BUKU PETUNJUK PRAKTIKUM

BIOKIMIA KEDOKTERAN
BLOK V
GENETIKA DAN TUMBUH KEMBANG

PROGRAM STUDI PENDIDIKAN DOKTER

FAKULTAS KEDOKTERAN
UNIVERSITAS MUHAMMADIYAH PURWOKERTO
PURWOKERTO
2019
 Muhammadiyah Purwokerto

BUKU PETUNJUK PRAKTIKUM

BLOK V

GENETIKA DAN TUMBUH KEMBANG

Edisi Ke Satu

PENYUSUN
TIM BIOKIMIA

LABORATORIUM BIOKIMIA
FAKULTAS KEDOKTERAN
UNIVERSITAS MUHAMMADIYAH PURWOKERTO
PURWOKERTO
2019

ii
 Muhammadiyah Purwokerto

KATA PENGANTAR

Puji syukur kami panjatkan kehadirat Allah SWT karena atas limpahan rahmat dan
karunia – Nya, buku “Panduan Praktikum Biokimia Kedokteran Blok GENETIKA
DAN TUMBUH KEMBANG dapat terselesaikan dengan baik.Penyusun menyadari
bahwa buku panduan ini masih belum sempurna.Oleh karena itu, kami mengharapkan
adanya kritik dan saran yang membangun demi perbaikan penyusunan buku petunjuk
praktikum biokimia selanjutnya.

Semoga buku ini dapat bermanfaat dan menambah pengetahuan dalam ilmu
kedokteran, khususnya mengenai biokimia kedokteran.

Penulis, 2019

iii
 Muhammadiyah Purwokerto

VISI DAN MISI FAKULTAS KEDOKTERAN

Visi program studi

Pada tahun 2025 menghasilkan dokter yang mampu bersaing di tingkat global, unggul
di bidang kedokteran herbal dan selalu mengikuti perkembangan ilmu dan teknologi
kedokteran terkini, beretika sesuai dengan nilai-nilai Islami.

Misi program studi

Untuk mencapai visi tersebut maka misi Program Studi Pendidikan Dokter adalah:

1. Menyelenggarakan program studi pendidikan dokter yang mampu menghasilkan

dokter berkualitas dan memiliki keunggulan di bidang kedokteran herbal
2. Menyelenggarakan penelitian berdasar ilmu pengetahuan dan teknologi kedokteran
sesuai perkembangan zaman
3. Menyelenggarakan pengabdian masyarakat di bidang kedokteran yang dapat
dirasakan manfaatnya oleh masyarakat
4. Mengimplementasikan nilai-nilai keislaman dalam bidang kedokteran
5. Membina dan mengembangkan jaringan kerjasama dibidang pendidikan, riset, dan
pengabdian masyarakat dengan lembaga dalam dan luar negeri

iv
 Muhammadiyah Purwokerto

DAFTAR ISI

Halaman Judul i
Kata Pengantar iii
Visi Dan Misi iv
Daftar Isi v
TataTertib Praktikum vi
Petunjuk umum keselamatan kerja di laboratorium vii
TOPIK I. ISOLASI DNA 1
A. Tujuan Pembelajaran 1
B. Dasar Teori 1
C. Alat dan Bahan 12
D. Cara Kerja 13
DAFTAR PUSTAKA 15
LEMBAR LAPORAN SEMENTARA 16

