21/09/2015

MIKROBIOLOGI (PTK.23.17)

KLASIFIKASI MIKROORGANISME

1. BAKTERI
2. JAMUR (Kapang; mold)
3. YEAST (Kamir)
4. VIRUS
5. PROTOZOA

1
 21/09/2015

BAKTERI

Menurut Holt, JG., et.al. 1994. “Bergey’s Manual of

Determinative Bacteriology”, Bakteri dikelompokkan
menjadi 35 group.

2
 21/09/2015

BAKTERI
1. SPIROCHETES:
Genus Leptospira. Morfologi: Helical cells dengan diameter 0,1
µm dan panjang 6 – 24 µm. Chemoorganotrophic, dengan asam
lemak atau alkohol berlemak dengan rantai atom C 15 sebagai
sumber energi. Temperatur optimum 28 – 30 oC
Genus Serpulina. Morfologi: Helical cells 7 – 9 x 0,3 – 0,4 µm,
Chemoorganotrophic gula terlarut sebagai sumber energi,
temperature optimum 37 – 42 oC (Srpulina hyodysenteriae =
enteropathogenic pada babi.
2. AEROBIC/MICROAEROPHILIC, MOTILE, HELICAL/VIBROID,
GRAM-NEGATIVE BACTERIA:
Genus Campylobacter. Vibroid cells 0,2 – 0,5 x 0,5 – 5 µm,
microaerophilic, chemoorganotrophic, asam amino sebagai
sumber energi, banyak ditemukan pada organ reproduksi, GIT,
dan oral cavity manusia dan binatang.

3
 21/09/2015

BAKTERI

3. NONMOTILE (RARELY MOTILE), GRAM-NEGATIVE CURVED

BACTERIA:
Genus Cyclobacterium. Circle – shape, coils / spiral forms.
0,8 – 1,5 x 0,3 – 0,7 µm. Optimum temperatur 20 – 25 oC pada
media mengandung air laut (3,0% NaCl). Asam sebagai produk
metabolit dari karbohidrat.

4. GRAM-NEGATIVE AEROBIC/MICROAEROPHILIC RODS AND

COCCI:
Genus Acetobacter. Ellipsoidal to rod-shape. 0,6 – 0,8 x 1,0 –
1,4 µm. Sumber energi dari ethanol, glycerol, dan lactate,
chemoorganotrophs, optimum temperature 25 – 30 oC, pH
optimum 5,4 – 6,3. Banyak dijumpai pada bunga, buah, madu,
anggur. Acetobacter aceti digunakan dalam pembuatan Nata de
Coco.

4
 21/09/2015

BAKTERI

4. GRAM-NEGATIVE AEROBIC/MICROAEROPHILIC RODS AND

COCCI:
Genus Brucella. Cocci to short rods. 0,5 – 0,7 x 0,6 – 1,5 µm.
Sumber energi dari asam amino, chemoorganotrophs, optimum
temperature 37 oC, pH optimum 6,6 – 7,4. Banyak dijumpai
sebagai intracellular parasites bisa pada manusia dan hewan.

Genus Azotobacter. Large ovoid cells 1,5 – 2,0 µm.

Pleomorphic, Sumber energi dari gula, alkohol, dan asam organik
chemoorganotrophs, dapat fixasi nitrogen, pH optimum 7,0 – 7,5.
Banyak dijumpai pada akar tanaman, tanah dan air.

Genus Pseudomonas. Curved rods, 0,5 – 1,0 x 1,5 – 5,0 µm.

Chemoorganotrophs dan dapat memanfaatkan H2 dan CO
sebagai energi, pH optimum 4,5. Banyak dijumpai di alam bebas,
beberapa species pathogenic untuk manusia, hewan dan
tanaman.

