BIOKIMIA DASAR I

Prof. Dr. SARYONO BIDANG BIOKIMIA, JURUSAN KIMIA FMIPA UNIVERSITAS RIAU

KONTRAK KULIAH
Waktu: Rabu jam13.10 -15.40 (toleransi 10 menit) Jumlah tatap muka: 16 kali (kuliah ke 4 ada kuis/tugas, 8 UTS, kliah ke 12 ada kuis/tugas dan kuliah ke 16 UAS) Sistem penilaian: kuis 2 X 10%, UTS 40% dan UAS 40% Bahan: I.Pendahuluan, Falsafah Biokimia dan Fungsi Organel Sel; Asam amino dan Peptida; Protein; Enzim; Karbohidrat dan Lipid; Kofaktor dan Vitamin; Asam Nukleat Referensi: Biokimi Lehinger dan Biokimia Strayer Pekanbaru, 19 September 2012 Dosen : Prof. Dr. Saryono (085265203040, saryono_ur@yahoo.com) Ketua Kelas : Habib Dyatama Praja

FALSAFAH BIOKIMIA DAN FUNGSI ORGANEL SEL

BIOKIMIA MEMPERLAJARI PROSES KIMIA YANG TERJADI DI DALAM ZAT HIDUP HASIL PENELITIAN MENUNJUKAN BAH SEL HIDUP DIBANGUN OLEH KUMPULAN ZAT TAKHIDUP KOMPONEN SEL HIDUP DAPAT DIPELAJARI DAN DIISOLASI DENGAN CARA-CARA FISIKO KIMIA BIASA KOMPONEN ZAT TERSEBUT BERCAMPUR DAN BERINTERAKSI SATU SAMA LAIN MEMBENTUK SUSUSNAN YANG RUMIT TETAPI TERORGANISIR DENGAN RAPI MENGSILKAN SUATU FUNGSI DALAM SEL HIDUP

CIRI ZAT HIDUP

SUSUNAN MOLEKUL RUMIT DAN TERORGANISIR DENGAN RAPIH YANG MERUPAKAN STRUKTUR MOLEKUL ORGANIK KOMPLEK SETIAP ORGANISME MEMEILIKI STRUKTUR YANG BERBEDA SATU SAMA LAIN SETIAP KOMPONEN ZAT HIDUP MEMILIKI FUNGSI BERBEDA SATU SAMA LAIN, SEPERTI INTI SEL, ORGANEL-ORGANEL DLL

SEL
Sel adalah unit terkecil dari kehidupan, oleh sebab itu memerlukan energi untuk melangsungkan berbagai proses metabolisme (pertumbuhan, perbaikan dan reproduksi) Semua reksi kimia yang terjadi di dalam sel dikatalisis oleh enzim Struktur setiap enzim (protein lainnya) dikodekan oleh satu segmen DNA yang disebut Gen

Lanjutan Sel
Berdasarkan sumber karbon/ energinya, sel tebagi atas autotrof dan heterotrof, fototrof dan chemotrof Glikolisis: proses perubahan gula (glukosa) menjadi 2 molekul piruvat Setelah glikolisis: bisa terjadi fermentasi atau respirasi Fermentasi: proses tanpa O2, mengahsilkan asam atau alkohol Respirasi: penguraian secara sempurna untuk menghasilkan energi (ATP)

ASAM AMINO
COOH H2N C R H

STRUKTUR ASAM AMINO TERDAPAT SEKITAR 3000 MOLEKUL PROTEIN PADA E. COLI, SEKITAR 5JT PROTEIN PADA MANUSIA, DAN TIDAK SATUPUN YANG MEMILIKI STRUKTUR YANG SAMA DGN PROTEIN PADA E.COLI, WALAUPUN FUNGSINYA SAMA. SEKITAR 1.200.000 SPESIES YANG ADA DI BUMI DIPERKIRAKAN 1010 10 SAMPAI 1012 JENIS PROTEIN SEMUA PROTEIN DIBANGUN OLEH MOLEKUL DASAR YANG SAMA YAITU ASAM 20 AMINO, YANG TERIKAT SECARA KOVALEN DENGAN URUTAN YANG KHAS

