BIOKIMIA

Destik wulanDari . M.Si

 Dosen &
Mahasiswa
 Materi
Pembelajaran
 Metode
Pembelajaran
 Penilaian.
KONTRAK KULIAH
 Mengikuti kuliah dan
ujian, serta mengerjakan
tugas
 Datang tepat waktu (
toleransi max. 15 min)
 Minimal 90 % jumlah
kehadiran untuk bisa
mengikuti ujian
 Menjaga ketenangan kelas
(PENGGANGGU HARUS
KELUAR DARI KELAS)
 Berpakaian sesuai dengan
pedoman akademik
 materi pengampu

1 Pendahuluan: Peran biokimia, Benda hidup dan destik

mati,
2 Enzim & Kinetika Enzim desi

3 Konsep dasar metabolisme destik

4 Karbohidrat ika

5 Respirasi seluler destik

6 Jalur pentose fosfat, metabolism glukosa desi

7 Biosintesis nukleotida desi

9 Lipid dan Membran meta

10 Metabolisme lemak Meta

11 Biosintesis Lipid Membran meta

12 Steroid dan kolesterol meta

13 Protein dan Asam amino ika

14 Biosintesis asam amino & heme ika

15 Teknik pemurnian protein meta

PENDAHULUAN
 BIOKIMIA
 Biokimia merupakan ilmu yang mempelajari struktur
dan fungsi komponen seluler, seperti protein,
karbohidrat, lipid, asam nukleat, dan biomolekul
lainnya. Saat ini biokimia lebih terfokus secara khusus
pada kimia reaksi termediasi enzim dan sifat-sifat protein
 Mempelajari hal kimia yang mendasari fenomena
biologis
 Proses bagaimana mahluk hidup melangsungkan
kehidupannya & bertahan hidup dengan proses kimia
yang terjadi di dalam tubuh
Ruang lingkup Biokimia
 Struktur kimia
komponen-komponen
sel makhluk hidup
 Hubungan antara fungsi
Biologi dengan struktur
kimia
 Metabolisme, totalitas
reaksi yang terjadi pada
makhluk hidup
 Proses-proses dan
substansi kimia yang
berhubungandengan
informasi penurunan
sifat biologi
Asal Usul Biokimia
 Istilah Biokimia diperkenalkan oleh Neuberg, ahli kimia
dari Jerman pada tahun 1903
 Para ahli Biokimia harus membuktikan bahwa komponen
kimia makhluk hidup dan makhluk tak hidup sangat
berbeda
 Pada abad ke-18 ahli kimia Swedia Karl Wihlem Scheele
menganalisis kimia jaringan hewan dan tumbuhan
 Pada abad ke-19 Friederich Wohler melakukan
penerlitian pembentukan urea di laboratorium
 Pada abad ke-20 J. B. Sumner membuktikan enzim urease
dapat dikristalkan
Perkembangan Biokimia
 Perkembangan Biokimia tak lepas dari
penemuan alat bantu berupa Mikroskop
elektron, yang mengungkap tabir-tabir rekasi
kimia dalam sel
 Ditunjang pula oleh genetika : Penemuan
konsep- konsep gen, kromosom, yang terdiri
dari senyawa protein dan asam nukleat
 Pada tahun 1953, James Watson dan Francis
Crickmenjelaskan struktur double heliks DNA
 Selanjutnya berkembang penemuanVitamin,
Enzim sebagai Biokatalisator serta struktur
senyawa kimia lain
 Bidang Kesehatan

• Memahami & melakukan penanganan

suatu penyakit secara elektif
 Memahami & memelihara
kesehatan agar terhindar dari
berbagai macam penyakit

