Laporan Praktikum Biokimia

Reaksi Oksidatif

Musfira
A-07
2107101010159

Universitas Syiah Kuala

Fakultas Kedokteran
2022/2023
 PENDAHULUAN
A. Judul Praktikum: Biokimia Lingkungan: Reaksi Oksidatif

B. Tujuan Praktikum:
 Untuk mengetahui konsep radikal bebas.
 Untuk mengetahui respon enzim katalase terhadap radikal bebas sebagai agen
lingkungan.
 Mengetahui faktor-faktor yang mempengaruhi kerja enzim katalase.

C. Prosedur Kerja

1. Percobaan Aktivitas Enzim Katalase

a. Persiapkan alat dan bahan
b. Gunakan sarung tangan (gloves) sebelum memulai percobaan
c. Masukkan ekstrak hati yang telah diblender ke dalam tabung reaksi A, B, C, D,
Emasing-masing 2 ml atau jika bahan kurang bisa 10 tetes.
d. Tambahkan HCl 5% sebanyak 5 tetes ke dalam tabung reaksi B, kemudian ukur pH
larutan sampai menjadi asam.
e. Tambahkan NaOH 5% sebanyak 5 tetes ke dalam tabung reaksi C, kemudian ukur pH
larutan sampai menjadi basa
f. Siapkan air panas, kemudian letakkan tabung reaksi D ke dalam gelas beker yang berisi
air panas, kemudian ukur suhunya.
g. Masukkan es batu kedalam gelas beker, kemudian letakkan tabung reaksi E ke dalam
gelas beker berisi es batu, kemudian ukur suhunya.
h. Siapkan larutan H2O2 3%.
i. Tuangkan H2O2 3% ke dalam tabung reaksi A, B, C, D, E masing-masing sebanyak 2
ml dan segera lakukan uji gelembung gas dan nyala bara api
j. Perhatikan ada tidaknya gelembung gas pada tabung reaksi A, B, C, D, E
k. Nyala bara api dilakukan dengan menggunakan lidi yang membara.
l. Catatlah hasil pengamatan ke dalam tabel dan buatlah pembahasan dan kesimpulan
m. Setelah kegiatan selesai, cucilah rak dan tabung reaksi dengan menggunakan sabun.
n. Pastikan semua alat telah bersih dan meja percobaan juga bersih

2. Percobaan Bioinformatika Uniprot Enzim

a. Dalam praktikum ini, enzim yang akan dibahas adalah superoksida dismutase (SOD),
catalase, dan glutation peroksidase.
b. Buka laman situs: www.uniprot.org
c. Lalu masukkan nama enzim (pada poin 1),
A. Lalukan filter → human
B. Lalu pilih nama protein/enzim
  Superoksida dismutase (SOD)
• Interaksi: https://www.uniprot.org/uniprotkb/P00441/entry#interaction
• Analisa interaksi : https://string-db.org/network/9606.ENSP00000270142
• Struktur : https://www.uniprot.org/uniprotkb/P00441/entry#structure –
 Catalase
• Interaksi: https://www.uniprot.org/uniprotkb/P04040/entry#interaction
• Analisa interaksi: https://string-db.org/network/9606.ENSP00000241052
• Struktur : https://www.uniprot.org/uniprotkb/P04040/entry#structure
 Glutation peroksidase.
• Interaksi: https://www.uniprot.org/uniprotkb/P07203/entry#interaction
• Analisa interaksi: https://string-db.org/network/9606.ENSP00000407375
• Struktur : https://www.uniprot.org/uniprotkb/P07203/entry#structure
d. Setelah masuk ke laman masing-masing protein, lakukan Analisa untukmasingmasing
enzim:
1. Nama dan taksonomi: jelaskan di laporan
2. Lokasi selular: jelaskan di laporan dengan gambar
3. Interaksi: temukan protein-protein yang berinteraksi dengan protein yangditeliti, lalu
lakukan analisa lebih jauh dengan aplikasi StringDB (lihat langkah 5)
4. Struktur : jelaskan dengan gambar
5. Gangguan atau penyakit yang dapat terjadi akibat mutase pada protein/enzim ini

