BIOINFORMATIKA (11017111)
Oleh :
FAKULTAS FARMASI
UNIVERSTITAS SURABAYA
SURABAYA
2022
1
DAFTAR ISI
DAFTAR TABEL .................................................................................................................... 3
DAFTAR GAMBAR ................................................................................................................ 4
BAB I ......................................................................................................................................... 5
PENDAHULUAN .................................................................................................................... 5
BAB II ....................................................................................................................................... 7
TINJAUAN PUSTAKA ........................................................................................................... 7
2.1 Sistem Farmakologi (Network Pharmacology) ........................................................... 7
2.2 Protein ......................................................................................................................... 7
2.2.1 INS ....................................................................................................................... 7
2.2.2 INSR .................................................................................................................... 8
2.2.3 MTNR1B ............................................................................................................. 8
2.3 Database ...................................................................................................................... 9
2.3.1 UniPort ................................................................................................................. 9
2.4 Analysis Networking ................................................................................................... 9
2.4.1 Cytoscape ........................................................................................................... 10
BAB III .................................................................................................................................... 11
HASIL, ANALISIS, PEMBAHASAN .................................................................................. 11
3.1 Hasil .......................................................................................................................... 11
3.1.1 Hasil penelusuran database UniPort ...................................................................... 11
3.1.1.1 INS ..................................................................................................................... 11
3.1.1.2 INSR .................................................................................................................. 12
3.1.1.3 MTNRIB ............................................................................................................ 13
3.1.2 Hasil penelusuran analysis networking ................................................................. 14
3.1.2.1 INS ..................................................................................................................... 14
3.1.2.2 INSR .................................................................................................................. 15
3.1.2.3 MTNRIB ............................................................................................................ 16
3.2 Analisis ...................................................................................................................... 17
3.3 Pembahasan ............................................................................................................... 17
BAB IV .................................................................................................................................... 21
KESIMPULAN ...................................................................................................................... 21
DAFTAR PUSTAKA ............................................................................................................. 22
2
DAFTAR TABEL
3
DAFTAR GAMBAR
4
BAB I
PENDAHULUAN
Pengobatan herbal sudah berkembang sejak ribuan tahun dan beberapa diantaranya
telah banyak diujikan dalam pengujian klinis. Salah satu pengembangan obat yang sampai saat
ini banyak diteliti adalah pengobatan herbal tradisional Cina atau sering disebut dengan TCM.
Selama proses pengembangan TCM menghasilkan obat yang berhasil, namun obat yang
bekerja hanya terfokus target molekul dan kurang memberikan efek terapeutik yang kurang
memuaskan atau memiliki efek toksisitas bila digunakan pada penyakit tertentu seperti diabetes
dan kanker (Kola dan Landis 2004; Zhang Runzhi et al., 2019). Oleh karena itu munculah
pendekatan baru dengan seiringnya perkembangan bioinformatika, biologi sistem dan
polifarmakologi. Penemuan obat berbasis jaringan (Network pharmacology) dianggap
menjanjikan dan menghemat biaya. Selain itu network pharmacology dapat memberikan
pemahan tentang prinsip-prinsip jaringan dan sistem biologi (Zhang Runzhi et al., 2019).
Salah satu contoh pengembangan dari network pharmacology adalah obat herbal yang
telah dikembangkan dan diintergrasikan, lebih dari 200 resep obat herbal antikanker yang telah
digunakan di klinik (Fang et al., 2005; Chandran Uma et al., 2017). Dalam proses
pengembangannya digunakan database dan analysis networking dalam pendekatan network
pharmacology.
Protein merupakan makrobiopolimer yang tersusun dari monomer asam amino. Protein
memiliki peran yang penting dalam metabolisme tubuh selain itu protein dapat mempercepat
rekasi metabolisme tubuh, sebagai replikasi DNA, menanggapi rangsangan, memindahkan
molekul dari satu tempat ketempat yang lain dan dapat membentuk sel.
