitas terpisah dari protein aktivator gen
atau dapat menjadi konsekuensi tidak langsung dari kontak aktivator dengan faktor
transkripsi umum untuk memfasilitasi perakitannya pada DNA (Gambar 9-50).

Gambar 9-50. Satu model untuk menjelaskan

perpindahan nukleosom selama inisiasi transkripsi pada
eukariota. Protein aktivator gen yang terikat memiliki
aktivitas terpisah yang secara langsung menghilangkan
nukleosom dari promotor, memaparkan promotor ke
faktor transkripsi umum dan memungkinkan mereka
untuk berkumpul. Dalam model yang berbeda (tidak
ditampilkan) perpindahan nukleosom terjadi sebagai
konsekuensi tidak langsung dari protein aktivator yang
mempromosikan perakitan faktor transkripsi umum;
protein aktivator, misalnya, dapat mengizinkan faktor-
faktor umum untuk mulai berkumpul dengan adanya
nukleosom, dan, setelah dirakit sebagian, faktor-faktor
ini akan mengacaukan nukleosom. Proses yang
mendasari perpindahan nukleosom kurang dipahami.
Histon dapat dengan mudah meninggalkan DNA atau,
menurut model alternatif, dapat terlepas tetapi tetap
terikat pada DNA

B. Beberapa Bentuk Transkripsi Chromatin Silence

Pengamatan pada ragi S. cerevisiae mengilustrasikan bagaimana beberapa jenis kromatin

dapat mematikan transkripsi gen. Gen ADE2 , yang ekspresinya sangat mudah dipantau,
diekspresikan saat hadir di lokasi kromosom normalnya. Namun, ketika gen ini secara
eksperimental dipindahkan ke ujung kromosom, transkripsinya dimatikan, meskipun sel
tersebut mengandung semua protein yang diperlukan untuk menyalin gen tersebut. DNA di
dekat ujung kromosom ragi ( telomere) dikemas menjadi bentuk kromatin yang sangat tidak
dapat diakses, dan pengemasan inilah yang dianggap bertanggung jawab untuk menjaga gen
ADE2 yang ditranslokasi dalam keadaan tidak aktif, sebuah proses yang disebut
pembungkaman.
 37

C. Transkripsi Dapat Diaktifkan pada DNA yang Dikemas menjadi Nukleosom

Pada bagian sebelumnya kami menjelaskan model sederhana bagaimana transkripsi gen
eukariotik diaktifkan oleh protein pengatur gen (lihat Gambar 9-36). Bagaimana model ini
harus dimodifikasi untuk memperhitungkan keberadaan nukleosom? Untuk memulai dengan
langkah pertama, bagaimana nukleosom memengaruhi pengikatan protein aktivator gen ke
urutan DNA pengaturnya? Dalam beberapa kasus urutan pengaturan berada di daerah bebas
nukleosom pendek, sehingga tidak ada masalah yang muncul. Tidak pasti bagaimana daerah
bebas nukleosom dipertahankan, tetapi, seperti yang dibahas dalam Bab 8, beberapa regangan
DNA terlalu kaku untuk mengakomodasi pelipatan rapat yang diperlukan untuk
pembentukan nukleosom. Namun, dalam kasus lain, urutan pengaturan dikemas menjadi
nukleosom dan setidaknya beberapa protein aktivator gen masih dapat mengenali dan
mengikatnya. Setelah terikat, protein pengatur tampak mengacaukan nukleosom, yang
kemudian setidaknya sebagian dibongkar.
Jenis protein pengatur gen mana yang dapat mencapai prestasi ini dan bagaimana mereka
melakukannya masih belum diketahui. Sebaliknya, faktor transkripsi umum tampaknya tidak
dapat berkumpul menjadi promotor yang dikemas menjadi nukleosom. Faktanya,
pengemasan seperti itu mungkin telah berevolusi sebagian untuk memastikan bahwa inisiasi
transkripsi yang bocor, atau basal, (yaitu, inisiasi tanpa protein aktivator gen yang terikat di
hulu) tidak terjadi. Pengikatan protein aktivator gen ribuan pasangan nukleotida dari
promotor yang dikemas nukleosom, bagaimanapun, tampaknya dapat menggantikan
nukleosom dari promotor dan dengan demikian memungkinkan perakitan faktor transkripsi
umum. Pergeseran tersebut dapat disebabkan oleh aktivitas terpisah dari protein aktivator gen
atau dapat menjadi konsekuensi tidak langsung dari kontak aktivator dengan faktor
transkripsi umum untuk memfasilitasi perakitannya pada DNA (Gambar 9-50).

Gambar 9-50. Satu model untuk menjelaskan

perpindahan nukleosom selama inisiasi transkripsi pada
eukariota. Protein aktivator gen yang terikat memiliki
aktivitas terpisah yang secara langsung menghilangkan
nukleosom dari promotor, memaparkan promotor ke
faktor transkripsi umum dan memungkinkan mereka
untuk berkumpul. Dalam model yang berbeda (tidak
ditampilkan) perpindahan nukleosom terjadi sebagai
konsekuensi tidak langsung dari protein aktivator yang
mempromosikan perakitan faktor transkripsi umum;
protein aktivator, misalnya, dapat mengizinkan faktor-
faktor umum untuk mulai berkumpul dengan adanya
nukleosom, dan, setelah dirakit sebagian, faktor-faktor
ini akan mengacaukan nukleosom. Proses yang
mendasari perpindahan nukleosom kurang dipahami.
Histon dapat dengan mudah meninggalkan DNA atau,
menurut model alternatif, dapat terlepas tetapi tetap
terikat pada DNA

D. Beberapa Bentuk Transkripsi Chromatin Silence

Pengamatan pada ragi S. cerevisiae mengilustrasikan bagaimana beberapa jenis kromatin

dapat mematikan transkripsi gen. Gen ADE2 , yang ekspresinya sangat mudah dipantau,
diekspresikan saat hadir di lokasi kromosom normalnya. Namun, ketika gen ini secara
eksperimental dipindahkan ke ujung kromosom, transkripsinya dimatikan, meskipun sel
tersebut mengandung semua protein yang diperlukan untuk menyalin gen tersebut. DNA di
dekat ujung kromosom ragi ( telomere) dikemas menjadi bentuk kromatin yang sangat tidak
dapat diakses, dan pengemasan inilah yang dianggap bertanggung jawab untuk menjaga gen
ADE2 yang ditranslokasi dalam keadaan tidak aktif, sebuah proses yang disebut
pembungkaman.
 38

Pembungkaman gen yang terletak di dekat ujung kromosom meluas hingga sekitar 10.000
pasangan nukleotida dan berlaku untuk banyak gen selain ADE2; pembungkaman tampaknya
melemah secara bertahap dengan jarak dari telomere. Mekanisme pembungkaman tidak
diketahui, tetapi tampaknya melibatkan perakitan kooperatif protein pada DNA yang, setelah
terbentuk, dapat diwariskan setelah replikasi DNA (Gambar 9-51A

Gambar 9-51. Efek posisi pada ekspresi gen. (A) Gen

ADE2 ragi pada lokasi kromosom normalnya
diekspresikan di semua sel. Saat dipindahkan
mendekati ujung kromosom ragi, gen tersebut
dibungkam di sebagian besar tetapi tidak semua sel
populasi. Tidak adanya hasil produk gen ADE2 di blok
di jalur biosintetik adenin, yang mengarah ke
akumulasi pigmen merah. Sel pendiri untuk koloni
sektoral yang ditampilkan memiliki gen ADE2 yang
dimatikan, sehingga sebagian besar koloni berwarna
merah. Biasanya, koloni ragi berwarna putih. Sektor
putih di tepi koloni merah adalah klon sel di mana gen
ADE2 secara spontan menjadi aktif. Temuan sektoring
tersebut menunjukkan bahwa keadaan ekspresi ADE2
aktif dan tidak aktif dapat diwariskan ketika gen ini
berada di dekat telomer, topik yang dibahas lebih rinci
di bagian selanjutnya. (B) Efek posisi juga dapat
diamati untuk gen putih Drosophila . Lalat tipe liar
dengan gen putih normal memiliki mata merah. Jika
gen putih dinonaktifkan oleh mutasi, mata menjadi
putih (maka nama gen tersebut). Pada lalat dengan
inversi kromosom yang menggerakkan gen putih di
dekat daerah heterokromatik, matanya berbintik-
bintik, dengan warna merah dan putih.

E. Langkah Dekondensasi Awal Mungkin Diperlukan Sebelumnya Gen Globin Mamalia

Dapat Ditranskrips

Contoh lain tentang bagaimana kromatin yang sangat kental dapat mencegah ekspresi
gen berasal dari studi tentang kluster gen ÿ-globin manusia dan ayam. Lima gen kluster,
tersebar di lebih dari 50.000 pasang nukleotida DNA, ditranskripsi secara eksklusif dalam sel
eritroid (yaitu, sel dari garis keturunan sel darah merah). Selain itu, setiap gen dihidupkan
pada tahap perkembangan yang berbeda (Gambar 9-52) dan di organ yang berbeda: gen
epsilon-globin diekspresikan dalam kantung kuning telur embrionik, gamma di kantung
kuning telur dan hati janin, serta delta dan ÿ terutama di sumsum tulang orang dewasa.
Beberapa bukti pertama untuk perubahan tersebut datang dari studi sensitivitas gen globin
dalam nuklei yang diisolasi terhadap pencernaan oleh enzim nuklease DNaseI. Dalam sel di
mana gen globin tidak diekspresikan, DNA dalam gen ini resisten terhadap DNaseI,
menunjukkan bahwa mereka dikemas rapat menjadi kromatin. Sebaliknya, dalam sel eritroid,
seluruh gugus gen sensitif Meskipun transkripsi dapat terjadi pada DNA yang dikemas
menjadi nukleosom, DNA dalam beberapa bentuk kromatin khusus tampaknya tidak dapat
diakses oleh protein aktivator gen. Bentuk kromatin yang tidak aktif ini , termasuk bentuk
yang sangat padat yang disebut heterokromatin (dibahas di Bab 8), diasumsikan mengandung
protein khusus yang membuat DNA tidak dapat diakses secara tidak biasa.
 39

Pembungkaman gen ADE2 adalah contoh efek posisi, di mana aktivitas gen bergantung
pada posisinya dalam genom. Efek posisi pertama kali dikenali pada Drosophila (Gambar 9-
51B), tetapi sekarang telah diamati pada sejumlah organisme lain dan dianggap mencerminkan
keadaan kromatin berbeda yang ada di lokasi berbeda dalam genom dan kecenderungan
keadaan ini untuk menyebar. untuk mencakup gen terdekat. Kami meninjau kembali topik ini
nanti di bab saat kami menganalisis mekanisme memori sel. Kami sebelumnya menjelaskan
serangkaian protein pengatur gen yang diperlukan untuk menghidupkan gen ÿ-globin manusia
pada waktu dan tempat yang tepat (lihat Gambar 9-45), dan masing-masing gen globin
lainnya memiliki kumpulan protein pengatur yang serupa, banyak di antaranya dibagi di
antara gen-gen ini. Selain regulasi individu dari masing-masing gen globin, bagaimanapun,
seluruh cluster tampaknya tunduk pada kontrol on-off yang melibatkan perubahan global
dalam struktur kromatin.

Gambar 9-52. Kumpulan gen globin seperti ÿ pada manusia. (A) Wilayah kromosom besar
yang ditampilkan mencakup 100.000 pasangan nukleotida dan berisi lima gen globin dan
wilayah kontrol lokus (dibahas dalam teks). (B) Perubahan ekspresi gen globin seperti ÿ
pada berbagai tahap perkembangan manusia. Setiap rantai globin yang dikodekan oleh gen-
gen ini bergabung dengan rantai ÿ-globin untuk membentuk hemoglobin dalam sel darah
merah. (A, setelah F. Grosveld, GB van Assendelft, DR Greaves, dan G. Kollias

F.Mekanisme Yang Membentuk Kromatin Aktif Tidak Dipahami

Model hipotetis untuk aktivasi globin yang

diuraikan pada Gambar 9-53 menyiratkan bahwa
eukariota mungkin mengandung protein pengikat
DNA spesifik urutan yang berfungsi untuk
mendekondensasi kromatin dalam domain kromosom
lokal yang meluas hingga puluhan ribu pasangan
nukleotida DNA Atau, perbedaan yang diamati
dalam struktur kromatin gen aktif bisa menjadi
konsekuensi otomatis dari perakitan faktor
transkripsi atau RNA polimerase (atau keduanya) ke
promotor daripada menjadi prasyarat untuk kejadian
ini. Kami melihat sebelumnya bahwa perakitan faktor
transkripsi umum di promotor tampaknya disertai
dengan perubahan distribusi nukleosom di lokasi
perakitan; mungkin gangguan kecil ini dapat
menyebar ke jarak jauh melalui mekanisme propagasi
yang tidak diketahui.
Gambar 9-53. Kedua tahap tersebut diduga terlibat dalam beberapa aktivasi gen, seperti pada
kluster gen globin manusia. Pada tahap 1 struktur daerah kromatin lokal yang besar dimodifikasi
untuk mendekondensasinya dalam persiapan untuk transkripsi. Pada tahap 2, protein pengatur gen
(diwakili oleh satu protein dalam gambar yang disederhanakan ini) berikatan dengan situs spesifik
pada bagian kromatin untuk menginduksi sintesis RNA (transkripsi).
 40

G. Ketegangan Superhelikal dalam DNA Memungkinkan Aksi di Jarak Jauh

Salah satu dari tiga model yang diuraikan dalam Gambar 9-54 memunculkan perubahan
topologi dalam loop tertutup heliks ganda DNA yang dapat mengarah pada pembentukan
superkoil DNA, suatu konformasi yang diadopsi DNA sebagai respons terhadap tegangan
superheliks. Supercoiling DNA paling mudah dipelajari dalam molekul DNA sirkular kecil,
seperti kromosom beberapa virus dan plasmid. Pertimbangan yang sama berlaku,
bagaimanapun, untuk setiap wilayah DNA yang dikurung oleh dua ujung yang tidak dapat
berputar bebas - seperti, misalnya, dalam lingkaran kromatin yang dijepit erat pada dasarnya.
Cara sederhana untuk memvisualisasikan kendala topologi yang menyebabkan supercoiling
DNA diilustrasikan pada Gambar 9-55. Dalam heliks ganda DNA dengan dua ujung tetap,
satu superkoil DNA terbentuk untuk mengkompensasi setiap 10 pasangan nukleotida yang
dibuka (dilepas) dalam heliks; pembentukan supercoil ini menguntungkan secara energetik
karena mengembalikan putaran heliks normal ke daerah pasangan dasar yang tersisa. Pada
bakteri seperti E. coli, topoisomerase DNA tipe II khusus, yang disebut DNA gyrase,
menggunakan energi hidrolisis ATP untuk memompa superkoil secara terus-menerus ke dalam
DNA, sehingga mempertahankan DNA di bawah tekanan konstan. Superkoil ini adalah
superkoil negatif, yang memiliki sifat berlawanan dari superkoil positif, ditunjukkan pada
Gambar 9-55, yang terbentuk ketika wilayah heliks DNA terbuka. Oleh karena itu, alih-alih
membuat superkoil positif, superkoil negatif dihilangkan dari DNA bakteri ketika daerah
heliks terbuka. Karena tegangan superhelikal dalam DNA berkurang selama peristiwa ini,
pembukaan heliks DNA pada E. coli lebih disukai secara energetik dibandingkan dengan
pembukaan heliks pada DNA yang tidak superkoil.

Gambar 9-55. Ketegangan superheliks dalam

DNA menyebabkan DNA supercoiling. (A)
Untuk molekul DNA dengan satu ujung bebas
(atau torehan dalam satu untai yang berfungsi
sebagai putaran), heliks ganda DNA berputar
satu putaran untuk setiap 10 pasangan nukleotida
yang dibuka. (B) Jika rotasi dicegah, tegangan
superheliks dimasukkan ke dalam DNA melalui
pembukaan heliks.

