PENDAHULUAN

Bahan genetik yang ada pada setiap jasad akan mengalami proses

perbanyakan sebagai salah satu tahapan sangat penting dalam proses pertumbuhan

sel atau perbanyakan partikel virus. Proses perbanyakan bahan genetik dikenal

sebagai proses replikasi. Studi awal mengenai proses perbanyakan bahan genetik

dilakukan pada jasad yang genomnya berupa molekul DNA. Meskipun demikian,

perlu diingat bahwa pada jasad tertentu, khususnya kelompok virus tertentu,

genomnya berupa molekul RNA. Genom yang berupa molekul RNA ini juga akan

direplikasi meskipun dengan melalui tahapan yang sedikit berbeda dibanding

dengan replikasi genom yang berupa molekul DNA.

Replikasi bahan genetik dapat dikatakan sebagai proses yang mengawali

pertumbuhan sel, meskipun sebenarnya pertumbuhan merupakan suatu resultan

banyak proses yang saling berkaitan satu sama rain. Sel mempunyai mekanisme

replikasi bahan genetik yang dilengkapi dengan sistem penyuntingan (editing) yang

sangat akurat sehingga bahan genetik yang diturunkan kepada sel anakan (progeni)

mempunyai komposisi yang sangat identik dengan komposisi bahan genetik sel

induk. Replikasi bahan generik diikuti oleh pembentukan sel-sel anakan yang

membawa duplikat bahan genetik hasil replikasi. Oleh karena itu, kesalahan dalam

proses replikasi bahan genetik dapat mengakibatkan perubahan pada sifat sifat sel

anakan.

1
 Mekanisme replikasi bahan genetik sangat kompleks dan melibatkan banyak

protein yang masing-masing mempunyai peranan spesifik. Protein-protein yang

terlibat di dalam proses reprikasi bahan genetik dikode oleh gen-gen yang terdapat

di dalam bahan genetik itu sendiri. Oleh karena itu, ada kaitan fungsional yang

sangat erat dan tidak terpisahkan antara proses replikasi bahan genetik dengan

proses ekspresi genetik dan metabolisme sel secara keseluruhan. Hambatan yang

terjadi pada proses metabolisme, misalnya penghambatan produksi energi. Dapat

pula memengaruhi proses reprikasi karena reprikasi juga memerlukan pasokan

energi.

Secara umum, replikasi bahan genetik merupakan proses pengkopian

rangkaian molekul bahan genetik (DNA atau RNA) sehingga dihasilkan molekul

anakan yang sangat identik. Meskipun konsep dasar replikasi antara struktur bahan

genetik yang satu dengan lainnya adalah serupa, namun diketahui ada banyak

perbedaan dalam hal mekanisme rincinya. Sebagai contoh, bahan genetik yang

berupa molekul RNA mempunyai mekanisme replikasi rinci yang berbeda dengan

replikasi molekul DNA. Pada kelompok virus, misalnya, replikasi bahan genetiknya

terjadi di dalam sel inang yang sebenarnya merupakan jasad hidup yang lain dari

jasad virus itu sendiri. Hal ini dapat terjadi karena virus merupakan jasad parasit

obligat. Di lain pihak, replikasi DNA pada prokariot dan eukariot terjadi dalam sel

jasad hidup yang bersangkutan. Selain itu perbedaan struktural molekul bahan

genetik misalnya antara DNA lingkar (circular DNA) dengan DNA linear juga

berimplikasi pada perbedaan mekanisme replikasi.

2
 REPLIKASI DNA, TRANSKRIPSI DNA & TRANSLASI RNA

1. Pengertian Replikasi

Replikasi merupakan peristiwa sintesis DNA (autokatalisis) karena DNA

mampu mensintesis diri sendiri. Replikasi DNA dapat terjadi dengan adanya sintesis

rantai nukleotida baru dari rantai nukleotida lama melalui proses menggunakan

komplementasi pasangan basa untuk menghasilkan suatu molekul DNA baru yang sama

dengan molekul DNA lama, proses yang terjadi tersebut dipengaruhi oleh enzim

helikase, enzim polimerase, dan ligase (Necel, 2009).

Replikasi DNA bersifat semikonservatif, yaitu kedua untai tunggal DNA

bertindak sebagai cetakan untuk pembuatan untai-untai DNA baru; seluruh untai

tunggal cetakan dipertahankan dan untai yang baru dibuat dari nukleotida-nukleotida

(Necel, 2009).

2. Komponen Penting dalam Replikasi

Replikasi bahan genetik ditentukan oleh beberapa komponen utama yaitu (Amir,

dkk, 2010):

1. DNA cetakan, yaitu molekul DNA atau RNA yang akan direplikasi.

2. Molekul deoksiribonukleotida, yaitu dATP, dTTP, dCTP, dan dGTP. Deoksi

ribonukleotida terdiri atas tiga komponen yaitu basa purin atau pirimidin, gula 5-

karbon (deoksiribosa) dan gugus fosfat.

3
3. Enzim DNA polimerase, yaitu enzim utama yang mengkatalisis proses polimerisasi

nukleotida menjadi untaian DNA. Enzim DNA polimerase memiliki fungsi lain,

yaitu mengoreksi DNA yang baru terbentuk, membetulkan setiap kesalahan replikasi,

dan memperbaiki DNA yang rusak. Adanya fungsi tersebut menjadikan rangkaian

nukleotida DNA sangat stabil dan mutasi jarang terjadi (Desy, 2010).

4. Enzim primase, yaitu enzim yang mengkatalisis sintesis primer untuk memulai

replikasi DNA.

5. Enzim pembuka ikatan untaian induk, yaitu enzim helikase dan enzim girase.

6. Molekul protein yang menstabilkan untaian DNA yang sudah terbuka, yaitu protein

SSB (single strand binding protein).