INS atau insulin merupakan hormon peptide yang disekresikan oleh sel β – pankreas
yang berfungsi mengatur metabolism glukosa. INSR atau insulin reseptor merupakan reseptor
tirosin kinase dan berperan sebagai metabolisme akut dan kronis (Lee dan Paul, 2018).
5
Sedangkan MTNR1B atau melatonin reseptor type 1B merupakan reseptor yang menghambat
adenilat siklase (Emet Mucahit et al., 2016). Pada laporan ini menjelaskan bagaimana
hubungan protein INS, INSR, MTNRIB berdasarkan fungsi protein tersebut dengan penyakit.
6
BAB II
TINJAUAN PUSTAKA
2.2 Protein
2.2.1 INS
2.2.2 INSR
INSR atau reseptor insulin merupakan reseptor tirosin kinase yang dapat
menghasilkan fosforilasi (Lee dan Paul, 2018). Reseptor insulin terdiri dari
1382 asam amino. Fosforilasi pada insulin mengarah pada dua jalur yaitu jalur
P13K-AKT/PKB yang bertanggung jawab sebagai metabolism insulin
sedangkan jalur Ras-MAPK yang mengatur ekspresi gen dan bekerja sama
dengan jalur P13K untuk mengontrol pertumbuhan dan diferensiasi sel.
2.2.3 MTNR1B
MTNR1B atau melatonin reseptor type 1B yang terdiri dari 363 asam
amino. MTNR1B menghambat adenilat siklase dengan mengikat protein G,
selain itu menghambay jalur guanyly cyclase (GC). Dengan penghabatan
tersebut produksi AMP siklik (cAMP) berkurang. Reseptor ini juga
8
berkontribusi pada patofisiologi dan farmakologi dari penyakit Alzheimer,
gangguan tidur, kecemasan, depresi dan nyari. (Emet et al.,2016)
2.3 Database
Database atau basis data merupakan kumpulan informasi yang terintergrasi dari
data-data sebelumnya yang telah disimpan di dalam komputer secara sistematik
sehingga dapat diakses dengan menggunakan program komputer. (Acland et al., 2013).
2.3.1 UniPort
9
3) Analysis networking yang melibatkan pengelempokkan hierarki jaringan,
menggunakan algoritma untuk mengolah jaringan yang rumit.
2.4.1 Cytoscape
10
BAB III
3.1 Hasil
3.1.1 Hasil penelusuran database UniPort
3.1.1.1 INS
11
3.1.1.2 INSR
12
3.1.1.3 MTNRIB
13
3.1.2 Hasil penelusuran analysis networking
3.1.2.1 INS
14
Keterangan :
Hijau : Target protein
Biru : Senyawa kimia
Merah : Terkait senyawa yg dicari
3.1.2.2 INSR
15
Keterangan :
Hijau : Target protein
Biru : Senyawa kimia
Merah : Terkait senyawa yang dicari
Kuning : Protein INSR
Tabel 3.1 Hasil interaksi senyawa pada INSR
Nama Senyawa Edge Betweenness
Ellagic Acid 172,80332857
Chelerythrine 122,98968268
Adenosine 185,78470053
3.1.2.3 MTNRIB
16
Keterangan
Hijau : Target protein
Biru : Senyawa kimia
Merah : Terkait senyawa yang dicari
Kuning : Protein MTNR1B
3.2 Analisis
3.3 Pembahasan
17
Pada penelusuran database UniPort terdapat beberapa penyakit yang berhubungan
dengan protein insulin yaitu
1) Hiperproinsulinemia (HPRI) penyakit ini disebab oleh peningkatan kadar
proinsulin serum pada kondisi autosomal dominan.
2) Diabetes mellitus, insulin-dependent,2 (IDDM2) penyakit ini disebabkan karna
adanya gangguan homeostasis pada glukosa multifaktori yang ditandai dengan
kerentanan terhadap ketoasidosis tanpa adanya terapi insulin. Pada penderita
ini pasien mengalami polidispsia, polifagia dan polyuria yang diakibatkan oleh
diuresis osmotic yang diinduksi oleh hiperglikemia dan rasa haus. Gangguan
ini dapat mengakibatkan komplikasi jangka panjang yang akan memengaruhui
mata, ginjal, saraf dan pembuluh darah.