Salah satu cara untuk mengakomodasi tegangan ini adalah dengan meningkatkan puntiran heliks dari 10
menjadi 11 pasang nukleotida per putaran dalam heliks ganda yang tersisa dalam contoh ini; heliks DNA,
bagaimanapun, menolak deformasi seperti itu dengan gaya pegas, lebih memilih untuk meredakan ketegangan
superheliks dengan menekuk menjadi loop superkoil. Akibatnya, satu superkoil DNA terbentuk dalam heliks
ganda DNA untuk setiap 10 pasangan nukleotida yang dibuka. Superkoil yang terbentuk dalam hal ini adalah
superkoil positif (lihat Gambar 9-56

Gambar 9-56. Supercoiling segmen DNA yang

diinduksi oleh pelacakan protein melalui heliks ganda
DNA. Kedua ujung DNA yang ditunjukkan di sini
tidak dapat berotasi bebas relatif satu sama lain, dan
molekul protein diasumsikan juga dicegah berputar
bebas saat bergerak. Dalam kondisi ini pergerakan
protein akan menyebabkan kelebihan putaran heliks
terakumulasi dalam heliks DNA di depan protein dan
defisit putaran heliks muncul pada DNA di belakang
protein, seperti yang ditunjukkan. Bukti eksperimental
menunjukkan bahwa molekul RNA polimerase yang
bergerak menyebabkan superkoil dengan cara ini;
tegangan superheliks positif di depannya membuat
heliks DNA lebih sulit untuk dibuka, tetapi tegangan
ini seharusnya memudahkan pembukaan DNA di
nukleosom, karena pelepasan DNA dari inti histon
membantu mengendurkan ketegangan superheliks
positif.
 MEKANISME GENETIK
05 MOLEKULER
MENCIPTAKAN
KHUSUS
Meskipun organisme uniseluler harus
dapat menghidupkan dan mematikan gen,
organisme multisel memerlukan mekanisme
peralihan gen khusus untuk menghasilkan
dan mempertahankan jenis sel mereka yang
berbeda. Secara khusus, begitu sebuah sel
dalam organisme multisel berkomitmen
untuk berdiferensiasi menjadi tipe sel
tertentu, pilihan nasib umumnya
dipertahankan melalui banyak generasi sel
berikutnya, yang berarti bahwa perubahan
ekspresi gen yang terlibat dalam pilihan
harus diingat. Fenomena memori sel ini
merupakan prasyarat untuk penciptaan
jaringan terorganisir dan untuk
pemeliharaan tipe sel yang terdifrensiasi
secara stabil. Sebaliknya, perubahan paling
sederhana dalam ekspresi gen pada
eukariota dan prokariota hanya bersifat
41
YANG
JENIS SEL
sementara penekan triptofan, misalnya,
mematikan gen triptofan pada bakteri
hanya jika ada triptofan; segera setelah
triptofan dikeluarkan dari medium, gen
diaktifkan kembali, dan keturunan sel
tidak akan memiliki ingatan bahwa nenek
moyang mereka telah terpapar triptofan.
Bahkan pada prokariota, beberapa
perubahan ekspresi gen dapat diwariskan
secara stabil.
Pada bagian ini kita mengkaji
bagaimana perangkat pengatur gen dapat
digabungkan untuk membentuk sakelar
yang, sekali diaktifkan, akan diingat oleh
generasi sel berikutnya. Kami mulai
dengan mempertimbangkan beberapa
mekanisme genetik diferensiasi sel yang
paling dipahami, yang beroperasi pada sel
bakteri dan ragi.
 42

A. Penataan ulang DNA Memediasi Variasi Fase pada Bakteri

Kita telah melihat bahwa diferensiasi sel pada eukariota yang lebih tinggi biasanya
terjadi tanpa perubahan urutan DNA yang terdeteksi. Sebaliknya, pada beberapa
prokariota, pola regulasi gen yang diwariskan secara stabil dicapai dengan pengaturan
ulang DNA yang mengaktifkan atau menonaktifkan gen tertentu. Karena perubahan
dalam urutan DNA disalin dengan setia selama replikasi DNA berikutnya, keadaan
aktivitas gen yang berubah akan diwariskan oleh semua keturunan sel di mana
penataan ulang terjadi. Beberapa penataan ulang ini bersifat reversibel dan
menghasilkan pola aktivitas gen yang bergantian yang dapat dideteksi dengan
pengamatan selama periode waktu yang lama dan banyak generasi.
Contoh yang dipelajari dengan baik dari mekanisme diferensiasi ini, yang dikenal
sebagai variasi fase, terjadi pada bakteri Salmonella . Meskipun mode diferensiasi ini
tidak memiliki padanan yang diketahui pada eukariota yang lebih tinggi, namun hal itu
dapat berdampak besar pada mereka karena ini merupakan cara penting di mana
bakteri penyebab penyakit menghindari deteksi oleh sistem kekebalan. Pergantian dalam
ekspresi gen Salmonella disebabkan oleh inversi 1000 pasangan nukleotida DNA tertentu
dan mempengaruhi ekspresi flagelin protein permukaan sel, yang mana bakteri memiliki
dua gen yang berbeda. Inversi dikatalisis oleh enzim rekombinasi spesifik lokasi dan
mengubah orientasi promotor yang berada dalam 1000 pasangan nukleotida. Dengan
promotor dalam satu orientasi, bakteri mensintesis satu jenis flagelin; dengan promotor
dalam orientasi lain, mereka mensintesis yang lain (Gambar 9-57). Karena inversi jarang
terjadi, seluruh klon bakteri akan tumbuh dengan satu jenis flagellin atau lainnya.
Variasi fase hampir pasti berevolusi karena melindungi populasi bakteri terhadap
respon imun inang vertebrata. Jika inang membuat antibodi terhadap satu jenis
flagellin, beberapa bakteri yang flagellinnya telah diubah oleh inversi gen akan tetap
dapat bertahan hidup dan berkembang biak.
Bakteri yang diisolasi dari alam liar sangat sering menunjukkan variasi fase untuk
satu atau lebih sifat fenotipik. "Ketidakstabilan" ini biasanya hilang seiring berjalannya
waktu dari strain bakteri laboratorium standar, dan hanya beberapa mekanisme dasar
yang telah dipelajari. Tidak semua melibatkan inversi DNA. Sebuah bakteri yang
menyebabkan penyakit menular seksual yang umum pada manusia (Neisseria
gonorrhoeae), misalnya, menghindari serangan kekebalan melalui variasi sifat
permukaannya yang diwariskan yang dihasilkan oleh konversi gen (dibahas dalam Bab
6) daripada oleh inversi gen. Mekanisme ini bergantung pada protein rekombinasi recA,
dan ia mentransfer urutan DNA ke gen yang diekspresikan dari satu set "kaset gen"
diam; itu memiliki keuntungan menciptakan lebih dari 100 varian protein permukaan
bakteri utama.
B. Beberapa Protein Pengatur Gen Menentukan Tipe Sel Identitas dalam Ragi

Karena sangat mudah tumbuh dan dimanipulasi secara genetik, khamir telah
dianalisis dengan sangat rinci sebagai organisme model untuk mempelajari mekanisme
kontrol gen dalam sel eukariotik. Ragi pembuat roti yang umum, Saccharomyces
cerevisiae, sangat mencerahkan karena kemampuannya untuk berdiferensiasi menjadi
tiga jenis sel, meskipun mekanisme kontrolnya berbeda dalam beberapa cara dasar
dari yang digunakan secara umum oleh sel hewan dan tumbuhan. S. cerevisiae adalah
eukariota bersel tunggal yang ada dalam keadaan haploid atau diploid. Sel diploid
terbentuk melalui proses yang dikenal sebagai perkawinan, di mana dua sel haploid
bergabung. Agar dua sel haploid dapat kawin, mereka harus berbeda dalam jenis
kawin (jenis kelamin). Pada S. cerevisiae terdapat dua tipe kawin, ÿ dan a, yang
dikhususkan untuk kawin satu sama lain. Masing-masing menghasilkan molekul
pensinyalan difusi spesifik (faktor kawin) dan protein reseptor yang bersama-sama
memungkinkan sel untuk mengenali dan melebur dengan jenis sel lawannya. Sel-sel
diploid yang dihasilkan, disebut a/ÿ, berbeda dari salah satu induknya: mereka tidak
dapat kawin tetapi dapat membentuk spora (bersporulasi) ketika mereka kehabisan
makanan, memunculkan sel-sel haploid melalui meiosis.
 43

Mekanisme pembentukan dan pemeliharaan ketiga jenis sel ini mengilustrasikan

beberapa strategi yang telah kita diskusikan untuk mengubah pola ekspresi gen. Jenis
kawin sel haploid ditentukan oleh lokus tunggal, lokus tipe kawin (MAT) , yang dalam
sel tipe-a mengkode protein pengatur gen tunggal, a1, dan dalam sel mengkode dua
protein pengatur gen, ÿ1 dan ÿ2. Protein a1 tidak berpengaruh pada sel haploid tipe-a
yang memproduksinya tetapi menjadi penting kemudian pada sel diploid hasil
perkawinan; sementara itu, sel haploid tipe-a menghasilkan protein khusus untuk tipe
kawinnya secara default. Sebaliknya, protein ÿ2 bertindak dalam sel ÿ sebagai penekan
transkripsi yang mematikan gen spesifik-a, sedangkan protein ÿ1 bertindak sebagai
aktivator transkripsi yang mengaktifkan gen spesifik-ÿ. Begitu sel-sel dari dua jenis
perkawinan telah menyatu, kombinasi protein pengatur a1 dan ÿ2 menghasilkan pola
ekspresi gen yang benar-benar baru, tidak seperti sel induk mana pun. Mekanisme
dimana gen spesifik tipe kawin diekspresikan dalam pola yang berbeda dalam tiga tipe
sel diilustrasikan pada Gambar 9-58. Itu adalah salah satu contoh pertama dari kontrol
gen kombinatorial yang diidentifikasi dan tetap menjadi salah satu yang paling
dipahami pada tingkat molekuler.
Meskipun di sebagian besar galur laboratorium S. cerevisiae tipe sel a dan ÿ
dipertahankan secara stabil melalui banyak pembelahan sel, beberapa galur yang
diisolasi dari alam liar dapat beralih berulang kali antara tipe sel a dan ÿ dengan
mekanisme penataan ulang gen yang efeknya mengingatkan pada variasi fase pada N.
gonorrhoeae, meskipun mekanisme pastinya tampaknya khas pada ragi. Di kedua sisi
MATlocus dalam kromosom ragi, ada lokus diam yang mengkode protein pengatur gen
tipe kawin: lokus diam di satu sisi mengkodekan ÿ1 dan ÿ2; lokus diam di sisi lain
mengkodekan a1. Setiap pembelahan sel lainnya, gen aktif di lokus MAT dipotong dan
digantikan oleh salinan baru yang disintesis dari lokus diam yang menentukan jenis
perkawinan yang berlawanan. Karena perubahan tersebut melibatkan penghilangan satu
gen dari "slot" aktif dan penggantiannya dengan yang lain, mekanisme ini disebut
mekanisme kaset. Perubahan itu reversibel karena, meskipun gen asli di lokus MAT
dibuang, salinan diam tetap ada di genom. Salinan DNA baru yang dibuat dari gen
diam berfungsi sebagai kaset sekali pakai yang akan dimasukkan secara bergantian ke
lokus MAT , yang berfungsi sebagai "kepala pemain" (Gambar 9-59).
Tes genetik menunjukkan bahwa kaset diam dipertahankan dalam bentuk tidak
aktif secara transkripsi dengan mekanisme yang sama yang bertanggung jawab untuk
membungkam gen yang terletak di ujung kromosom ragi (lihat Gambar 9-51A) : DNA
pada lokus diam tampaknya dikemas ke dalam kromatin tidak aktif.

C. Dua Protein yang Menekan Sintesis Satu Sama Lain Menentukan Keadaan
Terwariskan Bacteriophage Lambda
Pengamatan bahwa seluruh vertebrata atau tanaman dapat ditentukan oleh informasi
genetik yang ada dalam inti sel somatik tunggal (lihat Gambar 9-1) menghilangkan
kemungkinan bahwa perubahan ireversibel dalam urutan DNA adalah mekanisme
utama dalam diferensiasi sel eukariotik yang lebih tinggi (walaupun perubahan tersebut
merupakan bagian penting dari diferensiasi limfosit - dibahas dalam Bab 23).
Perubahan urutan DNA reversibel , menyerupai yang baru saja dijelaskan untuk
Salmonella dan ragi, pada prinsipnya masih dapat bertanggung jawab atas beberapa
perubahan ekspresi gen yang diwariskan yang diamati pada organisme yang lebih
tinggi, tetapi saat ini tidak ada bukti bahwa mekanisme tersebut digunakan.
Akan tetapi, mekanisme lain yang telah kita singgung dalam bab ini juga mampu
menghasilkan pola pengaturan gen yang diwariskan dengan keadaan stabil yang
berlainan. Tak satu pun dari mekanisme ini yang sepenuhnya dipahami dalam sistem
vertebrata mana pun, tetapi studi tentang lambda bakteriofag telah memberikan
wawasan pada tingkat molekuler ke dalam sakelar yang dapat membalik-balik antara
dua keadaan stabil yang mempertahankan diri, yang dapat menjadi model untuk
beberapa sakelar serupa yang beroperasi. dalam pengembangan eukariota yang lebih
tinggi.
 44

Kami sebutkan sebelumnya bahwa virus bakteri ini dalam kondisi yang
menguntungkan dapat berintegrasi ke dalam DNA sel E. coli , untuk direplikasi secara
otomatis setiap kali bakteri membelah alih-alih berkembang biak di dalam sitoplasma
dan membunuh inangnya. Peralihan antara kedua keadaan ini dimediasi oleh protein
yang dikodekan oleh genom bakteriofag. Genom mengandung total sekitar 50 gen,
yang ditranskripsi dalam pola yang sangat berbeda di kedua keadaan. Virus yang
ditakdirkan untuk berintegrasi, misalnya, harus menghasilkan protein integrase lambda ,
yang diperlukan untuk memasukkan DNA lambda ke dalam kromosom bakteri, tetapi
harus menekan produksi protein virus yang bertanggung jawab untuk penggandaan
virus. Setelah satu pola transkripsional atau lainnya telah ditetapkan, itu dipertahankan
secara stabil.
Kami tidak dapat membahas detail sistem pengaturan gen yang rumit ini di sini,
tetapi kami menguraikan beberapa fitur umumnya. Inti dari sistem ini adalah dua
protein pengatur gen yang disintesis oleh virus: protein represor lambda (protein cI),
yang telah kita temui, dan protein cro. Protein-protein ini menekan sintesis satu sama
lain, suatu pengaturan yang hanya menghasilkan dua keadaan stabil. Dalam keadaan 1
( keadaan profag), represor lambda menempati operator, memblokir sintesis cro dan juga
mengaktifkan sintesisnya sendiri. Dalam keadaan 2 ( keadaan litik), protein cro
menempati tempat yang berbeda di operator, memblokir sintesis represor tetapi
membiarkan sintesisnya sendiri (Gambar 9-60). Dalam keadaan profag sebagian besar
DNA dari bakteriofag yang terintegrasi secara stabil tidak ditranskripsi; dalam keadaan
litik DNA ini secara ekstensif ditranskripsi, direplikasi, dikemas menjadi bakteriofag
baru, dan dilepaskan oleh lisis sel inang.
Ketika bakteri inang tumbuh dengan baik, virus yang menginfeksi cenderung
mengadopsi keadaan 1, memungkinkan DNA virus berkembang biak bersama dengan
kromosom inang. Ketika sel inang rusak, virus terintegrasi berubah dari keadaan 1 ke
keadaan 2 untuk berkembang biak di sitoplasma sel dan keluar dengan cepat. Konversi
ini ditandai oleh protein pengatur bakteri yang menonaktifkan protein penekan. Namun,
dengan tidak adanya gangguan seperti itu, represor lambda mematikan produksi protein
cro dan mengaktifkan sintesisnya sendiri, dan loop umpan balik positif ini membantu
mempertahankan keadaan profag. Loop umpan balik positif adalah fitur dari banyak
memori sel sirkuit (Gambar 9-61).
Bacteriophage lambda mengilustrasikan prinsip umum yang penting: pola canggih
dari perilaku yang diwariskan dapat dicapai hanya dengan beberapa protein pengatur
gen yang secara timbal balik memengaruhi sintesis dan aktivitas satu sama lain. Kita
tahu bahwa variasi dari strategi sederhana ini digunakan oleh sel eukariotik untuk
membentuk dan mempertahankan pola transkripsi gen yang dapat diwariskan Beberapa
protein pengatur gen yang terlibat dalam membangun rencana tubuh Drosophila
(dibahas dalam Bab 21), misalnya, merangsang transkripsi mereka sendiri, sehingga
menciptakan putaran umpan balik positif yang mendorong sintesis berkelanjutan
mereka; pada saat yang sama protein ini menekan transkripsi gen yang mengkode
protein pengatur gen penting lainnya.

D. Ekspresi dari Protein Pengatur Gen Kritis dan Ekspresi Pemicu Seluruh Inti Gen

Secara umum, kombinasi beberapa protein pengatur gen, bukan protein tunggal,
menentukan di mana dan kapan gen ditranskripsi dalam eukariota. Tetapi bahkan jika
kontrol bersifat kombinatorial, protein pengatur gen tunggal dapat menentukan dalam
mengalihkan sel dari satu jalur perkembangan atau keadaan diferensiasi ke yang lain.
Contoh yang mencolok berasal dari percobaan diferensiasi sel otot secara in vitro.
Sel otot kerangka mamalia biasanya sangat besar dan mengandung banyak inti. Ini
dibentuk oleh fusi banyak sel prekursor otot yang disebut myoblas. Sel otot yang
matang dibedakan dari sel lain oleh sejumlah besar protein karakteristik, termasuk jenis
aktin, miosin, tropomiosin, dan troponin tertentu (semua bagian dari alat kontraktil),
kreatin fosfokinase (untuk metabolisme khusus sel otot), dan reseptor asetilkolin (untuk
membuat membran sensitif terhadap rangsangan saraf). Dalam proliferasi mioblas, protein
 45

spesifik otot ini dan mRNAnya tidak ada atau ada dalam konsentrasi yang sangat
rendah. Ketika myoblas mulai menyatu satu sama lain, gen yang sesuai diaktifkan
secara terkoordinasi sebagai bagian dari transformasi umum pola ekspresi gen.
Seluruh program diferensiasi otot ini dapat dipicu pada kultur fibroblas kulit dan
jenis sel tertentu lainnya dengan memasukkan salah satu dari keluarga protein helix-
loop-helix - yang disebut protein myogenic (MyoD, Myf5, atau myogenin, misalnya) -
biasanya diekspresikan hanya dalam sel otot (Gambar 9-62). Situs pengikat untuk
protein pengatur ini dapat dideteksi dalam sekuens DNA pengatur yang berdekatan
dengan banyak gen spesifik otot. Dari penelitian pada tikus transgenik, tampaknya
MyoD dan Myf5 bertindak dengan menyalakan myogenin: jika gen myogenin
dihilangkan oleh gangguan gen yang ditargetkan, sel otot gagal berdiferensiasi.
Ada kemungkinan bahwa fibroblas dan tipe sel lain yang diubah menjadi sel otot
oleh protein miogenik telah mengakumulasi sejumlah protein pengatur gen yang dapat
bekerja sama dengan protein miogenik untuk mengaktifkan gen spesifik otot. Dalam
pandangan ini, kombinasi spesifik dari protein pengatur gen, bukan protein tunggal,
yang menentukan diferensiasi otot. Ide ini konsisten dengan temuan bahwa beberapa
tipe sel gagal diubah menjadi otot oleh myogenin atau kerabatnya; sel-sel ini mungkin
belum mengakumulasi protein pengatur gen lain yang diperlukan. Seperti yang kita lihat
selanjutnya, kontrol gen kombinatorial memiliki implikasi penting bagi evolusi dan
perkembangan organisme multisel.

