Skripsi - Nur Laili Anjuni Isnaini - O1a118102

STUDI PENAMBATAN MOLEKUL SENYAWA DALAM TANAMAN
PEPAYA (Carica papaya L.) DAN MENIRAN (Phyllanthus niruri L.)

SEBAGAI INHIBITOR METHIONINE AMINOPEPTIDASE (MetAP)
UNTUK PENANGANAN BAKTERI Mycobacterium tuberculosis
SKRIPSI
Diajukan untuk memenuhi Syarat

Memperoleh Derajat Sarjana (S-1)
Oleh:
Nur Laili Anjuni Isnaini

O1A118102
PROGRAM STUDI FARMASI

FAKULTAS FARMASI
UNIVERSITAS HALU OLEO
KENDARI
JANUARI 2023
HALAMAN PENGESAHAN
ii
PERNYATAAN
iii
KATA PENGANTAR
Alhamdulillah, segala puji dan syukur atas kehadirat allah swt karena atas
limpahan rahmat-Nya yang diberikan kepada penulis sehingga skripsi yang
berjudul “ STUDI PENAMBATAN MOLEKUL SENYAWA DALAM
TANAMAN PEPAYA (Carica papaya L.) DAN MENIRAN (Phyllanthus
niruri L.) SEBAGAI INHIBITOR Methionine Aminopeptidase (MetAP)
UNTUK PENANGANAN BAKTERI Mycobacterium tuberculosis ” dapat
terselesaikan. Sholawat dan salam bagi Rasulullah Muhammad SAW dan
keluarga karena telah menjadi suri teladan yang baik bagi penulis dalam
menuntut ilmu.
Melalui kesempatan ini dengan segala bakti penulis haturkan terima kasih
yang tak terhingga kepada kedua orang tua penulis ayahanda terkasih Nur Hadi
dan ibunda tercinta Siti Marfuatun, atas segala do’a restu, semangat, arahan,
bimbingan, dan nasehat yang memberikan kedamaian hati serta ketabahan dalam
mendidik, membesarkan dan menitipkan harapan besar penulis. Skripsi ini penulis
persembahkan sepenuhnya kepada kedua orang tua penulis. Semoga Allah
Subhanahu Wa Ta’ala selalu melindungi dan melimpahkan rahmat-Nya kepada
orang-orang yang penulis sayangi ini. Aamiin Allahuma Aamiin.
Terima kasih penulis haturkan juga kepada Bapak Prof. Dr. Muhammad
Arba, S.Si., M.Si. selaku pembimbing I dan Bapak Apt. Arfan, S. Farm., M.S.
Farm. selaku pembimbing II atas segala kesediaannya dalam meluangkan waktu,
tenaga, pikiran dan perhatiannya dengan tulus ikhlas dan penuh kesabaran dalam
memberikan arahan dan bimbingan kepada penulis sejak awal penyusunan
proposal penelitian sampai dengan selesainya skripsi ini.
iv
Penulis juga tak lupa menyampaikan ucapan terima kasih dan penghargaan
yang sebesar-besarnya kepada :
1. Bapak Prof. Dr. Muhammad Zamrun, M.Si., M.Sc. selaku Rektor Universitas
Halu Oleo.
2. Bapak Prof. Dr. Ruslin, S.Pd., M.Si. selaku Dekan Fakultas Farmasi
Universitas Halu Oleo.
3. Ibu Suryani, S.Farm., M.Sc., Apt. selaku Ketua Senat Fakultas Farmasi
4. Bapak Prof. Dr. Muhammad Arba, S.Si., M.Si. selaku Wakil Dekan I
Fakultas Farmasi Universitas Halu Oleo.
5. Ibu Dr. Henny Kasmawati, S.Farm., M.Sc., Apt. selaku Wakil Dekan II
6. Bapak Dr.rer.nat. Adryan Fristiohady Lubis, M.Sc., Apt. selaku Wakil Dekan
III Fakultas Farmasi Universitas Halu Oleo.
7. Ibu Apt. NurAlifah, S.Farm., M.Kes. selaku Ketua Jurusan Fakultas Farmasi
8. Ibu Wa Ode Sitti Zubaydah, S.Si., M.Sc. selaku Ketua Program Studi Jurusan
Farmasi, Fakultas Farmasi Universitas Halu Oleo.
9. Ibu Dr. Irnawati, S.Si., M.Sc. selaku Kepala Laboratorium Penelitian dan
Praktikum serta Laboran Fakultas Farmasi Universitas Halu Oleo.
10. Bapak Prof. Dr. H. Muh. Natsir, M.Si., Bapak Muhammad Hajrul Malaka,
S.Si., M.Si., dan Bapak Muh. Ilyas Yusuf, S.Farm., M.Imun., Apt. selaku
dewan penguji. Terima kasih untuk semua kritik, saran serta bantuan yang
diberikan kepada penulis.
11. Bapak Muhammad Hajrul Malaka, S.Si., M.Si., selaku Penasehat Akademik
penulis terima kasih atas arahan, saran, masukkan, dan perhatiannya selama
penulis menjalani proses perkuliahan.
12. Bapak dan Ibu dosen di lingkungan Fakultas Farmasi Universitas Halu Oleo
atas semua ilmu yang telah diberikan kepada penulis serta seluruh staff tata
usaha di ruang jurusan dan akademik atas segala fasilitas dan pelayanan yang
v
telah diberikan selama penulis menjalani proses perkuliahan di lingkungan
13. Terimakasih kepada wali penulis bapak Tongano, S.Pd., dan ibu
Niswatinnisa, S.Pd., yang selalu memberikan dukungan dan motivasi di
setiap hari penulis serta membantu dalam biaya pendidikan penulis.
14. Kakak penulis Ikhwanul Hidayat beserta istrinya Nurnita Intan, yang selalu
memberikan semangat dan mengingatkan perjuangan orang tua, serta
membantu dalam biaya pendidikan penulis. Adik penulis Nuril Anwar,
Arba’a Nurul Aini dan Aditya Naufal Afandi yang menjadi sumber semangat
bahwa penulis harus sukses dan bisa mengurus mereka.
15. Terima kasih kepada keluarga besar lainnya yang selalu memberikan
dukungan hingga penulis dapat menyelesaikan tugas akhir.
16. Terima kasih kepada sahabat-sahabat dibalik layar : Fira, Kukuni, dan Putri
yang telah banyak membantu penulis dalam menyiapkan segala kebutuhan
seminar proposal hingga skripsi.
17. Terima kasih kepada Teman-teman Group Kesebelasan : Wirda, Titin, Faul,
Elfi, Anita, Rita, Tenri, Ima, Fira, dan Putri atas dukungan dan bantuan
terhadap penulis selama ini dalam menyusun proposal hingga akhirnya
penelitian ini selesai sampai skripsi.
18. Teman-teman Grup TBC dan Tim Docking : Fira, kak Rahmi, Nini, Mei dan
Sukma yang selalu memberikan semangat dan saran kepada penulis serta
saling membantu dalam penelitian In Silico.
19. Terima kasih kepada rekan-rekan seperjuangan kelas B KEBI 2018 atas
semua kerjasamanya selama ini suka dan dukannya.
20. Seluruh rekan-rekan seperjuangan CAPSUL18 yang juga telah berjuang
bersama selama masa-masa perkuliahan dan membantu penulis dalam
penyelesain penulisan skripsi ini.
21. Terima kasih kepada seluruh rekan-rekan KKN Reguler Universitas Halu
Oleo 2021 di desa Palabusa atas Kerjasama selama masa-masa KKN, dan
membawakan banyak kenangan indah walaupun ada pahitnya.
vi
22. Terima kasih kepada guru-guru SD Yapis Mimika, SMP Negeri 2 Mimika,
dan SMA Negeri 1 Mimika yang telah mendidik dan membimbing penulis
sehingga dapat masuk di perguruan tinggi (Fakultas Farmasi, Universitas
Halu Oleo).
23. Terimakasih juga kepada orang yang pernah membuat kenangan indah dalam
hidup penulis selama di Kendari walaupun pada akhirnya mematahkan hati
penulis. Faqih, Kurniawan dan yang terakhir mas Bari terimakasih untuk
segala harapan indahnya, terimakasih untuk rasa sakitnya, dari sini penulis
belajar untuk lebih kuat lagi, dan semangat untuk bangkit lagi.
24. Terimakasih banyak untuk temanku Hasir yang sudah banyak membantu
penulis selama masa kesulitan di Kendari, dan membantu penulis untuk
semangat kembali.
25. Terimakasih pula untuk sahabatku Tedi yang begitu baik kepada penulis.
26. Seluruh pihak lainnya yang membantu dan tidak dapat penulis sebutkan satu-
persatu, terimakasih atas segala keikhlasannya dalam membantu penulis.
Akhir kata penulis menyampaikan penghargaan yang setinggi-tingginya

kepada semua pihak dan apabila masih terdapat kesalahan dalam skripsi ini,
sudilah kiranya memberikan koreksi untuk lebih baiknya tulisan ini. Semoga
Allah subhanahu wa ta’ala memberi taufik kepada kita semua untuk mencintai
ilmu yang bermanfaat dan amalan yang shalih serta memberikan ridho balasan
yang sebaik-baiknya. Kiranya skripsi ini dapat bermanfaat dalam memperkaya
bidang ilmu pendidikan.
Kendari, 04 Januari 2023
vii
DAFTAR ISI
HALAMAN PENGESAHAN.............................................................................ii
PERNYATAAN..................................................................................................iii
KATA PENGANTAR........................................................................................iv
DAFTAR ISI.....................................................................................................viii
DAFTAR TABEL................................................................................................x
DAFTAR GAMBAR..........................................................................................xi
DAFTAR LAMPIRAN.....................................................................................xii
ABSTRAK.........................................................................................................xiv
BAB I. PENDAHULUAN...................................................................................1
1.1 Latar Belakang.........................................................................................1
1.2 Rumusan Masalah...................................................................................4
1.3 Tujuan Penelitian.....................................................................................4
1.4 Manfaat Penelitian...................................................................................5
BAB II. TINJAUAN PUSTAKA........................................................................6
2.1 Mycobacterium tuberculosis...................................................................6
2.2 Reseptor Methionine Aminopeptidase (MetAP)...................................12
2.3 Tanaman Pepaya (Carica papaya L.)...................................................13
2.4 Tanaman Meniran (Phyllanthus niruri L.)............................................16
2.5 Penemuan Obat Baru.............................................................................19
2.6 Pengembangan Senyawa Obat..............................................................21
2.7 Penambatan Molekul.............................................................................21
2.8 Sumber Informasi Database..................................................................23
2.9 Perangkat Lunak....................................................................................25
2.10 Afinitas Ikatan (Binding Affinity) dan Modus Pengikatan....................25
2.11 Kerangka Konsep..................................................................................27
BAB III. METODOLOGI PENELITIAN.......................................................28
3.1 Waktu dan Tempat................................................................................28
3.2 Jenis Penelitian......................................................................................28
3.3 Bahan Penelitian....................................................................................28
3.4 Alat Penelitian/Instrumen Penelitian.....................................................35
3.5 Variabel.................................................................................................35
viii
3.6 Definisi Operasional..............................................................................36
3.7 Prosedur Penelitian................................................................................37
BAB IV. HASIL DAN PEMBAHASAN..........................................................39
4.1 Penambatan Molekul dan Analisis Hasil...............................................45
4.2 Perbandingan Hasil Analisis XP Docking dengan IFD.........................72
4.3 Analisis sifat Fisikokimia......................................................................75
BAB V. PENUTUP............................................................................................82
5.1 Kesimpulan............................................................................................82
5.2 Saran......................................................................................................83
DAFTAR PUSTAKA........................................................................................84
LAMPIRAN.......................................................................................................90
ix
DAFTAR TABEL
Nomor Teks
Halaman
Tabel 3.1 Struktur senyawa pada Carica papaya L................................28
Tabel 3.2 Struktur senyawa pada Phyllanthus niruri L...........................31
Tabel 4.1 Hasil Analisis Penambatan Molekul Senyawa Tanaman

pepaya (Carica papaya L.) PDB 3IU7 45
meniran (Phyllanthus niruri L.) PDB 3IU7...........................48
meniran (Phyllanthus niruri L.) PDB 3IU9............................51
Tabel 4.4 Perbandingan Interaksi senyawa MetAP kode PDB
3IU7 dengan Senyawa yang Terkandung dalam Tanaman
Pepaya (Carica papaya L.).....................................................56
Tabel 4.5 Perbandingan Interaksi MetAP PDB 3IU7 dengan
Senyawa yang Terkandung dalam Tanaman Meniran
(Phyllanthus niruri L.)............................................................57
Tabel 4.6 Perbandingan Interaksi MetAP PDB 3IU9 dengan
Senyawa yang Terkandung dalam Tanaman Meniran
(Phyllanthus niruri L.).............................................................58
Tabel 4.7 Hasil Analisis Induced-Fit Docking Senyawa Tanaman
Pepaya (Carica papaya L.) PDB 3IU7....................................63
Meniran (Phyllanthus niruri L.) PDB 3IU7............................65
Meniran (Phyllanthus niruri L.) PDB 3IU9............................68
Tabel 4.10 Perbandingan hasil analisis Xp docking dengan IFD
senyawa pepaya (Carica papaya L.). PDB 3IU7....................74
senyawa meniran (Phyllanthus niruri L.). PDB 3IU7............74
senyawa meniran (Phyllanthus niruri L.). PDB 3IU9............75
Tabel 4.13 Hasil Prediksi ADME senyawa dalam tanaman meniran
(Phyllanthus niruri L.).............................................................76
Tabel 4.14 Hasil Prediksi ADME senyawa dalam tanaman pepaya
(Carica papaya L.)..................................................................77
Tabel 4.15 Hasil Prediksi sifat Fisikokimia senyawa dalam tanaman
meniran (Phyllanthus niruri L.)..............................................79
Tabel 4.16 Hasil Prediksi sifat Fisikokimia senyawa dalam tanaman
pepaya (Carica papaya L.)......................................................80
x
DAFTAR GAMBAR
Nomor Teks
Halaman
Gambar 2.1 Struktur Bakteri Mycobacterium Tuberculosis 7
Gambar 2.2 Penggambaran sederhana dari siklus Mtb..........................8
Gambar 2.3 Garis waktu dan evolusi terapi untuk tuberculosis..........11
Gambar 2.4 Struktur Reseptor MetAP.................................................12
Gambar 4.1 Rangkuman kemungkinan modifikasi N-terminal
ko-translasi.......................................................................41
Gambar 4.2 Struktur MtMetAP1c........................................................42
Gambar 4.3 Perbedaan antara MetAP mikobakteri (MtMetAP1c)
dan Met-AP manusia (MetAP1 dan MetAP2).................43
Gambar 4.4 Validasi antara ligan alami FCD dan TO7 dengan
reseptor MetAP kode PDB 3IU7 dan PDB 3IU9.............44
xi
DAFTAR LAMPIRAN
Nomor Teks
Halaman
Lampiran 1. Pencarian dan Pengunduhan Reseptor Methionine
Aminopeptidase (MetAP) dengan kode 3IU7 dan 3IU9.............90
Lampiran 2. Pencarian Struktur 3D Senyawa Carica papaya L. dan
Phyllanthus niruri L.....................................................................91
Lampiran 3. Langkah-Langkah penambatan molekul protein Methionine
Aminopeptidase (MetAP) dengan Carica papaya L. dan
Phyllanthus niruri L. menggunakan Maestro..............................91
Lampiran 4. Hasil Analisa Penambatan Molekul Senyawa dalam
Tanaman pepaya (Carica papaya L.) dan meniran
(Phyllanthus niruri L.) dengan Reseptor Methionine
Aminopeptidase (MetAP) kode PDB 3IU7 dan 3IU9..................93
Lampiran 5. Perbandingan Interaksi Ligan Alami FCD dan TO7 dengan
Senyawa yang Terkandung dalam tanaman pepaya (Carica
papaya L.) dan meniran (Phyllanthus niruri L.)........................100
Lampiran 6. Langkah-Langkah Induced-Fit Docking protein Methionine
Aminopeptidase (MetAP) dengan Tanaman Pepaya (Carica
papaya L.) dan Meniran (Phyllanthhus niruri L.)
menggunakan Maestro...............................................................104
Lampiran 7. Perbandingan Interaksi Xp docking dan IFD.............................106
Lampiran 8. Hasil Analisis SwissADME.......................................................111
xii
ARTI LAMBANG DAN SINGKATAN
BTA Bakteri tahan asam

CADD Computer-Aided Drug Design
cm Centimeter
DOT Directly Observed Treatment
E. coli Escherichia coli
FCD 5-(2-Chlorophenyl)Furan-2-Carboxylic acid
G Skor Glide
HIV Human immunodeficiency virus
IC50 inhibitor concentration of 50%
Ki Konstanta inhibisi
Kkal Kilo kalori
Mtb Mycobacterium tuberculosis
mdpl Meter diatas permukaan laut
MDR-TB Multi Drug Resistant Tuberculosis
MetAP Methionine Aminopeptidase
MtMetAP Mycobacterium tuberculosis Methionine Aminopeptidase
MIC Metil isosianat
mL Mililiter
mm Milimeter
NAD Nicotinamide Adenine Dinucleotide
NCBI National Centre For Biotechnology Information
nm Nanometer
NME N-terminal methionine excision
OAT Obat anti tuberculosis
PDB Protein Data Bank
PDF Peptide deformylase
PGA Peptidoglikan-Arabinogalaktan
pH Potencial of Hydrogen
RCSB Research Collaboratory For Structural Bioinformatics
RMSD Root Mean Square Deviation
SBDD Structure-based drug design
SP Standar Precision
TB Tuberkulosis
TO7 5-[(2,4-dichlorobenzyl)sulfanyl]-4H-1,2,4-triazol-3-amine
WHO World Health Organization
XP Extra Precision
2D 2 Dimensi
3D 3 Dimensi
µg Mikrogram
xiii
µm Mikrometer
∆G Delta G
STUDI PENAMBATAN MOLEKUL SENYAWA DALAM TANAMAN

PEPAYA (Carica papaya L.) DAN MENIRAN (Phyllanthus niruri L.)
SEBAGAI INHIBITOR Mthionine Aminopeptidase (MetAP) UNTUK
PENANGANAN BAKTERI Mycobacterium Tuberculosis

O1A118102
ABSTRAK
Tuberkulosis (TB) merupakan penyakit menular yang disebabkan oleh
Mycobakterium tuberculosis (Mtb) dan masih menjadi masalah kesehatan
menantang di seluruh dunia. Penggunaan obat sintetik untuk tuberkulosis hingga
saat ini masih menjadi perhatian karena banyaknya resistensi terhadap
pengobatannya dalam jangka waktu yang lama. Oleh karena itu diperlukan
pengobatan alternatif seperti penggunaan obat tradisional untuk penyakit
tuberkulosis. Penelitian ini bertujuan mengetahui interaksi dan energi bebas ikatan
(ΔG) dari senyawa tanaman pepaya (Carica papaya L.) dan meniran (Phyllanthus
niruri L.) sebagai inhibitor Methionine Aminopeptidase (MetAP) dengan kode
PDB 3IU7 dan 3IU9. Metode yang digunakan dalam penelitian ini yaitu
penambatan molekul dengan 3 prosedur: SP, XP, dan IFD untuk mengidentifikasi
aktivitas dari 13 senyawa tanaman pepaya dan 19 senyawa tanaman meniran
menggunakan aplikasi Maestro 10.7. Hasil penambatan IFD pada kode PDB 3IU7
dengan 5 senyawa terbaik tanaman pepaya dan meniran menghasilkan nilai
afinitas yang lebih baik dari ligan alami (FCD) dengan rentang nilai pada senyawa
pepaya -10,680 sampai -7,734 kkal/mol, sedangkan pada senyawa meniran
memiliki rentang nilai -14,755 sampai -11,120 kkal/mol. Hasil penambatan IFD
pada kode PDB 3IU9 terdapat 5 senyawa terbaik tanaman meniran dan pada
tanaman pepaya tidak terdapat senyawa terbaik. 5 senyawa pada tanaman meniran
memiliki afinitas lebih baik dari ligan alami (TO7) dengan rentang nilai -13,920
sampai -10,781 kkal/mol. Berdasarkan hasil penelitian diketahui bahwa
kandungan senyawa dari tanaman pepaya dan meniran berpotensi sebagai
penghambat inhibitor MetAP untuk penanganan bakteri Mtb.
Kata kunci: Mycobakterium tuberculosis, Pepaya (Carica papaya L.),

Meniran (Phyllanthus niruri L.), MetAP, Penambatan Molekul.
xiv
STUDY OF MOLECULAR DOCKING OF COMPOUNDS IN PAPAYA
(Carica papaya L.) AND MENIRAN (Phyllanthus niruri L.) PLANTS AS
Methionine Aminopeptidase (MetAP) INHIBITORS FOR HANDLING OF
BACTERIA Mycobacterium Tuberculosis

O1A118102
ABSTRACT
Tuberculosis (TB), an infectious disease caused by Mycobacterium tuberculosis

(Mtb), is a major public health problem worldwide. So far, the use of synthetic
drugs against tuberculosis remains a concern due to its high resistance to long-
term treatment. Therefore, alternative treatments, such as using conventional
antituberculous drugs, are needed. The aim of this study was to investigate the
interaction and binding free energy (ΔG) of papaya (Carica papaya L.) and
meniran (Phyllanthus niruri L.) plant compounds as Methionine Aminopeptidase
(MetAP) inhibitors with PDB codes 3IU7 and 3IU9. is to decide The method used
in this study was molecular docking with three steps. His SP, XP and IFD for
measuring the activity of 13 papaya plant compounds and 19 meniran plant
compounds using the Maestro 10.7 application. IFD docking results for the five
best papaya and meniran compounds at PDB code 3IU7 show values range from
-10,680 to -7,734 kcal/mol for papaya compounds, whereas meniran compounds
range from -14,755 to It had values in the range of -11,120 kcal/mol. IFD docking
results for PDB code 3IU9 found the 5 best compounds in the meniran plant and
in the papaya plant there were not the best compounds. 5 compounds in the
meniran plant have a better affinity than the natural ligand (TO7) with a value
range of -13.920 to -10.781 kcal/mol. Based on research results, it is known that
compounds contained in papaya and meniran plants may act as MetAP inhibitors
to treat Mtb bacteria.
Kata kunci: Mycobakterium tuberculosis, Papaya (Carica papaya L.),

