LAPORAN PRAKTIKUM BIOKIMIA TANAMAN

“KINETIKA ENZIM”

Disusun Oleh

Nama : Dyah Anggita Rachmawati

NIM : 205040200111129

Kelas : H

Asisten : Alzena Aufannisa Syahda

PROGRAM STUDI AGROEKOTEKNOLOGI

FAKULTAS PERTANIAN

UNIVERSITAS BRAWIJAYA

MALANG

2021
 BAB I PENDAHULUAN
1.1 Latar Belakang
Proses katalisasi yang dilakukan oleh enzim timbul dari bagian atau suatu komponen
protein pembentuk enzim. Sifat katalis enzim memicu untuk meningkatkan kerja reaksi dan
tidak larut dalam proses reaksi, sehingga enzim dapat digunakan kembali oleh substrat
lainnya. Reaksi yang ditimbulkan enzim ini bersifat reversible atau dapat Kembali lagi.
Kinetika enzim merupakan suatu bagian dari ilmu enzim yang mempelajari terkait
perhitungan cara kerja dan efektivitas suatu enzim dalam menjalankan tugasnya. (Sulastri
dan Erlidawati, 2020)
Pada umumnya enzim yang berikatan langsung maupun tidak langsung dengan
inhibitor, maka enzim tersebut akan langsung rusak atau sudah tidak efektif lagi untuk
digunakan. Karena kerja inhibitor adalah menghambat kerja enzim atau bahkan dapat
merusak kerja enzim. Inhibitor memiliki beberpa jenis, yaitu yang dapat lepas dan tidak
dapat lepas. Inhibitor yang tidak dapat lepas akan sangat berakibat fatal terhadap
keefektivan kerja enzim. Tetapi pada inhibitor yang dapat lepas, sedikit banyak lebih baik
daripada inhibitor yang tidak dapat lepas. Tetapi tetap saja inhibitor yang dapat lepas
memiliki keterikatan yang bermacam pula dengan enzim. Terdapat ikatan kompetitif, non-
kompetitif dan unkompetitif. Dari ketiga jenis inhibitor yang dapat lepas ini, inhibitor
unkompetitif-lah yang sangat berbahaya untuk keefektifan kerja enzim. Sesuai dengan
pernyataan Hermanto (2013) bahwa inhibitor unkompetitif memiliki dampak yang sangat
buruk bagi laju reaksi enzim yang ditunjukkan dari grafik kecepatan laju reaksi enzim
diibawah setengah kecepatan maksimal.
1.2 Tujuan
Mengetahui bagaimana keefektifan kerja kinetis yang dilakukan oleh enzim pada
keadaan normal maupun ketika terdapat inhibitor.
1.3 Manfaat
Diharapkan dapat memahami bagaimana kerja kinetis enzim dalam berbagai
keadaan agar dapat menerapkan dan memaksimalkan kerja enzim pada saat diaplikasikan
pada bidang pertanian.
 BAB II TINJAUAN PUSTAKA
1.1 Definisi dan Mekanisme Kerja Enzim
Enzim merupakan zat protein maupun non protein yang bersifat biokatalisator.
(Hermanto, 2013).
Dalam menjalankan proses kerjanya, enzim menggunakan dua teori yaitu lock and
key dan induced fit. Mekanisme kerja menggunakan teori lock and key seperti gembok
yaitu enzim dan kunci yaitu substrat. Yaitu substrat akan masuk ke dalam sisi aktif enzim.
Sedangkan mekanisme kerja dengan teori induced fit yaitu substrat tidak memiliki bentuk
yang sama dengan sisi aktif enzim melainkan hampir menyerupai. Oleh karena itu, enzim
akan menyesuakan sisi aktifnya dengan bentuk substrat sehingga akan membentuk enzim
dan substrat yang kompleks. (Hermanto, 2013)
1.2 Teori Kerja Enzim
Ada beberapa teori bekerja enzim yaitu;
1. Teori Gembok dan Kunci (Lock and Key)
Enzim ini diumpamakan seperti gembok dan substratnya sebagai kunci. Sehingga
substrat akan mengaitkan dirinya sesuai dengan bentuk dari sisi aktif enzim.
2. Teori Induksi (Induced Fit)
Pada teori ini, enzim memiliki bentuk sisi aktif yang dapat menyesuaikan bentuk
substrat. Saat produk yang dihasilkan keluar, maka enzim tidak lagi aktif sehingga