E. Kontrol Gen Kombinatorial terdapat dalam Eucaryotes

Kita telah membahas bagaimana beberapa protein pengatur gen dapat bertindak
dalam kombinasi untuk mengatur ekspresi gen individu. Tetapi, seperti yang
ditunjukkan oleh contoh protein miogenik, kontrol gen kombinatorial berarti lebih dari
ini: tidak hanya setiap gen memiliki banyak protein pengatur gen untuk
mengendalikannya, tetapi setiap protein pengatur berkontribusi pada pengendalian
banyak gen. Selain itu, meskipun beberapa protein pengatur gen, seperti MyoD atau
myogenin, spesifik untuk satu jenis sel, biasanya produksi protein pengatur gen tertentu
diaktifkan sendiri dalam berbagai jenis sel, di beberapa tempat di tubuh, dan di
beberapa kali dalam pengembangan. Poin ini diilustrasikan secara skematis pada
Gambar 9-63, yang menunjukkan bagaimana kontrol gen kombinatorial memungkinkan
untuk menghasilkan banyak kompleksitas biologis dengan protein pengatur gen yang
relatif sedikit.
Dengan kontrol kombinatorial, protein pengatur gen yang diberikan tidak harus
memiliki fungsi tunggal yang dapat didefinisikan secara sederhana sebagai komandan
baterai gen tertentu atau penentu jenis sel tertentu. Sebaliknya, itu mungkin melayani
banyak tujuan yang tumpang tindih dengan protein pengatur gen lainnya. Protein ini
dapat disamakan dengan kata-kata dari suatu bahasa: mereka digunakan dengan arti
yang berbeda dalam berbagai konteks dan jarang sekali; itu adalah kombinasi yang
dipilih dengan baik yang menyampaikan informasi yang menentukan peristiwa
pengaturan gen.
Konsekuensi dari kontrol gen kombinatorial adalah bahwa efek penambahan
protein pengatur gen baru ke dalam sel akan bergantung pada riwayat sel sebelumnya,
karena riwayat ini akan menentukan protein pengatur gen mana yang sudah ada. Jadi
selama perkembangan sel dapat mengakumulasi serangkaian protein pengatur gen yang
pada awalnya tidak perlu mengubah ekspresi gen. Namun, ketika anggota terakhir dari
kombinasi yang diperlukan dari protein pengatur gen ditambahkan, pesan pengaturan
selesai, yang menyebabkan perubahan besar dalam ekspresi gen. Skema seperti itu,
seperti yang telah kita lihat, dapat menjelaskan bagaimana penambahan protein
pengatur tunggal ke fibroblas dapat menghasilkan transformasi dramatis fibroblas
menjadi sel otot. Ini juga dapat menjelaskan perbedaan penting, yang dibahas dalam
Bab 21, antara proses penentuan sel, di mana sel terikat pada nasib perkembangan
tertentu, dan proses diferensiasi sel, di mana sel yang terikat mengekspresikan karakter
khususnya. Ini adalah fitur penting dari skema ini bahwa setelah protein pengatur gen dibuat,
 46

ia dapat bertindak untuk mempertahankan ekspresinya sendiri, sehingga berkontribusi

pada memori sel, yang akan kita bahas lebih lanjut di bawah ini.
Kontrol gen kombinatorial juga memiliki konsekuensi penting bagi evolusi. Karena
protein pengatur gen tidak didedikasikan untuk sirkuit tertentu atau gen target tertentu,
perubahan halus dalam satu protein pengatur gen dapat memengaruhi pola ekspresi
banyak gen dan dengan demikian menyebabkan perubahan substansial dalam perilaku
sel.

F. Kromosom X yang Tidak Aktif Diwariskan

Kami melihat sebelumnya bagaimana protein pengatur gen dapat menghasilkan pola
ekspresi gen yang diwariskan dalam sel prokariotik dan eukariotik. Salah satu
mekanisme yang mungkin, berdasarkan umpan balik positif dalam kontrol ekspresi gen,
diilustrasikan pada Gambar 9-61. Mekanisme tambahan beroperasi hanya pada
eukariota, di mana pola struktur kromatin jangka panjang dapat diwariskan secara
stabil. Mungkin contoh paling dramatis yang diketahui adalah inaktivasi salah satu dari
dua kromosom X pada sel mamalia betina.
Kromosom X dan Y adalah kromosom seks mamalia: sel perempuan mengandung
dua kromosom X, sedangkan sel laki-laki mengandung satu kromosom X dan satu Y.
Agaknya karena dosis ganda produk kromosom X akan mematikan, sel-sel wanita telah
mengembangkan mekanisme untuk secara permanen menonaktifkan salah satu dari dua
kromosom X di setiap sel. Pada tikus, ini terjadi antara hari ketiga dan keenam
perkembangan, ketika, secara acak, salah satu dari dua kromosom X di setiap sel
menjadi sangat padat menjadi heterokromatin. Kromosom ini terlihat di mikroskop
cahaya selama interfase sebagai struktur berbeda yang dikenal sebagai badan Barr,
terletak di dekat membran inti, dan bereplikasi di akhir fase S. Sebagian besar DNA-
nya tidak ditranskripsi. Karena keadaan tidak aktif dari kromosom X ini diwariskan
dengan setia, setiap wanita adalah mosaik yang terdiri dari campuran kelompok sel
klonal di mana hanya kromosom X (Xp) yang diturunkan dari pihak ayah yang aktif
dan jumlah kelompok sel klonal yang kira-kira sama. yang hanya kromosom X (Xm)
yang diturunkan secara maternal yang aktif. Secara umum, sel yang mengekspresikan
Xp dan Xm yang mengekspresikan Xm didistribusikan dalam kelompok kecil pada
hewan dewasa, mencerminkan kecenderungan sel saudara untuk tetap bertetangga dekat
selama tahap akhir perkembangan dan pertumbuhan embrionik (Gambar 9-64).
Proses pembentukan kromatin terkondensasi (heterokromatin) dalam kromosom X
cenderung menyebar terus menerus sepanjang kromosom. Hal ini dapat dilihat dalam
studi dengan hewan mutan di mana salah satu kromosom X telah bergabung dengan
bagian dari autosom ( kromosom nonsex). Dalam kromosom hibrida seperti itu, daerah
autosom yang berdekatan dengan kromosom X yang tidak aktif sering dipadatkan
menjadi heterokromatin, menyebabkan gen yang dikandungnya menjadi tidak aktif
dengan cara yang dapat diwariskan. Ini menunjukkan bahwa inaktivasi kromosom X
terjadi melalui proses kooperatif yang dapat dianggap sebagai peristiwa "kristalisasi"
kromatin yang menyebar secara linear sepanjang DNA dari situs nukleasi pada
kromosom X. Faktanya, pusat inaktivasi yang unik telah ditempatkan secara genetik
pada kromosom X: pecahan kromosom X tidak mengalami inaktivasi kecuali mereka
menyertakan pusat ini.
Setelah struktur kromatin padat terbentuk pada kromosom X, beberapa proses yang
tidak diketahui menyebabkan struktur tersebut diwariskan dengan setia selama semua
replikasi DNA selanjutnya. Namun, perubahan itu tidak sepenuhnya permanen, karena
kromosom X yang terkondensasi diaktifkan kembali dalam pembentukan sel germinal
pada wanita.
 47

G. Gen Drosophila dan Ragi juga dapat Dinonaktifkan oleh Fitur Struktur Komatin
yang dapat Diwarikan
Sebelumnya kita membahas dua contoh efek posisi pada ekspresi gen - satu di
Drosophila dan satu di ragi - yang dalam banyak hal tampak analog dengan inaktivasi
kromosom X (lihat Gambar 9-51). Dalam kedua kasus, bentuk kromatin yang
terkondensasi secara khusus mencegah ekspresi gen, dan dalam kedua kasus, keadaan
kromatin yang terkondensasi dapat diwariskan.
Pada lalat dengan penataan ulang kromosom, peristiwa pemutusan dan penyambungan
kembali yang menempatkan bagian tengah wilayah heterokromatin di sebelah wilayah
kromatin normal (eukromatin) cenderung menonaktifkan gen eukromatik di dekatnya.
Situasinya analog dengan menggabungkan autosom mamalia ke kromosom X yang
tidak aktif, seperti yang baru saja dijelaskan, dan peristiwa inaktivasi memiliki pola
yang sama: zona inaktivasi menyebar dari titik putus kromosom untuk melibatkan satu
atau lebih gen yang berdekatan. Selain itu, sementara tingkat efek penyebaran berbeda
dalam sel yang berbeda, zona tidak aktif yang dibentuk dalam sel embrio secara stabil
diwariskan oleh semua keturunan sel (Gambar 9-65). Contoh efek posisi pada ragi yang
dijelaskan sebelumnya pada Gambar 9-51 juga berbagi beberapa fitur inaktivasi
kromosom X, termasuk efek penyebaran dan heritabilitas keadaan kromatin
terkondensasi.
Belum terbukti bahwa inaktivasi kromosom X dan efek posisi pada lalat dan ragi
semuanya terjadi melalui mekanisme terkait. Namun demikian, kesejajarannya sangat
mencolok. Identifikasi dan kloning baru-baru ini dari beberapa gen Drosophila dan ragi
yang diperlukan untuk efek posisi telah memberikan titik masuk eksperimental untuk
mengeksplorasi mekanisme molekuler yang terlibat. Gambar 9-66 menunjukkan satu
skema hipotetis yang pada prinsipnya dapat menjelaskan efek penyebaran dan sifat
turunan dari keadaan kromatin terkondensasi.
Terlepas dari dasar molekulernya, pengepakan daerah genom tertentu menjadi
kromatin terkondensasi adalah jenis mekanisme pengaturan genetik yang tidak tersedia
untuk bakteri. Fitur penting dari bentuk regulasi gen eukariotik yang unik ini adalah
penyimpanan memori stabil keadaan gen dalam struktur kromatin yang diwariskan
daripada dalam loop umpan balik yang stabil dari protein pengatur gen yang mengatur
sendiri yang dapat berdifusi dari satu tempat ke tempat lain di dalam nukleus. Apakah
mekanisme jenis ini beroperasi hanya untuk menonaktifkan sebagian besar wilayah
kromosom atau apakah mereka juga dapat beroperasi pada tingkat satu atau beberapa
gen tidak diketahui.

H. Pola Metilasi DNA Dapat Diwariskan Ketika Pembelahan Sel Vertebrata

Nukleotida dalam DNA dapat dimodifikasi secara kovalen, dan dalam sel vertebrata
metilasi sitosin tampaknya memberikan mekanisme penting untuk membedakan gen yang
aktif dari yang tidak. 5methylcytosine (5-methyl C) yang dimodifikasi secara kovalen
memiliki hubungan yang sama dengan sitosin yang dimiliki timin dengan urasil dan
juga tidak berpengaruh pada pemasangan basa (Gambar 9-67). Metilasi dalam DNA
vertebrata terbatas pada nukleotida sitosin (C) dalam urutan CG, yang berpasangan
dengan urutan yang persis sama (dalam orientasi berlawanan) pada untai lain dari
heliks DNA. Akibatnya, mekanisme sederhana memungkinkan pola metilasi DNA yang
ada untuk diwariskan langsung oleh untaian DNA anak. Enzim yang disebut
maintenance methylase bertindak secara istimewa pada sekuens CG yang dipasangkan
basa dengan sekuens CG yang sudah termetilasi. Akibatnya, pola metilasi DNA pada
untai DNA induk akan bertindak sebagai cetakan untuk metilasi untai DNA anak,
menyebabkan pola ini diwariskan secara langsung mengikuti replikasi DNA (Gambar 9-
68).
Bakteri menghasilkan enzim yang berguna untuk mempelajari metilasi pada sel
vertebrata. Mereka menggunakan metilasi baik A atau C di situs tertentu untuk
melindungi diri dari aksi nuklease restriksi mereka sendiri. Pembatasan nuklease HpaII,
misalnya, memotong urutan CCGG tetapi gagal memotongnya jika C pusat dimetilasi.
 48

Pewarisan pola metilasi dapat dipelajari dalam sel vertebrata dalam kultur dengan
terlebih dahulu menggunakan enzim metilasi bakteri untuk mengenalkan gugus metil
pada sitosin dan kemudian menggunakan nuklease restriksi bakteri untuk mengikuti
pewarisan kelompok ini. Enzim yang digunakan untuk memasukkan basa 5-metil C ke
dalam sekuens CG spesifik adalah HpaII-metilase yang biasanya melindungi bakteri
dari nuklease restriksi HpaII-nya sendiri. Jika enzim ini digunakan untuk memetilasi C
pusat dalam urutan CCGG pada molekul DNA hasil kloning yang dimasukkan ke
ia
dalam sel vertebrata yang dibiakkan, pemeliharaan metilase dapat ditunjukkan bekerja
seperti yang diharapkan: setiap CG teretilasi individu umumnya dipertahankan melalui
banyak pembelahan sel, sedangkan urutan CG yang tidak termetilasi tetap tidak
termetilasi.
Metilase pemeliharaan menjelaskan pewarisan otomatis nukleotida 5-metil C, tetapi
karena biasanya tidak memetilasi DNA yang tidak termetilasi sepenuhnya, pertanyaan
tentang bagaimana gugus metil pertama kali ditambahkan dalam organisme vertebrata
tidak terjawab. Jika molekul DNA yang sepenuhnya tidak termetilasi disuntikkan ke
dalam telur tikus yang telah dibuahi, gugus metil akan ditambahkan ke hampir setiap
situs CG (pengecualian penting akan dijelaskan di bawah). Hal ini dianggap
mencerminkan adanya aktivitas metilase pembentukan baru dalam telur. Seperti yang
akan kita lihat, metilasi de novo juga dapat terjadi selama diferensiasi tipe sel khusus,
meskipun tidak diketahui bagaimana caranya.
I. Metilasi DNA Memperkuat Keputusan Perkembangan di Sel Vertebrata
Meskipun metilasi DNA pernah diusulkan untuk memainkan peran dominan dalam
menghasilkan berbagai jenis sel mamalia, sekarang dipandang memiliki peran yang lebih
halus. Pada beberapa invertebrata, termasuk Drosophila, metilasi DNA tidak terjadi,
namun kontrol ekspresi gen dan diversifikasi tipe sel tampak serupa pada Drosophila
dan vertebrata. Beberapa pengamatan konsisten dengan gagasan bahwa metilasi DNA
pada vertebrata dikaitkan dengan inaktivasi gen tetapi biasanya hanya memperkuat
keputusan yang pertama kali dibawa oleh mekanisme lain. Jadi tes dengan nuklease
restriksi HpaII menunjukkan bahwa secara umum DNA dari gen yang tidak aktif lebih
termetilasi daripada gen yang aktif. Namun, ketika gen tidak aktif yang mengandung
DNA termetilasi dihidupkan selama perkembangan normal, umumnya ia kehilangan
sebagian besar gugus metilnya hanya setelah gen tersebut diaktifkan. Sebaliknya,
kromosom X perempuan, yang dibahas di atas, mula-mula dipadatkan dan diinaktivasi
dan baru kemudian memperoleh tingkat metilasi yang meningkat pada beberapa
gennya.
Lalu, apa yang dilakukan metilasi, dan mengapa itu berguna bagi organisme?
Setidaknya ada dua petunjuk penting. Pertama, DNA yang sesuai dengan gen aktin
spesifik otot dapat disiapkan baik dalam bentuk yang sepenuhnya termetilasi maupun
yang tidak termetilasi sepenuhnya. Ketika kedua versi gen ini dimasukkan ke dalam sel
otot yang dibiakkan, keduanya ditranskripsi dengan kecepatan tinggi yang sama. Ketika,
bagaimanapun, mereka dimasukkan ke dalam fibroblas, yang biasanya tidak
mentranskripsi gen, gen yang tidak termetilasi ditranskripsi pada tingkat yang rendah,
sedangkan gen termetilasi yang ditambahkan secara eksogen maupun gen endogen dari
fibroblas (yang juga termetilasi) tidak ditranskripsi. sama sekali. Kedua, eksperimen
biokimia telah mengidentifikasi protein vertebrata yang berikatan erat dengan DNA
yang mengandung nukleotida 5-metil C berkelompok. Pengikatan protein ini dianggap
mengemas DNA termetilasi dengan cara yang membuatnya sangat tahan terhadap
mesin aktivasi transkripsi. Dua pengamatan ini menunjukkan bahwa metilasi DNA
digunakan pada vertebrata terutama untuk memastikan bahwa begitu gen dimatikan, ia
tetap mati sepenuhnya (Gambar 9-69).
Eksperimen dirancang untuk menguji apakah sekuens DNA yang ditranskripsi pada
tingkat tinggi menjadi satu jenis sel vertebrata ditranskripsi sama sekali di lain telah
menunjukkan bahwa tingkat transkripsi gen dapat berbeda antara dua jenis sel dengan
faktor lebih dari 106. Jadi gen vertebrata yang tidak diekspresikan jauh lebih sedikit
"bocor" dalam hal transkripsi daripada gen yang tidak diekspresikan pada bakteri , di
mana perbedaan terbesar yang diketahui dalam tingkat transkripsi antara keadaan gen
yang diekspresikan dan tidak diekspresikan adalah sekitar 1000 kali lipat. Metilasi DNA
 49

dari gen vertebrata yang tidak diekspresikan dapat menjelaskan setidaknya sebagian
dari perbedaan ini. Selain itu, seperti yang akan kita bahas selanjutnya, metilasi DNA
diperlukan untuk setidaknya satu jenis memori seluler khusus.
J. Pencetakan Genomik Memerlukan Metilasi DNA