7. Enzim DNA ligase, yaitu suatu enzim yang berfungsi untuk menyambung fragmen-

fragmen DNA

3. Model Replikasi

Gambar 1. Tiga kemungkinan terjadinya replikasi DNA (Pray, 2008)

Ada 3 cara terjadinya replikasi DNA dalam sel eukariot, yaitu (Desy, 2010):

4
1. Model konservatif, yaitu dua rantai DNA lama tetap tidak berubah, berfungsi

sebagai cetakan untuk dua rantai DNA baru. Replikasi ini mempertahankan molekul

dari DNA lama dan membuat molekul DNA baru (Desy, 2010). Pada replikasi

konservatif seluruh tangga berpilin DNA awal tetap dipertahankan dan akan

mengarahkan pembentukan tangga berpilin baru. Pada replikasi semikonservatif

tangga berpilin mengalami pembukaan terlebih dahulu sehingga kedua untai

polinukleotida akan saling terpisah. Namun, masing-masing untai ini tetap

dipertahankan dan akan bertindak sebagai cetakan (template) bagi pembentukan

untai polinukleotida baru. Sementara itu, pada replikasi dispersif kedua untai

polinukleotida mengalami fragmentasi di sejumlah tempat. Kemudian, fragmen-

fragmen polinukleotida yang terbentuk akan menjadi cetakan bagi fragmen

nukleotida baru sehingga fragmen lama dan baru akan dijumpai berselang-seling di

dalam tangga berpilin yang baru (Susanto, 2008).

2. Model semikonservatif, yaitu dua rantai DNA lama terpisah dan rantai baru

disintesis dengan prinsip komplementasi pada masing-masing rantai DNA lama.

Akhirnya dihasilkan dua rantai DNA baru yang masing-masing mengandung satu

rantai cetakan molekul DNA lama dan satu rantai baru hasil sintesis (Desy, 2010).

3. Model dispersif, yaitu beberapa bagian dari kedua rantai DNA lama digunakan

sebagai cetakan untuk sintesis rantai DNA baru. Oleh karena itu, hasil akhirnya

diperoleh rantai DNA lama dan baru yang tersebar pada rantai DNA lama dan baru.

Replikasi ini menghasilkan dua molekul DNA lama dan DNA baru yang saling

berselang-seling pada setiap untai(Desy, 2010).

5
 Hipotesis Watson –Crick mengusulkan bahwa tiap untaian sulur ganda DNA

digunakan sebagai suatu cetakan bagi replikasi DNA keturunan atau anak yang bersifat

komplementer. Dengan cara ini, dua dupleks keturunan molekul – molekul DNA yang

sama dengan DNA induk akan terbentuk, masing – masing mengandung satu untaian

utuh dari DNA induk. Hipotesis ini telah dibuktikan dalam percobaan yang cermat

dilakukan oleh Matthew Meselson dan Franklin Stahl pada tahun 1957. Mereka

membutuhkan sel – sel E.coli selama beberapa generasi pada medium dengan

ammonium klorida (NH4Cl) digunakan sebagai sumber nitrogen satu – satunya yang

mengandung 15N, isotop nitrogen “berat”, sebagai ganti atom N yang biasa yaitu, isotop
14
yang banyak dijumpai N. Dengan demikian, sekuruh komponen nitrogen sel yang

tumbuh pada medium ini, termasuk bom pada DNA-nya menjadi sangat diperkaya oleh
15
N. DNA yang diisolasi dari sel menunjukkan densitas kira – kira 1% lebih berat

daripada (14N) DNA normalnya. Meskipun ini hanya merupakan perbedaan kecil,

campuran DNA (15N) berat dan (14N) ringan di dalam larutan sesium klorida pekat dapat

dipisahkan dengan sentrifugasi. Sesium klorida digunakan karena larutan molekul ini

menunjukkan berat jenis yang mendekati DNA. Bila suatu larutan CsCl disentrifugasi

untuk waktu yang lama pada kecepatan tinggi, larutan tersebut mencapai suatu

keseimbangan dengan CsCl membentuk gradient densitas yang berkesinambungan.

Oleh karena gaya sedimentasi, konsentrasi CsCl pada dasar tabung lebih tinggi dan

karena itu, larutan menjadi lebih pekat daripada di bagian atas. Spesimen DNA yang

dilarutkan di dalam CsCl akan mencapai posisi keseimbangan pada tabung dimana

densitasnya akan setara dengan larutan CsCl. Karena (15N) DNA sedikit lebih pekat

6
daripada (14N) DNA, (15N) DNA akan mencapai posisi keseimbangan yang lebih rendah

pada gradient CsCl daripada (14N) DNA (Lehninger, et.al., 2005).

Meselson dan Stahl memindahkan sel – sel E.coli yang tumbuh pada media 15N,

dimana seluruh untaian DNA menjadi “berat”, ke dalam media segar dengan NH 4Cl

yang mengandung isotop 14N normal. Media segar menunjukkan sel – sel ini tumbuh

dalam media 14N sehingga mencapai sebanyak dua kalinya. DNA kemudian diisolasi

dari sel – sel dan densitasnya dianalisa dengan prosedur pengendapan yang telah

disebutkan di atas. DNA hanya membentuk suatu pita tunggal pada gradient CsCl pada
14
pertengahan densitas antara DNA “ringan” normal yang mengandung N dan DNA

“berat” dari pertumbuhan sel – sel, khusus pada 15N. Hal ini merupakan hasil yang tepat

diharapkan bila ulur pada DNA dari sel – sel keturunan mengandung satu untaian 14N

baru dan satu untaian 15N lama dari DNA induk, yang secara skematis dapat dilihat pada

gambar 2 (Lehninger, et.al., 2005).

7
 Gambar 2. Hasil eksperimen Meselson dan Stahl untuk menentukan replikasi DNA

yang terjadi di alam (Pray, 2010)

14
Bila sel – sel dibiarkan meningkat lagi dua kali jumlah pada media N, DNA

yang diisolasi memperlihatkan dua pita, satu menunjukkan densitas yang setara dengan

DNA ringan yang normal dan lainnya menunjukkan densitas DNA baru yang terlihat

setelah sel pertama jumlahnya mejadi dua kali, Meselson dan Stahl dengan demikian

tiba pada kesimpulan bahwa tiap dupleks DNA keturunan pada dua generasi sel – sel

mengandung satu untaian induk dan satu untaian yang baru dibuat, tepat dengan

pernyataan hipotesis Watson-Crick. Jenis replikasi ini disebut semikonservatif, karena

hanya satu untaian induk dipertahankan pada tiap DNA keturunan. Pengamatan mereka

dengan jelas meniadakan replikasi konservatif, dimana satu dupleks DNA keturunan

8
mempunyai dua untaian baru. Hal ini juga meniadakan suatu mekanisme dispersif

dimana tiap untaian keturunan DNA mengandung potongan pendek dari kedua induk

dan DNA baru yang bergabung bersama secara acak (Lehninger, et.al., 2005).

