Tugas mikrobiologi

Nama : ADITYA PRAMANA

NIM : 050613987
 SOAL TUGAS 1
MIKROBIOLOGI
SEMESTER 2023 GENAP

1. Bakteri dalam keadaan hidup sangat sulit untuk dilihat dan diamati, hal tersebut karena
selain bakteri tidak berwarna (transparan) juga ukurannya sangat kecil. Untuk
mengatasi hal tersebut maka dikembangkan suatu teknik pewarnaan sel bakteri. Prinsip
dasar dari pewarnaan ini adalah adanya ikatan ion antara komponen seluler dari bakteri
dengan senyawa aktif dari pewarnaan yang disebut kromogen. Pewarnaan bakteri ini
merupakan cara yang paling utama dalam penelitian-penelitian mikrobiologi.

a. Jelaskan jenis-jenis pewarnaan yang dilakukan pada bakteri atau jasad renik
lain! (Skor 15)

Penggunaan pestisida secara ekstensif melalui aplikasi di lapangan, penanganan,

pembilasan kontainer, tumpahan tak disengaja, memiliki potensi untuk mencemari
tanah dengan parah (Briceno G. et al., 2012). Sebagian besar pestisida yang digunakan
secara umum pada saat ini, dikenal dapat merusak keragaman fungsional mikrobiota
tanah. Salah satu akibat tersebut menyebabkan hilangnya kesuburan tanah dan
terhambatnya pertumbuhan tanaman, sehingga berdampak risiko serius.pada kelestarian
tanah pertanian.
Sumber: Anggreini, C. D. (2019, June 30). Bioremediasi Lingkungan Tercemar Klorpirifos.
https://doi.org/10.31227/osf.io/ugv2w

b. Jelaskan salah satu teknologi yang dapat diterapkan untuk memulihkan

lingkungan tercemar seperti kasus tersebut di atas! (Skor 8)

c. Keberadaan mikroorganisme di alam ini, ada yang menguntungkan namun ada

juga yang merugikan kehidupan manusia. Jelaskan penggunaan mikroorganisme
yang menguntungkan yaitu dalam mekanisme pengendalian hayati dan berikan
contohnya! (Skor 12)

2. Bakteri adalah mikroba bersel tunggal (uniseluler) yang dalam kondisi tertentu dapat
dijumpai sebagai kumpulan yang kelihatannya bersel banyak. Bentuk dan ukuran
bakteri bervariasi dan hanya dapat terlihat di bawah mikroskop cahaya.

a. Jelaskan bentuk bakteri yang bervariasi tersebut dan berikan contohnya untuk
masing-masing bentuk bakteri tersebut! (Skor 12)
b. Jelaskan bentuk bakteri yang disebabkan oleh pengaruh faktor luar (faktor
lingkungan) sehingga mempunyai bentuk yang tidak normal! (Skor 8)

Jamur benang berkembang biak secara vegetatif dan generatif. Proses seksual hanya
terjadi antara hifa atau spora yang tipe kelaminnya berbeda. Dikenal dua tipe kelamin
(mating type) yaitu tipe kelamin jantan (disebut juga tipe kelamin +) dan tipe kelamin
betina (tipe kelamin -).

c. Jelaskan tipe-tipe perkembangbiakan jamur benang! (Skor 15)

3. Isolasi mikroba atau tindakan mengisolasi suatu mikroba ialah memisahkan mikroba
tersebut dari lingkungannya di alam dan menumbuhkannya sebagai biakan murni dalam
medium buatan. Isolasi ini merupakan tahap pertama menuju identifikasi mikroba.
 Fungsi kegiatan isolasi adalah memisahkan sebuah kultur yang memiliki banyak jenis
mikroba (mixed culture) menjadi hanya satu jenis mikroba (pure culture). Kegiatan
selanjutnya setelah isolasi adalah inokulasi

a. Jelaskan metode yang digunakan dalam isolasi bakteri! (Skor 15)

Dalam pengawetan kultur, perlu diperhatikan beberapa aspek, termasuk melindungi

DNA atau gen pada DNA kultur. Terkait hal tersebut maka dilakukan penambahan
komponen pelindung (krioprotektan) ke dalam suspensi yang akan dibekukan.

b. Jelaskan sifat-sifat yang harus dimiliki oleh krioprotektan untuk mencegah

kerusakan sel selama pembekuan! Berikan pula contoh krioprotektan tersebut!
(Skor 15)
Jawaban

