KROMOSOM
DISUSUN OLEH :
Kelompok V
Puji dan syukur penulis panjatkan pada Tuhan Yang Maha Esa karena berkat dan
anugerah-Nya pula karya tulis biologi molekuler yang berjudul Struktur dan Fungsi
Gen dan Kromosom ini dapat terselesaikan dengan baik.
Karya tulis ini disusun untuk memenuhi tugas dalam mata kuliah Biologi molekuler
program studi S1 Farmasi. Dalam kesempatan ini penulis mengucapkan terima
kasih kepada semua pihak atas sumbangan pikiran dan bantuan yang telah
diberikan.
Penulis menyadari bahwa karya tulis ini masih jauh dari kesempurnaan, akan tetapi
penulis berharap makalah ini bermanfaat bagi para pembaca serta penulis.
C. Tujuan............................................................................................................ 3
A. Kesimpulan ................................................................................................. 30
B. Saran ............................................................................................................ 30
A. Latar Belakang
Istilah gen diciptakan oleh W. Johannsen pada tahun 1909. Gen adalah unit
instruksi untuk menghasilkan atau mempengaruhi suatu sifat herediter tertentu.
Gen terdiri dari DNA yang diselubungi dan diikat oleh protein. Gen yang
menentukan sifat suatu makhluk hidup dibawa oleh struktur pembawa gen
yang mirip benang dan terdapat di dalam inti sel (nukleus).
Kromosom tersusun atas molekul DNA yang membawa keterangan
genetik. Kromosom dikatakan sebagai benang pembawa sifat, karena sifat-sifat
makhluk hidup pada dasarnya tersimpan di dalam DNA yang terdapat di dalam
kromosom. Nama kromosom diberikan oleh Waldeyer pada tahun 1888,
sedang Morgan pada tahun 1933 menemukan fungsi kromosom dalam
pemindahan materi-materi genetik. Kromosom hanya dapat diamati dengan
mikroskop pada saat sel sedang membelah secara mitosis atau meiosis.
Setelah Mendel mengemukakan bahwa makhluk hidup dari induk kepada
keturunannya, maka timbullah minat para ahli genetika untuk mengadakan
penelitian tentang faktor pembawa sifat tersebut. Maka para ahli melakukan
beberapa rangkaian percobaan yang disimpulkan bahwa: a. Inti sel merupakan
organik sel yang sangat penting bagi kehidupan sel, b. Potongan sel yang
mengandung inti akan mampu tumbuh dan berkembang, c. Sel baru hasil
pembelahan memiliki sifat yang sama dengan sel induk. Dengan demikian
dapat ditarik hubungan antara adanya inti dalam sel dengan sifat yang sama
antara sel induk dengan sel turunannya. Jadi pembawa sifat itu berada di dalam
inti sel.
B. Rumusan Masalah
Dari latar belakang di atas dapat dirumuskan masalah sebagai berikut:
1. Jelaskan definisi gen dan kromosom !
2. Bagaimana struktur gen prokariot ?
2
3. Bagaimana struktur gen eukariot ?
4. Bagaimana struktur kromosom prokariot ?
5. Bagaimana struktur kromosom eukariot ?
6. Jelaskan mengenai kode genetik !
7. Jelaskan regulasi ekspresi gen prokariotik !
8. Jelaskan regulasi elspresi gen eukariotik !
C. Tujuan
Yang menjadi tujuan dalam makalah ini adalah:
1. Untuk mengetahui definisi gen dan kromosom.
2. Untuk mengetahui struktur gen prokariot.
3. Untuk mengetahui struktur gen eukariot.
4. Untuk mengetahui struktur kromosom prokariot.
5. Untuk mengetahui struktur kromosom eukariot.
6. Untuk mengetahui definisi kode genetik
7. Untuk mengetahui regulasi ekspresi gen prokariotik
8. Untuk mengetahui regulasi elspresi gen eukariotik
3
BAB II
PEMBAHASAN
4
Secara keseluruhan kumpulan gen-gen yang terdapat di dalam setiap sel
individu organisme disebut sebagai genom. Dengan perkataan lain, genom
suatu organisme adalah kumpulan semua gen yang dimiliki oleh organisme
tersebut pada setiap selnya.
5
Suatu kromosom terdiri dari beberapa bagian, yaitu kromatid, kromomer,
sentromer atau kinetokor, satelit dan telomer.
Kromatid adalah salah satu dari dua lengan hasil replikasi kromosom yang
masih melekat satu sama lain pada bagian sentromer. Istilah lain untuk
kromatid adalah kromonema (jamak : kromonemata). Kromonema merupakan
filamen yang sangat tipis yang terlihat selama proses profase.
Kromomer adalah struktur berbentuk manik-manik yang merupakan
akumulasi dari materi kromatin yang terkadang terlihat saat interfase.
