Mikrobiologi Kedokteran Dasar
Mikrobiologi Kedokteran Dasar
Dasar
mochammad hatta@2015
SEJARAH MIKROBIOLOGI
Konsep dasar mikrobiologi untuk memecahkan
masalah :
Problem awal mula kehidupan (the origin of
life)
Pembusukan material organik yang mati
mochammad hatta@2015
Prinsip atau dasar penjangkitan
Invisible Creatures (makhluk tak terlihat) di rekam
oleh Varro pada abad II B.C. (Sebelum Masehi) --
dikenali oleh penulis-penulis bangsa Yunani, bangsa
Romawi dan bangsa Arab. Roger Bacon, di abad XIII –
seribu tahun kemudian mempostulasikan Invisible
Creatures sebagai penyebab penyakit
mochammad hatta@2015
Galileo Galilei was a Italian physicist, mathematician, astronomer, and
philosopher who played a major role in the Scientific Revolution. His
achievements include improvements to the telescope and consequent
astronomical observations.
mochammad hatta@2015
The Father of
Microbiologist
mochammad hatta@2015
Observasi Pertama terhadap Bakteri
Robert Hooke, 1678 , UK, yang membuat
mikroskop berlensa majemuk, mengkonfirmasikan
penemuan Leeuwenhoek tersebut. kemudian,
mikroba kadang- kadang dipelajari oleh orang-
orang yang terutama tertarik dalam
pengklasifikasian berbagai bentuk kehidupan yang
dapat diobservasi dengan mikroskop.
mochammad hatta@2015
Robert Hooke
microscope
mochammad hatta@2015
Generation Spontanea (Abiogenesis)
Kontroversi (perdebatan) mengenai kemampuan
manusia untuk menciptakan kehidupan bersumber
dari mitologi (mythology, ilmu cerita purbakala)
bangsa Yunani.
Aristotle (384 – 322 BC) berpendapat bahwa hewan
dapat berasal dari tanah
Samson, dan kemudian Virgil, kira-kira di tahun 40
BC, menguraikan resep untuk membuat lebah dari
madu.
Selama berabad-abad terdapat kepercayaan bahwa
ulat-ulat dapat dibuat dengan jalan memaparkan
daging ke suasana hanya di dalam udara. Hal
ini tidak mendapat sanggahan untuk sekian lamanya
mochammad hatta@2015
Aristoteles (bahasa Yunani: ‘Aριστοτέλης Aristotélēs), (
384 SM – 322 SM) adalah seorang filsuf Yunani, murid
dari Plato dan guru dari Alexander yang Agung.Ia
menulis tentang berbagai subyek yang berbeda,
termasuk fisika, metafisika, puisi, logika, retorika,
politik, pemerintahan, etnis, biologi dan zoologi.
Bersama dengan Socrates dan Plato, ia dianggap
menjadi seorang di antara tiga orang filsuf yang paling
berpengaruh di pemikiran Barat
Mahluk hidup bersal dari tanah
mochammad hatta@2015
Penemuan Peran Mikrobia sebagai
Penyebab Penyakit
Tahun 1813 dibuktikan jamur tertentu dapat
menyebabkan penyakit pada gandum
mochammad hatta@2015
Sanggahan teori generatio
spontaneous/abiogenesis
Frencesca Redi (1626– 1697) membuktikan bahwa gauze
(rem kawat) yang diletakkan di atas sebuah stoples (jar), yang
mengandung daging, mencegah pembentukan ulat- ulat
(maggots) dari daging tersebut
Redi juga mengamati bahwa lalat, yang tertarik oleh bau daging
melalui rem kawat tersebut, bukan dari daging
mochammad hatta@2015
Francesco Redi (1626 – 1697) was an Italian
physician, naturalist, and poet.
He was the first scientists to challenge the theory
of spontaneous generation by demonstrating that
maggots come from eggs of flies.
He was also the first to recognise and correctly
describe details of many important parasites, and
for this reason, as many historians and scientists
claim, he may rightly be called the father of
modern parasitology, and also regarded as the
founder of experimental biology
mochammad hatta@2015
Sanggahan teori generatio
spontaneous/abiogenesis
John Needham (salah seorang propenent atau penganut teori
generatio spontanea) di tahun 1749, mengamati timbulnya
mikroorganisme pada daging yang membusuk dan
menginterpretasikannya sebagai generatio spontanea atau
abiogenesis
mochammad hatta@2015
John Needham
English microscopist who performed
experiments on spontaneous generation in
mutton broth and hay infusions.