v
 Muhammadiyah Purwokerto

TATA TERTIB PRAKTIKUM BIOKIMIA KEDOKTERAN

1) Mahasiswa wajib mengikuti semua kegiatan praktikum yang telah dijadwalkan
2) Mahasiswa wajib hadir 10 menit sebelum praktikum dimulai.
3) Mahasiswa wajib memakai jas praktikum.
4) Mahasiswa wajib mengisi daftar hadir praktikum setiap kali mengikuti kegiatan
praktikum
5) Sebelum praktikum dimulai dilakukan pretest. Mahasiswa yang tidak lulus pretest
tetap diperbolehkan mengikuti praktikum, dan mengulang pretest di lain hari.
6) Praktikum dilaksanakan dengan tertib dan sungguh-sungguh.Semua praktikan
berperan aktif dalam melakukan kegiatan praktikum.
7) Mahasiswa wajib mengikuti praktikum dengan tertib, dilarang merokokbersendau
gurau, tidak berbicara diluar konteks mata acara praktikum yang sedang
berlangsung dan atau melakukan kegiatan/perilaku yang dapat mengganggu
kegiatan praktikum.
8) Di dalam ruang praktikum, mahasiswa wajib bekerja dengan hati-hati untuk
menghindari kecelakaan di dalam ruang praktikum (laboratorium).
9) Mahasiswa wajib mengganti alat-alat praktikum apabila merusak atau memecahkan.
10) Tiap kelompok wajib membuat laporan sementara hasil praktikum dan disahkan
oleh dosen pembimbing praktikum.
11) Sebelum meninggalkan ruangan, pastikan alat-alat dan reagen praktikum dalam
keadaan bersih dan rapi.
12) Laporan individu dikumpulkan paling lambat satu minggu dari praktikum.
13) Post tets dilakukan setelah mengerjakan semua materi praktikum.
14) Mahasiswa yang berhalangan hadir dalam praktikum wajib memberitahukan secara
tertulis kepada Kepala laboratorium dan Penanggungjawab blok.
15) Ketidakhadiran dalam praktikum harus disertai dengan alasan yang dapat diterima.
Surat ijin diserahkan kepada kepala laboratorium dan ketua blok. Alasan yang dapat
diterima untuk tidak hadir dalam praktikum adalah:
16) Ada anggota keluarga (Bapak, Ibu dan Adik/Kakak) yang meninggal
17) Sakit, yang harus dibuktikan dengan surat keterangan dokter
i) Melaksanakan tugas dari FK UMP

vi
 Muhammadiyah Purwokerto

PETUNJUK UMUM KESELAMATAN DI LABORATORIUM

1. Dilarang makan dan minum dalam ruang laboratorium, karena beberapa bahan
kimia/bahan biologis yang digunakan bersifat racun dan berbahaya bagi kesehatan.
2. Mahasiswa wajib menggunakan jas laboratorium dan alas kaki/sepatu yang tertutup.
3. Rambut harus ringkas dan tidak boleh tergerai.
4. Dilarang menghisap pipet dengan mulut untuk asam dan basa kuat (seperti HCl,
H2SO4, HNO3, Asam asetat glasial, NH4OH, NaOH). Gunakan buret Atau pipet
dengan bola penghisap untuk memindahkan asam/basa kuat atau bahan-bahan
beracun ke dalam tabung yang anda gunakan dan lakukan di dalam lemari asam.
5. Bila terjadi kontak dengan bahan-bahan berbahaya, korosif atau beracun, segera bilas
dengan air sebanyak-banyaknya dan segera laporkan kepada instruktur.
6. Segera tutup kembali bahan kimia yang disediakan dalam botol tertutup, untuk
mencegah inhalasi bahan-bahan tersebut.
7. Jangan sampai menumpahkan bahan-bahan kimia di meja kerja atau pada lantai. Hal
ini terutama berlaku untuk asam dan basa pekat. Segera laporkan kepada asisten
praktikum.
8. Gunakanlah alat/instrumen yang disediakan sesuai dengan cara kerjanya. Bila
saudara tidak memahami cara kerjanya mintalah bantuan asisten praktikum.
9. Berhati-hatilah bila bekerja dengan bahan uji yang berasal dari bahan-bahan biologis
seperti darah, saliva atau urin karena kemungkinan dapat terinfeksi kuman atau virus
berbahaya seperti HIV atau hepatitis.
a. Sebaiknya gunakan sarung tangan karet sekali pakai, terutama bila ada luka.
b. Hindari kemungkinan tertusuk jarum.
c. Cuci tangan atau anggota badan yang kontak atau terpercik darah. Cuci dengan
cermat menggunakan sabun.
d. Buang bahan yang mengandung darah dalam wadah plastik tertutup.
e. Cuci alat-alat laboratorium dengan sabun dan sterilisasi dengan merendamnya
dalam larutan natrium hipoklorit 0,5 % selama 30 menit.
f. Bersihkan meja laboratorium dengan air sabun dan dengan larutan natrium
hipoklorit 0,5 %.

