Setiap sekolah atau madrasah memiliki ciri khas & keunggulan masing-masing.

Ciri
khas tersebut merupakan sebuah pembeda atau untuk mengenali karakteristik madrasah
tersebut di mata masyarakat luas. Begitu juga di MA Al-Wathoniyyah, Budaya sekolah
berbasis pesantren pun tidak kalah untuk bersaing dengan sekolah-sekolah lainnya.
Diantaranya adalah bersalaman ketika bertemu dengan guru, lalu serangkaian apel pagi yang
dilaksanakan sebelum KBM berlangsung, bersih-bersih kelas ketika jam pertama dimulai,
pembiasaan sholat dzuhur berjama`ah di masjid pesantren, dan lain sebagainya.
Diantara budaya sekolah adalah apel pagi, di dalam apel pagi ini siswa dan siswi
dipandu oleh anggota CESA / OSIS dari MA Al-Wathoniyyah untuk membaca do`a-do`a dan
bacaan lain yang dilakukan di lingkungan pesantren pada umumnya, diantaranya membaca
do`a sebelum belajar, membaca do`a sa`altuka, membaca sholawat fatih, dan diakhiri dengan
membaca do`a asmaul husna. Budaya sekolah ini memberikan dampak positif kepada para
siswa siswi untuk meningkatkan kedisiplinan pada pagi hari. Karena biasanya yang
terlambat, akan dikenakan hukuman untuk push up dan akan mendapatkan ta`ziran di pondok
berupa membersihkan kendang kambing.
Selain itu budaya sekolah juga ada kegiatan 3S (salam, sapa, senyum) dan piket,
kegiatan 3S di MA Al-Wathoniyyah sudah berjalan dengan baik dan tetap menjaga batas-
batas dalam norma tertentu, misal antara guru dan siswa yang bukan mahram maka tidak
boleh berjabatan tangan secara langsung, begitupun pembelajarannya antara siswa laki-laki
dengan perempuan harus dipisahkan. Kegiatan piket yang dilakukan saat jam pertama ini
menunjukan kesadaran kebersihan dari warga kelas tersebut, karena dengan adanya jadwal
piket yang telah dibuat oleh waka sarana dan prasarana, maka tanggung jawab kebersihan
sekolah akan terjaga dengan kesadaran yang baik.