LAPORAN PRAKTIKUM BIOKIMIA TANAMAN

“ISOLASI DNA”

DISUSUN OLEH:

NAMA : SHENDY CITRA OKTAVIANA DEWI

NIM : 195040200111152
KELAS :L
ASISTEN : ANTON MEILUS PUTRA

PROGRAM STUDI AGROEKOTEKNOLOGI

FAKULTAS PERTANIAN
UNIVERSITAS BRAWIJAYA
MALANG
2020

NILAI
:…….
 BAB I
PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Deoxyriboucleic acid atau DNA merupakan senyawa kimia yang paling
penting dalam makhluk hidup. DNA merupakan senyawa yang mengandung
informasi genetik makhluk genetik makhluk hidup dari satu generasi ke generasi
selanjutnya. Keseluruhan DNA dalam suatu sel akan membentuk genom. Genom
meliputi bagian gen yang fungsional maupun non fungsional dalm sel organisme.
DNA genom meliputi gen dan intergen.
DNA adalah asam nukleat yang mengandung materi genetik dan berfungsi
untuk mengatur perkembangan biologis seluruh bentuk kehidupan secara seluler.
DNA terdapat pada nukleus, mitokondria, dan kloroplas. Perbedaan ketiganya
adalah DNA nukleus berbentuk linier dan berasosiasi sangat erat dengan protein
histon, sedangkan DNA mitokondria dan kloroplas berbentuk sirkular dan tidak
berasosiasi dengan protein histon. Selain itu DNA mitokondria dan kloroplas
memiliki ciri khas, yaitu hanya mewariskan sifat-sifat yang berasal dari garis ibu.
Sedangkan DNA nukleus memiliki pola pewarisan sifat dari kedua orangtua.
Dilihat dari organismenya, struktur DNA prokariot tidak memiliki protein histon
dan berbentuk sirkular, sedangkan DNA eukariot berbentuk linier dan memiliki
protein histon.
Isolasi DNA merupakan langkah mempelajari DNA. Salah satu prinsip
isolasi DNA yaitu dengan sentrifugasi. Sentrifugasi merupakan teknik untuk
memisahkan campuran berdasarkan berat molekul komponennya. Molekul yang
mempunyai berat molekul besar akan berada di bagian bawah tabung dan molekul
ringan akan berada pada bagian atas tabung . Hasil sentrifugasi akan menunjukkan
dua macam fraksi yang terpisah, yaitu alcohol yang bercampur dengan DNA pada
bagian atas dan pelet/larutan pada bagian bawah.
1.2 Tujuan
Adapun tujuan dari diadakannya praktikum tentang isolasi DNA adalah
untuk mengetahui cara memisahkan, mengisolasi, atau mengisolasi DNA pada
tanaman brokoli.
1.3 Manfaat
Adapun manfaat yang diharapkan dari praktikum isolasi DNA ini adalah
agar praktikan memperoleh keterampilan untuk melakukan percobaan dengan
mengamati animasi, simulator, video, dll.
 BAB II
METODOLOGI

2.1 Alat dan Bahan

2.1.1 Alat
Alat Fungsi
Gelas Beaker Sebagai tempat atau wadah ekstrak brokoli yang belum
Besar disaring sekaligus tempat mencampur saat pemblenderan
Gelas Beaker Untuk wadah atau tempat ekstrak brokoli yang sudah
Kecil disaring
Untuk menakar bahan serta mengaduk/mencampur bahan-
Sendok Teh
bahan
Corong Membantu memindahkan ekstrak brokoli saat penyaringan
Blender Untuk menghaluskan potongan bunga brokoli
Pisau Untuk memotong brokoli
Kertas Saring
Untuk menyaring ekstrak brokoli
Kopi
Pengaduk Sebagai pengaduk larutan dan sabun
Cawan Untuk wadah sabun

2.1.2 Bahan
Bahan Fungsi
Brokoli Segar Sebagai spesimen yang diamati
Garam Dapur Untuk membantu DNA agar terpisah dari larutan brokoli
Cairan Pencuci / Untuk menghancurkan sel agar DNA dapat kelur dari sel
Sabun tersebut
Alkohol 10 ml Sebagai pelarut untuk memisahkan DNA dengan larutan
Air 300 ml Untuk melarutkan sari-sari brokoli

