Soedjatmoko dikenal sebagai cendekiawan Pelintas Batas pemikirannya sangat

beragam, tema-tema pemikirannya meliputi ilmu, pendidikan, kebudayaan, agama,

sejarah dan pembangunan.
1. Bidang ilmu dan pendidikan :
Soedjatmoko menegaskan pentingnya ilmu dan pendidikan diperhatikan untuk
kemudian mampu menghasilkan manusia Indonesia yang berkualitas. Yang disebut
manusia berkualitas adalah yang memiliki dengan sadar disiplin ilmiah, kritis dan
mampu menganalisis serta menyusun teori dengan tetap menjaga kejernihan serta
kejujuran dan keberanian ilmiah.
Perhatian Soedjatmoko terhadap lembaga pendidikan tidak hanya terbatas pada
tingkat perguruan tinggi, tetapi meliputi pendidikan dasar dan menengah, yang
dianggapnya sangat berperanan untuk dicermati karena kualitas ilmiah bangsa
sebagian penting tergantung dari tanggapan jiwa yang ditanam dan dipupuk pada
tingkat dasar dan menengah.
2. Bidang Kebudayaan
Pemikiran Soedjatmoko tentang kebudayaan meliputi kedinamisan kebudayaan yang
memiliki daya pendorong dan daya penentang perubahannya yang wujud
dialektikanya akan menunjukkan vitalitas dan pribadi bangsa serta kebudayaannya.
Politik dan ekonomi juga tak bisa dilepaskan dari permasalahan kebudayaan karena
keduanya sering menampakan diri dalam wujud budaya dan berpengaruh dalam
mengarahkannya.
3. Bidang Agama
Pemikiran Soedjatmoko tentang Agama sama seperti perhatiannya terhadap ilmu,
pendidikan dan kebudayaan. Agama dipandang berkait erat dengan berbagai persoalan
hidup. Bagi Soedjatmoko, Agama bertanggungjawab terhapa efek perkembangan ilmu
dan teknologi yang tidak selalu positif bahkan sering membawa malapetaka bagi
manusia.
Soedjamoko sangat yakin bahwa pendidikan agama akan dapat menumbuhkan fungsi
iman yang perwujudannya dalam bentuk amal. Inilah yang pada gilirannya nanti
mendorong untuk ikut terjun dan berperan sangat penting dalam pembangunan
bangsa.
4. Bidang Pembangunan
Dalam bidang Pembangunan, Soedjatmoko memaparkan bahwa pembangunan bangsa
bukan semata ekonomi, tetapi integral di segala bidang. Titik sentralnya tentang hal
ini adalah manusia dan daya kreatifnya dalam usaha pembangunan. Prosesi dan tujuan
akhir dari pembangunan haruslah kebahagiaan dan kebebasan manusia serta hak
pribadinya, tidak hanya sekedar sisi material semata-mata.