4. Mekanisme Dasar Replikasi DNA

Model replikasi DNA secara semikonservatif menunjukkan bahwa DNA

anakan terdiri atas pasangan untaian DNA induk dan untaian DNA hasil sintesis
baru. Model ini memberikan gambaran bahwa untaian DNA induk berperanan
sebagai cetakan (template) bagi pembentukan untaian DNA baru. Seperti diketahui,
molekul DNA untai-ganda terdiri atas dua untai molekur DNA yang berpasangan
secara komplementer yaitu antara basa nukleotida A dengan T, dan antara C dengan
G. Oleh karena itu, proses replikasi DNA harus diawali dengan pemutusan
(denaturasi) ikatan antara untaian DNA yang satu dengan untaian komplementernya.
Hal ini dimaksudkan agar masing-masing untaian DNA tersebut dapat bertindak
sebagai cetakan, sebab proses pemasangan nukleotida-nukleotida baru dengan
cetakannya akan terhalangi jika kedua untai itu masih berada dalam keadaan
berikatan. Dengan demikian, salah satu bagian yang sangat penting dalam proses
replikasi DNA adalah denaturasi antara untaian DNA yang satu dengan untaian
komplementernya.

Denaturasi yang terjadi pada saat awal replikasi DNA adalah proses
enzimatis. Oleh karena molekul DNA adalah biomolekul yang sangat vital bagi
jasad, maka denaturasi DNA terjadi secara parsial dan bertahap. Denaturasi awal
terjadi pada bagian DNA yang dikenal sebagai ori (origin of replication) atau titik
awal replikasi. lkatan hidrogen antara A-T dan C-G akan terputus dan diikuti dengan
pembukaan untaian DNA. Untaian DNA membuka membentuk struktur yang
disebut sebagai garpu replikasi (replicotion fork). Garpu replikasi akan bergerak
sehingga molekul DNA induk membuka secara bertahap. Masing-masing untaian
DNA induk yang sudah terpisah satu sama lain berfungsi sebagai cetakan untuk

9
 penempelan nukleotida-nukleotida yang akan menyusun molekul DNA baru.
Nukleotida-nukleotida baru akan dipolimerisasi menjadi untaian DNA baru dengan
urutan sesuai dengan urutan cetakan DNA komplemennya. Basa nukleotida A
dipasangkan dengan basa T yang ada pada cetakannya, sedangkan basa C
dipasangkan dengan basa G. Oleh karena itu, untaian DNA baru yang terbentuk
merupakan komplemen untaian DNA induk. Proses polimerisasi nukleotida terjadi
pada kedua untaian DNA cetakan sehingga pada akhir satu kali putaran replikasi
akan dihasilkan dua molekur DNA baru yang identik. Masing-masing molekul DNA
untai-ganda yang terbentuk terdiri atas untai DNA induk dan untai DNA baru hasil
polimerisasi selama proses replikasi. Dalam putaran replikasi berikutnya akan terjadi
proses yang serupa sehingga DNA anakan menjadi DNA induk untuk replikasi
berikutnya.

5. Tahapan Replikasi

Proses replikasi dalam molekul DNA dimulai pada suatu titik yang disebut

dengan Origin of Replication (Ori). Pada titik ini, DNA akan membentuk seperti

gelembung kecil, dimana ikatan hidrogen antara basa-basa terputus dan pasangan

basanya terpisah. Heliks mulai membuka uliran (Ma, et.al., 1998).

Tahapan replikasi DNA pada sel eukariot adalah sebagai berikut (Anonymous1,

2011):

1. Inisiasi dalam proses replikasi DNA terjadi adalah pemutusan ikatan hidrogen antara

basa-basa nitrogen dari dua untai yang antiparalel. Pemutusan ikatan tersebut terjadi

pada rantai yang kaya akan ikatan A-T. Hal tersebut dikarenakan ikatan antara

adenin dan timin yang hanya merupakan ikatan rangkap dua, sedangkan pada ikatan

antara sitosin dan guanin adalah ikatan rangkap tiga. Helikase adalah enzim yang

10
 berfungsi untuk membuka untai ganda DNA. Titik awal dimana terjadinya splitting

disebut sebagai origin of replication. Struktur yang dihasilkan disebut dengan

replication fork.

Gambar 3. Tahap pemutusan ikatan hydrogen pada basa – basa nitrogen

2. Salah satu hal penting dalam tahapan replikasi DNA adalah pengikatan primase RNA

pada titik awal rantai induk 3’-5’. Primase RNA dapat menarik nukleotida RNA yang

berikatan dengan nukleotida DNA dari untai 3’-5’ dikarenakan ikatan hidrogen antar

basanya. Nukleotida RNA adalah primer (starter) untuk ikatan nukleotida DNA.

Gambar 4. Tahap pembentukan RNA primer

3. Tahapan elongasi berbeda untuk cetakan 5’-3’ dan 3’-5’, yaitu:

11
a. Cetakan 5’-3’

Cetakan 5’-3’ disebut sebagai leading strand karena DNA polimerase α dapat

membaca cetakan dan secara kontinu menambah nukleotida (komplemen dari

cetakan nukleotida, sebagai contoh adenin berlawanan dengan timin).

b. Cetakan 3’-5’

Cetakan 3’-5’ tidak dapat dibaca dengan DNA polimerase α. Replikasi dari

cetakan ini rumit dan DNA barunya disebut lagging strand. Pada lagging strand

RNA primase menambah lebih banyak RNA primer. DNA polimerase α

membaca cetakan. Jarak antara dua RNA primer disebut sebagai fragmen

Okazaki.