enzim tersebut masih dapat bereaksi dengan substrat lain.
(Hermanto, 2013)
1.3 Karakteristik Enzim
1. Enzim bekerja secara khusus atau spesifik, maksudnya satu enzim akan berikatan
dengan satu substrat hingga terbentuknya produk.
2. Dapat bekerja secara bolak-balik.
3. Berperan sebagai biokatalisator.
4. Aktivitas enzim berada pada luar sel.
5. Proses yang dapat dikendalikan enzim yaitu proses respirasi, pertumbuhan,
perkembangan, kontraksi otot, fotosintesis, serta fiksasi N.
(Hermanto, 2013)
1.4 Definisi Inhibitor + Macam-macam Inhibitor + contoh
Inhibitor merupakan beberapa senyawa yang dapat menghambat atau menurunkan
kerja katalitik suatu enzim. Zat asing seperti racun atau obat-obatan dapat
menghambatenzim tertentu dalam metabolisme keadaan tubuh normal.
Inhibitor terdiri dari dua jenis yang utama yaitu;
1. Reversibel
Inhibitor reversibel ini dapat dihilangkan dari enzim melalui proses dialisis ekstensif.
Inhibitor reversibel dapat lepas dari enzim karena inhibitor ini mengikat enzim secara non-
kovalen.
Inhibitor reversibel dapat dibagi menjadi 3 golongan yaitu;
1) Kompetitif
Memiliki struktur yang sama dengan substrat. Oleh karena itu, inhibitor ini
berkompetisi dengan substrat untuk berikatan dengan sisi aktif enzim. Inhibitor akan
membuat ikatan kompleks enzim-inhibitor (EI) yang bergantung pada inhibitor.
Maka, proses kompetisi bergantung ada konsentrasi inhibitor dan substrat.
Contoh:
 a. Ion malonat yang menghambat kerja dehidrogenase suksinat pada siklus krebs.
b. Inhibitor acetazolamide berkompetisi untuk mendapatkan sisi aktif pada enzim
karbonat anhidrase.
2) Nonkompetitif
Inhibitor ini tidak berkompetisi dengan substrat, melainkan akan menempati sisi
lain enzim bukan pada sisi aktif. Sehingga, apabila terbentuk kompleks substrat-
enzim-inhibitor maka aktivitas katalitik enzim akan turun atau terhambat.
Contoh:
a. Ion logam berat seperti Hg, Ag, dan Pb yang berperan secara reversibel. Terhadap
enzim gugus tiol yang termasuk kedalam enzim protease.
b. Asam EDTA dapat mengkelatkan logam yang dibutuhkan untuk beberapa
aktivitas enzim.
3) Unkompetitif
Inhibitor ini hanya akan mengikat pada saat enzim sudah berikatan dengan
substrat, sehingga akan terbentuk Substrat-Enzim-Inhibitor. Inhibitor dapat berikatan
pada sisi aktif dan bertumpang tindih dengan substrat atau berada di sisi lain sisi aktif
enzim. Hal ini mengakibatkan kerja katalis enzim dan daya mengikat substrat akan
berkurang.
Contoh:
Inhibitor fenilalanin yang menghambat plasenta alkali fosfat.
2. Irreversibel
Inhibitor jenis ini berikatan sangat kuat atau dengan kata lain membentuk ikatan
kovalen dengan enzim. Sehingga enzim yang dihinggapi inhibitor jenis ini akan rusak
tidak dapat beraktivitas.
Contoh:
1) Inhibitor diisopropil fluorofosfat (DFP) menghambat kerja enzim asetilkolinester.
Asetilkolinesterase berperan dalam mendegradasi asetilkolin yang terdapat pada
sinapsis kolinergik. Sisi aktif enzim ini memiliki residu yang sangat berperan
dalam kerja enzimnya. Oleh karena itu DFP akan menghentikan kerja enzim
dengan mengikatnya secara kovalen.
2) Inhibitor pada aspirin menyebabkan terhenti secara permanen aktivitas dari enzim
cylooxygen. Enzim ini akan membentuk ikatan kovalen yang stabil pada situs
aktif enzim. Oleh karena itu, aspirin digunakan untuk mengobati inflamasi dan
antipiretik.
(Puri, 2020)