1. A Mikroorganisme yang ada di alam ini mempunyai morfologi, struktur dan sifat-sifat yang
khas, begitu pula dengan bakteri. Bakteri yang hidup hampir tidak berwarna dan kontras
dengan air, dimana sel-sel bakteri tersebut disuspensikan. Salah satu cara untuk mengamati
bentuk sel bakteri sehingga mudah untuk diidentifikasi ialah dengan metode pengecatan atau
pewarnaan. Hal tersebut juga berfungsi untuk mengetahui sifat fisiologisnya yaitu mengetahui
reaksi dinding sel bakteri melalui serangkaian pengecatan
Berbagai macam tipe morfologi bakteri (kokus, basil, spirilum, dan sebagainya) dapat
dibedakan dengan menggunakan pewarna sederhana. Istilah ”pewarna sederhana” dapat
diartikan dalam mewarnai sel-sel bakteri hanya digunakan satu macam zat warna saja.
Kebanyakan bakteri mudah bereaksi dengan pewarna-pewarna sederhana karena
sitoplasmanya bersifat basofilik (suka akan basa) sedangkan zat-zat warna yang digunakan
untuk pewarnaan sederhana umumnya bersifat alkalin (komponen kromoforiknya bermuatan
positif). Faktor-faktor yang mempengaruhi pewarnaan bakteri yaitu fiksasi, peluntur warna ,
substrat, intensifikasi pewarnaan dan penggunaan zat warna penutup. Suatu preparat yang
sudah meresap suatu zat warna, kemudian dicuci dengan asam encer maka semua zat warna
terhapus. sebaliknya terdapat juga preparat yang tahan terhadap asam encer. Bakteri-bakteri
seperti ini dinamakan bakteri tahan asam, dan hal ini merupakan ciri yang khas bagi suatu
spesies
Pewarnaan bakteri dibagi menjadi 2 yaitu :
1. Pewarnaan bakteri hidup Pewarnaan bakteri hidup dilakukan dengan menggunakan
bahan yang tidak toksik, tetapi jarang dikerjakan karena bakteri yang masih hidup sulit
menyerap warna. Pewarnaan bakteri hidup dilakukan untuk melihat motilitas
(pergerakan) bakteri dan pemeriksaannya dilakukan dengan menggunakan tetes
bergantung
2. Pewarnaan bakteri mati Pewarnaan pada bakteri yang telah dimatikan bertujuan
untuk melihat struktur luar dan dalam dari bakteri, memperjelas ukuran bakteri dan
melihat reaksi bakteri terhadap pewarnaan yang diberikan sehingga dapat diketahui
sifat fisik dan kimia dari bakteri tersebut
Teknik pewarnaan warna pada bakteri dapat dibedakan menjadi empat macam yaitu
1. pengecatan sederhana
 2. pengecatan negatif
3. pengecatan diferensial
4. pengecatan struktural.

1. Pewarnaan sederhana adalah pewarnaan yang menggunakan pewarna tunggal.

Pewarna yang bisaanya digunakan adalah ungu kristal, biru metilen, safranin,
fukhsin karbol, hijau malakit. Pewarna sederhana bertujuan untuk memberikan
kontras antara bakteri dan latar belakangnya. Pewarnaan sederhana dilakukan saat
kita ingin mengamati bentuk dan ukuran sel bakteri.
Zat warna yang sering dipakai adalah biru metilen, fukhsin lindi dan ungu
Kristal karbol.

2. Pewarna negative merupakan pewarna yang menggunakan pewarna asam, seperti

migrosin, eosin atau tinta india sebagai pewarna utama. Pewarna negatif bertujuan
untuk memberi warna gelap pada latar belakang dan tidak memberi warna pada sel
bakteri. Hal tersebut dapat terjadi karena pada pernaan negatif, pewarna yang
digunakan adalah pewarna asam dan mempunyai komponen kromoforik yang
bermuatan negatif, yang juga diliki oleh sitoplasma bakteri. Hal tersebut
menyebabkan pewarna tidak dapat menembus ke inti sel bakteri. Pada pewarnaan
negatif, sel bakteri nampak transparan (tembus pandang)
Kelebihan pewarnaan negatif antara lain penggunaan hanya satu
pewarna dan tidak adanya fiksasi panas pada sampel.