Sel mamalia bersifat diploid, mengandung satu set gen yang diwariskan dari ayah
dan satu set dari ibu. Dalam beberapa kasus, ekspresi gen ditemukan bergantung pada
apakah gen tersebut diwariskan dari ibu atau ayah. Fenomena ini disebut pencetakan
genom. Meskipun awalnya tidak ditemukan dengan cara ini, pencetakan genom telah
diilustrasikan secara dramatis dalam percobaan pada tikus transgenik. Hal ini
dimungkinkan, misalnya, untuk membuat tikus transgenik di mana salah satu dari dua
salinan normal gen yang mengkode faktor pertumbuhan seperti insulin-2 (IGF-2) telah
dinonaktifkan oleh mutasi. Tikus heterozigot ini berkembang secara normal jika gen
Igf-2 yang diturunkan dari ibu yang rusak, sedangkan jika gen Igf-2 yang diturunkan
dari ayah rusak, mereka terhambat, tumbuh kurang dari setengah ukuran tikus normal.
Analisis lebih lanjut dari ini dan tikus normal memberikan penjelasan. Baik pada tikus
transgenik maupun tipe liar hanya gen Igf-2 yang diturunkan dari pihak ayah yang
ditranskripsi, sedangkan gen yang diturunkan dari pihak ibu diam; gen yang diturunkan
secara maternal dalam hal ini dikatakan tercetak.
Meskipun mekanisme pencetakan tidak pasti, tampaknya sangat mungkin bahwa
metilasi DNA terlibat. Dengan demikian, pada tikus transgenik yang rusak dalam
pemeliharaan metilase, pencetakan gen ibu Igf-2 tidak terjadi, menyiratkan bahwa
mekanisme yang membedakan antara salinan gen Igf-2 ayah dan ibu memerlukan
metilasi DNA. Menariknya, tikus yang kekurangan metilase pemeliharaan mati sebagai
embrio muda. Ini bisa diakibatkan oleh pencetakan yang cacat, tetapi juga dapat
dibayangkan bahwa kegagalan untuk memperkuat keputusan perkembangan dengan
metilasi adalah cacat utama, menyebabkan transkripsi yang bocor dari ribuan gen yang
biasanya dimatikan di setiap sel vertebrata

K. Kepulauan kaya CG Berhubungan dengan Sekitar 40.000 Gen pada Mamalia

Karena cara kerja enzim perbaikan DNA, nukleotida C termetilasi dalam genom
cenderung dihilangkan selama evolusi. Deaminasi kebetulan dari C yang tidak
termetilasi menimbulkan U, yang biasanya tidak ada dalam DNA dan dengan demikian
dikenali dengan mudah oleh enzim perbaikan DNA urasil DNA glikosilase, dipotong,
dan kemudian diganti dengan C (dibahas dalam Bab 6 ) .
Tetapi deaminasi kebetulan dari 5-metil C tidak dapat diperbaiki dengan cara ini,
karena produk deaminasi adalah T sehingga tidak dapat dibedakan dari nukleotida T
nonmutan lainnya dalam DNA. Meskipun ada sistem perbaikan khusus untuk
membuang T mutan ini (lihat halaman 250), banyak deaminasi lolos dari deteksi,
sehingga nukleotida C dalam genom yang termetilasi cenderung bermutasi menjadi T
selama waktu evolusi. Selama perjalanan evolusi, lebih dari tiga dari setiap empat
CG telah hilang dengan cara ini, meninggalkan vertebrata dengan kekurangan
dinukleotida yang luar biasa ini. Urutan CG itu tetap sangat tidak merata dalam
genom; mereka hadir pada 10 sampai 20 kali kerapatan rata-rata mereka di daerah
tertentu, yang disebut pulau CG, yang panjangnya 1000 sampai 2000 pasangan
nukleotida. Pulau-pulau ini, dengan beberapa pengecualian penting, tampaknya tetap
tidak termetilasi di semua tipe sel. Mereka diperkirakan mengelilingi promotor dari apa
yang disebut gen rumah tangga —gen-gen yang mengkode banyak protein yang penting
untuk kelangsungan hidup sel dan karena itu diekspresikan di sebagian besar sel
(Gambar 9-70). Selain itu, banyak gen spesifik jaringan, yang mengkode protein yang
hanya dibutuhkan pada jenis sel tertentu, juga berasosiasi dengan pulau CG.
 50

Distribusi pulau-pulau CG dapat dijelaskan jika kita berasumsi bahwa metilasi CG

diadopsi pada vertebrata sebagai cara untuk menghambat inisiasi transkripsi pada
segmen genom yang tidak aktif (Gambar 9-71). Di garis kuman vertebrata - garis
keturunan sel yang memunculkan telur dan sperma - sebagian besar genom tidak aktif
dan termetilasi. Selama periode waktu evolusi yang lama, urutan CG yang termetilasi
di daerah tidak aktif ini mungkin telah hilang melalui peristiwa deaminasi yang tidak
disengaja yang tidak diperbaiki dengan benar. Urutan CG di daerah sekitar promotor
banyak gen, bagaimanapun, termasuk semua gen housekeeping, disimpan demetilasi
dalam sel-sel garis germinal, sehingga dapat segera diperbaiki setelah peristiwa
deaminasi spontan. Daerah seperti itu dilestarikan sebagai pulau CG.
Genom mamalia (sekitar 3 × 109 pasangan nukleotida) mengandung sekitar 40.000
pulau CG. Sebagian besar pulau menandai ujung 5' dari unit transkripsi dan dengan
demikian, mungkin, sebuah gen. Dimungkinkan untuk mengkloning secara khusus DNA
yang mengelilingi pulau-pulau CG, dan teknik ini memberikan cara yang nyaman untuk
menemukan gen baru.
L. Ringkasan
Banyak jenis sel pada hewan dan tumbuhan sebagian besar diciptakan melalui
mekanisme yang menyebabkan gen yang berbeda ditranskripsi dalam sel yang berbeda.
Karena banyak sel hewan khusus dapat mempertahankan karakter uniknya ketika
tumbuh dalam kultur, mekanisme pengaturan gen yang terlibat dalam pembuatannya
harus stabil setelah terbentuk dan diwariskan ketika sel membelah, memberi sel memori
akan sejarah perkembangannya. Prokariota dan ragi menyediakan sistem model yang
dapat diakses secara tidak biasa untuk mempelajari mekanisme pengaturan gen,
beberapa di antaranya mungkin relevan dengan pembuatan tipe sel khusus pada
eukariota tingkat tinggi. Salah satu mekanisme tersebut melibatkan interaksi kompetitif
antara dua (atau lebih) protein pengatur gen, yang masing-masing menghambat sintesis
yang lain; ini dapat membuat saklar flip-flop yang mengalihkan sel di antara dua pola
alternatif ekspresi gen. Putaran umpan balik positif langsung atau tidak langsung, yang
memungkinkan protein pengatur gen untuk melanggengkan sintesisnya sendiri,
menyediakan mekanisme umum untuk memori sel.
Dalam transkripsi gen eukariota umumnya dikendalikan oleh kombinasi protein
pengatur gen. Diperkirakan bahwa setiap jenis sel dalam organisme eukariotik yang
lebih tinggi mengandung kombinasi spesifik dari protein pengatur gen yang memastikan
ekspresi hanya gen yang sesuai dengan jenis sel tersebut. Protein pengatur gen tertentu
dapat diekspresikan dalam berbagai keadaan dan biasanya terlibat dalam pengaturan
banyak gen.
Selain protein pengatur gen yang dapat menyebar, keadaan kondensasi kromatin
yang diwariskan juga digunakan oleh sel eukariotik untuk mengatur ekspresi gen.
Metilasi DNA pada vertebrata juga berperan, terutama sebagai alat untuk memperkuat
keputusan tentang ekspresi gen yang dibuat awalnya dengan mekanisme lain
 51

Gambar 9-57. Mengganti ekspresi gen dengan inversi DNA pada bakteri.
Transkripsi bolak-balik dari dua gen flagelin dalam bakteri Salmonella disebabkan oleh
peristiwa rekombinasi spesifik-situs sederhana yang membalikkan segmen DNA kecil
yang mengandung promotor yang dalam satu orientasi (A) mengaktifkan transkripsi gen
flagelin H2 serta protein penekan yang menghambat ekspresi gen flagelin H1. Ketika
promotor dibalik, promotor tidak lagi mengaktifkan H2 atau represor, dan gen H1,
yang dilepaskan dari represi, diekspresikan sebagai gantinya (B).
Mekanisme rekombinasi jarang diaktifkan (sekitar sekali setiap 105 pembelahan
sel). Oleh karena itu, produksi satu atau beberapa flagelin cenderung diwariskan dengan
setia di setiap klon sel.
 52

Gambar 9-58. Kontrol jenis sel dalam ragi. Jenis sel ragi ditentukan oleh tiga
protein pengatur gen (ÿ1, ÿ2, dan a1) yang diproduksi oleh lokus MAT . Kumpulan
gen yang berbeda ditranskripsi dalam sel haploid tipe a, dalam sel haploid tipe ÿ, dan
dalam sel diploid (tipe a/ÿ). Sel-sel haploid mengekspresikan satu set gen spesifik
haploid (hSG) dan satu set gen spesifik ÿ (ÿSG) atau satu set gen spesifik a (aSG).
Sel-sel diploid tidak mengekspresikan gen-gen ini. Protein ÿ1, ÿ2, dan a1 mengendalikan
banyak gen target di setiap jenis sel dengan mengikat, dalam berbagai kombinasi, ke
sekuens pengatur spesifik di hulu gen ini. Perhatikan bahwa protein ÿ1 adalah protein
aktivator gen, sedangkan protein ÿ2 adalah protein penekan gen, dan keduanya bekerja
dalam kombinasi dengan protein pengatur gen di mana-mana yang disebut MCM1.
Pada tipe sel diploid ÿ2 dan a1 membentuk heterodimer yang mematikan sekumpulan
gen yang berbeda (termasuk gen yang mengkode protein aktivator ÿ1) dari gen yang
dimatikan oleh protein ÿ2 dan MCM1. Sistem protein pengatur gen yang relatif
sederhana ini adalah contoh kontrol kombinatorial ekspresi gen (lihat Gambar 9-38).
Protein a1 dan ÿ2 keduanya mengenali situs pengikatan DNA mereka dengan
menggunakan motif homeodomain (lihat Gambar 9-13).

Gambar 9-59. Model kaset peralihan tipe perkawinan ragi. Pergantian kaset
terjadi melalui proses konversi gen yang melibatkan enzim khusus yang membuat
potongan beruntai ganda pada sekuens DNA spesifik di lokus MAT . DNA di dekat
potongan kemudian dipotong dan diganti dengan salinan kaset diam dari jenis
perkawinan yang berlawanan
 53

Gambar 9-60. Versi sederhana dari sistem pengaturan yang menentukan cara
pertumbuhan bakteriofag lambda dalam sel inang E. coli . Dalam keadaan stabil 1
(keadaan profag), bakteriofag mensintesis protein penekan, yang mengaktifkan
sintesisnya sendiri dan mematikan sintesis beberapa protein bakteriofag lainnya,
termasuk protein cro. Dalam keadaan stabil 2 (keadaan litik) bakteriofag mensintesis
protein cro, yang mematikan sintesis protein represor, sehingga banyak protein
bakteriofag dibuat dan DNA virus bereplikasi secara bebas di dalam sel E. coli,
akhirnya menghasilkan banyak protein baru . partikel bakteriofag dan membunuh sel.
Contoh ini menunjukkan bagaimana dua protein pengatur gen dapat digabungkan
dalam sebuah sirkuit untuk menghasilkan dua keadaan yang dapat diwariskan. Seperti
yang ditunjukkan pada Gambar 9-11, represor lambda dan protein cro mengenali
operator melalui motif helix-turn-helix

Gambar 9-61. Diagram skematik yang menunjukkan bagaimana putaran umpan balik
positif dapat menciptakan memori sel. Protein A adalah protein pengatur gen yang
mengaktifkan transkripsinya sendiri. Oleh karena itu, semua keturunan sel asal akan
"mengingat" bahwa sel nenek moyang telah mengalami sinyal transien yang memulai
produksi protein.

Gambar 9-62. Efek mengekspresikan protein MyoD dalam fibroblas.

Seperti yang ditunjukkan dalam mikrograf imuno fluoresensi ini,
fibroblas kulit dari embrio ayam telah diubah menjadi sel otot oleh
ekspresi gen myoD yang diinduksi secara eksperimental . Fibroblas
ditanam dalam kultur dan ditransfusikan tiga hari sebelumnya dengan
plasmid DNA rekombinan yang mengandung urutan pengkodean myoD .
Meskipun hanya beberapa persen dari fibroblas yang mengambil DNA
dan menghasilkan protein MyoD, sel-sel ini telah menyatu membentuk
myotube memanjang, yang diwarnai di sini dengan antibodi yang
mendeteksi protein khusus otot. Sel-sel yang diwarnai bercampur dengan
lapisan konfluen fibroblas, yang nukleusnya hampir tidak terlihat dalam
mikrograf ini. Kultur kontrol yang ditransfusikan dengan plasmid lain
tidak mengandung sel otot. (Sumber dari Stephen Tapscott dan Harold
Weintraub.)
 54

Gambar 9-63. Pentingnya kontrol gen kombinatorial untuk perkembangan. Skema yang
sangat skematis yang menggambarkan bagaimana kombinasi beberapa protein pengatur
gen dapat menghasilkan banyak tipe sel selama pengembangan. Dalam skema sederhana
ini, "keputusan" untuk membuat salah satu dari sepasang protein pengatur gen yang
berbeda (ditunjukkan sebagai lingkaran bernomor) dibuat setelah setiap pembelahan sel.
Merasakan posisi relatifnya dalam embrio, sel anak di sebelah kiri embrio selalu
diinduksi untuk mensintesis protein bernomor genap dari setiap pasangan, sementara sel
anak di sebelah kanan embrio diinduksi untuk mensintesis protein ganjil. protein
bernomor. Produksi setiap protein pengatur gen dianggap mengabadikan diri sendiri
(dengan demikian berkontribusi pada memori sel). Oleh karena itu, sel-sel dalam klon
yang membesar mengandung lebih banyak protein pengatur. Perhatikan bahwa, dalam
contoh hipotetis murni ini, delapan tipe sel (G hingga N) telah dibuat dengan 5
protein pengatur gen yang berbeda. Dengan kelanjutan dari skema seperti itu, lebih
dari 10.000 tipe sel dapat ditentukan hanya oleh 25 protein pengatur
 55

Gambar 9-64. X inaktivasi. Warisan klon dari kromosom X tidak aktif yang
terkondensasi yang terjadi pada mamalia betina

Gambar 9-65. Variegasi efek posisi pada Drosophila. (A) Heterokromatin (merah)
biasanya dicegah agar tidak menyebar ke daerah eukromatin (hijau) yang berdekatan
dengan urutan penghalang khusus yang sifatnya tidak diketahui. Namun, pada lalat
yang mewarisi translokasi kromosom tertentu, penghalang ini tidak lagi ada. (B) Selama
perkembangan awal lalat tersebut, heterochromatin sekarang menyebar ke DNA
kromosom tetangga, melanjutkan jarak yang berbeda dalam sel yang berbeda.
Penyebaran segera berhenti, tetapi pola heterokromatin yang mapan diwariskan,
sehingga dihasilkan klon besar sel progeni yang memiliki gen tetangga yang sama yang
terkondensasi menjadi heterokromatin dan dengan demikian tidak aktif (karenanya
penampilan "beraneka ragam" dari beberapa lalat ini; lihat Gambar 9-51B). Fenomena
ini memiliki banyak kesamaan dengan inaktivasi kromosom X pada mamalia.
ia

06

KONTROL
PASCATRANSKRIPSI
Meskipun kontrol pada inisiasi transkripsi gen adalah bentuk regulasi utama
untuk sebagian besar gen, kontrol lain dapat bertindak kemudian di jalur dari
RNA ke protein untuk memodulasi jumlah produk gen yang dibuat. Meskipun
kontrol posttranskripsi ini, yang beroperasi setelah RNA polimerase berikatan
dengan promotor gen dan memulai sintesis RNA, kurang umum daripada kontrol
transkripsi, bagi banyak gen kontrol ini sangat penting. Tampaknya setiap langkah
dalam ekspresi gen yang pada prinsipnya dapat dikontrol kemungkinan besar diatur
dalam keadaan tertentu untuk beberapa gen.
Kami mempertimbangkan varietas regulasi posttranskripsional dalam urutan
temporal, menurut rangkaian kejadian yang mungkin dialami oleh molekul RNA
setelah transkripsinya dimulai (Gambar 9-72).

56
 57

A. Atenuasi Transkripsi Menyebabkan Prematur Pemutusan Beberapa Molekul

RNA

Pada bakteri, ekspresi gen tertentu dihambat oleh terminasi dini transkripsi, sebuah
fenomena yang disebut atenuasi transkripsi. Dalam beberapa kasus ini rantai RNA yang
baru lahir mengadopsi struktur yang menyebabkannya berinteraksi dengan RNA
polimerase sedemikian rupa untuk membatalkan transkripsinya. Ketika produk gen
diperlukan, protein pengatur berikatan dengan rantai RNA yang baru lahir dan
mengganggu pelemahan, memungkinkan transkripsi molekul RNA lengkap.
Dalam redaman transkripsi eukariota dapat terjadi dengan sejumlah mekanisme
yang berbeda. Dalam adenovirus dan HIV (virus AIDS manusia), misalnya, protein
yang berkumpul di promotor tampaknya menentukan apakah polimerase akan dapat
melewati situs pelemahan spesifik atau tidak. Protein ini dapat berbeda dari satu jenis
sel ke jenis berikutnya, dan sel dapat mengontrol tingkat pelemahan gen tertentu.