STRUKTUR ASAM AMINO

SEPERTI NAMANYA ASAM AMINO MEMILIKI GUGUS ASAM (KARBOKSIL) DAN GUGUS AMINO YANG TERIKAT PADA ATOM KARBON YANG SAMA PERBEDAAN ASAM AMINO SATU DENGAN LAINNYA TERLETAK PADA GUGUS SAMPINGNYA (R), YANG MEMILIKI STRUKTUR, UKURAN, MUATAN LISTRIK DAN KELARUTAN BERBEDA.

ASAM AMINO Alanin Arginin Aspargin Asam Aspartat Sistein Glutamin Asam Glutamat Glisin Histidin Isolecin Leucin Lisin Metionin Fenilalanin Prolin Serin Treonin Triptofan Tirosin Valin

SINGKATAN TIGA HURUF Ala Arg Asn Asp Cys Gln Glu Gly His Ile Leu Lis Met Phe Pro Ser Thr Trp Tyr Val

SINGKATAN SATU HURUF A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V

Sifat Optik Aktif Asam Amino

Semua asam amino memiliki sifat optik aktif, karena memiliki atim karbon asimetris, kecuali glisin Asam amino yang ada dialam dan sebagai penyusun molekul protein pada umumnya stereoisomernya L Asam amino D juga ditemukan didalam mahluk hidup tetapi tidak sebagai penyusun protein Reaksi nonbiologis senyawa yang memiliki karbon asimetris selalu menghasilkan senyawa optik nonaktif karena produknya D dan L (campuran rasemik)

Penggolongan Asam Amino

Asam amino dapat digolongkan berdasarkan sifat gugus R, terutama polaritasnya (kecenderungan molekul tersebut berinteraksi dgn air pada pH biologis (7,0) Asam amino memiliki gugus R mulai dari non polar (hidrofob) sampai ke polar (hidrofil)

Phenilalanin (Phe) & Triptofan (Trp) non-polar Tirosin (Tyr) polar

Asam amino khusus

Selain 20 asam amino yang telah diketahui, ditemukan asam amino khusus pada protein tertantu 4-hidroksiprolin dan 5-hidroksi lisin yang ditemukan pada protein kolagen, N-metillisin ditemukan pada miosin (protein kontraktil), asam -karboksiglutamat pada trombin, dan desmosin suatu asam amino kompleks turunan lisin yang hanya ditemukan pada elastin

Asam Nukleat
Suatau nukleotida Sebagai informasi genetik (menyimpan, mentranskripsi dan mereplikasi) Berperan juga dalam metabolisme antara dan tranformasi energi Ada yang berperan sebagai ko enzim
Nukleotida: Basa Nitrogen, Mono sakarida C5 dab Asam Fosfat

Purin dan Pirimidin

Nukleotida
Merupakan ester fosfat dari Nikleosida Nukleotida mono, di dan tri fosfat Terdapat bebas didalam sel Nkleotida monofosfat sebagai pembentuk gen Nukleotida di dan tri fosfat sebagai pembawa energi dan atau sebagai carrier/koenzim spt UDP/ UDPG, CDP, FAD, NAD dll

Poli Nukleotida
DNA RNA

KARBOHIDRAT
SUMBER ENERGI UTAMA BAGI HEWAN DAM MIKROORGANISME PUSAT METABOLISME TANAMAN HIJAU DAN ORGANISME FOTOSINTETIK LAINYA PATI DAN GLIKOGEN PENYEDIA GLUKOSA BAGI HEWAN KARBOHIDRAT TAK LARUT SEBAGAI PENYANGGA SEL HEWAN DAN MIKROBA DLL