Alat-alat yang digunakan dalam praktikum isolasi DNA antara lain adalah
gelas beaker besar, gelas beaker kecil, sendok teh, corong, blender atau pisau,
kertas saring kopi, pengaduk, dan cawan petri. Dalam praktikum isolasi DNA,
gelas beaker besar berfungsi sebagai tempat atau wadah ekstrak brokoli yang
belum disaring sekaligus tempat mencampur saat pemblenderan. Sedangkan
fungsi dari gelas beaker kecil adalah sebagai wadah atau tempat ekstrak brokoli
yang belum disaring. Kemudian fungsi dari cawan petri adalah sebagai wadah
sabun. Hal ini sesuai dengan pendapat (Sholihah, 2014) bahwa fungsi gelas
beaker adalah sebuah wadah penampung yang digunakan untuk mengaduk,
mencampur, dan memanaskan cairan sedangkan cawan petri biasanya digunakan
sebagai ataupun alas untuk meletakkan benda. Kemudian sendok teh berfungsi
untuk menakar bahan serta mengaduk/mencampur bahan-bahan, sehingga fungsi
tersebut sesuai dengan pendapat (Muladno, 2002) yang mengatakan bahwa
sendok teh merupakan sendok kecil yang digunakan untuk menakar ataupun
mengaduk suatu bahan. Lalu alat seperti corong berfungsi untuk membantu
memindahkan ekstrak brokoli saat penyaringan dan hal tersebut sesuai dengan
pernyataan (Pharmawati, 2009) bahwa fungsi corong adalah sebagai alat bantu
untuk memindahkan atau memasukkan suatu larutan dari wadah bermulut besar
ke wadah bermulut kecil. Kemudian alat lainnya seperti blender berfungsi untuk
menghaluskan potongan bunga brokoli dalam praktikum begitu pula dengan pisau
yang berfungsi untuk memotong brokoli. Hal tersebut sesuai dengan pendapat
(Farrel, 2004) yang menyatakan bahwa blender berfungsi untuk mengaduk,
mencampur, menggiling, ataupun melunakkan bahan makanan sedangkan pisau
berfungsi sebagai alat pemotong atau pencincang suatu bahan makanan. Adapun
fungsi dari kertas saring kopi adalah untuk menyaring ekstrak brokoli yang sesuai
dengan pendapat (Ardiana, 2009) bahwa kertas saring kopi dapat digunakan untuk
menyaring jus buah atau sayur yang dapat membuat konsistensi jus buatan
menjadi lebih lembut tanpa ampas.
Sedangkan bahan yang digunakan antara lain adalah brokoli segar, garam
dapur, cairan pencuci atau sabun, alkohol 10 ml, dan air 300 ml. Brokoli segar
dalam praktikum berfungsi sebagai spesimen yang diamati. Brokoli digunakan
karena lebih mudah diekstrak dibandingkan tanaman lainnya. Bagian brokoli yang
digunakan adalah bunga brokoli, dimana di dalam bunga brokoli tersimpan
banyak informasi genetik sehingga mudah untuk mendapatkan DNA yang
digunakan sebagai sampel pengamatan. Hal ini didukung oleh pendapat (Porebski,
Bailey, & Baum, 2000) bahwa jika tanaman lainnya membutuhkan daunnya agar
mudah diekstrak, namun semua bagian tubuh brokoli dapat dengan mudah
diekstrak. Sabun dalam praktikum ini digunakan untuk menghancurkan sel agar
DNA dapat keluar dari sel tersebut. Hal ini sesuai dengan pernyataan (Maryam,
2009) bahwa sabun atau deterjen berfungsi sebagai pengganti etilen diamin tetra
asetat (EDTA), sodium dodesil sulfat (SDS) yang berperan menghancurkan sel.
Alkohol sendiri berperan sebagai pelarut untuk memisahkan DNA dengan larutan
sedangkan air berfungsi sebagai pelarut sari-sari brokoli. Hal ini sesuai dengan
pernyataan (Mulyani, Agus, & Nurruhwati, 2011) bahwa alkohol dalam isolasi
DNA berperan untuk mencuci DNA dari senyawa-senyawa lain dan air berfungsi
sebagai pelarut. Kemudian garam dapur ditambahkan ke dalam larutan brokoli
untuk membantu DNA agar terpisah dari larutan brokoli. (Maryam, 2009)
menyatakan bahwa untuk memekatkan, memisahkan serta mengendapkan DNA
saat larutan dicampur dengan alcohol dapat menggunakan NaCl.