Terkena bahan kimia

1. Jangan panik.
2. Mintalah bantuan rekan anda yang

vii
 Muhammadiyah Purwokerto

berada didekat anda.

3. Bersihkan bagian yang mengalami kontak langsung tersebut (cuci bagian yang
mengalami kontak langsung tersebut dengan air apabila memungkinkan).
4. Bila kulit terkena bahan Kimia, janganlah digaruk agar tidak tersebar.
5. Bawa ketempat yang cukup oksigen.
6. Hubungi paramedik secepatnya(dokter, rumah sakit).

Kebakaran
1. Jangan panik.
2. Ambil tabung gas CO2 apabila api masih mungkin dipadamkan.
3. Beritahu teman anda.
4. Hindari mengunakan lift.
5. Hindari mengirup asap secara langsung.
6. Tutup pintu untuk menghambat api membesar dengan cepat (jangan dikunci).
7. Pada gedung tinggi gunakan tangga darurat.
8. Hubungi pemadam kebakaran

Gempa bumi
1. Jangan panik.
2. Sebaiknya berlindung dibagian yang kuat seperti bawah meja, kolong kasur, lemari.
3. Jauhi bangunan yang tinggi, tempat penyimpanan zat kimia, kaca.
4. Perhatikan bahaya lain seperti kebakaran akibat kebocoran gas,tersengat listrik.
5. Jangan gunakan lift.
6. Hubungi pemadam kebakaran, polisi dll

PETUNJUK PEMBUATAN MAKALAH

LAPORAN PRAKTIKUM BIOKIMIA

Mahasiswa diharapkan dapat memberikan penjelasan secara lebih mendalam,

dengan mengambil dasar teori dari berbagai pustaka setelah mengikuti kegiatan
praktikum. Pendalaman materi ini bertujuan agar mahasiswa semakin memahami materi
yang sudah diberikan pada kegiatan perkuliahan. Pendalaman materi ini dapat
dituangkan dalam sebuh laporan praktikum.
Laporan Praktikum terdiri dari:
 Judul praktikum
 Tujuan percobaan

viii
 Muhammadiyah Purwokerto

 Alat dan bahan serta cara pelaksanaan praktikum

 Hasil dan pembahasan
 Daftar Pustaka

ix
 TOPIK
ISOLASI DNA

A. Tujuan Pembelajaran:
1. Mengetahui pengertian DNA.
2. Mengidentifikasi preparat yang dapat menghasilkan DNA.
3. Mengetahui fungsi dan kegunaan DNA dalam bidang kedokteran.

B. Dasar Teori

DNA (deoxyribose nucleic acid) mengandung materi genetik pada makhluk

hidup. DNA pertama kali ditemukan oleh Watson & Crick pada tahun 1953.
Informasi genetik DNA pada kromosom dapat dipindahkan atau ditransfer secara
sama replikasinya atau dapat diganti dengan beberapa proses, seperti replikasi silang,
rekombinasi, transposisi, dan konversi.hal inilah yang menyebabkan keragaman pada
adaptasi pada organisme.

Gambar 1. Struktur DNA

DNA terdiri atas basa penyusun yang dapat dibagi 2 yaitu basa pirimidin
(urasil/timin, sitosin) dan basa purin (adenin dan guanine). Basa penyusun asam
nukleat ini berasal dari hasil intake protein yang kemudian dimetabolisme menjadi
asam amino dan unit yang lebih kecil yaitu asam nukleat dan juga dari sintesis de
novo. Basa ini kemudian tersusun dalam satu urutan dari 3’ dan 5’dengan ikatan
fosfodiester menjadi single strand. Masing- masing basa memiliki pasangannya yaitu
adenine-timin/urasil, guanine-sitosin, terdapatnya 2 single strand DNA ini kemudian

1
 Muhammadiyah Purwokerto

dihubungkan oleh ikatan hydrogen menjadi bentuk seperti tangga. Adanya ikatan
hydrogen dan interaksi hidrofobik dan van der waals menyebabkan double stranded
DNA menjadi berbentuk heliks (adanya polaritas).
DNA ini kemudian melingkari protein yang disebut histon, yang kemudian
disebut nucleosome. Beberapa nucleosome akan membentuk kromosom. Kromatin
sendiri adalah material kromosom pada inti sel dan organisme eukariotik.