KH LANJUTAN
KH MERUPAKAN POLIHIDROKSI ALDEHID/KETON TERDIRI ATAS MONO, OLIGO DAN POLI SAKARIDA MONOSAKARIDA TERDIRI ATAS SATU POLIHODROSI ALDEHIN/KETON OLIGOSAKARIDA TERDIRI ATAS DUA ATAU TUGA MONOSAKARIDA POLISAKARIDA DIBANGUN OLEH RATUSAN ATAU RIBUAN UNIT MONOSAKARIDA SEPERTI SELULOSA DAN PATI SEBAGIAN ADA YANG MEMILIKI RANTAI BERCABANG SEPERTI AMILOPEKTIN UMUMNYA PENAMAAN BERAKHIRAN OSA

MONSAK: ALDOSA DAN KETOSA

UMUMNYA MEMILIKI RASA MANIS, LARUT DLM AIR, TDK LARUT DALAM PELARUT NON POLAR DAN BERUPA KRISTAL PADAT RUMUS EMPIRIS (CN2O)n , n3, MONOSAKARIDA BERIKATAN KARBON TUNGGAL DAN ATON C SALAH SATU CNYA BERIKATAN GANDA DGN ATOM O JIKA GGS KARBONIL BERADA DI IJUNG DISEBUT ALDOSA, KALAU DITENGAH KETOSA MON-SAK PALING SEDERHANA BERATOM C3 (GLISERALDEHID ATAI DIHIDRAKSI ASETON) DISEBUT TRIOSA....., TETROSA, PENTOSA, HEKSOSA DAN HEPTOSA (BISA DALAM BENTUK ALDO/KETO)

Monosakarida

Monosakarida
D-glukosa merupakan bentuk umum mono sakarida yang banyak terdapat di Alam Struktur bentuk lurus hanya terjadi pada triosa dan tetrosa, Monosakarida dengan aton C5 dan 6 biasanya dalam bentuk lingkar Reaksi ini merupakan reaksi umum antara aldehid dan alkohol membentuk hemiasetal intra molekul menjadi D-glukopiranosa Senyawa ini dapat membetuk anomer /

Gula Pereduksi
Monosakarida adan mereduksi senyawa pengoksidasi seperti: Cu+2, H2O2, FeCNS Gula dioksidasi pada gugus karbonil sehingga senyawa pengoksidasi menjadi tereduksi. Fenomena ini digunakan pada analisis gula pada darah dan urin khususnya pada penderita diabetes militus

Di-Sakarida
Disakarida terdiri atas dua monosakarida yang dihubungkan oleh ikatan kovalen. Ikatan kovalen antara monosakarida tersebut disebut ikatan glikosida Ikatan glikosida terbenti bila gugus hidroksil suatu monosakarida bereaksi dengan karbon anomer pada gula ke dua. Akatan glikosida segera akan terhidrolisa oleh asam tetapi tahan terhadap basa Disakarida yg banyak terdapat dialam: sukrosa, maltosa dan laktosa

Maltosa
Merupakan disakarida paling sederhana dan dibangun oleh dua unit D-glukosa yang dibangun satu ikatan glikosida antara C1 dari residu glukosa yang pertama dengan atom C4 dari glukosa yang ke 2, dengan konformasi Ikatan dilambangkan dengan (1-4) Maltosa merupakan gula pereduksi karena memeiliki gugus karbonil bebas. Residu glukosa ke 2 pada Maltosa bisa dalam bentu / Hidrolisis pati oleh air liur menghasilkan maltosa dgn gula ke 2 berbentuk , dimana amilase salifa spesifik untuk , yang selanjutnya dihidrolisis oleh maltase usus menjadi glukosa yang spesifik untuk ikatan (1-4). Bedannya dengan Selobiosa adalah ikatan (1-4) glikosida

Laktosa
KH yang terdapat pada susu Hidrolisisnya menghasilkan D-Glukosa dan DGalaktosa (di usus oleh laktese) Laktase sangat aktif pada bayi, dan bertahan pada suku eropa utara dan afrika, yang lainnya cederung menurun, bahkan banyak yg intoleran Laktosa tdk bisa diserap oleh usus, orang yang intoleran bila makan susu berlebih akan diare (beda dgn galaktosemia) Mesupakan disakarida p3ereduksi karena memiliki karbonil bebas pada molekul glukosa