Sentromer adalah daerah konstriksi atau pelekukan di sekitar pertengahan
kromosom. Pada sentromer terdapat kinetokor. Kinetokor adalah bagian
kromosom yang merupakan tempat pelekatan benang-benang spindel selama
pembelahan inti dan merupakan tempat melekatnya lengan kromosom.
Satelit adalah bagian kromosom yang bebentuk bulatan dan terletak di
ujung lengan kromatid. Satellit terbentuk karena adanya pelekukan sekunder di
daerah tersebut.
Telomer adalah daerah terujung pada kromosom yang berfungsi untuk
menjaga stabilitas bagian ujung kromosom agar DNA di daerah tersebut tidak
terurai.
Menurut letak sentromer pada lengan kromatid, kromosom dibagi menjadi
empat macam bentuk yaitu :
6
a. Kromosom telosentrik adalah kromosom yang letak sentromernya diujung
suatu kromatid.
b. Kromosom akrosentrik adalah kromosom yang letak sentromernya berada
pada posisi ujung dengan bagian tengah kromatid.
c. Kromosom submetasentrik adalah kromosom yang letaknya tidak berada
ditengah-tengah lengan kromatid sehingga kromatid tidak terbagi sama
panjangnya.
d. Kromosom metasentrik adalah kromosom yang letak sentromernya
ditengah-tengah lengan kromatid sehingga sentromer membagi kromatid
menjadi dua bagian.
7
1. Promoter
Promoter adalah urutan DNA spesifik yang berperan dalam
mengendalikan transkripsi gen struktural dan terletak di
daerah upstream (hulu) dari bagian struktural gen. Fungsi promoter adalah
sebagai tempat awal pelekatan enzim RNA polimerase yang nantinya
melakukan transkripsi pada bagian struktural. Pada prokariot bagian
penting promotornya disebut sebagai Pribnow box pada urutan nukleotida
-10 dan -35. Biasanya berupa TATA box. Pribnow box merupakan daerah
tempat pembukaan heliks DNA untuk membentuk kompleks promotor
terbuka. Jadi di TATA box itulah DNA dipisahkan dan kalo di luar TATA
box helix DNAnya tetep berikatan
2. Operator
Operator merupakan urutan nukelotida yang terletak di antara
promotor dan bagian struktural dan merupakan tempat pelekatan protein
represor (penekan atau penghambat ekspresi gen). Jika ada represor yang
melekat di operator maka RNA polimerase kearah ekspresi gen tidak bisa
berlangsung.
8
Jika di gambar di atas operator disimbolkan dengan warna ungu yg
berada di antara promotor (merah) dan structural gene (hijau). Selain
adanya supresor ada juga yg namanya enhancer. kalo supresor untuk
menghambat nah enhancer kebalikannya, dia malah meningkatkan
transkripsi dengan meningkatkan jumlah RNA polimerase. Namun
letaknya tidak pada lokasi yg spesifik spt operator, ada yg jauh
di upstreamatau bahkan downstream dari titik awal transkripsi.
3. Coding Region (Bagian Struktural)
Gen struktural merupakan bagian yang mengkode urutan nukleotida
RNA. Transkripsi dimulai dari sekuens inisiasi transkripsi (ATG) sampai
kodon stop (TAA / TGA / TAG). Pada prokariot tidak ada sekuens intron
(yg tidak dapat diekspresikan) sehingga semuanya berupa ekson. Namun
kadang pada archaebacteria dan bakteriofag ada yg memiliki intron.
4. Terminator
Dicirikan dengan struktur jepit rambut / hairpin dan lengkungan yang
kaya yang akan urutan GC yang terbentuk pada molekul RNA hasil
transkripsi.
Pada jasad prokaryot diketahui ada tiga kelompok utama organisasi gen
yaitu :
a. Gen independen adalah gen yang ekspresinya tidak tergantung pada
ekspresi gen lain sehingga gen tersebut tidak akan diekspresikan terus
menerus (disebut sebagai ekspresi konstitutif) selama selnya masih
tumbuh.
b. Unit transkripsi adalah sekelompok gen yang secara fisik terletak
berdekatan dan diekspresikan bersama – sama karena produk ekspresi gen
– gen tersebut diperlukan dalam suatu rangkaian proses fisiologi yang
sama. Contoh unit transkripsi adalah rangkaian gen yang mengkode rRNA
dan tRNA.
c. Kelompok gen adalah beberapa gen yang secara fisik terletak pada lokus
yang berdekatan dan produk ekspresi gen – gen tersebut diperlukan dalam
rangkaian proses fisiologi yang sama, meskipun masing – masing gen
9
tersebut dikendalikan secara independen, misalnya kelompok gen yang
berperan dalam proses penambatan nitrogen pada bakteri Rhizobium sp.
d. Operon adalah sekelompok ( gen ) struktural yang terletak berdekatan dan
ekspresinya dikendalikan oleh satu promoter yang sama. Masing – masing
bagian structural tersebut mengkode protein yang berbeda tetapi protein –
protein tersebut diperlukan untuk proses metabolism yang sama. Operon
merupakan salah satu cirri khas organisasi gen pada prokaryot. System
operon tidak diketemukan didalam organisasi gen pada eukaryote. Dengan
adanya system operon maka rRNA hasil transkripsi gen prokaryot bersifat
polisistronik karena satu molekul mRNA mengkode lebih dari satu
protein.