Meniran (Phyllanthus niruri L.), MetAP, Molecular Docking.
xv
BAB I. PENDAHULUAN
1.1 Latar Belakang
Tuberkulosis (TB) merupakan salah satu penyakit penyebab kematian
nomor 10 di dunia dan penyebab utama dari satu penyakit agen infeksi menular
diatas HIV/AIDS (Kemenkes RI, 2022). Tuberkulosis (TB) disebabkan oleh
infeksi Mycobacterium tuberculosis (Mtb), dan bersifat patogen pada manusia (Lu
dkk, 2012). Mtb menyebar lebih mudah menjadi salah satu penyebab utama
kematian pada awal abad kedua puluh. Prognosis untuk pasien dengan
tuberkulosis (TB) meningkat secara dramatis dengan penemuan dan pengenalan
obat antituberkular, dimulai dengan streptomisin pada tahun 1946 dan penelitian
selanjutnya yang menghasilkan rejimen terapi yang sensitif dan efektif untuk Mtb.
Penting untuk dicatat bahwa meskipun memiliki rejimen pengobatan yang efektif,
Mtb masih menyebabkan sekitar 9 juta infeksi dan 1,5 juta kematian pada tahun
2013 (Hoagland dkk, 2017). Menurut WHO sekitar 2 juta kematian dan 9 juta
infeksi baru di seluruh dunia dilaporkan setiap tahun. Total kejadian tuberkulosis
(TB) meningkat sekitar 0,3 persen setiap tahun, terutama di negara-negara miskin
sumber daya, termasuk daerah dengan tingkat kemiskinan yang tinggi dan
kurangnya infrastruktur dan fasilitas medis (Aloufi dkk, 2022).
TB di Indonesia menempati peringkat ketiga setelah India dan China dengan
menyumbang 8% dari seluruh kasus tuberkulosis di Asia Tenggara. Berdasarkan
dashboard tuberkulosis Indonesia pada tahun 2021 terdapat jumlah kasus TB
824.000 dan kematian 93.000/tahun setara dengan 11 kematian per jam,
terkonfirmasi TB MDR sebanyak 7.92, kasus TB pada anak sebanyak 33.366, dan
kasus TB HIV sebanyak 8.003 (Kemenkes RI, 2022).
Terapi yang direkomendasikan secara global saat ini untuk pengobatan TB
yang rentan terhadap obat melibatkan fase intensif dari empat obat anti-TB lini
pertama yang meliputi Rifampisin, Isoniazid, Pyrazinamide dan Etambutol
diberikan selama 2 bulan pertama diikuti oleh fase lanjutan dari Rifampisin dan
Isoniazid selama 4 bulan, dan diamati secara langsung. Namun karena berbagai
tantangan seperti adanya infeksi TB laten menimbulkan resistensi obat dan
koinfeksi HIV-TB dalam durasi terapi yang kompleks dan lama (Bhat dkk, 2018).
1
Tingginya angka morbiditas TB di Indonesia maupun di seluruh dunia
berbanding lurus dengan tingginya tingkat resistensi obat anti-TB atau dikenal
dengan Multidrug Resistant Tuberculosis (MDR-TB). MDR-TB menunjukan
adanya resistensi yang tinggi terhadap first line TB, yaitu isoniazid (INH) dan
rifampisin, dengan atau tanpa resistensi terhadap obat anti-TB lainnya. MDR-TB
berkembang saat terapi tidak memenuhi syarat selama masa pengobatan atau
gagal. Salah satu penyebab utama MDR-TB adalah adanya kesalahan dari pihak
medis seperti pengobatan yang tidak terstandar, ketidakpatuhan pasien selama
masa pengobatan, dan munculnya strain resisten yang ditransimisikan oleh
penderita MDR-TB. Strain resisten tersebut merupakan akibat adanya mutasi atau
perubahan pada gen-gen tertentu dalam genom Mtb, tepatnya pada gen yang
merupakan target kerja dari obat anti-TB. Tingkat MDR-TB pada tiap negara dan
wilayah berbeda-beda, sebagai contoh negara dengan tingkat MDR-TB terbesar
adalah China, India, dan Federasi Rusia (Aprillia dan Ami, 2018).
Penggunaan bahan obat yang berasal dari tanaman untuk pengobatan
tuberkulosis diharapkan mampu menjadi pengobatan komplementer dengan
adanya resistensi terhadap antibiotik tertentu pada pengobatan konvensional (obat
kimia) (Ratnawati dkk, 2019). Penggunaan obat tradisional secara umum dinilai
lebih aman dari pada penggunaan obat sintetik. Hal ini disebabkan karena obat
tradisional memiliki efek samping yang relatif lebih sedikit dari pada obat sintetik
(Bustanussalam, 2016).
Beberapa tanaman yang dapat digunakan sebagai agen antituberkulosis
antara lain adalah tanaman pepaya dan meniran. Pepaya (Carica papaya L.)
merupakan tumbuhan perdu yang berbatang tegak dan basah, serta sering
digunakan dalam pengobatan tradisonal. Beberapa penelitian telah membuktikan
bahwa ekstrak daun pepaya memiliki aktivitas antibakteri baik terhadap bakteri
gram positif maupun bakteri gram negatif (Hasriyani dkk, 2021). Salah satu
kandungan senyawa dalam tanaman papaya (C. papaya L.) adalah senyawa
flavonoid. Flavonoid sebagai antibakteri bekerja dengan cara membentuk senyawa
kompleks terhadap protein extraseluler yang mengganggu atau merusak keutuhan
membran sel bakteri, serta mendenaturasi protein sel bakteri (Anggoro, 2015).
2
Herba meniran mempunyai banyak manfaat dalam penyembuhan penyakit.
meniran (Phyllanthus nirusi L.) dapat digunakan untuk mengobati penyakit
tuberkulosis (TB), bahkan bisa dikembangkan menjadi pengobatan terkini dalam
pemberantasan TB. Khasiat meniran untuk mengobati tuberkulosis sudah
dibuktikan melalui studi yang dilakukan oleh dr. Zulkifli Amin, seorang pakar
imunologi TBC dari Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia. Dalam studinya
dr. Zulkifli Amin menunjukkan bahwa meniran sangat efektif untuk mengurangi
jumlah bakteri tahan asam (BTA, salah satu indikator TBC) (Sahulika dkk, 2012).
Salah satu target yang berpotensi dalam pengembangan obat TB adalah
Metionin Aminopeptidase (MetAP). MetAP adalah kelas enzim yang berperan
penting dalam kelangsungan hidup banyak spesies bakteri (Lu dkk, 2012). MetAP
merupakan metalloprotease yang menghilangkan metionin N-terminal dari
polipeptida dan protein selama translasi (Olaleye dkk., 2010). Fungsi dan
pentingnya MetAP telah ditunjukkan pada beberapa organisme seperti
Escherichia coli, Salmonella typhimurium, dan Mycobacterium tuberculosis,
dimana knockdown gen MetAP menyebabkan kematian atau penurunan
kelangsungan hidup bakteri (John dkk., 2016). Dengan demikian, penghambatan
aktivitas MetAP dapat menjadi target baru dalam pengembangan obat anti TB (Lu
dkk, 2012).
Pengembangan obat berbasis komputasi menjadi salah satu alternatif dalam
pengembangan obat TB yang menargetkan MetAP. Salah satunya dengan studi
penambatan molekul. Terapan dari penambatan molekul akan mempercepat
proses penemuan obat dengan melakukan penyaringan awal yang sangat cepat
terhadap senyawa-senyawa kimia tertentu, terutama yang belum diketahui
aktivitasnya. Teknik ini juga bisa menjembatani pencarian aktivitas baru dari
suatu senyawa kimia yang telah mempunyai aktivitas tertentu tetapi tidak aktif.
Keuntungan dari penambatan molekul jika dibandingkan dengan metode
konvensional yaitu memangkas waktu, energi, serta biaya yang dibutuhkan
(Rachmania dkk, 2016).
3
Berdasarkan latar belakang diatas, maka peneliti tertarik untuk melakukan
penelitian tentang studi penambatan molekul senyawa dalam tanaman pepaya (C.
papaya L.) dan meniran (P. niruri L.) sebagai inhibitor Metionin Aminopeptidase
(MetAP) untuk penanganan infeksi bakteri Mycobacterium tuberculosis. Selain
itu, dipilihnya dua tanaman ini karena pada penelitian sebelumnya belum
dilakukan penelitian secara in silico dengan menggunakan reseptor MetAP.
1.2 Rumusan Masalah

Rumusan masalah pada penelitian ini yaitu :
1. Berapa energi ikatan dari kandungan senyawa pada tanaman pepaya (C.
papaya L.) dan Meniran (P. niruri L.) yang berpotensi menghambat
Methionine Aminopeptidase (MetAP) dari bakteri Mycobacterium
tuberculosis ?
2. Bagaimana interaksi dari kandungan senyawa pada tanaman pepaya (C.
papaya L.) dan Meniran (P. niruri L.) yang berpotensi menghambat
tuberculosis ?
1.3 Tujuan Penelitian

Tujuan yang ingin dicapai dalam penelitian ini yaitu:
1. Untuk mengetahui nilai energi ikatan dari kandungan senyawa pada

tanaman pepaya (C. papaya L.) dan Meniran (P. niruri L.) yang berpotensi
menghambat Methionine Aminopeptidase (MetAP) dari bakteri
Mycobacterium tuberculosis.
2. Untuk mengetahui interaksi dari kandungan senyawa pada tanaman pepaya
(C. papaya L.) dan Meniran (P. niruri L.) yang berpotensi menghambat
tuberculosis.
4
1.4 Manfaat Penelitian
Hasil penelitian ini diharapkan dapat memberikan manfaat sebagai
berikut :
1. Bagi peneliti sendiri, diharapkan dapat menambah ilmu pengetahuan,

keterampilan serta keahlian dalam mempelajari penelitian menggunakan
metode in silico yaitu pemodelan homologi dan penambatan molekul.
2. Bagi institusi, diharapkan dapat menambah referensi data penelitian
sehingga dapat digunakan sebagai acuan untuk pengembangan penelitian
selanjutnya.
3. Bagi ilmu pengetahuan, diharapkan dapat dijadikan sebagai masukan ilmu
baru dibidang perkembangan ilmu pengetahuan tentang penambatan
molekul terkait dengan penemuan target dari suatu penyakit sehingga
menjadi dasar dikembangkan penelitian selanjutnya.
4. Bagi masyarakat, diharapkan dapat memberikan informasi ilmiah mengenai
senyawa obat baru yang berpotensi dalam pengobatan Mycobacterium
tuberculosis.
5
BAB II. TINJAUAN PUSTAKA
2.1 Mycobacterium tuberculosis
a. Definisi
Tuberkulosis merupakan infeksi bakteri kronik yang disebabkan oleh
mycobakterium tuberculosis dan ditandai oleh pembentukan granuloma pada
jaringan yang terinfeksi dan oleh hipersensitivitas yang diperantarai sel
(cellmediated hypersensitivity) (Pribadi dkk, 2020).
Tuberkulosis adalah penyakit saluran nafas yang disebabkan oleh
Mycobacterium tuberculosis, yang berkembang biak di dalam bagian tubuh
dimana terdapat banyak aliran darah dan oksigen. Infeksi bakteri ini biasanya
menyebar melewati pembuluh darah dan kelenjar getah bening, tetapi secara
utama menyerang paru-paru. Sebagian besar kuman TB menyerang paru tetapi
dapat juga mengenai organ tubuh lain (Butarbutar, 2018).
M. tuberculosis termasuk bakteri gram positif dan berbentuk batang. Kuman
ini mempunyai sifat khusus, yakni tahan terhadap asam pada pewarnaan, hal ini
dipakai untuk identifikasi dahak secara mikroskopis sehingga disebut sebagai
basil tahan asam (BTA). M. tuberculosis cepat mati dengan matahari langsung,
tetapi dapat bertahan hidup pada tempat yang gelap dan lembab. Kuman dapat
dormant atau tertidur sampai beberapa tahun dalam jaringan tubuh (Anggoro,
2015).
Mycobacterium tuberculosis (Mtb) adalah mikobakteri penyebab utama
tuberkulosis pada manusia. Mtb terkadang disebut sebagai tubercle bacillus.
Bakteri ini bersifat non-motil (tidak dapat bergerak sendiri) dan memili panjang 1-
4 μm dan lebar 0,3-0,56 μm. Mtb merupakan organisme obligate aerobe yang
berarti membutuhkan oksigen untu tumbuh. Oleh karena itu, kompleks Mtb
banyak ditemukan di lobus paru-paru bagian atas yang dialiri udara dengan baik.
Selain itu, Mtb merupakan parasite intraseluler fakulatif yang berarti pathogen
yang hidup dan memperbanyak diri di dalam sel hospen maupun luar sel hospen
(sel fagositik), khususnya makrofag dan monosit (Irianti dkk, 2016).
Ciri khas mikobakteri adalah adanya selubung sel yang memiliki kandungan
lipid yang tinggi dan terdiri dari 40% berat selubung. Semua spesies mikobakteri
6
menghasilkan kelas asam lemak alkil, hidroksi yang memiliki berat molekul
tinggi (60–90 karbon). Asam mikolat, 2-alkil, 3-hidroksi asam lemak rantai
panjang, adalah ciri khas dari dinding sel Mtb. Asam mikolat disusun dalam
bentuk bilayer yang berhubungan dengan lipid dinding sel untuk berfungsi
sebagai penghalang permeabilitas cairan yang rendah (Ghazaei, 2018).
Gambar 2.1 Struktur Bakteri Mycobacterium Tuberculosis

(Sumber : (Kalscheuer dkk, 2019)).
Salah satu keunggulan program kelangsungan hidup mikobakteri adalah

kompleksitas selubung sel, yang kaya akan lipid dan polisakarida dengan struktur
kimia yang unik. Selubung sel mikobakteri terdiri dari empat lapisan utama: (i)
membran plasma atau membran dalam (IM), (ii) kompleks peptidoglikan-
arabinogalaktan (AGP), (iii) membran luar asimetris (OM) atau “mikomembran”,
dan (iv) Kapsul terluar. Komponen kapsul Mycobacterium tuberculosis utama
adalah polisakarida netral, diikuti oleh protein dan jumlah lipid yang lebih rendah.
Oleh karena itu, kapsul mikobakteri dapat didefinisikan sebagai kapsul perifer
yang terdiri dari EPS dengan kemampuan untuk tetap melekat lemah pada
permukaan sel (Kalsceuer dkk, 2019) .
7
b. Siklus Hidup
Gambar 2.2 Penggambaran sederhana dari siklus Mtb.

(Sumber : (Hoagland dkk, 2017)).
Infeksi Mtb dimulai pada paparan paru, mengikuti inhalasi basil aktif dari
lingkungan sekitarnya. Risiko tertular sangat dipengaruhi oleh banyak faktor,
yang sebagian besar berasal dari kondisi tempat tinggal dan pekerjaan. Kepadatan
populasi, cuaca, durasi dan intensitas paparan Mtb (tempat tinggal dan lingkungan
kerja yang sempit dengan ventilasi yang buruk), serangkaian faktor virulensi yang
unik untuk organisme yang menginfeksi, dan imunokompetensi relatif dari calon
inang adalah semua variabel yang terkait dengan kematian. untuk infeksi Mtb.
Infeksi awal terjadi ketika pembawa mengekspos Mtb ke udara melalui
batuk. Tetesan kecil dikeluarkan dari paru-paru yang mengandung sejumlah kecil
organisme individu (<10) yang harus dihirup jauh ke dalam paru-paru. Pada titik
ini makrofag inang di paru-paru mencoba untuk memfagosit patogen (Gambar.
2.2. A) dan mengangkutnya melintasi epitel alveolar dan masuk ke paru-paru. Ini
memicu respons proinflamasi yang akan mengikat sel imun lain untuk membentuk
granuloma yang dienkapsulasi, yang merupakan respons imun tipikal terhadap
patogen. Pada titik ini, sebagian besar muatan bakteri terkandung di dalam
makrofag berbusa (Gambar. 2.2. B), yang mulai melapisi bagian luar granuloma.
Ketika granuloma pertama kali terbentuk, vaskularisasinya baik dan terdapat
banyak sel imun (Gambar. 2.2.C), yang meningkatkan kemampuan obat untuk
mencapai infeksi dan sistem kekebalan inang untuk melawan patogen. Saat
granuloma terus menjadi dewasa sebagai respons imun yang tak konstan, dinding
8
luar mulai mengeras dengan kapsul fibrosa yang tebal, dan inti bagian dalam
ditutupi dengan sel-sel imun. Makrofag berbusa melapisi bagian luar lesi ini,
menyebabkan sel-sel mati dan kaseum berkembang menjadi nukleus dan
menyumbat pembuluh darah yang tersisa. Pada titik ini, granuloma dianggap
nekrotik, dan basil berada di ekstraseluler dalam kaseum ini dan dapat memasuki
keadaan dorman (Gambar.2.2.D). Lesi granuloma nekrotik (juga dikenal sebagai
tuberkel) membuat penetrasi obat sulit dan membuat model infeksi tikus yang
tidak merekapitulasi patologi kompleks ini pengganti yang buruk untuk penyakit
manusia. Setelah bertahun-tahun atau dalam kasus gangguan sistem kekebalan,
granuloma akan menyatu ke saluran udara paru-paru dan pecah, melepaskan
patogen untuk menyebar ke jaringan baru dan inang baru (Gambar.2.2.E).
Masing-masing titik dalam siklus hidup Mtb ini memiliki lingkungan mikro yang
berbeda yang dapat mempengaruhi kerentanan obat. Misalnya, berbagai derajat
pembuluh darah mengakibatkan aliran darah yang lebih rendah, penurunan kadar
oksigen, dan perbedaan pH dalam cairan intra/ekstraseluler yang dapat
mempengaruhi ionisasi atau aktivasi obat, target obat di Mtb dapat dimatikan,
tergantung pada tahap replikasi (laten vs. mereplikasi secara aktif), dan
kemampuan obat untuk menembus jaringan dan membran yang dibutuhkan untuk
mencapai mikobakteri (Hoagland dkk, 2017).
c. Patifisiologi
Individu terinfeksi melalui droplet nuclei dari pasien TB paru ketika
pasien batuk, bersin, tertawa. Droplet nuclei ini mengandung basil TB dan
ukurannya kurang dari 5 mikron dan akan menyebar di udara. Saat
Mikobakterium tuberkulosa berhasil menginfeksi paru-paru, maka dengan segera
akan tumbuh koloni bakteri yang berbentuk globular. Biasanya melalui
serangkaian reaksi imunologis bakteri TB paru ini akan berusaha dihambat
melalui pembentukan dinding di sekeliling bakteri itu oleh sel-sel paru.
Mekanisme pembentukan dinding itu membuat jaringan di sekitarnya menjadi
jaringan parut dan bakteri TB paru akan menjadi dormant (istirahat). Bentuk-
bentuk dormant inilah yang sebenarnya terlihat sebagai tuberkel pada
9
pemeriksaan foto rontgen. Sistem imun tubuh berespon dengan melakukan reaksi
inflamasi. Fagosit (neutrophil dan makrofag) menelan banyak bakteri:
limpospesifik-tuberculosis melisis (menghancurkan) basil dan jaringan normal.
Reaksi jaringan ini mengakibatkan penumpukan eksudat dalam alveoli,
menyebabkan bronko pneumonia dan infeksi awal terjadi dalam 2-10 minggu
setelah pemajanan (Darliana, 2011).
Interaksi antara Mtb dengan sistem kekebalan tubuh pada masa awal infeksi
membentuk granuloma. Granuloma terdiri atas gumpalan basil hidup dan mati
yang dikelilingi oleh makrofag. Granuloma diubah menjadi massa jaringan-
jaringan fibrosa, Bagian sentral dari massa tersebut disebut ghon tuberculosis dan
menjadi nekrotik membentuk massa seperti keju. Hal ini akan menjadi klasifikasi
dan akhirnya membentuk jaringan kolagen kemudian bakteri menjadi dorman.
Setelah infeksi awal, penyakit aktif dapat berkembang karena gangguan atau
respon yang tidak memadai dari sistem imun. Penyakit dapat juga aktif dengan
infeksi ulang dan aktivasi bakteri dorman dimana bakteri yang sebelumnya tidak
aktif kembali menjadi aktif. Selanjutnya, ghon tubercle memecah sehingga
menghasilkan necrotizing caseosa (seperti keju) di dalam bronkus. Bakteri
kemudian menjadi tersebar di udara, mengakibatkan penyebaran penyakit lebih
jauh (Mar'iyah dan Zulkarnain, 2021).
d. Manifestasi Klinik
Diagnosis klinis adalah diagnosis yang ditegakkan berdasarkan ada atau
tidaknya gejala pada pasien. Pada pasien TB paru gejala klinis utama adalah batuk
terus menerus dan berdahak selama 3 minggu atau lebih. Gejala tambahan yang
mungkin menyertai adalah batuk darah, sesak nafas dan rasa nyeri dada, badan
lemah, nafsu makan menurun, berat badan turun, rasa kurang enak badan
(malaise), berkeringat malam walaupun tanpa kegiatan dan demam/meriang lebih
dari sebulan (Safithri, 2011). Penderita TB paru akan mengalami berbagai
gangguan kesehatan, seperti batuk berdahak kronis, demam, berkeringat tanpa
sebab di malam hari, sesak napas, nyeri dada, dan penurunan nafsu makan.
Semuanya itu dapat menurunkan produktivitas penderita bahkan kematian. Pasien
10
TB paru juga sering dijmpai konjungtiva mata atau kulit yang pucat karena
anemia, badan kurus atau berat badan menurun (Darliana, 2011).
Pemeriksaan fisik pasien sering tidak menunjukkan suatu kelainan terutama
pada kasus-kasus dini atau yang sudah terinfiltrasi secara asimtomatik. Pada TB
paru lanjut dengan fibrosis yang luas sering ditemukan atrofi dan retraksi otot-otot
interkostal. Bila TB mengenai pleura, sering terbentuk efusi pleura sehingga paru
yang sakit akan terlihat tertinggal dalam pernapasan, perkusi memberikan suara
pekak, auskultasi memberikan suara yang lemah sampai tidak terdengar sama
sekali. Dalam penampilan klinis TB sering asimtomatik dan penyakit baru
dicurigai dengan didapatkannya kelainan radiologis dada pada pemeriksaan rutin
atau uji tuberkulin yang positif (Safithri, 2011).
Pengobatan TB yang direkomendasikan oleh WHO saat ini adalah DOT
(Directly Observed Treatment). Rejimen standar DOT mengharuskan pasien
untuk memakai isoniazid, rifampisin (rifampisin atau rifabutin), pirazinamid, dan
etambutol selama dua bulan diikuti oleh empat sampai tujuh bulan isoniazid dan
rifampisin. Namun, karena beban pil yang meningkat pada individu koinfeksi ini,
ketidakpatuhan terhadap rejimen pengobatan yang menimbulkan banyaknya
resistensi obat TB sehingga membatasi efektivitas terapi saat ini (John dkk, 2016).
Gambar 2.3 Garis waktu dan evolusi terapi untuk tuberculosis

(Sumber : (Bhat dkk, 2018)).
11
2.2 Reseptor Methionine Aminopeptidase (MetAP)
Methionine Aminopeptidase (MetAP) merupakan enzim yang ditemukan
di sel prokariotik dan eukariotik dengan melakukan modifikasi paskatranslasi
penting dari protein yang baru disintesis (Lu dkk, 2010). Fungsi dan pentingnya
MetAP telah ditunjukkan pada beberapa organisme seperti Escherichia coli,
Salmonella typhimurium, dan Mycobacterium tuberculosis, dimana knockdown
gen MetAP menyebabkan kematian atau penurunan kelangsungan hidup bakteri
(John dkk., 2016). Oleh karena itu, MetAP adalah target yang menjanjikan untuk
mengembangkan obat baru melawan infeksi bakteri, termasuk bakteri resisten
obat penyebab TB (Lu dkk, 2010).
a. b.
Gambar 2.4 Struktur Reseptor MetAP dengan Kode PDB : 3IU7 (a) & 3IU9 (b)
(https://www.rcsb.org/structure/3iu7)
Mekanisme kontrol ko-translasi pada MetAP dilestarikan dalam semua

bentuk kehidupan dari bakteri hingga vertebrata tinggi dan tanaman. Ada dua
kelas enzim MetAP—MetAP1 dan MetAP2 dan manusia memiliki keduanya.
MetAP1, yang lebih umum diprokariota, dibagi lagi menjadi empat subtipe-
MetAP1a, b, c dan d. Bakteri gram negative E. coli dan S. typhimurium, misalnya,
memiliki satu salinan MetAP1a dan fungsinya terbukti sangat diperlukan untuk
kelangsungan hidup. Mycobacterium tuberculosis (seperti actinobacteria lainnya)
memiliki dua gen MetAP1: MetAP1a (petaA, Rv0734 di H37Rv, Mb0755 di
dalam M. bovis) dan MetAP1c (MAPB, Rv2861c, Mb2886c). Perbedaan utama di
antara keduanya adalah tambahan N-terminal peregangan 40 asam amino di
MapB yang diduga berperan dalam interaksi dengan ribosom (Vanunu dkk, 2019).
12
2.3 Tanaman Pepaya (Carica papaya L.)
a. Deskripsi
Carica pepaya L. (Caricaceae), spesies tanaman yang penting secara
medis, termasuk dalam genus Carica, juga disebut sebagai pepaya. Menurut
Daftar Tanaman, genus Carica telah menerima 23 spesies ilmiah dan 02 tidak
ditempatkan dalam kelompok utama Angiospermae. Pohon pepaya merupakan
salah satu jenis tumbuhan herba tropis, berongga, silindris, tumbuh cepat, tersebar
luas di alam. Tanaman pepaya berasal dari Amerika Tengah dan sekarang tumbuh
di daerah tropis di seluruh dunia, terutama di Afrika dan Asia. Pepaya berfungsi
sebagai makanan, bantuan memasak, dan digunakan sebagai etnomedis untuk
mencegah dan mengobati berbagai penyakit dan gangguan (Kaur dkk, 2018).
Gambar 2.5 Khasiat pengobatan tanaman pepaya

(Sumber : (Kaur dkk, 2018)).
Tanaman C. papaya biasanya tumbuh sebagai tanaman bertangkai tunggal

dengan tajuk daun palmate yang sangat besar menjulang dari ujung batangnya,
namun tanaman ini dapat berubah menjadi bertangkai banyak setelah dipatahkan.
Dalam kondisi optimal, pohon pepaya dapat mencapai ketinggian 8-10 m tetapi
dalam budidayanya biasanya akan dimusnahkan begitu mencapai ketinggian yang
mempersulit pemanenan buah. Genom yang relatif kecil dari spesies ini
menunjukkan kekhasan pada kelompok gen utama yang terlibat dalam ukuran sel
dan lignifikasi, ekonomi karbohidrat, respon fotoperiodik, dan metabolit sekunder
yang menempatkan pepaya pada posisi perantara antara tumbuhan dan pohon.
13
Tanaman mungkin memiliki dua puluh lima hingga empat puluh daun dan
umumnya, daun di sekitar batang memberikan struktur seperti payung (Kaur dkk,
2018).
Buah pepaya siap panen sekitar lima sampai delapan bulan setelah
perkecambahan biji yang biasanya sekitar lima sampai enam bulan setelah
berbunga. Ukuran buah rata-rata berkisar antara 7-30 cm dan beratnya bervariasi
dari sekitar 250 hingga 3000 g. Buah dari pohon betina biasanya berbentuk bulat
meskipun hal ini juga tergantung pada varietas dan dapat dipengaruhi oleh faktor
lingkungan terutama suhu yang dapat memodifikasi morfologi bunga selama
perkembangan awal bunga. Buah pepaya matang memiliki kulit yang halus dan
tipis berwarna kuning hingga orang, tergantung pada ketebalan daging kultivar
juga bervariasi dari 1,5 hingga 4 cm yang mengandung banyak biji bulat abu-abu
kehitaman yang biasanya berdiameter sekitar 5 mm (Daagema dkk, 2020).
b. Klasifikasi
Klasifikasi tanaman pepaya (Carica papaya L.) adalah sebagai berikut :
(Kaur dkk, 2018).
Regnum : Plantae
Divisi : Magnoliophyta
Kelas : Magnoliopsida
Bangsa : Brassicales
Suku : Caricaceae
Marga : Carica
Spesies : Carica papaya L.
c. Kandungan Kimia
Kandungan kimia daun pepaya antara lain adalah alkaloid (karpain,
pseudokarpain), karpoksida, saponin, flavonoid dan juga mengandung enzim
papain. Flavonoid dilaporkan dapat mempunyai aktivitas hepatoprotektif (Sunarni
dkk, 2013). Tanaman pepaya telah diperkaya dengan berbagai fitokimia seperti
terpenoid, flavonoid, alkaloid, karotenoid, glikosida, vitamin dan karbohidrat
(Kaur dk., 2018). Daun pepaya memiliki beberapa senyawa antimikroba seperti
14
papain, tanin, alkaloid, flavonoid, fenol, saponin, dan steroid dalam menghambat
pertumbuhan bakteri Bacillus subtilis, Salmonella typhi, Pseudomonas
fluorescens, Clostridium tetani, Escherichia coli, Proteus vulgaris,
Staphylococcus aureus, dan Shigella dysenteriae (Hasriyani dkk, 2021). Biji
pepaya mengandung senyawa seperti tokoferol, flavonoid, terpenoid, alkaloid
seperti karpain, dan berbagai enzim seperti enzim papain dan lisozim (Salsabila
dkk, 2021).
d. Manfaat Tanaman
Tumbuhan pepaya dapat dimanfaatkan sebagai obat tradisional pada
bagian daun dan akarnya. Pepaya dikenal dengan tanaman yang mengandung zat-
zat bakteriosidal yang dapat menghambat pertumbuhan bakteri. Daun pepaya
memiliki sifat-sifat bakteriosidal hal tersebut diakibatkan kandungan antioksidan
dalam daun pepaya tersebut. Flavonoid merupakan senyawa pereduksi yang baik,
menghambat banyak reaksi oksidasi, baik secara enzim maupun non enzim.
Flavonoid merupakan golongan terbesar senyawa fenol. Mekanisme kerja
flavonoid berfungsi sebagai antibakteri dengan cara membentuk senyawa
kompleks terhadap protein extraseluler yang mengganggu keutuhan membran sel
bakteri. Mekanisme kerjanya dengan cara mendenaturasi protein sel bakteri dan
merusak membran sel tanpa dapat diperbaiki lagi (Anggoro, 2015).
Kandungan karpain, terpenoid dan flavonoid dalam biji pepaya telah diteliti
terdapat aktivitas antibakteri yang dapat membunuh bakteri dengan merusak
integritas membran sel bakteri. Mekanisme senyawa steroid antibakteri
berhubungan dengan membran lipid dan sensitivitas komponen steroid yang
menyebabkan kebocoran pada liposom bakteri (Salsabila dkk, 2021).
Daun pepaya memiliki manfaat dalam pengobatan yang sangat beragam
karena kandungan senyawa aktif seperti papain, karotenoid, alkaloid,
monoterpenoid, flavonoid, mineral, vitamin, flukosinolat, dan karposida yang
diduga berperan sebagai antikanker, antioksidan, antidiabetes, antiinflamasi,
antibakteri, antimalaria, antidengue, dan penyembuhan luka. ekstrak etanol daun
pepaya berpengaruh terhadapa zona hambat bakteri Bacillus subtillis dengan
15
kategori yang dihasilkan pada konsentrasi 100µg/ml adalah 8,6 mm. Ekstrak
etanol biji pepaya berpotensi untuk dijadikan antibakteri alami (Hasriyani dkk,
2021).
Studi Kavuri dkk. menganalisis dan memeriksa kerentanan Mycobacterium
tuberkulosis terhadap ekstrak etanol biji dan daun C. papaya. Hasilnya, uji
pewarna Alamar Blue dan bioassay in-vitro menunjukkan aktivitas anti-TB
terhadap galur klinis Mycobacterium tuberculosis yang resistan terhadap obat.
Kesimpulannya, daun dan biji tanaman menunjukkan aktivitas anti-TB karena
adanya senyawa jenis flavonoid (quercetin, kaempferol) dan glukosinolat (benzyl
isothiocyanate) (Kaur dkk, 2018).
2.4 Tanaman Meniran (Phyllanthus niruri L.)

