LAPORAN PRAKTIKUM BIOLOGI MOLEKULER

“PROSEDUR ELEKTROFORESIS”
Tahun Ajaran 2020/2021

Pembimbing :

1. Dewi Inderiati, S.Si., M.Biomed.

2. Ahmad Fahrurrozi, S.Si., M.Sc
3. Indra Lesmana, S.Si., M.Biotech.

Disusun Oleh :
Maulina Afifah
P3.73.34.2.19.023

POLTEKKES KEMENKES JAKARTA III

PRODI D-IV TEKNOLOGI LABORATORIUM MEDIK
Jl. Melati 2 No.15, Jatiwarna, Kec. Pd. Melati, Kota Bks, Jawa Barat 1741

1
DAFTAR ISI
A. JUDUL KEGIATAN................................................................................................3
B. TEMPAT DAN WAKTU PELAKSANAAN..........................................................3
C. TUJUAN...................................................................................................................3
D. METODE..................................................................................................................3
E. PRINSIP KERJA.....................................................................................................3
F. ALAT DAN BAHAN................................................................................................4
1. Alat........................................................................................................................4
2. Reagen...................................................................................................................5
3. Sampel...................................................................................................................6
G. PROSEDUR KERJA...........................................................................................6
H. HASIL PRAKTIKUM.........................................................................................9
I. PEMBAHASAN.....................................................................................................10
J. KESIMPULAN.......................................................................................................11

2
A. JUDUL KEGIATAN
Melakukan Prosedur Elektroforesis dari Hasil Amplifikasi PCR

B. TEMPAT DAN WAKTU PELAKSANAAN

Hari : Rabu
Tanggal : 7 Oktober 2020
Waktu : 24.59
Tempat : Gedung TLM Poltekes Jakarta III, Lt 5 Lab
Biomol

C. TUJUAN
Agar mahasiswa/i dapat melakukan prosedur elektroforesis
menggunakan sampel yang sudah dilakukan amplifikasi dengan PCR.
Mahasiswa/i dapat mengetahui fungsi setiap fitur dari alat alat
yang digunakan untuk elektroforesis agar dapat menggunakannya dengan
baik dan benar, sehingga mahasiswa/i dapat menginterpretasikan hasil
amplifikasi DNA dari alat PCR. Mahasiswa/i juga dapat melakukan
prosedur pembuatan gel agarose sebagai media untuk elektroforesis

D. METODE
Metode yang dilakukan untuk melakukan interpretasi hasil pada
amplifikasi DNA adalah metode elektroforesis dengan agarose.

E. PRINSIP KERJA
Prinsip dasar elektroforesis adalah molekul dan partikel bermuatan
akan bergerak ke arah elektrode yang memiliki muatan berlawanan di
bawah pengaruh medan listrik.
Pada DNA yang memiliki muatan negatif karena adanya gugus
fosfat sehingga akan bergerak dari kutub negatif ke arah kutub positif.
DNA yang memiliki strain panjang akan lama bergerak karena terhambat
oleh pori pori agar sedangkan strain yang pendek akan lebih cepat
bergerak karena lebih mudah melewati pori pori agarose

3
F. ALAT DAN BAHAN
1. Alat
- Mikropipet dan White - Gelas Ukur,
tip Erlemeyer dan
Corong

- Alat elektroforesis

- Microwave

- Uvitec

2. Reagen
- Bubuk Agarose

- Buffer TAE 50x yang diencerkan menjadi 1x

*2ml Buffer TAE 50x dilarutkan dalam aquades hingga 100ml

4
 Untuk melarutkan bubuk agarose dan berperan memudahkan
migrasi dari fragmen DNA berdasarkan perbedaan kekuatan ionic.
- Gelred

Untuk memberi warna pada DNA saat dipancarkan sinar UV

- Leadder 1kb dan 100bp

DNA ladder yang digunakan untuk menyesuaikan dengan besar

pasang basa target yang dicari.
- Loading Dye

Mengandung pemberat yaitu senyawa yang memiliki massa jenis

tinggi, agar saat dimasukkan dalam sumur DNA tenggelam dan
tidak mengapung. Di leader terdapat pewarna untuk memberikan
tanda warna biru yang menandakan DNA sudah bergerak sampai
mana.

5
 3. Sampel
- Sampel hasil amplifikasi pada PCR

G. PROSEDUR KERJA
A. Pembuatan Gel Agarose
1. Timbang 2gr bubuk agarose dengan kertas timbang pada
timbangan digital.

2. Tuang bubuk agarose kedalam erlenmeyer, kemudian masukkan

larutan buffer TAE 1x sebanyak 100ml menggunakan corong,
setelah itu dihomogenkan.
3. Tutup erlenmeyer dengan alumunium foil, kemudian masukkan
larutan agar kedalam microwave dengan suhu 100˚C selama 3
menit.

6
4. Keluarkan agar dari microwave dan homogenkan kembali,
kemudian masukkan lagi kedalam microwave dengan suhu dan
waktu yang sama.

5. Keluarkan agar dari microwave biarkan suhu menjadi 50˚C atau

dapat disentuh dengan telapak tangan.

6. Setelah suhu sudah tepat tambahkan gelred 10.000x sebanyak

10µl, kemudian dihomogenkan.
7. Pasang comb pada cetakan, dan isolasi pinggir cetakan dengan
isolasi kertas.
8. Tuang agar kedalam cetakan jangan sampai ada gelembung dan
jika ada kotoran pipet kotoran agar tidak menganggu pembacaan,
tunggu hingga agar menjadi padat.
9. Tarik comb atau sisir secara perlalahan dari agar dan lepas isolasi
kertas pada cetakan. Kemudian masukkan cetakkan kedalam alat
eletroforesis.

