PARAMETER

KUALITAS DAN
OPTIMASI CITRA
 Parameter Primer dan Sekunder
O Dalam MRI ada dua parameter, yaitu parameter primer
dan parameter sekunder yang berpengaruh terhadap
kualitas hasil citra (Hashemi, 1997).
O Yang termasuk parameter primer adalah TR, TE, TI dan
Flip Angle yang berpengaruh terhadap kontras citra.
Slice thickness dan interslice gap berpengaruh
terhadap area daerah yang diperiksa (coverage). FOV,
frekuensi encoding dan fase encoding berpengaruh
resolusi dan SNR. Sedangkan NEX dan bandwidth
berpengaruh terhadap SNR.
O Parameter sekunder terdiri atas SNR, waktu scanning,
coverage, resolusi dan kontras citra.
 Slice
TR, TE, thickness,
TI, FA Interslice
gap

Waktu
SNR Coverage Kontras Resolusi
Scanning

FOV, Frek.
Encoding,
NSA/NEX, Fase
Bandwidth encoding
 Parameter Primer : TR
O TR Adalah waktu pengulangan antara pulse
sequence yang satu dengan yang berikutnya.
O Pemberian TR yang panjang akan dapat
memberikan signal noise yang lebih baik,
namun membutuhkan waktu untuk memperoleh
data lebih lama. TR yang pendek dapat
mempersingkat waktu pengambilan data namun
jumlah irisan jaringan yang dievaluasi menjadi
sedikit dan rasio noise-nya menjadi jelek
 Parameter Primer : TE
O TE : waktu tengah antara pulsa 90° dan
signal max (echo).
O Intensitas signal besar jika memakai TE
pendek, namun akibatnya kekontrasan citra
kurang baik karena tidak dapat
membedakan jaringan yang satu dengan
yang lainnya. Pemilihan TE yang panjang
dapat memberikan kekontrasan citra baik,
namun intensitas signal yang didapat kecil
 Parameter Primer :
O TI : periode waktu antara pulsa inversi 180 °
dan 90 ° pulsa eksitasi dalam urutan
Pemulihan Inversi pulsa
O Slice selection (pemilihan irisan) yang dilakukan
menggunakan gradien medan magnet yang
tegak lurus dengan bidang irisan
O FOV : didefinisikan sebagai ukuran area
encoding dua atau tiga dimensi spasial dari
gambar. Biasanya didefinisikan dalam satuan
cm2 atau daerah anatomi yang dikehendaki
untuk tergambar pada citra
 Parameter Primer :
O Frekuensi Encoding : proses menemukan
sinyal MR dalam satu dimensi dengan
menerapkan gradien medan magnet di
sepanjang dimensi selama periode ketika
sinyal yang diterima
O Fase Encoding : proses menemukan sinyal
MR dengan mengubah fase berputar dalam
satu dimensi dengan gradien medan
magnet berdenyut sepanjang dimensi
sebelum akuisisi sinyal
 Parameter Primer :
O NSA/ NEX : Berapa kali sinyal disampling
dengan slope yang sama pada gradien
phase encoding
O Lebih tinggi NSA, lebih banyak data yang
disimpan pada setiap baris pada K space
O Dan semakin besar data yang disimpan
dalam K space, maka amplitudo sinyal pada
setiap bagian frekuensi dan phase akan
semakin besar pula
 Parameter Primer :
O Bandwidth : Rentang frekuensi yang terjadi
pada sampling data pada obyek yang di
scan
Parameters and
Trade-offs
Signal to noise ratio
Contrast to noise ratio
Spatial resolution
Scan time
Volume imaging
Signal to Noise Ratio (SNR)
 Introduction
O Pemilihan pulsa sekuen menentukan
pembobotan dan kualitas citra sesuai
patologi
O Kualitas citra di kontrol oleh :
O Signal to noise ratio (SNR)
O Contrast to noise ratio (CNR)
O Spatial resolution
O Scan time
O Signal to Noise Ratio (SNR merupakan hal
yang paling menjadi perhatian pada kualitas
MRI. Istilah ini didefinisikan sebagai
perbandingan amplitudo dari signal yang
diterima oleh coil dengan amplitudo dari
noise. Jika signal yang sebenarnya relatif
lebih kuat daripada noise maka SNR akan
meningkat, dan kualitas citra akan lebih
baik.
O Signal berhubungan dengan kekuatan medan
operasional sistem dan meningkat sejalan
dengan aktivitas perubahan energi pada atom /
inti hidrogen. Meningkatkan kekuatan medan 2
(dua kali, secara teori akan mendobelkan SNR.
O Densitas proton relatif sama pada jaringan
lunak, pada suhu tertentu, sehingga faktor yang
mempengaruhi SNR pada jaringan adalah
jumlah nuklei per voxel, sehingga dengan
meningkatkan ukuran voxel dapat meningkatkan
kekuatan signal
 Signal
O Merupakan kumulatif dan
tergantung pada beberapa
faktor yang mempengaruhi
O Faktor yang mempengaruhi
amplitudo signal akan
mempengaruhi SNR
 Noise
O Is constant for the patient, but is
different for every patient
O Depends on the
O build of the patient
O Area under examination
O Inherent noise of the system
O Occurs at every frequency and is
random in time
 Noise
O Noise adalah signal yang superposisi dengan
citra (signal yang tidak diinginkan. Ini
disebabkan karena nilai pixel rata-rata lebih
mendominasi signal yang sebenarnya, sehingga
pixel dapat lebih terang atau gelap dari nilai
rata-rata yang dindikasikan.
O Hal ini berarti bahwa citra yang mempunyai
noise yang cukup dapat menyamarkan
ketajaman dari suatu jaringan. Perbedaan
intensitas signal yang kecil pada jaringan, yang
kemungkinan adalah hal yang penting, karena
adanya noise ini dapat menjadi tidak terlihat
 Noise
O Ada dua jenis dari noise. Pertama, hal yang
memungkinkan kita dapat untuk
mengakalinya, adalah noise yang berasal
dari variasi signal yang terdapat pada
substansi pada tubuh
O Yang kedua, noise yang disebabkan /
ditimbulkan oleh sistem. Noise ini tidak
dapat kita koreksi dengan parameter yang
ada
 Factors that affect SNR
O Proton density of the area under
examination
O Voxel volume
O TR, TE and flip angle
O NEX (number of excitations)
O Receive bandwidth
O Coil type
 Proton density
O Areas with low proton density
(PD) produce low signal and
therefore low SNR
O E.g. Lungs, cortical bone
O Areas with high PD have high
signal & high SNR
O E.g. Bladder, renal pelvis
 Voxel volume
O Large voxels have more nuclei therefore high
signal and high SNR
O Small voxels have less nuclei therefore low
signal and low SNR
O Any parameter that change the voxel volume
changes the SNR (FOV, slice thickness, pixel
size/matrix size)
O Voxel volume = pixel area x slice thickness
O Pixel area = FOV dimensions/matrix size
 voxel