• Cara kerja bat mempengaruhi jalur

metabolit (penisilin menghambat
• Berhubungan dengan farmakologi & pembentukan polisakarida pada dinding
toksikologi bakteri)
 Bidang Pertanian
 Penggunaan pestisida (penghambatan pada organisme)
 Mengurangi dampak negativ pada lingkungan
 Rekayasa genetika
Benda hidup dan mati
 Benda hidup : sekumpulan zat tak hidup yang dapat
berbaur dan bereaksi serta berinteraksi sat sama lain
dengan cara & susunan yang rumit, namun teratur
dengan baik (Girindra, 1993)
 ciri hidup yang dapat diidentifikasi bahwa sel hidup:
1. sangat terorganisasi dan sangat komplek, tiap
komponen mempunyai fungsi yang sangat spesifik;
2. kemampuan untuk mengektrak energi dari
sekelilingnya, dan
3. dapat menurunkan sifat atau merepleksikan dirinya
sendiri dengan tepat dan terencana.
4. mempunyai kemampuan mereplikasi diri
 Ciri benda tak hidup
1. terdiri dari campuran acak dari senyawa kimia yang
sederhana
2. senawa penyusunnya kebetulan saja berada di dalam
benda tersebut
3.energi yang diserap akan menyebabkan berkurangnya
kemantapan zat tersebut sehingga terjadi proses
penguraian
4.tidak dapat berepikasi
 Air dalam Kehidupan
 Air adalah senyawa yang
penting bagi semua bentuk
kehidupan, 70%-95% sel
mengandung air, dan dikelilingi
air
 Air menutupi hampir 71%
permukaan Bumi. Terdapat 1,4
triliun kilometer kubik (330
juta mil³) tersedia di Bumi,
dalam bentuk cair, padat,
maupun gas
Fungsi Air
1. Menjaga kesehatan dan keutuhan setiap sel dalam tubuh.
2. Menjaga tingkat cair aliran darah agar lebih mudah mengalir
melalui pembuluh darah.
3. Membantu menghilangkan sisa-sisa hasil metabolisme
tubuh, elektrolit berlebih, misalnya sodium, potassium, dan
urea yang merupakan sisa hasil pemrosesan protein
makanan.
4. Mengatur suhu tubuh melalui proses berkeringat.
5. Menjaga kelembaban selaput-selaput lendir, seperti
misalnya yang terdapat di paru-paru dan mulut.
6. Melumasi dan melindungi sendi-sendi.
7. Mengurangi resiko penyakit cystitis dengan menjaga
kantung kemih bebas dari bakteri.
Struktur dan sifat fisik air
 • Ada kekuatan antar
molekul
– Sifat dipolar

Sebagai hasil dari dua ikatan kovalen dan dua ikatan

hidrogen, geometri sekitar masing-masing atom oksigen
kurang lebih tetrahedral.
 Ikatan hidrogen

 Ikatan hidrogen dalam

sistem hidup
Kepentingan biologi air
 Menjaga suhu sistem
 Pelarut senyawa ionik maupun molekuler organik
 Sebagai pereaksi reaksi biokimia
AIR SEBAGAI PELARUT
 Air mendispersi/melarutkan berbagai zat berdasarkan
sifat dwi kutubnya, seperti NaCl (membentuk ion).
Interaksi molekul air dengan zat terlarut mengganggu
jaringan ikatan hidrogen antar molekul air, tetapi
gangguan ini dikompensasi oleh pembentukan ikatan
hidrogen baru dengan zat terlarut atau oleh pembentukan
interaksi eletrostatik antara ion dan molekul air.
 POLAR & NON POLAR
 Senyawa polar adalah Senyawa yang terbentuk akibat
adanya suatu ikatan antar elektron pada unsur-unsurnya. Hal ini
terjadi karena unsur yang berikatan tersebut mempunyai nilai
keelektronegatifitas yang berbeda.
 CIRI -CIRI SENYAWA POLAR :
1. Dapat larut dalam air dan pelarut lain
2. Memiliki kutub + dan kutub -, akibattidak meratanya
distribusi elektron
3. memiliki pasangan elektron bebas ( bila bentuk molekul
diketahui ) atau memiliki perbedaan keelektronegatifan.
 CONTOH : alkohol, HCl, PCl3, H2O, N2O5.
 Senyawa non polar : Senyawa yang terbentuk akibat
adanya suatu ikatan antar elektron pada unsur-unsur yang
membentuknya. Hal ini terjadi karena unsur yang berikatan
mempunyai nilai elektronegatifitas yang sama/hampir sama.
 CIRI – CIRI SENYAWA NON POLAR :
1. tidak larut dalam air dan pelarut polar lain
2. tidak memiliki kutub + dan kutub – , akibat meratanya
distribusi elektron
3. tidak memiliki pasangan elektron bebas ( bila bentuk molekul
diketahui ) atau keelektronegatifannya sama.
 CONTOH : Cl2, PCl5, H2, N2.
 Interaksi dengan molekul
amfifatik (memiliki kepala
yang hidrofilik dan ekor yang
hidrofobik, biasanya
merupakan senyawa
hidrokarbon)
Interaksi molekul air dengan molekul amphipatik

