Tugas 4

No. absen : 26

Bagaimana protein yang terbentuk diarahkan ke lokasi akhirnya ?

Jawab :

Setelah mengalami proses translasi, sebagian besar polipeptida mengalami suatu proses lebih
lanjut sebelum menjadi protein fungsional. Hal pertama kali adalah polipeptida akan diarahkan
ke berbagai macam komponen selular. Kedua, sebagian besar polipeptida akan mengalami
substitusi melalui reaksi kimiawi tertentu sebelum membentuk protein aktif. Dan ketiga, protein
akan mengalami mekanisme degradasi yang terprogram. Langkah-langkah tersebut
membutuhkan mekanisme regulasi yang mana regulator tersebut tersusun dari urutan asam
amino yang disebut dengan signal sequence. Signal sequence tersebut berada bersamaan dengan
polipeptida yang bersangkutan dan berfungsi untuk mampu mengenali daerah target dari ribosom
menuju ke organel yang lain. Pada organisme eukariotik signal sequence bekerja dengan
ribonukloprotein, yakni SRP – signal recognition particle. Jalur Target Protein Didalam
sitoplasma, ribosom yang berfungsi sebagai translator mRNA dan menghasilkan polipetida,
maka polipeptida tersebut akan ditranspor ke berbagai macam tempat. Adapun jalur target
polipeptida yaitu:

Gambar 1. Peta konsep jalur polipetida yang dimulai dari ribosom menuju ke berbagai tempat target.
Garis warna merah menunjukkan bahwa daerah target membutuhkan signal sequence, sementara garis
warna hitam tidak membutuhkan signal sequence (modifikasi dari Kalthoff, 2001).
 Setelah terjadi sintesis polipeptida, maka polipeptida akan dikirim ke daerah target. Namun
terkadang ukuran polipeptida yang terlalu besar, maka ada mekanisme tersendiri yakni
polipeptida yang akan dikirim menuju daerah target belum mengalami pelipatan. Pada daerah
polipeptida yang belum mengalami pelipatan tersebut memiliki signal sequence yang terletak di
bagian N-terminal yang terdiri dari 13-36 residu. Signal sequence banyak ditemukan asam amino
hidrofobik yang berfungsi untuk memudahkan polipeptida yang akan dibawa masuk menuju
daerah target yang memiliki membran hidrofobik. Kemudian satu atau lebih dari signal sequence
tersebut memiliki residu asam amino yang bermuatan positif sebelum urutan residu hidrofobik
serta memiliki residu asam amino polar pada C-terminal yang berdekatan dengan daerah
cleavege site atau tempat pemutusan antara signal sequence dengan polipeptida. Signal sequence
bukan dari protein fungsional, melainkan sebuah urutan asam amino yang jika setelah selesai
mengenali reseptor target, maka signal sequence akan di putus ikatannya dengan enzim signal
peptidase.
1. Transpor Protein Menuju RE

Translokasi protein ke retikulum endoplasma (RE) dengan menggunakan signal

sequence pertama kali didemonstrasikan oleh George Palade. Adapun tahapan
mekanisme tersebut adalah (1) ribosom memulai mentranslasi mRNA dan (2) urutan
polipeptida yang pertama disintesis adalah signal sequence. (3) selanjutnya signal
recognition particle (SRP) mendekati dan mengikat signal sequence beserta ribosom (4)
kemudian SRP berikatan dengan GTP dan menuju ke reseptor SRP. (5) Tahap selanjutnya
ribosom akan menempel pada transkolon (pori-pori pada RE) yang diikuti dengan
lepasnya SRP melalui hidrolisis GTP menjadi GDP+Pi. (6) Ribosom masih melakukan
elongasi ke arah lumen RE dan (7) pada saat itu signal sequence akan dilepaskan dari
polipeptida oleh signal peptidase. (8) Usai melakukan translasi, ribosom akan
memisahkan diri dari RE dan didaur ulang untuk proses tranlasi berikutnya.
2. Transpor Protein Menuju Mitokondria
 Seperti halnya retikulum endoplasma yang membutuhkan sinyal untuk masuk ke
dalam lumen, maka organel mitokondria juga mengalami proses yang sama. Protein
melewati membran mitokondria dalam bentuk belum terlipat yang mana strukturnya
distabilkan oleh suatu protein sinyal yang dinamakan chaperon. Protein ini memfasilitasi
rantai polipeptida menuju ke dalam mitokondria.
Dalam rangkaian polipeptida yang belum terlipat yang akan ditransfer ke mitokondria
juga memiliki sinyal yang dinamakan matrix-targeting sequence (MTS) atau presequence
dengan ciri berupa N-terminal amphipathic helix (N- Met- Leu- Arg- Tre- Ser- Ser- Leu-
Phe-Tre- Arg- Arg- Val- Glut- Pro- Ser- Leu-Phe- Arg- Asp- Iso- Leu- Arg- Leu- Glut-
Ser- Treo). MTS tersebut digunakan untuk mengenali dua reseptor yakni translocase – of
– the – outer membrane (TOM) dan translocase-of-the-inner membrane (TIM) yang
berada di membran luar dan dalam di mitokondria.
Adapun mekanisme translokasi polipeptida menuju mitokondria dimulai dari sintesis
polipeptida oleh ribosom di sitosol yang sudah mengandung MTS dan berinteraksi
dengan protein chaperon (Hsp70). Selanjutnya MTS berinteraksi dengan reseptor TOM
20/22 yang berada di membran luar (OMM/outer membrane mitocondria) dan
selanjutnya ditransfer ke reseptor sebelahnya, yakni TOM 40. Kemudian polipeptida
ditranslokasi menuju ruang antar membran melalui kanal TOM 40 dan berinteraksi
dengan reseptor TIM 23/17 yang berada di membran dalam (IMM/ inner membrane
mitocondria). Sementara protein chaperon Hsp70 berinteraksi dengan TIM44. Kemudian
hidrolisis ATP oleh Hsp70 akan membantu translokasi polipeptida menuju ke matriks
mitokondria. MTS atau targetting sequence yang berada di polipeptida akan diputus
ikatannya oleh enzim matriks protease.