3. Pewarnaan diferensial ini merupakan teknik pewarnaan differential yang paling

penting dan paling luas digunakan dan membagi bakteri sejati menjadi 2 kelompok,
yaitu Gram positif dan Gram negatif. Penemu : Christian Gram (1884). Pewarnaan
diferensial digunakan untuk mendeteksi kelainan pada proporsi sel darah putih
yang berbeda dalam darah . Proses atau hasilnya disebut diferensial WBC . Tes ini
berguna karena banyak penyakit mengubah proporsi sel darah putih tertentu .
Dengan menganalisis perbedaan-perbedaan ini dan dikombinasikan dengan
pemeriksaan klinis dan tes laboratorium lainnya, para profesional medis dapat
mendiagnosis penyakit.Salah satu penggunaan pewarnaan diferensial yang umum
dikenal adalah pewarnaan Gram . Pewarnaan Gram menggunakan dua
pewarna: Crystal violet dan Fuchsin atau Safranin (pewarna tandingan) untuk
membedakan antara bakteri Gram positif ( lapisan peptidoglikan besar di
permukaan luar sel) dan bakteri Gram negatif .
Pewarnaan diferensial antara lain meliputi :
a. Pewarnaan Gram
Pewarnaan gram digunakan untuk membedakan bakteri gram positif dan bakteri
gram negatif berdasarkan sifat fisik dan kimia dinding sel bakteri. Pewarnaan gram
menggunakan pewarna utama Kristal Violet dan pewarna tandingan Safranin.
Keberhasilan metode ini sangat bergantung pada dinding sel, maka dari itu metode
ini tidak dapat dilakukan pada bakteri yang tidak memiliki dinding sel seperti
genusnacordia dan mycoplasma.
Metode ini diberi nama berdasarkan penemunya, ilmuwan Denmark Hans
Christian Gram (1853–1938) yang mengembangkan teknik ini pada tahun 1884 untuk
membedakan antara pneumokokus dan bakteri Klebsiella pneumoniae.
Tujuan dari pewarnaan adalah untuk memudahkan melihat bakteri dengan
mikroskop, memperjelas ukuran dan bentuk bakteri, untuk melihat struktur luar dan
struktur dalam bakteri seperti dinding sel dan vakuola, menghasilkan sifat-sifat fisik dan
kimia yang khas daripada bakteri dengan zat warna, serta meningkatkan kontras
 mikroorganisme dengan sekitarnya .
Pewarnaan ini dapat membagi bakteri menjadi gram positif dan gram negatif
berdasarkan kemampuannya untuk menahan pewarna primer (kristal ungu) atau
kehilangan warna primer dan menerima warna tandingan (safranin). Bakteri
gram positif
menunjukkan warna biru atau ungu dengan pewarnaan ini, sedangkan bakteri
gram negatif menunjukkan warna merah
b. Pewarnaan Tahan Asam
Beberapa spesies bakteri pada genus Mycobacterium, Cryptosporidium dan
Nocardia tidak dapat diwarnai dengan pewarnaan sederhana. Namun, mikroorganisme
ini dapat diwarnai dengan menggunakan Karbol Fuchsin yang dipanaskan. Panas
membuat pewarna dapat terserap oleh sel bakteri karena panas dapat menghilangkan
lapisan lilin pada dinding sel bakteri. Sekali bakteri tahan asam menyerap karbol fuchsin,
maka akan sangat sulit untuk dilunturkan dengan asam-alkohol, oleh karena itu merka
disebut bakteri tahan asam. Bakteri tahan asam memiliki kadar lemak (asam mycolic)
yang tinggi pada
dinding sel mereka. Pada pewarnaan bakteri asam menggunakan metode Ziehl-Neelsen
(juga disebut Hot Stain), bakteri tahan asam akan berwarna merah karena menyerap
pewarna karbol fuchsin yang dipanaskan, karena pada saat pemanasan dinding sel
bakteri yang memiliki banyak lemak membuka sehingga pewarna dapat terserap. Namun
tidak dapat dilunturkan dengan asam alkohol karena pada saat suhu normal lemak pada
dinding sel bakteri kembali menutup, sehingga ketika diwarnai dengan pewarna
tandingan, yaitu Methylene Blue, warnanya tetap merah. Berbeda dengan bakteri tidak
tahan asam, ia akan menyerap pewarna tandingan yaitu methylene blue sehingga
berwarna biru. Pada metode Kinyoun-Gabbet, tidak perlu dilakukan pemanasan, maka
dari itu
metode Kinyoun-Gabbet juga disebut Cold Stain. Metode Kinyoun-Gabbet tidak perlu
dilakukan dengan pemanasan karena pada pewarna Kinyoun terdapat alkali fuchsin
dengan konsentrasi yang tinggi, sehingga walau tanpa pemanasan dapat menghilangkan
lapisan lilin pada dinding sel bakteri tahan asam. Komposisi Kinyoun antara lain: alkali
fuchsin, fenol, alkohol 95%, dan aquades. Sebagai pewarna tandingan adalah Gabbet,
yang memiliki komposisi antara lain : methylene blue, asam sulfat 96%, alkohol murni,
dan aquades. Sama seperti pada metode Ziehl-Neelsen, bakteri tahan asam akan
berwarna merah, sedangkan bakteri tidak tahan asam akan berwarna biru
4. Pewarnaan Struktural
Pewarnaan struktural ditujukan untuk melihat bagian tertentu bakteri. Yang
termasuk dalam pewarnaan struktural ialah :
a. Pewarnaan Spora
Ada dua genus bakteri yang dapat membentuk endospora, yaitu genus Bacillus dan
genus Clostridium. Strukturspora yang terbentuk di dalam tubuh vegetatif bakteri disebut
sebagai ‘endospora’ (endo=dalam, spora=spora) yaitu spora yang terbentuk di dalam
tubuh. Secara sederhana, dapat dikatakan bahwa endospora merupakan sel yang
mengalami dehidrasi dengan dinding yang mengalami penebalan serta memiliki
beberapa lapisan tambahan.
Dengan adanya kemampuan untuk membentuk spora ini, bakteri tersebut
dapat bertahan pada kondisi yang ekstrim.Menurut Pelczar (1986) bakteri yang dapat
membentuk endospore ini dapat hidup dan mengalami tahapan-tahapan pertumbuhan
sampai beberapa generasi, dan spora terbentuk melalui sintesis protoplasma baru di
dalam sitoplasma sel vegetatifnya.
Menurut Volk & Wheeler (1988), dalam pengamatan spora bakteri diperlukan
pewarnaan tertentu yang dapat menembus dinding tebal spora. Contoh dari pewarnaan
yang dimaksudkan tersebut adalah dengan penggunaan larutan Hijau Malakit 5%, dan
untuk memperjelas pengamatan, sel vegetatif juga diwarnai dengan larutan Safranin
0,5% sehingga sel vegetatif ini berwarna merah, sedangkan spora berwarna hijau.
Dengan demikian ada atau tidaknya spora dapat teramati, bahkan posisi spora di dalam
tubuh sel vegetatif juga dapat diidentifikasi. Namun ada juga zat warna khusus untuk
mewarnai spora dan di dalam proses pewarnaannya melibatkan proses pemanasan, yaitu;
spora dipanaskan bersamaan dengan zat warna tersebut sehingga memudahkan zat warna
tersebut untuk meresap ke dalam dinding pelindung spora bakteri.
Beberapa zat warna yang telah disebutkan di atas, dapat mewarnai spora
bakteri, tidak lepas dari sifat kimiawi dinding spora itu sendiri. Semua spora bakteri
mengandung asam dupikolinat, yang mana subtansi ini tidak dapat ditemui pada sel
vegetatif bakteri, atau dapat dikatakan, senyawa ini khas dimiliki oleh spora. Dalam
proses pewarnaan, sifat senyawa inilah (asam dupikolinat) yang kemudian dimanfaatkan
untuk diwarnai menggunakan pewarna tertentu, dalam hal ini larutan hijau malakit.
Sedangkan menurut Pelczar (1986), selain subtansi di atas, dalam spora bakteri juga
terdapat kompleks Ca
2+
dan asam dipikolinan peptidoglikan.
Terdapat beberapa metode pewarnaan spora bakteri, diantaranya yaitu metode
Schaeffer-Fulton dan metode Dorner. Pada metode Schaeffer-fulton, pewarna yang
digunakan adalah hijau malaksit dan safranin, sedangkan pada metode Dorner,
pewarna
yang digunakan adalah carbol fuchsin yang dipanaskan dan negrosin.
b. Pewarnaan Kapsul
Beberapa jenis bakteri mengeluarkan bahan-bahan yang amat berlendir dan
lengket pada permukaan selnya, dan melengkungi dinding sel. Bila bahan berlendir
tersebut kompak dan tampak sebagai suatu bentuk yang pasti ( bundar/lonjong) maka
disebut kapsul, tetapi bila bentuknya tidak teratur dan kurang menempel dengan erat
pada sel bakteri disebut selaput lendir.