Gambar 5. Tahap pembentukan leading strand dan lagging strand

12
 Gambar 6. Fragmen Okazaki

RNA primer penting untuk DNA polimerase α berikatan dengan nukleotida pada

bagian ujung 3’. Untai baru dielongasi dengan mengikat lebih banyak DNA

nukleotida.

4. Pada lagging strand DNA Polimerase I - eksonuklease membaca fragmen dan

memindahkan RNA Primer. Jarak didekatkan dengan adanya pengaruh DNA

polymerase (menambahkan nukleotida komplementer pada jarak tersebut) dan DNA

ligase (menambahkan fosfat pada gap antara fosfat dan gula).

Gambar 7. Tahap pembacaan fragmen oleh DNA polimerase I-eksonuklease

13
5. Langkah terakhir dari tahapan replikasi DNA adalah terminasi. Tahapan ini terjadi

ketika DNA polymerase mencapai titik akhir untai. Kita dapat dengan mudah

memahami bahwa pada akhir tahapan lagging strand, ketika RNA primer

dipindahkan tidak mungkin bagi DNA polimerase untuk mengisi kekosongan

tersebut (karena tidak ada primer). Sehingga, ujung dari untai induk dimana primer

terakhir tidak direplikasi. Ujung dari DNA linear terdiri dari DNA noncoding yang

berulang – ulang dan disebut telomere. Sebagai hasilnya, bagian dari telomere

dipindahkan pada tiap siklus replikasi DNA.

6. Replikasi DNA tidak sempurna sebelum terjadi mekanisme perbaikan terhadap

kesalahan-kesalahan yang mungkin terjadi selama replikasi. Enzim seperti nuklease

akan memindahkan nukleotida yang salah dan DNA polimerase akan mengisi

kekosongan (gap) tersebut.

Gambar 8. DNA hasil replikasi

14
5.1. Pembentukan leading strand

Pada replikasi DNA, untaian pengawal (leading strand) ialah untaian DNA yang

disintesis dengan arah 5'→3' secara berkesinambungan. Pada untaian ini, DNA

polimerase mampu membentuk DNA menggunakan ujung 3'-OH bebas dari sebuah

primer RNA dan sintesis DNA berlangsung secara berkesinambungan, searah dengan

arah pergerakan garpu replikasi (Necel, 2009).

5.2. Pembentukan lagging strand

Lagging strand ialah untaian DNA yang terletak pada sisi yang berseberangan

dengan leading strand pada garpu replikasi. Untaian ini disintesis dalam segmen-

segmen yang disebut fragmen Okazaki. Pada untaian ini, primase membentuk primer

RNA. DNA polimerase dengan demikian dapat menggunakan gugus OH 3' bebas pada

primer RNA tersebut untuk mensintesis DNA dengan arah 5'→3'. Fragmen primer RNA

tersebut lalu disingkirkan (misalnya dengan RNase H dan DNA Polimerase I) dan

deoksiribonukleotida baru ditambahkan untuk mengisi celah yang tadinya ditempati

oleh RNA. DNA ligase lalu menyambungkan fragmen-fragmen Okazaki tersebut

sehingga sintesis lagging strand menjadi lengkap (Necel, 2009).

5.3. Garpu replikasi

Garpu replikasi atau cabang replikasi (replication fork) ialah struktur yang

terbentuk ketika DNA bereplikasi. Garpu replikasi ini dibentuk akibat enzim helikase

yang memutus ikatan-ikatan hidrogen yang menyatukan kedua untaian DNA, membuat

15
terbukanya untaian ganda tersebut menjadi dua cabang yang masing-masing terdiri dari

sebuah untaian tunggal DNA. Masing-masing cabang tersebut menjadi "cetakan" untuk

pembentukan dua untaian DNA baru berdasarkan urutan nukleotida komplementernya.

DNA polimerase membentuk untaian DNA baru dengan memperpanjang

oligonukleotida (RNA) yang dibentuk oleh enzim primase dan disebut primer (Necel,

2009).

DNA polimerase membentuk untaian DNA baru dengan menambahkan

nukleotida dalam hal ini, deoksiribonukleotida ke ujung 3'-hidroksil bebas nukleotida

rantai DNA yang sedang tumbuh. Dengan kata lain, rantai DNA baru (DNA "anak")

disintesis dari arah 5'→3', sedangkan DNA polimerase bergerak pada DNA "induk"

dengan arah 3'→5'. Namun demikian, salah satu untaian DNA induk pada garpu

replikasi berorientasi 3'→5', sementara untaian lainnya berorientasi 5'→3', dan helikase

bergerak membuka untaian rangkap DNA dengan arah 5'→3'. Oleh karena itu, replikasi

harus berlangsung pada kedua arah berlawanan tersebut (Necel, 2009).

6. Replikasi DNA pada Sel Eukariot

Pada eukariot, proses replikasi DNA adalah sama dengan replikasi dari bakteri

atau DNA prokariotik dengan beberapa modifikasi kecil. Pada eukariot, molekul DNA

lebih besar daripada di prokariot dan tidak melingkar, juga banyak tempat untuk

memulai replikasi (Anonymous2, 2011).

Pada eukariot replikasi DNA hanya terjadi pada fase S di dalam interfase. Untuk

memasuki fase S diperlukan regulasi oleh sistem protein kompleks yang disebut siklin

16
dan kinase tergantung siklin atau cyclin-dependent protein kinases (CDKs), yang akan

diaktivasi oleh sinyal pertumbuhan yang mencapai permukaan sel. Beberapa CDKs

akan melakukan fosforilasi dan mengaktifkan protein-protein yang diperlukan untuk

inisiasi pada masing-masing ORI. Berhubung dengan kompleksitas struktur kromatin,

fork replikasi pada eukariot bergerak hanya dengan kecepatan 50 pb tiap detik. Sebelum

melakukan penyalinan, DNA harus dilepaskan dari nukleosom pada fork replikasi

sehingga gerakan fork replikasi akan diperlambat menjadi sekitar 50 pb tiap detik.