B. Penyambungan RNA Alternatif Dapat Menghasilkan Berbagai Bentuk a

Protein dari Gen yang Sama

Seperti dibahas dalam Bab 8, banyak gen pertama kali ditranskripsi sebagai
prekursor mRNA panjang yang kemudian dipersingkat dengan serangkaian langkah
pemrosesan untuk menghasilkan molekul mRNA yang matang. Salah satu langkah ini
adalah penyambungan RNA, di mana urutan intron dihapus dari prekursor mRNA.
Seringkali sebuah sel dapat menyambungkan transkrip primer dengan cara yang
berbeda dan dengan demikian membuat rantai polipeptida yang berbeda dari proses
genea yang sama yang disebut penyambungan RNA alternatif (Gambar 9-73). Sebagian
besar gen eukariotik yang lebih tinggi menghasilkan banyak protein Ketika kemungkinan
penyambungan yang berbeda ada di beberapa posisi dalam transkrip, satu gen dapat
menghasilkan lusinan protein yang berbeda. Namun, biasanya alternatif penyambungan
lebih terbatas, dan hanya beberapa jenis protein yang disintesis dari setiap unit
transkripsi.
Dalam beberapa kasus penyambungan RNA alternatif terjadi karena ada
"ambiguitas urutan intron": mekanisme standar spliceosome untuk menghapus urutan
intron (dibahas dalam Bab 8) tidak dapat membedakan dengan bersih antara dua atau
lebih pasangan alternatif dari situs sambungan 5' dan 3' , sehingga pilihan yang berbeda
dibuat secara sembarangan pada kesempatan yang berbeda. Di mana penyambungan
alternatif konstitutif seperti itu terjadi, beberapa versi protein yang dikodekan oleh gen
dibuat di semua sel tempat gen diekspresikan.
Namun, dalam banyak kasus, penyambungan RNA alternatif lebih diatur daripada
konstitutif. Dalam contoh paling sederhana penyambungan yang diatur digunakan untuk
beralih dari produksi protein nonfungsional ke produksi protein fungsional. Transposase
yang mengkatalisis transposisi elemen Drosophila P, misalnya, diproduksi dalam bentuk
fungsional pada sel germinal dan bentuk nonfungsional pada sel somatik lalat,
memungkinkan elemen P menyebar ke seluruh genom lalat tanpa menyebabkan
kerusakan. dalam sel somatik. Perbedaan dalam aktivitas transposon telah ditelusuri
keberadaan urutan intron dalam RNA transposase yang dihapus hanya dalam sel
germinal.
Penyambungan RNA dapat diatur baik secara negatif, oleh molekul pengatur yang
mencegah mesin penyambung mendapatkan akses ke situs penyambungan tertentu pada
RNA, atau secara positif, oleh molekul pengatur yang mengarahkan mesin penyambung
ke situs penyambungan yang terlewatkan (Gambar 9- 74). Dalam kasus Drosophila
transposase , peristiwa penyambungan kunci diblokir dalam sel somatik oleh regulasi
negatif.
 58

C. Penentuan Jenis Kelamin Pada Drosophila Tergantung Pada Yang Diatur

Rangkaian Peristiwa Penyambungan RNA

Pada Drosophila, sinyal utama untuk menentukan apakah lalat berkembang sebagai
jantan atau betina adalah rasio kromosom X/autosom. Individu dengan rasio kromosom
X/autosom 1 (biasanya dua kromosom X dan dua set autosom) berkembang sebagai
perempuan, sedangkan individu dengan rasio 0,5 (biasanya satu kromosom X dan dua
set autosom) berkembang sebagai laki-laki. Rasio ini entah bagaimana dinilai pada
awal perkembangan dan diingat oleh setiap sel sesudahnya.
Tiga produk gen penting terlibat dalam mentransmisikan informasi tentang rasio ini
ke banyak gen lain yang menentukan karakteristik pria dan wanita (Gambar 9-76).
Sebagaimana dijelaskan pada Gambar 9-77, penentuan jenis kelamin pada Drosophila
bergantung pada kaskade peristiwa splicing RNA yang diatur yang melibatkan ketiga
produk gen ini.
Penentuan jenis kelamin Drosophila memberikan contoh yang paling dipahami dari
kaskade pengaturan berdasarkan penyambungan RNA. Tidak jelas mengapa si lalat
harus menggunakan strategi ini. Organisme lain (nematoda, misalnya) menggunakan
skema yang sama sekali berbeda untuk penentuan jenis kelamin - yang didasarkan
pada kontrol transkripsi dan translasi. Selain itu, jalur penentuan laki-laki Drosophila
mensyaratkan sejumlah molekul RNA nonfungsional terus diproduksi, yang tampaknya
sia-sia. Salah satu spekulasi adalah bahwa kaskade penyambungan RNA ini adalah
perangkat kontrol kuno, yang tersisa dari tahap evolusi di mana RNA adalah molekul
biologis yang dominan dan kontrol ekspresi gen harus didasarkan hampir seluruhnya
pada interaksi RNA-RNA.

D. Perubahan di Situs Pembelahan Transkrip RNA dan Poli-A Adisi Dapat

Mengubah Ujung Karboksil Suatu Protein

Pada eukariota, ujung 3' dari molekul mRNA tidak ditentukan oleh penghentian
sintesis RNA oleh RNA polimerase seperti pada bakteri. Sebaliknya, itu ditentukan
oleh reaksi pembelahan RNA yang dikatalisis oleh faktor tambahan saat transkrip
memanjang (lihat Gambar 8-49). Sebuah sel dapat mengontrol tempat pembelahan ini
untuk mengubah ujung karboksil dari protein yang dihasilkan (yang dikodekan oleh
ujung 3' mRNA).
Contoh yang dipelajari dengan baik adalah peralihan dari sintesis molekul yang
terikat membran ke molekul antibodi yang disekresikan yang terjadi selama
pengembangan limfosit B. Di awal riwayat hidup seorang B limfosit, antibodi yang
dihasilkannya berlabuh di membran plasma, di mana ia berfungsi sebagai reseptor
antigen. Stimulasi antigen menyebabkan sel-sel ini berkembang biak dan mulai
mengeluarkan antibodi mereka. Bentuk yang disekresikan dari antibodi identik dengan
bentuk yang terikat membran kecuali pada terminal karboksil yang ekstrim. Pada
bagian protein ini, bentuk yang terikat membran memiliki rangkaian panjang asam
amino hidrofobik yang melintasi lapisan ganda lipid membran, sedangkan bentuk yang
disekresikan memiliki rangkaian asam amino hidrofilik yang jauh lebih pendek. Oleh
karena itu, peralihan dari ikatan membran ke antibodi yang disekresikan membutuhkan
urutan nukleotida yang berbeda pada ujung 3' mRNA; perbedaan ini dihasilkan melalui
perubahan panjang transkrip RNA primer yang disebabkan oleh perubahan tempat
pembelahan RNA, seperti dijelaskan pada Gambar 9-78.
 59

E. Definisi Gen Harus Dimodifikasi Sejak Penemuan Penyambungan RNA

Alternatif

Penemuan bahwa gen eukariotik biasanya mengandung intron dan urutan

pengkodeannya dapat disatukan dengan lebih dari satu cara menimbulkan pertanyaan
baru tentang definisi gen. Sebuah gen pertama kali didefinisikan dengan jelas dalam
istilah molekuler pada awal 1940-an dari penelitian genetika biokimia dari jamur
Neurospora. Sampai saat itu, sebuah gen telah didefinisikan secara operasional sebagai
wilayah genom yang terpisah sebagai satu unit selama meiosis dan menimbulkan sifat
fenotipik yang dapat ditentukan, seperti mata merah atau putih pada Drosophila atau
biji bulat atau keriput pada kacang polong.
Pekerjaan pada Neurospora menunjukkan bahwa sebagian besar gen sesuai dengan
wilayah genom yang mengarahkan sintesis enzim tunggal. Ini mengarah pada hipotesis
bahwa satu gen mengkodekan satu rantai polipeptida. Hipotesis terbukti bermanfaat
untuk penelitian selanjutnya; dan, karena lebih banyak yang dipelajari tentang
mekanisme ekspresi gen pada 1960-an, sebuah gen menjadi diidentifikasi sebagai
rangkaian DNA yang ditranskripsi ke dalam pengkodean RNA untuk rantai polipeptida
tunggal (atau RNA struktural tunggal seperti tRNA atau rRNA). molekul). Penemuan
gen yang terbelah pada akhir 1970-an dapat dengan mudah diakomodasi oleh definisi
asli gen, asalkan rantai polipeptida tunggal ditentukan oleh RNA yang ditranskripsi
dari urutan DNA mana pun. Tetapi sekarang jelas bahwa banyak urutan DNA dalam
sel eukariotik yang lebih tinggi menghasilkan dua atau lebih protein berbeda melalui
penyambungan RNA alternatif. Lalu bagaimana gen didefinisikan?
Dalam kasus yang relatif jarang di mana dua protein eukariotik yang sangat
berbeda dihasilkan dari satu unit transkripsi, kedua protein tersebut dianggap
diproduksi oleh gen berbeda yang tumpang tindih pada kromosom. Akan tetapi,
tampaknya tidak perlu rumit untuk mempertimbangkan sebagian besar varian protein
yang dihasilkan oleh penyambungan RNA alternatif berasal dari gen yang tumpang
tindih. Alternatif yang lebih masuk akal adalah memodifikasi definisi asli untuk
memasukkan sebagai gen sekuens DNA apa pun yang ditranskripsi sebagai unit tunggal
dan mengkodekan satu set rantai polipeptida yang terkait erat (isoform protein).
Definisi gen ini juga mengakomodasi sekuens DNA yang menyandikan varian protein
yang dihasilkan oleh proses posttranskripsional selain penyambungan RNA, seperti
pergeseran kerangka ribosom dan pengeditan RNA, yang akan kita bahas nanti.

F. Transportasi RNA dari Nukleus dapat Diatur

Transkrip RNA primer rata-rata tampaknya paling banyak 10 kali lebih lama dari
molekul mRNA matang yang dihasilkan darinya dengan penyambungan RNA. Namun
diperkirakan bahwa hanya sekitar seperduapuluh dari total massa RNA yang pernah
dibuat meninggalkan nukleus. Oleh karena itu, tampaknya sebagian besar dari transkrip
primer (mungkin setengah) dapat sepenuhnya terdegradasi dalam nukleus tanpa pernah
menghasilkan molekul RNA yang mencapai sitoplasma. Yang dibuang RNA dapat
terdiri dari urutan yang tidak pernah dibuat menjadi molekul mRNA; di sisi lain,
beberapa mungkin mewakili molekul mRNA potensial yang berfungsi pada beberapa
jenis sel tetapi pada yang lain gagal dikirim ke sitoplasma. Ini mungkin karena mereka
ditargetkan secara selektif untuk degradasi intranuklear atau karena keluarnya mereka
dari nukleus diblokir secara selektif.
Meskipun ada sangat sedikit bukti kuat untuk kedua bentuk kontrol tersebut, masing-
masing tetap merupakan kemungkinan nyata. Secara khusus, ekspor RNA melalui pori-
pori nuklir adalah proses aktif, dan untuk sebagian besar RNA memerlukan penutup
nukleotida spesifik pada ujung 5' molekul RNA dan ekor poli-A pada ujung 3' (dibahas
dalam Bab 8 ) . Persyaratan jenis ini masuk akal, karena menjaga fragmen RNA sampah
 60

(seperti sekuens intron dihilangkan dengan penyambungan RNA) keluar dari sitosol. Tetapi
memiliki jenis ujung yang tepat tidak cukup untuk transportasi: setiap molekul prekursor
mRNA tetap tertambat ke situs di dalam nukleus sampai semua komponen spliceosome
terlepas darinya (lihat Gambar 8-54). Oleh karena itu, mekanisme apa pun yang mencegah
penyelesaian penyambungan RNA pada molekul RNA tertentu, pada prinsipnya, dapat
menghalangi keluarnya RNA tersebut dari nukleus.

G. Beberapa mRNA Dilokalkan ke Wilayah Tertentu dari Sitoplasma

Setelah molekul mRNA eukariotik yang baru dibuat telah melewati pori nuklir dan
memasuki sitosol, ia bertemu dengan ribosom yang menerjemahkannya menjadi rantai
polipeptida. Jika mRNA mengkodekan protein yang ditakdirkan untuk disekresikan
atau diekspresikan pada permukaan sel, itu akan diarahkan ke retikulum endoplasma
(ER) dengan urutan sinyal di ujung amino protein; urutan sinyal akan dikenali segera
setelah muncul dari ribosom oleh komponen alat pemilah protein sel. Peralatan ini
kemudian mengarahkan seluruh kompleks ribosom, mRNA, dan protein nascent ke
membran RE, di mana sisa rantai polipeptida disintesis, seperti dibahas dalam Bab 12.
Dalam kasus lain, seluruh protein disintesis oleh ribosom bebas di sitosol, dan sinyal
dalam rantai polipeptida yang telah selesai kemudian dapat mengarahkan protein ke
tempat lain di dalam sel.
Namun, dalam kasus lain, mRNA diarahkan ke lokasi intraseluler spesifik oleh
sinyal dalam urutan mRNA itu sendiri, sebelum urutan tersebut diterjemahkan menjadi
urutan asam amino. Sinyal biasanya terletak di daerah 3' yang tidak diterjemahkan
(UTR) dari molekul mRNA - daerah yang memanjang dari kodon stop, yang
menghentikan sintesis protein, hingga awal ekor poli-A (lihat Gambar 9-78). Contoh
mencolok terlihat pada telur Drosophila , di mana mRNA yang mengkode protein
pengatur gen bicoid melekat pada sitoskeleton kortikal di ujung anterior telur yang
sedang berkembang. Ketika translasi mRNA ini dipicu oleh pembuahan, gradien protein
bicoid dihasilkan yang berperan penting dalam mengarahkan perkembangan bagian
anterior embrio (ditunjukkan pada Gambar 9-39 dan dibahas lebih rinci pada Bab 21) .
). Beberapa mRNA dalam sel somatik dilokalisasi dengan cara yang sama. MRNA
yang mengkodekan aktin, misalnya, terlokalisasi pada korteks sel yang kaya akan
filamen aktin pada fibroblas mamalia melalui sinyal UTR 3', mungkin karena
menguntungkan bagi sel untuk memposisikan mRNAnya dekat dengan lokasi. di mana
protein yang dihasilkan dari mRNA diperlukan. Bentuk regulasi gen posttranskripsi ini,
di mana mRNA secara khusus dilokalisasi ke satu bagian sel, baru dikenali baru-baru
ini, dan masih belum jelas berapa banyak mRNA yang dilokalisasi dengan cara ini.
Peran UTR dalam melokalisasi mRNA ke wilayah sitoplasma tertentu diilustrasikan
pada Gambar 9-79.

H. Pengeditan RNA Dapat Mengubah Arti Pesan RNA

Mekanisme molekuler yang digunakan oleh sel merupakan sumber kejutan yang
terus-menerus. Contohnya adalah fenomena splicing trans RNA, yang terjadi pada
semua transkrip di trypanosomes (protozoa parasit yang bertanggung jawab untuk
penyakit tidur). Semua mRNA dalam tripanosoma memiliki urutan pemimpin tertutup
5' yang umum yang ditranskripsi secara terpisah dan ditambahkan ke ujung transkrip
RNA 5' dengan penyambungan dua molekul RNA yang awalnya tidak terhubung.
Transsplicing juga digunakan untuk menambahkan pemimpin 5' ke beberapa mRNA di
nematoda dan untuk menggabungkan transkrip RNA terpisah yang membentuk urutan
pengkodean beberapa protein kloroplas dan mitokondria dalam sel tanaman. Memotong
dan menempel di antara transkrip RNA dapat mempercepat evolusi protein baru, dan
beberapa kasus di mana ekson diketahui bergabung dengan cara ini diduga merupakan
sisa evolusioner dari proses yang jauh lebih luas yang mendominasi sel purba.
 61

Penemuan mengejutkan lainnya adalah proses pengeditan RNA, di mana urutan

nukleotida transkrip RNA diubah. Dalam proses ini, ditemukan dalam transkrip RNA
yang mengkode protein dalam mitokondria tripanosoma, satu atau lebih nukleotida U
dimasukkan (atau, lebih jarang, dihilangkan) dari daerah transkrip terpilih,
menyebabkan modifikasi besar baik pada kerangka pembacaan asli maupun urutan,
sehingga mengubah makna pesan. Untuk beberapa gen, penyuntingan sangat ekstensif
sehingga lebih dari separuh nukleotida dalam mRNA dewasa adalah nukleotida U yang
disisipkan selama proses penyuntingan. Informasi yang menentukan dengan tepat
bagaimana transkrip RNA awal akan diubah terkandung dalam satu set molekul RNA
sepanjang 40 hingga 80 nukleotida yang ditranskripsi secara terpisah. Apa yang disebut
RNA panduan ini memiliki ujung 5 'yang saling melengkapi secara berurutan dengan
salah satu ujung wilayah transkrip yang akan diedit; ini diikuti oleh urutan yang
menentukan set nukleotida untuk dimasukkan ke dalam transkrip dan kemudian
menjalankan nukleotida U secara terus menerus. Mekanisme penyuntingannya sangat
kompleks, dengan nukleotida U pada ujung 3' RNA pemandu dipindahkan langsung ke
dalam transkrip, seperti yang diilustrasikan pada Gambar 9-80.
Pengeditan urutan mRNA yang luas juga telah ditemukan di mitokondria banyak
tanaman, dengan hampir setiap mRNA diedit sampai batas tertentu. Namun, dalam
kasus ini, basa diubah dari C menjadi U dalam RNA, tanpa penyisipan atau
penghapusan nukleotida. Seringkali banyak Cs dalam mRNA dipengaruhi oleh
pengeditan, mengubah 10% atau lebih asam amino yang dikodekan oleh mRNA.
Kami hanya dapat berspekulasi mengapa mitokondria tripanosom dan tanaman
menggunakan pengeditan RNA yang begitu ekstensif. Saran yang tampaknya paling
masuk akal didasarkan pada premis bahwa mitokondria mengandung sistem genetik
primitif. Terdapat bukti bahwa penyuntingan diatur untuk menghasilkan mRNA yang
berbeda dalam kondisi yang berbeda, sehingga penyuntingan RNA dapat dipandang
sebagai cara primitif untuk mengubah ekspresi gen. Tripanosom adalah eukariota bersel
tunggal yang sangat purba, yang menyimpang sangat awal dari garis keturunan yang
mengarah ke tumbuhan, hewan, dan ragi (lihat Gambar 1-16). Oleh karena itu,
mungkin versi ekstrim dari pengeditan RNA yang ditemukan di mitokondria mereka
adalah peninggalan dari sel yang sangat kuno, di mana sebagian besar katalisis
dilakukan oleh molekul RNA daripada protein.
Pengeditan RNA dari jenis yang jauh lebih terbatas terjadi pada mamalia. Kasus
pertama yang ditemukan melibatkan gen apolipoprotein-B , di mana pengeditan RNA
menghasilkan dua jenis transkrip: di salah satunya, C yang dikodekan DNA diubah
menjadi U, menciptakan kodon stop yang menyebabkan versi terpotong dari protein
besar ini menjadi dibuat dengan cara spesifik jaringan. Dalam kasus lain perubahan
nukleotida tengah molekul mRNA mengubah asam amino tunggal dalam saluran ion
berpintu pemancar di otak, secara signifikan mengubah permeabilitas saluran menjadi
Ca2+. Untuk apolipoprotein-B pengeditan dikatalisis dengan cara yang sangat mudah:
protein berikatan dengan urutan tertentu dalam mRNA dan kemudian mengkatalisis
deaminasi C ke U. Tidak diketahui apakah kasus lain dari pengeditan RNA mamalia
dan tanaman dimediasi protein dengan cara ini atau apakah, sebaliknya, mereka
menggunakan templat RNA pendek, seperti pada tripanosoma. Kami sekarang ke kontrol
yang beroperasi pada terjemahan mRNA menjadi protein.
I. Sel Prokariotik dan Eukariotik Menggunakan Strategi Berbeda untuk
Tentukan Situs Mulai Terjemahan pada Molekul mRNA
Dalam mRNA bakteri, hamparan enam nukleotida yang dilestarikan, urutan Shine-
Dalgarno, selalu ditemukan beberapa nukleotida di bagian atas kodon AUG awal.
Urutan ini membentuk pasangan basa dengan 16S RNA di subunit ribosom kecil dan
dengan demikian memposisikan dengan benar kodon AUG awal di ribosom. Interaksi
ini memberikan kontribusi besar pada efisiensi inisiasi dan menyediakan sel bakteri
dengan cara sederhana untuk mengatur sintesis protein. Banyak mekanisme kontrol
 62