a. Deskripsi
Tumbuhan herba meniran (Phyllanthus niruri L.) merupakan salah satu
jenis tumbuhan obat yang memiliki banyak manfaat dan memiliki potensi
digunakan sebagai bahan baku minuman fungsional alami atau obat tradisional
untuk penyembuhan berbagai penyakit (Rahmah, 2021).
Salah satu spesiesnya yaitu P. niruri Linn. meniran hijau (P. niruri L.)
merupakan tumbuhan terna liar, berasal dari Asia dan kini telah hingga Benua
Afrika, Australia, dan Amerika. Meniran hijau (P. niruri L.) dapat hidup di
daratan mana saja baik di tempat berbatu, tempat lembab seperti di sepanjang
saluran air, ataupun di antara rumput dan semak-semak. Meniran hijau juga
tumbuh di dataran tinggi hingga ketinggian 1000 m dpl (Ervina dan Yatin, 2019).
Meniran (P. niruri L.) memiliki ciri-ciri morfologi antara lain: Daun
Majemuk, berseling, anak daun 15-24, berbentuk bulat telur, ujung tumpul,
pangkal membulat, panjang ± 1,5 cm, lebar ± 7 mm, tepi rata, dan berwarna hijau.
Batang berbentuk bulat, berbatang basah dengan tinggi kurang dari 50 cm, tidak
berambut, hijau, diameternya ± 3 mm. Bunga tunggal, terdapat pada ketiak daun
menghadap ke arah bawah, menggantung, berwarna putih, daun kelopak bentuk
bintang, benang sari dan putik tidak nampak gelas, mahkota bunga kecil,
berwarna putih. Buahnya kotak, bulat pipih, licin, diameter ± 2 mm, berwarna
16
hijau keunguan. Kulit buah terdiri dari 1 lapis sel epidermis, bentuk pipih dengan
dinding luar cembung, kutikula berbintik. Bijinya kecil, keras, berbentuk ginjal
dan berwarna coklat. Akarnya merupakan akar tunggang dan berwarna putih
(Rahmah, 2021).
Gambar 2.6 Tanaman meniran (P. niruri L.) (Perdana, 2022).
b. Klasifikasi
Klasifikasi tanaman meniran (P. niruri L.) adalah sebagai berikut:
(Ervina dan Yatin, 2019).
Regnum : Plantae
Divisi : Spermatophyta
Kelas : Dicotyledoneae
Ordo : Euphorbiales
Famili : Euphorbiaceae
Genus : Phyllanthus
Species : Phyllanthus niruri L.
c. Kandungan Kimia
Senyawa metabolit sekunder yang terkandung dalam tumbuhan meniran
(P. niruri L.) antara lain, zat filantin, hipofilantina, kalium, mineral, damar, dan
zat penyamak. Selain itu meniran (P. niruri L.) mengandung senyawa golongan
minyak atsiri, flavonoid, zat pahit arbutin, glikosida antrakuinon, senyawa
golongan fenol, dan tanin. Meniran (P. niruri L.) juga mengandung senyawa
alkoloid, triterpen, steroid dan garam kalsium. Bahan yang paling aktif dari
kandungan senyawa kimia pada meniran (P. niruri L.) adalah Geraniin, niruriside
dan phyllanthin (Rahmah, 2021).
17
Tumbuhan meniran mengandung beberapa konstituen fitokimia seperti
alkaloid dan fenol yang tinggi, flavonoid, terpenoid, steroid, cardiac glycosides,
saponin, tanin, glikosida dan sianogenik. Analisis menunjukkan bahwa P. niruri
mengandung kandungan karbohidrat dan serat yang tinggi. Beberapa senyawa
kimia yang penting diisolasi dari P. niruri seperti phyllanthin, hypophyllanthin,
niranthin, nirtetralin, phyltetralin, phyllangin, nirphilin, phyllnirurin dan corilagin.
Senyawa ini bertanggung jawab atas beberapa kegiatan farmakologis. Tanaman P.
niruri ini mengandung saponin dan tanin dengan tingkat tinggi dan glikosida
sianogen yang rendah (Perdana, 2022).
d. Manfaat Tanaman
Herba meniran memiliki khasiat untuk meningkatkan kembali aktivitas
respon sistem imun atau biasa disebut dengan imunomodulator. Kandungan
flavonoid dari meniran mampu menstimulir (merangsang) kekebalan tubuh.
Flavonoid rutin dan kuersetin dikenal memiliki khasiat sebagai antikarsinogen
atau dapat berperan sebagai penghambat kanker. Selain itu, Flavonoid kuersetin
pada meniran terbukti mampu menghambat dari sintesis histamin yang merupakan
mediator penting pada penyakit dermatitis alergika (eksim). Meniran juga terbukti
mampu mengurangi kerusakan jaringan pada penderita alergi kulit selain itu
kandungan nirurin dan kuersetin yang terdapat di dalam meniran akan mampu
berkhasiat sebagai peluruh air seni (diuretik). Filantin, hipofilantin, vitamin K,
tanin dan damar berperan meningkatkan sistem kekebalan tubuh dan sebagai
hepatoprotektor (Perdana, 2022).
Tumbuhan herba meniran (P. niruri L.) merupakan salah satu jenis
tumbuhan obat yang memiliki banyak manfaat, utamanya efek antibakteri
terhadap bakteri penyebab penyakit. Khasiat antibakteri tumbuhan obat
disebabkan oleh kandungan kimia yang terdapat di dalam bagian tubuh tumbuhan.
Meniran (P. niruri L.) memiliki kandungan kimia berupa metabolit sekunder yang
bersifat bioaktif dapat menghambat pertumbuhan bakteri. kandungan flavonoid
pada meniran (P. niruri L.) memiliki efektivitas sebagai antibakteri, antiviral, dan
immunomodulator atau peningkatan fungsi imunitas tubuh (Rahmah, 2021).
18
Herba meniran memiliki khasiat sebagai immunomodulator yang sangat
efektif dalam mengobati penyakit TBC. Penelitian sepanjang tahun 2000 yang
dilakukan oleh dr. Zulkifi Amin, pakar imunologi TBC dari Fakultas Kedokteran
Universitas Indonesia, menunjukkan bahwa meniran sangat efektif untuk
mengurangi jumlah bakteri tahan asam (BTA, salah satu indikator TBC) (Sahulika
dkk, 2012).
2.5 Penemuan Obat Baru

Proses penemuan obat baru meliputi proses sintesis dari beberapa struktur
kimia. Dengan kemajuan di bidang komputasi, maka komputer dapat digunakan
dalam mengoptimasi aktivitas, geometri dan reaktivitas, sebelum senyawa
disintesis secara eksperimental. Teknik yang digunakan dalam penyelidikan
struktur dan sifat molekul menggunakan kimia komputasi dan teknik visualisasi
grafis dalam menampilkan gambaran tiga dimensi dalam sistem kimia dikenal
dengan pemodelan molekul. Oleh karena itu, docking sangat berperan penting
dalam hal desain obat rasional (Pratama dkk, 2017).
Proses penemuan obat adalah suatu proses yang panjang dan memerlukan
biaya yang relatif besar. Diperkirakan dibutuhkan waktu 10-15 tahun dengan
biaya 500-800 juta USD sampai suatu obat dapat dipasarkan. Proses penemuan
dan pengembangan obat dimulai dari identifikasi target obat sampai tahap
pemasaran. Tahap-tahap penemuan dan pengembangan obat ditampilkan pada
gambar 2.5.
Gambar 2.7 Tahapan Penemuan dan Pengembangan Obat (Arba, 2019).
Identifikasi target aksi obat adalah proses penemuan dan isolasi target
molekuler yang biasanya berupa protein untuk mengetahui fungsi target tersebut
19
dan perannya dalam penyakit tertentu. Tahap Validasi target aksi obat merupakan
tahap untuk mengetahui hubungan suatu target aksi obat dengan penyakit tertentu,
serta bagaimana peran target tersebut dalam mengatur fungsi biologis dalam tubuh
ketika berikatan dengan molekul tertentu. Senyawa hit (hit compounding) adalah
senyawa yang dihipotesiskan memiliki aktivitas tertentu. Senyawa ini dapat
diidentifikasi melalui skrining virtual menggunakan komputer. Skrining virtual
untuk target tertentu menggunakan biasanya dilakukan pada suatu basis data yang
mengandung puluhan juta senyawa. Pada tahap identifikasi senyawa penuntun
(lead compound) senyawa hit yang diperoleh pada tahap sebelumnya diuji secara
eksperimen di laboratorium pada protein target yang spesifik. Dengan demikian
dapat diketahui potensi dan spesifitas senyawa terhadap target obat tertentu.
Optimasi senyawa penuntun. Pada tahap ini dilakukan peningkatan potensi dan
sifat fisikokimia (Kelarutan, Log P, dan lain-lain) senyawa melalui evaluasi
senyawa penuntun dan analognya. Pada tahap ini biasanya diketahui hubungan
struktur aktivitas sehingga dapat disintesis analog senyawa penuntun yang
memiliki potensi dan selektivitas yang lebih baik.
Tahap uji praklinik meliputi studi in vivo pada hewan coba untuk
mengetahui potensi dan toksisitas senyawa obat. Uji klinis adalah uji yang
dilakukan pada manusia. Tahap ini terdiri dari 3 fase, yaitu uji klinis fase I, uji
klinis fase II, dan uji klinis fase III. Uji klinik fase I dilakukan pada manusia
normal untuk mengetahui keamanan obat. Uji klinik fase II dilakukan pada
manusia dengan penyakit yang sama sesuai dengan yang ditargetkan kandidat
obat dengan tujuan utama untuk mengetahui efikasi, efek samping, dosis, sifat
farmakokinetik dan farmakodinamik kandidat obat. Uji klinik fase III sama
seperti uji klinik fase II, yaitu dilakukan pada manusia dengan penyakit yang
ditargetkan pada manusia dengan penyakit yang ditargetkan kandidat obat.
Perbedaannya adalah uji klinik fase III dilakukan pada manusia dengan jumlah
yang lebih besar bisa ratusan atau bahkan ribuan sampel. Pada tahap pemasaran
obat dipasarkan secara luas dii masyarakat. Biasanya dalam beberapa awal
pemasaran tetap dilakukan pemantauan terhadap obat menyangkut efikasi dan
keamanannya. Bisa saja suatu obat ditarik kembali jika ditemukan adanya
20
masalah tertentu yang mungkin masalah tersebut belum terdeteksi saat pengujian
obat di tahap-tahap selanjutnya (Arba, 2019).
2.6 Pengembangan Senyawa Obat

Uji praklinis dan uji klinis merupakan tahapan penting dalam penemuan dan
pengembangan obat. Pengujian praklinik merupakan persyaratan pengujian untuk
kandidat obat, dari mana informasi tentang efek farmakologis, karakteristik
farmakokinetik dan toksisitas, serta kandidat obat yang dapat diperoleh
(Hairunnisa, 2019).
Studi in silico sendiri merupakan metode yang digunakan pada
pengembangan senyawa obat dengan menggunakan media simulasi misalnya
komputer. Metode yang digunakan pada metode in silico tergantung pada
informasi yang didapat sebagai input dan tipe dari hasil yang dibutuhkan sebagai
output. Metode molecular docking atau penambatan molekuler diaplikasikan pada
beberapa tingkat dari proses pengembangan obat untuk tiga tujuan utama yaitu
memprediksi model ikatan dari ligan yang diketahui aktif, pencarian ligan baru
menggunakan in silico screening atau virtual screening dan memprediksi afinitas
ikatan dari beberapa seri senyawa aktif. Keunggulan dari in silico sendiri yaitu
biaya dan waktu yang dikeluarkan untuk proses desain senyawa dengan
menggunakan komputer relatif sedikit dan dapat diperoleh lebih banyak model
senyawa baru dengan biaya relatif murah dan mudah dilakukan (Ruslin dkk.,
2020).
2.7 Penambatan Molekul

Penambatan molekul atau molecular Docking merupakan suatu metode
desain obat berbasis struktur (structure-based drug design, SBDD) yang populer
dikalangan penelitian. Penambatan molekul adalah simulasi yang dilakukan untuk
memprediksi modus atau cara interaksi dua molekul baik antara protein-protein,
protein-DNA, atau protein-molekul kecil atau obat berdasarkan struktur kimianya.
Salah satunya melalui teknologi Computer-Aided Drug Design (CADD) atau
desain obat berbantukan komputer. Inti dari CADD adalah menggunakan
teknologi komputer untuk melakukan prediksi aktivitas dan sifat-sifat molekul
21
lainnya pada kandidat obat sebelum diuji di laboratorium (Arba, 2019).
Prinsip docking adalah teknik penempatan ligan ke dalam sisi aktif
reseptor yang dilanjutkan dengan evaluasi molekul berdasarkan konformasi
struktur dan sifat elektrostatik. Simulasi docking dapat dipergunakan untuk
memperoleh pengertian yang lebih baik terhadap mekanisme kerja suatu senyawa
kimia atau makromolekul seperti protein maupun peptida, dalam skala molekuler
sehingga dimungkinkan untuk mendesain obat berbasis struktur. Fungsi dari
Docking adalah mencakup pembuatan konformasi ligan-protein yang disebut
“posisi/pose” yang mungkin pada kantung ikatan protein. Secara umum program
Docking melakukan proses pencarian posisi denga pola ligan yang fleksibel dan
protein yang kaku. Setiap posisi dievaluasi (dinilai) berdasarkan bentuk dan
karakteristik seperti elektrostatik untuk menemukan posisi yang paling disukai
(Syahputra dkk, 2014).
Docking sering digunakan untuk memprediksi ikatan molekul kecil
pengenalan calon obat untuk target protein dengan memprediksi afinitas dan
aktivitas dari molekul kecil. Docking adalah interaksi penambatan antara ligan dan
protein dan digunakan untuk mempredisksi posisi dan orientasi ligan ketika
berikatan dengan reseptor protein. Pengetahuan orientasi yang disukai digunakan
untuk memprediksi kekuatan asosiasi atau afinitas mengikat antara dua molekul
menggunakan fungsi penilaian. Asosiasi antara molekul yang relevan secara
biologis seperti protein, nukleat asam karbohidrat, dan lipid memainkan peran
sentral dalam transduksi sinyal. Sehingga docking dapat digunakan untuk
memprediksi kekuatan dan jenis sinyal yang dihasilkan. Docking sering
digunakan untuk memprediksi orientasi pengikatan calon obat untuk target protein
mereka untuk memprediksi afinitas dan aktivitas molekul kecil. Karena itu
docking memainkan peran penting dalam desain obat yang rasional (Supriya dkk.,
2016).
Penambatan molekul bertujuan untuk menemukan posisi mengikat
optimal dan orientasi senyawa di sisi aktif dari protein. Sedangkan, untuk
mengetahui kunci ikatan obat dan reseptor dapat digunakan identifikasi
farmakofor. Penambatan molekular merupakan metode komputasi untuk
22
memprediksi hubungan apakah suatu senyawa mempunya aktifitas sebelum
diujikan. Tujuan dari penambatan molekuler adalah agar memahami juga dapat
memprediksi rekognisi molekuler. Metode yang menggunakan proses penambatan
molekuler yang akurat dapat memberikan keuntungaan dalam memangkas waktu,
energi, serta biaya yang dibutuhkan dibandingkan metode konvensional
(Rachmania dkk., 2016).
2.8 Sumber Informasi Database

Database adalah kumpulan informasi yang disimpan di dalam komputer
secara sistematik sehingga dapat diperiksa menggunakan suatu program komputer
untuk memperoleh informasi dari basis data tersebut. Database adalah
representasi kumpulan fakta yang saling berhubungan disimpan secara bersama
sedemikian rupa dan tanpa pengulangan (redudansi) yang tidak perlu, untuk
memenuhi berbagai kebutuhan. Database merupakan sekumpulan informasi yang
saling berkaitan pada suatu subjek tertentu pada tujuan tertentu pula (Helmud,
2021). Ligan dan reseptor yang dibutuhkan dalam proses docking ini diperoleh
dari database. Database yang digunakan antara lain :
a. PDB (Protein Data Bank)

Protein Data Bank (PDB) (PDB; http://www.rcsb.org/pdb) adalah salah
satu dari dua sumber arsip utama untuk data eksperimen yang merupakan pusat
penelitian dan pendidikan biologi dan biomedis di seluruh dunia (Arsip Data
Utama lainnya dalam biologi adalah Kolaborasi Basis Data Urutan Nukleotida
Internasional; insdc.org) (Burley dkk., 2018). Semua data yang dikumpulkan dari
deposan oleh PDB dianggap sebagai sebagai data primer (Goodsell dkk., 2020).
Data tersebut terdiri atas proyek yang menyumbangkan struktur, pengidentifikasi
target, nama protein, organisme sumber, status produksi (klon, ekspresi, dan
kristalisasi), referensi terkait, serta link untuk proyek terkait. Protein target dapat
dicari berdasarkan nama protein, nama pengidentifikasi target, sekuens yang
mirip, program, atau organism asal. Hasil yang disimpan dalam format pdb
(Syahputra dkk, 2014).
23
b. NCBI
NCBI (National Centre for Biotechnology Information) berfungsi sebagai
nomenklatur dan klasifikasi standar untuk International Sequence Database
(INSD) yang terdiri dari GenBank di NCBI, ENA di EBI/EMBL dan DDBJ di
NIG di Jepang. NCBI juga berfungsi sebagai sumber daya penting untuk
penelitian genomik, genetik, dan proteomic (Federhen, 2015). Situs NCBI dapat
diakses pada www.ncbi.nlm.nih.gov.
c. Pubchem
PubChem (https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov) merupakan sumber
informasi kimia yang berada di Pusat Informasi Bioteknologi Nasional AS
(NCBI). Sejak diluncurkan pada tahun 2004, PubChem telah berkembang menjadi
basis pengetahuan utama yang melayani komunitas penelitian biomedis di banyak
bidang, termasuk kimia, biologi kimia, kimia obat, dan penemuan obat. PubChem
adalah situs web kimia populer, dengan sekitar tiga juta pengguna interaktif unik
per bulan pada waktu penggunaan puncak. PubChem mengatur datanya menjadi
tiga database yang saling terkait: Substance, Compound, dan BioAssay (Kim dkk.,
2019).
d. Knapsack
Knapsack 3D (http://knapsack3d.sakura.ne.jp/) yang merupakan kumpulan
data molekul-molekul dalam bentuk 3 dimensi (3D). Knapsack Ketika diinstal
pada komputer pengguna, menyediakan alat untuk menganalisis kumpulan data
spektrum massa unik yang dibuat menurut format tertentu, serta untuk mengambil
informasi tentang metabolit dengan memasukkan nama metabolit, nama senyawa
organisme, berat molekul atau rumus molekul. Daftar metabolit yang terkait
dengan kelas taksonomi dapat diperoleh dengan pencarian dengan nama
taksonomi, dari mana informasi metabolit individu dapat diambil (Nakamura dkk.,
2022).
24
2.9 Perangkat Lunak
Perangkat lunak yang tersedia untuk proses docking dalam uji in silico
diantaranya adalah:
a. Schrodinger Maestro
Maestro Schrodinger merupakan perangkat lunak yang canggih untuk
simulasi kimia yang digunakan dalam penelitian farmasi, bioteknologi, dan ilmu
material. Maestro membantu peneliti mengatur dan menganalisis data sehingga
memungkinkan peneliti dalam menyelesaikan pekerjaan secara efisien (Shah dkk.,
2020).
Perangkat lunak maestro menyediakan alat glide untuk studi Docking
molekular untuk memvisualisasikan dan menafsirkan interaksi struktural tingkat
molekuler antara protein target dan ligan. Setelah jaringan reseptor dihasilkan,
statin digabungkan dengan bentuk dimer dari protein. Alat glide telah
menghasilkan konformasi ligan yang berbeda secara internal. Namun, satu pose
terbaik (konfirmasi) perligan dipresentasikan sebagai keluaran berdasarkan
efisiensi pengikatan, skor glide (G) (Toppo dkk., 2021).
b. Open Babel
Open Babel adalah perangkat lunak untuk mengubah beberapa format
berkas kimia. Selain itu, perangkat ini menyediakan berbagai fungsi berguna yaitu
pencarian konformer dan penggambaran 2D, penapisan, konversi batch, dan
pencarian substruktur dan kemiripan. Open Babel mendukung 111 format berkas
kimia, yang dapat membaca 82 format dan menulis 85 format. Perangkat ini
tersedia secara gratis dari http://openbabel.org (Boyle dkk., 2011).
2.10 Afinitas Ikatan (Binding Affinity) dan Modus Pengikatan

Analisis hasil penambatan molekul dapat dilihat dari nilai energi bebas
(binding affinity/ΔG°), dan interaksi yang dihasilkan dari proses penambatan
molekul masing-masing ligan. Dalam analisis molecular, penambatan molekul ini,
ditentukan pula konformasi kompleks antara ligan dengan reseptor enzim yang
didasarkan dari nilai energi bebas yang terendah. Hasil nilai ΔG° binding affinity
(kcal/mol) dilihat dari log file yang dapat dibuka dengan menggunakan notepad
25
(Rachmania dkk, 2016).
Energi ikat yang lebih rendah menandakan bahwa suatu senyawa tersebut
membutuhkan energi yang sedikit untuk melakukan pengikatan atau interaksi. Hal
tersebut dapat berarti bahwa nilai energi ikat yang lebih rendah dapat
meningkatkan potensi untuk melakukan pengikatan dengan protein target.
Konstanta inhibitor (Ki) merupakan indikasi seberapa kuat penghambatan substrat
dan inhibitor dalam mengikat enzim. Semakin kecil nilai Ki maka semakin besar
afinitas pengikatan untuk menghambat aktivitas suatu enzim (Dewi dan Sanjaya,
2017).
Afinitas ikatan pada interaksi ligan dengan reseptornya direpresentasikan
dalam bentuk energi ikatan atau energi bebas Gibbs (∆G). Interaksi ligan dengan
reseptornya akan terbentuk apabila kompleks yang dihasilkan memiliki energi
bebas Gibbs bernilai rendah (Kartitis dan Alexander, 2012). Semakin negatif nilai
∆G menunjukan tingkat kestabilan yang baik antara ligan dan reseptor, sehingga
ikatan yang terbentuk akan semkain kuat (Syahputra dkk, 2014).
Persamaan ∆G dapat dilihat pada persamaan (1) dan (2):
Kd
∆Gd = −RT ln C0 = ∆Hd− T∆Sd ………………………..(1)
Dimana, C0 =konsentrasi standar, R = ketetapan gas (8.3144 J K-1mol-1
sama dengan 1.9872 cal K-1mol-1), T= temperatur (Kelvin) serta ∆Hd, ∆Sd and ∆Gd
menununjukkan perubahan entalpi, entropi dan energi bebas Gibbs disosiasi.
Interaksi akan terjadi apabila ∆Gd bernilai positif. Pada persamaan (2),
menunjukkan perubahan energi bebas Gibbs asosiasi (∆Ga) dan akan terjadi
interaksi apabila ∆Ga bernilai negatif (Kastritis dan Alexandre, 2013).
∆Ga = ∆Gd……………………………………………………(2)
Energi afinitas yang dihasilkan melalui hasil penambatan merupakan
hasil interaksi antara ligan dengan reseptor (target). Dimana reseptor tersebut
memiliki sisi pengikatan yang dapat berikatan dengan ligan. Sisi pengikatan
reseptor merupakan sisi aktif yang dimiliki oleh suatu reseptor yang dapat
membentuk suatu senyawa, dimana dapat terbentuk suatu konformasi baru dari
ikatan yang muncul. Hal ini biasanya disebut dengan modus pengikatan (Kastritis
dan Alexandre, 2013).
26
2.11 Kerangka Konsep
Struktur 3D kandungan
Bakteri Mycobacterium
senyawa tanaman C. papaya L. tuberculosis
& P. niruri L.
Methionine
Aminopeptidase
(MetAP)
Diunduh melalui website
knapsack
http://knapsack3d.sakura.
Struktur 3D reseptor
ne.jp/ 3IU7 & 3IU9
Diunduh melalui
situs
http://www.rcsb.org
/pdb
Penambatan
Molekul
Ditambatkan menggunakan
Aplikasi Maestro
1. Energi ikatan
2. Modus pengikatan ligan
Keterangan :
: Variabel bebas
: Variabel terikat
Gambar 2.8 Kerangka Konsep Penelitian
BAB III. METODOLOGI PENELITIAN
27
3.1 Waktu dan Tempat
Penelitian ini dilakukan pada bulan Juli 2022 sampai bulan Oktober 2022
di Fakultas Farmasi Universitas Halu Oleo.
3.2 Jenis Penelitian