Kapsul dan lendir tidaklah esensial bagi kehidupan sel, tapi dapat berfungsi
sebagai makanan cadangan, perlindungan terhadap fagositosis (baik dalam tubuh
inang maupun dialam bebas) atau perlindungan terhadap dehidrasi. Kemampuan
menghasilkan kapsul merupakan sifat genetis, tetapi produksinya sangat dipengaruhi
oleh komposisi medium tempat ditumbuhkannya sel-sel yang bersangkutan.
Komposisi medium juga dapat mempengaruhi ukuran kapsul. Ukuran kapsul
berbeda-beda menurut jenis bakterinya dan juga dapat berbeda diantara jalur-jalur
yang berlainan dalam satu spesies.

Pada beberapa jenis bakteri adanya kapsul sebagai petunjuk virulensi. Semua
kapsul bakteri tampaknya dapat larut dalam air. Komposisi kimiawi kapsul ada yang
berupa glukosa ( misalnya dektrosa pada leokonostok mesendteroides), polimer gula
amino (misalnya asam hialuronat pada Staphylococcus piogenik), polipeptida
(misalnya polimer asam D-glutamat pada Bacillus antraksis) atau kompleks
polisakarida, dan glikoprotein ( misalnya B disentri).
Pewarnaan kapsul tidak dapat dilakukan sebagaimana melakukan pewarnaan
sederhana, pewarnaan kapsul dilakukan dengan menggabungkan prosedur dari
pewarnaan sederhana dan pewarnaan negatif. Masalahnya adalah ketika kita
memanaskan prepat dengan suhu yang sangat tinggi kapsul akan hancur, sedangakan
apabila kita tidak melakukan pemanasan pada preparat, bakteri akan tidak dapat
menempel dengan erat dan dapat hilang ketika kita mencuci preparat.
Pewarnaan kapsul menggunakan pewarna Kristal Violet dan sebagai
pelunturnya adalah Copper Sulfate. Kristal violet memberikan warna ungu gelap
terhadap sel bakteri dan kapsul. Namun kapsul bersifat nonionic, sehingga pewarna
utama tidak dapat meresap dengan kuat pada kapsul bakteri. Copper sulfate
bertindak sebagai peluntur sekaligus counterstain, sehingga mengubah warna yang
sebelumnya ungu gelap menjadi biru muda atau pink. Maka dari itu pada pewarnaan
kapsul, kapsul akan transparan sedangakan sel bakteri dan latar belakangnya akan
berwarna biru muda atau pink.

