TUGAS UJIAN PRAKTIKUM

“MEDICAL BIOCHEMISTRY”

BIOKIMIA

DISUSUN OLEH

Khairunnisa Salsabila 1918011069

Machmud Aminudin 1918011056

Rr Astri Nur Azizah Utama 1918011030

DOSEN PENGAMPU MATA KULIAH

dr. Syazili Mustofa, M. Biomed

PROGRAM STUDI PENDIDIKAN KEDOKTERAN

FAKULTAS KEDOKTERAN UNIVERSITAS LAMPUNG

2020
 BAB 6
PROTEIN KATALITIK – ENZIM

Setelah membaca bab ini, Anda seharusnya dapat:

■ Menjelaskan karakteristik reaksi enzimatik dari sudut pandang energi bebas,
kesetimbangan, dan kinetika.
■ Mendiskusikan struktur dan komposisi enzim, termasuk peran kofaktor, dan kondisi
yang mempengaruhi reaksi enzimatik.
■ Menjelaskan kinetika enzim berdasarkan persamaan Michaelis-Menten dan
pentingnya konstanta Michaelis (Km).
■ Menjelaskan unsur-unsur struktur enzim yang menjelaskan kekhususan substrat
dan aktivitas katalitiknya.
■ Menjelaskan mekanisme pengaturan yang mempengaruhi reaksi enzimatik,
termasuk pengaturan oleh efektor allosterik dan modifikasi kovalen.
■ Mendiskusikan penggunaan terapeutik inhibitor enzim dan kegunaan diagnostik uji
enzim klinis.

PENGANTAR

Hampir semua fungsi biologis didukung oleh reaksi kimia yang dikatalisis oleh
katalis biologis yang disebut enzim.

Metabolisme yang efisien dikendalikan oleh jalur metabolisme teratur, berurutan, dan
bercabang. Enzim mempercepat reaksi kimia dalam kondisi fisiologis. Namun, enzim tidak
dapat mengubah kesetimbangan untuk reaksi; enzim hanya dapat mempercepat laju reaksi
dengan mengurangi energi aktivasi reaksi (Gambar 6.1). Regulasi aktivitas enzimatik
memungkinkan metabolisme untuk beradaptasi dengan kondisi yang berubah dengan cepat.
Hampir semua enzim adalah protein, meskipun beberapa molekul asam ribonukleat, disebut
ribozim, juga memiliki aktivitas katalitik (Bab 21). Berdasarkan analisis genom manusia,
diperkirakan sekitar seperempat gen manusia mengkode enzim yang mengkatalisasi reaksi
metabolisme.

61
REAKSI ENZIM
Faktor yang mempengaruhi reaksi enzimatik.

Pengaruh suhu
Enzim memiliki suhu optimal yang berfungsi paling efisien
Dalam kasus katalis anorganik, laju reaksi meningkat dengan suhu sistem, dan suhu
tinggi dapat digunakan untuk mempercepat reaksi. Sebaliknya, enzim biasanya
berfungsi sebagai katalis pada suhu konstan (ambient atau tubuh). Namun, dalam
pengujian in vitro, aktivitas enzim meningkat dengan suhu tetapi kemudian menurun
pada suhu yang lebih tinggi. Ini terjadi karena enzim, seperti semua protein,
mengalami denaturasi pada suhu tinggi dan kehilangan aktivitas.

Pengaruh Ph
Setiap enzim memiliki pH optimal karena asam amino terionisasi, seperti histidin,
glutamat, dan sistein, berpartisipasi dalam reaksi katalitik.
Enzim sitosol memiliki pH optimal dalam kisaran pH 7-8. Pepsin, yang disekresikan
oleh sel-sel lambung dan fungsi dalam cairan lambung, memiliki pH optimal 1,5-2,0;
tripsin dan kimotripsin memiliki optimal pH basa, konsisten dengan aktivitas
pencernaannya dalam getah alkali pankreas ; dan enzim lisosomal biasanya memiliki
optimal pH asam. Sensitivitas pH enzim dihasilkan dari efek pH pada muatan ionik
rantai samping asam amino enzim. Berbagai zat terlarut, termasuk substrat, produk,
ion logam, dan molekul pengatur, juga memengaruhi laju reaksi enzimatik.

Definisi Aktivitas Enzim

Satu unit internasional (IU) enzim mengkatalisasi konversi 1 μ mol substrat ke

produk per menit.
Untuk keperluan standarisasi, aktivitas enzim diukur dalam kondisi yang ditentukan
(suhu, pH, buffer, substrat, dan konsentrasi koenzim). Tingkat, atau kecepatan (v), reaksi
enzimatik dalam kondisi ini didefinisikan sebagai laju konversi substrat ke produk per
unit waktu. Satuan enzim adalah ukuran jumlah enzim. Katal adalah satuan internasional
untuk jumlah enzim yang

61
 BAB 6 Protein Katalitik - Enzim 61.e1

Abstrak

Enzim adalah protein yang mengkatalisasi reaksi metabolisme. Laju proses metabolisme
sangat ditentukan oleh jumlah protein enzim dan aktivitas intrinsiknya, diukur sebagai mol
substrat yang dikonversi menjadi produk per unit waktu dalam kondisi tertentu; satuan
internasional (IU) aktivitas enzim diukur sebagai μ mol substrat dikonversi menjadi produk
per menit. Aktivitas enzim dipengaruhi oleh berbagai faktor, termasuk didalamnya yaitu
suhu; pH; konsentrasi garam; konsentrasi koenzim, kofaktor, dan efektor alosterik;
modifikasi kovalen; dan variasi dalam ekspresi gen. Analisis kinetik dan struktural enzim
memberikan wawasan ke dalam situs aktif mereka dan mekanisme katalitik, yang mengarah
pada pengembangan obat yang dirancang untuk menghambat jalur metabolisme spesifik.
Enzim digunakan dalam uji klinis untuk mengukur konsentrasi substrat dalam cairan biologis,
dan pengukuran konsentrasi enzim dalam cairan biologis, seperti serum dan plasma, berguna
untuk diagnosis dan pemantauan banyak kondisi klinis.

Kata kunci
Regulasi alosterik
Apoenzim
Pusat Katalitik
Koenzim
Inhibitor kompetitif
Kinetika Enzim
Holoenzim
Katal
Konstanta Michaelis
Kelompok Prostetik
Penentu kadar enzim
Serin Protease
Aktivitas Spesifik

61
 62 BAB 6 Protein Katalitik - Enzim

Gambar 6.1 Profil reaksi untuk reaksi enzimatik dan nonenzimatik. Prinsip dasar dari
reaksi yang dikatalisis oleh enzim adalah sama dengan prinsip untuk reaksi kimia apa pun.
Ketika reaksi kimia berlangsung, substrat harus mendapatkan energi aktivasi untuk
mencapai titik yang disebut keadaan transisi reaksi, dimana tingkat energi maksimum.
Karena keadaan transisi dari reaksi yang dikatalisis oleh enzim memiliki energi yang lebih
rendah daripada reaksi yang tidak terkatalisasi, reaksinya dapat berjalan lebih cepat. ES
kompleks, kompleks enzim-substrat; Kompleks EP, kompleks enzim-produk.

mengkatalisasi konversi 1 mol substrat menjadi 1 mol produk per detik (1 kat =1 mol / s).
Karena katalis umumnya angka yang sangat kecil, unit internasional yang jauh lebih besar
(IU) lebih umum digunakan sebagai unit aktivitas standar. IU yang umum digunakan adalah
jumlah enzim yang mengkatalisis konversi 1 mikromol substrat menjadi produk per menit (1
IU = 1 μmol / mnt).

61
 Aktivitas spesifik suatu enzim adalah ukuran jumlah IU / mg protein

Aktivitas spesifik enzim, ukuran aktivitas per jumlah protein, dinyatakan sebagai μmol /
min / mg protein atau IU / mg protein. Aktivitas spesifik enzim sangat bervariasi di antara
jaringan, tergantung pada fungsi metabolisme jaringan. Enzim untuk sintesis kolesterol,
misalnya, memiliki aktivitas spesifik yang lebih tinggi (IU / mg jaringan) di hati daripada
di otot, konsisten dengan peran hati dalam biosintesis kolesterol. Aktivitas spesifik suatu
enzim berguna untuk memperkirakan kemurniannya - semakin tinggi aktivitas spesifik
suatu enzim, semakin tinggi kemurniannya, atau homogenitasnya.