3. Transpor Protein Menuju Nukleus

Salah satu ciri dari organisme eukariotik adalah adanya membran inti. Membran
tersebut memiliki dua lapis membran yang kompleks. Jalur keluar masuknya material
antara di dalam nukleus dan di sitosol melalui suatu pori yang dinamakan nuclear pore
complexes –NPCs. Melalui membran inilah protein ditransfer dari sitoplasma. Untuk bisa
masuk melalui NPCs, maka dibutuhkan signal sequence yang disebut dengan nuclear
localization signals (NLS) yang kaya akan asam amino lisin dan arginin, yakni Lys-Lys-
 Lys-Arg-Lys. Mekanisme translokasi polipeptida menuju nukleoplasma melibatkan
berbagai macam protein. Pada tahap tersebut, molekul cargo (polipeptida yang akan
ditransfer ke nukleoplasma) bersamaan dengan NLS akan berinteraksi dengan importin
(karyopherin) yang merupakan molekul protein yang terlibat dalam transpor polipeptida
dan RNP (ribonukleoprotein) menuju ke nukleo-plasma. Molekul cargo yang bersamaan
dengan NLS setelah berinteraksi akan membentuk suatu kompleks. Kompleks dari cargo,
NLS, dan importin akan berinteraksi dengan RanGDP (Ras-related nuclear GDP).
RanGDP membantu kompleks cargo, NLS, dan importin menuju ke nukloplasma. Setelah
menuju ke nukleoplasma, maka RanGDP dikonversi menjadi RanGTP oleh GAP.
Pengkonversian tersebut menyebabkan perubahan konformasi yang mengakibatkan
importin dan RanGTP membentuk sebuah kompleks. Sementara cargo dan NLS masih
bersamaan di dalam nukleoplasma yang selanjutnya NLS akan dipecah dengan enzim.
Kompleks importin-RanGTP akan meninggalkan nukleoplasma menuju sitosol melalui
NPCs. Ketika kompleks importin-RanGTP sudah berada di sitosol, maka kompleks
tersebut dipecah menjadi importin dan RanGDP oleh GAP yang akan digunakan untuk
mekanisme seperti sebelumnya.

4. Transpor Protein Menuju Peroksisom

 Polipeptida yang disintesis di poliribosom sitosolik akan ditransfer ke dalam
peroksisom. Polipeptida yang akan ditransfer memiliki signal sequence tersendiri dan
ditemukan ada dua macam, yakni peroxisomal – matrix targeting sequences (PTS), yang
terdiri PTS1 dan PTS2. Kebanyakan signal sequence-nya berupa Ser-Lys-Leu-COO-.
Selain itu juga melibatkan reseptor sitosolik, yakni Pex5 dan reseptor kompleks yang ada
di membran peroksisom, yakni Pex2/10/12 dan Pex14 yang keseluruhannya terlibat
dalam mekanisme translokasi polipeptida dari sitosol menuju ke peroksisom. Mekanisme
transpor polipeptida menuju ke peroksisom diilustrasikan di gambar 8. Di sini
dicontohkan adalah enzim katalase yang akan ditranslokasi menuju peroksisom. Katalase
yang akan ditransfer memiliki signal sequence berupa PTS akan berinteraksi dengan
Pex5 dan selanjutnya akan berinteraksi dengan Pex14. Selanjutnya kompleks katalase-
Pex14 akan ditransfer menuju membran kompleks Pex2/10/12 dan katalase masuk ke
dalam peroksisom. Sementara itu Pex5 akan dikembalikan ke sitosol.
5. Transpor Protein Menuju Badan Golgi

