Buffer lysis adalah larutan buffer yang digunakan untuk

tujuan memecah sel terbuka untuk digunakan dalam

eksperimen biologi molekuler yang menganalisis senyawa
sel (misalnya western blot ). Kebanyakan buffer lisis
mengandung garam (misalnya Tris-HCl atau EDTA) untuk
mengatur keasaman dan osmolaritas lisat. Kadang-kadang
deterjen (seperti Triton X-100 atau SDS ) ditambahkan
untuk memecah struktur membran. Buffer lisis dapat
digunakan pada sel hewan dan jaringan tanaman. [1]
Memilih buffer Edit
Tujuan utama dari buffer lysis adalah mengisolasi senyawa
yang menarik dan menjaga mereka dalam lingkungan yang
stabil. Untuk protein, untuk beberapa percobaan, protein
target harus benar-benar didenaturasi, sementara pada
beberapa eksperimen lainnya protein target harus tetap
berfungsi. Protein yang berbeda juga memiliki sifat yang
berbeda dan ditemukan di lingkungan seluler yang
berbeda. Dengan demikian, penting untuk memilih
penyangga terbaik berdasarkan tujuan dan desain
eksperimen. Faktor-faktor penting yang harus
dipertimbangkan adalah: pH, kekuatan ionik, penggunaan
deterjen, ukuran pencegahan untuk proses
proteolitik. [2] Sebagai contoh, tambahan deterjen
diperlukan ketika melisiskan bakteri Gram-negatif, tetapi
tidak untuk bakteri Gram-positif. [3] Adalah umum bahwa
protease inhibitor ditambahkan ke buffer lisis, bersama
dengan inhibitor enzim pilihan lainnya, seperti inhibitor
fosfotase ketika mempelajari protein dengan fosforilasi.
Komponen Edit
Buffer Edit
Buffer menciptakan lingkungan untuk protein
terisolasi. Setiap pilihan buffer memiliki rentang pH
tertentu, jadi buffer harus dipilih berdasarkan apakah
protein target Anda stabil di bawah pH tertentu. Juga,
untuk buffer dengan rentang pH yang sama, penting untuk
mempertimbangkan apakah buffer kompatibel dengan
protein target Anda. [4] Tabel di bawah ini berisi beberapa
buffer yang paling umum digunakan dan rentang pH-
nya. [4]
Rentang
Penyangga
pH
Natrium dihidrogen fosfat / dinatrium
5,8 - 8.0
hidrogen fosfat
Tris - HCl 7,0 - 9,0
HEPES - NaOH 7.2 - 8.2
Aditif Edit
Salts Edit
Buffer lisis biasanya mengandung satu atau lebih
garam. Fungsi garam dalam buffer lysis adalah untuk
membentuk kekuatan ion dalam larutan buffer. Beberapa
garam yang paling umum digunakan adalah NaCl, KCl, dan
(NH 4 ) 2 SO 4. Mereka biasanya digunakan dengan
konsentrasi antara 50 dan 150 mM. [4]
 
Struktur Sodium Dodecyl Sulfate (SDS)

Detergent Edit
 
Struktur Triton X-100

Deterjen adalah amphipathic organik (dengan ekor

hidrofobik dan hidrofilik) surfaktan. Mereka digunakan
untuk memisahkan protein membran dari membran karena
bagian hidrofobik deterjen dapat mengelilingi membran
biologis dan dengan demikian mengisolasi protein
membran dari membran. [5] Meskipun deterjen banyak
digunakan dan memiliki fungsi serupa, penting untuk
memahami sifat fisik dan kimia dari deterjen yang menarik
untuk menentukan yang optimal untuk digunakan untuk
percobaan Anda.
Deterjen sering dikategorikan sebagai nonionik, anionik,
kationik, atau zwitterionic, berdasarkan fitur kelompok
kepala hidrofilik mereka. [5]
Zat deterjen nonionik seperti Triton X-100 dan deterjen
zwiterionik seperti CHAPS (3 - [(3-cholamidopropyl)
dimethylammonio] -1-propanesulfonate) bersifat tidak
mengembunkan (tidak akan mengganggu fungsi
 protein). Deterjen ionik seperti natrium dodesil sulfat (SDS)
dan deterjen kationik seperti etil trimetil amonium bromida
adalah denaturasi (akan mengganggu fungsi
protein). [6] Deterjen adalah bahan utama yang
menentukan kekuatan buffer.
Lainnya Edit
Aditif lainnya termasuk ion logam, gula seperti glukosa,
gliserol, reduktor seperti dithiothreitol (DTT). [4]
Buffer yang biasa digunakan Edit
NP-40 lysis buffer Edit
Ini mungkin buffer lysis yang paling banyak
digunakan. Agen pelarutan adalah NP-40, yang dapat
digantikan oleh deterjen lain pada konsentrasi yang
berbeda. Karena NP-40 adalah deterjen nonionik, buffer
lysis ini memiliki efek yang lebih ringan daripada buffer
RIPA. Ini dapat digunakan ketika fungsi protein harus
dipertahankan dengan gangguan minimal. [7]
Resep: [7]
 150 mM NaCl
 1.0% Nonidet P-40 (NP-40)
 50 mM Tris-Cl
 Atur pH hingga 7,4

RIPA (RadioImmunoPrecipitation Assay)

lysis buffer Edit
Buffer RIPA adalah buffer lysis yang umum digunakan
untuk immunoprecipitation dan ekstraksi protein umum
dari sel dan jaringan. Buffer dapat disimpan tanpa
vanadate pada suhu 4 ° C hingga 1 tahun. [8] Penyangga
RIPA melepaskan protein dari sel serta mengganggu
sebagian besar interaksi lemah antara protein. [7]
Resep: [8]
 1% (w / w) Nonidet P-40 (NP-40)
 1% (b / v) sodium deoxycholate
 0,1% (w / v) SDS
 0,15 M NaCl
 0,01 M natrium fosfat, pH 7,2
 2 mM EDTA
 50 mM sodium fluoride (NaF)
 0,2 mM natrium orthovanadate segar
(Na 3 VO 4 .2H 2 O, ia memiliki fungsi inhibitor fosfatase
karena meniru fosfat [9] )
 100 U / ml protease inhibitor, seperti aprotinin

SDS (sodium dodecyl sulfate) buffer

lysis Edit
SDS adalah deterjen denaturing ionik. Hot SDS buffer
sering digunakan ketika protein harus benar-benar terlarut
dan terdenaturasi.
Resep: [8]
 0,5% (w / v) SDS
 0,05 M Tris⋅Cl
 Atur pH hingga 8,0
 Tambahkan 1 mM dithiothreitol segar (DTT)

ACK (Ammonium-Chloride-Potassium) lysing

buffer Edit
ACK digunakan untuk lisis sel darah merah dalam sampel
biologis di mana sel-sel lain seperti sel- sel darah
putih memiliki kepentingan yang lebih besar. [10]
Resep: [11] [12]
 150mM amonium klorida
 10mM kalium bikarbonat
 0,1 mM EDTA
 Atur pH hingga 7,2-7,4

Penyangga lisis dalam studi DNA

dan RNA
Dalam penelitian seperti sidik jari DNA, buffer lysis
digunakan untuk isolasi DNA. Sabun cuci piring dapat
digunakan dalam keadaan darurat untuk memecah sel dan
selaput nuklir, memungkinkan DNA dilepaskan. Buffer lisis
lainnya seperti termasuk produk Qiagen Buffer P2 eksklusif.
Referensi Edit
1. ^