Dengan kecepatan seperti ini diperlukan waktu sekitar 30 hari untuk menyalin molekul

DNA kromosom pada kebanyakan mamalia. Sederetan sekuens tandem yang terdiri dari

20 hingga 50 replikon mengalami inisiasi secara bersamaan pada waktu tertentu selama

fase S. Deretan yang mengalami inisiasi paling awal adalah eukromatin, sedangkan

deretan yang agak lambat adalah heterokromatin (Susanto, 2008).

DNA sentromir dan telomir bereplikasi paling lambat. Pola semacam ini

mencerminkan aksesibilitas struktur kromatin yang berbeda-beda terhadap faktor

inisiasi. Seperti halnya pada prokariot, satu atau beberapa DNA helikase dan SSB yang

disebut dengan protein replikasi A atau replication protein A (RP-A) diperlukan untuk

memisahkan kedua untai DNA (Susanto, 2008).

Proses replikasi DNA eukariot sama dengan replikasi DNA prokariotik kecuali

untuk aspek-aspek dibawah ini (Anonymous3, 2011):

1. DNA eukariot mempunyai beberapa tempat “Origin Of Replication”, maka beberapa

replikasi fork menghasilkan banyak gelembung sepanjang DNA. Replikasi fork

17
 dibentuk pada urutan mereplikasi secara otonom (ARS) yang mengandung 11 bp

dikenal dengan origin replication element (ORE).

2. Polimerase DNA α dan β adalah enzim-enzim replikasi DNA dalam sel eukariotik.

Polimerase DNA α mempunyai aktivitas polimerase 5' 3 ' dan sintesis primer pada

lagging strand kemudian diperpanjang dengan multisubunit DNA polymerase.

Polimerase DNA δ mengoreksi aktivitas eksonuklease 3’5’ dan melaksanakan

keduanya dan sintesis lagging strand dalam suatu kompleks bakteri dimer DNA

polimerase III. ε polimerase DNA menghilangkan fragmen utama dari Okazaki pada

Lagging strand. Polimerase DNA γ bertanggung jawab untuk replikasi DNA mt.

3. Telomere, struktur di ujung kromosom eukariotik linear, terdiri dari banyak salinan

tandem urutan oligonukleotida pendek dengan TxGy dalam satu untai dan CyAx di

untai komplementer, di mana x dan y biasanya dalam rentang 1 sampai 4.

Telomerase mengandung RNA yang berfungsi sebagai template untuk sintesis untai

TxGy dari telomer. Komponen protein dari telomerase bertindak sebagai reverse

transkripsi selular untuk sintesis RNA dan DNA. Setelah perpanjangan untai TxGy

oleh telomerase, pelengkap untai CyAx disintesis oleh DNA polimerase selular,

dimulai dengan sebuah primer RNA.

7. Replikasi DNA pada Sel Prokariot

Suatu kromosom mengandung satu molekul DNA yang biasanya sangat besar,

misalnya beberapa kromosom bakteri tersusun oleh sebanyak 4 x 10 6 pasang basa.

Selain itu dalam banyak hal, DNA berbentuk tertutup atau struktur lingkar. Beberapa

18
kromosom bakteri berbentuk linier. Hanya sedikit diketahui mengenai kromosom

bakteri linier (Ngili, 2010).

Dari penelitian genetika telah diketahui bahwa inisiasi replikasi terjadi pada sisi

tertentu yang disebut sisi inisiasi atau origin of the chromosome (ori C). Urutan

nukleotida dalam daerah ini mengikat pada berbagai protein untuk menginisiasi kedua

garpu (Ngili, 2010).

Replikasi kromosom bakteri bisa dibagi ke dalam tiga tahap: inisiasi, elongasi,

dan terminasi. Inisiasi yakni pembentukan garpu-garpu replikasi pada molekul awal.

Elongasi menggambarkan perkembangan garpu-garpu ini mengelilingi kromosom,

serentak dengan sintesis DNA atau pertumbuhan rantai. Terminasi yakni penggabungan

garpu-garpu yang saling mendekati, menghasilkan dua kromosom sempurna yang dapat

berpisah satu sama lain (Ngili, 2010).

Replikasi kromosom bakteri sepanjang 5.000 kb memakan waktu sekitar 40

menit dan terjadi dalam seluruh siklus pembelahan bakteri. Maka, setiap garpu

mereplikasikan sekitar 50 kb DNA per menit. (Dalam sel eukariot, replikasi DNA

terbatas pada bagian siklus pembelahan sel mitosis yang disebut fase S, yang bisa

berlangsung selama beberapa jam). Laju replikasi DNA dikoordinasikan dengan laju

pembelahan sel. Maka, kultur bakteri yang tumbuh dalam medium kaya akan memiliki

waktu pembentukan yang pendek dan harus menjalankan replikasi kromosom lebih

cepat daripada yang ditumbuhkan dalam medium miskin dimana pembentukannya

mungkin tiga sampai empat kali lebih lama (Ngili, 2010).

19
 Seperti diketahui, replikasi suatu replikon bisa dibagi ke dalam tiga tahap yakni

inisiasi, elongasi, dan terminasi. Selama fase elongasi, pertumbuhan rantai DNA

berlangsung pada garpy replikasi. Ini adalah tahap yang bagus untuk meneliti beberapa

enzim penting dan protein lain yang terlibat dalam replikasi. Proses seperti ini yang

terjadi dalam bakteri E.coli adalah yang paling dipahami, dan bermanfaat sebagai

prototipe untuk sistem lain. Beberapa enzim dan protein terlibat didalamnya (Ngili,

2010).

Enzim yang bertanggung jawab untuk sintesis rantai DNA baru pada garpu

replikasi yakni enzim DNA polimerase. Enzim ini memakai untai DNA tunggal yang

terbuka gulungannya sebagai templat. Terdapat tiga macam DNA polimerase dalam

E.coli, yakni DNA polimerase I,II, dan III. DNA polimerase I adalah yang paling

melimpah, dan DNA polimerase III adalah yang paling sedikit. Kedua enzim ini

mempunyai peran penting dalam keseluruhan proses replikasi DNA. Peranan

polimerase II belum diketahui dengan jelas (Ngili, 2010).