translasi pada prokariota melibatkan pemblokiran urutan Shine-Dalgarno, baik dengan

menutupinya dengan protein terikat atau dengan memasukkannya ke dalam daerah
berpasangan basa dalam molekul mRNA.
MRNA eukariotik tidak mengandung urutan Shine-Dalgarno. Sebaliknya, pemilihan
kodon AUG sebagai situs awal translasi sangat ditentukan oleh kedekatannya dengan
tutup di ujung 5' molekul mRNA, yang merupakan tempat di mana subunit ribosom
kecil berikatan dengan mRNA dan mulai memindai kodon AUG awal (dibahas dalam
Bab 6). Nukleotida yang mengelilingi situs awal dalam mRNA eukariotik juga
memengaruhi efisiensi pengenalan AUG selama proses pemindaian. Jika situs
pengenalan ini cukup buruk, pemindaian subunit ribosom akan mengabaikan kodon
AUG pertama dalam mRNA dan beralih ke kodon AUG kedua atau ketiga sebagai
gantinya. Fenomena ini, yang dikenal sebagai "pemindaian bocor", adalah strategi yang
sering digunakan untuk menghasilkan dua atau lebih protein, yang berbeda dalam ujung
aminonya, dari mRNA yang sama. Hal ini memungkinkan beberapa gen untuk
menghasilkan protein yang sama dengan dan tanpa rangkaian sinyal yang terpasang
pada terminal aminonya, misalnya, sehingga protein tersebut diarahkan ke dua
kompartemen berbeda di dalam sel.
Perbedaan penting lainnya antara terjemahan eukariotik dan prokariotik adalah
bahwa ribosom eukariotik berdisosiasi dengan cepat dari mRNA ketika terjemahan
berakhir. Jadi reinisiasi pada kodon AUG internal setelah translasi dari kerangka
pembacaan terbuka sebelumnya jauh lebih tidak efisien pada eukariota daripada pada
prokariota. Bersama-sama, perbedaan-perbedaan ini - pemindaian dari tutup 5' dan
kemampuan terbatas untuk memulai kembali pada kodon AUG internal - menjelaskan
mengapa sebagian besar mRNA eukariotik hanya menyandikan satu protein dan
mengapa kodon AUG pertama dari ujung 5' biasanya fungsional. mulai situs untuk
terjemahan.
Beberapa mRNA sel eukariotik dan virus menginisiasi translasi melalui mekanisme
alternatif yang melibatkan inisiasi internal daripada pemindaian. MRNA ini
mengandung sekuens nukleotida kompleks, yang disebut situs entri ribosom internal,
tempat ribosom berikatan dengan cara yang tidak bergantung pada tutup dan memulai
translasi pada kodon AUG berikutnya di bagian hilir. Rincian mekanisme ini tidak
diketahui.
J. Fosforilasi Faktor Inisiasi Mengatur Sintesis Protein

Sel eukariotik menurunkan tingkat keseluruhan sintesis protein sebagai respons

terhadap berbagai situasi, termasuk kekurangan faktor pertumbuhan, infeksi oleh virus,
kejutan panas, dan masuk ke fase M dari siklus sel. Sebagian besar regulasi ini
dianggap melibatkan faktor inisiasi eIF 2, yang difosforilasi oleh protein kinase spesifik
untuk menurunkan laju sintesis protein secara keseluruhan.
Fungsi normal EIF-2 diuraikan dalam Gambar 9-81. Protein ini membentuk
kompleks dengan GTP dan memediasi pengikatan tRNA inisiator metionil ke subunit
ribosom kecil, yang kemudian berikatan dengan tutup 5' mRNA dan mulai memindai
sepanjang mRNA. Setelah kodon AUG dikenali, GTP yang terikat dihidrolisis menjadi
GDP oleh protein eIF-2, menyebabkan perubahan konformasi pada protein dan
melepaskannya dari subunit ribosom kecil. Subunit ribosom besar kemudian bergabung
dengan yang kecil untuk membentuk ribosom lengkap yang memulai sintesis protein.
Karena eIF-2 berikatan sangat erat dengan GDP, protein pelepas nukleotida guanin
(lihat Gambar 15-50 ), disebut eIF-2B, diperlukan untuk menyebabkan pelepasan GDP
sehingga molekul GTP baru dapat mengikat dan eIF-2 dapat digunakan kembali (
Gambar 9-82A). Penggunaan kembali eIF-2 dihambat ketika difosforilasi karena eIF-2
terfosforilasi mengikat eIF-2B dengan sangat erat, mencegah penyelesaian pertukaran
nukleotida. Ada lebih banyak eIF-2 daripada eIF-2B dalam sel, dan bahkan sebagian
kecil dari eIF-2 terfosforilasi dapat menjebak hampir semua eIF-2B yang tersedia,
sehingga mencegah penggunaan kembali bahkan eIF-2 yang tidak terfosforilasi dan
sangat memperlambat sintesis protein ( Gambar 9-82B).
 63

Ketika aktivitas faktor translasi umum, seperti eIF-2, dikurangi dengan fosforilasi,
orang mungkin berharap bahwa translasi semua mRNA akan tereduksi secara merata.
Bertentangan dengan harapan ini, bagaimanapun, fosforilasi eIF-2 dapat memiliki efek
selektif, bahkan meningkatkan translasi mRNA tertentu. Hal ini memungkinkan sel-sel
ragi, misalnya, beradaptasi dengan kelaparan untuk nutrisi tertentu dengan
menghentikan sintesis semua protein kecuali yang diperlukan untuk sintesis nutrisi yang
hilang. Detailnya telah dikerjakan untuk mRNA ragi spesifik yang mengkode protein
yang disebut GCN4, protein pengatur gen yang diperlukan untuk aktivasi banyak gen
yang mengkode protein yang penting untuk sintesis asam amino. Protein GCN4
diproduksi oleh aktivasi spesifik dari translasi mRNA mengikuti kelaparan asam amino
yang diinduksi ketika eIF-2 menjadi terfosforilasi. Dengan mekanisme kompleks yang
bergantung pada persaingan antara situs inisiasi translasi yang benar dan salah
("umpan") di dekat ujung 5' mRNA GCN4, pengurangan aktivitas eIF-2 sebenarnya
mengarah pada peningkatan sintesis protein GCN4 .
Regulasi tingkat EIF-2 juga penting dalam sel mamalia sebagai bagian dari
mekanisme di mana mereka dapat diinduksi untuk memasuki keadaan istirahat
nonproliferasi (disebut G0) di mana laju sintesis protein berkurang menjadi sekitar
seperlima. kecepatan dalam sel yang berproliferasi (dibahas dalam Bab 17).
K. Protein yang Mengikat ke Wilayah Pemimpin 5 mRNA Mediasi Kontrol
Terjemahan Negatif
Translasi beberapa molekul mRNA diblokir oleh protein represor translasi spesifik
yang berikatan di dekat ujung 5' mRNA, tempat translasi seharusnya dimulai. Jenis
mekanisme ini disebut kontrol translasi negatif (Gambar 9-83). Ini pertama kali
ditemukan pada bakteri, yang memungkinkan kelebihan protein ribosom untuk
menekan terjemahan mRNA mereka sendiri - suatu bentuk regulasi umpan balik
negatif.
Dalam sel eukariotik, bentuk kontrol translasi negatif yang dipelajari dengan sangat
baik memungkinkan sintesis feritin protein penyimpanan besi intraseluler meningkat
dengan cepat jika tingkat atom besi terlarut dalam sitosol meningkat. Regulasi besi
tergantung pada urutan sekitar 30 nukleotida di ujung 5' molekul mRNA feritin. Unsur
besi-respons ini terlipat menjadi struktur batang-loop yang mengikat protein penekan
translasi yang disebut aconitase, yang memblokir translasi sekuen RNA apa pun di
bagian hilir (lihat Gambar 9-83). Aconitase adalah protein pengikat besi, dan paparan
sel terhadap besi menyebabkannya terpisah dari mRNA feritin, melepaskan blok untuk
translasi dan meningkatkan produksi feritin sebanyak 100 kali lipat.
L. Ekspresi Gen Dapat Dikendalikan oleh Perubahan mRNA Stabilitas

Kebanyakan mRNA dalam sel bakteri sangat tidak stabil, memiliki waktu paruh
sekitar 3 menit. Karena mRNA bakteri disintesis dengan cepat dan terdegradasi dengan
cepat, bakteri dapat beradaptasi dengan cepat terhadap perubahan lingkungan.
MRNA dalam sel eukariotik lebih stabil. Beberapa, seperti pengkodean ÿ-globin,
memiliki waktu paruh lebih dari 10 jam. Namun, yang lain memiliki waktu paruh 30
menit atau kurang. MRNA yang tidak stabil sering mengkode protein pengatur, seperti
faktor pertumbuhan dan protein pengatur gen, yang tingkat produksinya berubah
dengan cepat di dalam sel (Gambar 9-84). Banyak dari RNA ini tidak stabil karena
mengandung urutan spesifik yang merangsang degradasinya. Urutan panjang yang kaya
akan nukleotida A dan U di wilayah 3' yang tidak diterjemahkan (UTR) dari beberapa
mRNA, misalnya, dapat, jika ditransfer ke mRNA stabil lainnya dengan teknik DNA
rekombinan, menyebabkannya menjadi tidak stabil. Urutan kaya AU ini tampaknya
mempercepat degradasi mRNA dengan merangsang penghilangan ekor poli-A yang
ditemukan di ujung 3 'dari hampir semua mRNA eukariotik. MRNA lain yang tidak
stabil mengandung situs pengenalan pada UTR 3' mereka untuk endonuklease spesifik
yang membelah mRNA (Gambar 9-85).
 64

Stabilitas mRNA dapat diubah sebagai respons terhadap sinyal ekstraseluler.

Hormon steroid, misalnya, memengaruhi sel tidak hanya dengan meningkatkan
transkripsi gen tertentu, tetapi juga dengan meningkatkan stabilitas beberapa mRNA
yang dikodekan oleh gen ini. Sebaliknya, penambahan besi ke sel menurunkan stabilitas
mRNA yang mengkodekan protein reseptor yang mengikat transferin protein
pengangkut besi, menyebabkan berkurangnya reseptor ini yang dibuat.
Dalam sel eukariotik, bentuk kontrol translasi negatif yang dipelajari dengan sangat
baik memungkinkan sintesis feritin protein penyimpanan besi intraseluler meningkat
dengan cepat jika tingkat atom besi terlarut dalam sitosol meningkat. Regulasi besi
tergantung pada urutan sekitar 30 nukleotida di ujung 5' molekul mRNA feritin. Unsur
besi-respons ini terlipat menjadi struktur batang-loop yang mengikat protein penekan
translasi yang disebut aconitase, yang memblokir translasi sekuen RNA apa pun di
bagian hilir (lihat Gambar 9-83). Aconitase adalah protein pengikat besi, dan paparan
sel terhadap besi menyebabkannya terpisah dari mRNA feritin, melepaskan blok untuk
translasi dan meningkatkan produksi feritin sebanyak 100 kali lipat.
2
Menariknya, stabilitas mRNA reseptor transferin tampaknya dimodulasi oleh aconitase
protein pengikat RNA yang sensitif terhadap besi, yang, seperti yang telah kita bahas
di atas, juga mengontrol translasi mRNA feritin. Di sini aconitase berikatan dengan 3
'UTR dari mRNA reseptor transferrin dan menyebabkan peningkatan produksi reseptor,
mungkin dengan menghambat fungsi urutan yang jika tidak menyebabkan degradasi
mRNA yang cepat. Pada penambahan besi, aconitase dilepaskan dari mRNA,
menurunkan stabilitas mRNA (Gambar 9-86).
M. Degradasi mRNA Selektif Digabungkan dengan Terjemahan
Kontrol stabilitas mRNA dalam sel eukariotik paling baik dipahami untuk mRNA
yang menyandikan histon. MRNA ini memiliki waktu paruh sekitar 1 jam selama fase
sintesis DNA (S) dari siklus sel, ketika histon baru dibutuhkan, tetapi menjadi tidak
stabil dan terdegradasi dalam beberapa menit ketika sintesis DNA berhenti. Jika sintesis
DNA selama fase S dihambat dengan obat, mRNA histon segera menjadi tidak stabil,
mungkin karena akumulasi histon bebas tanpa adanya DNA baru untuk diikat
meningkatkan laju degradasi mRNA mereka.
Regulasi stabilitas mRNA histone bergantung pada struktur batang-dan-loop 3'
pendek yang menggantikan ekor poli-A yang ada di ujung 3' mRNA lain (lihat
Gambar 9-84 ). Reaksi pembelahan khusus, yang membutuhkan pemasangan basa pada
RNA kecil dalam partikel ribonukleoprotein, menciptakan ujung 3' ini setelah mRNA
histon disintesis oleh RNA polimerase II. Jika ujung 3' dipindahkan ke mRNA lain
dengan metode DNA rekombinan, mereka juga menjadi tidak stabil ketika sintesis
DNA berhenti. Jadi, untuk jenis mRNA lainnya, laju degradasi mRNA histon sangat
dipengaruhi oleh sinyal di dekat ujung 3', di mana degradasi mRNA diperkirakan
dimulai.
Jika kodon stop dimasukkan ke tengah urutan pengkodean dalam mRNA histon,
mRNA tidak lagi terdegradasi dengan cepat. Oleh karena itu disarankan bahwa
nuklease yang bertanggung jawab untuk mendegradasi mRNA terikat pada ribosom dan
sebagian besar mRNA histon harus diterjemahkan sebelum nuklease dapat mulai
mencerna ujung 3' mRNA. Hipotesis ini akan menjelaskan mengapa sebagian besar
mRNA yang tidak stabil distabilkan secara selektif ketika sel diperlakukan dengan
penghambat sintesis protein cycloheximide. Menggabungkan degradasi mRNA menjadi
translasi mungkin merupakan mekanisme untuk memastikan bahwa molekul mRNA
yang baru disintesis dalam sel eukariotik tidak dihancurkan sebelum ditranslasikan
setidaknya sekali.
 65

N. Kontrol Sitoplasma terhadap Panjang Poli-A Dapat Mempengaruhi Terjemahan

Selain Stabilitas mRNA
Poliadenilasi awal molekul RNA (dibahas dalam Bab 8) terjadi dalam nukleus
tampaknya secara otomatis untuk hampir semua prekursor mRNA eukariotik (kecuali
mRNA histon yang dibahas di atas). Begitu berada di sitosol, ekor poli-A sepanjang
200 nukleotida pada sebagian besar mRNA secara bertahap memendek selama beberapa
hari. Ekor yang lebih pendek dari sekitar 30 As, bagaimanapun, tidak diamati,
menunjukkan bahwa ini adalah panjang ekor minimum yang diperlukan untuk stabilitas
mRNA. Selain itu, panjang ekor poli-A dari beberapa mRNA dikontrol secara khusus -
baik dengan penambahan poli A selektif atau dengan penghilangan poli-A selektif
(Gambar 9-87A).
Oosit dan telur yang matang memberikan contoh mencolok dari kontrol ekspresi
gen melalui penambahan poli-A ke mRNA spesifik. Banyak jalur degradasi mRNA
normal tampaknya dinonaktifkan dalam sel raksasa ini, sehingga sel dapat membangun
simpanan mRNA dalam jumlah besar untuk persiapan pembuahan. Banyak mRNA
disimpan dengan hanya 10 sampai 30 As pada ujung 3', dan dalam bentuk ini mRNA
tidak diterjemahkan. Pada waktu tertentu selama pematangan oosit dan pasca
pembuahan, ketika protein yang dikodekan oleh mRNA ini diperlukan, poli A
ditambahkan ke mRNA terpilih, sangat merangsang inisiasi translasinya. Sebuah model
yang menjelaskan bagaimana penambahan poli A pada ujung 3' dapat mempengaruhi
inisiasi translasi di dekat ujung 5' mRNA diilustrasikan pada Gambar 9-87B.

