PAPER BIOINFORMATIKA

Filogenetik Bakteri

Disusun :

Santi Feronika Sijabat

141810401024

JURUSAN BIOLOGI

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM

UNIVERSITAS JEMBER

2017
1. Buka file Bioedit 1st_BASE_1968785_BDAB_B

Untuk melihat grafik yang jelas.

2. Klik Edit, kemudian Klik sequence as raw text

3. Kemudian paste di Microsoft Word

5. Blok grafik yang tidak bagus diawal grafik

6. Setelah itu lalu klik pada Word, kemudian paste dan

klik find text
 7. Akan muncul blok pada document tersebut, kemudian delete yang telah
ter-blok.

9. Kemudian lakukan langkah yang sama dari grafik yang tidak bagus diakhir
grafik, kemudian ctrl+c .

10. kemudian lakukan langkah 6 dan akan muncul blok yang akan didelete.
11. Maka akan muncul susunan yang benar
12. Lakukan kangkah yang sama untuk file Bioedit
1st_BASE_1968784_BDAB_A , maka akan didapat seperti pada
gambar.

13. Kemudian Blok dan krmudian copyyang ada di word klik File (di
bioedit) klik Import from clipboard

14. Kemudian ganti nama pada kolom menjadi Forward dan Reverse
15. Kemudian blok foward dan reverse, lalu klik sequence , klik paiewise
alignment, lalu klik Align two sequence (allow ends to slide), maka akan
muncul tampilan seperti digambar.

16. Kemudian klik Alignment, lalu klik Creat Consensus Sequence, maka akan
didapat Sequence hasil.
17. Kemudian klik Edit, lalu klik Copy Sequence To Clipboard, lalu klik Fasta
Format. Kemudian buka Ms. Word dan Paste dibawah DNA sebelumnya.
Maka akan didapat gambar seperti yang dibawah.

Sequence
Awal

Sequence Hasil
(Foward,Consensus
and Reverse)
18. Kemudian blok consensus dan copy ke kolom pada alamat
https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi , setelah langkah pilih

kemudian klik Blast maka akan didapat hasil seperti digambar.

19. Kemudian akan dilakukan langkah-langkah untuk mencari filogenetik.
Tentukan terlebih dahulu 10 bakteri yang akan dibuat poho filogenetiknya,
setelah itu pada bakteri pertama klik NR yang ada pada data (accesion),
maka akan muncul halaman seperti berikut.

20. Kemudian klik Fasta , dan

akan muncul gambar seperti berikut. Kemudian blok seluruh sequence dan
copy.
21. Setelah sequence di copy, maka buka aplikasi Notepad, dan masukkan
sequence yang telah dicopy, setelah itu hilangkan tulisan NR beserta kode
sehingga yang tesisa hanya nama bakterinya saja, setelah itu maka
dilakukan penghilangan 16S ribosomal RNA gene, partial sequence
22. Maka akan didapatkan gambar seperti dibawah, yang hanya menyisakan
nama bakteri, strange beserta sequencenya saja. Lakukan langkah-langkah
tersebut untuk bakteri berikutnya hingga ke-1. Kemudian klik file, pilih
Save as dan ubah menjadi format fasta.

23. Maka akan muncul gambar seprti berikut (sebelum itu pastikan jika laptob
anda sudah menginstal aplikasi mega)