mochammad hatta@2015
Lazzaro Spallanzani, also an Italian
scientist, reviewed both Redi's and
Needham's data and experimental design
and concluded that perhaps Needham's
heating of the bottle did not kill everything
inside
mochammad hatta@2015
Sanggahan teori generatio spontaneous/abiogenesis
mochammad hatta@2015
Percobaan dari Franz Schulze
(1815 – 1873) dan Theodor
Schwan (1810 – 1882)
mochammad hatta@2015
Sanggahan teori generatio spontaneous/abiogenesis
mochammad hatta@2015
Percobaan von Dusch & Schroeder (1850)
mochammad hatta@2015
Sanggahan teori generatio
spontaneous/abiogenesis
Louis Pasteur sanggup menyaring mikroorganisme
dari udara dan berkesimpulan bahwa inilah sumber konstaminasi. Dia
menggambarkan suatu teknik aseptik, dengan menggunakan panas
(heat), agar dapat mentransfer dan mengerjakan mikrobanya, dan pada
akhirnya,
mochammad hatta@2015
Percobaan Louis Pasteur
(1822 – 1895) was a French chemist and microbiologist who was one of the most
important founders of medical microbiology.
1. Kontaminant
tertinggal
mochammad hatta@2015
2. Steril broth
Akhir dari teori generatio
spontaneous/abiogenesis
mochammad hatta@2015
Percobaan John Tyndall
(1820 – 1893) was a prominent 19th century physicist
and chemistrist.
a. Observasi empiris
Dasar yang kuat bagi sifat kausal daripada
mochammad hatta@2015
Agostino Bassi, sometimes
called de Lodi (1773 -1856,
in Lodi), was an Italian
entomologist.
mochammad hatta@2015
Teori Bibit Penyakit
(The Germ Theory of Disease)
b. Pelajaran Yang Didapat dari Fermentasi
Pengungkapan lebih lanjut terhadap aktivitas mikroba adalah melalui
Dalam kelompok atau partai anggur yang baik maka jenis-jenis “ferment”
yang jelek dari perahan air buah segar dengan jalan memanaskan pada
suhu 63°C 1 ½ jam, kemudian didinginkan dan diinokluasi kembali
dengan biakan dari yang baik.
Koch, seorang mahasiswa dari Henle yang berpegang teguh pada pembuktian bahwa
organisme menyebabkan penyakit, juga mengembangkan dan menyempurnakan teknik-
teknik untuk pengasingan kultur murni. Dari hasil pekerjaan orang-orang lain,
teristimewa Ehrlich, Koch menggunakan substansi cair yang steril dari mata hewan-
hewan sebagai medium pertumbuhan. Karena medium ini banyak kendalanya, maka
Koch beralih di pengembangan medium ini banyak kendalanya, maka Koch beralih ke
pengembangan medium pertumbuhan yang padat yang transparan, dengan jalan
mencampurkan gelatin dengan larutan Pepton Loffler. Campuran gelatin tersebut
mencair pada pemanasan, dapat disterilisasi panas dan tuang ke dalam plate (misalnya
lempeng petri), dan terhadap pendinginan, medium memadat (menjadi padat).
mochammad hatta@2015
Postulat Koch itu memberikan dorongan dan
jalan untuk pembuktian The germ theory of
disease.
