Lecture 9

Prinsip Bioteknologi Molekuler

FARMASI – UHAMKA

Etin Diah Permanasari

 Prinsip Bioteknologi Molekuler

a. DNA & Kromosom

b. Replikasi DNA

c. Dari gen ke protein (Transkripsi  Translasi)

d. Gel Electrophoresis

e. Analisis Restriksi

f. PCR

g. Sequencing
 Konsep Sel
• Prokariot

• Eukariot

Ciri Prokariot Eukariot

Membran inti sel Tidak mempunyai Mempunyai

Jumlah kromosom 1 >1

Bentuk kromosom Bulat (sirkuler) Linier (lurus)

Mitokondria Tidak ada Ada

Mitosis & Meiosis Tidak ada Ada

Genom Prokariot
Genom Eukariot
Journey in to DNA.swf
DNA
DNA
DNA
Chromosomes, Eukarotic
Chromosomes, Bacterial

Note: Closed, Circular, Singular, and Haploid

Gene

E. coli = 5 million bp
Phage T4 = 170,000 bp
 Big Difference between many Eucaryotes and most Bacteria:
AllelesBacteria, as Haploids, Express all of their Alleles

• Alleles simply are different Nucleotide Sequences found

at the same Location on Different Chromosomes
• Usually the differences are quite subtle, e.g., one or two
nucleotides different
Central Dogma of Molecular Biology
The Central Dogma
Alir Informasi Genetik
Replikasi DNA
Kemungkinan Replikasi DNA
Replikasi DNA semikonservatif
Replikasi DNA
Gen 
Protein
Gen  Protein
Overview : Prokariot
Overview : Eukariot
Gel Electrophoresis
 Prinsip
• Pemisahan fragmen DNA menurut ukuran, yang dilakukan
pada suatu medium gel yang ditempatkan pada suatu
medan elektrik

• DNA bermuatan negatif karena muatan Posfat dibagian luar

struktur

• DNA akan bergerak menuju elektroda bermuatan positif

(anoda)

• Ukuran DNA kecil akan cepat bergerak dan posisinya paling

jauh, sementara DNA besar akan bergerak lambat dan
posisinya paling dekat dari sumuran sampel

• Medium gel yang digunakan adalah Agarose

Pembuatan Gel Agarose
Gel Elektroforesis
Analisis Restriksi
 Pemotongan DNA

• Dilakukan oleh enzim DNA endonuklease yang akan memotong DNA

pada situs dengan sekuens basa tertentu (situs restriksi)
• Sekuens basa yang dikenali oleh enzim DNA endonuklease bersifat
palindrom
• Enzim DNA endonuklease secara alami:
1. Terdapat pada semua bakteri
2. Berfungsi untuk menghancurkan (restrict) DNA virus
3. Satu enzim DNA nuklease hanya akan memotong DNA pada satu
sekuens basa spesifik

• Dua macam DNA endonuklease:

1. Memotong lancip (stagered end, flanking end, sticky end)
2. Memotong tumpul (blunt end)
Pemotongan DNA
 Penamaan enzim restriksi

Genus Epiteton specificum Strain

Escherichia coli RY13

E co R I Nomor
enzim yang
dihasilkan
 Enzyme Source

EcoRI Esccherichia coli RY13

HaeIII Haemophilus aegyptius

HindIII Haemophilus influenzae Rd

HpaII Haemophilus parainfluenzae

TaqI Thermus aquatius
 Enzim Restriksi
Source microorganism Enzyme Recognition Site Ends
produced
Arthrobacter luteus Alu I AGØCT Blunt
Bacillus amyloiquefaciens H Bam HI GØGATCC Sticky
Escherichia coli Eco RI GØAATTC Sticky
Haemophilus gallinarum Hga I GACGC(N)5Ø Sticky
Haemophilus infulenzae Hind III AØAGCTT Sticky
Providencia stuartii 164 Pst I CTGCAØG Sticky
Nocardia otitiscaviaruns Not I GCØGGCCGC Sticky
Staphylococcus aureus 3A Sau 3A ØGATC Sticky
Serratia marcesans Sma I CCCØGGG Blunt
Thermus aquaticus Taq I TØCGA Sticky

39
Restriksi Endonuklease