Jurnal Metamorfosa: Journal of Biological Sciences
Jurnal Metamorfosa: Journal of Biological Sciences
JURNAL METAMORFOSA
Journal of Biological Sciences
ISSN: 2302-5697
http://ojs.unud.ac.id/index.php/metamorfosa
TEKNIK PERANCANGAN PRIMER UNTUK SEKUEN GEN MDR-1 VARIAN 1199 PADA
SAMPEL BUFFY COAT PASIEN ANAK DENGAN LLA
INTISARI
Single Nucleotide Polymorphism (SNP) 1199 dapat diidentifikasi menggunakan sampel buffy coat
dengan metode Polymerase Chain Reaction (PCR). Komponen- komponen yang diperlukan pada proses
PCR adalah template DNA; sepasang primer, yaitu suatu oligonukleotida pendek yang mempunyai
urutan nukleotida yang komplementer dengan urutan nukleotida DNA templat; dNTPs
(Deoxynucleotide triphosphates); buffer PCR; magnesium klorida (MgCl2) dan enzim polimerase DNA
(Handoyo dan Rudiretna, 2001). Primer sangat mempengaruhi spesifitas dan sensitivitas reaksi PCR.
Rancangan suatu primer merupakan salah satu parameter penentu keberhasilan suatu proses PCR (Ebd-
Elsalam, 2003). Primer untuk sekuensing gen MDR-1 variant 1199 berhasil didesain dalam kondisi
terbaik. Panjang sekuen primer forward sejumlah 21 oligonukleotida dan reverse sejumlah 20
oligonukleotida dengan fragmen sebesar 225 pb.
ABSTRACT
Single Nucleotide Polymorphism (SNP) 1199 can be identified using a buffy coat sample by the
Polymerase Chain Reaction (PCR) method. The components required in the PCR process are DNA
templates; A pair of primers, a short oligonucleotide having a complementary nucleotide sequence with
the DNA nucleotide sequence of the template; DNTPs (Deoxynucleotide triphosphates); PCR buffer;
Magnesium chloride (MgCl2) and DNA polymerase enzymes (Handoyo and Rudiretna, 2001). Primers
greatly affect the specificity and sensitivity of PCR reactions. The design of a primer is one of the
determinants of the success of a PCR process (Ebd-Elsalam, 2003). Primer for sequencing MDR-1
variant 1199 gene successfully designed in the best condition. The length of the forward primary
sequence of 21 oligonucleotides and reverse amounts of 20 oligonucleotides with a fragment of 225 bp.
105
JURNAL METAMORFOSA V (1): 105-111 (2018) ISSN: 2302-5697
106
JURNAL METAMORFOSA V (1): 105-111 (2018) ISSN: 2302-5697
sampel buffy coat. Tujuan penelitian ini yaitu 11. Selanjutnya klik pick primers pada kolom
memperoleh primer yang dapat digunakan bagian bawah. sehingga program akan
untuk mengidentifikasi varian yang terdapat memberikan data beberapa pilihan primer.
pada titik 1199 gen MDR-1 yang didesain Panjang maksimal dan minimal produk PCR
secara in silico. Sehingga dengan primer yang juga dapat ditentukan pada kolom “product
didesain tersebut, dapat digunakan dalam proses size”. Primer yang ditargetkan adalah yang
amplifikasi menggunakan PCR. memiliki panjang 225 bp. Kondisi primer yang
baik dapat disesuaikan dengan mengisi kolom
BAHAN DAN METODE “general picking primer condition” sehingga
ukuran primer, melting temperature (Tm),
Bahan yang digunakan dalam penelitian %GC, dan GC clamp dapat sesuai dengan yang
ini adalah sebuah laptop atau computer yang diharapkan. Melting temperature (Tm) yang
berisi softwere berupa Primer3 yang dapat diharapkan berkisar 42-65oC dengan persentase
didownload gratis melalui google.com untuk GC berada pada rentang 40-60%. Pasangan GC
mendesain primer secara in silico. Data sekuen (GC clamp) yang ditargetkan sebesar 3 basa
gen MDR-1 yang digunakan diperoleh dari G/C dan tidak lebih dari 5 basa G/C.
database NCBI pada URL
http://www.ncbi.nlm.nih.gov dengan kode HASIL
genbank NG_011513.1:167697-167922.