Amphipatik adalah suatu senyawa yang mengandung gugus hidrofil dan hidrofob
Interaksi molekul air dengan molekul amphipatik

 Molekul-molekul air
memaksa lipida untuk
berasosiasi dan
meletakan ujung
polar ke bagian luar
 Pembentukan misel
Motivasi pembentukan misel adalah
untuk menaikan kembali entropi air yang
terkekang disekitar bagian lipid yang
nonpolar.
Alasan ini pula yang mendasari
terbentuknya interaksi hidrofobik.
Disosiasi air
pH
 Menentukan konsentrasi H+ dan OH-
 dr. Sudarno, M.Kes.

BIOENERGETIKA

MEMPELAJARI DINAMIKA/ PERUBAHAN ENERGI

PADA REAKSI BIOKIMIAWI (REAKSI KIMIA PADA
ORGANISME)

39
  PADA ILMU KIMIA TELAH DIKENAL ADANYA:
 REAKSI ENDOTERMIS: REAKSI YG MEMERLUKAN PANAS
 REAKSI EKSOTERMIS: REAKSI YG MENGHASILKAN PANAS

PADA SISTEM NON BIOLOGIS ENERGI PANAS DAPAT DIUBAH

MENJADI ENERGI MEKANIS ATAU ENERGI LISTRIK

40
  PADA SISTEM BIOLOGIS:
 MANUSIA BERSIFAT ISOTERMIS (SUHU TUBUH
KONSTAN).
 MANUSIA MENGGUNAKAN PANAS YANG TERBENTUK PADA
SUATU REAKSI ANTARA LAIN UNTUK MEMPERTAHANKAN
SUHU TUBUH TETAPI TIDAK DAPAT MENGUBAHNYA
MENJADI ENERGI MEKANIK ATAU ENERGI LISTRIK, SISA
PANAS AKAN DIBUANG KE LUAR. OLEH KARENA ITU YANG
LEBIH PENTING DIPERHITUNGKAN ADALAH BENTUK
ENERGI KIMIA (ATP DLL)

41
 PADA SISTEM BIOLOGIS PROSES YG MEMERLUKAN ENERGI
MENDAPATKANNYA DENGAN CARA MENGAITKAN REAKSI YG
PERLU ENERGI (REAKSI ENDERGONIK) DENGAN DENGAN REAKSI
YANG MENGHASILKAN ENERGI (REAKSI EKSERGONIK)

 R. EKSERGONIK 1   PROSES SINTESIS

2 ~E  KONTRAKSI OTOT
3 PENGHANTARAN SARAF
4 TRANSPOR AKTIF

42
 Panas
Eksergonik
G

Energi E
kimia
Eks End
~E
Endergonik

43
  MEKANISME PENGAITAN:
 1. MELALUI PEMBENTUKAN SENYAWA ANTARA:
A + C  | SA |  B + D
 2. MELALUI PEMBENTUKAN SENYAWA KAYA ENERGI (~ E )
AD2:
CARA: SUATU SENYAWA (E) AKAN MENANGKAP ENERGI YG DIHASILKAN
OLEH REAKSI EKSERGONIK  ~E, DAN KEMUDIAN ~E AKAN MEMBERIKAN
ENERGINYA UNTUK REAKSI ENDERGONIK
~ ADALAH SIMBOL UNTUK MENUNJUKKAN IKATAN BERENERGI TINGGI

 SENYAWA KAYA ENERGI (~ E ) YG PALING BANYAK DIDAPAT ADALAH

ATP: ADENOSIN – P ~ P ~ P

44
 SENYAWA KAYA ENERGI (~E)

 ATP: ADENOSIN – P ~ P ~ P (ADENOSIN TRIFOSFAT)