Periode 20 tahun sesudah upaya Koch (Germany) tersebut adalah merupakan tahun
Golden Age of Bacteriology (masa/periode emas) dari bakteriologi. Sampai pada
tahun 1900 hampir semua organisme- organisme dari penyakit bacterial yang
penting telah diuraikan, termasuk anthrax ( Bacillus anthracis), diphtheria
(Corynebacterium diphtheriae), typhoid fever (Salmonella typhi), gonorrhea
(Neisseria gonorrhoeae), gasgangrene (Clostridium perfringens), tetanus atau
lockjaw (Clostridium tetani), dysentery (Shigella dysenteriae), syphilis (Treponema
pallidum), dan lain-lain mochammad hatta@2015
STRUKTUR DAN
MORFOLOGI BAKTERI
mochammad hatta@2015
Struktur Bakteri
FLAGELLA
FIMBRIAE
CAPSULE
CELL WALL
PLASMA
MEMBRANE
CYTOPLASMA
NUCLEAR BODY
CONTAINING DNA
mochammad hatta@2015
NUCLEAR BODIES
• STAINING AND UNSTAINING - SAME BY USUAL METHODS
• REACT POSITIVE TO “FEULGEN TEST” FOR DNA
• GENETIC FUNCTIONS -- GENE EXPRESSIONS
CYTOPLASMA
• NUMEROUS SMALL GRANULES CALLED “RIBOSOMES’
• DIAMETER OF RIBOSOMES IS 10 - 30 uM
• SOME BACTERIA CONTAINING INCLUSION GRANULES
• CELL METABOLISM FUNCTIONS ---- NUTRIENT RESERVE ----
UNDER CONDITIONS OF ENERGY-SOURCE STARVATION
• VOLUTIN GRANULES (SYN. METACHROMATIC OR BABES
ERNEST GRANULES) -- CORYNEBACTERIUM DIPHTERIAE
• SPECIAL METHODS FOR STAINING -- “NEISSER” STAINING
mochammad hatta@2015
CYTOPLASMIC MEMBRANE
• CONSIST MAINLY LIPO-PROTEIN --- 5- 10 uM THICK
• EXAMINED BY ELECTRON MICROSCOPE -ULTRATHIN
SECTION
• CONTAIN RESPIRATORY ENZYMES & PIGMENTS
(CYTOCHROME SYSTEM)
• ENZYME OF TRICARBOCYLIC CYCLE & POLYMERASE ENZYME
CELL WALL
• 10 - 25 uM THICK --- 1 um DIAMETER --- < 10.000 MOLECULAR
WEIGHT
• LYSIS BACTERIA --- LETHAL DISINTEGRATION & DISSOLUTION
• PLAYS AN IMPORTANT PART IN BACTERIAL DIVISION
• BASAL COMPONENTS ; MUCOPEPTIDE, TEICHOIC ACID, LPS
(ENDOTOXIN)
mochammad hatta@2015
CAPSULES
• SOLID MATERIAL : POLYSACCHARIDE, POLYPEPTIDE, PROTEIN
• DEMONTRATION BY “NEGATIVE STAINING” --- INDIA INK
• ENTEROBACTERIACEAE : CAPSULAR ANTIGEN (K ANTIGEN)
• FUNCTION : PROTECTIVE AGAINST BACTERIOPHAGES, COLICINES,
LYSOZYME, LYTIC ENZYMES
FLAGELLA
• ACT AS ORGAN LOCOMOTION (MOTILITY)
• 0.02 uM THICK --- 1- 20 FLAGELLA/ BACTERIA -- PERITRICHOUS,
LATERAL, POLAR
• FLAGELLINE ANTIGEN (SALMONELLA TYPHI) -- Vi ANTIGEN
FIMBRIAE
• CERTAIN GRAM NEGATIIVE BACILLI --- ENTEROBCTERIACEAE
• FUNCTION AS ORGANS OF ADHESION
mochammad hatta@2015
Schematic Representation of Bacterial Cell Walls
mochammad hatta@2015
GROWTH OF BACTERIA
STATIONER PHASE
TOTAL BACTERIA
LOG OF COUNT
DECLINE PHASE
LAG PHASE
TIME
mochammad hatta@2015
BIOLOGICAL CLASSIFICATION
• CLASS SCHIZOMYCETES :
1. ORDER PSEUDOMONADALES : FAMILY PSEUDOMONADACEAE
--- GENERA PSEUDOMONAS -- SPECIES P.AERUGINOSA
mochammad hatta@2015
• CLASS MICROTATOBIOTES
1. ORDER RICKETTSIALES : FAMILY RICKETTSIALES
--- GENERA RICKETTSIA -- SPECIES R. PROWAZEKII
2. ORDER VIRALES
mochammad hatta@2015
BACTERIAL NUTRITION
n THE CARBON SOURCE FOR GROWTH
-- CHEMO-SYNTHETIC AUTOTROPS OR PHOTOSYNTHETIC
AUTOTROPS
n THE NITROGEN SOURCE OF GROWTH
-- AMINO ACIDS AND NUCLEOTIDES
mochammad hatta@2015
NUTRITIONAL EVOLUTION
mochammad hatta@2015
• THE INFLUENCE OF CARBON DIOXIDE
mochammad hatta@2015
Effect Neurotoxin of
clostrodium tetani
mochammad hatta@2015
THE INFLUENCE OF MOISTURE AND OF DESICCATION
FOUR-FIFTHS BY WEIGHT OF THE BACTERIAL CELL CONSISTS
OF WATER AND AS, IN THE CASE OF OTHER ORGANISM,
MOSITURE IS ABSOLUTELY NECESSARY FOR GROWTH
mochammad hatta@2015
METABOLIC FUNCTIONS OF THE VITAMIN B GROUP
mochammad hatta@2015
1. Fermentasi asam homolaktat (beberapa streptococcus dan
lactobacillus
NADH NAD
asam piruvat asam laktat
2. Fermentasi beralkohol (khamir)
NADH NAD
Asam piruvat asetildehide etil alkohol
CO2
3. Fermentasi asam campuran (E.coli dan beberapa bakteri saluran
pencernaan yang lain
NADH NAD
Asam piruvat Asam laktat
CO2
Asetil oksalat Asetil-CoA + Asam format
NADH NADH
NAD NAD
Asam suksinat Etil alkohol Asam asetat H2 +
CO2 mochammad hatta@2015
4. Fermentasi glikol-butelin (Enterobacter, Bacillus,
Pseudomonas) Fermentasi ini menghasilkan sejumlah kecil
produk akhir yang sama dengan fermentasi campuran asam,
tetapi sebagai tambahan, sebagian besar asam piruvat diubah
menjadi 2,3-glikol butilen seperti terlihat di bawah.