1.5 Faktor yang Mempengaruhi Reaksi Enzimatik

1. Substrat
Cepat lambatnya laju kerja enzim biasanya dipengaruhi oleh substratnya.
Menambah konsentrasi substrat yang melampaui energi aktivasi maksimum, maka
lama-kelamaan kecepatan reaksi akan menurun. Konsentrasi enzim, jumlah enzim yang
berikatan dengan substrat, serta konstanta Michaelis juga berpengaruh dalam kecepatan
laju kerja enzim.
2. Suhu
Laju reaksi enzim akan meningkat apabila direaksikan pada suhu optimum
masing-masing enzim. Suhu yang melampaui batas maksimum enzim, maka enzim
 akan mengalami kerusakan, sedangkan pada suhu minimum maka enzim akan berada
pada fase inaktif.
3. Keasaman (pH)
pH yang terlalu tinggi maupun terlalu rendah maka akan mengakibatkan
kerusakan pada protein enzim. pH optimal yang dimiliki setiap enzim dapat berbeda-
beda.
4. Inhibitor
Molekul ini dapat menghambat bahkan merusak kerja enzim, sehingga enzim
tidak mampu beraktivitas kembali.
(Fifendy, 2017)
1.6 Persamaan Michaelis Menten
Penelitian Michaelis dan Menten menunjukkan kecepatan awal, substrat berkurang
sangat minim sehingga dianggap konstan. V0 diamati dengan meragamkan substrat dengan
enzim yang tetap. V0 akan semakin meningkat sejajar dengan meningkatnya konsentrasi
substrat sehingga membentuk garis yang searah.

(Himmah, 2018)
Hubungan antara KM dengan VMax dituangkan dalam persamaan berikut;

(Himmah, 2018)
Keterangan:
v : Kecepatan reaksi
VMzx : Kecepatan maksimum
[S] : Konsentrasi substrat
KM : Konstanta Michaelis
Kemudian beliau menjabarkan menjadi dua tahap yaitu saat membentuk kompleks
substrat enzim dan kompleks enzim substrat.

(Himmah, 2018)
Atau dapat juga terbentuk reaksi dari gabungan kedua tahapan tersebut yaitu;
 (Himmah, 2018)
(Himmah, 2018)
 BAB III
PEMBAHASAN
3.1 Grafik Simulasi Enzim dengan Software
3.1.1 Grafik Hubungan Km dan Vmaks

Berdasarkan dari grafik diatas menunjukkan bahwa, sebenarnya enzim tidak

pernah bisa menyentuh Vmax. Oleh karena itu, perhitungan kerja enzim
menggunakan perhitungan Km dan 1/2Vmax. Km atau konsentrasi substrat saat
kecepatan reaksi sama dengan setengah kecepatan maksimum.
3.1.2 Grafik Tanpa Inhibitor

Berdasarkan hasil grafik diatas, kerja enzim tanpa inhibitor cenderung lebih konstan.
Hal ini dikarenakan tidak ada yang mengganggu hubungan antara enzim dengan substrat
agar bekerja dengan baik dan sesuai bagaimana seharusnya.
3.1.3 Grafik Inhibitor kompetitif

Pada enzim yang berikatan dengan inhibitor kompetitif maka semakin lama proses
atau kerja enzim akan semakin lebih berkurang dari seharusnya yang berikatan dengan
substrat.
3.1.4 Grafik Inhibitor Unkompetitif

Jika dibandingkan dengan inhibitor kompetitif, inhibitor ini mengurangi lebih

banyak keefektifan kerja enzim dari seharusnya. Semakin banyak mol jumlah inhibitornya
pasti akan semakin menurunkan kerja enzim.
3.1.5 Grafik Inhibitor Non Kompetitif