Reaksi dan Spesifisitas Substrat

Sebagian besar enzim sangat spesifik untuk jenis reaksi yang dikatalisis dan sifat
substrat.
Reaksi yang dikatalisis enzim ditentukan secara kimiawi oleh residu asam amino di pusat
katalitik enzim. Secara umum, situs aktif enzim terdiri dari
Tabel 6.1 Klasifikasi enzim

Kelas Reaksi Enzim

1. Oksidoreduktase Areduksi + Boksidasi → Aoksidasi + Breduksi Dehidrogenase,
Peroksidase

2. Transferase A-B + C → A + B-C Heksokinase,

Transaminase
3. Hidrolase AB + H 2 HAI → AH + B-OH Alkaline fosfatase,
Tripsin
4. Liase(sintase) X-A-B-Y → A = B + XY Fumarase,
Dehidrasi
5. Isomerase A ⇌ isoA Triose fosfat
isomerase,
fosfoglukomutase
6. Ligase A + B + ATP → A-B + ADP+ Pi Piruvat karboksilase,
(sintetase) ligase DNA

situs pengikat substrat dan situs katalitik. Spesifisitas substrat ditentukan oleh ukuran,
struktur, muatan, polaritas, dan hidrofobisitas dari situs yang mengikat substrat. Ini
karena substrat harus mengikat di situs aktif sebagai langkah pertama dalam reaksi,

61
mengatur tahapan untuk katalisis. Enzim yang sangat spesifik seperti katalase dan
urease, yang menurunkan H2O2 dan urea, masing-masing, mengkatalisasi hanya satu
reaksi kimia spesifik, tetapi beberapa enzim memiliki spesifisitas substrat yang lebih
luas. Serin Protease adalah contoh khas dari kelompok enzim tersebut. Ini adalah
keluarga enzim yang berkaitan erat, seperti enzim pankreas kimotripsin, tripsin, dan
elastase, yang mengandung residu serin reaktif di situs katalitik. Mereka mengkatalisis
hidrolisis ikatan peptida pada sisi karboksil dari sejumlah terbatas asam amino dalam
protein. Walaupun mereka memiliki struktur dan mekanisme katalitik yang serupa,
kekhususan substratnya sangat berbeda karena fitur struktural dari situs pengikatan
substrat (Gambar 6.2).
Semua enzim diberi nomor empat digit klasifikasi enzim (EC) untuk mengatur
berbagai enzim yang mengkatalisasi ribuan reaksi. Digit pertama menunjukkan
keanggotaan salah satu dari enam kelas utama enzim yang ditunjukkan pada Tabel 6.1.
Dua digit berikutnya menunjukkan subclass substrat dan sub-subclass; digit keempat
menunjukkan nomor seri enzim spesifik. Isozim adalah enzim yang mengkatalisasi
reaksi yang sama tetapi berbeda dalam struktur primer dan / atau komposisi subunitnya.
Aktivitas beberapa enzim dan isozim spesifik jaringan diukur dalam serum untuk tujuan
diagnostik (Gambar 6.3 dan Tabel 6.2).

Peran koenzim

Molekul pembantu, disebut sebagai koenzim, memainkan bagian penting

dalam banyak reaksi yang dikatalisis oleh enzim

Enzim dengan koenzim terikat kovalen atau nonkovalen disebut sebagai holoenzim.
Holoenzim tanpa

61
 BAB 6 Protein Katalitik - Enzim 63

Gambar 6.2 Karakteristik situs pengikatan substrat dalam serin protease kimotripsin , tripsin,
dan elastase. Dalam kimotripsin, kantung hidrofobik mengikat residu asam amino aromatik
seperti fenilalanin (Phe). Dalam tripsin, muatan negatif dari residu aspartat di situs yang
mengikat substrat mendorong pembelahan ke sisi karboksil dari residu lisin (Lys) dan arginin
(Arg) bermuatan positif. Dalam elastase, rantai samping valin dan treonin memblokir situs
yang mengikat substrat dan memungkinkan pengikatan asam amino dengan rantai samping
yang kecil atau tidak sama sekali, seperti glisin (Gly). ▼situs hidrolisis oleh enzim.

61
Gambar 6.3 Pola densitometrik isozim laktat dehidrogenase (LDH) dalam serum pasien yang
didiagnosis dengan infark miokard atau hepatitis akut. Isozim, berbeda sedikit dalam hal
muatan, dipisahkan oleh elektroforesis pada selulosa asetat, divisualisasikan menggunakan
substrat kromogenik, dan diukur dengan densitometri. Aktivitas serum LDH total juga
meningkat pada pasien-pasien ini. Karena hemolisis melepaskan LDH dari sel darah merah
dan memengaruhi distribusi isozim dan diagnosis banding, sampel darah harus dirawat
dengan hati-hati. Pengukuran LDH untuk diagnosis infark miokard sekarang telah digantikan
oleh uji troponin plasma dan biomarker lainnya.

Koenzim disebut sebagai apoenzim. Koenzim dibagi menjadi dua jenis, koenzim terlarut
berikatan secara dua arah (reversible) dengan sejumlah protein enzim. Mereka sering
mengalami modifikasi selama reaksi enzimatik dengan dipisahkan dari enzim dan didaur
ulang oleh enzim lain. Oksireduktase, dibahas pada bab 8, memiliki koenzim yang dapat
dioksidasi oleh satu enzim, kemudian dikurangi dan didaur ulang oleh enzim yang lainnya,
Koenzim, seperti koenzim A, membantu dalam proses pengangkutan zat antara dari satu
enzim menuju enzim lainnya selama serangkaian reaksi. Sebagian besar koenzim merupakan
turunan vitamin. Turunan dari vitamin B1, niasi, dan riboflavin, bertindak sebagai koenzim
untuk reaksi oksireduktase. Struktur dan fungsi koenzim dijelaskan dalam bab-bab
selanjutnya. Kelompok prostetik terikat erat, sering secara kovalen dengan enzim dan tetap
berikatan dengan enzim selama seluruh siklus katalitik. Beberapa enzim membutuhkan ion
anorganik (logam), sering disebut juga kofaktor, untuk aktivitas mereka- msialnya enzim
pembekuan darah membutuhkan Ca2+ dan oksireduktase yang menggunakan besi, tembaga,
dan mangan.

KINETIKA ENZIM

Persamaan Michaelis-Menten : Model Katalisis Enzim Yang Sederhana

Reaksi enzim bersifat multi step dan terdiri dari beberapa reaksi parsial

Pada tahun 1913, jauh sebelum struktur protein diketahui, Leonor Michaelis dan Maud
Leonora mengembangkan sebuah model sederhana tentang kinetika reaksi yang dikatalisis
oleh enzim (Gambar 6.4). Model Michaelis-Menten mengasumsikan bahwa substrat S
berikatan dengan enzim E, membentuk zat perantara yang penting,

61
 64 BAB 6 Protein Katalitik - Enzim

Tabel 6.2 Beberapa enzim digunakan untuk diagnosis Klinik

Enzim Sumber Jaringan Penggunaan Diagnosis
AST Jantung, otot rangka, hati Penyakit hati
otak
ALT Hati Penyakit hati
(mis.hepatitis)
Amilase Pankreas, kelenjar ludah Pankreatitis akur,
obstruksi bilier
CK Otot rangka, jantung, otak Distrofi otot, infark
miokard
GGT Hati Hepatitis, sirosis
LDH Jantung, hati, Eritrosit Limfoma. Hepatitis
Lipase Pankreas Pankreatitis akut,
obstruksi bilier
Alkaline fosfatase Osteoblas Penyakit tulang, tumor
tulang
Asam Fofatase (PSA) Prostat Kanker prostat
AST, aspartate aminotransferase, sebelumnya dikenal sebagai serum
glutamat oksaloasetat transaminase (SGOT); ALT, alanine aminotransferase,
sebelumnya dikenal sebagai serum glutamat piruvat transaminase (SGPT);
CK, creatine phosphokinase; GGT, γ- glutamyl transpeptidase; LDH,
dehydrogenase laktat; PSA, antigen spesifik prostat (kallikrein 3).