Gambar 2. Nucleosome

Fungsi DNA yang menyimpan materi genetic mempunyai dua fungsi, yaitu
untuk materi menghasilkan protein dan materi genetic yang akan diturunkan
(inheritance) pada generasi selanjutnya. Sebagai fungsi pembentukan protein akan
melalui beberapa tahap yaitu transkripsi. Transkrip dari DNA kemudian menjadi
RNA atau disebut juga messenger RNA (mRNA). Pembentukan mRNA terjadi di
nucleus yang kemudian masuk ke sitoplasma dan menjadi tRNA yang memiliki tugas
untuk membentuk asam amino spesifik. Kemudian menuju ribosom. Ribosom adalah
mesin untuk menghasilkan protein. Di dalam ribosom, mRNA dan tRNA berinteraksi
untuk mengartikan/translate informasi genetic hasil transkripsi. Ketika protein telah
terbentuk protein akan digunakan oleh sel itu sendiri atau akan dikeluarkan untuk
fungsi lain yang sebelumnya dibentuk sedemikian rupa pada badan golgi.
Fungsi berikutnya dari DNA yaitu untuk menurunkan materi genetic pada
generasi berikutnya. Pada saat perkawinan, 2 jenis DNA akan berinteraksi, baik dari
ayah maupun ibu. Masing-masing double strand DNA akan memisah sebagai single
strand DNA kemudian berikatan secara silang dengan pasangannnya menghasilkan
DNA baru. Proses ini disebut replikasi DNA. Namun apabila terdapat kesalahan

2
 Muhammadiyah Purwokerto

dalam prosesnya dapat menimbulkan suatu penyakit. Terdapat beberapa enzim yang
terlibat dalam replikasi DNA, alterasi dan repair. Mutasi DNA dapat terjadi pada
sekuens basa pada DNA yang dapat menghasilkan kesalahan replikasi, pergerakan,
atau repai/perbaikan DNA yang dapat terjadi pada setiap 1:106 pembelahan sel.

Gambar 3. Replikasi DNA

Abnormalitas pada produk gen (RNA, protein, dll) dapat menghasilkan mutasi
pada saat protein transkrip atau non protein koding. Mutasi pada sel germ akan dapat
menghasilkan penyakit turunan. Beberapa faktor yang dapat menyebabkan mutasi
DNA antara lain: virus, bahan kimia, sinar ultraviolet, radiasi ion.

Penyakit keturunan akibat mutasi DNA

Beberapa contoh penyakit yang disebabkan oleh mutasi DNA antara lain:
1. Autism
Yaitu sekeumpulan gejala yang ditandai dengan gangguan interaksi social, masalah
pada verbal dan non-verbal, pengulangan perilaku, atau minat yang tinggi pada
sesuatu.
2. Achondroplasia
Adalah penyakit yang menghambat pertumbuhan tulang. Terjadi pada 1:40.000
kelahiran. Klinis dari penyakit ini adalah tangan dan kaki pendek, jari pendek,

3
 Muhammadiyah Purwokerto

makrocefali, dan tulang frontal yang menonjol. Achondroplasia terjadi akibat

alterasi pada gen FGFR3.

3. Down syndrome
Kelainan akibat mutasi kromosom 21(trisomy 21). Pada down syndrome
memiliki gejala untuk kesulitan belajar, retardasi mental, wajah khas (Mongolian
face), dan hipotonus dan infant.
4. Hemophilia
Gangguan darah yang menyebabkan keterlambatan pembekuan darah.
Umumnya terjadi pada pria. Hemophilia dapat dibagi menjadi hemophilia A
(gangguan faktor VIII) dan hemophilia B (gangguan faktor IX)
5. Kanker
Beberapa kanker dicurigai sebagai akibat dari mutasi gen contohnya kanker
payudara, adanya mutasi pada gen BRCA2..

