Water Culture System adalah sistem hidroponik aktif paling sederhana karena hanya
menggunakan prinsip penggenangan. Papan yang digunakan sebagai tempat (untuk
menancapkan tanaman) biasanya terbuat dari styrofoam yang diapungkan langsung pada
larutan nutrisi. Pompa air menyuplai udara ke airstone yang akan membuat gelembung-
gelembung pada larutan nutrisi yang akan memberikan suplai oksigen pada akar tanaman.
Pada sistem hidroponik ini larutan nutrisi tidak disirkulasikan, hanya dibiarkan pada bak
penampung atau kolam dan dapat digunakan lagi dengan cara mengontrol kepekatan larutan
dalam jangka waktu tertentu. Kontrol ini perlu dilakukan karena dalam jangka waktu yang
cukup lama akan terjadi pengkristalan dan pegendapan larutan nutrisi (pupuk cair) dalam
dasar kolam yang dapat mengganggu pertumbuhan tanaman. Sistem hidroponik ini
mempunyai karakteristik seperti terisolasinya lingkungan perakaran yang mengakibatkan
fluktuasi suhu larutan lebih rendah. Selain itu, sistem hidroponik ini dapat digunakan untuk
daerah dengan sumber energi listrik yang terbatas karena energi listrik yang dibutuhkan tidak
terlalu besar, mungkin hanya dibutuhkan untuk mengalirkan serta pengadukan larutan nutrisi.