KOTAK KLINIS
SPESIFIKASI JARINGAN ISOZIM DEHIDROGENASE LAKTAT
Seorang wanita 56 tahun dirawat di unit perawatan intensif. Pasien menderita sedikit
demam selama 1 minggu dan melaporkan beberapa nyeri dada dan kesulitan bernapas
selama 24 jam terakhir. Tidak ada kelainan yang ditemukan pada rontgen dada atau dengan
elektrokardiografi. Namun, tes darah menunjukkan sel darah putih 12.100 / mm 3
(normal: 4000–9000 / mm 3), sel darah merah 240 × 10 4 / mm 3
(normal: 380-500) × 10 4 / mm 3), hemoglobin 8,6 g / dL (normal: 11,8-16,0 g / dL), laktat
dehidrogenase (LDH) 1400 IU / L (normal: 200-400 IU / L). Kadar enzim lain normal.
Berdasarkan tes darah, profil isozim LDH, dan data lainnya, pasien akhirnya didiagnosis
dengan limfoma ganas.
Komentar
LDH adalah oksidoreduktase tetramerik yang terdiri dari dua subunit 35-kDa yang

61
 berbeda. Jantung mengandung terutama subunit tipe-H, dan otot rangka dan hati terutama
mengandung tipe M, yang dikodekan oleh gen yang berbeda. Lima jenis isozim tetramerik
dapat dibentuk dari sub-unit ini: H 4 ( LDH 1), H3 M.1 ( LDH 2), H 2 M. 2
(LDH 3), H 1 M. 3 ( LDH 4), dan M. 4 ( LDH 5). Karena distribusi isozim berbeda di antara
jaringan, adalah mungkin untuk mendiagnosis kerusakan jaringan dengan menguji aktivitas
total LDH dan kemudian memprofilkan isozim ( Gambar 6.3 ). Untuk nilai referensi
hematologis, lihat Tabel 5.2 dan Lampiran 1.

KOTAK KONSEP LANJUTAN

PROPORSI GEN ENZIM DALAM GENOM MENUSIA KESELURUHAN
Sekitar seperempat gen manusia menjadi enzim. Nama-nama kelompok enzim dengan
jumlah dan proporsi (persentase dalam tanda kurung) dalam total 26.383 gen manusia
adalah sebagai berikut: transferase, 610 (2.0); sintase dan sintetase, 313 (1.0);
oksidoreduktase, 656 (2.1); lyase, 117 (0.4); ligase, 56 (0,2); isomerase, 163 (0,5);
hidrolase, 1227 (4.0); kinase, 868 (2,8); enzim asam nukleat, 2308 (7.5).
Data asli (Venter et al., Science 291: 1335, 2001) dikutip di sini, sehingga klasifikasi tidak
persis cocok dengan nomenklatur dalam Tabel 6.2 .

KOTAK KLINIS
ISOZIM
Identifikasi isozim sering dilakukan di laboratorium klinis untuk tujuan diagnostik (lihat
Gambar 6.3 ). Definisi isozim sering bersifat operasional - yaitu, berdasarkan metode
pengujian substrat khusus yang sederhana dan dapat direproduksi yang terkadang tidak
memerlukan pengetahuan yang tepat tentang struktur enzim.
Syarat isozim umumnya digunakan untuk merujuk pada (1) varian genetik suatu enzim; (2)
protein independen secara genetik dengan sedikit homologi; (3) heteropolimer dari dua
atau lebih rantai polipeptida yang tidak terikat; (4) enzim yang tidak berhubungan yang
mengkatalisasi reaksi yang serupa, seperti enzim yang dikonjugasikan dengan kelompok
prostetik yang berbeda atau membutuhkan koenzim atau kofaktor yang berbeda; dan (5)
berbagai bentuk rantai polipeptida tunggal - misalnya, variasi komposisi karbohidrat,
deaminasi asam amino, atau modifikasi proteolitik.

61

Sekitar seperempat gen menyandi enzim. Nama-nama kelompok enzim dengan

kompleks enzim-substrat (ES), yang kemudian mengalami reaksi pada permukaan enzim dan
terurai menjadi E + P (produk). Model ini mengasumsikan bahwa E, S, dan ES semuanya
dalam kesetimbangan cepat satu sama lain sehingga konsentrasi steady-state ES cepat
tercapai dan bahwa penguraian kompleks ES menjadi E + P adalah langkah pembatasan
tingkat dalam katalisis. Laju reaksi keseluruhan secara langsung tergantung pada energi
aktivasi untuk dekomposisi kompleks ES ( Gambar 6.1 ).

Konstanta katalitik, kkat, juga dikenal sebagai angka turnover, adalah konstanta laju
yang menggambarkan seberapa cepat suatu enzim dapat mengkatalisasi suatu reaksi. kkat
didefinisikan sebagai jumlah molekul substrat yang dikonversi menjadi produk per
molekul enzim per unit waktu. Proporsi ES, dalam kaitannya dengan jumlah total molekul
enzim [E] t - yaitu, rasio [ES] / [E] t - membatasi kecepatan suatu enzim ( v) maka

v = kkat [ES]

Karena E, S, dan ES semuanya dalam kesetimbangan kimia, enzim ini mencapai kecepatan
maksimal, Vmaks, sangat tinggi

61
 BAB 6 Protein Katalitik - Enzim 65
(saturasi) konsentrasi substrat [S], ketika [ES] ≈ [ E] t (enzim total). Jadi untuk pemisahan
kompleks ES, hukum aksi massa menghasilkan:
[ E ] [S]
Kd =
[ ES]
Mengingat bahwa :
[E]t = [E] + [ES]
Dapat ditunjukkan sebagai berikut :
[ ES] [S ]
=
[E]t Km+[ S]
dimana Km = Kd
Oleh karenanya, rumus kecepatan reaksi enzim didapatkan sebagai :
kkat [ E ] t [S]
V=
Km+[S ]
Karena kkat [E]t sesuai dengan persamaan kecepatan maksimum, Vmaks, yang dicapai pada
konsentrasi substrat tinggi (saturasi), kita akan memperoleh persamaan Michaelis-Menten:
[S ]
V = Vmax
Km+[ S]
Analisis persamaan sebelumnya menunjukkan bahwa konstanta Michaelis, Km,
dinyatakan dalam satuan konsentrasi dan sesuai dengan konsentrasi substrat di mana v

1
adalah 50% dari kecepatan maksimum yaitu [ES]= [E]t dan v = Vmax/2 (Gambar 6.4)
2

61
Gambar 6.4 Sifat glukokinase dan heksokinase. Glukokinase dan heksokinase
mengkatalisasi reaksi yang sama, fosforilasi glukosa menjadi glukosa 6-fosfat (Glc-6-P).
Mereka menunjukan sifat kinetik yang berbeda dan memiliki distribusi jaringan dan fungsi
fisiologi yang berbeda

Km adalah konstanta yang berguna untuk memperkirakan afinitas enzim untuk substratnya.
Enim dengan Km tinggi memerlukan konsentrasi substrat tinggi untuk aktivitas yang efisien
sedangkan yang rendah Km beroperasi secara efisien pada tingkat jejak substrat. Model
Michaelis-Menten didasarkan pada asumsi berikut :
 E, S, dan ES berada didalam kesetimbangan cepat.
 Tidak ada bentuk enzim yang hadir selain E dan ES
 Konversi ES menjadi E+ P adalah langkah pembatas laju, secara satu arah
(irreversible) Meskipun semua reaksi yang dikatalisis enzim dilakukan dua arah
(reversible) secara teoritis, kecepatan awal biasanya diukur ketika produk
terkonsentrasi, dan oleh karena itu laju reaksi satu arah dapat diabaikan.
Jenis serupa model kinetik telah dikembangkan untuk menggambarkan kinetika enzim
multisubstrat dan multiproduk.

