Diterjemahkan dari bahasa Afrikans ke bahasa Indonesia - www.onlinedoctranslator.

com

Lihat diskusi, statistik, dan profil penulis untuk publikasi ini di:https://www.researchgate.net/publication/259173395

DNA ribosom sebagai penanda molekuler dan aplikasinya dalam identifikasi

parasit ikan (Platyhelminthes: Monogenea) dari India

Artikeldi dalamJurnal Penyakit Tropis Asia Pasifik · Februari 2014

DOI: 10.1016 / S2222-1808 (14) 60320-0

KUTIPAN BACA
1 231

3 penulis:

Anshu Chaudhary Chandni Verma

Universitas Chaudhary Charan Singh Universitas Chaudhary Charan Singh

77PUBLIKASI305KUTIPAN 20PUBLIKASI66KUTIPAN

LIHAT PROFIL LIHAT PROFIL

Hridaya Shanker Singh

Universitas IIMT Meerut

149PUBLIKASI452KUTIPAN

LIHAT PROFIL

Beberapa penulis publikasi ini juga mengerjakan proyek terkait ini:

Monogenea ikan air tawarLihat proyek

Kejadian Ektoparasit pada Ayam Broiler di MeerutLihat proyek

Semua konten yang mengikuti halaman ini diunggah olehAnshu Chaudharypada tanggal 15 Februari 2016.

Pengguna telah meminta peningkatan file yang diunduh.

82 Asian Pac J Trop Dis2014; 4 (1): 82-84

Daftar isi tersedia diSainsLangsung

Jurnal Penyakit Tropis Asia Pasifik

beranda jurnal: www.elsevier.com/locate/apjtd

Judul dokumen doi: 10.12980 / S2222-1808 (14) 60124 襃 2014 oleh Jurnal Penyakit Tropis Asia Pasifik. Seluruh hak cipta.

Rbertubuh besarDNAsebagai penanda molekuler dan aplikasinya dalam

identifikasi parasit ikan (Pobat cacing:Monogenea) darisayaindia
, ChandniVerma,HridayaSrinduSingh
*
SEBUAHnshuChaudhary

Laboratorium Taksonomi Molekuler, Departemen Zoologi, University Road, Universitas Chaudhary Charan Singh, Meerut (UP), 250004, India

KATA KUNCI ABSTRAK

Peninjau sejawat Perkembangan teknik molekuler untuk analisis taksonomi parasit monogenean telah menyebabkan
Wenbin Tuo, DVM, PhD, Lab Penyakit peningkatan besar untuk identifikasi dan faktualitas yang tepat. Teknik molekuler ini, khususnya
Parasit Hewan, Pusat Penelitian penggunaan penanda molekuler, telah digunakan untuk mengidentifikasi dan memvalidasi parasit
Pertanian Beltsville(BARC), USDA / ARS, monogenean. Meskipun, perbaikan dalam sistem deteksi penanda khususnya elemen rDNA
Bangunan1040, Kamar208, Beltsville, MD Suka18S,NYAdan28Sdigunakan dalam parasit monogeneans telah memungkinkan kemajuan besar
20705, AS.
dibuat dalam beberapa tahun terakhir di India. Namun, analisis urutan molekuler dan hubungan
Menghitung:301-504-8258
filogenetik antara cacing parasit tidak konvensional di India. Banyak pekerja selalu mempertanyakan
Fax:301-504-5306
validitas spesies monogenea India dan menekankan perlunya memastikan status spesies dari ikan
Email: wtuo@anri.barc.usda.gov
India. Di sini kami ingin memberikan resolusi tambahan untuk interpretasi penggunaan penanda
Komentar molekuler dalam studi monogenea di India. Tinjauan ini memberikan gambaran tentang tahap studi
Ini adalah ulasan yang sangat singkat. Reviewer ini saat ini di India yang telah digunakan dalam menerapkan teknik molekuler ke monogenean.
percaya bahwa dapat melayani tujuan yang lebih
besar jika penulis dapat memberikan gambaran
yang jelas dan mendalam untuk semua yang telah
dilakukan di area ini di luar India, sehingga para
peneliti India(atau orang luar)dalam hal ini akan ada
gambaran yang jelas tentang apa yang hilang di
negara ini dan apa yang perlu dilakukan secara
murni karena atau untuk industri perikanan
terbukti menjadi masalah.
Detail di Halaman83 Monogenea, DNA Ribosomal, Penanda molekuler, Parasit ikan, India