e. Untuk melakukan Analisa interaksi enzim, pada tab interaction, pilih tautan STRING
(lihat gambar dibawah)
f. Setelah masuk ke laman StringDB, lakukan Analisa:
a. Sebutkan network (jaringan) protein yang berinteraksi dengan protein yang
diteliti,

b. Cari pathway (jalur) interaksi yang melibatkan protein-protein tersebut

D. Hasil Pengamatan

1. Percobaan Aktivitas Enzim Katalase

Hasil yang Didapatkan
Tabung Perlakuan Kondisi Gelembung Nyala Bara Api
Gas
A Hati + H2O2 Netral - -
 B Hati + HCl + H2O2 Asam - -

C Hati + NaOH +H2O2 Basa - -

D Hati + H2O2 (dalam air Panas - -

panas)
E Hati + H2O2 (dalam es batu) Dingin - -

Hasil Seharusnya (sesuai teori) untuk praktikum ini:

Tabung Perlakuan Kondisi Gelembung Nyala Bara Api

Gas
A Hati + H2O2 Netral ++++ ++++

B Hati + HCl + H2O2 Asam + -

C Hati + NaOH +H2O2 Basa +++ +

D Hati + H2O2 (dalam air Panas - -

panas)
E Hati + H2O2 (dalam es batu) Dingin +++ +++

2. Percobaan Bioinformatika Uniprot Enzim

1. Superoksida dismutase (SOD)

Nama dan Taksonomi : Superoxide dismutase [Cu-Zn] (9606 NCBI)
Lokasi Seluler : Sitoplasma, mitokondria, dan nucleus

Interaksi :
 Glutathione peroksidase 3 (GPX3) : Melindungi sel dan enzim dari kerusakan
oksidatif, dengan mengkatalisis reduksi hidrogen peroksida, peroksida lipid
dan hidroperoksida organik, oleh glutathione; Selenoprotein
 CCS : Pendamping tembaga untuk superoksida dismutase; Mengirimkan
tembaga ke tembaga seng superoksida dismutase (SOD1)
 Protein/asam nukleat deglikase DJ-1 (PARK7) ; Protein dan nukleotida
deglikase yang mengkatalisis deglikasi dari adukan Maillard yang terbentuk
antara gugus amino protein atau nukleotida dan gugus karbonil reaktif
glioksal.
 Glutathione peroksidase 1 (GPX1) ; Melindungi hemoglobin dalam eritrosit
dari kerusakan oksidatif; Milik keluarga glutathione peroksidase
 Katalase (CAT) ; Terjadi di hampir semua organisme yang bernafas secara
aerobik dan berfungsi untuk melindungi sel dari efek toksik hidrogen
peroksida
 VDAC1 Protein saluran selektif anion yang bergantung pada tegangan 1;
Membentuk saluran melalui membran luar mitokondria dan juga membran
plasma
 Glutathione peroksidase 7 (GPX 7) ; Ini melindungi epitel esofagus dari stres
oksidatif yang diinduksi hidrogen peroksida. Ini menekan spesies oksigen
reaktif (ROS) yang diinduksi asam empedu dan melindungi terhadap
kerusakan DNA oksidatif dan pemutusan untai ganda; Milik keluarga
glutathione peroksidase
 Heat shock protein family A member 4; Belongs to the heat shock protein 70
family
 Lysine--tRNA ligase (KARS); Catalyzes the specific attachment of an amino
acid to its cognate tRNA in a 2 step reaction: the amino acid (AA) is first
activated by ATP to form AA-AMP and then transferred to the acceptor end
of the tRNA. When secreted, acts as a signaling molecule that induces
immune response through the activation of monocyte/macrophages
 Struktur :

Gangguan atau penyakit yang dapat terjadi :