2.2 Langkah Kerja

1. Menyiapkan alat dan bahan yang digunakan untuk praktikum isolasi DNA
seperti brokoli segar, gelas beaker besar, gelas beaker kecil, sendok teh,
corong, blender atau pisau, kertas saring kopi, pengaduk, garam dapur,
cairan pencuci atau sabun, alkohol 10 ml, dan air 300 ml.
2. Memotong brokoli dan memisahkan bagian bunga brokoli dengan
batangnya menggunakan tangan atau pisau dan meletakkannya pada gelas
beaker besar.
3. Menghaluskan brokoli menggunakan blender dan mengaduknya kembali
menggunakan sendok agar tercampur rata.
4. Menambahkan sedikit air dan garam lalu diaduk rata dengan hasil
blenderan bunga brokoli menggunakan sendok.
5. Menyaring bahan yang telah tercampur rata menggunakan kertas saring
dan meletakkan hasil saringan dalam gelas beaker kecil.
6. Memasukkan sabun cair pada cawan petri dan mengoleskan sabun cair
pada pengaduk kemudian mengaduk hasil saringan menggunakan
 pengaduk yang sudah di olesi sabun dengan perlahan supaya sabun tidak
jatuh lalu biarkan selama 2-3 menit.
7. Memasukkan alkohol sedikit demi sedikit ke dalam larutan dan diamkan
selama ± 10 menit.
8. Terbentuk dua lapisan larutan dan mengamati DNA yang terlihat pada
larutan lapisan atas.
Langkah pertama yang dilakukan dalam praktikum isolasi DNA yakni
menyiapkan alat dan bahan. Alat yang dibutuhkan yaitu gelas beaker besar dan
kecil, sendok teh, corong, blender atau pisau, kertas saring kopi, pengaduk, dan
cawan petri. Sedangkan bahan yang dibutuhkan adalah brokoli, air, garam, sabun
atau cairan pencuci, dan alkohol. Langkah selanjutnya adalah memotong brokoli
dan memisahkan bagian bunga brokoli dengan batangnya menggunakan pisau.
Menurut (Porebski, Bailey, & Baum, 2000) DNA mudah didapatkan dalam bagian
tanaman yang berfungsi sebagi organ reproduksi, bagian tanaman lain sering
terkontaminasi oleh polisakarida sehingga dapat mengganggu kualitas DNA yang
dihasilkan. Selanjutnya menghaluskan brokoli dengan blender. Proses
menghaluskan tidak boleh terlalu halus karena dapat merusak DNA. Langkah
selanjutnya yakni menambahkan sedikit air dan garam lalu mengaduk rata dengan
hasil blenderan bunga brokoli. Hal ini dilakukan untuk membantu proses lisis
membrane ini untuk mengeluarkan DNA. (Nugroho, Teryana, Rijzaani, & Lestari,
2016) mengatakan bahwa garam dapat membantu proses lisis membrane inti
sehingga kode genetik DNA dapat dikeluarkan. Setelah semua bahan tercampur
rata, kemudian menyaring menggunakan kertas saring dan meletakkan hasil
saringan dalam gelas beaker kecil. Kemudian memasukkan sabun cair pada cawan
petri dan mengoleskan sabun cair pada pengaduk dan mengaduk hasil saringan
menggunakan pengaduk yang sudah di olesi sabun dengan perlahan supaya sabun
tidak jatuh. Menurut (Fitriana, Ibrahim, & Lisdiana, 2015) sabun berperan dalam
mengisolasi DNA sehingga produk dapat dihasilkan dalam bentuk kit yang dapat
mempermudah pengamatan. Selanjutnya memasukkan alkohol sedikit demi
sedikit ke dalam larutan dan diamkan selama ± 10 menit. Alkohol membuat
perbedaan presipitasi pada larutan sehingga ketika DNA larut dalam air kemudian
dilarutkan pada bahan yang bukan pelarutnya maka DNA akan menggumpal
(Fatchiyah, 2011). Seluruh proses pengadukan dalam praktikum dilakukan dengan
perlahan dan hati-hati agar DNA yang diamati tidak rusak. (Maryam, 2009)
menyatakan bahwa pengadukan yang terlalu cepat dapat memotong DNA.
 BAB III
PENUTUP