Voxel Volume

Small
voxel
few
Matrix spins

Large voxel
more spins &
high signal

Slice
slice width
O Matriks dibedakan menjadi 2 (dua) halus
(fine matrix) dan kasar (coarse matrix).
O Fine matrix memiliki jumlah yang lebih besar
pixel pada sebuah FOV
O Sedangkan matriks yang kasar (coarse)
memiliki jumlah piksel yang lebih sedikit
pada FOV
Contoh coarse matrix 128x128
dan fine matrix 512x512
 TR, TE and flip angle
O Spin echo pulse sequences have more signal than
gradient echo sequences, because;
O All the longitudinal magnetization is converted into
transverse magnetization by 900 flip angle
O Gradient echo pulse sequences only convert a portion of
the longitudinal magnetization into transverse
magnetization as the flip angle is not 900
O The 1800 rephasing pulse is more efficient at rephasing
than the rephasing gradient of gradient echo sequences
O The lower the flip angle, the lower the SNR
O Long TR increases SNR and a short TR reduces
SNR (TR controls the amount of longitudinal
magnetization that is allowed to recover)
O Long TE reduces SNR and short TE increases SNR
(TE controls the amount of transverse
magnetization that is allowed to decay before an
echo is collected)
Number of signal averages (NSA) or NEX

O This is the number of times data is

collected with the same amplitude of
phase encoding slope.
O Increase in NEX increase the amount of
data stored in each line of k-space.
O The data consists of both signal and
noise.
O The noise increases randomly and the
increase of signal is not random.
O Therefore the increase of NEX increases
the SNR by √2(=1.4)
 NEX Vs SNR
SNR
3

1 2 3 4 5 6 7 8 NEX
Peningkatan SNR dengan kenaikan NEX

NEX Faktor SNR Prosentase

1 1.00 -
2 1.41 41
3 1.73 73
4 2.0 100
5 2.24 124
6 2.45 145
7 2.65 165
8 2.83 183
 Parameter dan trade off