Penelitian ini termasuk dalam jenis penelitian eksperimental berbantukan
komputer.
3.3 Bahan Penelitian

Bahan yang digunakan dalam penelitian ini adalah struktur tiga dimensi dari
Methionine Aminopeptidase (MetAP) dengan kode PDB : 3IU7 & 3IU9 dalam
bentuk makromolekul yang diunduh dari Protein Data Bank dan struktur 3D dari
kandungan senyawa tanaman pepaya (Carica papaya L.) dan meniran
(Phyllanthus niruri L.) yang di unduh dari Knapsack.
Tabel 3.1 Struktur senyawa pada Carica papaya L.
No. Nama Senyawa Rumus Struktur dan Rumus Molekul

1. Gibberellin A1
GA1
C19H24O6
2. Gibberellin A3
GA3
C19H22O6
3. Gibberellin A35
GA35
28
C19H24O6
4. beta-Cryptoxanthin
C40H56O
5. Gibberellin A55
GA55
C19H24O7
6. Carpaine
C28H50N2O4
7. Danielone
29
C10H12O5
8. Antheraxanthin
(3R,5R,6S,3'R)-zeaxanthin
5,6-epoxide
C40H56O3
9. beta-Carotene 5,6-epoxide
5,6-epoxy-beta-Carotene
C40H56O
10. Mutatochrome
beta-carotene 5,8-epoxide
C40H56O
11. Benzyl isothiocyanate
C8H7NS
12. Benzylglucosinolate
Glucotropaeolin
30
Tropaeolin
C14H19NO9S2
13. Isopropylcyclohexane
C9H18
Tabel 3.2 Struktur senyawa pada Phyllanthus niruri L.
No Nama Senyawa Rumus Struktur dan Rumus Molekul

.
1. Phyllanthin
C24H34O6
2. Hypophyllanthin
C24H30O7
31
3. Hinokinin
(-)-Hinokinin
Hinoquinin
(-)-Hinoquinin
C20H18O6
4. Gallic acid
C7H6O5
5. beta-Glucogallin
C13H16O10
6. (-)-beta-Sitosterol
Sitosterol
beta-sitosterl
Stigmast-5-en-3beta-ol
C29H50O
7. Quercetin
C15H10O7
32
8. Astragalin
Kaempferol 3-O-beta-D-
glucoside
Kaempferol 3-glucoside
Kaempferol 3-O-beta-D-
Glucopyranos
C21H20O11
9. Kaempferol 4'- rhamnoside
C21H20O10
10. Fisetin 4'-glucoside
C21H20O11
11. Hirsutrin
Isoquercetin
Isoquercetrin
(-)-Isoquercetrin Quercetin
3-O-beta-D
glucopyranoside Querceti
C21H20O12
12. Quercetin
C21H20O11
33
13. Rutin Birutan
Quercetin 3-O-alpha-L-
rhamnopyranosyl-(1->6)-
beta-D-glucopyranoside
Quercetin 3-O-beta
C27H30O16
14. Nirurin
C32H40O15
15. Eriodictin
C21H22O10
16. 4-
Methoxynorsecurinine
C13H15NO3
17. Niranthin
34
C24H32O7
18. Nirtetralin
(+)-Nirtetralin
C24H30O7
19. Lintetralin
(+)- Lintetralin
C23H28O6
3.4 Alat Penelitian/Instrumen Penelitian

a. Perangkat Keras
Perangkat keras berupa LAPTOP-THBUOPT. dengan model sistem HP
Laptop 14s-fq0xxx spesifikasi Processor AMD Ryzen 3 3250U with Radeon
Graphics 2.60 GHz, RAM 8,00 GB (5,88 GB usable), sistem type 64-bit
Operation System, x64-based processor.
b. Perangkat Lunak
Perangkat lunak yang digunakan dalam penelitian ini antara lain yakni,
Open Babel dan Schrodinger 10.7.
3.5 Variabel
Variabel dalam penelitian ini yaitu:
a. Variabel bebas berupa kandungan senyawa Carica papaya L. & Phyllanthus
niruri L.
35
b. Variabel terikat berupa nilai energi bebas ikatan (ΔG) dari kandungan
senyawa Carica papaya L. & Phyllanthus niruri L. sebagai inhibitor
Methionine Aminopeptidase (MetAP).
3.6 Definisi Operasional

a. Pemodelan molekul adalah teknik menginvestigasi struktur dan sifat molecular
menggunakan metode kimia komputasi dan teknik visualisasi grafis dalam
upaya menghasilkan gambaran tiga dimensi yang diteliti dari suatu sistem
kimia.
b. Ligan uji adalah senyawa kandungan dari pepaya (C. papaya L.) dan meniran
(P. niruri L.).
c. Optimasi adalah proses penentuan struktur. Struktur yang stabil didapatkan
dengan menghitung nilai tolakan dari setiap gugus yang memberikan andil
yang penting dalam proses interaksi pada protein target.
d. Validasi metode penambatan molekul adalah proses yang dilakukan untuk
memastikan dan mengkonfirmasi bahwa metode penambatan molekul yang
dilakukan sudah sesuai dengan prosedur.
e. Penambatan molekul merupakan metode yang memprediksi satu atau dua
molekul ketika mengikat satu sama lain membentuk kompleks stabil yang
digunakan untuk memprediksi kekuatan ikatan atau afinitas bidding antara dua
molekul.
f. Enzim adalah biomolekul berupa proteinyang dapat mempercepat reaksi-reaksi
biologis tanpa mengalami perubahan struktur kimia.
g. Inhibitor adalah molekul atau zat yang dapat menghambat kerja enzim.
h. Reseptor adalah molekul protein yang mampu berikatan dengan molekul sinyal
tertentu dan menyebabkan respons di dalam sel.
i. Modus pengikatan ligan adalah interaksi antara ligand an protein beserta energi
ikatannya.
j. Afinitas ikatan merupakan nilai kekuatan interaksi antara protein dan ligan
yang semakin besar apabila nilainya semakin rendah.
36
3.7 Prosedur Penelitian
a. Pemilihan Sekuens
Sekuens target enzim Methionine Aminopeptidase (MetAP) diunduh dari
situs penyedia sumber informasi mengenai perkembangan molekuler yaitu NCBI
(National Centre for Biotechnology Information). NCBI mengembangkan
software penganalisis data genom dan membuat database yang dapat diakses oleh
publik melalui website https://www.ncbi.nlm.nih.gov/.
b. Pengunduhan dan Preparasi Reseptor

Struktur makromolekul 3D dari MetAP dapat diunduh dari situs penyedia
makromolekul http://www.rscb.org.pdb. Kemudian dimasukkan kode identitas
struktur tiga dimensi yang diinginkan (3IU7 & 3IU9) untuk diunduh. Data
makromolekul disimpan sebagai format PDB. Selanjutnya dilakukan preparasi
reseptor menggunakan Receptor preparation wizard Maestro.
c. Pengunduhan dan Preparasi Ligan Uji

Kandungan senyawa C. papaya L. & P. niruri L. serta turunannya dibuat
struktur tiga dimensi berdasarkan struktur senyawa yang telah ada. Struktur
kandungan senyawa C. papaya L. & P. niruri L. dapat di unduh melalui situs
penyedia yaitu website Knapsack (http://knapsack3d.sakura.ne.jp). Gambar
struktur senyawa disimpan otomatis dalam format .mol. Format .mol tidak dapat
di buka pada aplikasi maestro, maka perlu di convert ke format pdb terlebih
dahulu menggunakan aplikasi open babel. Selanjutnya dilakukan preparasi ligan
menggunakan model LigPrep pada maestro.
d. Preparasi Grid Box

Preparasi Grid Box dilakukan dengan menggunakan ”Reseptor Grid
Generation” yang merujuk pada situs pengikatan ligan alami. Prosedur ini
dilakukan pada protein atau reseptor yang telah dipreparasi sebelumnya.
e. Penambatan Molekul dengan Ligan

Penambatan molekul dilakukan dengan menggunakan Glide pada
Maestro. Proses penambatan dilakukan dengan menambatkan reseptor dengan
37
senyawa Morinda citrifolia L. & Carica papaya L. dan turunannya. Prosedur yang
perlu dilakukan dalam melakukan penambatan molekul yaitu terlebih dahulu
memasukkan file reseptor yang telah melalui proses penentuan sisi aktif dengan
reseptor grid generation, file ini terbentuk dalam format .zip (glide-grid.zip),
selanjutnya memasukkan file ligan yang telah di preparasi sebelumnya yang
terbentuk dalam format .maegz (Ligprep-out.maegz). Selanjutnya klik running
dan tunggu hingga proses penambatan molekul selesai.
f. Induced-Fit Docking
Metode induced-fit docking (IFD) untuk ligan alami FCD dan TO7 dengan
senyawa Carica papaya L. dan Phyllanthus niruri L. dilakukan menggunakan
perangkat lunak Schrodinger Maestro. Tahapannya diawali dengan menyiapkan
glide docking awal menggunakan potensial softened (van der Waals radii scaling).
Ligan ditambatkan ke protein kaku dalam menu Glide docking dengan skala jari-
jari van der Waals 0,7 untuk protein dan 0,5 untuk ligan. Pada menu prime
refinement ditetapkan rantai samping residu dalam 5 Å untuk setiap ligan yang
ditambatkan, dengan maksimal 20 pose dipertahankan untuk kemudian dipasang
kembali pada mode XP. Glide XP (Extra Precision) digunakan untuk semua
perhitungan docking. Afinitas pengikatan setiap kompleks dilaporkan dalam
Glidescore.
g. Analisis Hasil
Parameter hasil penambatan berupa energi bebas ikatan (ΔG) reseptor
ligan. ΔG merupakan parameter kestabilan konformasi antara ligan dengan
reseptor. Ligan reseptor yang saling berinteraksi akan cenderung berada pada
kondisi energi yang paling rendah, kondisi tersebut menyebabkan molekul akan
berada pada keadaan yang stabil sehingga semakin kecil harga ΔG interaksi ligan
dengan reseptor akan semakin stabil.
38
BAB IV. HASIL DAN PEMBAHASAN
Tuberkulosis (TB) disebabkan oleh infeksi Mycobacterium tuberculosis

(Mtb), dan bersifat patogen pada manusia (Lu dkk, 2012). Salah satu target yang
berpotensi dalam pengembangan obat TB adalah Metionin Aminopeptidase
(MetAP).
Metionin adalah salah satu dari 20 asam amino esensial proteinogenik yang
dibutuhkan untuk banyak proses biologis seperti sintesis poliamina dan metilasi
DNA. Hampir semua protein memiliki proses umum modifikasi terminal asam
amino untuk polipeptida yang ditemukan dalam sel (Pati, 2021).
Metionin aminopeptidase (MetAP) digunakan sebagai target yang
menjanjikan untuk pengembangan antibiotik baru karena sangat penting untuk
kelangsungan hidup bakteri. MetAP adalah metalloprotease yang menghilangkan
metionin N-terminal selama sintesis protein, salah satu langkah kunci dalam
pematangan protein (Hanane dkk, 2014). MetAP memiliki fungsi mendasar untuk
menghilangkan asam amino esensial metionin dari 60% hingga 70% protein N-
termini yang baru disintesis di setiap sel hidup (Bala dkk, 2019).
Penghapusan metionin N-terminal diperlukan untuk sebagian besar protein
seluler untuk menjalani modifikasi paska-translasi utama atau untuk menjaga
stabilitas. Selanjutnya, N-terminal methionine excision (NME) dilestarikan di
prokariota dan eukariota. Pada prokariota, MetAP berfungsi menghilangkan
metionin N-terminal dari protein yang baru lahir setelah aktivitas Peptide
deformylase (PDF) (John dkk, 2016). NME terjadi pada 55-70% protein yang
baru disintesis. PDF awalnya dianggap sebagai target obat yang menjanjikan;
namun, esensi PDF terbantahkan karena kemampuan organisme untuk memutasi
gen formiltransferase. Fungsi biologis MetAP pada Mtb diidentifikasi melalui
kombinasi pendekatan genetik dan kimiawi. Fungsi kritis MetAP dalam semua
bentuk kehidupan telah menjadikannya target yang menjanjikan untuk
menemukan agen antibakteri baru, termasuk TB yang resistan terhadap obat
(Onyenaka, 2022).
39
Hanane., dkk (2014) melakukan studi teoritis tentang interaksi yang terlibat
dalam penghambatan Mycobacterium tuberculosis metionin aminopeptidase oleh
beberapa molekul. Dalam penelitiannya ia menyaring berbagai kelas senyawa
yang diambil dari literatur menggunakan pendekatan komputasi untuk
pengikatannya ke MetAP (PDB ID : 3IU7). Didapatkan senyawa 5-{[(2,4-
diklorofenil) metil] sulfanil}-4H-1,2,4-triazol-3-amina (TO7) memiliki efek
penghambatan terbaik oleh MetAP. Analisis visual menunjukkan bahwa inhibitor
TO7 distabilkan oleh pembentukan dua ikatan hidrogen dengan residu His212
dan Asp131. Serta residu lain yang terlibat antara lain : Lys98, Mn286 dan
Mn287.
Penelitian yang dilakukan oleh Juhas., dkk (2022) tentang desain, sintesis
dan evaluasi biologis dari senyawa 3-substitusin-(tiazol-2-il)pirazin-2-
karboksamida sebagai inhibitor mycobacterial methionine aminopeptidase 1.
Senyawa tersebut ditambatkan dengan isoform MtMetAP 1 (PDB ID: 3IU7 &
3IU9). Dua struktur kristalografi yang berbeda dari MtMetAP1c digunakan untuk
menutupi fleksibilitas konformasi dari situs pengikatan protein. Konformasi
protein pada PDB ID: 3IU7 mirip dengan EcMetAP1 dalam hal konformasi yang
terlihat untuk rantai samping Phe211 (sesuai dengan Phe177) dan ukuran rongga
pengikatan diatur oleh posisi Trp255 (Trp221), yaitu konformasi "terbuka".
Sebaliknya, konformasi "tertutup" dari MtMetAP1c di PDB ID: 3IU9 memiliki
rongga pengikatan yang dibatasi secara spasial karena pergeseran Trp255 lebih
dalam ke situs aktif. Perubahan paling signifikan pada residu situs aktif adalah
penggantian Met192 dalam isoform 1a dengan Phe211 dalam isoform 1c. Karena
sebagian besar senyawa adalah turunan aromatik, dengan adanya pertukaran ini
senyawa menjadi lebih stabil di kantong pengikat. Asumsi ini dirasionalisasikan
untuk senyawa judul melalui eksperimen docking ke struktur kristal unik dari
isoform 1c, PDB ID: 3IU9. Penghambatan tinggi dari enzim terisolasi diamati
untuk 3-substitusin-(tiazol-2-il)pirazin-2-karboksamida, khususnya bila
substituen diwakili oleh benzamida tersubstitusi-2. Tingkat penghambatan sangat
tergantung pada kofaktor logam yang digunakan. Penghambatan tertinggi terlihat
dengan adanya Ni2+.
40
f-Metinit-AA2-AA3-
PDF formate
Eubacteria
Metinit-AA2-AA3-
MetAP
Metinit
AA2-AA3- Metinit-AA2-AA3-
AA2 = D,E,F,H,J,K,L,
Eukaryota
AA2 = A,C,G,P,S,T,V
M,N,Q,R,W,Y
(Ac)-CoA
NAT
CoA
(Ac)-Metinit-AA2-AA3-
(Myr)-Gly-AA3-AA4-AA5-[Ser/Thr]- (Ac)-AA2-AA3-AA4- AA2 = E,D,F,I,L,N,W

atau
AA3 = A,C,H,I,L,N,Q,S,T,V AA2 = G,A,S,T AA2-AA3 = M-N
If AA3 = G atau M kemudian
terjadi modifikasi heterogen
(Myr) dan (Ac).
Gambar 4. 1 Rangkuman kemungkinan modifikasi N-terminal ko-translasi. Modifikasi

N-terminal ko-translasi terjadi pada ribosom selama sintesis polipeptida dan sebagian
besar dikendalikan oleh sekuens pengenalan N-terminal dari polipeptida yang baru lahir
(yaitu metinit-AA2-AA3-, di mana AA adalah posisi-n dari asam amino). Persyaratan
substrat minimum untuk aktivitas setiap enzim modifikasi N-terminal dirangkum di
bawah modifikasi terminal-N yang dihasilkan. Sebagian besar protein dewasa memiliki
beberapa modifikasi N-terminal (Vetro dkk, 2004).
Metionin aminopeptidase diklasifikasikan menjadi dua jenis yang berbeda:

MetAP1 dan MetAP2 yang terakhir mengandung penyisipan asam amino 60 yang
membedakannya dari MetAP1. Lebih lanjut, fungsi dan pentingnya MetAP telah
ditunjukkan pada beberapa organisme termasuk Escherichia coli, Salmonella
typhimurium, dan Mycobacterium tuberculosis dimana penurunan gen MetAP
menyebabkan kematian atau penurunan viabilitas (John dkk., 2016). Prokariota
hanya mengekspresikan MetAP tipe 1 (MetAP1), sedangkan pada eukariota, ada
dua tipe, MetAP1 dan MetAP2. MetAP bertanggung jawab atas pembelahan
inisiatorn-metionin terminal dan dengan demikian terlibat dalam beberapa proses
regulasi (Juhas dkk., 2022).
Pentingnya MetAP pada prokariota menjadikannya target yang menarik
untuk pengembangan obat anti infeksi baru. Dibandingkan dengan prokariota
seperti E. coli, yang hanya memiliki satu gen penyandi MetAP (EcMetAP1),
Mycobacterium tuberculosis memiliki dua gen penyandi MetAP tipe 1:
MtMetAP1a dan MtMetAP1c dengan kesamaan urutan 33% pada tingkat protein.
41
Kemiripan dua isoform Mycobacterium dengan hMetAP1 dan hMetAP2 masing-
masing kurang dari 48% hingga 30% (John dkk., 2016).Kedua isoform telah
terbukti penting untuk kelangsungan hidup Mtb, tetapi hanya sedikit penelitian
yang terfokus ke isoform 1a. (Juhas dkk., 2022).
Sebagai metalloenzyme, MetAP1 dapat berfungsi dengan adanya berbagai
logam divalen antara lain: kobalt (CO2+), nikel (Ni2+), besi (Fe2+), seng (Zn2+) dan
mangan (Mn2+). Aktivitas katalitik MtMetAP1 dapat berbeda dengan adanya
kompleks logam yang berbeda dalam reseptor (Juhas dkk., 2022).
Ekspresi berlebih dari salah satu isoform baik MtMetAP1a maupun
MtMetAP1c dapat terjadinya resistensi Mtb serta penurunan gen MtMetAP1a
dapat menurunkan pertumbuhan Mtb. Namun, viabilitas pertumbuhan Mtb cukup
dipengaruhi oleh penurunan gen MtMetAP1c (Olaleye dkk., 2010). Selain itu,
penelitian telah menunjukkan bahwa MtMetAP1c menampilkan aktivitas dalam
rentang pH yang lebih luas dibandingkan dengan MtMetAP1a, memiliki sekitar
60% aktivitasnya utuh pada pH serendah 6,5. Karakteristik ini menunjukkan peran
MtMetAP1c pada Mtb dalam kondisi asam seperti pada makrofag inang. Studi
tambahan telah membuktikan pentingnya MtMetAP1c dalam kelangsungan hidup
Mtb (Onyenaka, 2022) (Vanunu dkk., 2019).
Gambar 4.2 Struktur MtMetAP1c dalam bentuk Mn(II) dalam kompleks dengan
inhibitor selektif bentuk Mn(II) 4. (A) Susunan trimerik dalam kristal. Inhibitor 4 di situs
aktif ditampilkan sebagai tongkat. Tiga molekul MtMetAP1c masing-masing berwarna
cyan, magenta, dan kuning. (B) Hamparan struktur ini dengan EcMetAP dalam kompleks
dengan inhibitor yang sama (karbon magenta, kode PDB 1XNZ) dan dengan protein yang
sama dalam kompleks dengan metionin (karbon cyan, kode PDB 1YJ3). Untuk pelabelan
residu, yang pertama untuk MtMetAP1c dan yang kedua untuk EcMetAP.(Lu dkk, 2010).
42
Beberapa penelitian telah difokuskan untuk menjelaskan efek
penghambatan inhibitor MetAP1 terhadap enzim yang diaktifkan oleh logam
berbeda untuk mengoptimalkan nilai IC50. Jing-Ping dkk. 2010, menemukan Nikel
sebagai aktivator yang sangat baik dari aktivitas MtMetAP1c. Berdasarkan
penelitian sebelumnya diketahui inhibitor berbasis 1,2,4-Triazole menghambat
aktivitas MtMetAP1 dengan mengkelat Ni2+ di situs aktif MtMetAP. Aryl
Carboxylic Acid inhibitors ditemukan berikatan secara spesifik dengan Mn2+ pada
sisi aktif E. coli MetAP1 (Onyenaka, 2022). Oleh karena itu, dalam penelitian ini
peneliti mencoba untuk menjelaskan tentang potensi dari kandungan senyawa
pepaya dan meniran terhadap reseptor MetAP yang memiliki logam yang berbeda
pada situs aktifnya.
Gambar 4.3 Perbedaan antara MetAP mikobakteri (MtMetAP1c) dan MetAP manusia
(MetAP1 dan MetAP2) dalam membentuk bagian dari kantong situs aktif. Keduanya
gunungMetAP1c dan humanMetAP1 menggunakan residu dari ekstensi N-terminal, dan
humanMetAP2 menggunakan residu dari sisipan. A. Hamparan struktur kartun dari tiga
enzim MetAP, dengan perbedaan yang disorot dalam warna magenta (gunungMetAP1c),
kuning (MetAP1) dan hijau (MetAP2) manusia. Inhibitor 7ditampilkan sebagai tongkat di
situs aktif. B. Gambar skematis dari struktur domain untuk tiga enzim MetAP, dengan
daerah yang sesuai disorot dengan warna yang sama (Lu dkk, 2012).
43
Validasi metode penambatan molekul adalah proses yang dilakukan untuk
memastikan dan mengkonfirmasi bahwa metode penambatan molekul yang
dilakukan sudah sesuai dengan prosedur. Validasi metode dilakukan dengan
menggunakan reseptor yang telah diunduh dari situs penyedia PDB dengan kode
reseptor 3IU7 dan 3IU9. PDB 3IU7 mengandung logam Mn 2+ sedangkan pada
PDB 3IU9 mengandung logam Ni2+. Proses validasi dilakukan dengan
menambatkan kembali (redocking) ligan alami pada protein target dimana ligan
alami terlebih dahulu dipisahkan dari reseptor menggunakan perangkat lunak
maestro 10.7. Ligan alami FCD (5-(2-Chlorophenyl)Furan-2-Carboxylic acid)
ditambatkan pada kode PDB 3IU7 dan TO7 (5-[(2,4-dichlorobenzyl)sulfanyl]-4H-
1,2,4-triazol-3-amine) ditambatkan pada kode PDB 3IU9. Hasil docking akan
menunjukkan senyawa dengan energi ikatan paling rendah saat berikatan dengan
protein target, sehingga didapatkan nilai RMSD (Root Mean Square Deviation)
senyawa docking (Tallei dkk., 2020). RMSD menggambarkan jarak
penyimpangan antara posisi ikatan ligan yang sudah melalui tahap docking
dengan posisi ikatan ligan asli yang sebenarnya. Nilai RMSD untuk kesejajaran
konformasi struktur yang masih dapat diterima adalah < 2 Ǻ (Kenyori dkk.,
2022). Validasi antara ligan alami FCD dan TO7 dengan reseptor Methionine
Aminopeptidase dengan masing-masing kode PDB 3IU7 dan PDB 3IU9 dapat
dilihat pada Gambar 4.4.
a. b.
Gambar 4.4 (a) Validasi antara ligan alami FCD dengan reseptor Methionine
aminopeptidase kode PDB 3IU7. Warna biru menunujukkan gambar konformasi ligan
alami sebelum di docking, warna ungu menunujukkan gambar konformasi terbaik ligan
alami setelah di docking. (b) Validasi antara ligan alami TO7 dengan reseptor Methionine
aminopeptidase kode PDB 3IU9. Warna merah menunujkkan gambar konformasi ligan
alami sebelum di docking, warna hijau menunjukkan gambar konformasi terbaik ligan
alami setelah di docking.
44
Hasil validasi antara ligan alami FCD dengan reseptor Methionine
aminopeptidasse dengan kode PDB 3IU7 diperoleh nilai RMSD 1,8832 Å dan
kode PDB 3IU9 diperoleh nilai RMSD 1,1196 Å yang berarti parameter metode
penambatan molekul yang digunakan memenuhi syarat. Semakin kecil nilai
RMSD yang diperoleh menunjukkan semakin dekat posisi ligan hasil docking
yang terbentuk karena semakin mendekati konformasi ligan alami (Susanti dkk.,
2018). Artinya posisi ligan hasil penambatan molekul ulang (redocking) semakin
mendekati posisi ligan hasil kristalografi.
4.1 Penambatan Molekul dan Analisis Hasil