Desain primer dilakukan pada program Program Primer3 memberikan 4 pilihan
Primer3. Primer yang didesain berada pada pasang primer, setelah dimasukkan panjang
kromosom 7 dengan target pada ekson 11. primer yaitu 21 oligonukleotida dengan daerah
Sehingga pada kolom “mispriming library” target 1141-1366 (tabel 3.1).
dimasukkan sekuen dari ekson 11 hingga intron
107
JURNAL METAMORFOSA V (1): 105-111 (2018) ISSN: 2302-5697
Sekuen primer dengan kriteria terbaik yang mispriming (penempelan primer di tempat lain
dapat digunakan dalam proses PCR yaitu primer yang tidak diinginkan) tinggi, ini akan
Forward 5'-AGTGGGCACAAACCAGATAA- menyebabkan berkurangnya spesifisitas dari
3' dan Reverse 5'- GGCAATTCACAGACACA primer tersebut yang nantinya akan berpengaruh
GGA-3'. Sekuen primer telah memenuhi kriteria pada efektifitas dan efisiensi proses PCR.
parameter untuk sebuah primer yang digunakan Sedangkan, untuk panjang primer lebih dari 30
dalam proses PCR (Tabel 1). basa tidak akan mempengaruhi spesifisitas
primer secara bermakna dan ini akan
PEMBAHASAN menyebabkan biaya pembelian primer lebih
mahal (Handoyo dan Rudiretna, 2001).
Secara umum, primer yang ideal memiliki Melting temperatur (Tm) adalah
panjang antara 18 sampai 30 oligonukleotida. temperatur di mana 50% untai ganda DNA
Panjang ini diharapkan cukup untuk dapat terpisah. Syarat Tm yang baik adalah pada
mengikat template pada suhu annealing dan rentang 42-65ºC. Primer yang dipilih memiliki
mendapatkan sekuen yang spesifik (Borah, Tm 57ºC untuk primer forward dan 56ºC untuk
2011). Jika primer terlalu pendek maka dapat primer reverse. Primer dengan Tm yang terlalu
mengurangi spesifisitas primer sehingga mudah tinggi (>65ºC) akan mengurangi efektifitas
menempel pada template dengan suhu annealing sehingga proses amplifikasi DNA
annealing yang tidak diinginkan. Sedangkan kurang berjalan dengan baik. Sedangkan Tm
jika primer terlalu panjang tidak mempengaruhi yang terlalu rendah memiliki kecenderungan
spesifisitas secara bermakna (Handoyo dan menempel ditempat lain dan menghasilkan
Rudiretna, 2001). Primer yang baik merupakan produk yang tidak spesifik. Tm dapat dihitung
primer yang memenuhi kriteria parameter secara manual dengan rumus Tm = 2(A+T) +
primer. Parameter tersebut antara lain: panjang 4(G+C). Pemilihan Tm suatu primer sangat
primer, melting temperature, (Tm), pair tm penting karena Tm primer akan sangat
mismatch, anneling temperature (Ta), GC berpengaruh dalam pemilihan suhu annealing
clamp, persentase jumlah G dan C (%GC), self proses PCR (Borah, 2011; Handoyo dan
dimer, cross dimmer, runs, repeats, dan Rudiretna, 2001). Perbedaan Tm sepasang
hairpins. Melting temperature (Tm) untuk primer sebaiknya tidak lebih dari 5ºC. Suhu
primer forward dan reverse primer ummnya annealing primer umumnya adalah 3-5oC di
berkisar antara 42-65oC. Primer dengan Tm bawah Tm, maka suhu annealing untuk primer
berkisar antara 52-58oC sangat ideal, sedangkan forward 52ºC dan untuk primer reverse 51ºC
Tm di atas 65oC akan mengurangi efektifitas dimana perbedaan Tm sepasang primer hanya
anneling sehingga proses amplifikasi DNA 1oC. Annealing temperature (Ta) merupakan
kurang berjalan baik (Popp, Prof. Dr. J. and suhu yang diperkirakan primer dapat berikatan
Prof. Dr. M. Bauer, 2015). Analisis dengan template (DNA) dengan stabil (DNA-
menggunakan primer3, yaitu simulasi primer DNA hybrid stability). Apabila suhu annealing
dan DNA template gen MDR-1 varian 1199 tinggi maka primer dan DNA template sulit
dalam proses PCR menghasilkan fragmen untuk berikatan sehingga akan menghasilkan
sebesar 225 pb yang berada pada posisi 1141- produk PCR yang rendah (kurang efisien).
1366. Jumlah basa nukleotida primer yang Namun jika Ta terlalu rendah akan
dirancang adalah 21 bp untuk primer forward menyebabkan terjadinya penempelan primer
dan 20 bp untuk primer reverse. Hasil ini sesuai pada DNA template yang tidak spesifik.
dengan jumlah basa nukleotida yang Persentase GC adalah persentase
dipersyaratkan, yaitu berkisar antara 20-30 bp. banyaknya guanin dan sitosin dalam suatu
Primer dengan panjang kurang dari 18 basa primer, %GC sebaiknya berada pada rentang
dapat mengurangi spesifisitas primer. Ukuran 40-60% (Borah, 2011). Primer yang didesain
primer yang pendek memungkinkan terjadinya memiliki %GC yang masih berada pada
108
JURNAL METAMORFOSA V (1): 105-111 (2018) ISSN: 2302-5697
rentang, yakni sebesar 47% untuk primer self-dimer yang dimiliki sebesar -5,36
forward dan 50% untuk primer reverse. Primer ditemukan pada bagian internal primer reverse.