b Bioremediasi adalah suatu proses penggunaan beragam jenis organisme hidup, seperti
bakteri, jamur, dan tanaman, yang dipergunakan untuk dapat membersihkan atau
mengurangi pencemaran dalam lingkungan. Organisme hidup yang dipergunakan ini
digunakan untuk dapat menguraikan atau mendekomposisi beragam jenis senyawa kimia
berbahaya yang terdapat di beragam tempat seperti di dalam air, tanah, atau udara,
sehingga dapat menciptakan lingkungan yang lebih sehat dan juga aman bagi manusia dan
makhluk hidup lain di sekitarnya.

Adapun sejarah dari bioremediasi dapat ditelusuri kembali yaitu ke zaman kuno ketika
banyak orang menggunakannya untuk membersihkan limbah pertanian dan mengolah
tanah. Namun, penggunaan bioremediasi yang bersifat modern dimulai pada awal 1900-an
ketika peneliti telah menemukan bahwa bakteri dapat menguraikan beragam senyawa
organik dan logam berat dalam lingkungan.

Di mana pada tahun 1940-an, peneliti menggunakan bakteri untuk membersihkan air
limbah yang ada di tanah liat dan pada tahun 1960-an, mikroba mulai diidentifikasi untuk
penggunaan bioremediasi untuk membersihkan minyak mentah.

Kemudian pada tahun 1972, Kongres Amerika Serikat (AS) mengeluarkan Undang-
Undang Air Bersih (Clean Water Act) yang mengharuskan dari penggunaan teknologi
bioremediasi untuk membersihkan air limbah.

Selanjutnya, pada 1980-an, bioremediasi menjadi lebih populer setelah terjadi kecelakaan
kapal tanker Exxon Valdez di Alaska dan juga bencana nuklir Chernobyl di Ukraina. Sejak
itu, bioremediasi kemudian telah digunakan secara luas di berbagai penjuru dunia untuk
membersihkan berbagai jenis pencemaran, seperti termasuk beragam limbah industri,
limbah petrokimia, dan juga limbah nuklir.

Selama beberapa dekade terakhir, penelitian dan juga pengembangan dari bioremediasi
terus berlanjut, dan teknologi bioremediasi yang lebih baru dan lebih efektif terus
dikembangkan. Seperti saat ini, bioremediasi adalah salah satu metode yang paling
umum digunakan di seluruh dunia untuk membersihkan lingkungan yang terkontaminasi,
dan diharapkan bioremediasi akan terus berkembang dan menjadi lebih efektif di masa
depan.

Sejak pertama kali ditemukan, bioremediasi telah mengalami banyak sekali perkembangan
dalam hal pengembangan teknologi dan juga aplikasinya. Berikut ini adalah beberapa
perkembangan penting dalam bidang bioremediasi:

1. Pengembangan Mikroorganisme: Mikroorganisme yang digunakan dalam hal

bioremediasi terus berkembang. Di mana pada awalnya, hanya terdapat beberapa
jenis mikroba yang digunakan dalam bioremediasi. Namun untuk saat ini, sudah
terdapat ribuan jenis bakteri, fungi, dan alga telah diidentifikasi dan telah
dikembangkan di seluruh dunia untuk tujuan bioremediasi.
2. Teknologi Genetika: Teknologi genetika telah memberikan dampak yang sangat
besar dalam bioremediasi. Teknologi rekayasa genetika telah digunakan di banyak
 negara untuk dapat menghasilkan mikroorganisme yang lebih efektif dalam upaya
menguraikan senyawa kimia berbahaya.
3. Teknik In Situ: Teknik in situ telah digunakan untuk menghilangkan beragam
bahan pencemar atau berbahaya, tanpa harus mengeluarkan tanah atau air dari
lokasi kontaminasi. Hal ini mencakup penggunaan dari inyeksi mikroba ke dalam
tanah atau air, serta penggunaan sistem pompa yang memompa udara ke dalam
tanah untuk dapat mengaktifkan mikroba yang sudah tersedia sebelumnya.
4. Teknologi Remote Sensing: Teknologi remote sensing telah digunakan untuk dapat
mendeteksi kontaminasi tanah dan air di berbagai lokasi yang sulit dijangkau. Hal
tersebut dapat membantu peneliti untuk menemukan kontaminasi yang belum
terdeteksi dan juga mempercepat dalam proses bioremediasi.
5. Pemanfaatan Tanaman: Tanaman juga telah digunakan dalam bioremediasi.
Tanaman yang disebut sebagai fitoremediasi dapat menyerap logam berat dan
senyawa organik dalam tanah, air, dan udara.
6. Pemanfaatan Sumber Daya Terbarukan: Pemanfaatan sumber daya terbarukan yaitu
seperti limbah pertanian dan industri telah digunakan dalam bioremediasi. Sebagai
contoh yaitu menggunakan cangkang kerang sebagai bagian dari media
bioremediasi pada lahan tambang.