Parameter Keuntungan Kerugian

NEX meningkat - Meningkatkan SNR Waktu pencitraan akan
pada semua jaringan semakin meningkat
tubuh secara proporsional
- Mengurangi flow
artifacts seimbang
dengan sinyal rata-
rata
NEX menurun Menurunkan waktu - Menurunkan SNR
pencitraan secara pada semua jaringan
proporsional - Meningkatkan flow
artifacts sejalan
dengan
berkurangnya sinyal
 Receive bandwidth
O This is the range of frequencies that
are sampled during the application of
readout gradient.
O Reducing the receive bandwidth
results in less noise being sampled
relative to signal.
O Therefore SNR increases when
receive bandwidth is decreased.
O Increases the chemical shift artefact
 Bandwidth versus SNR
Bandwidth +/- 16 kHz

signal

noise noise noise

Bandwidth
+/- 4 kHz

signal

noise noise noise

SNR increases with decrease of bandwidth

 Type of coil
O The type of coil used affects the amount of signal
received and therefore the SNR
O Volume coils with quadrature excitation increase SNR
as two coils are used to receive signal
O Surface coils placed close to the area under
examination also increase the SNR
O The use of the appropriate receiver coil plays
extremely important role in optimizing SNR
O The volume of tissue imaged should optimally fill the
sensitive volume of the coil
O Large coils increase the likelihood of aliasing as tissue
outside the FOV more likely to produce signal
 How to increase SNR
O Use spin echo sequences where possible
O Try not to use a very short TR and a very
long TE
O Use the correct coil and ensure that it is
well tuned
O Use a coarse matrix
O Use a large FOV
O Select thick slices
O Use as many NEX as possible
 FOV, Resolution & SNR

FOV = 24cm FOV = 12 cm

High SNR High resolution, low SNR
 Slice thickness, Resolution & SNR

10 MM SLICE 3 MM SLICE
High resolution, low SNR
 NEX & SNR

NEX = 4, TIME= 6 MIN PARTIAL AVERAGING, TIME 56 S

High SNR
Menurut NessAiver, ada beberapa
metode pengukuran SNR pada
phantom adalah, yaitu:
Metode 1 : dengan mengukur
signal dan background noise
pada strip diluar phantom pada
satu gambar
Metode 2 : dengan dua gambar,
yang pertama, mengukur signal
didalam phanthom dan mengukur
noise dari sekuens dengan flip
angle 0.
SNR = Signal rata-rata
Standar deviasi dari noise
Contrast to noise ratio
(CNR)
O (CNR) In Magnetic Resonance Imaging
MRI, Contrast to noise ratio is the relationship
of signal intensity differences between two
regions, scaled to image noise. Improving CNR
increases perception of the distinct differences
between two clinical areas of interest.
A contrast to noise ratio is a summary
of SNR and contrast. It is the difference
in SNR between two relevant tissue types.
(A and B): CNR = SNRA – SNRB
 CNR
O Perbedaan antara SNR pada dua area yang
berbeda
O Dikontrol oleh faktor yang sama yang
mempengaruhi SNR
O Merupakan faktor terbesar yang mempengaruhi
kualitas citra
O Kemampuan mata untuk membedakan area
antara high signal dan low signal sangat
menentukan
O (Although the SNR of T2 weighted image is lower
than T1 weighted image the ability to distinguish
tumour from normal tissue is greater because of
the high signal compared to the low signal of
surrounding anatomy, i.e. CNR is higher)
Kontras citra sangat tergantung pada:
O TR
O TE
O TI
O Flip angle
O Flow
O Turbo factor (pada fast spin echo)
O T1
O T2
O Proton density
O Magnetization transfer coherence (MTC)
Spatial resolution
 Pengertian:

Kemampuan untuk
membedakan antara dua
titik secara terpisah dan
jelas
 Spatial Resolution
O Dikontrol oleh ukuran voxel
O Voxel kecil akan menghasilkan spatial
resolution yang bagus
O Ukuran voxel ditentukan oleh:
O Slice thickness
O FOV
O Number of pixels or matrix
O The spatial resolution is increased by
using rectangular FOV for rectangular
anatomy
O Rectangular FOV reduces the scan time
O Slice thickness juga mempengaruhi
ukuran voxel sehingga akan
mempengaruhi spatial resolusi pada
citra
O Semakin tipis irisan, detail akan
semakin meningkat, sehingga spatial
resolution juga akan meningkat dan
partial volume averaging menurun
O Semakin tinggi resolusi maka SNR
akan semakin menurun
 Basically, if we want better spatial resolution
in a given acquisition time, we have to
sacrifice SNR. Let’s consider a few examples.
What happens if we increase the number of pixels with
the FOV constant?