dengan %GC yang rendah dapat menurunkan Primer juga tidak boleh berikatan dengan
efisiensi proses PCR yang disebabkan karena primer pasangannya (reverse dan forward)
primer tidak mampu berkompetisi untuk (cross dimmer). Pada primer yang didesain
menempel secara efektif pada template tidak terdapat cross dimmer, baik pada bagian
(Handoyo dan Rudiretna, 2001). Pasangan GC internal maupun pada ujung 3’. Dimer pada
(GC clamp) adalah jumlah basa G dan C yang ujung 3’ primer sebaiknya tidak lebih dari 3
terdapat pada 5 basa terakhir (3’). GC clamp basa karena dapat menurunkan spesifisitas
yang dimiliki oleh primer forward dan primer primer (Handoyo dan Rudiretna, 2001). Primer
reverse yang telah didesain masing-masing sebaiknya tidak mempunyai 3 atau lebih basa G
sebanyak 1 dan 2 basa. Jumlah ini masih dapat atau C pada 3’ dimer, karena dapat
diterima untuk digunakan karena rentang yang menstabilkan annealing primer non spesifik
dapat ditoleransi sebesar 3 basa G/C dan tidak (Sulistyaningsih, 2007). Stabilitas suatu primer
lebih dari 5 basa G/C. Keberadaan G/C di ujung mempengaruhi penempelan primer pada
3’ primer sangat membantu terjadinya stabilitas template. Rentang stabilitas suatu primer adalah
ikatan antara primer dengan DNA template 1,2-2 kcal. Jika terlalu stabil maka primer akan
yang diperlukan untuk inisiasi polimerase DNA menempel kuat pada template dan jika tidak
(proses PCR). Apabila GC clamp lebih dari 5 stabil primer tidak dapat menempel dengan baik
basa G/C akan menurunkan spesifisitas primer pada template. Pada primer ini juga tidak
karena nukleotida A atau T lebih toleran ditemukan adanya repeats, sehingga primer
terhadap mismatch dari pada G atau C (Popp yang dihasilkan berada dalam kondisi yang baik
and Bauer, 2015). Kriteria lain yang sangat (Borah, 2011).
berpengaruh terhadap efektifitas proses PCR Repeats merupakan nukleotida yang
adalah adanya hairpins dan dimer. berulang dalam primer, adanya repeats dapat
Terbentuknya struktur loop/hairpins dan adanya menyebabkan terjadinya penempelan primer di
ikatan dengan primer lainnya yang sejenis (self tempat yang tidak diinginkan (mispriming).
dimer) pada primer sebaiknya dihindari, namun Primer sebaiknya tidak memiliki urutan basa
sangat sulit untuk memperoleh primer tanpa yang diulang terus menerus (run). Pengulangan
memiliki struktur hairpin. Suatu parameter juga basa berurutan yang masih dapat ditoleransi
memiliki batasan maksimum untuk dapat hanya sampai 4 kali. Run yang ditemukan pada
ditoleransi. Hairpin pada ujung 3' hanya primer yang didesain sebanyak 3 kali pada
diperbolehkan memiliki ΔG maksimum -2 primer forward.
kcal/mol dan hairpin internal dengan ΔG = -3 Analisis homologi primer dengan DNA
kcal/mol masih dapat ditoleransi. Hairpin genome dilakukan melalui BLAST-NCBI untuk
merupakan interaksi intramolekuler dalam meghindari terjadinya cross homologi.
primer. Hairpin dalam primer dapat menganggu Berdasarkan hasil analisis primer ini cukup baik
proses penempelan primer pada template dalam dapat digunakan dalam proses PCR. Primer
proses PCR (Borah, 2011). Hairpin pada primer yang didesain ini dapat memotong daerah target
yang didesain hanya ditemukan pada primer (dapat membatasi daerah amplifikasi dalam
forward yakni sebesar -0,92 kcal/mol yang proses PCR) dengan tepat, sesuai rentang
terdapat pada ujung 3’. Self-dimer pada ujung 3' daerah yang dirancang (gambar 1). Hal ini
yang masih dapat ditoleransi, maksimum-5 menunjukan bahwa primer yang didesain sudah
kcal/mol dan self-dimer pada bagian internal baik untuk dapat digunakan dalam proses PCR
dengan sebesar -6 kcal/mol masih dapat dan dapat menghasilkan produk sesuai dengan
ditoleransi. Hasil desain menunjukan bahwa rentang daerah yang diinginkan.
109
JURNAL METAMORFOSA V (1): 105-111 (2018) ISSN: 2302-5697
Gambar 1. Desain primer yang berhasil digunakan untuk memotong titik 1199 gen MDR1.
Keterangan: M: Marker, 1-22: sampel)
110
JURNAL METAMORFOSA V (1): 105-111 (2018) ISSN: 2302-5697
111