3) Diabetes mellitus, permanent neonatal, 4 (PNDM4) merupakan diabetes
neonatal permanen, sejenis diabetes yang ditandai dengan timbulnya
hiperglikemia persisten selama enam bulan pertama. Gejala awal meliputi
reterdasi pertumbuhan intrauterine, hiperglikemia, glikosuria, poliusia
osmotik, dehidrasi berat dan gagal tumbuh (failure to thrive). Pola transmisi
PNDM4 konsisten pada pewarisan autosomal resesif dan automol dominan.
4) Maturity-onset diabetes of the young 10 (MODY10) merupakan diabetes
dengan pewaris autosomal dominan. Diabetes ini ditandai pada masa kanak-
kanak atau awal masa dewasa (sebelum usia 25 tahun), kerusakan primer pada
sekresi insulin dan ketidak bergantungan insulin pada awal penyakit.
Sedangkan untuk hasil senyawa di lihat pada analysis networking cytoscape yang
menunjukkan senyawa yang berhubungan langsung dengan protein insulin adalah
senyawa vindoline dengan nilai edge betweenness 458,0.
Hasil INSR dari database UniPort diperoleh fungsi dari INSR atau reseptor
insulin sebagai reseptor tirosin kinase yang memidiasi aksi pleiotropik insulin.
Pengikatan insulin menyebabkan fosforilasi beberapa substrat intraseluler termasuk
substrat insulin (IRS1,2,3,4), SHC, GAB1, CBL. Masing-masing protein yang
terfosforilasi ini berfungsi sebagai protein docking yang mengandung domain Src-
homologi-2 (domain SH2) yang secara khusus dapat mengenali residu fosfotirosin
yang berbeda, termasuk subunit pengatur p85 dari PI3K dan SHP2. Fosforilasi protein
IRS mengarah pada aktivasi dua jalur utama yang pertama sebagai jalur PI3K-
AKT/PKB yang bertanggung jawab terhadap sebagian besar proses metabolism
insulin, sedangkan jalur Ras-MAPK yang mengatur ekspresi dari beberapa gen dan
18
bekerja sama dengan jalur PI3K untuk mengontrol pertumbuhan dan diferensiasi sel.
Pada penelusuran database UniPort terdapat beberapa penyakit yang terkait dengan
INSR yaitu
1) Sindrom Rabson-Mendenhall (RMS) merupakan sindrom resistensi insulin
yang ditandai dengan diabetes mellitus yang resisten terhadap insulin dengan
hyperplasia pineal dan kelainan somatik. Pada penderita ini pasien akan
mengalami kelainan gigi dan kulit, perut kembung, pembesaran lingga dan
permukaan wajah yang tampak kasar. RMS merupakan turunan dari autosomal
resesif.
2) Leprechaunisme (LEPRCH) merupakan penyakit yang sudah cukup parah dari
sindrom resistensi insulin, yang ditandai dengan reterdasi pertumbuhan
intrauterine dan paska kelahiran serta kematian pada awal masa bayi. Penyakit
ini juga merupakan turunan dari autosomal resesif
3) Diabetes mellitus, non-insulin-dependet (NIDDM) merupakan gangguan
homeostasis glukosa multifactorial yang disebabkan oleh kurangnya kepekaan
terhadap insulin pada tubuh sendiri. Pada penyakit ini pasien memiliki habitus
tubuh obesitas dan manifestasi dari sindrom metabolic yang ditandai dengan
diabetes, resistensi insulin, hipertensi dan hipertrigluseridemia. Penyakit ini
dapat menyebabkan komplikasi jangka panjang yang mempengaruhui mata,
ginjal, saraf dan pembuluh darah.
4) Familial hyperinsulinemic hypoglycemia 5 (HHF5) merupakan hipoglikemia
presisten pada bayi dan disebabkan oleh regulasi dari hasil sekresi insulin yang
rusak dan kadar glukosa yang rendah.