1. Perkenalan vertebrata amfibi. Namun, beberapa di antaranya juga telah

disarikan dari nasofaring mamalia air, salah satunya
C lass M onogenoidea B ychowskyofphyl um (Okulotrema kuda nil)menginfeksi mamalia, parasit
Platyhelminthes adalah salah satu kelas terbesar yang pada mata kuda nil. Ada tentang50keluarga dan
mencakup kelompok parasit yang biasa ditemukan pada insang, ribuan spesies yang dijelaskan. Sekitar112
kulit, dan sirip ikan, invertebrata air yang lebih rendah dan genus milik28keluarga di Monogenoidea telah
beberapa vertebrata amfibi lainnya.[1]. Ada lebih dari5 000 disarikan dari India[3].
spesies Monogenea yang diketahui dan semuanya dilaporkan Menurut Bauer, di antara parasit yang menginfeksi ikan,
sebagai parasit[2]. Di antara spesies yang diketahui, setidaknya95% monogeneans merupakan kelompok yang berperan penting
dari genera telah dilaporkan dari ikan dan sisanya sebagai patogen penyakit berat.[4]. Ini karena monogenean
5%dilaporkan dari mulut, kandung kemih dari mempengaruhi organ dan jaringan yang vital

* Penulis koresponden: Dr. Anshu Chaudhary, Departemen Zoologi, University Road, Sejarah artikel:
Universitas Chaudhary Charan Singh, Meerut(KE ATAS),250004, India. Diterima20 Sep2013
Menghitung:+91-9358317894 Diterima dalam bentuk revisi 26 Sep,2nd formulir revisi 27 Sep,3formulir revisi ke-2 2 Okt2013
Email: anshu8282@ rediffmail.com Diterima26 Okt2013
Proyek Yayasan: Sebagian didukung oleh hibah dari UGC(Komisi Hibah Universitas), Tersedia secara online28 Februari2014