Gangguan neurodegeneratif yang mempengaruhi neuron motorik atas di otak dan

neuron motorik bawah di batang otak dan sumsum tulang belakang, mengakibatkan
kelumpuhan fatal. Abnormalitas sensorik tidak ada. Tanda patologis dari penyakit ini
termasuk pucat pada saluran kortikospinalis karena hilangnya neuron motorik, adanya
inklusi ubiquitin-positif dalam neuron motorik yang masih hidup, dan deposisi agregat
patologis. Etiologi sklerosis lateral amyotrophic mungkin multifaktorial, yang melibatkan
faktor genetik dan lingkungan. Penyakit ini diturunkan pada 5-10% kasus.

2. Catalase
Nama dan Taksonomi : CAT (katalase)
Lokasi seluler: Peroksisom
Interaksi:

 PEXS (Peroxisomal targeting signal 1 receptor): Berperan esensial dalam

peroxisomal protein import.
 SOD 1 (Superoxide dismutase): Berperan dalam menghancurkan radikal yang
normal di produksi bersifat toksik ke system tubuh.
 SOD 2 [Superoxide dismutase (MN)]: Menghancurkan superoxide anion
radikal
 SCP 2 (Non-Specific Lipid-transfer Protein): Memediasi secara in vitro
transfer semua fosfolipid, cholesterol dan ganglionsides di antara membran.
 Acox 1 (-eroximal acyl-coenzime A oxidase 1)
 SOD3 (Extracellular Superoxide dismutase): Memproteksi ruang
ekstrasellular dari efek toxic reactive oxygen yang dihasilkan dari perubahan
superokside radikal menjadi H202 dan Oxygen
  FOXO3 (Forkhead box protein 3): aktivator transkripsi yang memicu
apoptosis tanpa adanya faktor kelangsungan hidup, termasuk kematian sel
saraf pada stres oksidatif.
 ACOX2 (Hydroxyacid oxidase): 3alpha,7alpha,12alpha- trihydroxy-5beta-
cholestanoyl-CoA 24-hidroksilase; Asil- koenzim A oksidase 2 peroksisom;
Mengoksidasi ester CoA dari zat antara asam empedu di dan asam tri-
hidroksikolestanoat; family asil-CoA oksidase.
 HSD17B4 (Peroxisomal multifunctional enzyme type 2): Enzim multifungsi
peroksisomal tipe 2; Enzim bifungsional yang bekerja pada jalur oksidasi beta
peroksisom untuk asam lemak. Mengkatalisis pembentukan intermediet 3-
ketoasil-KoA dari asam lemak rantai lurus dan 2-metil-rantai cabang;
superfamili dehidrogenase/reduktase rantai pendek.

Struktur:

Gangguan atau penyakit yang dapat terjadi :

 Acatalasemia: Gangguan metabolisme yang ditandai dengan hilangnya total atau hampir
total aktivitas katalase dalam sel darah merah. Hal ini sering dikaitkan dengan ulserasi lesi
oral. Acatalasemia diturunkan sebagai sifat resesif autosomal

3. Glutathione peroxidase
Nama da Taksonomi : Glutathione peroxidase (9606)
Lokasi Seluler : Sitoplasma dan Sitosol
Interaksi