Sukrosa
Disebut juga gula tebu dan dibangun oleh glukosa dan fruktosa melalui ikata (2-1) glikosida Bukan merupakan gula pereduksi Merupakan keanehan pada tanaman, krn pati dan selulosa dibangun oleg unit unit glukosa, tetapi sukrosa merupakan produk fotosintesis antaranya, dan merupakan bentuk tranpor utama gula dari daun ke bagian lain melalui vascular. Hal ini diduga merupakan cara aman untuk transpor dari serangna oksidatif Hewan tidak bisa menyerap sukrosa, tetapi di usus ada enzim invertase (suknosa)

Lanjutan sukrosa
Sukrosa merupakan disakarida termanis dan juga lebih manis dari glukosa Dengan semakin banyaknya permintan gula (sukrosa), maka orang berusaha membuat pemanis dari glukosa hasil hidrolisis pati jagung (USA) Glukosa di inversi menjadi fruktosa menggunakan glukosaisomerase menghasilkan campuran glikosa dan fruktosa yang 2,5 kali lebih manis dari glukosa Fruktosa bisa mengurangi kalori dan tidak menaikan gula darah secara drastis Sakarin 400 kali lebih manis dari sukrosa merupakan pemanis buatan yang tidak memberikan nilai kalori

Polisakarida (Glikan)
Polisakarida dialam dijumpai memiliki BM tinggi dan berperan sebagai cadanngan monosakarida dan sebagai struktural sel. Hidrolisis dgn asam maupun enzim akan menghasilkan monosakarida atau turunannya. Polisakarida ada dalam bentuk homopolisakarida spt pati dan heteropolisakarida seperti asam hialuronat/disakarida asam N-asetilhialobiuronat (polsak jaringan ikat tempat pengikatan kolagen)

Pati dan Glikogen:Polsak penyimpan

Pati pada tanaman (amilosa dan amilopektin) Glikogen pada hewan: polisakarida bercabang lebih banyak dari amilopektin shgg ikantan lebih kompak Memiliki gugus hidroksil terbuka sehingga gampang terhidratasi, bila diekstrak dengan air panas akan membetuk koloid Pati dan Glikogen dihidrolisis pada ikatan (1-4) di saluran cerna oleh amilase, tapi ikatan (1-6) tidak. Suatu inti yang tahan hidrolisis tersisa spt limitdekstrin, tetapi terhidrolisis oleh enzim pemecah cabang spt (16)glukosidase Dalam sel hewan glikogen di degradasi oleh gikogenfosforilase menhasilkan glukosa 6 fosfat

Selulosa:Polsak Struktural
Komponen struktural ekstrasel pada tanaman dan mikroba serta permukaan luar sel hewan Selulosa merupaka senywa seperti serabut, liat dan tidak larut dalam air. Dibangun 10.000 lebih unit D-Glukosa melalui ikatan (1-4) Glikosida Selulosa tidak bisa dicerna manusia, tetapi dapat di metabolisme oleh hewan ruminansia krn bakteri usus sapi dapat menghasilkan selulase menghasilkan glukosa Glukosa yg terbentuk difermentasi menjadi asam lemak rantai pendek, CO2 dan Metana. Asam lemak diserap oleh usus sapi dan digunakan sbg energi, CO2 dan Metana (2L/mnt) debebaskan sebagai sendawa yg hampir tidak terlihat Mikroba yg sudah menyelesaikan tugasnya dicerna oleh enzim yg disekresikan oleh dinding pluit (perut) sapi menghasilkan Glu, AA, dll yang akan diserap oleh usus