O. Beberapa mRNA Mengandung Sinyal Penyandian Ulang yang Mengganggu

Proses Terjemahan Normal
Kontrol translasi sejauh ini dibahas mempengaruhi tingkat di mana rantai protein
baru dimulai pada molekul mRNA. Biasanya, penyelesaian sintesis protein terjadi secara
otomatis setelah sintesis ini dimulai. Namun, dalam kasus khusus, proses yang disebut
pengodean ulang translasi dapat mengubah protein akhir yang dibuat.
Bentuk pengkodean ulang yang paling sering diamati adalah pergeseran bingkai
translasi. Jenis pengkodean ulang ini umumnya digunakan oleh retrovirus, yang
memungkinkan lebih dari satu protein disintesis dari satu mRNA. Virus ini umumnya
membuat protein kapsid (protein Gag) dan transkriptase balik virus dan integrase
(protein Pol) dari transkrip RNA yang sama. Virus membutuhkan lebih banyak salinan
protein Gag daripada protein Pol, dan banyak virus mencapai penyesuaian kuantitatif
ini dengan memiliki gen gag dan pol dalam bingkai pembacaan yang berbeda, dengan
kodon stop di akhir urutan kode gag yang dapat dihilangkan dengan pergeseran
bingkai translasi yang langka. Pergeseran bingkai terjadi pada kodon tertentu dalam
mRNA dan membutuhkan sinyal pengodean ulang khusus, yang dianggap sebagai fitur
struktural urutan RNA di hilir situs ini (Gambar 9-88).
Prinsip serupa lebih jarang digunakan dalam bentuk pengkodean ulang lainnya di
situs mRNA tertentu. Jadi sinyal pengodean ulang telah ditemukan di beberapa mRNA
yang dapat menyebabkan pergeseran bingkai +1, daripada pergeseran bingkai -1 yang
ditunjukkan pada Gambar 9-88 yang beroperasi di RNA virus. Dalam kasus lain,
urutan nukleotida spesifik di sekitar kodon stop menyebabkan kodon stop bocor,
sehingga asam amino tambahan sering disisipkan di ujung rantai polipeptida. Yang
lebih mengejutkan adalah mekanisme yang baru ditemukan yang memasukkan
selenocysteine asam amino yang dimodifikasi ke dalam rantai protein. Selenosistein,
yang penting untuk fungsi beberapa enzim, mengandung atom selenium menggantikan
atom belerang sistein dan melekat pada molekul tRNA khusus. tRNA memiliki afinitas
untuk sinyal pengkodean ulang yang ada dalam molekul mRNA yang mengkode
protein yang menggunakan selenosistein. Selenosistein tergabung dalam kodon UGA
khusus, yang pada sebagian besar pengaturan lain akan berfungsi sebagai kodon stop
untuk menghentikan sintesis protein.
 66

P. Reaksi yang dikatalisis RNA dalam Sel Kemungkinan Terjadi Asal Sangat
Kuno
Semua mekanisme kontrol posttranskripsi yang dibahas dalam bagian ini bergantung
pada molekul RNA tertentu yang dikenali secara khusus untuk perlakuan khusus,
seperti penyambungan, penyuntingan, atau degradasi. Dalam beberapa kasus pengenalan
ini dilakukan oleh protein pengikat RNA khusus. Namun, dalam kasus lain, pengenalan
urutan RNA spesifik dilakukan oleh molekul RNA lain, yang menggunakan pasangan
basa RNA-RNA komplementer sebagai bagian dari mekanisme pengenalannya.
Pasangan RNA-RNA, misalnya, diketahui memainkan peran sentral dalam translasi,
dalam penyambungan RNA, dalam beberapa bentuk pemrosesan RNA lainnya, dan
dalam pengeditan RNA yang terjadi pada tripanosoma. Dalam upaya membedah
mekanisme posttranskripsional, kita sebagian besar telah memasuki dunia RNA.
Molekul RNA juga memiliki peran pengatur lainnya dalam sel. Strategi RNA
antisense untuk memanipulasi sel secara eksperimental sehingga mereka gagal
mengekspresikan gen tertentu (lihat hal. 326) meniru mekanisme normal yang diketahui
mengatur ekspresi beberapa gen terpilih pada bakteri dan dapat digunakan jauh lebih
luas daripada yang disadari sekarang. Contoh mekanisme semacam ini yang dipahami
dengan baik memberikan kontrol umpan balik pada inisiasi replikasi DNA untuk
keluarga besar plasmid DNA bakteri. Sistem kontrol membatasi jumlah salinan plasmid
yang dibuat di dalam sel, sehingga mencegah plasmid membunuh sel inangnya dengan
melakukan replikasi berlebihan (Gambar 9-89).
Studi tentang reaksi yang dikatalisis oleh RNA merupakan minat khusus dari
perspektif evolusi. Seperti dibahas dalam Bab 1, sel-sel pertama diperkirakan tidak
memiliki DNA dan mungkin mengandung sangat sedikit, jika ada, protein. Banyak dari
reaksi yang dikatalisis oleh RNA dalam sel masa kini tampaknya mewakili fosil
molekuler - turunan dari jaringan kompleks reaksi yang dimediasi oleh RNA yang
diperkirakan telah mendominasi metabolisme sel lebih dari 3,5 miliar tahun yang lalu.
Teknologi DNA rekombinan telah memungkinkan sejumlah besar RNA murni dari
sekuens apa pun untuk diproduksi secara in vitro dengan RNA polimerase yang
dimurnikan (lihat Gambar 7-36), sehingga memungkinkan untuk mempelajari kimia
terperinci dari reaksi yang dikatalisis oleh RNA. Dari pemahaman tentang banyak
reaksi semacam itu, para ahli biologi berharap dapat melacak jalur evolusi pertama sel
hidup.
Ringkasan

Banyak langkah dalam jalur dari RNA ke protein diatur oleh sel untuk mengontrol
ekspresi gen. Sebagian besar gen dianggap diatur pada berbagai tingkatan, meskipun
kontrol inisiasi transkripsi (kontrol transkripsi) biasanya mendominasi. Namun, beberapa
gen ditranskripsi pada tingkat konstan dan dihidupkan dan dimatikan hanya oleh proses
pengaturan pascatranskripsi. Prosesproses ini meliputi (1) pelemahan transkrip RNA
dengan penghentian prematurnya, (2) pemilihan situs sambungan RNA alternatif, (3)
kontrol pembentukan ujung 3' dengan pembelahan dan penambahan poli-A, (4) kontrol
transportasi dari nukleus ke sitosol, (5) lokalisasi mRNA ke bagian sel tertentu, (6)
pengeditan RNA, (7) kontrol inisiasi translasi, (8) pengaturan degradasi mRNA, dan (9)
pengodean ulang translasi. Sebagian besar proses kontrol ini memerlukan pengenalan
urutan atau struktur spesifik dalam molekul RNA yang sedang diatur. Pengakuan ini
dapat dilakukan dengan protein pengatur atau molekul RNA pengatur.
 67

M. Reaksi yang dikatalisis RNA dalam Sel Kemungkinan Terjadi Asal Sangat
Kuno
Semua mekanisme kontrol posttranskripsi yang dibahas dalam bagian ini bergantung
pada molekul RNA tertentu yang dikenali secara khusus untuk perlakuan khusus,
seperti penyambungan, penyuntingan, atau degradasi. Dalam beberapa kasus pengenalan
ini dilakukan oleh protein pengikat RNA khusus. Namun, dalam kasus lain, pengenalan
urutan RNA spesifik dilakukan oleh molekul RNA lain, yang menggunakan pasangan
basa RNA-RNA komplementer sebagai bagian dari mekanisme pengenalannya.
Pasangan RNA-RNA, misalnya, diketahui memainkan peran sentral dalam translasi,
dalam penyambungan RNA, dalam beberapa bentuk pemrosesan RNA lainnya, dan
dalam pengeditan RNA yang terjadi pada tripanosoma. Dalam upaya membedah
mekanisme posttranskripsional, kita sebagian besar telah memasuki dunia RNA.
Molekul RNA juga memiliki peran pengatur lainnya dalam sel. Strategi RNA
antisense untuk memanipulasi sel secara eksperimental sehingga mereka gagal
mengekspresikan gen tertentu (lihat hal. 326) meniru mekanisme normal yang diketahui
mengatur ekspresi beberapa gen terpilih pada bakteri dan dapat digunakan jauh lebih
luas daripada yang disadari sekarang. Contoh mekanisme semacam ini yang dipahami
dengan baik memberikan kontrol umpan balik pada inisiasi replikasi DNA untuk
keluarga besar plasmid DNA bakteri. Sistem kontrol membatasi jumlah salinan plasmid
yang dibuat di dalam sel, sehingga mencegah plasmid membunuh sel inangnya dengan
melakukan replikasi berlebihan (Gambar 9-89).
Studi tentang reaksi yang dikatalisis oleh RNA merupakan minat khusus dari
perspektif evolusi. Seperti dibahas dalam Bab 1, sel-sel pertama diperkirakan tidak
memiliki DNA dan mungkin mengandung sangat sedikit, jika ada, protein. Banyak dari
reaksi yang dikatalisis oleh RNA dalam sel masa kini tampaknya mewakili fosil
molekuler - turunan dari jaringan kompleks reaksi yang dimediasi oleh RNA yang
diperkirakan telah mendominasi metabolisme sel lebih dari 3,5 miliar tahun yang lalu.
Teknologi DNA rekombinan telah memungkinkan sejumlah besar RNA murni dari
sekuens apa pun untuk diproduksi secara in vitro dengan RNA polimerase yang
dimurnikan (lihat Gambar 7-36), sehingga memungkinkan untuk mempelajari kimia
terperinci dari reaksi yang dikatalisis oleh RNA. Dari pemahaman tentang banyak
reaksi semacam itu, para ahli biologi berharap dapat melacak jalur evolusi pertama sel
hidup.
Ringkasan

Banyak langkah dalam jalur dari RNA ke protein diatur oleh sel untuk mengontrol
ekspresi gen. Sebagian besar gen dianggap diatur pada berbagai tingkatan, meskipun
kontrol inisiasi transkripsi (kontrol transkripsi) biasanya mendominasi. Namun, beberapa
gen ditranskripsi pada tingkat konstan dan dihidupkan dan dimatikan hanya oleh proses
pengaturan pascatranskripsi. Prosesproses ini meliputi (1) pelemahan transkrip RNA
dengan penghentian prematurnya, (2) pemilihan situs sambungan RNA alternatif, (3)
kontrol pembentukan ujung 3' dengan pembelahan dan penambahan poli-A, (4) kontrol
transportasi dari nukleus ke sitosol, (5) lokalisasi mRNA ke bagian sel tertentu, (6)
pengeditan RNA, (7) kontrol inisiasi translasi, (8) pengaturan degradasi mRNA, dan (9)
pengodean ulang translasi. Sebagian besar proses kontrol ini memerlukan pengenalan
urutan atau struktur spesifik dalam molekul RNA yang sedang diatur. Pengakuan ini
dapat dilakukan dengan protein pengatur atau molekul RNA pengatur.
 68

M. Reaksi yang dikatalisis RNA dalam Sel Kemungkinan Terjadi Asal Sangat
Kuno
Semua mekanisme kontrol posttranskripsi yang dibahas dalam bagian ini bergantung
pada molekul RNA tertentu yang dikenali secara khusus untuk perlakuan khusus,
seperti penyambungan, penyuntingan, atau degradasi. Dalam beberapa kasus pengenalan
ini dilakukan oleh protein pengikat RNA khusus. Namun, dalam kasus lain, pengenalan
urutan RNA spesifik dilakukan oleh molekul RNA lain, yang menggunakan pasangan
basa RNA-RNA komplementer sebagai bagian dari mekanisme pengenalannya.
Pasangan RNA-RNA, misalnya, diketahui memainkan peran sentral dalam translasi,
dalam penyambungan RNA, dalam beberapa bentuk pemrosesan RNA lainnya, dan
dalam pengeditan RNA yang terjadi pada tripanosoma. Dalam upaya membedah
mekanisme posttranskripsional, kita sebagian besar telah memasuki dunia RNA.
Molekul RNA juga memiliki peran pengatur lainnya dalam sel. Strategi RNA
antisense untuk memanipulasi sel secara eksperimental sehingga mereka gagal
mengekspresikan gen tertentu (lihat hal. 326) meniru mekanisme normal yang diketahui
mengatur ekspresi beberapa gen terpilih pada bakteri dan dapat digunakan jauh lebih
luas daripada yang disadari sekarang. Contoh mekanisme semacam ini yang dipahami
dengan baik memberikan kontrol umpan balik pada inisiasi replikasi DNA untuk
keluarga besar plasmid DNA bakteri. Sistem kontrol membatasi jumlah salinan plasmid
yang dibuat di dalam sel, sehingga mencegah plasmid membunuh sel inangnya dengan
melakukan replikasi berlebihan (Gambar 9-89).
Studi tentang reaksi yang dikatalisis oleh RNA merupakan minat khusus dari
perspektif evolusi. Seperti dibahas dalam Bab 1, sel-sel pertama diperkirakan tidak
memiliki DNA dan mungkin mengandung sangat sedikit, jika ada, protein. Banyak dari
reaksi yang dikatalisis oleh RNA dalam sel masa kini tampaknya mewakili fosil
molekuler - turunan dari jaringan kompleks reaksi yang dimediasi oleh RNA yang
diperkirakan telah mendominasi metabolisme sel lebih dari 3,5 miliar tahun yang lalu.
Teknologi DNA rekombinan telah memungkinkan sejumlah besar RNA murni dari
sekuens apa pun untuk diproduksi secara in vitro dengan RNA polimerase yang
dimurnikan (lihat Gambar 7-36), sehingga memungkinkan untuk mempelajari kimia
terperinci dari reaksi yang dikatalisis oleh RNA. Dari pemahaman tentang banyak
reaksi semacam itu, para ahli biologi berharap dapat melacak jalur evolusi pertama sel
hidup.
Ringkasan

Banyak langkah dalam jalur dari RNA ke protein diatur oleh sel untuk mengontrol
ekspresi gen. Sebagian besar gen dianggap diatur pada berbagai tingkatan, meskipun
kontrol inisiasi transkripsi (kontrol transkripsi) biasanya mendominasi. Namun, beberapa
gen ditranskripsi pada tingkat konstan dan dihidupkan dan dimatikan hanya oleh proses
pengaturan pascatranskripsi. Prosesproses ini meliputi (1) pelemahan transkrip RNA
dengan penghentian prematurnya, (2) pemilihan situs sambungan RNA alternatif, (3)
kontrol pembentukan ujung 3' dengan pembelahan dan penambahan poli-A, (4) kontrol
transportasi dari nukleus ke sitosol, (5) lokalisasi mRNA ke bagian sel tertentu, (6)
pengeditan RNA, (7) kontrol inisiasi translasi, (8) pengaturan degradasi mRNA, dan (9)
pengodean ulang translasi. Sebagian besar proses kontrol ini memerlukan pengenalan
urutan atau struktur spesifik dalam molekul RNA yang sedang diatur. Pengakuan ini
dapat dilakukan dengan protein pengatur atau molekul RNA pengatur.
 69

Gambar 9-72. Kemungkinan kontrol pasca-transkripsi pada

ekspresi gen. Hanya sedikit dari kontrol ini yang mungkin
digunakan untuk salah satu gen

Permission to reproduce this figure in this web version of

Moleculer Biology of the Cell is either pending or has not been
granted

Gambar 9-73. Empat pola penyambungan RNA alternatif.

Dalam setiap kasus satu jenis transkrip RNA disambung
dalam dua cara alternatif untuk menghasilkan dua mRNA
yang berbeda (1 dan 2). Kotak biru tua menandai urutan
ekson yang dipertahankan di kedua mRNA. Kotak biru
muda menandai kemungkinan urutan ekson yang termasuk
dalam hanya satu mRNA; kotak-kotak ini digabungkan
dengan garis merah untuk menunjukkan di mana urutan
intron (kuning) dihilangkan. (Diadaptasi dengan izin dari A.
Andreadis, ME Gallego, dan B. Nadal-Ginard, Annu. Rev.
Cell Biol. 3:207-242, 1987. © 1987 Annual Reviews, Inc.)

Gambar 9-74. Kontrol negatif dan positif dari penyambungan RNA alternatif. (A)
Kontrol negatif, di mana protein represor berikatan dengan transkrip RNA primer di
jaringan 2, sehingga mencegah mesin penyambung menghilangkan urutan intron. (B)
Kontrol positif, di mana mesin penyambung tidak dapat menghilangkan urutan intron
tertentu tanpa bantuan dari protein aktivator
 70

Gambar 9-75. Penyambungan RNA alternatif yang diatur menghasilkan bentuk

spesifik tipe sel dari produk gen. Di sini dua protein kinase tirosin yang sedikit
berbeda diproduksi dari gen src karena urutan ekson A hanya termasuk dalam sel
saraf. Bentuk saraf dari protein Src mengandung situs ekstra untuk fosforilasi dan juga
dianggap memiliki aktivitas spesifik yang lebih tinggi. Hanya ekson pengkode protein
(berwarna) yang ditampilkan dalam diagram ini (ekson 1, yang membentuk pemimpin
5' pada mRNA, tidak ditampilkan). (Setelah JB Levy et al., Mol. Cell Biol. 7:4142-
4145, 1987.)
Gambar 9-76. Penentuan jenis kelamin pada
Drosophila. Produk gen yang ditampilkan bertindak
dalam kaskade berurutan untuk menentukan jenis
kelamin lalat sesuai dengan rasio kromosom X/ autosom.
Gen tersebut disebut sex-lethal (Sxl), transformer (tra),
dan doublesex (dsx) karena fenotipe yang dihasilkan
ketika gen dinonaktifkan oleh mutasi. Fungsi dari produk
gen ini adalah untuk mengirimkan informasi tentang rasio
kromosom X/autosom ke banyak gen lain yang terlibat
dalam pembuatan fenotipe yang berhubungan dengan
jenis kelamin. Gen-gen lain ini berfungsi sebagai dua set
alternatif: yang menspesifikasikan ciri-ciri betina dan yang
menspesifikasikan ciri-ciri jantan (lihat Gambar 9-77).
 71

Gambar 9-77. Rangkaian perubahan ekspresi gen yang menentukan jenis kelamin lalat
bergantung pada penyambungan RNA alternatif. Rasio kromosom X/autosom sebesar
0,5 menghasilkan perkembangan pria. Pria adalah jalur "default" di mana gen Sxl dan
tra sama-sama ditranskripsi, tetapi RNA disambung secara konstitutif untuk hanya
menghasilkan molekul RNA nonfungsional, dan transkrip dsx disambung untuk
menghasilkan protein yang mematikan gen yang menentukan karakteristik wanita. .
Rasio kromosom X/autosom 1 memicu jalur diferensiasi betina dalam embrio dengan
mengaktifkan promotor dalam gen Sxl secara sementara yang menyebabkan sintesis
protein Sxl fungsional. Sxl adalah protein pengatur splicing dengan dua tempat kerja:
(1) berikatan dengan transkrip Sxl RNA yang diproduksi secara konstitutif,
menyebabkan sambatan khusus wanita yang melanjutkan produksi protein Sxl
fungsional, dan (2) berikatan dengan secara konstitutif memproduksi tra RNA dan
menyebabkan sambatan alternatif dari transkrip ini, yang sekarang menghasilkan
protein pengatur Tra yang aktif. Protein Tra bekerja dengan protein Tra-2 yang
diproduksi secara konstitutif untuk menghasilkan transkrip dsx bentuk sambungan
khusus wanita ; ini mengkodekan bentuk betina dari protein Dsx, yang mematikan gen
yang menentukan ciri-ciri jantan. Semua komponen dalam jalur ini pada awalnya
diidentifikasi melalui studi tentang mutan Drosophila yang berubah dalam
perkembangan seksualnya. Gen dsx , misalnya, mendapatkan namanya (doublesex) dari
pengamatan bahwa lalat yang kekurangan produk gen ini mengekspresikan ciri khusus
jantan dan betina. Perhatikan bahwa, sedangkan keduanya Protein Sxl dan Tra
berikatan dengan situs RNA spesifik, Sxl adalah represor yang bekerja secara negatif
untuk memblokir sambungan, sedangkan protein Tra adalah aktivator yang bertindak
positif untuk menginduksi sambungan (lihat Gambar 9-74 ).