5
 21/09/2015

BAKTERI
5. FACULTATIVELY ANAEROBIC GRAM-NEGATIVE RODS
Subgroup 1. Enterobacteriaceae
Genus Enterobacter. Straight rods. 0,6 – 1,0 x 1,2 – 3,0 µm.
Sumber energi dari karbohidrat (monosakarida), dengan produk
metabolit berupa asam dan gas, chemoorganotrophs, optimum
temperature 30 – 37 oC. Banyak dijumpai di alam bebas, air,
selokan, tanaman sayuran, pada kotoran manusia dan hewan. E
zakazakii penyebab meningitis.

Genus Escherichia. Straight rods. 1,1 – 1,5 x 2,0 – 6,0 µm.

Sumber energi dari karbohidrat (monosakarida), dengan produk
metabolit berupa asam dan gas, chemoorganotrophs, optimum
temperature 37 oC. Banyak dijumpai di alam bebas, air, selokan,
tanaman sayuran, pada kotoran manusia dan hewan,
enterotoxins, infeksi saluran kencing.
Genus Salmonella. Straight rods. 0,7 – 1,5 x 2,0 – 5,0 µm.
Sumber energi dari karbohidrat (monosakarida), dengan produk
metabolit berupa asam dan gas, chemoorganotrophs, optimum
temperature 37 oC. Banyak dijumpai di alam bebas, air, selokan,
pathogen pada kotoran manusia dan hewan, Demam typhoid,
demam enteric, radang saluran pencernaan.

6
 21/09/2015

BAKTERI
5. FACULTATIVELY ANAEROBIC GRAM-NEGATIVE RODS
Subgroup 1. Enterobacteriaceae
Genus Shigella. Straight rods. 0,6 – 1,0 x 1,2 – 3,0 µm. Sumber
energi dari karbohidrat (monosakarida), dengan produk metabolit
berupa asam dan gas, chemoorganotrophs, optimum temperature 37
oC. Banyak dijumpai di alam bebas, air, selokan, pada kotoran
manusia dan hewan, intestinal pathogens pada manusia dan primates.
Subgroup 2. Vibrionaceae
Genus Aeromonas. Straight rods with rounded ends. 0,3 – 1,0 x 1,0
– 3,5 µm. Sumber energi dari karbohidrat (monosakarida), dengan
produk metabolit berupa asam dan gas, chemoorganotrophs, optimum
temperature 37 oC. Banyak dijumpai di alam bebas, air, selokan /
sewage, pathogens pada manusia, ikan dan katak, diarrhea pada
manusia.
Subgroup 3. Pasteurellaceae
Geus Pasteurella. Rods rods shape. 0,3 – 1,0 x 1,0 – 2,0 µm.
Sumber energi dari karbohidrat (monosakarida), dengan produk
metabolit berupa asam tanpa gas, chemoorganotrophs, optimum
temperature 37 oC. Banyak dijumpai di alam bebas, air, selokan /
sewage, pathogens sapi,domba dan kambing. Hemorrhagic
septicemia pada sapi.

7
 21/09/2015

BAKTERI
6. GRAM-NEGATIVE, ANAEROBIC, STRAIGHT, CURVED, AND
HELICAL BACTERIA
Genus Ruminobacter. Pleomorphic ovals to short rods. 0,9 – 1,2
x 1,0 – 3,0 µm. Sumber energi dari CO2, amonia, karbohidrat dengan
produk metabolit berupa asam asetat, format dan suksinat. Optimum
temperature 37 – 39 oC. Ruminobacter amylophilus dijumpai di dalam
rumen sapi dan kambing.

Genus Thermobacteroides. Straight rods. 0,5 – 0,6 x 1,0 – 6,0 µm.

Sumber energi dari karbohidrat, pepton dengan produk metabolit
berupa asetat, butirat, isobutirat, isovalerat, propionat, ethanol, CO2
dan H2. Optimum temperature 60 - 65 oC. Banyak dijumpai pada
thermophilic digestors, kompos.