Penggunaan plot Lineweaver – Burk dan Eadie Hofstee

61
Alternatif grafik analisis memungkinan penentuan yang lebih akurat tentang Km dan Vmaks
suatu enzim

KOTAK KONSEP LANJUTAN

GLUKOKINASE DAN HEKSOKINASE
Heksokinase mengkatalisasi langkah pertama dalam metabolisme glukosa di - semua sel
- yaitu, reaksi fosforilasi glukosa oleh adenosin trifosfat (ATP) untuk membentuk glukosa
6-fosfat (Glc-6-P):

glukosa ATP+= glukosa 6-fosfat + ADP

Enzim ini memiliki kadar rendah K m untuk glukosa (0,2 mmol / L) dan dihambat secara
alosterik oleh produknya, Glc-6-P. Karena kadar glukosa normal dalam darah sekitar 5
mmol / L dan kadar intraseluler 0,2-2 mmol / L, hexokinase mengkatalisasi reaksi ini
secara efisien (50% -90% dari V maks) dalam kondisi normal (missalnya di otot).
Hepatosit, yang menyimpan glukosa sebagai glikogen, dan pankreas β- sel, yang
mengatur konsumsi glukosa dalam jaringan dan penyimpanannya di hati dengan
mengeluarkan insulin, mengandung isozim yang disebut glukokinase.
Glukokinase mengkatalisasi reaksi yang sama dengan hexokinase, tetapi memiliki
reaksi yang lebih tinggi Km untuk glukosa (10 mmol / L) dan tidak dihambat oleh produk,
Glc-6-P. Karena glukokinase memiliki jauh lebih tinggi Km daripada heksokinase,
glukokinase memfosforilasi glukosa dengan peningkatan efisiensi karena kadar glukosa
darah meningkat setelah makan (lihat Gambar 6.4 ). Salah satu peran fisiologis glukokinase
dalam hati adalah menyediakan Glc-6-P untuk sintesis glikogen, suatu bentuk
penyimpanan glukosa, ketika glukosa darah meningkat setelah makan. Di pankreas β- sel,
glukokinase berfungsi sebagai sensor glukosa, mengaktifkan metabolisme glukosa dan
produksi energi, yang menyebabkan sekresi insulin. Tikus yang kekurangan glukokinase di
pankreas β- Sel mati dalam waktu 3 hari setelah kelahiran hiperglikemia berat karena gagal
mengeluarkan insulin.

61
61
 66 BAB 6 Protein Katalitik - Enzim

Gambar 6.5 Grafik kinetika enzim. Representasi kinetik dari sifat-sifat enzim. (A) Michaelis-
Menten plot kecepatan ( v ) versus substratkonsentrasi ([S]). (B) Lineweaver – Burk plot. (C)
plot Eadie – Hofstee.

asimptotik (Gbr. 6.5 A), sehingga sulit diperoleh secara akurat nilai untuk Vmax dan, sebagai
hasilnya, Km (konsentrasi substrat diperlukan untuk aktivitas setengah maksimal) dengan
ekstrapolasi sederhana. Untuk mengatasi masalah ini, beberapa transformasi linier dari
Persamaan Michaelis-Menten telah dikembangkan.

Grafik Lineweaver – Burk

Lineweaver – Burk, atau plot dua-timbal balik, diperoleh dengan mengambil kebalikan dari
persamaan Michaelis-Menten (Gbr. 6.5 B). Dengan mengatur ulang persamaan, kita
memperoleh :

Persamaan ini menghasilkan garis lurus (y = mx + b), dengan y = 1 / v , x = 1 / [S], m =

kemiringan, dan b = y -intercept. Oleh karena itu grafik 1 / v versus 1 / [S] ( Gambar. 6.5B )
memiliki kemiringan Km / Vmax , 1 / v -intercept dari 1 / Vmax , dan 1 / [S] -intercept -1 / Km
.Meskipun plot Lineweaver-Burk banyak digunakan untuk kinetik analisis reaksi enzim,
karena kebalikan dari data dihitung, kesalahan eksperimental kecil - terutama pada
konsentrasi substrat rendah - dapat menyebabkan kesalahan besar pada penentuan grafis nilai
Km dan Vmax. Tambahan kerugiannya adalah bahwa data penting diperoleh pada konsentrasi
substrat tinggi terkonsentrasi ke daerah sempit di dekat sumbu 1 / v.

61
Grafik Eadie – Hofstee

Bentuk linear kedua dari persamaan Michaelis-Menten yang banyak digunakan adalah grafik
Eadie-Hofstee (Gambar 6.5 C), dijelaskan oleh persamaan berikut:

Dalam hal ini, grafik v versus v / [S] memiliki sumbu-y (v -intercept) dari V max, sebuah
sumbu-x (v / [S]) intercept dari Vmax / Km , dan kemiringan- Km. Grafik Eadie-Hofstee tidak
memampatkan data dikonsentrasi substrat tinggi.

KOTAK UJI KLINIS

PENGUKURAN AKTIVITAS ENZIM DI SAMPEL KLINIS
Di laboratorium klinis, aktivitas enzim diukur dengan adanya substrat jenuh dan
konsentrasi koenzim. Awal tarif dicatat untuk meminimalkan kesalahan yang dihasilkan
dari reaksi kebalikannya. Dalam kondisi ini, v ≈ V maks , dan aktivitas enzimberbanding
lurus dengan konsentrasi enzim. Jumlah enzim (aktivitas enzim) umumnya dinyatakan
dalam internasional satuan per mililiter plasma, serum, atau cairan serebrospinal, lebih
tepatnya dari per miligram protein. Untuk perbandingan antar laboratorium, kondisi untuk
uji enzim harus distandarisasi oleh menentukan konsentrasi substrat dan koenzim yang
digunakan, yang buffer dan konsentrasi buffer, spesies ionik dan ionik kekuatan, pH, dan
suhu.
Sebagian besar sampel klinis dikumpulkan dalam kondisi puasa;ini memastikan
konsistensi dalam pengukuran analit yang konsentrasi dapat bervariasi diurnal atau orang
lain, seperti glukosa atau lipid, yang bervariasi dalam menanggapi asupan makanan.
Sampel lipemia adalah berawan dan dapat menghasilkan data yang tidak dapat diandalkan
dengan spektrofotometri ataumetode fluorometrik. Untuk menghindari masalah seperti itu,
sampel klinisharus dihilangkan, biasanya dengan ekstraksi dengan pelarut organik.

61
MEKANISME TINDAKAN ENZIM

Reaksi enzimatik melibatkan gugus fungsi pada rantai samping asam amino, koenzim,
substrat, dan produk.

Enzim sangat bervariasi dalam mekanisme aksi mereka. Dibeberapa kasus, katalisis
dilakukan pada substrat secara nonkovalen,terikat secara terbalik pada enzim. Dalam kasus
lain, seorang kovalenzat antara terbentuk dan kemudian dilepaskan dari enzim;pada yang
lain, semua aksi terjadi pada koenzim yang terbentukikatan kovalen dengan substrat.

Protein serin, yang diperkenalkan pada (Gambar 6.2), adalah representasi-enzim yang
membentuk kovalen menengah dengan substrat mereka.

61
 BAB 6 Protein Katalitik - Enzim 67

substrat. Enzim-enzim ini memecah ikatan peptida dalam protein,dan seperti dalam semua
reaksi enzimatik, gugus fungsi pada amino rantai samping asam berperan dalam reaksi yang
dikatalisis oleh enzim. Dalam keluarga serine protease, residu serin situs aktif mengkatalisasi
pembelahan ikatan peptida. Kelompok fungsional pada serine, alkohol primer, tidak termasuk
yang lebih reaktif kelompok fungsional dalam kimia organik. Untuk meningkatkan
aktivitasnya dalam serum serin, residu serin ini adalah bagian dari “katalitiktriad”, dalam
kasus kimotripsin: Asp102 , His57 , dan Ser195 ( Gbr. 6.6 ). Interaksi ikatan hidrogen antara asam
amino ini meningkatkan nukleofilisitas residu serin sehingga dapat menyerang atom karbon
karbonil ikatan peptida dalam substrat. Chymotrypsin khusus untuk

Gambar 6.6 Sebuah model skematis dari trias katalitik serine protease

Gambar 6.7 Mekanisme kerja chymotrypsin. Residu serin situs aktif menyerang gugus
karbonil ikatan peptida pada karboksilsisi residu fenilalanin. Peptida terminal karboksi
dilepaskan, dan peptida terminal amino tetap sebagai perantara yang terikat enzim- peptida
amino-terminal yang terhubung secara kovalen melalui fenilalanin terminal karboksinya
diesterifikasi ke residu serin situs-aktif. Ikatan esterdihidrolisis pada langkah kedua reaksi
untuk melepaskan peptida amino-terminal dan regenerasi enzim aktif.

61
pembelahan pada sisi karboksil ikatan peptida yang mengandungasam amino aromatik,
seperti fenilalanin. Mekanismenya reaksi enzimatik diuraikan pada Gambar 6.7 ,
menunjukkan pembentukan dan pembelahan antara perantara yang terikat enzim.Tripsin dan
elastase, dua enzim pencernaan lainnya spesifisitas asam amino yang berbeda ( Gbr. 6.2 ),
serupa (homogous) hingga kimotripsin dalam banyak hal. Sekitar 40% dari total Urutan asam
amino dari ketiga enzim ini identik,dan struktur tiga dimensi mereka sangat mirip. Semua
tiga enzim mengandung katalitik aspartat-histidin-serintriad, dan semuanya diinaktivasi oleh
reaksi fluorophosphate dengan residu serin aktif. Gas saraf diisopropil-bentuk
fluorophosphate terhalang secara sterik, sangat lambat ester serin-diisopropilfospat
terhidrolisis dan menghambat serin protease.