10
1. Gen kelas satu, yaitu gen-gen yang mengkode pembentukan rRNA 5,8s,
rRNA 18s, dan rRNA 28s. Ketiga molekul rRNA tersebut digunakan
dalam pembentukan ribosom.
2. Gen kelas II , yaitu gen – gen yang mengkode sintesis semua molekul
protein. Gen – gen tersebut terlebih dahulu akan disalin menjadi molekul
rRNA, selanjutnya mRNA akan ditranslasi menjadi rangkaian asam amino
yang menyusun suatu protein.
3. Gen kelas III, yaitu gen – gen yang mengkode pembentukan molekul
tRNA dan rRNA 5S. Molekul tRNA digunakan untuk membawa asam
amino yang akan disambungkan menjadi molekul protein dalam proses
translasi.
Seperti telah disebutkan sebelumnya, sebagian besar bagian struktural dari
gen pada eukariot tingkat tinggi tersusun atas ekson (bagian yang mengkode
asam–asam amino) dan intron (bagian yang tidak akan diterjemahkan menjadi
urutan asam amino). Meskipun demikian tidak semua gen eukariot terinterupsi
oleh intron. Pada waktu gen ditranskripsi, sebenarnya bagian intron juga akan
ditranskripsikan tetapi selanjutnya akan dipotong dari transkrip (mRNA)
primer. Selanjutnya hanya ekson – ekson saja yang akan disambungkan
menjadi mRNA yang matang (mature mRNA).
11
seperti pada bakteri E. Coli. Kromosom mengandung struktur yang terdiri dari
benang-benang tipis yang melingkar-melingkar, disepanjang benang-benang
ini terletak secara teratur struktur yang disebut gen dan setiap gen menempati
tempat tertentu dalam kromosom.
Struktur kromosom terdiri dari sentromer dan lengan yang dilengkapi
telomer.
1. Sentromer
Sentromer merupakan bagian kepala kromosom berbentuk bulat yang
merupakan pusat kromosom dan membagi menjadi dua bagian yang
merupakan daerah penyempitan pertama pada kromosom yang khusus dan
tetap. Daerah ini disebut juga kinetokor atau tempat melekatnya benang-
benang gelendong (spindle fober) dimana elemen-elemen ini berfungsi
untuk menggerakkan kromosom selama mitosis atau sebagian dari mitosis.
Pembelahan sentromer ini menjadi kromatid bergerak ke proses anafase.
2. Lengan
Merupakan bagian badan utama kromosom yang mengandung
kromosom dan gen. umumnya jumlah lengan pada kromosom berjumlah
dua tetapi ada juga yang berjumlah satu. Lengan dibungkus oleh selaput
tipis dan di dalamnya terdapat matriks yang berisi cairan bening yang
mengisi seluruh bagian lengan. Cairan ini mengandung benang-benang
12
halus berpilin yang disebut kromonema, bagian ini yang akan mengalami
pembelahan yang biasa hasil pembelahan disebut kromomer yang
berfungsi membawa sifat keturunan. Kromonemata pita berbentuk spiral
dalam kromosom dan lekukan kedua pangkal dari kromonemata yang
fungsinya sebagai tempat terbentuknya nucleolus. Pada bagian ujung
kromosom terdapat suatu tambahan yang disebut satelit, satelit ini
merupakan tambahan pada ujung kromosom.
Organisme prokariot seperti bakteri diketahui hanya mempunyai sebuah
kromosom yang tidak dikemas di dalam suatu nukleus sejati. Kromosom ini
berbentuk lingkaran (sirkuler), dan semua gen tersusun di sepanjang lingkaran
tersebut. Oleh karena itu, genom organisme prokariot dikatakan hanya terdiri
atas sebuah kromosom tunggal.
Bahan genetic utama (‘’kromosom’’) jasad prokaryot pada umumnya
terdiri atas satu unit molekul DNA untai ganda (double stranded) dengan
struktur lingkar. Oleh karena itu, jasad prokaryot bersifat monoploid karena
hanya ada satu bahan genetic utama. Bahan genetic pada jasad prokaryot tidak
dikemas dalam suatu struktur yang jelas karena pada sel prokaryot tidak
terdapat inti sel (nucleus). Hal ini berbeda dengan bahan genetic utama jasad
eukaryote yang tedapat di dalam struktur nucleus.