 GSR (Glutathione reduktase, mitokondria): Mempertahankan tingkat

glutathione tereduksi yang tinggi di sitosol
 SOD2 (Superoksida dismutase [Mn], mitokondria): Menghancurkan
radikal anion superoksida yang biasanya diproduksi di dalam sel dan
yang beracun bagi sistem biologis
 SOD1 (Superoksida dismutase, keluarga cu-zn): Superoksida dismutase
[Cu-Zn]; Menghancurkan radikal yang biasanya diproduksi di dalam sel
dan yang beracun bagi sistem biologis
 SOD3 (superoksida dismutase ekstraseluler [Cu-Zn]): Lindungi ruang
ekstraseluler dari efek toksik zat antara oksigen reaktif dengan
mengubah radikal superoksida menjadi hidrogen peroksida dan oksigen
 CAT (Katalase): Terjadi di hampir semua organisme yang bernafas
secara aerobik dan berfungsi untuk melindungi sel dari efek toksik
hydrogen peroksida. Mempromosikan pertumbuhan sel termasuk set T,
sel B, sel leukemia myeloid, sel melanoma, sel mastositoma dan sel
fibroblast yang normal dan berubah; Milik keluarga katalase.
 GSS (Glutathione sintetase) Milik keluarga sintase GSH eukariotik
 SELENBPI (Protein pengikat selenium 1): Protein pengikat selenium
yang mungkin terlibat dalam penginderaan xenobiotik reaktif dalam
sitoplasma. Mungkin terlibat dalam transpor protein intra-Golgi
 (Dengan kesamaan)
 ALOX5 (arakidonat 5-lipoksigenase): Mengkatalisis langkah pertama
dalam biosintesis leukotrien, dan dengan demikian berperan dalam
proses inflamasi; Milik keluarga lipoxygenase
 PPARGC1A (Peroksisom proliferator-diaktifkan reseptor gamma
koaktivator 1-alpha): Koaktivator transkripsi untuk reseptor steroid dan
reseptor nuklir. Sangat meningkatkan aktivitas transkripsi PPARG dan
reseptor hormon tiroid pada promotorprotein yang tidak berpasangan.
 TXNRD1 (Tioredoksin reduktase 1, sitoplasma): Isoform 1 mungkin
memiliki aktivitas glutaredoxin serta aktivitas thioredoxin reduktase
dan menginduksi polimerisasi aktin dan tubulin, yang mengarah pada
pembentukan tonjolan membran sel.
Struktur