5) Diabetes mellitus resisten insulin dengan acanthosis nigricans tipe A (IRAN tipe
A) pada penyakit ini ditandai dengan hubungan resistensi insulin yang parah
dan dimanifestasikan oleh hiperinsulinemia dan kekegagalan untuk merespon
insulin eksogen dengan disertai lesi kulit acanthosis nigricans dan pada wanita
disertai dengan hiperandrogenisme ovarium.
Sedangkan untuk hasil senyawa yang terkait dilihat dengan menggunakan analysis
networking cytoscape yang menunjukkan senyawa yang berhubungan langsung
dengan reseptor insulin terdapat tiga senyawa dan dipilih adenosine dengan edge
betwenness tertinggi sebesar 185,78470053.
19
Hasil MTNR1B dari database UniPort diperoleh fungsi dari reseptor melatonin
tipe 1B sebagai reseptor dengan afinitas yang tinggi pada melatonin yang digunakan
untuk memediasi proses reproduksi dan sirkadian melatonin. Aktivitas rseptor ini
dimediasi oleh protein G sensitive toksin pertussis yang dapat menghambat
akativitas adenilat siklase. Sedangkan senyawa yang berinteraksi dengan reseptor
MRNRIB adalah serotonin dengan edge betwenness 458,0
20
BAB IV
KESIMPULAN
21
DAFTAR PUSTAKA
Emet, Mucahit, Ozcan, Halil, Ozel, Lutfu Yayla, Muhammed; Halici, Zekai
Hacimuftuoglu, Ahmet (2016). A Review of Melatonin, Its Receptors and Drugs. The Eurasian
Journal of Medicine, 48(2), 135- 141. doi:10.5152/eurasianjmed 2015.0267
John P. Mayer, Faming Zhang, Richard D. DiMarchi (2007). Insulin structure and
function., 88(5), 687-713. doi: 10.1002/bip.20734
22
Xin WANG Zi-Yi WANG Jia-Hui ZHENG,Shao LI; (2021). TCM network
pharmacology: A new trend towards combining computational, experimental and clinical
approaches. Chinese Journal of Natural Medicines, (). - doi:10.1016/S1875-5364(21)60001-8
Wang, T., & Tang, H. (2017). The physical characteristics of human proteins in
different biological e0176234. doi:10.1371/journal.pone.0176234 functions. PLOS ONE,
12(5),
Zhang, Gui-biao; Li, Qing-ya; Chen, Qi- long; Su, Shi-bing (2013). Network
Pharmacology: A New Approach for Chinese Herbal Medicine Research. Evidence-Based
Complementary and Alternative Medicine, 2013() 1-9. doi:10.1155/2013/621423
Zhang, Runzhi; Zhu, Xue; Bai, Hong; Ning, Kang (2019). Network Pharmacology
Databases for Traditional Chinese Medicine: Review and Assessment. Frontiers in
Pharmacology, 100), 123-. doi:10.3389/fphar.2019.00123
23
TOPIK B : SISTEM
FARMAKOLOGI (NETWORK
PHARMACOLOGY) PROTEIN INS,
INSR, DAN MTNR1B
MENGGUNAKAN DATABASE
UNIPORT DAN ANAYSIS
NETWORKING CYSTOSCAPE
by Uniq Setyaningsari
1 %
SIMILARITY INDEX
1%
INTERNET SOURCES
1%
PUBLICATIONS
1%
STUDENT PAPERS
PRIMARY SOURCES
1
Submitted to University of Auckland
Student Paper 1%
2
www.cusabio.cn
Internet Source 1%
PAGE 2
PAGE 3
PAGE 4
PAGE 5
PAGE 6
PAGE 7
PAGE 8
PAGE 9
PAGE 10
PAGE 11
PAGE 12
PAGE 13
PAGE 14
PAGE 15
PAGE 16
PAGE 17
PAGE 18
PAGE 19
PAGE 20
PAGE 21
PAGE 22
PAGE 23