8
 21/09/2015

BAKTERI
6. GRAM-NEGATIVE, ANAEROBIC, STRAIGHT, CURVED, AND
HELICAL BACTERIA
Genus Thermotoga. Rods. 0,6 x 1,5 – 11,0 µm. Sumber energi dari
karbohidrat dan tryptone dengan produk metabolit berupa asam
asetat, laktat, CO2 dan H2S. Optimum temperature 70 – 80 oC bahkan
dapat tumbuh pada temperatur 90 oC Thermotoga maritima dijumpai
di dalam geothermally heated marine sediments, tahan terhadap
kadar garam sampai 3,75 %.

Genus Wolinella. Helical, curved,atao straight cells. 0,5 – 1,0 x 2 –

6 µm. Sumber energi dari fumarat, format dan H2 kemudian
teroksidasi menjadi CO2. Optimum temperature 37 oC. Banyak
dijumpai pada rumen sapi.

9
 21/09/2015

BAKTERI
7. DISSIMILATORY SULFATE- OR SULFUR-RENDERING BACTERIA
Genus Thermodesulfobacterium. Rod-shape. 0,3 x 0,9–2,5 µm.
Obligate Anaerobic. Sumber energi dari sulfate dengan produk
metabolit, H2 dan H2S, laktat teroksidasi menjadi untuk donor elektron.
Optimum temperature 65–70 oC. pH optimum 6,6–7,5 dijumpai dalam
hot springs.

Genus Desulfuromonas. Rod-shape. 0,4–0,8 x 1–4 µm. Obligate

Anaerobic. Sumber energi dari sulfur dengan produk metabolit, H2 dan
H2S, laktat teroksidasi menjadi untuk donor elektron. Organik substrat
teroksidasi menjadi CO2. Optimum temperature 30 oC. pH optimum
6,8–7,5 dijumpai dalam anoxic marine sediments.

10
 21/09/2015

BAKTERI
8. ANAEROBIC GRAM – NEGATIVE COCCI
Genus Megasphaera. Cocci. 1,3–2,0 µm. Obligate Anaerobic.
Sumber energi dari fruktosa dan laktat.Tumbuh pada temperatur
antara 15–40 oC. Optimum temperature 37 oC. pH optimum 6,4
dijumpai dalam rumen sapi dan domba, humans-intestine.

Genus Syntrophococcus. Coccus-shape cells. 1,0–1,3 µm.

Obligate Anaerobic. Sumber energi dari gula (sakarida) dengan
produk metabolit asetat, Optimum temperature 37 oC. pH optimum 6,4
banyak dijumpai dalam rumen sapi yang diberi makan rumput kering
(hay).

11
 21/09/2015

BAKTERI
9. THE RICKETTSIAS AND CHLAMYDIAS
Genus Rickettsias. Rods or Cocci. Pleomorphic. Obligate
Anaerobic. Sumber energi dari fruktosa dan laktat. Optimum
temperature 37 oC. pH optimum 6,4 Pathogen pada
manusia,dijumpai pula pada burung.

Genus Chlamydias. Rods or Cocci. Pleomorphic. Obligate

Anaerobic. Sumber energi dari fruktosa dan laktat. Optimum
temperature 37 oC. pH optimum 6,4 Pathogen pada
manusia,dijumpai pula pada burung dan mamalia lain.

12
 21/09/2015

BAKTERI
10. ANOXYGENIC PHOTOTROPHIC BACTERIA
Genus Rhodopila. Spherical to ovoid. 1,6–1,8 µm Mempunyai
photosynthetic pigments. Obligate Anaerobic. Optimum
temperature 30–35 oC. pH optimum 4,8-5,0. Hanya ditemukan di
sumber mata air hangat mengandung sulfur dan asam di
Yellowstone National Park (Wyoming USA.).

Genus Erythrobacter. Rods–shape. 0,5 x 1,0–5,0 µm.