Penambatan molekul dilakukan menggunakan aplikasi Maestro 10.7.
Metode penambatan molekul dilakukan dengan menambatkan ligan senyawa
yang terkandung dalam tanaman pepaya dan meniran dengan reseptor MetAP
kode PDB 3IU7 dan 3IU9. Setiap ligan yang ditambatkan pada makromolekul
akan menghasilkan konformasi ligan berdasarkan nilai energi bebas Gibbs.
Berdasarkan analisis energi bebas Gibbs, semakin negatif nilai yang dihasilkan
dari simulasi penambatan molekul maka semakin stabil ikatan antara ligan dan
reseptor. Dari hasil perbandingan antara senyawa FCD dan TO7 sebagai ligan
alami dengan senyawa turunan pepaya dan senyawa turunan meniran, diperoleh
5 senyawa dengan afinitas terbaik dapat dilihat pada Tabel 4.1-4.3, sedangkan
afinitas senyawa lain dapat dilihat pada Lampiran 4.
Tabel 4.1 Hasil Analisis Penambatan Molekul Senyawa Tanaman pepaya (Carica
papaya L.) PDB 3IU7
No Nama Senyawa ΔG/ (Kkal/ mol)
1. FCD -4.624
Interaksi : 2D
45
Benzylglucosinolate
2. Glucotropaeolin -8.528
Tropaeolin
Interaksi : 2D
3. Danielon -6.794
Interaksi : 2D
46
4. Gibberellin A1 GA1 -4.992
Interaksi : 2D
Interaksi : 2D
Interaksi : 2D
47
Tabel 4.2 Hasil Analisis Penambatan Molekul Senyawa Tanaman meniran (Phyllanthus
niruri L.) PDB 3IU7
1. FCD -4.624
Interaksi : 2D
Rutin Birutan
2. Quercetin 3-O-alpha-L-rhamnopyranosyl-(1->6)-beta-D -14.360
glucopyranoside
Quercetin 3-O-beta
Interaksi : 2D
Hirsutrin
3. Isoquersetin -12.500
48
Isoquercetin
(-)-Isoquercetin Quercetin 3-O-beta-D glucopyranoside
Quercetin
Interaksi : 2D
4. Nirurin -11.120
Interaksi : 2D
5. Eriodictin -10.519
49
Interaksi : 2D
6. Astragalin -9.942
Kaempferol 3-O-beta-D-glucoside Kaempferol 3-glucoside 3-O-
beta-D-glucopyranos
Interaksi : 2D
50
Tabel 4.3 Hasil Analisis Penambatan Molekul Senyawa Tanaman meniran (Phyllanthus
niruri L.) PDB 3IU9
1. TO7 -8.198
Interaksi : 2D
Hirsutrin
Isoquercetin
Quercetin
Interaksi : 2D
51
3. Quercetin 3-O-rhamnoside -10.015
Interaksi : 2D
Rutin Birutan
4. Quercetin 3-O-alpha-L-rhamnopyranosyl-(1->6)-beta-D -9.976
glucopyranoside
Quercetin 3-O-beta
Interaksi : 2D
52
5. Fisetin 4ꞌ-glucoside -9.636
Interaksi : 2D
6.
beta-Glucogallin -9.326
Interaksi : 2D
53
Berdasarkan hasil penambatan molekul pada senyawa kandungan tanaman
pepaya dengan ligan FCD yang terdapat pada kode reseptor PDB 3IU7 dapat
dilihat pada Tabel 4.1. Didapatkan hasil penambatan molekul 5 senyawa terbaik
menunjukkan nilai energi bebas ikatan ligan dengan nilai yang berbeda-beda.
Penambatan ligan FCD terhadap reseptor enzim Methionine Aminopeptidase
(MetAP) mendapatkan hasil energi bebas Gibbs (ΔG) yaitu sebesar -4,624
kkal/mol dan 5 senyawa terbaik yang terkandung dalam tanaman pepaya yaitu
Benzylglucosinolate, Danielon, Gibberellin A1 GA1, Gibberellin A3 GA3, dan
Gibberellin A35 GA35 dengan nilai energi bebas Gibbs (ΔG) berturut-turut yaitu
sebesar -8,528 kkal/mol, -6,794 kkal/mol, -4,992 kkal/mol, -4,981 kkal/mol, dan -
4,651 kkal/mol.
Hasil penambatan molekul pada tanaman meniran dapat dilihat pada Tabel
4.2. Penambatan 5 senyawa terbaik yang terkandung dalam tanaman meniran
(Phyllanthus niruri L.) terhadap reseptor Methionine Aminopeptidase (MetAP)
dengan kode PDB 3IU7 yaitu Rutin Birutan Quercetin 3-O-alpha-L-
rhamnopyranosyl-(1->6)-beta-D glucopyranoside Quercetin 3-O-beta, Fisetin 4ꞌ-
glucoside, Hirsutrin Isoquersetin Isoquercetin (-)-Isoquercetin Quercetin 3-O-
beta-D glucopyranoside Quercetin, Nirurin, Eriodictin dan beta-Glucogallin
dengan nilai energi bebas Gibbs (ΔG) berturut-turut yaitu sebesar -14,360
kkal/mol, -12,500 kkal/mol, -11,120 kkal/mol, -10,519 kkal/mol, dan -9,942
kkal/mol.
Berdasarkan hasil penambatan molekul pada senyawa kandungan tanaman
meniran dengan ligan TO7 yang terdapat pada kode reseptor PDB 3IU9 dapat
dilihat pada Tabel 4.3. Didapatkan hasil penambatan molekul 5 senyawa terbaik
tanaman meniran dan tidak terdapat senyawa terbaik dalam tanaman pepaya
dengan menunjukkan nilai energi bebas ikatan ligan dengan nilai yang berbeda-
beda. Penambatan ligan TO7 terhadap reseptor enzim Methionine
Aminopeptidase (MetAP) mendapatkan hasil energi bebas Gibbs (ΔG) yaitu
sebesar -8,198 Kkal/mol dan 5 senyawa terbaik yang terkandung dalam tanaman
meniran yaitu senyawa Hirsutrin Isoquersetin Isoquercetin (-)-Isoquercetin
Quercetin 3-O-beta-D glucopyranoside Quercetin, Quercetin 3-O-L-rhamnoside,
54
Rutin Birutan Quercetin 3-O-alpha-L-rhamnopyranosyl (1->6)-beta-D-
glucopyranoside Quercetin-3-O-beta, Fisetin 4ꞌ-glucoside dan beta-Glucogallin
dengan nilai energi bebas Gibbs (ΔG) berturut-turut yaitu sebesar -10,170
kkal/mol, -10,015 kkal/mol, -9,976 kkal/mol, -9,636 kkal/mol, -9,326 kkal/mol.
Hasil penambatan molekul 5 senyawa terbaik yang terkandung dalam
tanaman pepaya (Carica papaya L.) dan meniran (Phyllanthus niruri L.) terhadap
reseptor MetAP dengan kode PDB 3IU7 dan 3IU9 menunjukkan hasil yang
berbeda. Hal ini dikarenakan, penambatan logam kofaktor yang berbeda dari
kedua PDB yang mempengaruhi hasil. Hasil penambatan molekul pada kode PDB
3IU7 menunjukkan 5 senyawa terbaik dari kedua tanaman berpotensi sebagai
kandidat senyawa inhibitor enzim Methionine Aminopeptidase (MetAP) karena
memiliki hasil yang lebih baik dimana nilai energi bebas Gibbs-nya lebih rendah
dibandingkan dengan ligan FCD sebagai kontrol positif. Sedangkan, penambatan
molekul pada PDB 3IU9 menunjukkan hasil pada tanaman pepaya tidak terdapat
senyawa terbaik yang berpotensi sebagai kandidat senyawa inhibitor MetAP,
sedangkan pada senyawa tanaman meniran ke-5 senyawa terbaiknya berpotensi
sebagai kandidat senyawa inhibitor enzim Methionine Aminopeptidase (MetAP)
karena memiliki hasil yang lebih baik dimana nilai energi bebas Gibbs-nya lebih
rendah dibandingkan dengan ligan TO7 sebagai kontrol positif. Untuk hasil
penambatan lebih lengkapnya dapat dilihat pada Lampiran 4.
Hasil penambatan dianalisis dengan menggunakan aplikasi Maestro 10.7
sehingga dapat dianalisis interaksi yang terjadi antara ligan dan reseptor
Methionine Aminopeptidase serta residu yang ada di sekitar permukaan protein
yang mengalami interaksi. Visualisasi interaksi ligan-reseptor menunjukkan
residu-residu dari reseptor yang berperan penting pada area binding site. Binding
site protein merupakan area dari pengikatan protein terhadap molekul-molekul
dan ligan yang akan mempengaruhi konformasi maupun fungsi dari protein
(Arwansyah dkk., 2014). Interaksi yang dapat diamati berupa ikatan hidrogen dan
interaksi hidrofobik, serta diamati pula jarak ikatan yang terjadi. Hasil visualisasi
menunjukkan bahwa ligan uji memiliki interaksi terhadap residu asam amino yang
mirip dengan ligan alami. Sehingga, kemungkinan memiliki kemiripan aktivitas.
55
Perbandingan interaksi yang terjadi pada hasil penambatan ligan FCD dan TO7
dengan 5 senyawa terbaik yang terkandung dalam tanaman pepaya (Carica
papaya L.) dan meniran (Phyllanthus niruri L.) terhadap enzim Methionine
Aminopeptidase (MetAP) dapat dilihat pada Tabel 4.4 dan Tabel 4.6.
Tabel 4.4 Perbandingan Interaksi senyawa MetAP kode PDB 3IU7 dengan Senyawa
yang Terkandung dalam Tanaman Pepaya (Carica papaya L.)
No Nama Senyawa Interaksi Ikatan Jarak

hidrofobik Hidrogen Ikatan (Å)
TYR 97 - -
1. FCD PHE 100
PHE 211
CYS 105
TRP 255
TRP255 O (LYS98) 2,00 Å
2. Benzylglucosinolate TYR97 OH (GLU238) 1,90 Å
Glucotropaeolin PHE211 OH (GLU238) 1,60 Å
Tropaeolin CYS105
MET240
PHE202
PHE211 OH (GLU238) 1,88 Å
3. Danielon PHE202
TRP255
PHE100
CYS105
TYR97
PHE100 O (LYS98) 1,93 Å
4. Gibberellin A1 GA1 TYR97
TRP255
PHE202
MET240 O- (THR203) 2,07 Å
5. Gibberellin A3 GA3 PHE202 OH (GLU238) 1,61 Å
CYS113
PHE211
TYR97
TRP255
PHE202 O (LYS98) 1,83 Å
6. Gibberellin A35 GA35 TYR97 OH (HIS212) 2,17 Å
PHE100
TRP255
56
Tabel 4.5 Perbandingan Interaksi MetAP PDB 3IU7 dengan Senyawa yang
Terkandung dalam Tanaman Meniran (Phyllanthus niruri L.)

TYR 97 - -
1. FCD PHE 100
PHE 211
CYS 105
TRP 255
VAL216 OH (HIS212) 1,76 Å
2. Rutin Birutan PHE202 OH (GLU35) 2,36 Å
Quercetin 3-O-alpha-L- PHE211 OH (LYS98) 2,11 Å
rhamnopyranosyl-(1->6)-beta-D TYR97 OH (THR203) 2,05 Å
glucopyranoside TRP255 OH (THR203) 1,98 Å
Quercetin 3-O-beta OH (GLU238) 1,91 Å
VAL216 OH (THR203) 1,93 Å
3. Hirsutrin PHE202 OH (THR203) 1,98 Å
Isoquersetin MET240 OH (GLU238) 1,88 Å
Isoquercetin PHE211
(-)-Isoquercetin Quercetin 3-O- TYR97
beta-D glucopyranoside TRP255
Quercetin
VAL216 OH (GLU238) 1,69 Å
4. Nirurin MET240 OH (GLU238) 1,95 Å
PHE211 OH (ASP201) 1.74 Å
TYR97 OH (THR203) 1.98 Å
PHE202
TYR248
TRP255
ILE250
VAL257
PRO31
VAL216 OH (THR203) 2,03 Å
5. Eriodictin PHE202 OH (THR203) 2,47 Å
PHE211 OH (ASP201) 1,80 Å
CYS105 OH (GLU238) 2,25 Å
TYR97
TRP255
PHE211 OH (GLY254) 2,27 Å
6. Astragalin ILE250 OH (THR203) 1,83 Å
Kaempferol 3-O-beta-D- MET240 OH (THR203) 1,94 Å
glucoside Kaempferol 3- PHE202 OH (GLU238) 1,99 Å
glucoside 3-O-beta-D- CYS105
glucopyranos PHE100
TYR97
TRP255
57
Tabel 4.6 Perbandingan Interaksi MetAP PDB 3IU9 dengan Senyawa yang
Terkandung dalam Tanaman Meniran (Phyllanthus niruri L.)

TYR27 NH2 (HIS212) 2,30 Å
1. TO7 TYR97 HN (GLU238) 1,90 Å
PHE211
TRP255
PHE202
CYS105
Hirsutrin TYR97 OH (GLU238) 2,05 Å
2. Isoquersetin TRP255 OH (THR203) 1,98 Å
Isoquercetin CYS105 OH (THR203) 1,96 Å
(-)-Isoquercetin Quercetin 3-O- PHE211 OH (LYS98) 2,74 Å
beta-D glucopyranoside VAL216
Quercetin PHE202
TRP255 OH (LYS98) 2,55 Å
3. Quercetin 3-O-L-rhamnoside ILE250 OH (THR203) 1,86 Å
VAL257 OH (ASP201) 1,97 Å
TYR97
PHE211
PHE202
TRP255 OH (LYS98) 2,51 Å
4. Rutin Birutan PHE211 OH (THR203) 2,06 Å
Quercetin 3-O-alpha-L- TYR97 OH (ASP201) 2,13 Å
rhamnopyranosyl-(1->6)-beta-D CYS105 OH (ASP201) 2,09 Å
glucopyranoside PHE202
Quercetin 3-O-beta VAL216
PHE211 OH (ASP201) 1,81 Å
5. Fisetin 4ꞌ-glucoside TRP255 OH (THR203) 1,72 Å
TYR97
MET240
PHE202
VAL216
PHE211 OH (THR203) 1,87 Å
6. beta-Glucogallin TYR97 OH (THR203) 1,89 Å
PHE202 OH (GLU238) 2,11 Å
OH (ASP201) 2,04 Å
Penambatan molekul senyawa tanaman pepaya dan meniran dilakukan

untuk mengetahui interaksi senyawa yang terkandung dalam tanaman pepaya dan
meniran dengan asam amino pada reseptor dan untuk melihat nilai afinitas yang
diperoleh dari senyawa yang terkandung pada tanaman pepaya dan meniran
terhadap reseptor. Parameter yang dianalisa meliputi residu asam amino, dan
ikatan hidrogen.
58
Tabel 4.4-4.6. Menunjukkan bahwa ligan FCD dan TO7 dengan 5 senyawa
terbaik yang terkandung dalam tanaman pepaya (Carica papaya L.) dan meniran
(Phyllanthus niruri L.) berinteraksi dengan reseptor Methionine Aminopeptidase
(MetAP). Hal ini dibuktikan dengan adanya interaksi residu asam amino antara
ligan dan reseptor. Adapun jenis interaksi yang dihasilkan adalah interaksi
hidrofobik dan ikatan hidrogen.
Ikatan hidrogen adalah ikatan yang terjadi antar atom hidrogen pada
molekul yang satu dengan salah satu unsur (N, O, F) pada molekul yang lainnya
yang merupakan gaya dipol-dipol yang paling kuat. Interaksi ikatan hidrogen
juga sangat penting untuk pengikatan ligan yang stabil di tempat pengikatan
protein (Azmi dkk., 2021). Ikatan hidrogen yang baik memiliki jarak < 2,8 Å,
semakin kecil jarak ikatan hidrogen antara ligan dengan residu asam amino pada
reseptor maka kekuatan afinitas keduanya semakin besar (Qoonita dan Daryono,
2012).
Interakasi hidrofobik merupakan interaksi yang bersifat menghindari
lingkungan cair dan cenderung berkelompok di sebelah dalam struktur globular
dari protein (Arwansyah dkk., 2014). Interaksi hidrofobik berperan dalam
menentukan stabilitas ligan terhadap reseptor. Pembentukan ikatan hidrofobik
meminimalkan interaksi residu nonpolar dengan air (Frimayanti dkk., 2021).
Dalam interaksi reseptor-ligan ikatan hidrogen dan ikatan hidrofobik
mempengaruhi stabilitas ikatan ligan dan targetnya. Apabila ikatan hidrogen yang
cukup banyak disertai dengan interaksi hidrofobik, maka dapat dikatakan bahwa
interaksi antara kedua molekul tersebut merupakan interaksi yang cukup kuat
(Ummah dkk., 2020).
Energi bebas ikatan dipengaruhi oleh entalpi dan entropi, yang berarti
afinitas ikatan yang terjadi tidak lepas dari pengaruh interaksi molekul-molekul
yang terdapat pada permukaan ligan dengan reseptor, ikatan yang terbentuk dapat
berupa ikatan hidrogen maupun ikatan lain yang saling mempengaruhi seperti
interaksi van der waals dan interaksi lainnya. Semakin banyak interaksi yang
terjadi maka semakin kuat juga afinitas ikatan yang terbentuk antara ligan dan
reseptor (Bernaldez dkk., 2018).
59
Hasil interaksi antara ligan dan reseptor pada Tabel 4.4. menunjukkan
bahwa 5 senyawa terbaik dari tanaman pepaya (Carica papaya L.) memiliki
kemiripan residu asam amino dengan ligan FCD sebagai senyawa pembanding.
Interaksi yang terjadi antara reseptor Methionine Aminopeptidase (MetAP) dan
ligan FCD adalah interaksi hidrofobik dan tidak terjadi ikatan hidrogen. Ligan
FCD memiliki 5 interaksi hidrofobik dengan asam amino yaitu TYR 97, PHE 100,
PHE 211, CYS 105, dan TRP 255. Diketahui 5 senyawa terbaik dari tanaman
pepaya (Carica papaya L.) memiliki interaksi hidrofobik dan ikatan hidrogen.
Untuk Senyawa Benzylglucosinolate memiliki 6 interaksi hidrofobik dengan asam
amino yaitu TRP 255, TYR 97, PHE 211, CYS 105, MET 240, dan PHE 202 serta
membentuk 3 ikatan hidrogen yaitu OH (GLU 238), OH (GLU 238), dan O (LYS
98) dengan masing-masing jarak ikatan 1,90 Å, 1,60 Å, dan 2,00 Å.
Senyawa Danielon memiliki 6 interaksi hidrofobik dengan asam amino
yaitu PHE 211, TYR 97, CYS 105, PHE 100, TRP 255, dan PHE 202 serta
membentuk 1 ikatan hidrogen yaitu OH (GLU 238), dengan jarak ikatan 1,88 Å.
Senyawa Gibberellin A1 GA1 memiliki 4 interaksi hidrofobik dengan asam amino
yaitu PHE 100, TRP 255, TYR 97 dan PHE 202 serta membentuk 1 ikatan
hidrogen yaitu O (LYS 98) dengan jarak ikatan 1,93 Å. Senyawa Gibberellin A3
GA3 memiliki 6 interaksi hidrofobik dengan asam amino yaitu MET 240, CYS
113, PHE 211, TYR 97, TRP 255 dan PHE 202 serta membentuk 2 ikatan
hidrogen yaitu O- (THR 203) dan OH (GLU 238) dengan masing-masing jarak
ikatan 2,07 Å, dan 1,61 Å. Senyawa Gibberellin A35 GA35 memiliki 4 interaksi
hidrofobik dengan asam amino yaitu PHE 202, TYR 97, TRP 255 dan PHE 100
serta membentuk 2 ikatan hidrogen yaitu OH (HIS 212) dan O (LYS 98) dengan
masing-masing jarak ikatan 1,83 Å dan 2,17 Å.
Hasil interaksi antara ligan dan reseptor pada 5 senyawa terbaik dari
tanaman meniran (Phyllanthus niruri L.) dapat dilihat pada Tabel 4.5. pada
Senyawa Senyawa Rutin Birutan Quercetin 3-O-alpha-L-rhamnopyranosyl-(1-
>6)-beta-D glucopyranoside Quercetin 3-O-beta memiliki 5 interaksi hidrofobik
dengan asam amino yaitu PHE 202, TYR 97, PHE 211, TRP 255 dan VAL 216
60
serta membentuk 6 ikatan hidrogen yaitu OH (GLU 238), OH (GLU 35), OH
(LYS 98), OH (THR 203), OH (THR 203), dan OH (HIS 212) dengan masing-
masing jarak ikatan 1,91 Å, 2,36 Å, 2,11 Å, 2,05 Å, 1,98 Å, dan 1,76 Å.
Senyawa Hirsutrin Isoquersetin Isoquercetin (-)-Isoquercetin Quercetin 3-
O-beta-D glucopyranoside Quercetin memiliki 6 interaksi hidrofobik dengan
asam amino yaitu VAL 216, PHE 202, MET 240, PHE 211, TYR 97 dan TRP 255
serta membentuk 3 ikatan hidrogen yaitu OH (THR 203), OH (THR 203), dan
OH (GLU 238) dengan masing-masing jarak ikatan 1,93 Å, 1,98 Å dan 1,88 Å.
Senyawa Nirurin memiliki 10 interaksi hidrofobik dengan asam amino yaitu VAL
216, MET 240, PHE 211, TYR 97, PHE 202, TYR 248, TRP 255, ILE 250, VAL 257,
dan PRO 31 serta membentuk 4 ikatan hidrogen yaitu OH (GLU 238), OH (GLU
238), OH (ASP 201) dan OH (THR 203) dengan masing-masing jarak ikatan 1,69
Å, 1,95 Å, 1,74 Å, dan 1,98 Å.
Senyawa Eriodictin memiliki 6 interaksi hidrofobik dengan asam amino
yaitu VAL216, PHE202, PHE211, CYS105, TYR97 dan TRP255 serta
membentuk 4 ikatan hidrogen yaitu OH (THR 203), OH (THR 203), OH (ASP
201) dan OH (GLU 238) dengan masing-masing jarak ikatan 2,03 Å, 2,47 Å, 1,80
Å dan 2,25 Å. Senyawa Astragalin Kaempferol 3-O-beta-D-glucoside Kaempferol
3-glucoside 3-O-beta-D-glucopyranos memiliki 7 interaksi hidrofobik dengan
asam amino yaitu PHE211, ILE250, MET240, PHE202, CYS105, PHE100,
TYR97 dan TRP255 serta membentuk 4 ikatan hidrogen yaitu OH (GLY 254),
OH (THR 203), OH (THR 203) dan OH (GLU 238) dengan masing-masing jarak
ikatan 2,27 Å, 1,83 Å, 1,94 Å dan 1,99 Å.
Hasil interaksi antara ligan dan reseptor pada Tabel 4.6. menunjukkan
bahwa 5 senyawa terbaik dari tanaman meniran (Phyllanthus niruri L.) memiliki
kemiripan residu asam amino dengan ligan TO7 sebagai senyawa pembanding.
Interaksi yang terjadi antara reseptor Methionine Aminopeptidase (MetAP) dan
ligan TO7 adalah interaksi hidrofobik dan ikatan hidrogen. Ligan TO7 memiliki 6
interaksi hidrofobik dengan asam amino yaitu TYR 27, TYR 97, PHE 211, TRP
255, PHE 202, dan CYS 105 serta membentuk 2 ikatan hidrogen yaitu NH (GLU
238), dan NH2 (HIS 212) dengan masing-masing jarak ikatan 1,90 Å, dan 2,30 Å.
61
Diketahui senyawa terbaik dari tanaman meniran (Phyllanthus niruri L.) memiliki
interaksi hidrofobik dan ikatan hidrogen. Senyawa Hirsutrin Isoquersetin
Isoquercetin (-)-Isoquercetin Quercetin 3-O-beta-D glucopyranoside Quercetin
memiliki 6 interaksi hidrofobik dengan asam amino yaitu TRP 255, CYS 105,
TYR 97, PHE 211, PHE 202, dan VAL 216 serta membentuk 4 ikatan hidrogen
yaitu OH (LYS 98), OH (THR 203), OH (THR 203) dan OH (GLU 238) dengan
masing-masing jarak ikatan 2,74 Å, 1,98 Å, 1,96 Å dan 2,05 Å.
Quercetin 3-O-L-rhamnoside memiliki 6 interaksi hidrofobik dengan asam
amino yaitu TRP 255, TYR 97, PHE 211, PHE 202, ILE 250, dan VAL 257 serta
membentuk 3 ikatan hidrogen yaitu OH (LYS 98), OH (ASP 201) dan OH (THR
203) dengan masing-masing jarak ikatan 2,55 Å, 1,97 Å dan 1,86 Å. Senyawa
Rutin Birutan Quercetin 3-O-alpha-L-rhamnopyranosyl-(1->6)-beta-D
glucopyranoside Quercetin 3-O-beta memiliki 6 interaksi hidrofobik dengan asam
amino yaitu TRP 255, CYS 105, TYR 97, PHE 211, PHE 202 dan VAL 216 serta
membentuk 4 ikatan hidrogen yaitu OH (LYS 98), OH (ASP 201), OH (ASP
201), dan OH (THR 203) dengan masing-masing jarak ikatan 2,51 Å, 2,13 Å, 2,09
Å dan 2,06 Å. Senyawa Fisetin 4ꞌ-glucoside memiliki 6 interaksi hidrofobik
dengan asam amino yaitu PHE211, TRP255, TYR97, MET240, PHE202, dan
VAL216 serta membentuk 2 ikatan hidrogen yaitu OH (ASP 201) dan OH (THR
203) dengan masing-masing jarak ikatan 1,81 Å dan 1,72 Å. Senyawa beta-
Glucogallin memiliki 3 interaksi hidrofobik dengan asam amino yaitu PHE 202,
TYR 97 dan PHE 211 serta membentuk 4 ikatan hidrogen yaitu OH (THR 203),
OH (THR 203), OH (GLU 238), dan OH (ASP 201) dengan masing-masing jarak
ikatan 1,87 Å, 1,89 Å, 2,11 Å dan 2,04 Å. Untuk hasil interaksi reseptor-ligan
lebih lengkapnya dapat dilihat pada Lampiran 5.
62
Tabel 4.7 Hasil Analisis Induced-Fit Docking Senyawa Tanaman Pepaya (Carica papaya
L.) PDB 3IU7
No Nama Senyawa Induced-Fit Docking