2-Asam oksaloasetat
2CO2
(terikat enzim) 2- Asam suksinat
2-Propionil-CoA CoA
2-Asam propionat 2-
Suksinil-CoA
2- Metil malonil-CoA
mochammad hatta@2015
6. Asam butirat, butanol, fermentasi aseton
(Clostridium) 4CO2
4-Asam piruvat 4-Asetil-CoA Asam
asetat
NADH
CO2
NAD
Aseton 2-Asetoasetil-CoA Etil
alkohol
NADH
NAD
Isopropil alkohol 2-Krotonil-CoA
NADH
NAD
2-Butiril-CoA
NADH
mochammad hatta@2015
Klasifikasi berdasarkan energi dan sumber karbon
SUMBER
KELOMPOK SUMBER ENERGI
KARBON
Oksidasi senyawa
Kemoheterotrof Organik
organik
Oksidasi senyawa
anorganik :
Kemoautotrof seperti Amoniak, CO2
sulfida dan seyawa
besi
Fotoheterotrof Cahaya Organik
Fotoautotrof Cahaya CO2
mochammad hatta@2015
Transport elektron dan fosforilasi oksidatif
berdasarkan model kemiosmosis Mitchell.
Membran bakteri NADH +
H +
NADH dehidrogenase
H
H + Flavop S t+ein
FerH
o
CoQ e
H +
CoQ-H
Sit CoQ-H H+
.b
H +
CoQ-H2 H+
FeS
sit c O2 + H+
e
sit a a3
H2O
ADP ATPase
Saluran protein
2H+ +
Pi ATP
mochammad hatta@2015
Fotosintesis tumbuhan hijau
NADP
Freedoksin
NADPH
Sitokrom b
ADP e-
ATP
Sitokrom f e- Sitokrom e- Quinom
ADP H2O 2e - +
H+ +1/2Oe2
ATP
Cahaya Klorofil Cahaya Klorofil
Fotosistem I
Fotosistem II
mochammad hatta@2015
Pembentukan ATP dan NADH ole Nitrosomonas
yang autotrof
ATP
Cyt a3
NADP + H+
ADP
ADP
ATP
H2O
NADPH
mochammad hatta@2015
Jalur Embden-Meyerhof untuk disimilasi glukosa
Glukosa (enam karbon)
ATP
ADP
Glukosa 6-fosfat
Fruktosa 6-fosfat
ATP
ADP
Fruktosa 1,6-difosfat
Dihidroksiaseton Gliserildehide 3-fosfat (tiga karbon)
fosfat 2NAD
penerima H terkahir 2NADH
(2) 1,3-Asam difosfogliserin
2 ADP
2 ATP
(2) 3-Asam fosfogliserin
Produk akhir
mochammad hatta@2015
Ikatan Peptida mengkaitkan asam amino menjadi satu untuk
membentuk protein besar
NH2 OH NH2
Alanin serin
CH3CHCOOH + H2O
NH
ikatan peptida
C O
CH NH2
CH2OH
Dipeptida
alanin dan serin
mochammad hatta@2015
CH2 OOC4H7
lipase
CH OOC4H7 + 3H2O
CH2 OOC4H7
tributrin
CH2OH
mochammad hatta@2015
Thiobacillus (oksidasi belerang)
2S + 3O2 + 2H2O 2H2SO4
COOH COOH
COOH CH2 CH2
C O HO C COOH C COOH
CH2 CH2 CH
COOH COOH COOH
Asam oksaloasetat Asam sitrat Asam cis-akonitat
NADH + H 2O
NAD
COOH COOH
HCOH CH2
CH2 HC COOH
COOH HOCH
COOH
Asam malat Asam isositrat
mochammad hatta@2015
Asam Malat Asam isositrat
NAD
CO2
NADH
ADP ATP
COOH
COOH COOH COOH
FADH2 FAD GTP GDP CoA CH 2
CH CH2 CH2
CH2
CH CH2 CH2 CO2
CoA NADH NAD C 0
COOH COOH CO SCoA
COOH
Asam
keto- fumarat Asam suksinat Suksinil-CoA Asam -
glutamat
mochammad hatta@2015
MICROBIAL VIRULENCE
• LOSS OF VIRULENCE : WHEN KEPT IN ARTIFICIAL MEDIUM
--- MEASUREMENT OF VIRULENCE CONSISTS OF TESTING FOR
ABILITY TO INFECT, WITH OBSERVABLE CONSEQUENCES,
“NORMAL” ANIMALS SUCH AS A STANDARD STRAIN MICE
mochammad hatta@2015
Tes virulensi
Untuk mengetahui strain toxigenik
(menghasilkan toksin) dan non-toxigenik
(tidak menghasilkan toksin).