India, di bawah Post Doctoral Fellowship kepada AC dan oleh Pemerintah Uttar Pradesh,
Center of Excellence, India, kepada HSS [Hibah No.1486/70-4-2011-46 (43)/2010].
 Anshu Chaudhary dkk./Asian Pac J Trop Dis 2014; 4 (1): 82-84
berfungsi normal seperti insang dan kulit, organ pernapasan[5.6]. Efek
negatif monogenea pada inang ikan dapat bervariasi antar spesies.
Organisme bakteri atau virus juga dapat masuk ke dalam pejamu
melalui luka yang ditimbulkan oleh jangkar monogenean dan
peralatan makan.[7.8]. Insang ikan yang diinfestasi oleh monogeneans
mulai memproduksi mukus dalam jumlah banyak yang pada
gilirannya menyebabkan penurunan efisiensi pernapasan, akibatnya
inang menjadi rentan terhadap konsentrasi oksigen air yang rendah.
Dalam kebanyakan kasus, monogenea menyebabkan dua jenis
cedera pada inangnya. Melalui kait dan organ perlekatan lainnya,
mereka melukai jaringan di tempat perlekatan, memutus
kontinuitasnya dan menyebabkan perdarahan lokal. Pada saat yang
sama, mereka memakan sel-sel jaringan yang pecah dan seperti
yang ditunjukkan beberapa penelitian, pada darah[9,10].
Pengendalian dan pengobatan infeksi parasit tergantung
pada identifikasi yang tepat dan cepat dari parasit terkait.
Persepsi spesies morfologi didasarkan pada diskontinuitas
yang diamati, dan tidak berdimensi, tanpa informasi yang
baik tentang skala halus.(tingkat spesies)evolusi[11].
Taksonomi menopang semua penelitian biologi, dengan
implikasi untuk banyak bidang ilmiah dan terapan, tetapi ini
terjadi pada saat taksonomi menghadapi krisis, karena lebih
sedikit spesialis yang tersedia. Dengan mengeksplorasi
kemungkinan menggunakanDNAmetodologi berbasis untuk
mengatasi masalah taksonomi ini, utilitasDNA
urutan untuk tujuan taksonomi sudah mapan.
DNAsekuensing memberikan pendekatan yang berharga
untuk karakterisasi genetik spesies parasit[12,13]. Oleh karena
itu, pekerja sistematis sangat tertarik pada teknologi baru
yang dapat membuat prosedur ini lebih efisien.
Penanda molekuler digunakan dalam sistematika monogenean
Dalam taksonomi Monogenea, teknologi penanda molekuler
menawarkan kemungkinan seperti itu dengan mengadopsi berbagai
pendekatan baru untuk meningkatkan sistematika parasit ini.
Namun, masalah dalam taksonomi morfologi cukup untuk perluasan
pendekatan molekuler untuk semua kehidupan. Faktanya, ada
semakin banyak kasus di manaDNA- sistem identifikasi berbasis telah
diterapkan pada organisme yang lebih tinggi[14-17]. Alat genomik
mengeksploitasi keragaman di antaraDNA
urutan untuk mengidentifikasi organisme[18.19]. Meskipun
dalam beberapa tahun terakhir, penggunaan alat biologi
molekuler dalam sistematika monogenean telah dilakukan
dari luar negeri seperti ribosom dan mitokondria.DNA [20].
Menurut Pandey dan Agrawal, ada sekitar50keluarga dan
ribuan spesies yang dijelaskan, kira-kira112genus milik
28keluarga di monogenoidea telah disarikan dari India[3]. Tetapi
di India, identifikasi molekuler monogen masih dalam tahap
awal dan sangat sedikit pekerjaan yang telah dilakukan oleh
pekerja India. Jika kita mencari database GenBank dariNCBIuntuk
monogenean India, kita hanya dapat menemukannya17urutan
dari28SribosomDNA (RDNA);6urutan dari18SRDNAdan
83
3urutan spacer transkripsi internal(NYA)dari rDNA
ditemukan diserahkan oleh pekerja India. Selain itu,
hanya1urutanCOIsubunit mitokondria monogenea India
telah ditemukan yang diserahkan pada database
GenBank oleh pekerja asing. Hasil ini menunjukkan
jumlah yang dapat diabaikan dibandingkan dengan
keanekaragaman parasit ini di India.
3. Kesimpulan
Tanpa ragu, kita dapat mengatakan bahwa banyak pekerjaan