(Kkal/ mol)
1. FCD -5.764
Interaksi : 2D
Benzylglucosinolate
2. Glucotropaeolin -10.680
Tropaeolin
Interaksi : 2D
Interaksi : 2D
63
Interaksi : 2D
5. Danielon -8.268
Interaksi : 2D
Interaksi : 2D
64
Tabel 4.8 Hasil Analisis Induced-Fit Docking Senyawa Tanaman Meniran (Phyllanthus
niruri L.) PDB 3IU7

(Kkal/ mol)
1. FCD -5.764
Interaksi : 2D
2. Rutin Birutan -14.755

Quercetin 3-O-alpha-L-rhamnopyranosyl-(1->6)-beta-D
glucopyranoside
Quercetin 3-O-beta
Interaksi : 2D
65
Astragalin
3. Kaempferol 3-O-beta-D-glucoside Kaempferol 3-glucoside 3-O- -13.518
beta-D-glucopyranos
Interaksi : 2D
4. Nirurin -13.243
Interaksi : 2D
66
Hirsutrin
Isoquercetin
Quercetin
Interaksi : 2D
6. Eriodictin -11.102
Interaksi : 2D
67
Tabel 4.9 Hasil Analisis Induced-Fit Docking Senyawa Tanaman Meniran (Phyllanthus
niruri L.) PDB 3IU9

(Kkal/ mol)
1. TO7 -8.612
Interaksi : 2D
2. beta-Glucogallin -13.902
Interaksi : 2D
68
3. Rutin Birutan -13.313
Quercetin 3-O-alpha-L-rhamnopyranosyl-(1->6)-beta-D
glucopyranoside
Interaksi : 2D
Hirsutrin
Isoquercetin
Quercetin
Interaksi : 2D
69
5. Fisetin 4ꞌ-glucoside -12.145
Interaksi : 2D
6. -10.781
Quercetin 3-O-rhamnoside
Interaksi : 2D
70
Induced-Fit docking (IFD) adalah metode untuk memodelkan perubahan
konformasi yang disebabkan oleh pengikatan ligan yang dikembangkan oleh
Schrodinger. IFD memberikan fleksibilitas pada rantai samping protein,
memungkinkan ligan untuk menyesuaikan dan mengoptimalkan interaksi
pengikatan dalam situs aktif (Allegra dkk., 2021).
Tabel 4.7 dan Tabel 4.8 menunjukkan hasil induced Fit Docking dari
ligan FCD dan 5 senyawa tebaik dalam tanaman pepaya (Carica papaya L.) dan
meniran (Phyllanthus niruri L.). Dimana pada ligan FCD diperoleh nilai IFD
sebesar -5,764 kkal/mol. Senyawa tanaman pepaya (Carica papaya L.) untuk
ligan Benzylglucosinolate sebesar -10,680 kkal/mol, ligan Gibberellin A3 GA3
sebesar -10,151 kkal/mol, ligan Gibberellin A35 GA35 sebesar -9,480 kkal/mol,
ligan Danielon sebesar -8,268 kkal/mol, dan ligan Gibberellin A1 GA1 sebesar -
7,734 kkal/mol. Senyawa tanaman meniran (Phyllanthus niruri L.) untuk ligan
Rutin Birutan Quercetin 3-O-alpha-L-rhamnopyranosyl-(1->6)-beta-D
glucopyranoside Quercetin 3-O-beta sebesar -14,755 kkal/mol, ligan Astragalin
Kaempferol 3-O-beta-D-glucoside Kaempferol 3-glucoside 3-O-beta-D-
glucopyranos sebesar -13,518 kkal/mol, ligan Nirurin sebesar -13,243 kkal/mol,
71
ligan Hirsutrin Isoquersetin Isoquercetin (-)-Isoquercetin Quercetin 3-O-beta-D
glucopyranoside Quercetin sebesar -12,705 kkal/mol, dan ligan Eriodictin sebesar
11,102 kkal/mol.
Tabel 4.9 menunjukkan hasil induced-Fit Docking dari ligan TO7 dan 5
senyawa terbaik dalam tanaman meniran (Phyllanthus niruri L.). Dimana pada
ligan TO7 diperoleh nilai IFD sebesar -8,612 kkal/mol. Senyawa tanaman
meniran (Phyllanthus niruri L.) untuk ligan beta-Glucogallin sebesar -13,902
kkal/mol, ligan Rutin Birutan Quercetin 3-O-alpha-L-rhamnopyranosyl-(1->6)-
beta-D glucopyranoside Quercetin 3-O-beta sebesar -13,313 kkal/mol, ligan
Hirsutrin Isoquersetin Isoquercetin (-)-Isoquercetin Quercetin 3-O-beta-D
glucopyranoside Quercetin sebesar -12,613 kkal/mol, ligan Fisetin 4ꞌ-glucoside
sebesar -12,145 kkal/mol, dan ligan Quercetin 3-O-L-rhamnoside sebesar -10,781
kkal/mol.
Dari hasil perbandingan IFD dari ligan FCD dengan ligan dari turunan
senyawa dalam tanaman pepaya (Carica papaya L.) dan meniran (Phyllanthus
niruri L.) diperoleh hasil bahwa 5 senyawa terbaik dalam tanaman pepaya (Carica
papaya L.) dan meniran (Phyllanthus niruri L.) memiliki nilai yang lebih baik
dibandingkan ligan FCD. Sedangkan, perbandingan hasil IFD dari ligan TO7
dengan ligan dari turunan senyawa dalam tanaman pepaya (Carica papaya L.) dan
meniran (Phyllanthus niruri L.) diperoleh hasil tidak terdapat senyawa terbaik
dalam tanaman pepaya (Carica papaya L.) yang memiliki nilai yang lebih baik
dari ligan TO7 dan 5 senyawa terbaik dalam tanaman meniran (Phyllanthus niruri
L.) semua senyawa memiliki nilai yang lebih baik dibandingkan ligan TO7.
4.2 Perbandingan Hasil Analisis XP Docking dengan IFD

Xp docking merupakan metode penambatan molekul yang memodelkan
protein secara kaku. Sedangkan metode IFD merupakan metode penambatan
molekul yang memodelkan protein secara fleksibel. Hasil perolehan nilai dengan
metode IFD menunjukan penurunan nilai energi ikatan senyawa FCD dan TO7
pada senyawa turunan pepaya dan meniran bila dibandingkan dengan hasil
penambatan molekul biasa (Xp Docking). Hal ini karena metode Induced-Fit
72
Docking memodelkan pengikatan reseptor secara fleksibel terhadap senyawa
ligan sehingga ligan lebih leluasa untuk berikatan dengan reseptor. Penurunan
nilai afinitas (energi ikatan) tersebut menunjukan semakin stabil kompleks
protein- ligan, dengan kata lain waktu kontak ligan dengan reseptor lebih lama
pada konformasi tersebut. Untuk hasil lebih lengkap dapat dilihat pada Tabel
4.10 - Tabel 4.12.
Perbandingan interaksi IFD dan Xp docking dapat dilihat pada Lampiran
7. Dari hasil perbandingan yang didapatkan pada penambatan 5 senyawa terbaik
pepaya dan meniran dengan masing-masing PDB 3IU7 dan PDB 3IU9 memiliki
interaksi yang mirip namun, ada beberapa perbedaan interaksi yang
mengakibatkan hasil nilai docking Xp dan IFD berbeda. Ligan alami FCD (PDB
3IU7) dan TO7 (PDB 3IU9) sebagai pembanding senyawa pepaya dan meniran
memiliki nilai Xp docking dan IFD yang berbeda pula. Hasil interaksi senyawa
ligan alami FCD yang ditambatkan dengan kode PDB 3IU7 pada metode Xp
docking tidak terdapat ikatan hidrogen dan interaksi logam mengikat 3 gugus
oksigen, sedangkan pada metode IFD didapatkan hasil interaksi 1 ikatan hidrogen
dan interaksi logam Mn2+ terikat dengan 2 gugus oksigen dari ligan uji, untuk
hasil interaksi hidrofobik kedua metode sama. Senyawa dari tanaman pepaya
yang memiliki afinitas terbaik yaitu senyawa Benzylglucosinolate setelah di
tambatkan dengan kode PDB 3IU7 didapatkan hasil interaksi pada metode Xp
docking 6 interaksi hidrofobik, 3 ikatan hidrogen, dan 1 interaksi dengan logam
Mn2+. Sedangkan, pada metode IFD didapatkan hasil interaksi 7 interaksi
hidrofobik, 5 ikatan hidrogen, dan 3 interaksi logam Mn 2+. Senyawa Rutin
Birutan dari tanaman meniran memiliki afinitas terbaik, setelah ditambatkan
dengan PDB 3IU7 didapatkan hasil interaksi pada metode Xp docking 5 interaksi
hidrofobik, 6 ikatan hidrogen, dan 2 interaksi logam Mn 2+. Sedangkan, pada
metode IFD didapatkan hasil interaksi 10 interaksi hidrofobik, 9 ikatan hidrogen,
dan 2 interaksi logam Mn2+. Senyawa terbaik lainnya dari tanaman pepaya
maupun meniran memiliki nilai afinitas lebih baik dibandingkan ligan alami
(FCD), sehingga penambatan pada PDB 3IU7 yang mengandung logam Mn 2+
memiliki aktivitas penambatan terbaik.
73
Hasil interaksi senyawa ligan alami TO7 yang ditambatkan dengan kode
PDB 3IU9 pada metode Xp docking terdapat 6 interaksi hidrofobik, 2 ikatan
hidrogen, dan 1 interaksi logam Ni2+, sedangkan pada metode IFD didapatkan
hasil 4 interaksi hidrofobik, 2 ikatan hidrogen dan 1 interaksi logam Ni 2+.
Senyawa beta-Glucogallin dari tanaman meniran meiliki nilai afinitas terbaik,
setelah ditambatkan dengan kode PDB 3IU9 didapatkan hasil interaksi pada
metode Xp docking 3 interaksi hidrofobik, 4 ikatan hidrogen, dan 2 interaksi
logam Ni2+. Sedangkan pada metode IFD didapatkan hasil interaksi 8 interaksi
hidrofobik, 5 ikatan hidrogen, dan 2 interaksi logam Ni2+. Senyawa terbaik
lainnya dari tanaman meniran memiliki afinitas yang baik dibandingkan ligan
alami (TO7) dan untuk semua senyawa dalam tanaman pepaya tidak terdapat
senyawa yang lebih baik dibanding kontrol positif (TO7). Sehingga, penambatan
pada PDB 3IU9 yang mengandung logam Ni2+ kurang efektif dalam senyawa
pepaya dan lebih baik dalam penambatan senyawa pada meniran.
Dari hasil perbandingan interaksi yang didapatkan telah terbukti adanya
perbedaan interaksi mempengaruhi nilai afinitas senyawa. Selain, interaksi
hidrofobik dan ikatan hidrogen adanya interaksi logam cukup mempengaruhi
nilai afinitas suatu senyawa sesuai dengan literatur, bahwa reseptor MtMetap1c
(PDB 3IU7 dan PDB 3IU9) dapat berfungsi dengan adanya logam kofaktor yang
mengakibatkan terjadinya aktivitas katalitik.
Tabel 4.10 Perbandingan hasil analisis Xp docking dengan IFD senyawa pepaya (Carica
papaya L.). PDB 3IU7
No Senyawa Xp Docking IFD

(kkal/mol) (kkal/mol)
1 FCD -4,624 -5.764

2 Benzylglucosinolate -8,528 -10,680
Glucotropaeolin
Tropaeolin
3 Gibberellin A3 GA3 -4,981 -10,151
4 Gibberellin A35 GA35 -4,651 -9,480
5 Danielon -6,794 -8,268
74
6 Gibberellin A1 GA1 -4,992 -7,734
Tabel 4.11 Perbandingan hasil analisis Xp docking dengan IFD senyawa meniran
(Phyllanthus niruri L.). PDB 3IU7
No Senyawa Xp Docking IFD

1 FCD -4,624 -5,764
2 Rutin Birutan -14,360 -14,755
Quercetin 3-O-alpha-L-rhamnopyranosyl-
(1->6)-beta-D glucopyranoside
Quercetin 3-O-beta
3 Astragalin -9,942 -13,518
Kaempferol 3-O-beta-D-glucoside
Kaempferol 3-glucoside 3-O-beta-
D- glucopyranos
4 Nirurin -11,120 -13,243
5 Hirsutrin -12,500 -12,705

Isoquersetin
Isoquercetin
(-)-Isoquercetin Quercetin 3-O-beta-D
glucopyranoside Quercetin
6 Eriodictin -10,519 -11,102
Tabel 4.12 Perbandingan hasil analisis Xp docking dengan IFD senyawa meniran
(Phyllanthus niruri L.). PDB 3IU9
Xp Docking IFD
No Senyawa
1 TO7 -8,198 -8,612
2 beta-Glucogallin -9,326 -13,902
Rutin Birutan
Quercetin 3-O-alpha-L-rhamnopyranosyl-
3 -9,976 -13,313
(1->6)-beta-D glucopyranoside
Quercetin 3-O-beta
Hirsutrin
Isoquersetin
4 Isoquercetin -10,170 -12,613
(-)-Isoquercetin Quercetin 3-O-beta-D
glucopyranoside Quercetin
5 Fisetin 4ꞌ-glucoside -9,636 -12,145
75
6 Quercetin 3-O-L-rhamnoside -10,015 -10,781
4.3 Analisis sifat Fisikokimia

Sifat fisikokimia suatu senyawa sangat penting karena dapat dengan cepat
memperkirakan proses farmakokinetik (ADME) terutama pada penyerapan
senyawa obat oleh tubuh (Daina dkk, 2017). Prediksi ADME merupakan suatu
prediksi yang memungkinkan untuk melihat sifat fisikokimia dan untuk
memprediksi parameter ADME, sifat farmakokinetik, sifat obat dan keamanan
senyawa kimia obat dari satu atau beberapa molekul kecil untuk mendukung
penemuan obat. Sebagian besar senyawa kimia mulai dari bentuk metabolit
hingga menimbulkan respon molekuler akan menunjukkan bioaktivitas yang
berbeda dalam organisme hidup yang berbeda. Aktivitas ini sering dimediasi oleh
interaksi fisik dengan protein atau makromolekul lainnya. Oleh karena itu,
informasi tentang target molekuler dari senyawa obat sangat penting untuk
dipahami dan diprediksi aktivitasnya.
Situs SwissADME (http://www.swissadme.ch/index.php) adalah radar
bioavailabilitas yang memberikan gambaran grafis dari parameter kemiripan obat
dari obat bioaktif yang tersedia (Tripathi dan Imran, 2020). SwissADME
memiliki keunggulan yang dapat dimanfaatkan oleh berbagai kalangan terutama
dalam pengembangan obat baru dengan membantu memprediksi tidak hanya
aktivitasnya berdasarkan sifat fisikokimia bahkan dapat memprediksi sifat dari
senyawa tersebut ditinjau dari aspek farmakokinetik maupun farmakodinamiknya.
ADME yang mencakup proses penyerapan obat oleh tubuh (absorption), distribusi
obat dalam tubuh (distribution), metabolisme obat didalam tubuh (metabolism)
dan pengeluaran obat dari tubuh (excretion) pada tahap awal penemuan obat telah
menurunkan kegagalan terkait farmakokinetik secara global untuk fase
pengembangan selanjutnya. Hal ini menjadikan calon obat lebih efisien untuk
mencapai market (Daina dan Zoete, 2016). Hal yang penting juga pada
permeabilitas obat. Senyawa dikatakan memiliki permeabilitas tinggi apabila
suatu senyawa tidak memiliki penyimpangan dari aturan lipinski atau hanya
memiliki 1 penyimpangan dari aturan Lipinski. Jika senyawa memiliki lebih dari
76
satu penyimpangan maka senyawa tersebut dianggap memiliki permeabilitas yang
rendah. Hasil prediksi ADME senyawa uji terbaik menggunakan SwissADME
ditunjukkan pada Tabel 4.13 dan Tabel 4.14.
Tabel 4.13 Hasil Prediksi ADME senyawa dalam tanaman meniran (Phyllanthus niruri
L.)
GI BBB
No Senyawa absorbtion permeant Lipinski rule
1. 5-(2-Chlorophenyl)Furan-2- High Yes Yes; 0 NorO≤10

Carboxylic acid (FCD)
2. 5-[(2,4- High Yes Yes; 0 NorO≤10

dichlorobenzyl)sulfanyl]-4H-
1,2,4-triazol-3-amine (TO7)
3. Nirurin No;3 MW>500

Low No
NorO>10,
NHorOH>5
4. Rutin Birutan Low No No;3 MW>500
Quercetin 3-O-alpha-L- NorO>10,
rhamnopyranosyl-(1->6)-beta- NHorOH>5
D-glucopyranoside
Quercetin 3-O-beta
5. Fisetin 4ꞌ-glucoside
Low No No;2 NorO>10,
NHorOH>5
6. Hirsutrin Low No No;2 NorO>10,
Isoquersetin NHorOH>5
Isoquercetin
(-)-Isoquercetin Quercetin 3-
O-beta-D glucopyranoside
Quercetin
7. beta-Glucogallin Low No Yes; 1 NHorOH>5
8. Astragalin Kaempferol Low No No;2 NorO>10,
3-O-beta-D-glucoside NHorOH>5
3-O-beta-D-glucopyranos
9. Quercetin 3-O-Rhamnoside Low No No;2 NorO>10,
NHorOH>5
10. Eriodictin Low No Yes; 1 NHorOH>5
Tabel 4.14 Hasil Prediksi ADME senyawa dalam tanaman pepaya (Carica papaya L.)
GI BBB
1. 5-(2-Chlorophenyl)Furan-2- High Yes Yes; 0 NorO≤10
77
5-[(2,4-dichlorobenzyl)sulfanyl]-
2. High Yes Yes; 0 NorO≤10
4H-1,2,4-triazol-3-amine (TO7)
3. Gibberellin A1 GA1 High No Yes; 0 NorO≤10

High No
4. Gibberellin A3 GA3 Yes; 0 NorO≤10
High No
5. Gibberellin A35 GA35 Yes; 0 NorO≤10
6. Danielone High No Yes; 0 NorO≤10
Benzylglucosinolate
7. Glucotropaeolin Low Yes Yes; 0 NorO≤10
Tropaeolin
*BBB (Blood Brain Barrier) = Sawar Darah Otak
GI absorbtion = Absorpsi Gastrointestinal
Lipinski rule = Aturan Lipinski
Tabel 4.13 dan Tabel 4.14 menunjukkan prediksi farmakokinetik ADME