Tes ELEK (invitro) :
mochammad hatta@2015
• Tes in-vivo
4 hari
Tetap hidup
250 ug antitoksin
(s.c.)
2 jam Basil difteri pasien (s.c.)
Marmot Mati
4 hari
Kesimpulan :
Basil difteri penderita mengandung toksin
mochammad hatta@2015
• Tissue culture (Biakan jaringan)
Biakan
Lihat dibawah mikroskop
18 jam
* jaringan mati :
Jaringan dalam medium basil menghasilkan
RPMI 1640 + HBSS + PBS toksin
( Complete medium) * jaringan hidup :
Basil tidak menghasil
kan toksin
Masukkan basil difteri
pasien
mochammad hatta@2015
Gram positive (blue) and Gram negative (red) cocci
mochammad hatta@2015
Staphylococcus
epidermidis
(novobiocin
susceptible,
upper)
Staphylococcus
saprophyticus
(novobiocin
resistant, lower)
mochammad hatta@2015
Staphylococcus
aureus culture on
blood agar
mochammad hatta@2015
Streptococcus
pyogenes (group A)
shows β-hemolysis
on blood agar
(upper left)
Streptococcus
pneumoniae shows
α-hemolysis (right)
Enterococcus not
produce hemolysin
(lower left)
mochammad hatta@2015
Enteric bacteria
on MacConkey
agar
Lactose-positive
bacteria show
pink colonies
(upper left)
Lactose-negative
bacteria have
colorless
colonies (lower
right)
mochammad hatta@2015
Biochemical reactions for identification of a fresh
enteric bacterial isolate by the API 20E procedure
mochammad hatta@2015
Black
colonies of
Salmonella
after growth
on bismuth
sulfite agar
mochammad hatta@2015
Clostridium
perfringens
Shows double
zones of
hemolysis
surrounding
colonies after
incubation
anaerobically on
blood agar
mochammad hatta@2015
Respiratory syncytial infection of cells in nasopharyngeal aspirate
is revealed by immunoflourescence
mochammad hatta@2015
Powassan virus antigen surrounding infected cells of mouse brain is revealed by immunoperoxidase staining
mochammad hatta@2015
Contagious Pustular
Dermatitis (ORF)
a. ORF lesion on
forefinger
b. Electron micrograph
of ORF virion
mochammad hatta@2015
Microsporum
canis colony on
Sabouraud’s
agar
mochammad hatta@2015
Microsporum canis macroconidia (spore)
mochammad hatta@2015
Dermatophyte hyphae in KOH preparation of skin
scraping
mochammad hatta@2015
Microsporium gypseum macroconidia (spore)
mochammad hatta@2015
Histoplasma
capsulatum
macroconidia
mochammad hatta@2015
Trichopyton rubrum colony on Sabouraud’s agar
mochammad hatta@2015
Coccidioides immitis. Arthrospores after culture
mochammad hatta@2015
Coccidioidomycosis. Lung section shows sporangiospore
mochammad hatta@2015
Aspergillus fumigatus colony on Sabouraud’s agar
mochammad hatta@2015
Cryptococcus neoformans. Budding yeast surrounded by the large
mucoid capsule is demonstrated by negative staining with nigrosin
mochammad hatta@2015
Aspergillus fumigatus conidiosphores
mochammad hatta@2015
Ziehl Neelsen staining from sputa
before decontamination
mochammad hatta@2015
Ziehl Neelsen staining from sputa after
decontamination
mochammad hatta@2015