Fase elongasi dari replikasi DNA dalam bakteri tampak melibatkan banyak

enzim dan protein, yang sebagian bergabung dengan kompleks fungsional terpisah

seperti holoenzim DNA polimerase III. Inisiasi replikasi juga menggunakan beberapa

protein, dan mutasi pada gennya sangat membantu dalam mengidentifikasi protein-

protein ini (Ngili, 2010).

Mutasi yang mempengaruhi replikasi disebut mutasi DNA. Banyak mutasi yang

telah diidentifikasi pada E.coli mengkode untuk berbagai protein yang berkaitan dengan

pertumbuhan rantai DNA pada garpu replikasi. Sebagai contoh, gen dnaG mengode

20
untuk primase (protein Dna G). Namun sebagian mengkode protein dengan melibatkan

inisiasi siklus replikasi pada ori C. Contoh untuk gen seperti ini misalnya dnaA, B dan

C (Ngili, 2010).

Replikasi DNA kromosom prokariot, khususnya bakteri, sangat berkaitan

dengan siklus pertumbuhannya. Daerah ori pada E. coli, misalnya, berisi empat buah

tempat pengikatan protein inisiator DnaA, yang masing-masing panjangnya 9 pb.

Sintesis protein DnaA ini sejalan dengan laju pertumbuhan bakteri sehingga inisiasi

replikasi juga sejalan dengan laju pertumbuhan bakteri. Pada laju pertumbuhan sel yang

sangat tinggi, DNA kromosom prokariot dapat mengalami reinisiasi replikasi pada dua

ori yang baru terbentuk, sebelum putaran replikasi yang pertama berakhir. Akibatnya,

sel-sel hasil pembelahan akan menerima kromosom yang sebagian telah bereplikasi

(Ngili, 2010).

Protein DnaA membentuk struktur kompleks yang terdiri atas 30 hingga 40 buah

molekul, yang masing-masing akan terikat pada molekul ATP. Daerah ori akan

mengelilingi kompleks DnaA-ATP tersebut. Proses ini memerlukan kondisi

superkoiling negatif DNA (pilinan kedua untai DNA berbalik arah sehingga terbuka).

Superkoiling negatif akan menyebabkan pembukaan tiga sekuens repetitif sepanjang 13

pb yang kaya dengan AT sehingga memungkinkan terjadinya pengikatan protein DnaB,

yang merupakan enzim helikase, yaitu enzim yang akan menggunakan energi ATP hasil

hidrolisis untuk bergerak di sepanjang kedua untai DNA dan memisahkannya (Ngili,

2010).

21
 Untai DNA tunggal hasil pemisahan oleh helikase selanjutnya diselubungi oleh

protein pengikat untai tunggal atau single-stranded binding protein (SSB) untuk

melindungi DNA untai tunggal dari kerusakan fisik dan mencegah renaturasi. Enzim

DNA primase kemudian akan menempel pada DNA dan menyintesis RNA primer yang

pendek untuk memulai atau menginisiasi sintesis pada untai pengarah. Agar replikasi

dapat terus berjalan menjauhi ori, diperlukan enzim helikase selain DnaB. Hal ini

karena pembukaan heliks akan diikuti oleh pembentukan putaran baru berupa

superkoiling positif. Superkoiling negatif yang terjadi secara alami ternyata tidak cukup

untuk mengimbanginya sehingga diperlukan enzim lain, yaitu topoisomerase tipe II

yang disebut dengan DNA girase. Enzim DNA girase ini merupakan target serangan

antibiotik sehingga pemberian antibiotik dapat mencegah berlanjutnya replikasi DNA

bakteri (Ngili, 2010).

Seperti telah dijelaskan di atas, replikasi DNA terjadi baik pada untai pengarah

maupun pada untai tertinggal. Pada untai tertinggal suatu kompleks yang disebut

primosom akan menyintesis sejumlah RNA primer dengan interval 1.000 hingga 2.000

basa. Primosom terdiri atas helikase DNA B dan DNA primase (Ngili, 2010).

Primer baik pada untai pengarah maupun pada untai tertinggal akan mengalami

elongasi dengan bantuan holoenzim DNA polimerase III. Kompleks multisubunit ini

merupakan dimer, separuh akan bekerja pada untai pengarah dan separuh lainnya

bekerja pada untai tertinggal. Dengan demikian, sintesis pada kedua untai akan berjalan

dengan kecepatan yang sama.Masing-masing bagian dimer pada kedua untai tersebut

terdiri atas subunit a, yang mempunyai fungsi polimerase sesungguhnya, dan subunit e,

22
yang mempunyai fungsi penyuntingan berupa eksonuklease 3’–5’. Selain itu, terdapat

subunit b yang menempelkan polimerase pada DNA (Ngili, 2010).

Begitu primer pada untai tertinggal dielongasi oleh DNA polimerase III, mereka

akan segera dibuang dan celah yang ditimbulkan oleh hilangnya primer tersebut diisi

oleh DNA polimerase I, yang mempunyai aktivitas polimerase 5’– 3’, eksonuklease 5’ –

3’, dan eksonuklease penyuntingan 3’ – 5’. Eksonuklease 5’-3’ membuang primer,

sedangkan polimerase akan mengisi celah yang ditimbulkan. Akhirnya, fragmen-

fragmen Okazaki akan dipersatukan oleh enzim DNA ligase. Secara in vivo, dimer

holoenzim DNA polimerase III dan primosom diyakini membentuk kompleks

berukuran besar yang disebut dengan replisom. Dengan adanya replisom sintesis DNA

akan berlangsung dengan kecepatan 900 pb tiap detik (Ngili, 2010).

Kedua garpu replikasi akan bertemu kira-kira pada posisi 180°C dari ori. Di

sekitar daerah ini terdapat sejumlah terminator yang akan menghentikan gerakan garpu

replikasi. Terminator tersebut antara lain berupa produk gen tus, suatu inhibitor bagi

helikase DnaB. Ketika replikasi selesai, kedua lingkaran hasil replikasi masih menyatu.