Pada enzim dengan inhibitor non kompetitif ini, ternyata sangat berpengaruh
terhadap kerja enzim, pasalnya inhibitor ini mampu menurunkan secara drastis keefektifan
 kerja enzim dengan 5 mol konsentrasi inhibitor hampir menyentuh angka nol atau yang
berarti merusak kerja enzim.
3.2 Analisa Grafik.
Pada grafik Vmax dan Km, hubungan antara keduanya dihubungkan dengan nilai
setengah Vmax. Sehingga apabila nilai Vmax 100 maka nilai setengah Vmaxnya adalah
50, kemudian pada garis grafik ditarik lurus kebawah maka akan menunjukkan nilai Km.
Maka semakin tinggi nilai kecepatannya maka akan semakin tinggi pula nilai Kmnya.
Sesuai dengan pernyataan dari Rahmawati (2018) bahwa Km menyatakan efektivitas
kemampuan katalitik enzim dengan pengertian jumlah substrat saat kecepatan katalis pada
separuh Vmax atau kecepatan maksimal.
Pada grafik tanpa adanya inhibitor, enzim dapat bekerja seacara maksimal hanya
dengan substrat yang lebih sedikit sika dibandingkan dengan pada saat ada inhibitor. Untuk
tetap memaksimalkan kerja enzim saat ada inhibitor, maka diperlukan substrat dalam
konsentrasi yang lebih banyak dibandikan kebutuhan substrat saat enzim tidak ada
inhibitor. Selain itu pada grafik enzim dengan inhibitor diketahui bahwa inhibitor yang
paling andil fatal pada kerja enzim adalah inhibitor non-kompetitif. Hal ini ditunjukkan
dari perbandingan ketiga inhibitor dalam tiga macam perlakuan konsentrasi inhibitornya.
Terlihat pada grafik bahwa enzim dengan inhibitor non-kompetitif, kecepatan kemampuan
katalitiknya menurun drastic dari yang seharusnya dan semakin tinggi konsentrasi
inhibitor akan semakin fatal pula dampaknya pada kerja enzim.
Purwanti (2015) menyatakan bahwa hambatan non-kompetitif tidak dipengaruhi
banyaknya jumlah substrat, karena inhibitor non-kompetitif ini akan menempel saat enzim
juga terkait dengan substrat. Oleh karena itu, semakin banyak subtract yang menempel
maka akan semakin banyak juga inhibitor yang dapat berkaitan juga.
 BAB IV
PENUTUP
4.1 Kesimpulan
Enzim yang berkaitan dengan inhibitor akan menghambat kerja enzim, terutama
apabila enzim berikatan dengan inihibitor non-kompetitif. Inihibitor non-kompetitif
berakibat sangat fatal terhadap kerja enzim. Terlihat pada grafik, inhibitor ini menurunkan
secara ekstrim keefektivan kerja enzim.
4.2 Kritik dan Saran
Format laporan sedikit membingungkan dan kurang terencana, sehingga perlu di
pastikan agar lebih mudah penyampaiannya kepada praktikan.
 DAFTAR PUSTAKA
Fifendy, Mades. 2017. Mikrobiologi, Depok: Kencana.
Furqaani, A. Rahmah, A. Khairunnisa, Kholifah, N. K. Sari, N. Hadi, dan S. Yulianti. 2017.
Big Book Biologi SMA/MA Kelas X, XI, & XII, Jakarta: Cmedia.
Hermanto, Bambang. 2013. Big Bank Soal-Bahas Biologi SMA/MA, Cipedak: WahyuMedia.
Himmah, L. Faiqotul. 2018. Penentuan Parameter Kinetik Endo-β-1,4-D-Xilanase Asal
Abdomenal Rayap Dengan Substrat Xilan Oat dan Borchwood. Skripsi. Jurusan Kimia
Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Jember.
Puri, Dinesh. 2020. Textbook of Medical Biochemistry, 4th Updated Edition, Haryana: Elsevier
Healt Sciences.
Purwanti, A. Chonita. 2015. Pengaruh Suhu dan pH Terhadap Aktivitas Enzim Xilanase Dari
Trichoderma viride Yang Ditumbuhkan Pada Media Tongkol Jagung. Skripsi. Jurusan
Biologi Fakultas Sains dan Teknologi Universitas Islam Negeri Maulana Malik Ibrahim.
Rahmawati, Elox Yuniar. 2018. Uji Karakteristik Enzim β-1,4-Glukosidase Pada Berbagai
Yeast Serta Kinetika Reaksi Enzim Campuran. Skripsi. Program Studi Teknik Kimia
Fakultas Teknik Universitas Muhammadiyah Surakarta.
Sulastri dan Erlidawati. 2020. Biokimia Dasar Bermuatan Nilai-Nilai Karakter, Aceh: Syiah
Kuala University Press.
LAMPIRAN
Dari kiri ke kanan: Competitive, Uncompetitive, Noncompetitive Inhibitor

Konsentrasi Inhibitor: 1 mol/Liter

Konsentrasi Inhibitor: 2 mol/Liter

Konsentrasi Inhibitor: 5 mol/Liter