Mengandung carotenoids. Anaerobic and chemoheterotrophic.
Sumber energi dari asetat, pyruvat, butirat, glutamat dan glukosa.
Optimum temperature 25–30 oC. pH optimum 7,0 - 8,0. Optimum
salinitas 1,7–3,5 %. Banyak ditemukan pada rumput laut
(seaweeds)

13
21/09/2015

14
 21/09/2015

8
Fase Stationary
7

Fase Kematian
6

3
Fase Lag
2 4 6 8 10 12 14 16
Waktu (jam)

Gambar 1. Kurve Pertumbuhan Normal Bakteri

15
 21/09/2015

Probiotic

Growth promoting effect of one microorganism on
another (opposite of antibiotic) – Lilly and Stillwell
(1965)

Live microbial food supplement that benefits the host
animal by improving its intestinal microbial balance –
Fuller (1989)

Viable microorganisms (lactic acid and other bacteria
or yeasts applied as dried cells or in a fermented
product) that exhibit a beneficial effect on the health
of the host upon ingestion by improving the
properties of its indigenous microflora – Havenaar
and Huis in’t Veld (1992)

16
 21/09/2015

Kultur Bakteri dapat digunakan

sebagai “Probiotic starter” jika:

• Bakteri tersebut mampu berkolonisasi dalam saluran

pencernaan (intestinal tract)

• Bakteri tersebut dapat bertahan hidup dan aktif dalam

pangan sebagai mediator/vektor (carrier food)

• Bakteri tersebut mampu bertahan hidup selama melewati

saluran pencernaan bagian atas (upper digestive tract)

17
 21/09/2015

Lactic Acid Bacteria (LAB) Commonly

Used As Probiotics

LAB are:
• Gram-positive, nonsporeforming
• catalase negative
• usually microaerophilic to strictly
anaerobic
• typically chemoorganotrophic

18
 21/09/2015

Physiological characteristics that enable

LAB to function as probiotics:

• resistance to low pH and / or bile

• their temperature growth ranges
from (37 – 40) oC

19
 21/09/2015

REQUIREMENTS FOR MOST

MOLDS BACTERIA
SPECIES
pH:
Range 2–9 4-9
Optimum 5.6 6.5-7.5
Temperature:
Range 0-62 0C 0-79 0C
Optimum 22-30 0C 30-37 0C
Gases Strictly aerobic Aerobic
microaerophilic
facultative anaerobic 
anaerobic
Light None Some photosynthetic
groups
Sugar concentration in medium 4 percent 0.5-1 percent

Carbon Heterotropic Auto tropic to

hetero tropic

20
 21/09/2015

Dairy Product Probiotic Cultures Used Source

Cultured cottage cheese dressing Bifidobacterium infantis Blanchette et al 1995
Bifidobacterium breve NCFB 2258
Bifidobacterium bifidum NCFB 2715
Refrigerated fermented and unfermented
Bifidobacterium longum ATCC 15707 Hughes and Hoover 1995
reconstituted non-fat dry milk
Bifidobacterium angulatum ATCC 27535
Lactobacillus acidophilus N2
Lactobacillus acidophilus (5 strains)
Yoghurt and cultured buttermilk Nighswonger et al 1996
Lactobacillus casei GG
Ravula and Shah 1998
Lactobacillus acidophilus
Frozen dairy dessert (similar to frozen yoghurt) Holcomb et al 1991
Bifidobacterium spp.
Laroia and Martin 1991
Lactobacillus salivarius (3 strains)
Cheddar cheese Gardiner et al 1998
Lactobacillus paracasei (2 strains)
Lactobacillus acidophilus Bayot et al 1999
White soft cheese, ‘Kesong puti’
Lactobacillus casei strain Shirota Barraquio et al 2001
Sarkar 1999
Bifidobacterium bifidum
Ice cream Hekmat and McMahon 1992
Lactobacillus acidophilus
Modler et al 1990
Bifidobacterium bifidum
Bifidobacterium longum
Argentinian fresco cheese Bifidobacterium sp Vinderola et al 2000
Lactobacillus acidophilus
Lactobacillus casei
Bifidobacterium bifidum BbO2
Canestrato Pugliese cheese from ewe milk Corbo et al 2001
Bifidobacterium longum Bb46
Cream cheese Lactobacillus casei strain Shirota Rivera 2002