INHIBISI ENZIM
Di antara banyak zat yang mempengaruhi proses metabolisme, inhibitor enzim sangat
penting. Banyak obat, baik yang terjadi secara alami atau sintetis, bertindak sebagai
penghambat enzim. Metabolit dari senyawa ini juga dapat menghambat aktivitas enzim.
Sebagian besar inhibitor enzim bekerja secara terbalik, tetapi ada juga inhibitor ireversibel
yang secara permanen memodifikasi enzim target. Menggunakan plot Lineweaver – Burk,
dimungkinkan untuk membedakan tiga bentuk hambatan reversibel: kompetitif,
penghambatan tidak kompetitif, dan nonkompetitif.

Inhibitor kompetitif penyebab peningkatan jelas dalam Km tanpa mengubah Vmax

Suatu enzim dapat dihambat secara kompetitif oleh zat-zat yang serupa dalam struktur kimia
dengan substrat. Senyawa ini mengikat di situs aktif dan bersaing dengan substrat untuk situs
aktif enzim; mereka menyebabkan suatu peningkatan jelas dalam K m tapi tidak ada
perubahan di Vmax ( Gambar. 6.8 ) . Penghambatan itu adalah hasil dari efek bukan pada
aktivitas enzim tetapi pada akses media ke situs aktif. Skema reaksi untuk hambatan
kompetitif adalah

61
 68 BAB 6 Protein Katalitik - Enzim

Gambar 6.8 Penghambatan enzim kompetitif. (A) Plot kecepatan versus konsentrasi
substrat. (B) Mekanisme hambatan kompetitif. (C) Lineweaver – Burk merencanakan
dengan adanya inhibitor kompetitif. (D) Eadie-Hofstee plot di hadapan penghambat
kompetitif. Km adalah jelas Km di hadapan inhibitor
tetapi pada akses media ke situs aktif. Skema reaksi untuk hambatan kompetitif adalah

Konstanta inhibisi ( Ki) adalah konstanta disosiasi kompleks enzim-inhibitor (EI), dan
semakin rendah Ki (semakin ketat pengikatannya), semakin efisien penghambatan aktivitas
enzim. Terlepas dari Ki , bagaimanapun, tingkat reaksi enzim yang dikatalisasi dengan
adanya persaingan inhibitor dapat ditingkatkan dengan meningkatkan konsentrasi
substrat karena substrat, pada konsentrasi yang lebih tinggi, bersaing lebih efektif dengan
inhibitor.

Inhibitor yang tidak kompetitif menyebabkan penurunan yang nyata dalam Vmaks

61
Inhibitor yang tidak kompetitif hanya mengikat enzim-substratkompleks dan tidak pada
enzim bebas. Persamaan berikut menunjukkan skema reaksi untuk penghambatan yang tidak
kompetitif. Didalam hal ini, Ki adalah konstanta disosiasi untuk enzim -kompleks substrat-
inhibitor (ESI).

KOTAK KLINIS
PENGOBATAN DENGAN INHIBITOR OF ANGIOTENSIN
CONVERTING ENZYME (ACE)
Seorang pria berusia 50 tahun dirawat di rumah sakit, menderita kelelahan
umum, bahu kaku, dan sakit kepala. Pasien itu tingginya 1,8 m dan berat 84
kg. Tekanan darahnya 196/98 mmHg (normal di bawah 140/90 mmHg;
optimal di bawah 120/80 mmHg) dan nadinya 74. Dia didiagnosis sebagai
hipertensi. Pasien diberi captopril, penghambat angiotensin-konversi enzim
(ACE). Setelah perawatan 5 hari, tekanan darah kembali ke level mendekati
normal
Komentar
Renin di ginjal mengubah angiotensinogen menjadi angiotensin I, yang
kemudian dipecah secara proteolitik menjadi angiotensin II oleh
ACE.Angiotensin II meningkatkan retensi cairan dan elektrolit ginjal,
berkontribusi terhadap hipertensi. Penghambatan aktivitas ACE ada-kedepan
target penting untuk perawatan hipertensi. Kaptopril menghambat ACE
secara kompetitif, menurunkan tekanan darah. (Lihat juga Bab 35.)

KOTAK KLINIS
KERACUNAN METANOL DAPAT TERJADI DISEBABKAN OLEH
ETANOL ADMINISTRASI
Seorang pria berusia 46 tahun datang ke ruang gawat darurat 7 jam setelah
mengkonsumsi alkohol dalam jumlah besar. Dia tidak bias melihat dengan
jelas dan mengeluh sakit perut dan punggung. Hasil laboratorium penelitian
menunjukkan asidosis metabolik yang parah, osmolalitas serum 465 mmol /
kg (kisaran referensi 285-295 mmol / kg), dan serum tingkat metanol 4,93 g /

61
 L (156 mmol / L). Dengan perawatan agresif, termasuk tetesan etanol,
bikarbonat, dan hemodialisis, dia selamat dan mendapatkan kembali
penglihatannya
Komentar
Keracunan metanol jarang terjadi tetapi sangat berbahaya. Keracunan etilena
glikol (antibeku) lebih umum dan menunjukkan serupa karakteristik klinis.
Gejala awal yang paling penting dari keracunan metanol adalah gangguan
visual. Bukti laboratorium dari keracunan metanol termasuk asidosis
metabolik yang parah dan meningkatkan konsentrasi plasma zat terlarut
(metanol). Metanol lambat dimetabolisme menjadi formaldehid, yang
kemudian dimetabolisme dengan cepat untuk menjadi format dengan alkohol
dehidrogenase. Format terakumulasi selama keracunan metanol dan
bertanggung jawab atas asidosis metabolic pada tahap awal keracunan. Pada
tahap selanjutnya, laktat juga dapat terjadi terakumulasi sebagai hasil
penghambatan respirasi format. Etanol dimetabolisme oleh alkohol
dehidrogenase, yang mengikat etanol dengan afinitas yang jauh lebih tinggi
daripada metanol atau etilen glikol. Karena itu etanol adalah agen yang
berguna untuk menghambat secara kompetitif metabolisme metanol dan
etilen glikol menjadi metabolit toksik. Metanol dan etilen glikol yang tidak
dimetabolisme secara bertahap diekskresikan dalam urin. Perawatan awal
dengan etanol, bersama dengan bikarbonat untuk memerangi asidosis dan
hemodialisis untuk menghilangkan methanol dan metabolitnya yang toksik,
menghasilkan prognosis yang baik

61
 BAB 6 Protein Katalitik - Enzim 69

Inhibitor menyebabkan penurunan Vmax karena pecahan kompleks enzim-substrat dialihkan

oleh inhibitor ke kompleks ESI tidak aktif. Mengikat inhibitor dan peningkatan stabilitas
kompleks ESI juga dapat mempengaruhi disosiasi substrat, menyebabkan penurunan nyata
dalam Km (yaitu, peningkatan afinitas substrat yang jelas).