Bahan genetic utama jasad prokaryot diketahui terikat pada membrane sel
sebelah dalam yang diduga berperan dalam proses pemisahan DNA pada
waktu pembelahan sel. Oleh karena struktur bahan genetik utama jasad
prokaryot berupa molekul lingkar, molekul tersebut tidak ada bagian ujungnya.
Meskipun pada umumnya kromosom bakteri berupa molekul DNA dengan
struktur lingkar, namun diketahui ada beberapa bakteri yang struktur bahan
genetic utamanya berupa molekul DNA linier. Misalnya pada bakteri Borrelia
burgdorferi dan streptomyces lividans. Ujung molekul kromosom S.lividans
diketahui berikatan secara kovalen dengan suatu protein. Protein diujung
molekul kromosom semacam ini mempunyai fungsi yang sangat penting
dalam proses inisiasi replikasi DNA. (Yuwono, Triwibowo., 2005)
13
Selain itu juga diketahui ada bakteri yang mempunyai 2 molekul
kromosom yaitu bakteri Rhodobacter sphaeroides. Selain bahan genetic utama,
jasad prokaryot seringkali juga mempunyai bahan genetic tambahan yang
disebut sebagai plasmid. Plasmid pada prokaryot berupa molekul DNA untai
ganda dengan struktur lingkar. Pada umumnya plasmid tidak dibutuhkan oleh
sel untuk pertumbuhan meskipun seringkali plasmid membawa gen-gen
tertentu yang memberikan keuntungan tambahan bagi sel dalam keadaan
tertentu, misalnya gen ketahanan antibiotik. Oleh karena itu, dalam keadaan
normal plasmid dapat dihilangkan dengan metode curing tanpa meganggu
pertumbuhan selnya. Ukuran plasmid sangat bervariasi tetapi pada umumnya
lebih kecil dari ukuran bahan genetic utama sel prokaryote. Pada dasarnya
plasmid merupakan entitas genetic yang diketemukan secara alami di dalam sel
beberapa kelompok prokaryot dan eukariot. Dengan tekhnik rekayasa genetic,
sekarang telah dapat dikembangkan plasmid artificial dengan cara
menggabungkan gen – gen dari beberapa plasmid alami maupun dari genom
jasad tertentu. Salah satu contoh plasmid artificial adalah plasmid seri pUC
misalnya pUC 18 dan pUC 19.
14
sekitar 2 μm. Angka ini memberikan nisbah pengepakan sebesar 7.000
(14.000/2).
Untuk mencapai nisbah pengepakan totalnya, DNA tidak langsung
dikemas ke dalam struktur terakhirnya (kromatin). Pengemasan DNA
dilakukan melalui sejumlah tingkatan organisasi kromosom. Tingkatan yang
pertama diperoleh ketika DNA melilit-lilit di sekeliling sumbu protein
sehingga menghasilkan struktur seperti manik-manik yang disebut nukleosom.
Pada tingkatan ini terdapat nisbah pengepakan sebesar Tingkatan yang kedua
adalah pemutaran sejumlah nukleosom membentuk struktur heliks yang
disebut serabut 30 nm. Struktur serabut 30 nm dijumpai baik pada kromatin
interfase maupun pada kromosom mitosis. Dengan struktur ini nisbah
pengepakan DNA meningkat menjadi sekitar 40. Pengemasan terakhir terjadi
ketika serabut 30 nm tersusun dalam sejumlah kala, struktur tangga, dan
domain, yang memberikan nisbah pengepakan tertinggi sebesar lebih kurang
1.000 pada kromatin interfase dan 10.000 pada kromosom mitosis.
Kromosom eukariot terdiri atas suatu kompleks DNA-protein yang
tersusun sangat kompak sehingga memungkinkan DNA yang ukurannya begitu
panjang tersimpan di dalam nukleus. Istilah bagi struktur dasar kromosom
adalah kromatin, sedangkan satuan dasar kromatin adalah nukleosom. Dengan
demikian, kromatin merupakan satuan analisis kromosom yang
menggambarkan struktur umum kromosom.
Nukleosom dijumpai pada semua kromosom eukariot. Telah dikatakan di
atas bahwa nukleosom merupakan struktur yang paling sederhana dalam
pengemasan DNA eukariot. Pengemasan terjadi dengan cara pelilitan DNA di
sekeliling sumbu nukleosom yang merupakan oktamer protein basa berukuran
kecil dan disebut histon sumbu. Protein histon sumbu ini bersifat basa atau
bermuatan positif karena banyak mengandung asam amino arginin dan lisin.