21
 21/09/2015

Specific probiotics and their reported health attributes (Chandan et al 1998)

Strain of probiotic Reported Health Benefit

Lactobacillus acidophilus DDS1 Enhance immune system, prevent cancer initiation, reduce cholesterol
Lactobacillus acidophilus NCFM Reduce faecal enzymes (prevent cancer initiation)
Lactobacillus acidophilus LC1 Enhance immune function, vaccine adjuvant, balance gut microflora

Lactobacillus acidophilus LA1 Enhance immune response, vaccine adjuvant, treat gastritis

Lactobacillus acidophilus L1 Reduce serum cholesterol

Lactobacillus rhamnosus GG Prevent/treat diarrhea, enhance immunity, vaccine adjuvant, treat
Crohn’s disease, prevent dental caries and rheumatoid arthritis
Lactobacillus casei Shirota Enhance immunity, balance GI tract microflora, prevent cancer
initiation, treat superficial bladder cancer

Lactobacillus gasseri ADH Reduce faecal enzyme and cancer initiation

Lactobacillus reuterii Enhance immune function

Enterobacter faecium GAID Reduce serum cholesterol
Bifidobacterium bifidum Treat rotavirus diarrhea, balance GI tract microflora

Yoghurt culture Modulate immune system, alleviate lactose maldigestion symptoms

22
 21/09/2015

Probiotics Bacteria
Microorganisms applied in probiotic products (Holzapfel et al 1998)

Lactobacillus species Bifidobacterium species Other LAB Non-lactics

Lactobacillus acidophilus Bifidobacterium adolescentis Enterococcus faecalisa Bacillus cereus (‘toyoi’)d

Lactobacillus casei Bifidobacterium animalis Enterococcus faecium Escherichia coli (‘Nissle 1917’)d

Lactobacillus crispatus Bifidobacterium bifidum Lactococcus lactisc Propionibacterium freudenreichiid

Lactobacillus gallinaruma Bifidobacterium breve Leuconostoc mesenteroidesc Saccharomyces cerevisiae(‘boulardii’)d

Lactobacillus gasseri Bifidobacterium infantis Pediococcus acidilacticic

Lactobacillus johnsonii Bifidobacterium lactisb Sporolactobacillus inulinusa

(Lactobacillus paracasei)

Lactobacillus plantarum Bifidobacterium longum Streptococcus thermophilus

Lactobacillus reuteri

Lactobacillus rhamnosus

a Mainly used for animals

b Probably synonymous with B. animalis
c Little known about probiotic properties
d Mainly as pharmaceutical preparations

23
 21/09/2015

Varied uses of LAB and examples of predominant species utilized (Gilliland, 1990).
__________________________________________________________________________________

1. Meat and fish fermentations 5. Bakery products

Lactobacillus plantarum a. Sourdough
Pediococcus acidilactici Lactobacillus sanfrancisco
Lactobacillus brevis
2. Silage inoculants Lactobacillus plantarum
Lactobacillus plantarum Lactobacillus fermentum
b. Soda crackers
3. Probiotics in human and animal health Lactobacillus plantarum
Lactobacillus acidophilus Lactobacillus delbrueckii
Lactobacillus casei Lactobacillus lechmannii
Lactobacillus casei
4. Fermented dairy products Lactobacillus brevis
a. Yogurt
Streptococcus salivarius ssp. thermophilus
Lactobacillus delbrueckii ssp. bulgaricus

b. Ripened cheese, cultured milk, cream, and ripened butter

Lactococcus lactis ssp. lactis
Lactococcus lactis ssp. cremoris
Lactococcus lactis ssp. lactis biovar. diacetylactis
Leuconostoc mesenteroides ssp. cremoris
Leuconostoc lactis
Lactobacillus helveticus
Lactobacillus acidophilus
Lactobacillus casei
Streptococcus spp.
________________________________________________________________________________________

24