Beragam perkembangan tersebut menunjukkan bahwa bioremediasi terus berkembang

setiap waktunya dan diharapkan dapat membantu mengurangi dampak dari pencemaran
lingkungan secara lebih efektif dan juga efisien.

Contoh dari bioremediasi tersebut meliputi penggunaan bakteri untuk dapat

menguraikan minyak mentah yang tumpah di laut atau tanah, menggunakan tanaman
untuk dapat menyerap beragam jenis logam berat dari tanah, atau juga menggunakan
jamur untuk dapat menguraikan beragam jenis bahan kimia berbahaya di
lingkungan. Bioremediasi adalah cara yang lebih ramah lingkungan dan efektif dalam
mengurangi dampak pencemaran daripada menggunakan bahan kimia atau teknologi
lainnya.

C . Saat ini, mungkin kita sudah akrab dengan kata mikroorganisme. Keseluruhan
mikroorganisme baik bakteri, fungi, archaea dan protista serta materi genetiknya dalam
suatu ekosistem disebut mikrobioma. Pengertian mikrobioma ini tidak hanya berupa
mikroorganisme itu sendiri, tetapi juga pada aktivitas dan hubungan timbal baliknya pada
lingkungan maupun antar mikroorganisme. Contoh dari mikrobioma adalah mikrobioma
perut, mikrobioma laut, mikrobioma tanaman dan mikrobioma tanah.

Mikrobioma tanah adalah seluruh mikroorganisme, materi genetik dan aktivitasnya pada
suatu komunitas tanah. Mikrobioma tanah, khususnya dalam pertanian, memiliki peran
besar bagi kesuburan tanaman yang tumbuh di atasnya. Terdapat berbagai jenis
mikroorganisme yang bermanfaat bagi tanah, tak terkecuali pada tanah pertanian yang
menerapkan sistem pertanian organik.

Menurut SNI 6729:2016, sistem pertanian organik adalah sistem manajemen produksi
yang holistik untuk meningkatkan dan mengembangkan kesehatan agroekosistem
termasuk keragaman hayati, siklus biologi dan aktivitas biologi tanah. Keragaman hayati
pada sistem pertanian organik tidak hanya terdiri dari makhluk hidup yang kasat mata
seperti cacing tanMikrobioma tanah memiliki peran penting dalam pemeliharaan nutrisi
tanah. Mikrobioma tanah berasosiasi dengan ekosistem tumbuhan melalui interaksi
tumbuhan dan mikroorganisme. Di tanah, mikroorganisme banyak terdapat di horizon
tanah yang dekat dengan akar yaitu rizosfer. Hal itu disebabkan adanya pelepasan berbagai
macam nutrien dari tumbuhan. Tumbuhan menyekresi berbagai macam nutrisi penting
bagi mikroorganisme seperti asam amino, glukosa, fruktosa dan sukrosa.
Mikroorganisme rizosfer sendiri bermanfaat bagi tumbuhan karena dapat menghasilkan
nutrisi yang dibutuhkan tumbuhan. Mikroorganisme rizosfer dapat memfiksasi nitrogen
yang akhirnya dapat diserap tumbuhan dan memproduksi fitohormon yang penting bagi
tumbuh kembang tumbuhan. Selain itu mikroorganisme rizosfer juga dapat melarutkan
fosfor, potassium dan zink sehingga mudah diserap oleh tumbuhan.
ah dan serangga, tetapi juga makhluk tak kasat mata yaitu
mikroorganisme. Mikroorganisme dapat melindungi tanaman dari organisme patogenik
dengan memproduksi berbagai metabolit sekunder seperti ammonia, hidrogen sianida,
siderofor dan enzim-enzim hidrolitik. Selain itu, terdapat mikroorganisme tanah bersifat
plant growth promoting (PGP), yang merupakan komponen penting bagi pertanian
berkelanjutan. Mikroorganisme PGP mendorong pertumbuhan tumbuhan, meningkatkan
kesuburan tanah dan meningkatkan hasil panen secara langsung maupun tidak langsung.
Mikroorganisme PGP ini biasa digunakan sebagai pupuk hayati sebagai ganti dari pupuk
kimia. Contohnya adalah PGPR (plant growth promoting Rhizobacteria).