Contoh Poksak Struktural

Kerangkan dinding Sel Tumbuhan terdiri atas lapisan serat selulosa dan melebar yg disemen oleh lignin Dinding sel bakteri dari polisakarida panjang dan paralel yang dibangun (1-4) N-Asetil Glukosamin-asam N-asetil muramat Glikoprotein: protein yang mengandung Karbohidrat, yang membangun hampir semua protein ekstrasel hewan spt protein plasma darah, dan protein anti beku pada ikan cod yang mampu menghambat kristal es

LIPID
Senyawa organil non polar yang dapat di ekstrak dari sel dgn pelarut non polar Lemak/trigliserida merupakan lipid yang berperan sebagai bahan bakar sel Lipid polar merupakan komponen utama pada mebran sel, tempat terjadinya reaksi metabolik Membran mengandung banyak reseptor, enzim dan merupakan sistem transpor

lanjutan
Lipid memiliki fungsi biologis yang beragam Lipid dibangun oleh komponen asam lemak Asam lemak tidak terdapat bebas di dalam sel tetapi terikat pada berbagai lipid, dan dapat di hidrolisis dgn asam/enzim Hampi semua asam lemak beratom karbon genap, kebanyakan 16 dan 18 Ikatan ganda pada asam lemak umumnya dalam konfigurasi cis (lekukan kaku rantai alifatik) Asam lemak jenuh C12-14 bersifat padat pada suhu tubuh

triasilgliserol
TG: lipid paling sederhana dan paling banyak mengandung asam lemak, bersifat nonpolar (hidrofobik). Sebagai lemak penyimpan dan hampir tidak ditemui pada membran Trigliserida dinamai sesuai jumlah asam lemaknya (TG sesderhana:tripalmitin, tristearin, triolein dll) dan TG campuran Beberapa shortening dibuat dari lemak nabati dgn mengubah ikatan gandanya menjadi tunggal (hidrogenasi) sehingga menjadi padat. TG dari asam lemak tak jenuh mudah teroksidasi (autooksidasi) menyebabkan ketengikan Autooksidasi lemak takjenuh secara normal tidak terjadi didalam sel krn adanya vit E dan vit C pada membran, tetapi dapat terjadi pada penyakit tertentu yg menghasilkan deposit lipid abnormal

Lanjutan TG
TG sebagai lemak penyimpan terdapat di sitosol dan pada jaringan pengikat hewan (sel lemak) yang banyak ditemukan pada jaringan bawah kulit, rongga abdominal dan kelenjar susu kambing Pada obesitas, beberapa Kg TG disimpan dalam sel lemak tubuh yg cukup memenuhi energi tubuh sebulan.

lilin
Ester asam lemak rantai panjang dgn alkohol rantai panjang seperti pelapis kulit, kuku, rambut, wol, bulu dll, sehingga fleksibel

Fosfolipid
Fosfolipid berbeda dgn TG krn memeiliki gugus polar (Lipid Polar) Lipid polar yang paling banyak ditemukan pada sel adalah Fosfolipid Fosfolipid berperan sbg struktur membran sel, hapir tdk pernah disimpan dlm julmah banyak Fosfogliserida mengandung dua molekul asam lemak dan atom C ketiga dari molekul gliserol berikatan ester dgn asam fofat. Senyawa ini bersifat amfifatik dgn gugus kepala polar (hidrofilik) dan bagian ekor nonpolar (hidrofobik)

Spingolipid
Merupakan jenis lipid terbanyak kedua di dalam membran Memiliki kepala bersifat polar dan dua ekor non polar tetapi tidak mengandung gliserol (merupakan alkohol amino rantai panjang Terdapat 3 jenis spingolipid: spingomielin, serebrosida dan gangliosida

Spingolipid

Steroid
Merupakan turunan lipid yg tidak memiliki asam lemak sehingga tidak tersabunkan Merupakan lipid membran yang paling banyak adalah sterol (steroid alkohoh) seperti kolesterol Berisfat polar bada bagian kepala (ggs OH) dan nonpolar pada ekornya yang bersifat kaku

Kolesterol