dari senyawa ligan alami FCD dan TO7 serta senyawa turunan tanaman pepaya
(Carica papaya L.) dan meniran (Phyllanthus niruri L.). Parameter yang dilihat
berupa ADME (absorpsi, distribusi, metabolism, dan ekskresi suatu obat di dalam
tubuh ketika sudah dikonsumsi). Dari hasil parameter absorpsi gastrointestinal
(GI) ligan alami FCD dan TO7 menunjukkan absorpsi yang tinggi bersama
dengan senyawa tanaman pepaya (Carica papaya L.) yaitu Gibberellin A1 GA1,
Gibberellin A3 GA3, Gibberellin A35 GA35, dan Danielon sedangkan senyawa uji
yang menunjukkan absorpsi yang lemah yaitu Benzylglucosinolate. Untuk
senyawa meniran (Phyllanthus niruri L.) menunjukkan bahwa semua ligan uji
memiliki penyerapan yang rendah.
Kemampuan obat untuk menembus sawar darah otak Blood Brain Barrier
(BBB) merupakan parameter penting yang harus dipertimbangkan untuk
membantu mengurangi efek samping dan toksisitas atau untuk meningkatkan
efikasi obat yang aktivitas farmakologisnya ada di dalam otak (Abdullah dkk,
2021). Paramater BBB merupakan kemampuan yang memungkinkan pembuluh
darah melakukan vaskularisasi sistem saraf pusat (central nervous system, CNS)
yang mengatur dengan ketat pergerakan ion, molekul, dan sel antara darah dan
otak (Nusantoro dkk, 2020). Tabel 4.13 dan Tabel 4.14 menunjukkan bahwa
78
ligan FCD dan TO7 berpenetrasi melalui sawar darah otak begitupun dengan
beberapa senyawa turunan pepaya seperti Benzylglucosinolate yang juga dapat
berpenetrasi melalui sawar darah otak. Sedangkan, senyawa yang tidak mampu
melalui sawar darah otak yaitu Gibberellin A1 GA1, Gibberellin A3 GA3,
Gibberellin A35 GA35, dan Danielon. Sedangkan untuk senyawa dalam tanaman
meniran (Phyllanthus niruri L.) menunjukkan bahwa semua senyawa tidak dapat
berpenetrasi melalui sawar darah otak. Untuk lebih lengkapnya dapat dilihat pada
lampiran 8.
Analisis sifat fisikokimia dan profil farmatokinetik secara in silico
diperlukan sebagai rujukan awal dalam pengembangan senyawa obat. Aturan
yang dapat mendefinisikan suatu bioaktif bias dikategorikan berpeluang untuk
dikembangkan sebagai agen pengembangan obat, yakni berupa absorpsi,
distribusi, metabolisme, dan ekskresi (ADME). Guna memastikan bahwa hasil
analisis docking yang telah dilakukan memiliki potensi sebagai pengembangan
obat anti tuberkulosis, maka untuk menentukan hal tersebut harus dipastikan
apabila hasilnya memenuhi aturan lima Lipinski yakni; (a) massa molekul ≤ 500
dalton, (b) tingkat liposilisitas yang diekspresikan sebagai LogP ≤ 5, (c) ≤ 5 donor
ikatan hidrogen, (d) ≤ 10 akseptor ikatan hidrogen. Parameter tersebut
menyesuaikan dengan hasil analisis ADME (Azmi dkk, 2021). suatu senyawa
dikatakan memiliki permeabilitas tinggi apabila suatu senyawa tidak memiliki
penyimpangan dari aturan Lipinski atau hanya memiliki 1 penyimpangan dari
aturan Lipinski, jika senyawa memiliki lebih dari satu penyimpangan maka
senyawa tersebut dianggap memiliki permeabilitas yang rendah. Hasil prediksi
sifat fisikokimia senyawa uji menggunakan SwissADME ditunjukkan pada Tabel
4.15 dan Tabel 4.16.
Tabel 4.15 Hasil Prediksi sifat Fisikokimia senyawa dalam tanaman meniran
(Phyllanthus niruri L.)
Parameter
Donor Akseptor
No Nama senyawa Berat
Log P Ikatan Ikatan
Molekul
hidrogen Hidrogen
1. 5-(2-Chlorophenyl)Furan-2- 222.62 g/mol 1.91 1 3
79
2. 5-[(2,4- 275.16 g/mol 2.62 2 2
3. Nirurin 664.65 g/mol -2.35 9 15
4. Rutin Birutan 610.52 g/mol -3.89 10 16
Quercetin 3-O-alpha-L-
rhamnopyranosyl-(1->6)-beta-
D-glucopyranoside
Quercetin 3-O-beta
5. Fisetin 4ꞌ-glucoside 448.38 g/mol -2.10 7 11
6. Hirsutrin 464.38 g/mo -2.59 8 12
Isoquersetin
Isoquercetin
(-)-Isoquercetin Quercetin 3-
O-beta-D glucopyranoside
Quercetin
7. beta-Glucogallin 332.26 g/mol -2.29 7 10
8. Astragalin Kaempferol 448.38 g/mol -2.10 7 11
3-O-beta-D-glucoside
3-O-beta-D-glucopyranos
9. Quercetin 3-O-Rhamnoside 448.38 g/mol -1.84 7 11
10. Eriodictin 434.39 g/mol -1.15 6 10
Tabel 4.16 Hasil Prediksi sifat Fisikokimia senyawa dalam tanaman pepaya (Carica
papaya L.)
Parameter
Donor Akseptor
No Nama senyawa Berat
Log P Ikatan Ikatan
Molekul
hidrogen Hidrogen
1. 5-(2-Chlorophenyl)Furan-2- 222.62 g/mol 1.91 1 3
2. 5-[(2,4- 275.16 g/mol 2.62 2 2
3. Gibberellin A1 GA1 362.42 g/mol 1.98 2 6
6. Danielone 212.20 g/mol -0.28 2 5
7. Benzylglucosinolate 409.43 g/mol -1.65 5 10
Glucotropaeolin
Tropaeolin
Penelitian tentang sifat fisikokimia suatu senyawa yang berpotensi sebagai
80
obat berdasarkan lima hukum Lipinski dilakukan untuk mengetahui karakteristik
senyawa berupa berat molekul, Log P, donor ikatan hidrogen, akseptor ikatan
hidrogen. Berat molekul mempengaruhi kemampuan suatu senyawa untuk
melewati membran sel secara difusi pasif, jika senyawa tersebut memiliki berat
molekul (BM) lebih dari 500 g/mol maka kemampuan senyawa untuk berdifusi
melalui membran sel semakin sulit. Parameter Log P menggambarkan
kemampuan senyawa untuk larut dalam oktanol/air (membran biologis). Semakin
tinggi nilai Log P, semakin hidrofobik senyawa tersebut. Senyawa yang terlalu
hidrofobik cenderung memiliki nilai toksisitas yang tinggi karena tertahan lebih
lama di lipid bilayer dan terdistribusi secara luas di dalam tubuh sehingga
selektivitas pengikatan pada target menjadi berkurang. Nilai donor dan akseptor
ikatan hidrogen berhubungan dengan aktivitas biologis dari suatu molekul obat.
Ikatan hidrogen dapat mempengaruhi sifat-sifat kimia-fisika senyawa, seperti titik
didih, titik lebur, kelarutan dalam air, perubahan sifat-sifat tersebut dapat
berpengaruh terhadap aktivitas biologis senyawa. Jumlah donor dan akseptor
ikatan hidrogen mendeskripsikan semakin tinggi kapasitas ikatan hidrogen, maka
semakin tinggi energi yang dibutuhkan agar proses absorpsi dapat terjadi. Secara
umum aturan Lipinski menggambarkan solubilitas senyawa tertentu untuk
menembus membran sel oleh difusi pasif (Syahputra dkk., 2011).
Bobot molekul dari suatu senyawa sangat mempengaruhi permeabilitas
suatu obat. Selain dipengaruhi oleh bobot molekul, permeabilitas juga
dipengaruhi oleh akseptor ikatan hidrogen dan donor ikatan hidrogen. Semakin
besar akseptor dan donor ikatan hidrogen maka permeabilitas ligan akan semakin
buruk. Sehingga mempengaruhi proses dari absorpsi dan distribusi obat itu
sendiri.
Tabel 4.15 dan Tabel 4.16 menunjukkan bahwa ligan alami FCD dan TO7
tidak memiliki pelanggaran aturan Lipinski. Pada tanaman meniran (Phyllanthus
niruri L.) semua senyawa terbaiknya melanggar aturan lipinski, dalam artian
memiliki permeabilitas yang rendah. Namun terdapat dua senyawa yang
memiliki 1 pelanggaran aturan Lipinski yaitu senyawa beta-Glucogallin dan
Eriodictin dengan memiliki donor ikatan hidrogen ≤ 5, dalam artian senyawa ini
81
masih memasuki kategori senyawa yang memiliki permeabilitas tinggi. Pada
tanaman pepaya (Carica papaya L.) semua senyawanya tidak memiliki
pelanggaran aturan Lipinski, dari hasil tersebut dapat diprediksi bahwa kelima
senyawa tanaman pepaya mudah untuk diabsorbsi serta memiliki permeabilitas
yang baik sehingga dapat digunakan secara efektif untuk penggunaan oral.
BAB V. PENUTUP
5.1 Kesimpulan
Berdasarkan penelitian yang dilakukan, dapat disimpulkan bahwa:
1. Hasil nilai energi bebas ikatan (ΔG) dengan metode Induced-fit docking dari
senyawa pepaya dan meniran yang ditambatkan dengan kode PDB 3IU7
memiliki 5 senyawa terbaik. Dimana senyawa terbaik pada tanaman pepaya
(Carica papaya L.) yaitu terdapat pada senyawa Benzylglucosinolate dengan
nilai energi bebas ikatan sebesar -10,743 kkal/mol. Sedangkan senyawa
terbaik pada tanaman meniran (Phyllanthus niruri L.) yaitu terdapat pada
senyawa Rutin Birutan dengan nilai energi bebas ikatan sebesar -14,755
kkal/mol. Diketahui nilai afinitas kedua tanaman lebih baik dibandingkan
dengan kontrol positif (FCD) yaitu sebesar -5,764 kkal/mol.
Hasil nilai energi bebas ikatan (ΔG) dengan metode Induced-fit docking dari
senyawa meniran yang ditambatkan dengan kode PDB 3IU9 terdapat 5
senyawa terbaik untuk meniran. Dimana senyawa terbaik pada tanaman
meniran (Phyllanthus niruri L.) yaitu senyawa beta-Glucogallin dengan nilai
energi bebas ikatan sebesar -13,902 kkal/mol. sedangkan pada senyawa
pepaya tidak memiliki senyawa terbaik dibandingkan dari kontrol positif.
82
Diketahui nilai afinitas senyawa terbaik meniran lebih baik dibandingkan
dengan kontrol positif (TO7) yaitu sebesar -8,612 kkal/mol.
Perbedaan hasil dari penambatan kode PDB 3IU7 dan 3IU9 dengan senyawa
tanaman papaya dan meniran dikarenakan terdapat logam kofaktor yang
berbeda antara kedua PDB tersebut, dimana PDB 3IU7 memiliki logam
kofaktor Mn2+ dan PDB 3IU9 memiliki logam kofaktor Ni2+.
2. Senyawa Benzylglucosinolate yang merupakan senyawa terbaik dari tanaman
pepaya (Carica papaya L.) dengan kode PDB 3IU7 membentuk ikatan
hidrogen dengan asam amino HIE 114, THR 203, HIS 212, ASP 201 dan
membentuk interaksi hidrofobik pada asam amino TYR 97, TRP 255, CYS
105, PHE 211, PHE 100, CYS 113 dan PHE 202 serta membentuk interaksi
dengan logam Mn 286 dan Mn 287. Sedangkan senyawa Rutin Birutan yang
merupakan senyawa terbaik dari tanaman meniran (Phyllanthus niruri L.)
dengan kode PDB 3IU7 membentuk ikatan hidrogen dengan asam amino LYS
98, GLU 238, GLU 35, TYR 97, THR 203, dan membentuk interaksi
hidrofobik pada asam amino VAL 216, PHE 211, LEU 215, CYS 113, PHE
202, MET 240, PHE 100, TRP 255, TYR 97, dan ALA 33 serta membentuk
interaksi dengan logam Mn 286 dan Mn 287.
Hasil interaksi penambatan kode PDB 3IU9 dengan senyawa beta-Glucogallin
yang merupakan senyawa terbaik dari tanaman meniran (Phyllanthus niruri
L.) membentuk ikatan hidrogen dengan asam amino THR 133, SER 93, THR
203, GLU238 dan membentuk interaksi hidrofobik pada asam amino TYR 27,
TYR 97, CYS 105, TRP 255, PHE 211, PHE 202, CYS 113, dan MET 240
serta membentuk interaksi dengan Logam Ni 286 dan Ni 287.
Dari hasil perbandingan interaksi ligan uji (senyawa kandungan tanaman
pepaya dan meniran) dengan ligan alami (FCD dan TO7) didapatkan
kesamaan interaksi dalam hal ini menggambarkan kemiripan aktivitasnya.
Selain, interaksi hidrofobik dan ikatan hidrogen adanya interaksi logam cukup
mempengaruhi nilai afinitas suatu senyawa.
5.2 Saran
83
Adapun saran yang dapat diberikan peneliti adalah perlu dilakukan
penelitian lebih lanjut pada mekanisme lain dari penanganan bakteri
Mycobacterium tuberculosis dengan menggunakan senyawa yang terkandung
dalam tanaman Carica papaya L. dan Phyllanthus niruri L. dan dapat dilakukan
MD (molecular dynamic) pada senyawa inhibitor serta dilakukan uji in vivo dan
in vitro guna memastikan kesalahan dan kekurangan yang diperoleh.
DAFTAR PUSTAKA
Abdullah, SS., Purnawan PP., Irma A., Gerald R., Elly JS., Rezky PIA.,
Fatamorgana A., 2021, Analisis Sifat Fisikokimia, Farmakokinetik Dan
Toksikologi Pada Pericarpium Pala (Myristica fragransa) Secara Artificial
Intelligence. Chem. Prog, Vol.14(2).
Allegra, M., Marco T., Luisa T., Alessandro A., Giulia C., Anna MA., 2021,
Evaluation of the IKKβ Binding of Indicaxanthin by Induced-Fit Docking,
Binding Pose Metadynamics, and Molecular Dynamics. Frontiers in
Pharmacology, 12, doi: 10.3389/fphar.2021.701568
Aloufi, BH, and Alshammari, AM, 2022, Discovery of Potential Inhibitors of

Mycobacterium tuberculosis EthR Using Structure and Ligand Based in
silico Approaches. Indian Journal of Pharmaceutical Education and
Research, 56 (4), 1115–1122. https://doi.org/10.5530/ijper.56.4.193
Anggoro, A. 2015. Potensi Daun Pepaya (Carica papaya Sp.) sebagai Obat Anti
Tuberkulosis. Jurnal Farmasi Sains, 1(2).
Aprillia, E., dan Ami T., 2018. Review: Uji Aktivitas Tumbuhan Sebagai Anti-
Tuberkulosis, Farmaka, Vol. 16(2).
Arba, M. 2019. Buku Ajar Farmasi Komputasi. Deepublish, Yogyakarta.
Arwansyah, Ambarsari L., Sumaryada TI, 2014, Simulasi Docking Senyawa

Kurkumin Dan Analognya Sebagai Inhibitor Enzim 12-Lipoksigenase.
84
Current Biochemistry, 1(1), 36–39.
Azmi, SZK., Sinta AR., Melisa A., Reza L., Azlya LNA., Sunarno. 2021.
Analisis Aktivitas Inhibisi Kuersetin Pada Bawang Merah (Allium cepa L.)
terhadap Penetrasi SARS-CoV-2 Menggunakan Metode Molecular Docking.
Jurusan Biologi, Fakultas Sains dan Teknologi, Prosiding Seminar Nasional
Biologi (uin-alauddin.ac.id)
Bala, SC, Haque, N, Pillalamarri, V, Reddi, R, Kashyap, R, Marapaka, AK, and

Addlagatta, A, 2019. Discovery of a new class of type 1 methionine
aminopeptidases that have relaxed substrate specificity. International
Journal of Biological Macromolecules, 129, 523–529.
Bernaldez, MJA., Billones JB., Magpantay A, 2018, In silico analysis of binding

interactions between GSK983 and human DHODH through docking and
molecular dynamics. In AIP Conference Proceedings, Vol. 2045, No.1,.AIP
Publishing LLC.
Bhat, Z. S., Rather, M. A., Maqbool, M., dan Ahmad, Z. 2018. Drug targets
exploited in Mycobacterium tuberculosis: Pitfalls and promises on the
horizon. Biomedicine and Pharmacotherapy, 103.
Boyle, N. M. O., Banck, M., James, C. A., Morley, C., Vandermeersch, T. dan
Hutchison, G. R. 2011. Open Babel : An open chemical toolbox. Journal of
Cheminformatics, 3(33).
Bustanussalam. 2016. Pemanfaataan Obat Tradisional (Herbal) Sebagai Obat

Alternatif. BioTrends, Vol. 7(1).
Butarbutar, M. H. 2018. Hubungan Perilaku Dan Sanitasi Lingkungan Dengan

Pasien Tb Paru. Journal of Borneo Holistic Health, Vol. 1(1).
Daagema, AA., Orafa PN., dan Igbua FZ, 202, Nutritional Potentials and Uses of
Pawpaw (Carica papaya ): A Review. European Journal of Nutrition & Food
Safety, 12(3).
Darliana, D. 2011. Manajemen Pasien Tuberculosis Paru. PSIK-FK Unsyiah,

11(1).
Daina, A., Michielin, O., & Zoete, V., 2017, SwissADME: A free web tool to
evaluate pharmacokinetics, drug-likeness and medicinal chemistry
friendliness of small molecules. Scientific Reports, 7 (42717), 1–13.
Dewi, SAN, dan Gusti Made Sanjaya I, 2018, Study Komputasi Aktivitas
Senyawa Turunan Mangiferin Sebagai Anti Diabetes Tipe 1 Menggunakan
Metode Hksa (Hubungan Kuantitatif Struktur Dan Aktivitas) Dan
Penambatan Molekulcomputational Study of Mangiferin Compound and Its
Derivate As an Anti Diabetic T. Unesa Journal of Chemistry, 7 (1), 8–14.
85
Ervina, M. N. dan Yatin M. 2019. Etnobotani Meniran Hijau ( Phyllanthus Ninuri
L ) Sebagai Potensi Obat Kayap Ular ( Herpes Zoster ) dalam Tradisi Suku
Dayak Ngaju. Jurnal Jejaring Matematika dan Sains, Vol. 1(1).
Frimayanti, N., Lukman A., & Nathania L., 2021, Studi molecular docking
senyawa 1,5-benzothiazepine sebagai inhibitor dengue DEN-2 NS2B / NS3
serine protease. Chempublish Journal, 6 (1), 54–62.
Ghazaei, C. 2018. Mycobacterium tuberculosis and lipids : Insights into molecular

mechanisms from persistence to virulence. Journal of Research in Medical
Sciences, Vol. 1(2).
Goodsell, D. S., Zardecki, C., Costanzo, L. Di, Hudson, B. P., Persikova, I.,
Segura, J., Duarte, J. M., Young, J. Y., Shao, C., Voigt, M., Westbrook, J. D.
dan Burley, S. K. 2020. RCSB Protein Data Bank : Enabling biomedical
research and drug discovery. Protein Science, 29.
Hoagland, D., Liu, J., Lee, R. B., dan Lee, R. E. 2017. New agents for the
treatment of drug-resistant Mycobacterium tuberculosis. Adv Drug Deliv
Rev, 102 : 55–72.
Hairunnisa, 2019, Sulitnya Menemukan Obat Baru di Indonesia. Majalah

Farmasetika, 4(1).
Hanane, B, 2014, Theoretical Study of the Interactions Involved in the Inhibition

of Mycobacterium Tuberculosis Methionine Aminopeptidase by Several
Molecules. Computational Biology and Bioinformatics, 2 (5), 63.
Hasriyani., Maulindha N. M., Arina Z. P. dan Intansari S. 2021. Uji Antibakteri

Ekstrak Etanol 70% Daun Pepaya (Carica papaya L.) Terhadap Bakteri
Escherichia coli. Prosiding Seminar Nasional Farmasi UAD 2021, ISBN:
978-623-5635-06-4.
Irianti, Kuswandi, Yasin dan Kusumaningtyas. 2016. Mengenal Anti-

Tuberculosis. CV Gravika Indah.
John, SF, Aniemeke E, Ha NP, Chong CR, Gu P, Zhou J, Zhang Y, Graviss EA,
Liu JO, and Olaleye OA, 2016, Characterization of 2-hydroxy-1-
naphthaldehyde isonicotinoyl hydrazone as a novel inhibitor of methionine
aminopeptidases from Mycobacterium tuberculosis. Tuberculosis, 101, S73–
S77. https://doi.org/10.1016/j.tube.2016.09.025
Juhás, M, Pallabothula, VSK, Grabrijan K, Šimovičová M, Janďourek O,

Konečná K, Bárta P, Paterová P, Gobec, S, Sosič I, dan Zitko J, 2022,
Design, synthesis and biological evaluation of substituted 3-amino-N-
(thiazol-2-yl)pyrazine-2-carboxamides as inhibitors of mycobacterial
methionine aminopeptidase 1. Bioorganic Chemistry, 118, 105489.
86
Kalscheuer, R., Palacios, A., Anso, I., Cifuente, J., Anguita, J., Jr, W. R. J.,
Guerin, M. E., Prados-rosales, R. dan Park, B. T. 2019. The Mycobacterium
Tuberculosis Capsule: a Cell Structure with Key Implications in
Pathogenesis. Biochemical Journal, 476(14).
Kastritis, PL, dan Bonvin AMJJ, 2013, On the binding affinity of macromolecular
interactions: daring to ask why proteins interact. Journal of The Royal
Society Interface, 10 (79), 20120835. https://doi.org/10.1098/rsif.2012.0835
Kaur, M., Talniya, N. C., Sahrawat, S., Kumar, A. dan Stashenko, E. E. 2018.
Ethnomedicinal Uses, Phytochemistry and Pharmacology of Carica papaya
Plant: A Compendious Review. Mini-Reviews in Organic Chemistry, Vol.
16(5).
Kemenkes RI, 2021, Dashboard TB. Available athttps://tbindonesia.or.id/pustaka-

tbc/dashboard-tb/.
Kenyori, I. K., Alamsyah, maura shavira, dan Nurjanah, (2022). Studi In Silico
Senyawa Bioaktif Kuersetin Kulit Jeruk Nipis (Citrus Aurantifolia) Sebagai
Agen Anti kanker Payudara. BIMFI, 9(1), 1–10.
Lu, JP, Chai, SC, and Ye QZ, 2010, Catalysis and Inhibition of Mycobacterium
tuberculosis Methionine Aminopeptidase. Journal of Medicinal Chemistry,
53 (3), 1329–1337. https://doi.org/10.1021/jm901624n
Lu, JP, Yuan XH, and Ye QZ, 2012, Structural analysis of inhibition of
Mycobacterium tuberculosis methionine aminopeptidase by bengamide
derivatives. European Journal of Medicinal Chemistry, 47, 479–484.
https://doi.org/10.1016/j.ejmech.2011.11.017
Mar'iyah, K. dan Zulkarnain. 2021. Patofisiologi penyakit infeksi tuberkulosis.

November. Journal Uin Alauddin, ISBN: 987-602-72245-6-8.
Mukesh, B., dan Rakesh, K. 2011. Review Article Molecular Docking : A Review
Bachwani Mukesh, Kumar Rakesh. Vol. 2(6), ISSN 2229-3566.
Nakamura, Y., H. Asahi., Md. Altaf-Ul-Amin., Ken Kurokawa dan Shigehiko K.

2022. A Comprehensive Species-Metabolite Relationship Database,
Knapsack family.
Nusantoro, Y.R., dan Fadlan A., 2020, Analisis Sifat Mirip Obat, Prediksi
ADME, dan Penambatan Molekular Isatinil-2- Aminobenzoilhidrazon dan
kompleks logam transisi Co(II), Ni(II), Cu(II), Zn(II) Terhadap BCL2-XL.
Akta Kimindo, 5(2) : 114-126.
Olaleye, O, Raghunand TR, Bhat S, Chong, C, Gu P, Zhou J, Zhang Y, Bishai
WR, and Liu JO, 2011, Characterization of clioquinol and analogues as novel
inhibitors of methionine aminopeptidases from Mycobacterium tuberculosis.
87
Tuberculosis, 91, S61–S65. https://doi.org/10.1016/j.tube.2011.10.012
Olaleye, O, Raghunand TR, Bhat S, He J, Tyagi S, Lamichhane G, Gu P, Zhou J,

Zhang Y, Grosset J, Bishai WR, and Liu JO, 2010, Methionine
Aminopeptidases from Mycobacterium tuberculosis as Novel
Antimycobacterial Targets. Chemistry & Biology, 17 (1), 86–97.
https://doi.org/10.1016/j.chembiol.2009.12.014
Onyenaka, CC., 2022, Discovery of OJT008 as a No y of OJT008 as a Novel

Inhibit el Inhibitor of My or of Mycobacterium cobacterium tuberculosis,
Dissertation, Texas Southern University, United States of America.
Pati, S., 2021, Docking Studies Of Curcumin Analogs Against Methionine

Aminopetidase 2 And Biological Evaluation Of Lead Molecules In Colon
Cells, Thesis, University of Saskatchewan, Canada.
Perdana, PGR., Wira, 2022, Review: Aktivitas Imunomodulator Ekstrak Herba

Meniran (Phyllanthus niruri L.). Pande Gede Raditya Wira Perdana 2022.
Vol. 9(1).
Pratama, AA., Yusnita R., Asnah M., 2017, Docking Molekuler Senyawa 5,5’-
Dibromometilsesamin. Majalah Farmasi dan Farmakologi (MFF),
Vol.21(3).
Pribadi, S., Langitan A. dan Anggara A, 2020, Manajemen limfadenitis

tuberkulosis. Jurnal Medical Profession (MedPro), Vol.2(3).
Qoonita, F and Daryono, H.T., 2012, Hubungan Kuantitatif Struktur Dan

Aktivitas Senyawa Turunan 3-Haloasilaminobenzilurea Sebagai Inhibitor
Pembentukan Mikrotubulus, Acta Pharmaceutical Indonesia, 27, 76-80.
Rachmania, RA, Supandi, and Anggun LO, 2015, Senyawa diterpenoid lakton
herba sambiloto. Pharmacy, 12 (02), 210–222
Rachmania, RA, Supandi, Frisca ADC., 2016. Analisis Penambatan Molekul

Senyawa Flavonoid Buah Mahkota Dewa (Phaleria macrocarpa (Scheff.)
Boerl.) Pada Reseptor α-Glukosidase Sebagai Antidiabetes. Pharmacy,
13(2).
Rahmah, M. H. 2021. Uji Aktivitas Antibakteri Fraksi N-Heksan dari Ekstrak

Daun Meniran (Phyllanthus niruri L.) terhadap Pertumbuhan Bakteri
Salmonella sp. SAINTIFIK . Vol. 7(2).
Ratnawati, G., Nita, S. dan Tri, W. 2019. Skrining Aktivitas Anti Tuberkulosis
Tumbuhan Obat Riset Tumbuhan Obat dan Jamu 2012, Jurnal Jamu
Indonesia, Vol. 4(2).
Ruslin., Nindy R. Az Yana. dan Mesi L. 2020. Desain Turunan AntiInflamasi
88
Senyawa Leonurine Sebagai Kandidat Obat (Design of Leonurine
Derivatives as Anti-Inflammatory Candidates). Jurnal Farmasi Galenika,
Vol. 6(1).
Safithri, F. 2017. Diagnosis TB Dewasa dan Anak Berdasarkan ISTC

(International Srandard for TB Care). Saintika Medika, Vol. 7(2).
Sahulika, H., J. Pramodya Wardhani., Intan R. Utami dan Yusniar H. 2012. Mie
Sehat Meniran Sebagai Upaya Pemercepat Penyembuhan Penyakit
Tuberkulosis. Jurnal Ilmiah Mahasiswa, Vol. 2(2).
Salsabila, N., Lia Y. B., dan Siti K., 2021. Aktivitas Cairan Kulit Dan Biji Buah
Pepaya (Carica Papaya L.) dalam Menurunkan Jumlah Koloni, Homeostasis,
Vol. 4(3), 575–583.
Shah, B., Modi, P., dan Sagar, S. R. 2020. In silico studies on therapeutic agents
for COVID-19 : Drug repurposing approach. Life Sciences, 252.
Sunarni, T., Prastiwi, R. dan Rinanto, Y. 2013. Kombinasi Ekstrak Etanol Buah
Mengkudu (Morinda citrifolia L.) dan Daun Pepaya (Carica papaya L.)
sebagai Hepatoprotektif selama Pengobatan Tuberkulosis. Jurnal Ilmu
Kefarmasian Indonesia, Vol. 11(2).
Supriya, T., Shankar, M., Lalitha, S. K., Dastgiri, J., dan Babu, M. N. 2016. A
Over View On Molecular Docking. AJBPR. Vol. 3(2).
Susanti, NMP., Saputra DPD., Hendrayati PL., Parahyangan IPDN., and Swandari
IADG., 2018, Molecular Docking Sianidin dan Peonidin Sebagai
Antiinflamasi pada Aterosklerosis Secara In Silico. Jurnal Farmasi
Udayana, 7(1), 28–33. https://doi.org/10.24843/jfu.2018.v07.i01.p04
Syahputra, G., Ambarsari L., dan Sumaryada, T., 2011, Simulasi Docking
Kurkumin Enol, Bisdemetoksi Kurkumin dan Analognya sebagai Inhibitor
Enzim12-Lipoksigenase. Jurnal Biofisika, 10 (1), 55–67.
Syahputra, G., Laksmi A., dan Tony IS., 2014, Simulasi Docking Kurkumin Enol,
Bisdemetoksikurkumin dan Analognya Sebagai Inhibitor Enzim12-
Lipoksigenase, Jurnal Biofisika, 10 (1), 56, 62.
Tallei, T. E., Tumilaar, S. G., Niode, N. J., Fatimawali, Kepel, B. J., Idroes, R.,
Effendi, Y., Sakib, S. A., and Emran, T. Bin. 2020, Potential of Plant
Bioactive Compounds as SARS-CoV-2 Main Protease (Mpro) and Spike (S)
Glycoprotein Inhibitors: A Molecular Docking Study. Scientifica, 20.
https://doi.org/10.1155/2020/6307457
Tripathi, D., dan Imran S., 2020, Molecular Docking And In-Silico Adme Studies
Of Novel Derivative Of Erlotinib In Glioma. International Journal Of
Pharmaceutical Sciences And Research, 11(5), 2498–2503.
89
Https://Doi.Org/10.13040/Ijpsr.0975-8232.11(5).2498-03
Toppo, A. L., Yadav, M., Dhagat, S., Ayothiraman, S. dan Eswari, J. S. 2021.
Molecular docking and ADMET analysis of synthetic statins for HMG-CoA
reductase inhibition activity. Indian Journal of Biochemistry & Biophysics,
Vol.58.
Ummah, K., Mahardika, R. G., dan Mardliyah, A., 2020, Sintesis Senyawa Vanilil
Metil Keton dan Uji Aktivitas Antiinflamasi terhadap Enzim COX-1 dan
COX-2 melalui Analisis In Silico. ALCHEMY, 8(2), 1-11.
Vanunu, M, Schall P, Reingewertz TH, Chakraborti PK, Grimm B, and Barkan D,

2019, MapB Protein is the Essential Methionine Aminopeptidase in
Mycobacterium tuberculosis. Cells, 8(5), 393.
Vetro, JA, Dummitt B, and Chang YH, 2004, Methionine Aminopeptidase. In

Aminopeptidases in Biology and Disease (pp. 17–44). Springer US.
https://doi.org/10.1007/978-1-4419-8869-0_2
LAMPIRAN
Lampiran 1. Pencarian dan Pengunduhan Reseptor Methionine Aminopeptidase
(MetAP) dengan kode 3IU7 dan 3IU9
 Pencarian reseptor dengan sequence
 Buka google chrome > kunjungi website
(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/)
 Lakukan pencarian dengan memasukkan nama bakteri
Mycobacterium tuberculosis
 Klik protein ID >> FASTA >> Coppy Sequence
 Buka website (http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/cgi-
bin/pdbsum/GetPage.pl?pdbcode=index.html) >> pilih sequence
search >> paste sequence
 Dipilih kode PDB 3IU7 dan 3IU9
 Pencarian reseptor dengan kode PDB 3IU7 dan 3IU9
 Buka google chrome > kunjungi website https://www.rcsb.org/
 Masukkan kode PDB 3IU7 dan 3IU9
90
Lampiran 2. Pencarian Struktur 3D Senyawa Carica papaya L. dan Phyllanthus
niruri L.
 Pencarian Struktur Senyawa
 Buka website http://knapsack3d.sakura.ne.jp/
 Masukkan nama tanaman lalu kliks search
91
Lampiran 3. Langkah-Langkah penambatan molekul protein Methionine
Aminopeptidase (MetAP) dengan Carica papaya L. dan Phyllanthus niruri L.
menggunakan Maestro
 Memulai Maestro.
 Klik dua kali pada ikon Maestro
 Preparasi Grid Box
 Buka aplikasi maestro
 Masukan masing-masing reseptor kode PDB 3IU7 dan 3IU9
 Klik task, pilih reseptor grid generation
 Klik site, kemudian masukkan ukuran grid