yang harus dilakukan dalam molekuler monogenea India.DNA
Oleh karena itu, pendekatan barcode dapat direkomendasikan
untuk menilai keanekaragaman hayati taksa yang sebagian
besar tidak diketahui dan bermasalah, seperti monogenea.
Sampai batas tertentu,DNAbarcode memberikan informasi
penting untuk taksonomi, sistematika, biogeografi, ekologi, dan
biologi evolusioner[21,22]. Namun, untuk delimitasi yang berarti
dari unit taksonomi relevan yang memfasilitasi pengelolaan
penyakit akibat parasit pada ikan,DNAsistem klasifikasi molekuler
berbasis memuaskan. Dengan demikian, dari sudut pandang
validasi dan identifikasi monogenean,DNA
taksonomi dan barcode dengan menggunakan data urutan
nukleotida untuk mencapai deskripsi spesies yang komprehensif
yang memfasilitasi diagnosa spesies yang dapat diandalkan
keanekaragaman hayati parasit ini. Metode-metode ini sangat
penting bagi ahli parasitologi dan pendekatan molekuler semacam
itu perlu diterapkan pada monogenea.
Pernyataan konflik kepentingan
Para penulis menyatakan bahwa tidak ada konflik kepentingan.
ucapan terima kasih
Karya ini sebagian didukung oleh hibah dari
UGC(Komisi Hibah Universitas), India, di bawah Post Doctoral
Fellowship kepada AC dan oleh Pemerintah Uttar Pradesh,
Center of Excellence, India, kepada HSS [Hibah No.1486/70-4-2011-
46 (43)/2010]. Terima kasih khusus ditujukan kepada Departemen
Zoologi, Universitas Chaudhary Charan Singh, atas sumber
dayanya.
Komentar
Latar belakang
Morbiditas dan mortalitas pada ikan budidaya yang disebabkan
oleh parasit berhubungan dengan kepadatan, sanitasi dan
penurunan kualitas air. Monogenea umum ditemukan pada ikan liar,
tetapi jarang menjadi penyebab langsung penyakit atau kematian
pada spesies yang hidup bebas. Ulasan ini mencoba
 84 Anshu Chaudhary dkk./Asian Pac J Trop Dis 2014; 4 (1): 82-84
untuk memberikan gambaran tentang status studi saat ini
menggunakan sistematika molekuler di India.
perbatasan penelitian
Seperti penelitian serupa yang dilakukan di berbagai spesies,
kemajuan sistematika molekuler pada cacing pipih ikan bergantung
pada ketersediaan sekuens gen yang dapat digunakan. Hal ini
terutama terjadi di India di mana banyak spesies cacing pipih tidak
diketahui atau baru mulai diteliti. Tinjauan ini memiliki beberapa nilai
dalam memberikan gambaran umum tentang upaya semacam itu
untuk bidang yang sedang berkembang di India.
Laporan terkait
Banyak pekerjaan di ikan cacing pipih telah dilakukan di luar India.
Sangat sedikit yang telah dilakukan pada spesies tersebut di India.
Inovasi & terobosan
Hal ini mungkin penting bagi pembuat kebijakan terkait
dengan industri perikanan budidaya dimana parasit dapat
menjadi masalah ekonomi.
ulasan sejawat
Ini adalah ulasan yang sangat singkat. Peninjau ini percaya bahwa
dapat melayani tujuan yang lebih besar jika penulis dapat memberikan
gambaran yang jelas dan mendalam untuk semua yang telah dilakukan di
area ini di luar India, sehingga para peneliti India(atau orang luar)dalam
hal ini akan ada gambaran yang jelas tentang apa yang hilang di negara
ini dan apa yang perlu dilakukan secara murni karena atau untuk industri
perikanan terbukti menjadi masalah.
Referensi
[1] Bychowsky BE. [Ontogenesis dan keterkaitan filogenetik
cacing pipih parasit].Izv Akad Nauk SSSR Ser Biol1937;4:
1353-1383. Rusia.
[2] De Meeus T, Renaud F. Parasit dalam filogeni baru
eukariota.Tren Parasit2002;18:247-251.
[3] Pandey KC, Ag r awa l N.Sebuah ensik l opaed iaof Ind i an
monogenoidea.New Delhi: Penerbitan Vitasta Pvt. Ltd.;2008, P.
522.
[4] Bauer AKTIF, Pugachev AKTIF, Voronin VN. Studi parasit dan