Inhibitor nonkompetitif dapat mengikat ke situs di luar situs aktif dan merubah kedua Km
dan Vmax dari enzim
Inhibitor nonkompetitif (campuran) dapat berikatan dengan yang enzim bebas atau ke
kompleks enzim-substrat biasanya pada situsdi luar situs yang aktif. Inhibitor yang tidak
kompetitif menunjukkan lebih banyak efek yang kompleks dan dapat mengubah kedua Km
dan Vmax dari reaksi enzimatik. Persamaan berikut menunjukkan reaksinya skema diamati
untuk penghambatan nonkompetitif:

Banyak obat dan racun menghambat enzim secara ireversibel

Prostaglandin adalah kunci mediator inflamasi. Sintesis mereka diprakarsai oleh
oksidasi dan dimediasi siklooksigenase dan siklisasi arakhidonat dalam kondisi inflamasi
(Bab 25). Senyawa yang menekan siklooksigenase memiliki aktivitas anti-inflamasi. Aspirin
(asam asetilsalisilat) menghambat aktivitas siklooksigenase dengan asetilasi Ser 530 , yang
menghalangi akses arakhidonat ke situs aktif enzim. Lain obat anti-inflamasi nonsteroid
(NSAID) , seperti indometasin, menghambat aktivitas siklooksigenase dengan reversibel
memblokir situs pengikatan arakhidonat.
Disulfiram (Antabuse) adalah obat yang digunakan untuk perawatan alkoholisme.
Alkohol dimetabolisme dalam dua langkah menjadi asetat asam. Enzim pertama, alkohol
dehidrogenase, menghasilkan asetaldehid, yang kemudian diubah menjadi asam asetat oleh
aldehid-dehidrogenase. Enzim terakhir memiliki situs aktif residu sistein yang dimodifikasi
secara ireversibel oleh disulfiram, menghasilkan akumulasi alkohol dan asetaldehid dalam

61
darah. Orang yang memakai disulfiram menjadi sakit karena akumulasilasi asetaldehida
dalam darah dan jaringan, menyebabkan penghindaran alkohol.
Zat alkilasi, seperti iodoacetamide ( ICH2CONH2 ), menghambat aktivitas katalitik
beberapa enzim secara ireversibel memodifikasi residu sistein esensial. Logam berat, seperti
merkuri dan garam timbal, juga menghambat enzim dengan situs aktif residu sulfhidril.
Produk tambahan merkuri sering bersifat reversibel oleh senyawa tiol. Telur atau putih telur
terkadang diberikan diisolasi sebagai penangkal untuk menelan logam berat secara tidak
sengaja. Protein putih telur ovalbumin kaya akan kelompok sulfhidril; ia menjebak ion logam
bebas dan mencegah penyerapannya dari saluran pencernaan.

Gambar 6.9 Struktur penisilin yang menunjukkan ikatan peptida reaktif dalam cincin β-
laktam dan struktur inti sefalosporin. Penisilin mengandung cincin β-laktam yang menyatu
dengan cincin tiazolidin. Sefalosporin adalah kelas senyawa lain yang mengandung cincin β-
laktam yang menyatu menjadi cincin dihidrotiazin beranggota enam. Karena efektivitasnya
dan kurangnya toksisitas, senyawa β-laktam adalah antibiotik yang banyak digunakan.
Bakteri dengan β-laktamase, yang memecah cincin β-laktam, tahan terhadap antibiotik ini.

KOTAK KONSEP LANJUTAN

INHIBISI ENZIM: KEADAAN TRANSISI-INHIBISI DAN BUNUH DIRI
SUBSTRAT
Enzim mengkatalisasi reaksi dengan menginduksi keadaan transisi reaksinya.
Karena itu seharusnya memungkinkan untuk membangun molekul yang
mengikat sangat erat pada enzim dengan meniru status transisi media. Status
transisi itu sendiri tidak mungkin terisolasi karena mereka bukan susunan
atom yang stabil, dan beberapa ikatan hanya sebagian atau rusak. Tapi untuk
beberapa enzim, analog ( analog adalah ejaan terutama Inggris) yang stabil

61
 dapat disintesis tetapi masih memiliki beberapa fitur struktural dari keadaan
transisi.
Penisilin (Gbr. 6.9) adalah contoh kondisi transisi analog yang baik. Ini
menghambat transpeptidase yang mengikat untaian peptidoglikan dinding sel
bakteri, langkah terakhir dalam sintesis dinding sel pada bakteri. Dinding sel
ini memiliki cincin laktam beranggota empat anggota yang mana meniru
kondisi transisi media normal. Saat penisilin mengikat ke situs aktif enzim,
cincin laktamnya terbuka, membentuk ikatan kovalen dengan residu serin di
lokasi aktif. Penisilin adalah penghambat potensial sintesis dinding sel
bakteri, membuat bakteri secara osmotik rapuh dan tidak mampu untuk
bertahan hidup di dalam tubuhnya sendiri.

Dalam banyak kasus, inhibitor ireversibel digunakan untuk mengidentifikasi residu situs aktif
yang terlibat dalam katalisis enzim dan memperoleh wawasan tentang mekanisme kerja
enzim. Dengan sekuensing atau analisis spektrometri massa peptida yang dimodifikasi, hal
ini mungkin untuk mengidentifikasi residu asam amino spesifik yang dimodifikasi oleh
inhibitor dan terlibat dalam katalisis.

61
 70 BAB 6 Protein Katalitik - Enzim

REGULASI AKTIVITAS ENZIM

Ada beberapa mekanisme tambahan untuk regulasi aktivitas enzim

Secara umum, terdapat 5 mekanisme yang terlibat didalam pengaturan aktivitas enzim:

1. Ekspresi protein enzim dari perubahan gen yang sesuai dalam menanggapi perubahan
lingkungan atau kebutuhan metabolisme.
2. Enzim dapat diaktifkan secara satu arah atau diinaktivasi oleh enzim proteolitik.
3. Enzim dapat diaktifkan secara dua arah atau inaktivasi oleh modifikasi ikatan
kovalen, seperti fosfolirasi.
4. Regulasi allosterik memodulasi aktivitas enzim kunci melalui pengikatan dua arah
(reversible) molekul kecil di lokasi yang berbeda dari situs aktif dalam proses yang
relatif cepat dan menjadi respons pertama sel terhadap perubahan kondisi.
5. Tingkat degradasi enzim oleh protease intraseluler dalam lisosom atau oleh proteasom
dalam sitosol juga menentukan paruh waktu enzim yang berakibat aktivitas enzim
selama periode waktu tertentu berlangsung lebih lama (Bab 22).

Aktivasi Proteinolitik Enzim Pencernaan

Beberapa enzim disimpan dalam organel subselular atau kompartemen dalam bentuk
prekursor tidak aktif

Beberapa enzim pencernaan disimpan sebagai zimogen tidak aktif atau proenzim di dalam
vesikel sekretori di pankreas. Zimogen disekresikan dalam getah pankreas setelah makan dan
diaktifkan di saluran pencernaan. Tripsinogen diubah menjadi tripsin oleh kerja
enteropeptidase usus. Enteropeptidase, yang terletak di permukaan bagian dalam duodenum,
menghidrolisis suatu N- peptida terminal dari tripsinogen yang tidak aktif. Pengaturan ulang
struktur tersier menghasilkan bentuk tripsin yang secara proteolitik aktif. Tripsin aktif
kemudian mencerna zimogen lain, seperti prokarboksipeptidase, proelastase, dan
kimotripsinogen, serta molekul tripsinogen lainnya (Bab 30). Melalui pembesaran berantai
(amplifikasi kaskade), stimulus lemah awal dapat diamplifikasi dalam langkah-langkah
paralel atau seri berurutan. Kaskade proteolitik yang serupa diamati dalam pembekuan darah
dan fibrinolisis (pembubaran gumpalan; Bab 41), dan amplifikasi kaskade adalah

61
karakteristik sistem pensinyalan intraseluler yang diinduksi oleh hormon dan sitokin (Bab 25
dan 27).

Regulasi alosterik dari enzim pembatas laju dalam jalur metabolisme

Enzim allosterik menampilkan grafik sigmoidal, daripada hiperbolik, alur dari laju reaksi
versus konsentrasi substrat

+ ATP Aktifator allosetrik

Hanya
substrat + CTP (Inhibitor allosetrik)

0 10 20 30 40

Gambar 6.10 Regulasi alosterik dari aspartate transcarbamoylase (ATCase). Plot

kecepatan ( v) versus konsentrasi substrat di hadapan aktivator alosterik atau inhibitor
allosterik ATCase adalah contoh dari enzim alosterik. Aspartat (substrat) secara
homotropik mengatur aktivitas ATCase, memberikan kinetika sigmoidal. CTP,
produk akhir, secara heterotropis menghambat, tetapi ATP, prekursor, secara
heterotropik mengaktifkan ATCase.
Kurva saturasi substrat untuk enzim isosterik (bentuk tunggal) adalah hiperbolik (lihat
Gambar 6.5A ). Sebaliknya, Enzim allosterik menunjukkan plot sigmoid kecepatan reaksi
versus konsentrasi substrat [S] ( Gambar 6.10 ). Molekul efektor allosterik (situs lain)
berikatan dengan enzim di situs yang berbeda dan secara fisik terpisah dari situs pengikatan
substrat dan memengaruhi pengikatan substrat ( Km) dan / atau kkat. Dalam beberapa kasus,
substrat dapat memberikan efek allosterik; ini disebut sebagai sebuah homotropik efek. Jika
efektor allosterik berbeda dari substrat, itu disebut sebagai sebuah heterotropik efek. Efek
homotropik diamati ketika reaksi satu molekul substrat dengan enzim multimerik
mempengaruhi pengikatan molekul substrat kedua di situs aktif berbeda pada enzim. Interaksi
antara subunit membuat pengikatan kerjasama substrat dan menghasilkan kurva sigmoidal
dalam plot v versus [S]. Efek ini pada dasarnya identik dengan yang dijelaskan untuk

61
pengikatan O2 dengan hemoglobin (Bab 5), kecuali bahwa dalam hal enzim, pengikatan
substrat mengarah pada reaksi yang dikatalisis oleh enzim.