 ATP ADALAH SUATU NUKLEOTIDA YG DALAM BENTUK
AKTIFNYA MEMBENTUK KOMPLEKS DENGAN Mg++ ATAU
Mn++
 PERANAN ATP SBG PEMBAWA ENERGI TERLETAK PADA
GUGUSAN TRIFOSFAT YG MENGANDUNG 2 IKATAN
FOSFOANHIDRID. HIDROLISIS IKATAN INI AKAN MELEPASKAN
BANYAK ENERGI BEBAS.
 ANALOG ATP : GTP, CTP, UTP

45
  SENYAWA KAYA ENERGI (~ E ) LAINNYA MISALNYA
FOSFOENOLPIRUVAT, KREATINFOSFAT ( ADA SIMBOL
IKATAN BERTENAGA TINGGI (~)

 TUMBUHAN MENDAPATKAN ENERGINYA DARI

FOTOSINTESIS SEDANGKAN HEWAN DAN MANUSIA
MENDAPATKANNYA DARI BAHAN MAKANAN

46
47
 PERUBAHAN ENERGI BEBAS

 PADA REAKSI A + B ==== C + D

SECARA TERMODINAMIKA:
 APABILA Δ G < 0  DIKATAKAN REAKSI KE KANAN BERSIFAT
EKSERGONIK (DAPAT BERLANGSUNG SPONTAN)
 APABILA Δ G = 0  DIKATAKAN REAKSI SETIMBANG
 APABILA Δ G > 0  DIKATAKAN REAKSI KE KANAN BERSIFAT
ENDERGONIK (TIDAK DAPAT BERLANGSUNG SPONTAN,
KARENA UNTUK DAPAT BERLANGSUNG PERLU ENERGI/
DIKAITKAN DGN REAKSI EKSERGONIK)

48
  REAKSI BIOKIMIA DI DALAM SEL UMUMNYA TAK DAPAT
BERLANGSUNG DGN SENDIRINYA OLEH KARENA ADANYA
HAMBATAN ENERGI (ENERGY BARRIER)  JADI PERLU ENZIM
UNTUK MENGATASI HAMBATAN ENERGI INI ( ENZIM
MENURUNKAN ENERGI AKTIVASI , TETAPI TIDAK MENGUBAH
HARGA Δ G )

49
 SKEMA

kead. transisi

G tanpa katalisator

E. level
Ea
=

dgn katalisator inorg

E. bebas
Ea'
dgn enzim

Ea''
kead. awal G = Perubahan
E. bebas

kead. akhir

Perjalanan
reaksi

50
 OKSIDASI BIOLOGIS
ENZIM DAN KOENZIM REAKSI REDOKS

 1. OKSIDASE
 MENGKATALISIS PEMBEBASAN HIDROGEN DARI SUBSTRAT DAN
SECARA ALAMI MENGGUNAKAN O2 SEBAGAI AKSEPTORNYA.
 MENGHASILKAN H2O ATAU H2O2
AH2 + ½ O2 === A + H2O AH2 + O2 === A + H2O2
OKSIDASE OKSIDASE
 SEBAGIAN MENGANDUNG FAD/FMN SEBAGAI GUGUS PROSTETIK  JADI
MERUPAKAN FLAVOPROTEIN
CONTOH: L-ASAM AMINO OKSIDASE, GLUKOSA OKSIDASE,
ALDEHID DEHIDROGENASE
REAKSI : FP + AH2 === FPH2 + A LALU FPH2 +O2 === FP + H2O2
BILA JUGA MENGANDUNG LOGAM DISEBUT METALLOFLAVOPROTEIN
 SEBAGIAN TIDAK MENGANDUNG FLAVIN
51
CONTOH: SITOKROM OKSIDASE (MENGANDUNG Cu)
  2. DEHIDROGENASE
TIDAK DAPAT MENGGUNAKAN O2 SEBAGAI AKSEPTOR HIDROGENYANG
DIBEBASKAN DARI SUBSTRAT.
MACAM :
1. YANG TERKAIT RANTAI RESPIRASI
A. DEHIDROGENASE NAD PADA RANTAI RESPIRASI
B. DEHIDROGENASE YG PERLU RIBOFLAVIN (FMN / FAD)
YG TERKAIT RANTAI RESPIRASI
C. SITOKROM2 KECUALI SITOKROM OKSIDASE
R.R. : S  NAD+  Fp  Q  SISTEM SITOKROM  O2