penyakit sturgeon di Rusia: ulasan.J Appl Ichthyol2002;
18:420-429.
[5] MendlovSebuahM, Pariselle A, VyskoCaku cintaSebuahM,SimkovSebuah
A. Filogeni molekuler monogeneans yang memparasit ikan air tawar
Afrika Cichlidae disimpulkan dariLSURDNAurutan.Res parasit
2010;107:1405-1413.
[6] Ziętara MS, Lebedeva D, MuSebuahoz G, Lumme J. Parasit ikan
monogenean,Gyrodactylus chileaniSebuah. sp., milik garis
keturunan spesies laut baru yang ditemukan di Pasifik Tenggara
dan Laut Tengah dan Laut Utara.Sistem Parasit2012;83:159-
167.
[7] Johansen LH, Jensen I, Mikkelsen H, BjHairn PA, Jansen PA, Bergh
HAI.Interaksi penyakit dan pertukaran patogen antara populasi
ikan liar dan budidaya dengan referensi khusus ke Norwegia.
Lihat statistik publikasi
Akuakultur2011;315:167-186.
[8] Cusack R, Kerucut DK. Tinjauan parasit sebagai vektor penyakit
virus dan bakteri pada ikan.J Ikan Dis1986;9:169-171.
[9] Bychowsky BE. [Trematoda monogenetik, sistematik dan
filogeninya].Moskow-Leningrad: Akademii Nauk SSR;1957; P.
1-509. Rusia.
[10] Bullard SA, Frasca Jr S, Benz GW. Lesi insang terkait dengan
Erpocotyle tiburonis(Monogenea: Hexabothriidae)pada hiu
bonnethead liar dan akuarium(Sphyrna tiburo).J Parasit
2001;87:972-977.
[11] Zietara MS, Lumme J. Spesiasi oleh saklar inang dan radiasi
adaptif dalam genus parasit ikanGyrodactylus(Monogenea,
Gyrodactylidae).Evolusi2002;56:2445-2458.
[12] Wu XY, Chilton NB, Zhu XQ, Xie MQ, Li AX. Bukti molekuler dan
morfologis menunjukkan bahwaPseudorhabdosynochus
lantauensis(Monogenea: Diplectanidae)mewakili dua spesies.
Parasitologi2005;130:669-677.
[13] Verma C, Chaudhary A, Singh HS. Karakterisasi molekuler
berbasis PCR, analisis filogenetik dan struktur sekunder28S r
DNAatauThaparocleidus wallagonius(Monogenea:
Dactylogyridae)- spesies paling primitif dari genus ini dari
India.Bioinformasi2012;8:816-819.
[14] Hebert PD, Cywinska A, Ball SL, deWaard JR. Identifikasi
biologis melaluiDNAbarcode.Proc Biol Sci2003;270:
313-321.
[15] Chen YC, Eisner JD, Kattar MM, Rassoulian-Barrett SL, LaFe
K, Yarfitz SL, dkk. Identifikasi ragi yang penting secara medis
menggunakanPCRdeteksi berbasisDNAurutan polimorfisme
dalam spacer transkripsi internal2wilayah rRNAgen.J Clin
Mikrobiol2000;38:2302-2310.
[16] Trewick SA. mitokondriaDNAurutan mendukung bukti
allozim untuk radiasi samar Peripatoides Selandia Baru
(Onikofora).Mol Ecol2000;9:269-281.
[17] Vincent S, Vian JM, Carlotti MP. Urutan parsial gen
subunit sitokrom oksidase-b. I. Alat untuk
mengidentifikasi spesies lalat Eropa untuk estimasi
interval post mortem.J Ilmu Forensik2000;45:820-823.
[18] Nobrega MA, Pennacchio LA. Analisis genomik komparatif sebagai
alat untuk penemuan biologis.J Fisika2004;554:31-39.
[19] Sanchez-Flores A. Menetapkan dasar untuk biologi
sistem kecacingan: teknologi, metodologi, dan aplikasi
pengurutan.Sistem Biomed2013;1:5-11.
[20] Christoph H, Bakke TA, Bachmann L, Weiss S, Harris PD.
Karakterisasi morfometrik dan molekularGyrodactylus
teuchisLautraite, Blanc, Thiery, Daniel & Vigneulle,1999 (
Monogenea: Gyrodactylidae)dari populasi trout coklat
Austria.parasit int2011;60:480-487.
[21] Kuusela J, Ziętara MS, Lumme J. Deskripsi tiga spesies
samar Eropa baruGyrodactylusNordmann,1832
didukung oleh karakterisasi filogenetik nuklir dan
mitokondria.Acta Parasitol2008;53:120-126.
[22] Perkins EM, Donnellan SC, Bertozzi T, Chisholm LA, Whittington ID.
Penampilan bisa menipu: filogeni molekuler dari keluarga ektoparasit
cacing pipih(Monogenea: Capsalidae)tidak mencerminkan klasifikasi
morfologi saat ini.Mol Phylogenet Evol2009;
52:705-714.