Gambar 9-78. Regulasi situs pembelahan RNA dan penambahan poli-A menentukan
apakah molekul antibodi disekresikan atau tetap terikat membran. Pada limfosit B yang
tidak distimulasi (kiri) dihasilkan transkrip RNA yang panjang, dan urutan intron di
dekat ujung 3'nya dihilangkan dengan penyambungan RNA untuk menghasilkan
molekul mRNA yang mengkode molekul antibodi yang terikat membran. Sebaliknya,
setelah stimulasi antigen (kanan), transkrip RNA primer dibelah di bagian hulu dari
situs sambungan di depan urutan ekson terakhir. Akibatnya, beberapa urutan intron
yang dihapus dari transkrip panjang tetap menjadi urutan pengkodean dalam transkrip
pendek. Ini adalah urutan yang menyandikan bagian terminal karboksil hidrofilik dari
molekul antibodi yang disekresikan.
 72

Gambar 9-79. Pentingnya UTR dalam melokalisasi mRNA ke daerah spesifik

sitoplasma.
Drosophila dapat ditransfeksi dengan molekul DNA rekombinan yang mengkode
mRNA di mana urutan reporter bakteri (enkode ÿ-galactosidase) dihubungkan ke
urutan 3' UTR yang dipilih. Menurut pilihan 3' UTR, mRNA dapat tidak terlokalisasi
dalam sel embrionik, terlokalisasi pada ujung basalnya, atau terlokalisasi pada ujung
apikalnya. (A) Molekul DNA rekombinan yang digunakan untuk menguji efek dari
UTR 3' yang berbeda. (B) Hibridisasi in situ (untuk urutan RNA ÿ-galactosidase)
menunjukkan bahwa 3' UTR menentukan lokalisasi mRNA dalam sel embrionik. (C)
Foto mRNA yang terlokalisasi secara apikal terdeteksi oleh hibridisasi in situ . Sel-sel
yang mengandung mRNA ini tersusun dalam garis-garis sepanjang sumbu embrio. (C,
milik David Ish Horowitz.)

Gambar 9-80. Pengeditan RNA dalam mitokondria tripanosoma. RNA pemandu

pada ujung 3'nya berisi poli U, yang menyumbangkan nukleotida U ke situs pada
transkrip RNA yang salah berpasangan dengan RNA pemandu; dengan demikian ekor
poli-U menjadi lebih pendek saat pengeditan berlangsung (tidak ditampilkan).
Pengeditan umumnya dimulai di dekat ujung 3' dan berlanjut ke ujung 5' transkrip
RNA, seperti yang ditunjukkan, karena "urutan jangkar" di ujung 5' sebagian besar
RNA pemandu hanya dapat dipasangkan dengan urutan yang telah diedit.
 73

Peran eIF-2 dalam inisiasi sintesis protein

Gambar 9-82. Siklus EIF-2. (A) Daur ulang eIF-2 bekas oleh protein pelepas nukleotida
guanin (eIF-2B). (B) fosforilasi eIF-2 mengontrol tingkat sintesis protein dengan
mengikat eIF-2B

Gambar 9-83. Kontrol translasi negatif.

Bentuk kontrol ini dimediasi oleh protein
pengikat RNA spesifik urutan yang bertindak
sebagai penekan translasi. Pengikatan protein
ke molekul mRNA menurunkan translasi
mRNA. Beberapa kasus jenis kontrol
translasi ini diketahui; ilustrasi dimodelkan
pada mekanisme yang menyebabkan lebih
banyak feritin (suatu protein penyimpan besi)
disintesis ketika konsentrasi besi bebas dalam
sitosol meningkat; protein represor translasi
yang sensitif terhadap besi disebut aconitase
(lihat juga Gambar 9-86).
 74

Gambar 9-84. stabilitas RNA. Tiga mRNA normal dengan waktu paruh yang sangat
berbeda. Degradasi cepat terus menerus dari molekul mRNA yang menyandikan
berbagai faktor pertumbuhan memungkinkan konsentrasinya diubah dengan cepat
sebagai respons terhadap sinyal ekstraseluler. Sinyal untuk degradasi cepat di wilayah 3'
yang tidak diterjemahkan (UTR) menentukan waktu paruh RNA faktor pertumbuhan
(lihat Gambar 9-85). Histon dibutuhkan terutama untuk membentuk kromatin baru
yang dihasilkan selama sintesis DNA; perubahan besar dalam stabilitas mRNA mereka
membantu membatasi sintesis histone ke fase S dari siklus sel.

Gambar 9-85. Kontrol degradasi RNA. Urutan khusus di wilayah 3 'untranslated

(UTR) dari mRNA yang tidak stabil bertanggung jawab atas degradasi yang sangat
cepat. Seperti yang ditunjukkan, urutan kaya AU yang ditemukan di 3 'UTR dari
banyak mRNA berumur pendek menyebabkan penghilangan ekor poli-A dengan cepat,
yang pada gilirannya membuat RNA tidak stabil. MRNA lain mengandung sekuens
dalam UTR 3' mereka yang berfungsi sebagai situs untuk pembelahan endonukleolitik
spesifik.
 75

Gambar 9-86. Dua kontrol posttranslational dimediasi oleh besi. Menanggapi

peningkatan konsentrasi besi di sitosol, sel meningkatkan sintesis feritin untuk mengikat
besi tambahan (A) dan menurunkan sintesis reseptor transferin untuk mengimpor besi
kurang (B). Kedua respons tersebut dimediasi oleh protein pengatur responsif besi yang
sama, aconitase, yang mengenali ciri-ciri umum dalam struktur batang-dan-loop dalam
mRNA yang mengkode feritin dan reseptor transferrin. Aconitase berdisosiasi dari
mRNA ketika mengikat besi. Karena reseptor transferrin dan feritin diatur oleh
berbagai jenis mekanisme, kadarnya merespon secara berlawanan terhadap konsentrasi
zat besi meskipun keduanya diatur oleh protein pengatur responsif zat besi yang sama.
(Diadaptasi dari MW Hentze et al., Science 238:1570-1573, 1987; JL Casey et al.,
Science240:924-928, 1988.)

Gambar 9-87. Kontrol panjang ekor poli-A memengaruhi stabilitas mRNA dan
terjemahan mRNA. (A) Sebagian besar mRNA yang diterjemahkan memiliki ekor poli-
A yang melebihi panjang minimum sekitar 30 As. Ekor pada mRNA yang dipilih dapat
memanjang atau dibelah dengan cepat di sitosol, dan ini akan berpengaruh pada
translasi mRNA ini. (B) Sebuah model diusulkan untuk menjelaskan stimulasi translasi
yang diamati dengan peningkatan panjang ekor poli-A. Subunit ribosom besar, saat
menyelesaikan rantai protein, dapat langsung didaur ulang dari dekat ujung 3' molekul
mRNA kembali ke ujung 5' untuk memulai protein baru dengan protein pengikat poli-
A khusus (merah)
 76

Gambar 9-88. Pergeseran bingkai translasi diperlukan untuk menghasilkan reverse

transcriptase dan integrase dari retrovirus. Reverse transcriptase dan integrase virus
diproduksi oleh pembelahan protein fusi Gag-Pol yang besar, sedangkan protein kapsid
virus diproduksi oleh pembelahan protein Gag yang lebih banyak. Baik Gag dan
protein fusi dimulai secara identik, tetapi Gag protein berakhir pada kodon stop dalam
bingkai (tidak diperlihatkan); pergeseran bingkai yang ditunjukkan menghilangkan kodon
stop ini, memungkinkan sintesis protein fusi yang lebih lama. Pergeseran bingkai terjadi
karena fitur dalam struktur RNA lokal (termasuk loop RNA yang ditunjukkan)
menyebabkan tRNALeu yang menempel pada terminal karboksil dari rantai polipeptida
yang tumbuh kadang-kadang tergelincir ke belakang oleh satu nukleotida pada ribosom,
sehingga berpasangan dengan kodon UUU sebagai gantinya. dari kodon UUA yang
telah ditentukan penggabungannya; kodon berikutnya (AGG) dalam kerangka
pembacaan baru menentukan arginin daripada glisin. Urutan yang ditunjukkan adalah
dari virus AIDS, HIV. (Diadaptasi dari T. Jacks et al., Nature 331:280-283, 1988.)

Gambar 9-89. Strategi antisense RNA untuk mengatur jumlah plasmid pada bakteri.
Interaksi pengaturan antara dua molekul RNA mempertahankan nomor salinan plasmid
yang konstan dalam keluarga ColE1 dari plasmid DNA bakteri. RNA I (panjang
sekitar 100 nukleotida) adalah RNA pengatur yang menghambat aktivitas RNA II
(panjang sekitar 500 nukleotida), yang biasanya membantu memulai replikasi DNA
plasmid. Konsentrasi RNA I meningkat sebanding dengan jumlah molekul DNA
plasmid dalam sel, sehingga dengan meningkatnya jumlah plasmid, replikasi plasmid
dihambat. (Setelah H. Masukata dan J. Tomizawa, Sel 44:125-136, 1986.) protein
berakhir pada kodon stop dalam bingkai (tidak diperlihatkan); pergeseran bingkai yang
ditunjukkan menghilangkan kodon stop ini, memungkinkan sintesis protein fusi yang
lebih lama. Pergeseran bingkai terjadi karena fitur dalam struktur RNA lokal (termasuk
loop RNA yang ditunjukkan) menyebabkan tRNALeu yang menempel pada terminal
karboksil dari rantai polipeptida yang tumbuh kadang-kadang tergelincir ke belakang
oleh satu nukleotida pada ribosom, sehingga berpasangan dengan kodon UUU sebagai
gantinya. dari kodon UUA yang telah ditentukan penggabungannya; kodon berikutnya
(AGG) dalam kerangka pembacaan baru menentukan arginin daripada glisin. Urutan
yang ditunjukkan adalah dari virus AIDS, HIV. (Diadaptasi dari T. Jacks et al.,
Nature 331:280-283, 1988.) RNA I saling melengkapi secara berurutan dengan ujung 5'
RNA II. Dalam RNA II urutan 2 melengkapi urutan 1 dan urutan 3, dan
dipindahkan dari satu ke yang lain dengan pengikatan RNA I; RNA I dengan
demikian mengubah konformasi urutan 4, menonaktifkan RNA II.
 PENUTUP
A. KESIMPULAN

Pengontrolan Ekspresi Gen

Diferensiasi sel umumnya tergantung pada perubahan ekspresi gen daripada kehilangan
gen. Ekspresi gen adalah proses penggunaan informasi genetik yang tersimpan di dalam gen
untuk mensintesis senyawa-senyawa produk gen. mekanisme ekspresi gen terjadi saat
perubahan materi genetik menjadi protein melalui proses sintesis protein Secara umum ekspresi
gen diatur melalui perubahan dalam jumlah dan jenis interaksi antara molekul yang secara
kolektif mempengaruhi transkripsi DNA dan translasi RNA.

Motif Pengikatan DNA dalam Protein Pengatur Gen

Protein pengatur gen mengenali regangan pendek DNA heliks ganda dari urutan yang
ditentukan dan dengan demikian menentukan mana dari ribuan gen dalam sel yang
akan ditranskripsi. Ratusan protein pengatur gen telah diidentifikasi dalam berbagai
macam organisme. Meskipun masing-masing protein ini memiliki fitur unik, sebagian
besar berikatan dengan DNA sebagai homodimer atau heterodimer dan mengenali
DNA melalui salah satu dari sejumlah kecil motif struktural, termasuk motif helix-turn-
helix, motif homeodomain, motif jari seng, leucine zipper. motif, dan motif helix-loop-
helix. Urutan asam amino yang tepat yang dilipat ke dalam motif menentukan urutan
DNA tertentu yang dikenali. Beberapa teknik canggih tersedia yang memanfaatkan
spesifisitas sekuens DNA dari protein pengatur gen untuk mengidentifikasi dan
mengisolasi protein ini dan gen yang menyandikannya.
Cara Kerja Genetic Switches

Transkripsi gen individu dinyalakan dan dimatikan dalam sel oleh protein pengatur gen.
Pada prokariota, protein ini biasanya berikatan dengan sekuens DNA spesifik yang
dekat dengan tempat awal RNA polimerase dan, bergantung pada sifat protein
pengatur dan lokasi yang tepat dari tempat pengikatannya relatif terhadap tempat awal,
mengaktifkan atau menekan transkripsi gen. Sedangkan transkripsi gen prokariotik
tipikal dikendalikan oleh hanya satu atau dua protein pengatur gen, pengaturan gen
eukariotik yang lebih tinggi jauh lebih kompleks, sepadan dengan ukuran genom yang
lebih besar dan variasi tipe sel yang besar.

Struktur Kromatin dan Kontrol Ekspresi Gen

Genom organisme eukariotik dikemas menjadi kromatin. Beberapa bentuk kromatin

sangat padat sehingga gen yang dikemas tidak bertranskripsi. Meskipun detail struktural
dari jenis pengemasan ini tidak dipahami dengan baik, ini dianggap sebagai alat yang
digunakan oleh sel untuk membungkam sebagian besar genom mereka. Dalam beberapa
kasus, pembungkaman ini dapat dibalik dan gen yang dikemas diaktifkan, tetapi cara
ini terjadi juga tidak dipahami. Dalam bentuk kromatin yang kurang padat, DNA
masih dikemas dalam nukleosom. Nukleosom yang diposisikan pada titik awal
transkripsi menghalangi perakitan faktor transkripsi umum. Nukleosom ini tampaknya
tergeser oleh mekanisme yang tidak diketahui kapan transkripsi diaktifkan oleh protein
pengatur gen.

77
 Mekanisme Genetik Molekuler yang Menciptakan Jenis Sel Khusus

Protein pengatur gen mengenali regangan pendek DNA heliks ganda dari urutan yang
ditentukan dan dengan demikian menentukan mana dari ribuan gen dalam sel yang
akan ditranskripsi. Ratusan protein pengatur gen telah diidentifikasi dalam berbagai
macam organisme. Meskipun masing-masing protein ini memiliki fitur unik, sebagian
besar berikatan dengan DNA sebagai homodimer atau heterodimer dan mengenali
DNA melalui salah satu dari sejumlah kecil motif struktural, termasuk motif helix-turn-
helix, motif homeodomain, motif jari seng, leucine zipper. motif, dan motif helix-loop-
helix. Urutan asam amino yang tepat yang dilipat ke dalam motif menentukan urutan
DNA tertentu yang dikenali. Beberapa teknik canggih tersedia yang memanfaatkan
spesifisitas sekuens DNA dari protein pengatur gen untuk mengidentifikasi dan
mengisolasi protein ini dan gen yang menyandikannya.

Kontrol Pascatranskripsi
Banyak langkah dalam jalur dari RNA ke protein diatur oleh sel untuk mengontrol
ekspresi gen. Sebagian besar gen dianggap diatur pada berbagai tingkatan, meskipun
kontrol inisiasi transkripsi (kontrol transkripsi) biasanya mendominasi. Namun, beberapa
gen ditranskripsi pada tingkat konstan dan dihidupkan dan dimatikan hanya oleh proses
pengaturan pascatranskripsi. Prosesproses ini meliputi (1) pelemahan transkrip RNA
dengan penghentian prematurnya, (2) pemilihan situs sambungan RNA alternatif, (3)
kontrol pembentukan ujung 3' dengan pembelahan dan penambahan poli-A, (4) kontrol
transportasi dari nukleus ke sitosol, (5) lokalisasi mRNA ke bagian sel tertentu, (6)
pengeditan RNA, (7) kontrol inisiasi translasi, (8) pengaturan degradasi mRNA, dan (9)
pengodean ulang translasi. Sebagian besar proses kontrol ini memerlukan pengenalan
urutan atau struktur spesifik dalam molekul RNA yang sedang diatur. Pengakuan ini
dapat dilakukan dengan protein pengatur atau molekul RNA pengatur.

B. SARAN
Makalah mengenai kontrol ekspresi gen diharapkan menjadi sumber referensi bagi para
mahasiswa dan guru dalam memahami dan mencari informasi tentang kontrol ekspresi gen dan
proses yang terjadi di dalamnya. Namun sebaiknya para pembeca mencari materi tambahan
untuk mendampingi materi makalah ini agar informasi yang diperoleh lebih lengkap lagi.

78
 REFERENSI

Alberts, B., Johnson, A., Lewis, J., Raff, M., Roberts,

K., & Walter, P. 2008. Molecular Biology of The Cell,
5th Ed. USA: Garland Science.

79