3.1 Kesimpulan
Berdasarkan praktikum yang telah dilakukan dapat diambil kesimpulan
bahwa isolasi DNA tanaman brokoli dengan cara penghancuran (lisis), ektraksi
atau pemisahan DNA dari bahan padat seperti dinding sel, membran sel dan
protein, serta dapat melakukan pemurnian DNA. Brokoli digunakan karena lebih
mudah diekstrak dibandingkan tanaman lainnya. Pada isolasi DNA ini digunakan
bunga brokoli, hal ini dikarenakan di dalam bunga brokoli tersimpan banyak
informasi genetik sehingga mudah untuk mendapatkan DNA yang digunakan
sebagai sampel pengamatan. Jika tanaman lainnya membutuhkan daunnya agar
mudah diekstrak, namun semua bagian tubuh brokoli dapat dengan mudah
diekstrak sehingga hal ini dapat memperbesar kemungkinan keberhasilan untuk
melakukan isolasi DNA yang kita inginkan.

3.2 Saran
Praktikum daring berjalan dengan tertib dan lancar. Video yang digunakan
cukup jelas dan menarik. Tetapi video lebih baik diberikan subtitle berbahasa
Indonesia agar praktikan langsung memahami apa yang dimaksud dalam video.
Sebaiknya asisten praktikum terlebih dahulu memberikan materi tentang
praktikum terkait agar praktikan tidak kebingungan ketika membuat laporan
praktikum.
 DAFTAR PUSTAKA

Ardiana, D. (2009). Teknik Isolasi DNA Genom Tanaman Papaya dan Jeruk
dengan Menggunakan Modifikasi Buffer CTAB. Buletin Teknik Pertanian
, 14 (1), 12-16.
Farrel, R. (2004). RNA Methodologies: A Laboratory Guide for Isolation and
Characterization (3 ed.). London: Elsevier Academis press.
Fatchiyah. (2011). Uji Kuantitatif dan Uji Kualitatif. Jakarta: Erlangga.
Fitriana, R., Ibrahim, M., & Lisdiana, L. (2015). Keefektifan Metode Isolasi DNA
Kit dan CTAB/NaCl yang Dimodifikasi pada Staphylococcus aureus dan
Shigella dysentriae. Lentera Bio , 41, 87-92.
Maryam, S. (2009). Ekstrak Enzim Bromelin dari Buah Nanas (Ananas sativus
Schult.) dan Pemanfaatannya pada Isolasi DNA. Skripsi FMIPA .
Muladno. (2002). Seputar Teknologi Rekayasa Genetika. Bogor: Pustaka
Wirausaha Muda.
Mulyani, Y., Agus, P., & Nurruhwati, I. (2011). Perbandingan Beberapa Metode
Isolasi DNA untuk Deteksi Dini Koi Herpes Virus (KHV) pada Ikan Mas
(Cyprinuscarpio L.). Jurnal Akuatika , 2 (1), 1-16.
Nugroho, K., Teryana, R., Rijzaani, H., & Lestari, P. (2016). Metode Ekstraksi
DNA pada Jatropha spp. Tanpa Menggunakan Nitrogen Cair. Jurnal Littri
, 22 (4), 159-166.
Pharmawati, M. (2009). Optimalisasi Ekstraksi DNA dan PCR-RAPD pada
Grevillea spp. (Proteaceae). Jurnal Bioogi , 12-16.
Porebski, S., Bailey, L., & Baum, B. (2000). Modification of a CTAB DNA
Extraction Protocol for Plants Containing High Polysaccharide ang
Polyphenol Components. Plant Mol Biol Rep , 15, 8-15.
Sholihah, S. (2014). Hubungan Kekerabatan Beberapa Kultivar Pisang (Musa sp.)
untuk Sifat Ketahanan terhadap Penyakit Berdasarkan Resistance Gene
Analog (RGA). Skripsi .