Pemisahan dilakukan oleh enzim topoisomerase IV. Masing-masing lingkaran hasil

replikasi kemudian disegregasikan ke dalam kedua sel hasil pembelahan (Ngili, 2010).

23
8. Perbedaan Replikasi DNA pada Sel Eukariot dan Prokariot

EUKARIOT PROKARIOT
Replikasi DNA terjadi di nukleus Replikasi DNA terjadi di nukleus
Replikasi DNA terjadi pada fase S (fase Replikasi terjadi pada semua fase dalam siklus

sintesis) dalam fase interfase pada siklus sel sel

Terdapat 5 macam DNA polimerisasi yang Terdapat 3 macam DNA polimerisasi yang

terlibat dalam proses replikasi terlibat dalam proses replikasi

Terdapat banyak titik awal replikasi (ori) Titik awal replikasi (ori) lebih sedikit dibanding

eukariot
Pergerakan garpu replikasi pada replikasi Pergerakan garpu replikasi pada replikasi

eukariot bergerak lebih lambat prokariot bergerak lebih cepat dibanding pada

eukariot
Selanjutnya gelembung replikasi akan Replikasi terjadi kedua arah. Selanjutnya

bertemu, dan sintesis DNA anak selesai gelembung replikasi akan bertemu, dan sintesis

DNA anak selesai

Tabel 1. Perbedaan Replikasi DNA pada Sel Eukariot dan Prokariot (Amir, dkk., 2010)

24
8. Transkripsi

Transkripsi DNA merupakan proses pembentukan RNA dari DNA sebagai cetakan. 

Proses transkripsi menghasilkan mRNA, rRNA dan tRNA.   Pembentukan RNA

dilakukan oleh enzim RNA polymerase.  Proses transkripsi terdiri dari 3 tahap yaitu :

1. Inisiasi : enzim RNA polymerase menyalin gen, sehingga pengikatan RNA

polymerase terjadi pada tempat tertentu yaitu tepat didepan gen yang akan

ditranskripsi.  Tempat pertemuan antara gen (DNA) dengan RNA polymerase

disebut promoter.  Kemudian RNA polymerase membuka double heliks DNA. 

Salah satu utas DNA berfungsi sebagai cetakan. Nukleotida promoter pada

eukariot adalah 5′-GNNCAATCT-3′ dan 5′- TATAAAT-3′.  Simbul N menunjukkan

nukleotida (bisa berupa A, T, G, C).  Pada prokariot, urutan promotornya adalah 5′-

TTGACA-3′ dan 5′-TATAAT-3′.

2. Elongasi : Enzim RNA polymerase bergerak sepanjang molekul DNA,

membuka double heliks dan merangkai ribonukleotida ke ujung 3′ dari RNA

yang sedang tumbuh.

3. Terminasi : terjadi pada tempat tertentu.  Proses terminasi transkripsi ditandai

dengan terdisosiasinya enzim RNA polymerase dari DNA dan RNA dilepaskan.

mRNA pada eukariota mengalami modifikasi sebelum ditranslasi, sedangkan

pada prokariota misalnya pada bakteri, mRNA merupakan transkripsi akhir gen.

mRNA yang baru ditranskrip ujung 5′nya adalah pppNpN, dimana N adalah

25
 komponen basa-gula nukleotida, p adalah fosfat. mRNA yang masak memiliki

struktur 7mGpppNpN, dimana 7mG adalah nukleotida yang membawa 7 metil

guanine yang ditambahkan setelah transkripsi.  Pada ujung 3′ terdapat

pNpNpA(pA)npA.  Ekor poli A ini ditambahkan berkat bantuan polymerase poli

(A).  tetapi mRNA yang menyandikan histon, tidak memiliki poli A.

Hasil transkripsi merupakan hasil yang memiliki intron (segmen DNA yang tidak

menyandikan informasi biologi) dan harus dihilangkan, serta memiliki ekson yaitu ruas

yang membawa informasi biologis. Intron dihilangkan melalui proses yang disebut

splicing.  Proses splicing terjadi di nukleus.

Splicing dimulai dengan terjadinya pemutusan pada ujung 5′, selanjutnya ujung 5′

yang bebas menempelkan diri pada suatu tempat pada intron dan membentuk struktur

seperti laso yang terjadi karena ikatan 5′-2′fosfodiester.  Selanjutnya tempat

pemotongan pada ujung 3 terputus sehingga dua buah ekson menjadi bersatu. rRNA

dan tRNA merupakan hasil akhir dari proses transkripsi, sedangkan mRNA akan

mengalami translasi.

tRNA adalah molekul adaptor yang membaca urutan nukleotida pada mRNA dan

mengubahnya menjadi asam amino.  Struktur molekul tRNA adalah seperti daun

semanggi yang terdiri dari 5 komponen yaitu

1. Lengan aseptor: merupakan tempat menempelnya asam amino,

2. Lengan D atau DHU: terdapat dihidrourasil pirimidin,

26
 3. Lengan antikodon: memiliki antikodon yang basanya komplementer dengan

basa pada mRNA

4. Lengan tambahan

5. Lengan TUU: mengandung T, U dan C

9. Translasi RNA

Pada prokariota yang terdiri dari satu ruang, proses transkripsi dan translasi

terjadi bersama-sama.  Translasi merupakan proses penerjemahan kodon-kodon pada

mRNA menjadi polipeptida. Dalam proses translasi, kode genetik merupakan aturan

yang penting.  Dalam kode genetik, urutan nukleotida mRNA dibawa dalam gugus tiga

– tiga.  Setiap gugus tiga disebut kodon.   Dalam translasi, kodon dikenali oleh lengan

antikodon yang terdapat pada tRNA.