Ada empat macam histon sumbu yang menyusun sumbu nukleosom, yaitu
H1, H2A, H2B, H3, dan H4. Keempat macam histon ini berada dalam bentuk
oktamer karena masing-masing terdiri atas dua molekul. Selain itu, ada satu
macam histon lagi, yaitu H1 yang letaknya bukan di sumbu nukleosom,
15
melainkan di bagian tepi nukleosom. Dengan adanya molekul H1 ini, ukuran
nukleosom menjadi lebih besar 20 pb dan biasanya disebut dengan
kromatosom.
Setiap untai DNA sepanjang 146 pb mengelilingi satu sumbu nukleosom,
sementara bagian-bagian DNA lainnya menjadi penghubung (linker) antara
satu sumbu nukleosom dan sumbu nukleosom berikutnya. Pelilitan DNA di
sekeliling sumbu nukleosom berlangsung dengan arah ke kiri atau terjadi
superkoiling negatif. Pelilitan terjadi demikian kuat karena DNA bermuatan
negatif, sedangkan histon sumbu bermuatan positif.
Telah dikatakan di atas bahwa terbentuknya rangkaian heliks nukleosom
secara keseluruhan terlihat sebagai serabut dengan diameter 30 nm yang
dikenal sebagai serabut 30 nm. Keberadaan histon H1 berfungsi menstabilkan
struktur serabut 30 nm. Hal ini didukung oleh bukti percobaan bahwa
penghilangan histon tersebut dari kromatin ternyata tidak dapat
mempertahankan struktur serabut 30 nm meskipun struktur nukleosomnya
tetap dipertahankan.
Hasil studi menggunakan mikroskop elektron menunjukkan bahwa
nukleosom di dalam serabut 30 nm membentuk heliks yang berputar ke arah
kiri dengan jumlah nukleosom sebanyak enam buah tiap putaran. Meskipun
demikian, organisasi struktur serabut 30 nm yang tepat sebenarnya masih
berupa suatu perkiraan.
Berbeda dengan genom prokariot, genom eukariot tersusun dari beberapa
buah kromosom. Tiap kromosom membawa sederetan gen tertentu. Selain itu,
kromosom eukariot mempunyai bentuk linier. Posisi di dalam kromosom, baik
pada prokariot maupun pada eukariot, yang ditempati oleh suatu gen disebut
sebagai lokus (jamak: loki) bagi gen tersebut.
Genom eukariot mempunyai organisasi yang lebih komplek dibandingkan
dengan genom prokaryot. Molekul DNA utama pada eukaryote berupa molekul
untai – ganda dengan struktur linier. Ukuran genom eukaryote, khususnya
eukaryote tingkat tinggi, jauh lebih besar dibandingkan dengan unkuran genom
prokaryot. Bahan genetic utama jasad eukaryote terletak di dalam nucleus dan
16
dikemas sedemikian rupa membentuk struktur yang disebut kromosom. Jumlah
kromosom pada kelompok jasad eukaryote sangat bervariasi, mulai dari dua
buah pada khamir Schizosasaccharomyces pombe , sampai mencapai 250 buah
pada sejenis kepiting (hermit crab). Selain kromosom, beberapa sel eukaryote
juga mempunyai DNA diluar kromosom yaitu DNA pada mitokondria dan
pada kloroplas.
Beberapa sel eukaryote juga mempunyai DNA plasmid DNA mitokondria
dan pada kloroplas berupa molekul DNA lingkar dan replikasinya berlangsung
secara independen, tidak tergantung pada replikasi kromosom. Organisasi
gen pada mitokondria lebih mirip organisasi gen pada bakteri sehingga diduga
mitokondria merupakan jasad prokaryote endosimbion yang dalam proses
evolusi berkembang menjadi bagian struktur sel eukaryote.
Kodon (kode genetik) adalah deret nukleotida pada mRNA yang terdiri
atas kombinasi tiga nukleotida berurutan yang menyandi suatu asam
amino tertentu sehingga sering disebut sebagai kodon triplet. Asam amino yang
disandikan misalnya metionin oleh urutan nukleotida ATG (AUG pada RNA).
Banyak asam amino yang disandikan oleh lebih dari satu jenis kodon. Kodon
berada pada molekul mRNA. Penerjemahan mRNA menjadi protein dilakukan
pada ruas penyandi yang diapit oleh kodon awal (AUG) dan kodon
17
akhir (UAA, UAG atau UGA), ruas ini disebut gen. Kodon pada molekul
mRNA dapat menyandi asam-asam amino dengan bantuan interpretasi kodon
oleh tRNA. Setiap tRNA membawa satu jenis asam amino sesuai dengan tiga
urutan nukleotida atau triplet yang disebut dengan antikodon yang berada pada
simpul antikodon tRNA.