53
3. HIDROPEROKSIDASE: SUBSTRATNYA H2O2
1. PEROKSIDASE :
H2O2 + AH2  2 H2O + A
2. KATALASE
H2O2 + H2O2  2 H2O + O2
4. OKSIGENASE :
1. MONOOKSIGENASE (HIDROKSILASE)
AH2 + O2 + ZH2  AOH + H2O + Z
CONTOH: ENZIM2 PADA SINTESIS STEROID
ENZIM2 HIDROKSILASI OBAT2-AN
2. DIOKSIGENASE (OKSIGEN TRANSFERASE) : A + O2  AO2

54
 PEMBENTUKAN ATP

 PEMBENTUKAN ATP DALAM SEL :

1. PEMBENTUKAN ATP PADA TINGKAT RANTAI RESPIRASI
TERJADI DALAM MITOKONDRIA
CARA PEMBENTUKAN ATP PALING UTAMA
2. PEMBENTUKAN ATP PADA TINGKAT SUBSTRAT:
LEWAT REAKSI BIASA
MISALNYA :
fosfogliserat kinase
1,3 BISFOSFOGLISERAT + ADP + Pi

3 FOSFOGLISERAT + ATP

55
RANTAI RESPIRASI

56
• Sitoplasma
• 2 molekul
asam
piruvat
• 2 molekul
ATP
• 2 molekul
NADH
 Dekarboksilasi oksidatif
• Matriks mitokondria
• 2 molekul Asetil CoA
• 2 molekul NADH
• Matriks
mitokondria
• 2 molekul
ATP
• 6 molekul
NADH
• 2 molekul
FADH
• Membra
n dalam
mitokon
dria
• 34
molekul
ATP
 RANTAI RESPIRASI
 MITOKONDRIA
 TEMPAT PEMBENTUKAN ATP PALING UTAMA DALAM SEL, SEBAB
A. MENGANDUNG JALUR/ DAUR YG BANYAK MENGHASILKAN
ENERGI:
1. SIKLUS ASAM SITRAT
2. OKSIDASI BETA ASAM LEMAK  MENGHASILKAN ASETIL KO-A
 MASUK SIKLUS ASAM SITRAT
B. TEMPAT BERLANGSUNGNYA RANTAI RESPIRASI

JADI JALUR/ DAUR TSB DI ATAS MENYEDIAKAN BAHAN BAKU H+ DAN

ELEKTRON YG AKAN MASUK KE RANTAI RESPIRASI (PABRIK ATP,
MEMBENTUK ATP DARI ADP + Pi DENGAN BANTUAN ENZIM ATP
+
SINTASE). H DAN ELEKTRON AKHIRNYA DENGAN OKSIGEN MEMBENTUK
H2O.
61
 SUKSINAT

Fp(FAD)
ATP ATP ATP

S  NAD+  Fp  Q  SIT b  SIT c1  SIT c  SIT a  SIT a3  ½O2

(FMN)
ADP + Pi ADP +Pi ADP + Pi
SITE I SITE II SITE III

NAD = NIKOTINAMID ADENIN DINUKLEOTIDA

FAD = FLAVIN ADENIN DINUKLEOTIDA
Q = KOENZIM Q = UBIQUINON
62
 NAD+  NADH + H+

Fp  FpH2

Q  QH2

SISTEM SITOKROM

½ O2  H2O
 ALIRAN ELEKTRON: DARI YG ELEKTRONEGATIF KE YG
ELEKTROPOSITIF
 SEBELUM SIT a3 TERGOLONG DEHIDROGENASE
 SIT a3 TERGOLONG OKSIDASE , JADI DISEBUT SITOKROM OKSIDASE

63
64
  RANTAI RESPIRASI MERUPAKAN SERANGKAIAN KATALISATOR
DALAM MITOKONDRIA UNTUK TRANSPOR HIDROGEN ATAU H+
DAN e- UNTUK AKHIRNYA DIREAKSIKAN DENGAN O2 MEMBENTUK
H2O
 RANTAI RESPIRASI HANYA BERJALAN DALAM KEADAAN AEROB
(ADA O2 )