7
 10. Tuang buffer TAE 1x kedalam alat elektroforesis hingga gel
agarose terendam.

11. Elektroforesis siap digunakan.

B. Prosedur Elektroforesis
1. Buatlah kertas kerja untuk urutan sumur di elekteroforesis.
Dengan urutan reagen lama, reagen baru, dan kit.
1kb A1 A2 A3 A4 100bp B1 B2 B3 B4 1kb A1 A2 A3 A4
Reagen Baru = B1 B2 B3 B4
1kb & 100bp = Ladder
Atas = Sumur hijau
Bawah = Sumur biru
2. Bersihkan meja kerja, kemudian tempelkan isolasi bening untuk
pemcampuran DNA dengan loading dye.

8
3. Teteskan 10 μL sampel reagen baru sesuai dengan urutan pada
kertas kerja kemudian ditambahkan dengan loading dye,
homogenkan dengan cara sedot semprot.

4. Pipet sebanyak 10 μL ladder pada sumur yang sudah ditentukan

pada kertas kerja, kemudian pipet sampel dari hasil PCR
sebanyak 5 μL dan sampel dengan reagen baru 10 μL pada sumur
selajutnya sesuai dengan lembar kerja.
5. Sampel dari hasil PCR dilakukan secara duplo pada sumur biru
dan sumur hijau.

6. Colokan kabel pada power supply, dengan kabel merah (+) dan
hitam
(-). Kemudian colokan ujung kabel satunya pada alat
elektroforesis dengan kabel (+) dibagian bawah dan kabel (-)
bagian atas. Kemudian tutup penutup alat elektroforesis. Atur
tegangan menjadi 110 volt dalam waktu 40 menit

9
 7. Baca hasil dengan cara membaca agarose pada alat uvitek dengan
panjang gelombang 260 nm
8. Dokumentasikan hasil dari elektroforesis kemudian dilihat pita
yang terbentuk.

F. HASIL PRAKTIKUM

Berdasarkan hasil pengamatan setelah dilakukan running pada

elektroforesis pada fragmen DNA maka didapatkan data berupa gambar,
hasil yang diperoleh menunjukkan pada beberapa kelompok
memperlihatkan adanya pita ada juga yang tidak. Terlihat adanya pita

10
 artinya proses PCR atau isolasi berhasil dilakukan berarti hasil positif
sedangkan jika tidak terlihat pita maka hasil negatif.
Didapat hasil dari sampel PCR = A1 (-), A2 (-), A3 (+), A4 (+)
B1 (-), B2 (-), B3 (+), B4 (+)
Sampel isolasi = A1 (+), A2 (+), A3 (+), A4 (+)
B1 (-), B2 (+), B3 (-), B4 (-)

G. PEMBAHASAN
Sampel yang sudah diamplifikasi pada alat PCR di tambahkan
loading dye kemudian dimasukkan kedalam lempeng agarose. Loading
dye digunakan untuk memberatkan DNA agar jatuh ke dalam lempeng,
dan untuk memudahkan DNA bergerak, sedangkan marker digunakan
untuk mengetahui patokan ukuran DNA, semakin tinggi basepairs maka
ukuran DNA semakin besar. Pada marker terlihat hasil yang kurang
begitu jelas karena marker yang kami gunakan sudah tidak bagus karena
itu patokan pengukuran untuk DNA yang terbentuk tidak dapat diukur.
Pemipetan harus dilakukan dengan hati agar DNA masuk
sempurna, dan jangan sampai agar robek karena akan mempengaruhi
pergerakan DNA. Tahap isolasi juga berperan penting dalam
memperlihatkan hasil pada elektroforesis isolasi yang gagal dan tidak
berhasil mendapatkan DNA target harus dilakukan isolasi ulang, tidak
hanya itu saat melakukan mix PCR sampel bakteri harus benar benar
terambil sehingga proses PCR berjalan lancar, maka proses
elektroforesispun akan berjalan lancar. Pada beberapa kelompok terlihat
smir, adanya smir menandakan DNA yang terpotong potong, atau adanya
RNA dan protein.
Perbedaan hasil pada sampel bakteri yang sudah di amplifikasi
dengan hasil isolasi yang belum diamplifikasi terlihat jelas. Hasil isolasi
berapa di atas karena DNA yang di elektroforesis masi berukuran besar
sehingga DNA lambat bergerak, sedangkan hasil amplifikasi berada di
pertengahan marker, yang artiya DNA berukuran kira kira setengah dari
marker.

11
 Waktu elektroforesis di tandai dengan indikator warna (biru, oren,
hijau/kuning) yang sudah sampai pada ujung gel. Warna orange adalah
warna yang paling cepat bergerak
H. KESIMPULAN
Dari praktikum biologi molekuler yang kami lakukan pada tanggal
30 September 2020 dengan materi elektroforesis dan pembuatan agarose
2% didapat hasil berupa pita DNA yang dapat dilihat dibawah sinar UV.
Hasil dari pita DNA ada yang jelas terlihat, adanya kurang nyata, ada juga
yang tidak terbentuk.

12
 Bekasi, 30 Agustus 2020

Mengetahui,
PRAKTIKAN PEMBIMBING

Maulina Afifah
Dewi Inderiati, S.Si., M.Biomed.
(P3.73.34.2.19.023)
NILAI

Ahmad Fahrurrozi, S.Si., M.Sc.

Indra Lesmana, S.Si., M.Biotech.

13