18
amino. Kodon akhir menyebabkan proses translasi berakhir dengan bantuan
faktor pelepasan untuk melepas ribosom.
19
dapat berlangsung. Sebaliknya protein aktivator akan mempermudah interaksi
RNA polimerase dengan sekuens promoter, sehingga apabila tanpa aktivator
gen tidak dapat ditranskripsikan, maka dengan adanya aktivator transkripsi
akan dapat berlangsung.
1. Operon lac
satu contoh regulasi ekpresi gen pada sel-sel bakteri tampak pada
regulasi operon lac, yang menyandi enzim-enzim yang berperan dalam
katabolisme laktosa. Sistem operon ini mula-mula dipelajari pada sel-sel
Escherichia coli. Enzim-enzim yang dikode oleh operon lac ini, yaitu enzim-
enzim yang diperlukan untuk katabolisme laktosa akan disintesis apabila di
dalam medium tempat tumbuh bakteri terdapat laktosa. Jadi disini laktosa
berperan sebagai induktor sintesis enzim. Apabila di dalam medium tidak
terdapat laktosa, maka ekspresi gen-gen yang terdapat dalam operon ini tidak
berlangsung, sehingga biosintesis enzim-enzim yang diperlukan dalam
katabolisme laktosa terhambat.
Dalam operon lac terdapat tiga buah gen struktural yang menyandi
protein (lac-z, lac-y, dan lac-a) dan sebuah sekuens pengendali yang di
dalamnya terdapat gen regulator (gen lac-i) dan satu bagian pengatur yang
disebut operator. Sekuens pengendali ini terdapat di luar sekuens gen struktural
yang mengandung kode untuk ketiga enzim tersebut.
20
Gen lac-i mengkode protein represor untuk operon lac. Gen lac-z
mengkode enzim β-galaktosidase (β-gal), yang mempunyai peran utama untuk
menghidrolisis laktosa menjadi glukosa dan galaktosa. Gen lac-y mengkode
permease, yang meningkatkan permeabilitas sel terhadap β-galaktosides. Gen
lac-a mengkode enzim transasetilase.
Dalam pertumbuhan di dalam medium berbasis glukosa (tidak ada
laktosa sebagai induktor), protein represor lac yang dihasilkan sebagai ekpresi
gen lac-i, akan berikatan dengan sekuens operator, dan mencegah terjadinya
transkripsi dari gen-gen struktural yang terdapat dalam operon ini. Akibatnya,
sintesis enzim-enzim yang berperan dalam katabolisme laktosa tidak terjadi.
21
dapat berikatan dengan sekuens operator. Akibatnya, RNA polimerase dapat
mengenali dan menduduki sekuens promoter, transkripsi gen-gen struktural
yang terdapat dalam operon dapat berlangsung.
Ekspresi operon lac operon akan terhambat, bahkan walau ada laktosa,
apabila dalam medium terdapat glukosa. Penghambatan seperti ini dinamakan
“represi katabolit”, terjadi karena rendahnya konsentrasi cAMP yang
disebabkan oleh cukupnya kadar glukosa di dalam medium. Apabila ke dalam
medium ditambahkan cAMP berlebih, maka represi akan hilang, walaupun
glukosa masih ada.
Kemampuan cAMP mengaktifkan ekspresi operon lac disebabkan oleh
interaksi cAMP dengan protein yang disebut CRP (for cAMP receptor protein)
atau CAP (catabolite activator protein). Kompleks cAMP-CRP akan berikatan
dengan sekuens operon lac yang berada di-upstream dari tempat pengikatan
RNA polimerase, dan menstimulasi aktivitas RNA polimerase sampai 20-50
kali lipat.
2. Operon trp
22
Operon trp mengandung lima gen struktural, yaitu: trp-E, trp-D, trp-C,
trp-B, dan trp-A, yang mengkode enzim triptofan sintetase. Disamping itu
operon trp juga mengandung sebuah sekuens promoter tempat RNA polimerase
terikat pada saat inisiasi transkripsi, dan sebuah gen represor (trp R) yang
mengkode protein represor trp. Protein represor ini yang nantinya akan
berikatan dengan sekuens operator, dan menghalangi terjadinya transkripsi.
operon lac, allolaktotase/laktosa yang berikatan dengan protein represor
akan menginaktifkan represor, sehingga transkripsi dapat berlangsung.
Sebaliknya pada operon trp, pengikatan triptofan pada protein represor justru
akan menghalangi terjadinya transkripsi.