Kooperatifitas positif dan negatif

Kooperativitas positif ( Gambar 6.11 ) menunjukkan bahwa reaksi substrat dengan satu situs
aktif memudahkan substrat lain untuk mengikat atau bereaksi pada situs aktif lainnya.
Kooperatifitas negatif berarti bahwa reaksi substrat dengan satu situs aktif membuatnya
lebih sulit bagi substrat untuk mengikat atau bereaksi di situs aktif lainnya. Karena afinitas
atau aktivitas spesifik dari perubahan enzim dengan konsentrasi substrat itu tidak dapat
dijelaskan dengan kinetika Michaelis-Menten sederhana. Sebagai gantinya, ini ditandai
dengan konsentrasi substrat yang memberikan tingkat setengah-maksimal, [S] 0,5, dan
Koefisien Hill ( H; Bab 5). Nilai H lebih besar dari 1 untuk enzim dengan kerja sama positif
dan kurang dari 1 untuk mereka dengan kerja sama negatif. Bagi sebagian besar enzim
allosterik, konsentrasi substrat intraseluler berada di dekat [S]0,5 sehingga aktivitas enzim
merespons sedikit perubahan didalam konsentrasi substrat.

61
 BAB 6 Protein Katalitik - Enzim 71

A. Regulasi Homotropik Allosetrik

Situs T Situs R Substrat
Model Terkonsentrasi

Model Terpisah

B. Regulasi Heterotropik Allosetrik

Positif Negatif

Efektor Efektor

Gambar 6.11 Representasi skematis regulasi alosterik dengan kooperatititas positif.

(A) Dalam regulasi homotropik, substrat bertindak sebagai efektor alosterik. Dua model
ditampilkan. Dalam model terpadu, semua subunit dikonversi dari T (tense; afinitas rendah
untuk substrat) menjadi R (rilex; afinitas tinggi untuk substrat) pada saat yang sama; dalam
model sekuensial, mereka berubah satu per satu, dengan masing-masing reaksi pengikatan
substrat. (B) Dalam regulasi heterotropik, efektor berbeda dari substrat, dan itu terikat pada
situs yang berbeda secara struktural pada enzim. Efektor positif dan negatif menstabilkan
enzim dalam keadaan R dan T.

KOTAK KLINIS
HEMOPHILIA DISEBABKAN OLEH KECACATAN DALAM AKTIVASI
ZIMOGEN
Seorang anak dirawat di rumah sakit dengan perdarahan otot yang mempengaruhi saraf
femoralis. Hasil laboratorium menunjukkan gangguan pembekuan darah, hemofilia A,
yang disebabkan oleh defisiensi faktor VIII. Faktor VIII diberikan kepada pasien untuk
mengembalikan aktivitas pembekuan darah.
Komentar
Pembentukan gumpalan darah hasil dari kaskade reaksi aktifasi zimogen. Lebih dari
selusin protein berbeda, yang dikenal sebagai faktor pembekuan darah, terlibat. Pada

61
langkah
72 BAB terakhir, bekuan
6 Protein darah- Enzim
Katalitik dibentuk oleh konversi protein yang larut, fibrinogen
(faktor I), menjadi produk serat yang tidak larut, fibrin, yang membentuk matriks bekuan.
Langkah terakhir ini dikatalisis oleh serine protease, trombin (faktor IIa). Hemofilia adalah
kelainan pembekuan darah yang disebabkan oleh cacat pada salah satu urutan faktor
pembekuan. Hemofilia A,

KOTAK KONSEP LANJUTAN

NUKLEOSIDA ANALOG SEBAGAI AGEN ANTIVIRAL
Analog nukleosida seperti asiklovir dan gansiklovir telah digunakan untuk pengobatan
virus herpes simpleks (HSV), varicella-zoster (VZV), dan cytomegalovirus (CMV).
Mereka adalah pro-obat yang diaktifkan oleh fosforilasi dan menghentikan sintesis DNA
virus dengan menghambat reaksi DNA polimerase virus. Timidin kinase (TK) dari virus
memfosforilasi senyawa ini ke bentuk monofosfatnya. Kinase seluler selanjutnya
menambahkan fosfat untuk membentuk senyawa trifosfat aktif, yang merupakan inhibitor
kompetitif dari DNA polimerase virus selama replikasi DNA (Bab 20).

Sedangkan TK virus memiliki spesifisitas substrat yang rendah dan secara efisien
memfosforilasi analog nukleosida, nukleosida seluler memiliki kekhususan substrat yang
tinggi dan nyaris tidak memfosforilasi analog nukleosida. Jadi sel yang terinfeksi virus
cenderung ditangkap pada tahap siklus sel tertentu, G2-M Pos pemeriksaan M (Bab 28),
tetapi sel yang tidak terinfeksi resisten terhadap analog nukleosida.

61
 KOTAK KLINIS
KERACUNAN INSEKTISIDA
Seorang pria berusia 55 tahun sedang menyemprotkan insektisida yang mengandung
fluorofosfat organik di sawah. Dia tiba-tiba mengalami sakit kepala di bagian frontal, sakit
mata, dan sesak di dadanya, tanda-tanda khas paparan berlebih terhadap fluorofosfat
organik beracun. Dia dibawa ke rumah sakit dan dirawat dengan suntikan atropin sulfat 2
mg intravena, dan dia secara bertahap pulih.

Komentar

Fluorofosfat organik membentuk kompleks enzim kovalen fosforil dengan protease dan
ester serin, seperti asetilkolinesterase, menghambat enzim secara satu arah (irreversiable).
Asetilkolinesterase menghentikan aksi asetilkolin selama aktivitas neuromuskuler (Bab 26)
dengan menghidrolisis asetilkolin menjadi asetat dan kolin. Penghambatan enzim ini
memperpanjang aksi asetilkolin, menyebabkan stimulasi neuromuskuler yang konstan.
Atropin secara kompetitif memblokir pengikatan asetilkolin dan stimulasi otot pada
sambungan neuromuskuler.

PENGUKURAN ENZIMATIK GLUKOSA DARAH

Uji glukosa oksidase / peroksidase

Di laboratorium klinis, sebagian besar senyawa diukur dengan metode enzimatik otomatis

Uji paling umum untuk konsentrasi glukosa darah menggunakan campuran glukosa oksidase
dan peroksidase ( Gambar 6.12 ). Glukosa oksidase sangat spesifik untuk glukosa tetapi
hanya mengoksidasi β- anomer gula, yang mewakili ~ 64% glukosa dalam larutan. Campuran
uji karena itu dilengkapi dengan mutarotase, yang dengan cepat mengkatalisis interkonversi
anomer, meningkatkan sensitivitas uji dengan ~ 50%. H2O2 diproduksi dalam reaksi oksidase
kemudian digunakan dalam reaksi peroksidase untuk mengoksidasi kromogen untuk
menghasilkan kromofor berwarna. Hasil warna berbanding lurus dengan kadar glukosa
sampel. Ada versi fluorometrik dari uji ini untuk sensitivitas tinggi, dan satu penganalisa

61
komersial menggunakan elektroda oksigen untuk mengukur tingkat penurunan konsentrasi
oksigen dalam sampel, yang juga berbanding lurus dengan konsentrasi glukosa.