2 a bentuk dan ukuran bakteri

Ada 3 bentuk dasar bakteri yaitu
Bakteri bulat
Bakteri batang
bakteri lengkung

-Bakteri bulat sebenarnya tidak ada bakteri bentuk bulat tetapi spheroid bentuk bulat atau
kokus dapat dibedakan lagi dalam
Mikrokokus : bualat,satu satu
Diplokokus : bulat bergandengan dua dua
Streotokokus : bulat bergandengan seperti rantai sebagai hasil pembelahan sel satu atau
dua arah dalam satu garis
Tetrakokus bulat terdiri atas 4 sel yang tersususn dslsm bentuk bujur sangjar sebagi hasil
pembelahan sel kedua arah
Sarcina : bulat terdiri atas 8 sel yang tersusun dalam bentuk kubus sebagai hasil dari
pembelahan sel ketiga arah
Stafilokokus : bulat tersusun sebagai kelompok buah anggur sebagai hasil pembelahan sel
kesegala arah

-bakteri batang ni adalah bakteri berbentuk batang. Mereka juga terjadi secara tunggal atau
sebagai beberapa sel yang menempel setelah pembelahan sel.

 Bakteri bacilliform ditemukan di banyak kelompok taksonomi bakteri yang

berbeda
 Bakteri bacilliform bisa gram positif misalnya Actinomyces, Clostridium,
Bacillus atau bakteri gram negatif misalnya Escherichia, Klebsiella, Salmonella,
Streptobacillus, dll .
 Bakteri dari genus Bacillus adalah bakteri gram positif berbentuk batang

 Mereka adalah bakteri aerob obligat atau anaerob fakultatif

 Mereka dapat membentuk endospora dan hidup bertahun-tahun dalam

keadaan tidak aktif dan tahan terhadap panas, radiasi, dan disinfektan
  Mereka dapat bertahan dalam panas ekstrem dan suhu setinggi 420 ℃

 Mereka adalah bakteri yang paling melimpah dan ditemukan dimana-mana

 Sebagian besar spesies non-parasit dan hidup bebas

 Dua spesies basil parasit dan patogen adalah Bacillus anthracis penyebab
penyakit antraks dan Bacillus cereus yang menyebabkan keracunan
makanan .
Berdasarkan susunan selnya yang berbentuk batang, basil diklasifikasikan menjadi
beberapa jenis:

a. Bacillus: Sel tunggal yang tidak terikat, bentuknya seperti batang. Contohnya
adalah Bacillus cereus, Salmonella enterica, dll.
b. Diplobacilli: Dua batang menempel satu sama lain dan ditemukan berpasangan
setelah pembelahan sel. Contohnya adalah Moraxella bovis, Klebsiella
rhinoscleromatis, dll .
c. Streptobacilli: Karena pembelahan sel dalam satu bidang, basil tersusun dalam
sebuah rantai. Genus Streptobacillus mengandung bakteri gram negatif, aerobik,
atau anaerobik fakultatif. Contohnya adalah Streptobacillus moniliformis,
Streptobacillus felis, dll.
d. Coccobacilli: Bentuknya pendek dibandingkan basil lain dan lonjong, tampak
seperti kokus. Contohnya adalah Chlamydia trachomatis, Haemophilus influenzae,
Gardnerella vaginalis, dll.
e. Palisades: Basil setelah pembelahan sel membengkok dan karenanya tersusun
dalam struktur palisade seperti pagar. Contoh : Corynebacterium diptheria

-bakteri ini berbentuk spiral atau heliks.

Berdasarkan ketebalan, kelenturan dan motilitas sel, sel dibagi lagi menjadi dua jenis:

a. Spirillum: Ini adalah bakteri gram negatif dan kaku yang memiliki flagela eksternal.
Contohnya adalah Spirillum, Campylobacter jejuni, Helicobacter pylori, dll.
b. Spirochete: Bakteri ini berbentuk spiral, tipis dan fleksibel. Mereka memiliki flagela
periplasma internal. Ini adalah spesies patogen yang menyebabkan berbagai penyakit serius.
Contohnya adalah Leptospira, Treponema pallidum, dll.

-bakteri lengkung atau spiral

bakteri ini berbentuk spiral atau heliks.
Berdasarkan ketebalan, kelenturan dan motilitas sel, sel dibagi lagi menjadi dua
jenis:

a. Spirillum: Ini adalah bakteri gram negatif dan kaku yang memiliki flagela
eksternal. Contohnya adalah Spirillum, Campylobacter jejuni, Helicobacter pylori,
dll.
b. Spirochete: Bakteri ini berbentuk spiral, tipis dan fleksibel. Mereka memiliki
flagela periplasma internal. Ini adalah spesies patogen yang menyebabkan berbagai
penyakit serius. Contohnya adalah Leptospira, Treponema pallidum, dll.
 2 b bakteri fototrof mempunyai pigmen fostosintetik sehingga dapat menggunakan
energi Cahaya. Bemtuknya ada yang kokus batang atau lengkung yang tergantug
kepada lingkungan nya