Gangguan atau penyakit yang dapat terjadi : -

LANDASAN TEORI
Enzim atau biokatalisator adalah katalisator organik yang dihasilkan oleh sel.Enzim
sangat penting dalam kehidupan, karena semua reaksi metabolisme dikatalis oleh enzim. Jika
tidak ada enzim, atau aktivitas enzim terganggu maka reaksi metabolisme sel akan terhambat
hingga pertumbuhan sel juga terganggu .Sehubungan dengan potensi toksisitas senyawa
radikal bebas, tubuh memiliki mekanisme sistem pertahanan alami berupa enzim antioksidan
endogen yaitu superoksida dismutase (SOD), glutation peroksidase (GPx), dan katalase yang
berfungsi menetralkan dan mempercepat degradasi senyawa radikal bebas untuk mencegah
kerusakan komponen makromolekul sel. Reaktive Oxygen Spesies (ROS) merupakan radikal
bebas yang sangat berbahaya bagi mahluk hidup. Pada tanaman ROS terbentuk dalam sel
melalui beberapa cara yaitu. Produksi fitokimia di atmosfer akibat pencemaran udara,
penyumbatan electron langsung ke oksigen ketika terjadi fotosintesis terutama pada kondisi
cahaya yang tinggi dan konsentrasi CO2 pada kloroplas yang rendah, respon terhadap
kondsisicekaman seperti kekeringan,suhu tinggi, salinitas ozon dan serangan mikroba.
(Fitri, dkk 2020)
 Enzim amilase merupakan salah satu jenis enzim yang banyak digunakan dalam
bidang industri dan memiliki aplikasi yang sangat luas dalam bidang industry. Enzim α-amilase
(α-1,4-glukan-4-glukanohidrolase, EC 3.2.1.1) mengkatalisis pemutusan ikatan α-D-(1,4)-
glukosidik pada pati, glikogen, dan oligosakarida menghasilkan dekstrin, oligosakarida,
maltosa, dan D-glukosa (Ariandi, 2016). Enzim ini dapat ditemukan pada tumbuhan, hewan
dan mikroorganisme. Enzim mikroba umumnya lebih disukai dalam aplikasi di industri karena
kapasitas produksi masal lebih ekonomis dan mikroba mudah dimanipulasi untuk
mendapatkan enzim dengan karakteristik yang diinginkan. Penggunaan enzim α-amilase pada
proses industri misalnya industri makanan, industri farmasi, industri tekstil, industri kertas dan
industri deterjen.
Umumnya enzim tidak stabil pada suhu yang tinggi dan pH yang ekstrem. Untuk
digunakan dalam industri, diperlukan enzim termostabil, yaitu enzim yang bekerja secara
optimum pada suhu antara 60–125 derajat C , dan bekerja pada rentang pH yang lebar. Misalnya
pada pembuatan sirup gula cair, untuk mengubah pati menjadi dekstrin diperlukan enzim yang
stabil dan mempunyai aktivitas yang tinggi pada suhu sekitar 60 derajat C. Oleh sebab itu,
perlu dikembangkan cara cara untuk mendapatkan enzim yang stabil yang dapat digunakan dalam
industri.
(Yandri, dkk 2020)
Radikal bebas adalah molekul yang memiliki satu atau lebih elektron tidak berpasangan
pada orbit terluarnya, dan memiliki sifat yang sangat labil dan reaktif . Radikal bebas memiliki
peran penting dalam kerusakan jaringan dan proses patologi dalam organisme hidup.
Abnormalnya kadar radikal bebas yang masuk ke dalam tubuh dapat menyerang senyawa
yang rentan, seperti lipid dan protein dan berimplikasi pada timbulnya berbagai penyakit. Hal ini
disebabkan karena oksidan yang masuk kedalam tubuh tidak mampu diimbangi oleh
antioksidan dalam tubuh. Tubuh manusia memiliki antioksidan alami dari enzim-enzim
seperti katalase, superoksida dismutase (SOD), glutation peroksidase, dan glutation
Stransferase. Namun, antioksidan alami tubuh belum dapat sepenuhnya melindungi kerusakan
sel yang disebabkan oleh oksidan dari luar, karna itulah tubuh manusia memerlukan
antioksidan tambahan dari luar.
(Andestya N.P, dkk 2020)
Radikal bebas adalah molekul yang kehilangan satu buah elektron dari pasangan
elektron bebasnya, atau dengan kata lain, merupakan hasil pemisahan homolitik suatu
ikatan kovalen. Akibat pemecahan homolitik ini suatu molekul akan terpecah menjadi
radikal bebas yang mempunyai elektron tak berpasangan. Elektron memerlukan
pasangan untuk menyeimbangkan nilai spinnya, sehingga molekul radikal menjadi tidak
stabil dan akan mudah bereaksi dengan molekul lain membentuk radikal baru.
Radikal bebas dapat dihasilkan dari metabolisme tubuh yang merupakan faktor
internal. selain itu juga dihasilkan oleh faktor eksternal seperti asap rokok, hasil
penyinaran ultra violet, zat pemicu radikal dalam makanan dan polutan lainnya. Penyakit
yang disebabkan radikal bebas bersifat kronis yaitu dibutuhkan waktu bertahun-tahun
untuk penyakit tersebut menjadi nyata atau bersifat akumulatif. Contoh penyakit yang
sering dihubungkan dengan radikal bebas adalah serangan jantung, kanker, katarak, dan
menurunnya fungsi ginjal. Untuk mencegah penyakit kronis karena radikal bebas
diperlukan antioksidan.
(Fakriah, dkk 2019)