Strip reagen dan glukometer

Penderita diabetes biasanya memantau glukosa darah mereka beberapa kali sehari
menggunakan strip reagen atau meter glukosa

Kromofor
Glukosa H2O
(berwarna)

Glukosa oksidase Peroksidase

Asam Kromogen
Glukonat H2O2 (tidak berwarna)

Strip reagen glukosa diresapi dengan reagen glukosa oksidase / peroksidase (GOP). Dalam
versi manual ini pengujian, tingkat perubahan warna pada dipstick berhubungan dengan
konsentrasi glukosa - biasanya pada skala 1 sampai 4. Glukometer modern menggunakan
setetes darah kecil (~ 1 μ L) dan elektroda amperometrik untuk mengukur arus yang
dihasilkan oleh reaksi redoks dikatalisis oleh glukosa dehidrogenase (GDH), yang
mengoksidasi glukosa menjadi asam glukonat tetapi mengurangi koenzim daripada oksigen.
Tes ini biasanya digunakan di mana pengukuran glukosa darah yang cepat atau sering
diperlukan. Ketika pengujian GOP dan GDH dibandingkan pada ketinggian tinggi dalam
perjalanan mendaki Gunung Kilimanjaro, pengujian GOP, yang tergantung pada oksigen
sekitar, ditemukan memiliki kesalahan yang lebih besar. Kedua metode tersebut kurang
akurat pada suhu rendah di ketinggian tinggi.

Tes Kinetik

Tes kinetik lebih cepat daripada tes titik akhir

Dalam pengujian yang dijelaskan dalam Gambar 6.12 dan diplot untuk beberapa konsentrasi
glukosa dalam Gambar 6.13A , reaksi dibiarkan berlanjut ke titik akhir - yaitu, sampai semua
glukosa teroksidasi - kemudian perubahan warna diukur. Hasil warna kemudian diplot
terhadap standar untuk menentukan konsentrasi glukosa darah ( Gambar 6.13B ). Analisis
kinetik throughput tinggi memperkirakan konsentrasi glukosa dalam sampel dengan

61
mengukur laju awal reaksi. Analisis plot kinetik di Gambar 6.13A , misalnya, menunjukkan
bahwa titik akhir dan laju awal uji glukosa oksidase tergantung pada konsentrasi glukosa.
Dengan demikian penganalisa dapat mengukur perubahan absorbansi (atau beberapa
parameter lain) selama tahap awal reaksi dan membandingkan kecepatan ini dengan solusi
standar untuk memperkirakan konsentrasi glukosa ( Gambar 6.13C ). Pengujian ini dilakukan
pada flow-injection atau analisis sentrifugal untuk memastikan pencampuran cepat reagen
dan sampel.

Analisis kinetik secara inheren lebih cepat daripada tes titik akhir karena mereka
memperkirakan konsentrasi glukosa sebelum uji mencapai titik akhir. Tes ini bekerja karena
glukosa oksidase dan glukosa dehidrogenase memiliki kadar yang tinggi K m untuk glukosa.
Pada konsentrasi glukosa yang ditemukan dalam darah, laju reaksi oksidase sebanding
dengan konsentrasi glukosa - yaitu, di daerah orde pertama dari persamaan Michaelis-
Menten, di mana konsentrasi substrat kurang dari Km ( Lihat Gambar 6.4 ).

61
 BAB 6 Protein Katalitik - Enzim 73
A Glu (15 mmol/L)

Penyerapan akhir Tingkat awal

B C
Daya serap Glu (10 mmol/L)

Glu (5 mmol/L)

5 10 15 5 10 15
[Glukosa] (mmol/L) [Glukosa] (mmol/L)

5 10 15
Waktu (min)
Gambar 6.13 Tes glukosa oksidase / peroksidase titik akhir dibandingkan tes kinetik. ( A)
Analisis grafis dari pengujian titik akhir. (B) Absorbansi akhir (titik akhir) diplot sebagai
fungsi konsentrasi glukosa, menghasilkan garis lurus. (C) Laju reaksi awal diperkirakan
dengan berbagai pengukuran di awal pengujian (garis putus-putus dalam bingkai A) dan
diplot versus konsentrasi glukosa. Plot nonlinear, ketika diperoleh, dianalisis oleh komputer.

PEMBELAJARAN AKTIF
1. Dalam urutan beragam reaksi enzimatik, di mana tempat paling efektif
untuk mengendalikan fluks substrat melalui jalur? Apa efek penghambat
enzim pembatas laju terhadap konsentrasi substrat dalam jalur multistep ?
2. Sebagian besar obat dirancang untuk menghambat enzim spesifik dalam
sistem biologis. Obat Prozac memiliki efek mendalam pada perawatan
medis depresi. Tinjau sejarah perkembangan Prozac, yang menggambarkan
pentingnya spesifisitas dalam mekanisme kerja obat.
3. Diskusikan beberapa contoh inhibitor enzim reversibel dan ireversibel yang
digunakan dalam praktik medis.
4. Tikus Knockout (KO) adalah tikus yang tidak memiliki gen spesifik.
Diskusikan dampak tikus KO terhadap arah pengembangan obat di industri
farmasi.

RINGKASAN
 Sebagian besar metabolisme dikatalisis oleh katalis biologis sangat spesifik yang
disebut enzim yang memiliki situs aktif yang dirancang untuk pengenalan dan
katalisis substrat. Aktivitas katalitik mereka tergantung pada koenzim dan kofaktor,
yang sering berasal dari vitamin.

61
  Persamaan Michaelis-Menten digunakan untuk memodelkan kinetika enzim dan
menjelaskan hubungan antara konsentrasi substrat dan aktivitas enzim. Konstanta
Michaelis adalah konsentrasi substrat di mana enzim memiliki aktivitas katalitik
setengah maksimal. pergantian protein. Baik modifikasi kovalen maupun nonkovalen
memungkinkan perubahan aktivitas enzimatik yang sensitif dan jangka pendek.
 Enzim diatur secara ketat oleh beberapa mekanisme, termasuk ekspresi gen, aktivasi
zimogen, dan pergantian protein. Baik modifikasi kovalen maupun nonkovalen
memungkinkan perubahan aktivitas enzimatik yang sensitif dan jangka pendek.
 Aktivitas enzim dapat dihambat (atau diaktifkan) oleh senyawa sintetis (obat),
senyawa eksogen (toksin), dan senyawa endogen (efektor alosterik).
 Tes enzim dalam darah dan uji klinis berbasis enzim berguna untuk diagnosis dan
pemantauan banyak kondisi klinis.

BACAAN LEBIH LANJUT

Davies, G. J., & Williams, S. J. (2016). Carbohydrate-active enzymes: Sequences, shapes,

contortions and cells. Biochemical Society Transactions, 44, 79–87.

Hetz, C., Chevet, E., & Oakes, S. A. (2015). Proteostasis control by the unfolded protein
response. Nature Cell Biology, 17, 829–838.

Oakes, B. L., Nadler, D. C., & Savage, D. F. (2014). Protein engineering of Cas9 for

enhanced function. Methods in Enzymology, 546, 491–511.

Pandya, C., Farelli, J. D., Dunaway-Mariano, D., et al. (2014). Enzyme promiscuity: Engine
of evolutionary innovation. Journal of Biological Chemistry, 289, 30229–30236.

Pettinati, I., Brem, J., Lee, S. Y., et al. (2016). The chemical biology of human metallo-β-
lactamase fold proteins. Trends in Biochemical Sciences, 41, 338–355.

Quirós, P. M., Langer, T., & López-Otín, C. (2015). New roles for mitochondrial proteases
in health, ageing and disease. Nature Reviews. Molecular Cell Biology, 16, 345–359.

Roston, D., & Cui, Q. (2016). QM/MM analysis of transition states and transition state
analogues in metalloenzymes. Methods in Enzymology, 577, 213–250.

61
SITUS RELEVAN

Kimia Klinis : http://www.labtestsonline.org/

MetaCyc (Jalur metabolisme dari semua domain kehidupan) : http://metacyc.org/

Sistem informasi komprehensif enzim : http://www.brenda-enzymes.org/

Tata nama enzim : http://www.chem.qmul.ac.uk/iubmb/enzyme/

IntEnz (Database enzim relasional terintegrasi): http://www.ebi.ac.uk/intenz/

61
 74 BAB 6 Protein Katalitik - Enzim

SINGKATAN

ALT Alanin aminotransferase

AST Aspartat aminotransferase

E Enzim

EP Enzim-Produk kompleks

ES Enzim-Substrat kompleks

IU Internasional unit

KI Konstanta Inhibisi

Km Konstanta Michaelis

LDH Laktat dehidrogenase

PSA Prostat-spesifik antigen (kalikrein 3)

S Substrat

SGOT Serum Glutamat Oxaloasetat Transminase

SGPT Serum Glutamat Piruvat Transminase

Vmax Kecepatan maksimum

61