 Running
 Preparasi Ligan
 Masukan ligan (senyawa tanaman)
92
 Klik task, kemudian pilih ligprep
 Klik file (Ubah dalam bentuk projek table)

 Pilih job name (masukan nama sesuai senyawa yang dipreparasi)
 Running
 Penambatan Molekul
 Klik task, pilih ligan docking
 Klik browser (masukan glide grid)
93
 Klik browser (masukan ligan hasil preparasi)
 Klik settings, pilih Xp (extra precision), Running.
Lampiran 4. Hasil Analisa Penambatan Molekul Senyawa dalam Tanaman

pepaya (Carica papaya L.) dan meniran (Phyllanthus niruri L.)
dengan Reseptor Methionine Aminopeptidase (MetAP) kode PDB
3IU7 dan 3IU9.
 Hasil Analisa Penambatan Molekul Senyawa dalam Tanaman pepaya
(Carica papaya L.) dengan Reseptor Methionine Aminopeptidase (MetAP)
kode PDB 3IU7.
No Nama Senyawa ΔG/ (Kkal/ mol) Interaksi 2 Dimensi

Sp Xp
1. Gibberellin A55 GA55 -4.764 -3.741
2. Carpaine -2.568 -2.578
3. Benzyl isothiocynate -5.006 -3.569
94
4. Isopropylcyclohexane -5.122 -3.895
 Hasil Analisa Penambatan Molekul Senyawa dalam Tanaman meniran

(Phyllanthus niruri L.) dengan reseptor MetAP kode PDB 3IU7.
Sp Xp
1. Phyllathin -6.906 -6.700
2. Hypophyllanthin -5.861 -3.367
95
3. Hinokinin -8.486 -7.538
(-)-Hinokinin
Hinoquinin
(-)-Hinoquinin
4. Gallic acid -7.978 -6.460
5.
(-)-beta-Sitosterol -3.367 -3.452
Sitosterol
beta-sitosterol
6. Quercetin -8.442 -8.879
96
7. Kaempferol 4ꞌ-rhamnoside -8.481 -8.423
8. 4-Methoxynorsecurinine -4.563 -2.303
9. Niranthin -6.472 -5.679
97
13. Nirtetralin (+)-Nirtetralin -3.914 -4.317
14. Lintetralin (+)-Lintetralin -5.193 -5.386
 Hasil Analisa Penambatan Molekul Senyawa dalam Tanaman meniran

(Phyllanthus niruri L.) dengan reseptor MetAP kode PDB 3IU9.
Sp Xp
1. Phyllathin -5.424 -5.981
98
2. Hypophyllanthin -3.500 -2.578
3. Hinokinin -9.246 -8.150

(-)-Hinokinin
Hinoquinin
(-)-Hinoquinin
4. Gallic acid -5.108 -5.997
5.
(-)-beta-Sitosterol -3.619 -3.597
Sitosterol
beta-sitosterol
99
6. Quercetin -8.298 -8.661
7. Kaempferol 4ꞌ-rhamnoside -8.078 -8.867
11. 4-Methoxynorsecurinine -8.454 -7.224
12. Niranthin -4.040 -5.252
100
13. Nirtetralin (+)-Nirtetralin -3.636 -2.903
14. Lintetralin (+)-Lintetralin -3.586 -3.219
Lampiran 5. Perbandingan Interaksi Ligan Alami FCD dan TO7 dengan

Senyawa yang Terkandung dalam tanaman pepaya (Carica papaya
L.) dan meniran (Phyllanthus niruri L.)
 Perbandingan Interaksi Ligan Alami FCD dengan Senyawa yang Terkandung
dalam Tanaman pepaya (Carica papaya L.)
Interaksi Ikatan Jarak

No Nama Senyawa
TYR 97
OH (THR 203) 1,87 Å
Gibberellin A55 GA55 TRP 255
OH (THR 203) 2,08 Å
1. PHE 202
OH (THR 203) 2,66 Å
VAL 216
VAL 257
ILE 250
Carpaine TYR 248
TYR 97
- -
2.
TRP 255
PHE 202
VAL 216
PHE 211 - -
3. Benzyl isothiocynate TYR 97
TRP 255
101
PHE 100
CYS 105
PHE 211
Isopropylcyclohexane TYR 97
4.
TRP 255 - -
PHE 100
CYS 105
 Perbandingan Interaksi Ligan Alami FCD dengan Senyawa yang Terkandung

dalam Tanaman meniran (Phyllanthus niruri L.)

PHE 211 O (THR 230) 2,33 Å
1. Phyllathin CYS 105 O (THR 230) 2,40 Å
VAL 132
PHE 100
TRP 255
TYR 97
MET 240
PHE 202
PHE 202 - -
2. Hypophyllanthin MET 240
PHE 211
CYS 105
PHE 100
TYR 97
TRP 255
PHE 202 O (THR 203) 2,16 Å
3. Hinokinin PHE 211
MET 240
(-)-Hinokinin
CYS 105
Hinoquinin TRP 255
PHE 100
(-)-Hinoquinin
TYR 97
PHE 211 OH (GLU 238) 1,81 Å
4. Gallic acid TYR 97
ILE 250 - -
5. (-)-beta-Sitosterol TYR 248
PHE 202
Sitosterol
CYS 105
beta-sitosterol PHE 211
TYR 97
PHE 100
TRP 255
PHE 202 OH (THR 203) 2,10 Å
6. Quercetin PHE 211 OH (GLU 238) 1,80 Å
TYR 97
PHE 202 OH (THR 203) 2,41 Å
7. Kaempferol 4ꞌ-rhamnoside PHE 211 OH (GLU 238) 1,92 Å
CYS 105
PHE 100
102
TRP 255
TYR 97
LEU 215
VAL 216
PHE 202 - -
8. 4-Methoxynorsecurinine MET 240
TRP 255
TYR 97
PHE 202 O (THR 203) 2,05 Å
9. Niranthin MET 240
PHE 100
TYR 97
CYS 105
PHE 211
TRP 255
PHE 202 O (THR 203) 1,87 Å
10. Nirtetralin (+)-Nirtetralin TYR 97 O (LYS 98) 2,33 Å
MET 240 O (LYS 98) 1,96 Å
TRP 255
PHE 100
CYS 105
PHE 211
PHE 202 O (THR 203) 1,93 Å
11. Lintetralin (+)-Lintetralin PHE 211
MET 240
CYS 105
TYR 97
PHE 100
TRP 255
 Perbandingan Interaksi Ligan Alami TO7 dengan Senyawa yang Terkandung

dalam Tanaman meniran (Phyllanthus niruri L.)

PHE 211 - -
1. Phyllathin PHE 100
TRP 255
TYR 97
TYR 27
CYS 105
CYS 113
MET 240
PHE 202
TRP 255 - -
2. Hypophyllanthin TYR 97
PHE 211
CYS 113
MET 240
PHE 202
TYR 97
103
TYR 27 - -
3. Hinokinin PHE 211
TYR 97
(-)-Hinokinin
CYS 105
Hinoquinin CYS 113
MET 240
(-)-Hinoquinin
PHE 202
VAL 216
PHE 211 OH (GLU 238) 2,01 Å
4. Gallic acid TYR 97
TRP 255
PHE 202 - -
5. (-)-beta-Sitosterol CYS 105
TRP 255
Sitosterol
PHE 100
beta-sitosterol TYR 97
PHE 211
LYS 98
TYR 97 OH (GLU 238) 1,56 Å
6. Quercetin PHE 211 OH (THR 203) 1,99 Å
TRP 255 OH (ASP 201) 2,78 Å
CYS 105
MET 240
PHE 202
TRP 255 OH (GLU 238) 1,70 Å
7. Kaempferol 4ꞌ-rhamnoside TYR 97 OH (ASP 201) 1,85 Å
PHE 202
PHE 211
CYS 105
MET 240
VAL 257
ILE 250
TYR 248
TYR 27 - -
11. 4-Methoxynorsecurinine PHE 211
PHE 100
TRP 255
TYR 97
CYS 105
PHE 100 O (LYS 98) 2,03 Å
12. Niranthin TRP 255 O (THR 203) 1,87 Å
PHE 211
TYR 97
CYS 105
MET 240
CYS 113
PHE 202
VAL 216
TRP 255 O (THR 203) 2,26 Å
13. Nirtetralin (+)-Nirtetralin PHE 211
TYR 97
MET 240
PHE 202
VAL 216
104
TRP 255 O (GLN 267) 2,40 Å
14. Lintetralin (+)-Lintetralin TYR 97
PHE 211
MET 240
CYS 113
PHE 202
VAL 216
Lampiran 6. Langkah-Langkah Induced-Fit Docking protein Methionine

Aminopeptidase (MetAP) dengan Tanaman Pepaya (Carica papaya
L.) dan Meniran (Phyllanthhus niruri L.) menggunakan Maestro.
 Induced-Fit Docking
 Masukan senyawa hasil docking
 Klik task, pilih induced-Fit docking
 Pilih browse, masukkan file ligprep ligan

 Pilih reseptor, klik centroid of workspace ligand, klik pick
105
 Pilih reseptor, klik control of workplace ligand, klik pick
 Pilih glide docking, klik trim side chains
 Pilih glide redocking, pilih Xp

 Running
106
Lampiran 7. Perbandingan Interaksi Xp docking dan IFD
Perbandingan Hasil Analisis Interaksi Xp docking dengan IFD senyawa tanaman pepaya (Carica papaya L.) PDB 3IU7.
Xp docking Induced-Fit docking (IFD)

No. Senyawa
Interaksi Hidrofobik Ikatan Hidrogen Interaksi Logam Interaksi Hidrofobik Ikatan Hidrogen Interaksi Logam
TYR 97 - O (MN 287) PHE211 O (HIE114) O- (MN 286)

PHE 100 O- (MN 286) TYR97 O- (MN 287)
1. FCD PHE 211 O- (MN 287) PHE100
CYS 105 CYS105
TRP 255 TRP255
TRP255 O (LYS98) OH (MN 287) TYR97 OH (THR203) O (MN 286)
TYR97 OH (GLU238) TRP255 OH (HIS212) O- (MN 286)
Benzylglucosinolate PHE211 OH (GLU238) CYS105 OH (ASP201) O- (MN 287)
2. Glucotropaeolin CYS105 PHE211 OH (ASP201)
Tropaeolin MET240 PHE100 OH (HIE114)
PHE202 CYS113
PHE202
MET240 O- (THR203) OH (MN 286) PHE211 OH (THR203) O (MN 286)
PHE202 OH (GLU238) OH (MN 287) TYR97 OH (HIE114)
CYS113 PHE202
3. Gibberellin A3 GA3 MET240
PHE211
CYS113
TYR97
CYS105
TRP255
PHE202 O (LYS98) - PHE211 OH (GLU238) OH (MN 286)
TYR97 OH (HIS212) TYR97 O- (LYS98)
PHE100 PHE202 OH (HIE114)
4. Gibberellin A35 GA35
TRP255 MET240
CYS113
CYS105
106
PHE211 OH (GLU238) OH (MN 286) CYS104 OH (HIS212) O (MN 286)
PHE202 OH (MN 287) PHE211 OH (MN 287)
TRP255 PHE100
5. Danielon TYR97
PHE100
CYS105
CYS105
TRP255
TYR97
PHE100 O (LYS98) - PHE211 OH (HIS212) -
TYR97 TYR97 O- (LYS98)
6. Gibberellin A1 GA1 TRP255 PHE202 O (HIE114)
PHE202 PHE100
TRP255
Perbandingan Hasil Analisis Interaksi Xp docking dengan IFD senyawa tanaman meniran (Phyllanthus niruri L.) PDB 3IU7.

No. Senyawa
TYR 97 - O (MN 287) PHE211 O (HIE114) O- (MN 286)

PHE 100 O- (MN 286) TYR97 O- (MN 287)
1. FCD PHE 211 O- (MN 287) PHE100
CYS 105 CYS105
TRP 255 TRP255
2. Rutin Birutan VAL216 OH (HIS212) OH (MN 286) VAL216 OH (LYS98) OH (MN 286)
Quercetin 3-O-alpha-L- PHE202 OH (GLU35) OH (MN 287) PHE211 OH (LYS98) OH (MN 287)
rhamnopyranosyl- PHE211 OH (LYS98) LEU215 OH (GLU238)
(1->6)-beta-D glucopyranoside TYR97 OH (THR203) CYS113 OH (GLU238)
Quercetin 3-O-beta TRP255 OH (THR203) PHE202 OH (GLU35)
MET240 OH (TYR97)
OH (GLU238) PHE100 OH (THR203)
TRP255 OH (THR203)
TYR97 OH (THR203)
107
ALA33
PHE211 OH (GLY254) OH (NI 286) VAL216 OH (THR203) OH (MN 286)
ILE250 OH (THR203) LEU215 OH (THR203) OH (MN 287)
Astragalin MET240 OH (THR203) PHE202 OH (THR203)
Kaempferol 3-O-beta-D-glucoside PHE202 OH (GLU238) MET240 OH (GLU238)
3. PHE211 OH (TYR97)
Kaempferol 3-glucoside 3-O- CYS105
TRP255
beta-D- glucopyranos PHE100 PHE100
TYR97 TYR97
TRP255
VAL216 OH (GLU238) OH (MN 287) TRP255 OH (THR203) OH (MN 286)
MET240 OH (GLU238) - PHE100 OH (THR203)
PHE211 OH (ASP201) TYR97 OH (GLU 238)
TYR97 OH (THR203) PHE211
PHE202 CYS105
4. Nirurin
TYR248 CYS113
TRP255 PHE202
ILE250 MET240
VAL257
PRO31
VAL216 OH (THR203) OH (MN 286) VAL216 OH (THR203) OH (MN 286)
Hirsutrin PHE202 OH (THR203) OH (MN 287) PHE202 OH (THR203) OH (MN 287)
Isoquersetin MET240 OH (GLU238) CYS113 OH (THR203)
Isoquercetin PHE211 MET240 OH (GLU 238)
5. OH (GLU 238)
(-)-Isoquercetin Quercetin 3-O- TYR97 PHE211
beta-D glucopyranoside TRP255 TRP255
Quercetin PHE100
TYR97
6. Eriodictin VAL216 OH (THR203) OH (MN 286) PHE202 OH (THR203) OH (MN 286)
PHE202 OH (THR203) OH (MN 287) MET240 OH (ASP201) OH (MN 286)
PHE211 OH (ASP201) TYR97 OH (GLU238) OH (MN 287)
CYS105 OH (GLU238) PHE211 OH (HIE114)
108
TYR97 VAL257 OH (GLY254)
TRP255 CYS113
TRP255
ILE250
Perbandingan Hasil Analisis Interaksi Xp docking dengan IFD senyawa tanaman meniran (Phyllanthus niruri L.) PDB 3IU9.

No. Senyawa
TYR27 NH2 (HIS212) N (NI 287) CYS105 NH2 (GLU269) N (NI 286)
TYR97 HN (GLU238) TYR27 HN (HIS114)
PHE211 TYR97
1. TO7
TRP255 PHE211
PHE202
CYS105
PHE211 OH (THR203) OH (NI 286) TYR27 OH (THR133) OH (NI 286)
TYR97 OH (THR203) OH (NI 287) TYR97 OH (SER93) OH (NI 287)
PHE202 OH (GLU238) CYS105 OH (SER93)
beta-Glucogallin OH (ASP201) TRP255 OH (THR203)
2.
PHE202 OH (GLU238)
PHE211
CYS113
MET240
TRP255 OH (LYS98) OH (NI 287) TYR97 OH (TYR97) OH (NI 287)
Rutin Birutan PHE211 OH (THR203) TRP255 OH (LYS98)
Quercetin 3-O-alpha-L- TYR97 OH (ASP201) CYS105 OH (THR203)
3. rhamnopyranosyl- CYS105 OH (ASP201) PHE202 OH (THR203)
(1->6)-beta-D glucopyranoside PHE211 OH (THR203)
PHE202
Quercetin 3-O-beta VAL216 OH (GLU238)
VAL216 OH (ASP201)
109
TYR97 OH (GLU238) OH (NI 287) MET240 OH (THR203) OH (NI 287)
Hirsutrin TRP255 OH (THR203) PHE211 OH (THR203)
Isoquersetin CYS105 OH (THR203) TRP255
Isoquercetin PHE202
4. PHE211 OH (LYS98)
(-)-Isoquercetin Quercetin 3-O- PHE100
VAL216
beta-D glucopyranoside TYR97
PHE202 ILE250
Quercetin
VAL257
PHE211 OH (LEU215) OH (NI 286) TYR27 OH (SER93) O (NI 286)
TRP255 OH (THR203) PHE211 OH (THR203)
TYR97 OH (HIS114) CYS113 OH (TYR248)
CYS105 TYR97 OH (ASP201)
5. Fisetin 4ꞌ-glucoside CYS113 MET240
MET240 PHE202
PHE202 TYR248
VAL216 ILE250
LEU215
TRP255 OH (LYS98) OH (NI 286) TYR97 OH (THR203) O- (NI 286)
ILE250 OH (THR203) TRP255 OH (THR203) OH (NI 287)
VAL257 OH (ASP201) PHE202
6. Quercetin 3-O-L-rhamnoside VAL216
TYR97
PHE211
PHE211
CYS105
PHE202
110
Lampiran 8. Hasil Analisis SwissADME
Hasil prediksi ADME menggunakan webtools SwissADME
(http://www.swissadme.ch /index.php).
 Hasil Prediksi SwissADME ligan alami dan senyawa dalam tanaman
meniran (Phyllanthus niruri L.)
GI BBB
1. Phyllanthin High No Yes; 0 NorO≤10
2. Hypophyllanthin High Yes Yes; 0 NorO≤10
3. Hinokinin
(-)-Hinokinin High Yes Yes; 0 NorO≤10
Hinoquinin
(-)-Hinoquinin
4. Gallic acid High No Yes; 0 NorO≤10
5. (-)-beta-Sitosterol Low No Yes; 1 MLOGP>4.15

Sitosterol
beta-sitosterol
6. Quercetin High No Yes; 0 NorO≤10
7. Kaempferol 4ꞌ-rhamnoside Low No Yes; 1 NHorOH>5

8. 4-Methoxynorsecurinine High No Yes; 0 NorO≤10
9. Niranthin High Yes Yes; 0 NorO≤10
10. Nirtetralin (+)-Nirtetralin High Yes Yes; 0 NorO≤10

11. Lintetralin (+)-Lintetralin
High Yes Yes; 0 NorO≤10
 Hasil Prediksi SwissADME ligan alami dan senyawa dalam tanaman

pepaya (Carica papaya L.)
GI BBB
1. Gibberellin A55 GA55 High No Yes; 0 NorO≤10
2. Carpaine High No Yes; 0 NorO≤10
3. Benzyl isothiocynate High Yes Yes; 0 NorO≤10
4. Isopropylcyclohexane Low Yes Yes; 0 NorO≤10
 Hasil Prediksi Sifat Fisikokimia Ligan Alami dan Senyawa Dalam tanaman
meniran (Phyllanthus niruri L.)
111
Parameter
Berat Donor Akseptor
No Nama senyawa Molekul Log P Ikatan Ikatan
hidrogen Hidrogen
1. Phyllanthin 418.52 g/mol 2.43 0 6
2. Hypophyllanthin 430.49 g/mol 1.91 0 7
3. Hinokinin 354.35 g/mol 2.71 0 6
(-)-Hinokinin
Hinoquinin
(-)-Hinoquinin
4. Gallic acid 170.12 g/mol -0.16 4 5
5. (-)-beta-Sitosterol 414.71 g/mol 6.73 1 1

Sitosterol
beta-sitosterol
6. Quercetin 302.24 g/mol -0.56 5 7
7. Kaempferol 4ꞌ-rhamnoside 432.38 g/mol -1.34 6 10
8. 4-Methoxynorsecurinine 233.26 g/mol 1.10 0 4
9. Niranthin 432.51 g/mol 1.91 0 7
10. Nirtetralin (+)-Nirtetralin 430.49 g/mol 1.91 0 7
11. Lintetralin (+)-Lintetralin
400.46 g/mol 2.23 0 6
 Hasil Prediksi Sifat Fisikokimia Ligan Alami dan Senyawa Dalam tanaman
pepaya (Carica papaya L.)
Parameter
No Nama senyawa Berat Log P Donor Akseptor
Molekul Ikatan Ikatan
hidrogen Hidrogen
2. Carpaine 478.71 g/mol 3.75 2 6
3. Benzyl isothiocynate 464.38 g/mo -2.59 8 12
4. Isopropylcyclohexane
126.24 g/mol 4.13 0 0
112

Skripsi - Nur Laili Anjuni Isnaini - O1a118102

Diunggah oleh

Informasi Dokumen

Judul Asli

Hak Cipta

Format Tersedia

Bagikan dokumen Ini

Bagikan atau Tanam Dokumen

Opsi Berbagi

Apakah menurut Anda dokumen ini bermanfaat?

Apakah konten ini tidak pantas?

Hak Cipta:

Format Tersedia

Skripsi - Nur Laili Anjuni Isnaini - O1a118102

Diunggah oleh

Hak Cipta:

Format Tersedia

STUDI PENAMBATAN MOLEKUL SENYAWA DALAM TANAMAN

PEPAYA (Carica papaya L.) DAN MENIRAN (Phyllanthus niruri L.)

Diajukan untuk memenuhi Syarat

Nur Laili Anjuni Isnaini

PROGRAM STUDI FARMASI

Akhir kata penulis menyampaikan penghargaan yang setinggi-tingginya

Kendari, 04 Januari 2023

Nur Laili Anjuni Isnaini

Tabel 4.1 Hasil Analisis Penambatan Molekul Senyawa Tanaman

BTA Bakteri tahan asam

STUDI PENAMBATAN MOLEKUL SENYAWA DALAM TANAMAN

Nur Laili Anjuni Isnaini

Kata kunci: Mycobakterium tuberculosis, Pepaya (Carica papaya L.),

Nur Laili Anjuni Isnaini

Tuberculosis (TB), an infectious disease caused by Mycobacterium tuberculosis

Kata kunci: Mycobakterium tuberculosis, Papaya (Carica papaya L.),

1.2 Rumusan Masalah

1.3 Tujuan Penelitian

1. Untuk mengetahui nilai energi ikatan dari kandungan senyawa pada

1. Bagi peneliti sendiri, diharapkan dapat menambah ilmu pengetahuan,

Gambar 2.1 Struktur Bakteri Mycobacterium Tuberculosis

Salah satu keunggulan program kelangsungan hidup mikobakteri adalah

Gambar 2.2 Penggambaran sederhana dari siklus Mtb.

Gambar 2.3 Garis waktu dan evolusi terapi untuk tuberculosis

Mekanisme kontrol ko-translasi pada MetAP dilestarikan dalam semua

Gambar 2.5 Khasiat pengobatan tanaman pepaya

Tanaman C. papaya biasanya tumbuh sebagai tanaman bertangkai tunggal

2.4 Tanaman Meniran (Phyllanthus niruri L.)

Gambar 2.6 Tanaman meniran (P. niruri L.) (Perdana, 2022).

2.5 Penemuan Obat Baru

Gambar 2.7 Tahapan Penemuan dan Pengembangan Obat (Arba, 2019).

2.6 Pengembangan Senyawa Obat

2.7 Penambatan Molekul

2.8 Sumber Informasi Database

a. PDB (Protein Data Bank)

2.10 Afinitas Ikatan (Binding Affinity) dan Modus Pengikatan

Gambar 2.8 Kerangka Konsep Penelitian

BAB III. METODOLOGI PENELITIAN

3.2 Jenis Penelitian

3.3 Bahan Penelitian

Tabel 3.1 Struktur senyawa pada Carica papaya L.

No. Nama Senyawa Rumus Struktur dan Rumus Molekul

Tabel 3.2 Struktur senyawa pada Phyllanthus niruri L.

No Nama Senyawa Rumus Struktur dan Rumus Molekul

3.4 Alat Penelitian/Instrumen Penelitian

3.6 Definisi Operasional

b. Pengunduhan dan Preparasi Reseptor

c. Pengunduhan dan Preparasi Ligan Uji

d. Preparasi Grid Box

e. Penambatan Molekul dengan Ligan

Tuberkulosis (TB) disebabkan oleh infeksi Mycobacterium tuberculosis

(Myr)-Gly-AA3-AA4-AA5-[Ser/Thr]- (Ac)-AA2-AA3-AA4- AA2 = E,D,F,I,L,N,W

Gambar 4. 1 Rangkuman kemungkinan modifikasi N-terminal ko-translasi. Modifikasi

Metionin aminopeptidase diklasifikasikan menjadi dua jenis yang berbeda:

4.1 Penambatan Molekul dan Analisis Hasil

No Nama Senyawa ΔG/ (Kkal/ mol)

5. Gibberellin A3 GA3 -4.981

6. Gibberellin A35 GA35 -4.651

No Nama Senyawa ΔG/ (Kkal/ mol)

No Nama Senyawa ΔG/ (Kkal/ mol)

No Nama Senyawa Interaksi Ikatan Jarak

No Nama Senyawa Interaksi Ikatan Jarak

No Nama Senyawa Interaksi Ikatan Jarak

Ghazaei, C. 2018. Mycobacterium tuberculosis and lipids : Insights into molecular