PEMBAHASAN
Dari hasil praktikum di atas, Pada percobaan aktivitas enzim katalase yang telah
dilakukan pada ekstrak hati dan larutan H2O2, hasil yang didapatkan pada semua tabung
reaksi tidak didapatkan hasil (hasil negatif) . Tabung A, B, C, D, dan E yang sudah berisi
ekstrak hati dan H2O2 dengan berbagai keadaan tidak menimbulkan gelembung gas
yang dapat menandakan bahwa adanya reaksi enzimatis antara enzim katalase pada ekstrak
hati dan larutan H2O2 yang merupakan zat radikal bebas.
Selanjutnya dilakukan uji nyala bara api dengan cara memasukkan lidi yang sudah
dibakar (dalam keadaan masih ada bara api) ke dalam tiap tabung A, B, C, D dan E yang
sudah berisi ekstrak hati dan H2O2 dengan berbagai keadaan. Pada uji ini, juga tidak
ditemukan adanya respon apapun dari semua tabung. Hal ini disebabkan karena
adanya kesalahan saat melakukan percobaan, antara lain larutan H2O2 yang sudah tidak
layak pakai atau kadaluarsa ataupun karena konsentrasinya tidak cukup, atau juga
disebabkan karena kesalahan lainnya.
Hasil yang seharusnya didapatkan adalah pada tabung A yang berisi ekstrak hati
dan H2O2 didapatkan gelembung gas yang banyak dan bara api menyala besar. Hal itu
disebabkan karena enzim katalase yang terdapat pada hati ayam mengkatalis radikal bebas
pada H2O2 menjadi air dan oksigen.
Kemudian pada tabung B dengan kondisi yang basa didapatkan gelembung
gas yang sedikit dan tidak ada nyala api, dan pada tabung C dengan kondisi basa terdapat
gelembung gas dan nyala api sedikit. Hal ini disebabkan karena enzim tidak dapat
bekerja dengan optimal pada keadaan pH yang tidak normal (asam, basa).
Selanjutnya pada tabung D dengan kondisi suhu tinggi tidak didapatkan hasil
apapun baik gelembung gas maupun nyala api. Pada tabung E dengan kondisi suhu yang
rendah didapatkan adanya gelembung gas dan nyala api. Hal ini disebabkan kerja enzim
katalase pada hati terganggu karena suhu yang terlalu tinggi maupun terlalu rendah
sehingga enzim tidak dapat bekerja dengan optimal seperti pada tabung A.
 KESIMPULAN
1. Radikal bebas adalah molekul yang kehilangan satu buah elektron dari pasangan
elektron bebasnya, atau merupakan hasil pemisahan homolitik suatu ikatan kovalen.
Akibat pemecahan homolitik, suatu molekul akan terpecah menjadi radikal bebas
yang mempunyai elektron tak berpasangan
2. Katalase adalah enzim yang mengandung empat gugus heme, pada tulang,
membran mukosa, ginjal dan hati. Aktivitas enzim ditemukan dalam mitokondria,
sitoplasma dan peroksosom. Katalase memiliki empat rantai polypeptide, masing-
masing terdiri dari 500 lebih asam amino.
3. Enzim adalah senyawa kimia berupa protein yang berperan sebagai biokatalisator,
di mana bio adalah makhluk hidup dan katalis adalah zat yang dapat mempercepat
reaksi. Sederhananya, enzim adalah katalis yang membantu mempercepat reaksi
biologis.
4. Antioksidan adalah senyawa yang berfungsi untuk mencegah dan memperbaiki
kerusakan sel-sel di dalam tubuh, khususnya yang disebabkan oleh paparan radikal
bebas

DAFTAR PUSTAKA
1. Fakriah, dkk. 2019. Sosialisasi Bahaya Radikal Bebas Dan Fungsi Antioksidan
Alami Bagi Kesehatan. Jurnal Vokasi, vol.3 no.1
2. Adnestya, N.P, dkk. 2020. Potensi Antioksidan Kedelai (Glycine Max) Terhadap
Penangkapan Radikal Bebas. Jurnal Ilmiah Kesehatan Sandi Husada. Vol.11 no.1
3. Yandri, dkk. 2020. Peningkatan Kestabilan Enzim α-Amilase Dengan Penambahan
Gliserol. Vol.5 no.2
4. Fitri, dkk. 2020. Analisis Aktifitas Enzim Antioksidan dan Perioksida.