2 c Kapang dapat bereproduksi secara aseksual (fase anamorf) maupun seksual (fase
teleomorf). Mayoritas kapang hanya bereproduksi secara aseksual, tetapi seiring
dengan perkembangan ilmu pengetahuan telah ditemukan sejumlah kapang ternyata
juga mampu bereproduksi seksual. Spesies-spesies anamorf tersebut kemudian akan
mempunyai nama baru
Reproduksi seksual dan aseksual pada kapang dapat dilihat secara garis besar pada
masih menampilkan Filum Deuteromycota untuk kapang-kapang yang belum memiliki
fase seksual. Menurut Alexopoulus (1996) Deuteromycota sudah tidak ada dalam
kingdom fungi. Siklus reproduksi seksual dan aseksual pada jamur, Reproduksi seksual
melibatkan 3 tahap yaitu plasmogami (peleburan plasma), karyogami (peleburan
nukleus), dan meiosis. Kedua cara reproduksi tersebut menghasilkan spora. Oleh
karena itu, spora ada yang diproduksi secara seksual maupun aseksual. Contoh spora
yang diproduksi secara seksual adalah askospora, basidiospora, dan zigospora. Spora
yang diproduksi secara aseksual misalnya arthrospora klamidospora
sporangiospora/spora konidiospora/konidia dan zoospo Reproduksi seksual dan
aseksual pada kapang dapat dilihat secara garis Menurut Alexopoulus (1996)
Deuteromycota sudah tidak ada dalam kingdom fungi. Siklus reproduksi seksual dan
aseksual pada jamur Reproduksi seksual melibatkan 3 tahap yaitu plasmogami
(peleburan plasma), karyogami (peleburan nukleus), dan meiosis. Kedua cara
reproduksi tersebut menghasilkan spora. Oleh karena itu, spora ada yang diproduksi
secara seksual maupun aseksual. Contoh spora yang diproduksi secara seksual adalah
askospora, basidiospora, dan zigospora. Spora yang diproduksi secara aseksual
misalnya arthrospora , klamidospora (sporangiospora/spora (konidiospora/konidia (,
dan zoospora

3 a Teknik inokulasi adalah teknik Memindahkan

kultur dari medium lama ke medium baru. Tujuan utama dari
inokulasi adalah mendapatkan kultur murni yang
tidakterkontaminasi dengan mikroba lain yang tidak
diinginkan. Prinsip dari teknik inokulasi adalah
memisahkan koloni bakteri ke media lain agar
mempermudah identifikasi bakteri. Teknik inokulasi
memiliki ketelitian yang sangat tinggi sehingga dapat
diperolah biakan mikroorganisme yang benar-benar murni.
Inokulasi digunakan untuk definisi spesifik pengenalan
mikroorganisme dalam suatu kultur di mana mereka akan
dapat tumbuh dan berkembang biak

3 b Krioprotektan merupakan senyawa yang penting ditambahkan dalam surimi, karena

berfungsi sebagai pencegah denaturasi protein selama masa pembekuan atau
penyimpanan beku (Nielsen dan Piegott 1994). Pada pengolahan surimi, senyawa yang
umumnya digunakan sebagai krioprotektan adalah sukrosa (Yoon dan Lee 1990).
Namun, penggunaan krioprotektan ini menimbulkan masalah yaitu rasa yang terlalu
manis pada produk akhirnya (Carvajalet al.,1999). Adapun beberapa penelitian terkait
masalah tingkat kemanisan pada surimi, yaitu dengan menggunakan alternatif gula lain
sebagai krioprotektan. Pan et at.(2010) mengatakan bahwa trehalosa (6%) ditambah
polifosfat (0,3%) menunjukkan efek perlindungan paling besar pada grass carp surimi
lebih dari kombinasi sukrosa (4%) dan sorbitol (4%) selama 25 minggu penyimpanan
beku. Penggunaan ikan sebagai bahan baku Penggunaan ikan sebagai bahan baku surimi
bertujuan untuk mempermudah pengolahan produk selanjutnya, seperti kamaboko, crab
stick, bakso, sosis, dll. Surimi memiliki beberapa kelebihan yaitu memiliki kandungan
protein fungsional tinggi, memiliki umur simpan hingga 1 tahun dan dapat memanfaatkan
ikan ekonomis dan non-ekonomis
sebagai bahan baku, serta banyak variasi produk olahan berbahan dasar surimi yang
dapat diproduksi dengan alternatif bentuk dan kualitas rasa (Santoso, 2011). Ikan yang
umumnya digunakan untuk membuat surimi di pabrik adalah ikan kurisi dan mata lebar.
Selain ikan tersebut, jenis ikan lain juga dapat digunakan sebagai bahan baku surimi
asalkan memiliki protein tinggi, lemak rendah serta berdaging putih, seperti ikan tiga
waja (Nibea soldado). Ikan tiga waja (Nibea soldado) memiliki protein sekitar 18% dan
lemak 0,03% (Bhattacharya et al.,2012). Selain kelebihan tersebut, ikan tiga waja
memiliki kelemahan, yaitu merupakan ikan dengan nilai ekonomi rendah, karena rasanya
yang kurang nikmat dan pemanfaatan ikan tiga waja yang kurang maksimal. Dengan
melihat kelebihan dan kelemahannya, maka penggunaan ikan tiga waja sangat sesuai
dijadikan bahan baku surimi dan akan memiliki dampak positif yaitu dapat meningkatkan
nilai ekonominya.