Untuk mentransfer protein yang sudah terlipat dari retikulum endoplasma menuju
badan golgi, maka diperlukan perantara berupa vesikel yang akan menjembatani antar
orgenel tersebut. Adapun RE akan menghasilkan vesikel yang berbeda-beda sesuai
dengan target yang diharapkan. Sehingga diperlukan suatu sinyal yang akan direspon
oleh organel target tertentu. Sinyal-sinyal tersebut dapat dilihat di tabel 3. Di dalam tabel
tersebut tidak hanya vesikel yang menuju ke RE, melainkan ke beberapa daaerah target
yang lain seperti lisosom.
Sebelum RE mentranslokasi protein menuju ke badan golgi, maka RE akan
mengemas protein dalam vesikel. Adapun proses terbentuknya vesikel yaitu cargo
(protein) akan berikatan baik secara langsung maupun secara tidak langsung dengan
mantel (coat) dari COPII, membran, dan adanya exit signal. Setelah terkonsentrasi dalam
suatu membran RE, maka terbentuklah kuncup (budding) dan selanjutnya terbentuklah
vesikel.
Setelah terbentuk vesikel yang di dalamnya berisi protein, maka vesikel tersebut akan
ditransfer menuju badan golgi. Seperti halnya translokasi protein yang lain, di dalam
 protein tersebut juga terdapat signal sequence yang secara umum tersusun dari urutan
asam amino dengan ciri khas berupa adanya dua asam amino asidisik (Asp-X-Glu)
Mekanisme sekresi protein dari RE menuju badan golgi yaitu vesikel dari badan golgi
yang akan dikembalikan lagi menuju RE dengan membawa resident protein (warna
merah) yang mana vesikelnya akan dibungkus dengan sinyal pembawa vesikel berupa
COPI (warna biru). Agar resident protein tersebut dapat di terima oleh RE, maka resident
protein memiliki signal sequence berupa Lys-Asp-Glu-Le (KDEL). Sementara pada
gambar 10. B. Menjelaskan dua jalur, yakni sekresi dari RE ke badan golgi dan
pengembalian resident protein dari badan golgi ke RE. Pada saat secretory protein yang
memiliki sinyal Asp-X-Glu (warna kuning) akan disekresikan, RE akan membentuk
vesikel dengan dibungkus oleh COPII. Selanjutnya vesikel tersebut ditransfer menuju
badan golgi. Disisi lain resident protein dari badan golgi akan ditransfer menuju ke RE
dengan dibungkus oleh COPI.
6. Transpor Protein Menuju Lisosom

Lisosom merupakan organel yang memiliki enzim hidrolitik yang hanya ditemukan
pada hewan dengan fungsi sebagai pencerna makromolekul, baik material intraselular
maupun ekstraselular. Di dalam lisosom banyak mengandung ditemukan enzim protease
yang sering disebut cathepsin yang mana jika protease yang aktivasinya membutuhkan
ion Ca2+ disebut calpain dan protease yang aktivasinya membutuhkan ATP disebut
proteasome.
Protein-protein yang berasal dari badan golgi tersebut yang akan di transpor menuju
lisosom tidak memiliki signal sequence seperti yang ada pada protein-protein yang lain.
Sinyal yang digunakan pada mekanisme transpor protein dari badan golgi ke lisosom
berupa mannose-6 -phosphate. mannose-6-phosphate (M6P) merupakan karbohidrat yang
digunakan sebagai marker protein dari badan golgi menuju ke lisosom. Proses
pembentukan M6P dijelaskan melalui gambar 11 dengan cara penambahan gugus
phospho – N – acetylglucosamine pada residu manosa dengan bantuan enzim
phosphotransferase, selanjutnya phospho-diesterase membentuk manosa-6-fosfat yang
akan digunakan sebagai sinyal.
 Selanjutnya di dalam badan golgi bagian TGN (Trans Golgi Network) M6P akan
berikatan dengan protein untuk lisosom, misalnya enzim hidrolitik. Ikatan antara M6P
dengan enzim hidrolitik dihubungkan oleh senyawa oligosakarida. Kompleks M6P-enzim
hidrolitik akan berikatan dengan reseptor yang ada di TGN. Setelah enzim hidrolitik
membentuk kompleks dengan M6P, maka terbentuklah vesikel yang dibungkus dengan
reseptor clathrin. Kemudian vesikel tersebut ditransfer menuju ke endosom. Setelah itu
enzim hidrolitik akan dilepaskan ke dalam endosom. Rendahnya pH dalam endosom
menyebabkan disosiasi atau lepasnya reseptor M6P dari enzim hidrolitik. Dan di dalam
endosom tersebut reseptor akan dikembalikan ke TGN melalui vesikel yang dibungkus
dengan retromer dalam keadaan tanpa protein. Sementara itu di dalam endosom, gugus
fosfat dari M6P akan dilepaskan.