 PADA RANTAI RESPIRASI TERJADI 3 HAL:

1.TRANSPOR HIDROGEN ATAU H+ DAN e-  RANGKAIAN PROSES OKSIDASI
2. PEMBENTUKAN ATP : PROSES FOSFORILASI OKSIDATIF
3. PEMAKAIAN O2

JUMLAH ATP YANG TERBENTUK:

 LEWAT DEHIDROGENASE NAD : RATIO P:O = 2,5:1
65
 LEWAT DEHIDROGENASE FAD TANPA LEWAT NAD : RATIO P:O=1,5:1
66
 INHIBITOR RANTAI RESPIRASI

SUKSINAT

Fp (FAD)

S  NAD+  Fp  Q  SIT b SIT c1 SIT c SIT a SIT a3 ½O2

(FMN)
I II III

INHIBITOR SISTEM RANTAI RESPIRASI ADALAH SENYAWA2 YANG MENGAKIBATKAN :

- RANTAI RESPIRASI TIDAK BERJALAN
- ATP TIDAK TERBENTUK

67
  TITIK TANGKAP:
1. SITE I : PIERICIDIN A, AMOBARBITAL, ROTENON
2. SITE II: BAL, ANTIMYCIN A
3. SITE III: H2S, CO, CN-

AD 1 DAN 2: MENGHAMBAT ALIRAN ELEKTRON  TAK TERBENTUK ATP

AD 3 : MENGHAMBAT PEMAKAIAN O2  TAK TERBENTUK ATP

 OLIGOMISIN : MENGHAMBAT FOSFORILASI ADP

 ATRAKTILOSIDA : MENGHAMBAT TRANSPOR ADP MASUK

DAN ATP KE LUAR MITOKONDRIA
ASAM BONGKREK : SEPERTI ATRAKTILOSIDA

68
  UNCOUPLER :
CONTOH: 2,4 DINITROFENOL
 MENGHAMBAT PEMBENTUKAN ATP TETAPI TIDAK
MENGHAMBAT OKSIDASI SUBSTRAT MAUPUN
PEMAKAIAN O2

69
 OKSIDASI NADH DARI LUAR
MITOKONDRIA
NADH TIDAK DAPAT MENEMBUS MEMBRAN MITOKONDRIA  OKSIDASI
DITERUSKAN SECARA TAK LANGSUNG :
1. LEWAT MALAT SHUTTLE: 1 MOL NADH + H+  3 MOL ATP

70
 2. LEWAT α-GLISEROFOSFAT SHUTTLE

NAD+ GLISEROL-3P GLISEROL-3P FAD

NADH+ H+ DHAP DHAP FADH2

SITOSOL
MEMBRAN MITOKONDRIA
DHAP = DIHIDROKSIASETON FOSFAT

71
1 MOL NADH + H+  2 MOL ATP
 HIPOTESIS KIMIA OSMOTIK

M
NADH + O2 RANTAI RESPIRASI
Membran -
dalam ----- A H+ H+
mitokondria
T H+ H+

R H+ H+

I NAD+ + H2O
RUANG X ADP + Pi
INTERMEMBRAN
M H+ H+
I ATP ATP SINTASE
T H+ H+
72 2,4 DINITROFENOL (UNCOUPLER)
  MITCHELL MENYEBUTKAN BAHWA OKSIDASI DAN FOSFORILASI
DIKAITKAN OLEH GRADIEN PROTON.
 GRADIEN ELEKTROKIMIA (GRADIEN PROTON) DIBENTUK OLEH
POMPA PROTON PADA MEMBRAN-DALAM MITOKONDRIA.
 POMPA PROTON TSB DIOPERASIKAN OLEH ALIRAN ELEKTRON DAN
MENGAKIBATKAN PROTON DILEMPAR KE LUAR DARI RUANG
MATRIX (MELALUI MEMBRAN ).
 PROTON AKAN BERGERAK KEMBALI MENUJU KE DALAM MATRIX
SESUAI GRADIEN ELEKTROKIMIA, DAN ENERGI YG DILEPASKAN
AKAN DIGUNAKAN UNTUK SINTESIS ATP DARI ADP DAN Pi OLEH ATP
SINTASE .

73