Pengetahuan tentang materi genetik sangat diperlukan pada kehidupan sehari-

hari. Ilmu genetik sangat diperlukan untuk berbagai kepentingan. Ada beberapa
cabang ilmu genetik yaitu genetik populasi, developmental genetic dan clinical
genetic. Kepentingan mempelajari genetika manusia:

1. Memahami fungsi gen sebagai dasar proses kehidupan

3. Mengetahui distribusi suatu alel dalam populasi
4. Mengetahui fenotip yang muncul akibat mutasi dan polimorfisme
5. Memahami interaksi gen-gen dan gen-lingkungan
6. Diagnosis prenatal dan skrining populasi dan terapi (DNA fingerprinting)
Aplikasi genetik dapat digunakan dalam ilmu nutrigenomik, farmakogenomik,
untuk konseling prenatal, untuk disaster victim identification (DVI) pada bidang
forensik.

C. ALAT DAN BAHAN

4
 Muhammadiyah Purwokerto

Alat :
1. Spuit Injeksi 5 cc 7. Micropipette 10- 100 l
2. Kapas alcohol 8. Blue tip
3. Tourniquet 9. Yellow tip
4. Tabung EDTA 10. Incub
5. Sentrifuge ator
6. Micropipette 100-1000 l 11. Vorte
x
Bahan
1. Cell Lisis solution
2. Nuclei Lisis solution
3. Protein precipitation solution
4. Isopropanol
5. DNA rehydration solution
6. Ethanol 70%

D. CARA KERJA
1. Buffycoat dipindahkan ke microtube kemudian ditambahkan 900 µL EL-buffer dan

diinkubasi di dalam lemari pendingin atau suhu ruangan selama 10 menit.

2. Campur dengan membolak-balikkan tabung dan sentrifuge selama 3 menit pada

kecepatan 13.000 rpm.

3. Buang bagian supernatan dan lakukan langkah 1-3 hingga larutan bening (±5 kali

penambahan EL-buffer).
4. Vortex endapan putih (pellet), lalu tambahkan 300µL nuklei lysis dan 100 µL

protein precipitation. Sentrifuge selama 3 menit pada kecepatan 13.000 rpm.

5. Supernatan dimasukkan dalam tabung ependorf lain yang sudah diisi 300 µL

isopropanolol dan dikocok.

6. Sentrifuge selama 3 menit dengan kecepatan 13.000 rpm.
7. Buang bagian supernatan, lalu endapan ditambahkan 300 µL ethanol 70%.
Sentrifuge selama 3 menit dengan kecepatan 13.000 rpm.
8. Buang bagian supernatan sisanya keringkan dibawah kipas angin (±30 menit).

5
 Muhammadiyah Purwokerto

9. Oven selama 5 menit dan tambahkan DNA rehydration 100µL dan inkubasi selama
24 jam pada suhu 8°C.
10. Pindahkan ke freezer suhu 0°C dan dapat digunakan selanjutnya.

DAFTAR PUSTAKA

Atlas Berwarna & Teks BIOKIMIA. Jan Koolman, Klaus Heinrich Rohn. Penerbit
Hipokrates FK UI. 2001. Jakarta

Biokima Harper. Robert K murray, Daryl K. Granner, Victor W. Rodwell. Edisi 31.
EGC.2015.

6
 Muhammadiyah Purwokerto

Travers, A. & Muskhelishvil, G. DNA structure and function.2014. FEBS Journal

Watson JD & Crick FH (1953) Molecular structure of nucleic acids; a structure for

deoxyribose nucleic acid. Nature 171, 737–738 .

LEMBAR LAPORAN SEMENTARA PRAKTIKUM

7
Muhammadiyah Purwokerto

8
Muhammadiyah Purwokerto

23

30