Berbeda dengan operon lac, operon trp juga memiliki peptida leader dan
sebuah sekuens atenuator yang memungkinkan terjadinya regulasi dengan
kuantitas bertingkat (graded regulation). Proses atenuasi ekspresi gen ini
merupakan mekanisme kedua dan melengkapi regulasi terhadap ekspresi
operon trp. Jika represor trp dapat menekan transkripsi operon trp sampai 7 kali
lebih kecil, maka atenuasi dapat menekannya menjadi 10 kali lipat lagi,
sehingga dengan kedua mekanisme ini ekspresi operon trp dapat ditekan
sampai 700 kali lebih kecil.
Mekanisme atenuasi ini dapat terjadi karena pada sel prokariotik (yang
tidak memiliki membran nukleus), translasi sudah dimulai pada saat transkripsi
masih berlangsung. Karena proses transkripsi dan translasi dapat berlangsung
23
pada saat yang sama, maka proses translasi dapat mempengaruhi proses
transkripsi operon secara langsung.
Sebelum gen struktural pertama pada operon trp (gen trpE), terdapat
sebuah sekuens yang panjangnya sekitar 130 nukleotida, yang disebut “trp
leader transcript” (trpL). Transkrip ini termasuk empat sekuens pendek,
dinamakan sekuens 1-4. Sekuens 1 berkomplemen sebagian dengan sekuens 2.
Demikian pula sekuens 2 berkomplemen sebagian dengan sekuens 3, dan
sekuens 3 dengan sekuens 4. Jadi ada tiga struktur sekunder berupa hairpin
yang dapat terbentuk: 1-2, 2-3, atau 3-4. Hibridisasi untai 1 dan 2 membentuk
struktur 1-2 akan menghalangi terjadinya struktur 2-3, demikian pula
pembentukan struktur 2-3 akan menghalangi terjadinya struktur 3-4. Struktur
3-4 merupakan sekuens terminasi transkripsi, apabila sruktur ini terbentuk
maka enzim RNA polimerase a akan terdisosiasi dari DNA (operon trp),
akibatnya transkripsi dari gen-gen struktural tidak dapat berlangsung.
Sebagian transkrip leader merupakan kode untuk sebuah polipeptida
pendek, terdiri dari 14 residu asam amino, yang disebut peptida “leader”.
Peptida ini mengandung dua residu triptofan yang berdampingan. Hal ini bukan
merupakan hal biasa, sebab triptofan merupakan asam amino yang tidak
banyak terdapat dalam protein-protein bakteri E. coli, hanya sekitar 1% dari
seluruh asam amino yang menyusun protein E. coli. Apabila ribosom akan
mensintesis peptida leaderini ketika kadar triptofan di dalam sel rendah, maka
translasi akan terhenti pada salah satu dari dua kodon trp tersebut. Ketika
terhenti, ribosom secara fisik akan menutupi atau menghalangi sekuens 1,
sehingga struktur hairpin 1-2 tidak akan dapat terbentuk. Dengan demikian
sekuens 2 bebas untuk berhibridisasi dengan sekuens 3 membentuk struktur 2-
3. Kalau ini (struktur 2-3) terjadi maka struktur hairpin terminasi 3-4 tidak akan
dapat terbentuk (sebab sekuens 3 sudah berikatan dengan sekuens 2). Oleh
sebab itu, struktur hairpin 2-3 disebut hairpin anti-terminasi. Karena tidak
menemukan struktur hairpin terminasi, maka RNA polimerase bebas
melanjutkan transkripsi seluruh operon.
24
Jika kadar triptofan dalam sel tinggi, ribosom akan mentranslasikan
seluruh peptida leader dan hanya akan berhenti ketika menemui kodon stop
saat terminasi translasi. Pada saat ini ribosom secara fisik akan menutupi atau
menghalangi kedua sekuens 1 dan 2, sehingga sekuens 3 dan 4 bebas
membentuk struktur hairpin 3-4 yang akan menterminasi transkripsi. Jadi, gen-
gen struktural dalam operon hanya akan ditranskripsikan apabila kadar
triptofan di dalam sel sangat rendah.
25
4) secara selektif mendegradasi molekul mRNA tertentu (kontrol degradasi
RNA), 5) memilih mRNA mana yang ditranslasikan oleh ribosom (kontrol
translasi), dan 6) secara selektif mengaktivasi atau mendeaktivasi protein
setelah disintesis (kontrol aktivitas protein). Namun demikian, sama seperti
pada sel-sel prokaritik, regulasi utama ekspresi gen eukariotik adalah kontrol
pada tahap inisiasi transkripsi.
1. Regulasi Transkripsi
26
Dalam sel bakteri, RNA polimerase dapat memulai transkripsi kecuali
protein represor menghalangi atau membloknya. Pada sel-sel eukariotik,
pengepakan DNA dengan nukleosom akan menghalangi terjadinya transkripsi,
kecuali ada protein regulator lain. Protein regulator lain ini akan mengekspos
sekuens promoter dengan mengubah densitas atau posisi nukleosom, atau
dengan mempermudah RNA polimerase II menduduki situs awal transkripsi.