O Increase resolution.
O Decrease SNR. Therefore, as we decrease the
pixel size, we increase the resolution and
decrease the SNR.
O Increase scan time (number of pixels increases in
phase-encode direction).
What happens if we decrease the FOV
and keep the number of pixels
constant?
O Increase the resolution.
O Decrease SNR.
O Potentially increase aliasing artifact.
 Matrix & resolution

Matrix 256 x 256 Matrix 512 x 256

Scan time
 Scan time
O Waktu scan yang singkat/pendek sangat
penting untuk meminimalkan kemungkinan
pergerakan pasien
O Faktor yang mempengaruhi scan time:
O TR – time of each repetition
O Number of phase encodings – number of
lines of K space
O NEX – number of times data is collected with
the same phase encoding gradient
Parameter Perubahan Pengaruh terhadap Keuntungan Kerugian
waktu pencitraan

TR Menurun Menurun Meningkatkan kontras Menurunkan T1

T1; menurunkan growth;
motion artifacts; menurunkan SNR;
menurunkan kontras menurunkan PD
T2; menurunkan
waktu pencitraan

Jumlah PE Menurun Menurun Meningkatkan Menurunkan SNR

SNR/voxel; secara keseluruhan;
menurunkan motion meningkatkan
artifacts; truncation artifacts
menurunkan waktu
pencitraan

NEX Menurun Menurun Menurunkan motion Menurunkan SNR

artifacts, menurunkan dengan akar
waktu pencitraan pangkat;
menurunkan citra
rata-rata

Jumlah slice (hanya Menurun Menurun Menurunkan waktu Menurunkan

pada 3DFT) pencitraan coverage
 O Waktu scan yang relatif lama, untuk
mengkompensasi digunakan sekuen pulsa fast
O Slices are sectioned out by a series of phase
encoding steps along the slice select axis
O Therefore the scan time increases
O But as SNR is increased with increased number
of slices the NEX can be reduced
O Isotropic (equal dimensions) pixel give equal
resolution in any plane
Scan time = TR x NEX x number of phase encodings x number of slice encodings
How to reduce the scan time
O Gunakan TR sependek mungkin
O Select the coarsest matrix possible
O Reduce the NEX to a minimum
 formula
O The acquisition time or scan time, as we have seen previously, is
given by
Scan time = TR · Ny · NEX
where Ny is the number of phase-encoding steps (in the y direction).
O For fast spin-echo (FSE) is modified to
FSE time = TR · Ny · NEX/ETL
where ETL = echo train length (4, 8, 16, 32).

O For 3D imaging, the scan time is given by

Time (3D) = TR · Ny · Nz · NEX
where Nz is the number of phase-encoding steps (partitions) in the z
direction. In other words,
Time (3D) = Nz · time(2D)
 Contoh
 Calculate the acquisition time
of a 3D gradient-echo sequence
with TR = 30 msec, Ny = 256,
NEX = 1, and Nz = 60.

O Solution: Scan time = 30 ×

256 × 1 × 60 msec = 460.8
sec = 7.68 min
 Volume Imaging
O Untuk memperlihatkan lesi yang sangat
kecil
O Slice thickness dapat dikurangi
O Seluruh volume jaringan di eksitasi dan
tidak ada slice gap
O SNR is superior
O Fewer NEX can be used
O Can look at anatomy in any plane
 Trade-offs
O Ada beberapa teknik trade-off saat memilih
parameter pada pulsa sekuen
O Idealnya sebuah citra memiliki:
O high SNR,
O Good spatial resolution
O a very short scan time.
O Tetapi saat kita mendapatkan satu faktor,
akan melepas satu atau dua faktor lainnya
 Decision making
O Selections depend on
O The area to be examined
O Condition and co-operation of the patient
O Clinical throughput required
Tips to improve image quality
O Pilih coil yang tepat
O Pastikan pasien nyaman dan tidak bergerak
selama scanning
O Memastikan sekuen apa yang dibutuhkan
oleh radiologist
O SNR merupakan faktor penting untuk
kualitas citra
O Scan time dilakukan secepat mungkin (as
possible)
 Conclusion
O Memanipulasi SNR, kontras citra, resolusi
spatial dan waktu scan merupakan seni dan
memerlukan pengalaman yang cukup
O Meski sudah terbiasa melakukan kadang-
kadang juga masih salah
O Untuk mendapatkan kualitas citra yang baik
butuh ketekunan
 Slice
TR, TE, thickness,
TI, FA Interslice
gap

Waktu
SNR Coverage Kontras Resolusi
Scanning

FOV, Frek.
Encoding,
NSA/NEX, Fase
Bandwidth encoding