Megawati Soekarnoputri diangkat sebagai Presiden RI yang ke-5 pada tanggal 23 Juli 2001
dan dibantu oleh Hamzah Haz sebagai wakil presiden.
Kedaulatan wilayah NKRI juga terancam akibat perebutan Pulau Ligitan dan Pulau Sipadan
dengan negara Malaysia. Pada tanggal 17 Desember 2001, Mahkamah Internasional
menetapkan bahwa kedua pulau tersebut merupakan bagian dari negara Malaysia. Hal ini
menunjukkan lemahnya diplomasi luar negeri Indonesia, mengingat juga terlepasnya
wilayah Timor Timur.
Pemilu tahun 2004 merupakan Pemilu pertama dimana rakyat dapat memilih wakil rakyat di
tingkat pusat dan daerah secara langsung. Secara teknis, pelaksanaan Pemilu tahun 2004
dilakukan dua tahap. Tahap pertama yaitu untuk memilih anggota legislatif yang
dilaksanakan pada tanggal 5 April 2004. Pemilu diikuti oleh 24 peserta partai politik. Partai
politik yang berhasil mendapatkan suara terbanyak adalah Golkar, PDIP, PKB, PPP, Partai
Demokrat, PKS, dan PAN.
Berdasarkan perolehan suara tersebut, KPU meloloskan lima pasangan calon presiden dan
wakil presiden yang dianggap memenuhi syarat yang telah ditetapkan berdasarkan
keputusan KPU No. 36 tahun 2004. Kelima pasangan tersebut adalah :
1. Nomor urut 1, Wiryanto dan Salahuddin Wahid dari Partai Golkar.
2. Nomor urut 2, Megawati dan Ahmad Hasyim dari PDIP
3. Nomor urut 3, Amien Rais dan Siswono dari PAN.
4. Nomor urut 4, Susilo Bambang Yudhoyono dan Jusuf Kalla dari Partai Demokrat.
5. Nomor urut 5, Hamzah Haz dan Agum Gumelar dari PPP.
Namun, dari Pemilu presiden yang dilaksanakan pada tanggal 5 Juli 2004 ini belum ada
pasangan calon presiden dan wakil presiden yang memperoleh suara lebih dari 50%,
sehingga Pemilu presiden tahun 2004 harus dilaksanakan dalam dua putaran. Pemilu
putaran kedua dilaksanakan pada tanggal 20 September 2004. Hasilnya, pasangan Susilo
Bambang Yudhoyono dan Jusuf Kalla berhasil memperoleh 60,62% suara mengungguli
pasangan Megawati dan Ahmad Hasyim yang memperoleh 39,38% suara.