Mekanisme translasi adalah:

1. Inisiasi.  Proses ini dimulai dari menempelnya ribosom sub unit kecil ke

mRNA.  Penempelan terjadi pada tempat tertentu yaitu pada 5′-AGGAGGU-3′,

sedang pada eukariot terjadi pada struktur tudung (7mGpppNpN).  Selanjutnya

ribosom bergeser ke arah 3′ sampai bertemu dengan kodon AUG.  Kodon ini

menjadi kodon awal.  Asam amino yang dibawa oleh tRNA awal adalah

metionin.  Metionin adalah asam amino yang disandi oleh AUG.  pada bakteri,

metionin diubah menjadi Nformil metionin.  Struktur gabungan antara mRNA,

ribosom sub unit kecil dan tRNA-Nformil metionin disebut kompleks inisiasi. 

27
 Pada eukariot, kompleks inisiasi terbentuk dengan cara yang lebih rumit yang

melibatkan banyak protein initiation factor.

2. Elongation.  Tahap selanjutnya adalah penempelan sub unit besar pada sub unit

kecil menghasilkan dua tempat yang terpisah .  Tempat pertama adalah tempat P

(peptidil) yang ditempati oleh tRNA-Nformil metionin.   Tempat kedua adalah

tempat A (aminoasil) yang terletak pada kodon ke dua dan kosong.  Proses

elongasi terjadi saat tRNA dengan antikodon dan asam amino yang tepat masuk

ke tempat A.  Akibatnya kedua tempat di ribosom terisi, lalu terjadi ikatan

peptide antara kedua asam amino.  Ikatan tRNA dengan Nformil metionin lalu

lepas, sehingga kedua asam amino yang berangkai berada pada tempat A. 

Ribosom kemudian bergeser sehingga asam amino-asam amino-tRNA berada

pada tempat P dan tempat A menjadi kosong.  Selanjutnya tRNA dengan

antikodon yang tepat dengan kodon ketiga akan masuk ke tempat A, dan proses

berlanjut seperti sebelumnya.

3. Terminasi.  Proses translasi akan berhenti bila tempat A bertemu kodon akhir

yaitu UAA, UAG, UGA.   Kodon-kodon ini tidak memiliki tRNA yang

membawa antikodon yang sesuai.  Selanjutnya masuklah release factor (RF) ke

tempat A dan melepaska rantai polipeptida yang terbentuk dari tRNA yang

terakhir.  Kemudian ribosom berubah menjadi sub unit kecil dan besar.

28
 KESIMPULAN

Replikasi merupakan peristiwa sintesis DNA (autokatalisis) karena DNA

mampu mensintesis diri sendiri. Ada tiga hipotesis mengenai repikasi DNA yaitu

hipotesis replikasi secara konservatif, hipotesis replikasi secara semikonservatif,

dan hipotesis replikasi secara dispertif. Replikasi DNA bersifat semikoservatif,

yaitu kedua untai tunggal DNA bertindak sebagai cetakan untuk pembuatan

untai-untai DNA baru, seluruh untai tunggal cetakan dipertahankan dan untai

yang baru dibuat dari nukleotida- nukleotida. Proses replikasi DNA berlangsung

melalui beberapa tahapan dasar yaitu (1) denaturasi (pemisahan) untaian DNA

induk, (2) peng-“awal”-an (initiation, inisiasi) sintesis DNA, (3) pemanjanan

untaian DNA, (4) ligasi fragmen-fragmen DNA, dan (5) peng-“akhir”-an

(termination, terminasi) sintesi DNA.

Transkripsi DNA merupakan proses pembentukan RNA dari DNA

sebagai cetakan.  Proses transkripsi menghasilkan mRNA, rRNA dan tRNA.

Pembentukan RNA dilakukan oleh enzim RNA polymerase. Sedangkan translasi

merupakan proses penerjemahan kodon-kodon pada mRNA menjadi polipeptida.

Dalam proses translasi, kode genetik merupakan aturan yang penting.  Dalam

kode genetik, urutan nukleotida mRNA dibawa dalam gugus tiga – tiga.  Setiap

gugus tiga disebut kodon.   Dalam translasi, kodon dikenali oleh lengan

antikodon yang terdapat pada tRNA.

29
 DAFTAR PUSTAKA

Amir, F. M.; Malik, A.; Darmawati; Fikri R. M., 2010, REPLIKASI DNA,

http://www.scribd.com/doc/32301253/Replikasi-Dna, diakses pada tanggal 2 Maret

2011

Anonymous1, 2011, STEPS OF DNA REPLICATION, http://www.dnareplication.info/

stepsofdnareplication.php, diakses pada tanggal 2 Maret 2011

Anonymous2, 2011, REPLICATION DNA EUKARYOT, http://www.molecular-plant-

biotechnology.info/DNA-r,eplication-and-repair/eukaryotic-DNA-replication, diakses

tanggal 2 Maret 2011

Anonymous3, 2011, DNA REPLICATION IN PROKARYOTES AND

EUKARYOTES, http://www.tutorvista.com/biology/dna-replication-in-prokaryotes-

and-eukaryotes, diakses tanggal 2 Maret 2011

Junaidi, W., 2009, REPLIKASI DNA, http://meckzozp.blogspot.com/2009/01/replikasi-

dna-html, diakses pada tanggal 2 Maret 2011

Lehninger, A.L.; Nelson, D.L. and Cox, M.M., 2005, LEHNINGER’S PRINCIPLES

OF BIOCHEMISTRY, WH Freeman, Ltd., New York

30
Necel, 2009, DNA dan RNA, www.scribd.com/doc/23427509/DNA dan RNA , diakses

pada tanggal 2 Maret 2011

Ngili, Y., 2010, BIOKIMIA DASAR, Penerbit Rekayasa Sains, Bandung

Pray, L.A., 2008, SEMI-CONSERVATIVE DNA REPLICATION: Meselson and Stahl,

http://www.nature.com/scitable/blog/green-science, diakses pada tanggal 4 Maret 2011

Saraswati, D., 2010, SUBSTANSI GENETIKA, http://substansigenetika.net/wp/tag/2-

replikasi-dna, diakses pada tanggal 2 Maret 2011

Susanto, A.H., 2008, BAB IV REPLIKASI DNA, http://biomol.wordpress.com/bahan-

ajar/replikasi/, diakses tanggal 2 Maret 2011

31