Jadi, dapat dikatakan bahwa pada sel-sel prokariotik, posisi dasar
(ground state) gen adalah “on”, artinya siap untuk ditranskripsikan. Apabila
ada protein represor, maka transkripsi akan terhambat. Sebaliknya, pada sel-sel
eukariotik, posisi dasar (ground state) gen adalah “off”, artinya tidak siap untuk
ditranskripsikan. Justru, protein regulator diperlukan untuk mengubah posisi
“off” menjadi “on” (gen siap ditranskripsikan).
Regulasi transkripsi merupakan mekanisme terintegrasi yang melibatkan
sekuens sekuens yang bekerja secara cis (cis-acting sequences) dan faktor-
faktor yang bekerja secara trans (trans-acting factors). Cis-acting sequence
umumnya terdapat di arah 5' dari situs awal transkripsi (transcriptional start
site). Sekuens-sekuens ini merupakan substrat atau pasangan dari trans-acting
factors. Faktor-faktor ini membentuk ikatan dengan cis-acting sequences dan
27
mempersiapkan DNA dan lingkungannya untuk siap melakukan transkripsi.
Karena trans-acting factors merupakan protein, maka faktor-faktor ini juga
harus dikode oleh gen-gen dalam DNA. Dan gen-gen ini juga dapat
dikendalikan oleh interaksi antara cis-acting sequences dan trans-acting
factors. Interaksi antara gen dan cis-acting sequences dan trans-acting factors
merupakan alur tahapan-tahapan dalam peristiwa genetik.
Cis-acting Sequences
Sekuens yang berada di arah 5' dari situs awal atau start site transkripsi
ini merupakan bagian yang paling penting dalam inisiasi transkripsi. Disinilah
dibentuk kompleks transkripsi. Secara umum, bagian ini disebut “sekuens
promoter”. Dalam genom eukariotik terdapat beberapa sekuens yang sangat
dikonservasi, salah satu di antaranya adalah yang dikenal sebagai “TATA
Box”. Sekuens ini terletak sekitar 30 ke arah upstream (-30) dari situs awal
transkripsi, dan merupakan satu-satunya sekuens yang mutlak ada dalam
sekuens promoter. Sekuens lain yang juga sering ditemukan dalam promoter,
tetapi tidak selalu ada, adalah sekuens CCAAT (disebut “CAT Box”) dan “Box
GC”. Karena mutan dari ketiga sekuens ini hanya mengekspresikan mRNA
dalam jumlah sangat kecil, maka diperkirakan ketiganya merupakan sekuens
yang sangat penting dalam kompleks transkripsi. Pada gambar dibawah
disajikan contoh sekuens promoter, yaitu dari gen timidin kinase virus Herpes
Simplex.
Trans-acting Factors
Trans-acting factors secara fungsional memiliki dua domain. Domain
pertama dibutuhkan untuk berikatan dengan DNA, dan domain yang kedua
dibutuhkan untuk aktivasi transkripsi. Ada beberapa kelas trans-acting factors
yang sudah dikenal, dan seluruhnya mengaktivasi transkripsi dengan jalan
28
berikatan dengan DNA pada sekuens promoter. Dalam tabel 1 berikut ini
disajikan beberapa trans-acting factors tersebut.
29
BAB III
PENUTUP
A. Kesimpulan
1. Gen adalah unit molekul DNA atau RNA yang membawa informasi
mengenai urutan asam amino lengkap suatu protein, atau yang
menentukan struktur lengkap suatu molekul rRNA (RNA ribosom) atau
tRNA (transfer RNA)
2. Kromosom adalah suatu struktur makromolekul yang berisi DNA di mana
informasi genetik dalam sel disimpan
3. Struktur gen prokariotik terdiri atas promoter, operator, coding region,
terminator.
4. Struktur gen eukariotik secara umum sama hanya perbedaan terletak pada
bagian struktural terdapat intron dan ekson.
5. Struktur kromosom prokariotik berbentuk lingkar sehingga hanya terdiri
dari sebuah kromosom tunggal
6. Struktur kromosom eukariotik berbentuk linier dengan panjangyang
melibihi dari nucleus itu sendiri sehingga harus dipadatkan dalam
pengemasannya.
7. Kodon (kode genetik) adalah deret nukleotida pada mRNA yang terdiri
atas kombinasi tiga nukleotida berurutan yang menyandi suatu asam
amino tertentu sehingga sering disebut sebagai kodon triplet.
B. Saran
1. Perlu dilengkapi dengan gambar-gambar dari struktur kromosom
2. Perlu ditambahkan contoh-contoh pada organisme agar mudah dimengerti
30
DAFTAR PUSTAKA
31