Tiffany Mulai

Musim Semi B 2021

Bio 345: Evolusi
16 Maret 2021

Kegiatan 1.1: Seleksi Alam Alel

Mulai

-Ketikkan semua jawaban Anda ke dalam lembar kerja ini dengan teks
berwarna biru . Ini akan membuat penilaian lebih cepat.

- Unduh tiga file model berikut:

 Fiksasi Angka Kelahiran Sederhana 2.0.nlogo
 Fiksasi Angka Kematian Sederhana.nlogo
 Seleksi Diploid Kawin Acak.nlogo

Ini terletak di Canvas, tempat Anda menemukan lembar kerja yang

sama ini. Pastikan untuk menyimpannya di suatu tempat di komputer
Anda di mana Anda dapat menemukannya nanti (mis. Desktop)!

- Buka situs web berikut: https://ccl.northwestern.edu/netlogo/ . Harap

gunakan versi Web NetLogo untuk menjalankan simulasi. Anda
mungkin mengalami masalah jika menjalankannya di program yang
diunduh.

Latihan 1: Tingkat Kelahiran

Di sudut kanan atas klik "Pilih File" untuk Mengunggah Model.

Temukan Fiksasi Angka Kelahiran Sederhana 2.0.nlogo tempat Anda
menyimpannya dan unggah ke NetLogo.

Klik tab “Info Model” di bagian bawah halaman untuk mengakses

informasi penting dan jawab pertanyaan berikut tentang simulasi
“Tingkat Kelahiran”:

1. Apa arti warna merah dan biru? Merah dan biru mewakili dua
populasi (Biru-kesuburan/populasi penyu biru dan Merah-
kesuburan/populasi penyu merah)

2. Apa yang dimaksud dengan segitiga (alias "kura-kura" dalam

bahasa simulasi)?
Tiffany Mulai
Musim Semi B 2021
Bio 345: Evolusi
16 Maret 2021

JAWABAN: Segitiga adalah individu dalam populasi.

(Catatan untuk saya sendiri, harap abaikan saat menilai

sepenuhnya untuk saya😊 terima kasih banyak!!! : Ini 'kura-kura'

adalah istilah untuk bentuk simbol yang muncul di perangkat
lunak pemodelan {perangkat lunak pemodelan khusus ini} atau
bentuk individu yang muncul di model yang kita gunakan /
tangani.) [Ini adalah catatan saya untuk diri sendiri tolong
abaikan]

3. Apa yang dimaksud dengan daya dukung? Daya dukung adalah

jumlah maksimum individu di medan, atau ukuran maksimum
populasi, yang menunjukkan bahwa ini adalah jumlah individu
organisme tertinggi yang dapat ditampung dalam model ini pada
suatu waktu.

4. Apa yang menyebabkan penyu “mati” dalam simulasi? Kebetulan

acak menyebabkan kura-kura mati dalam simulasi ini

5. Mungkinkah kura-kura merah memiliki kemungkinan kematian

yang lebih tinggi atau lebih rendah daripada kura-kura biru?
Tidak karena dalam simulasi ini kemungkinan mati benar-benar
diacak, sehingga yang merah dan biru memiliki peluang yang
sama untuk mati dalam simulasi, dan itu terjadi setelah jumlah
total organisme mencapai kapasitas medan.

6. Bagaimana mengubah penggeser kesuburan biru memengaruhi

simulasi?

Itu mengubah jumlah keturunan yang dihasilkan oleh setiap kura-

kura biru di setiap generasi.

Mari kita lihat seberapa kuat perbedaan tingkat kelahiran yang harus
ada dalam populasi kecil agar secara konsisten membuat satu
populasi punah.

Mengatur:
Tiffany Mulai
Musim Semi B 2021
Bio 345: Evolusi
16 Maret 2021
 kapasitas angkut sampai 100
 kesuburan merah menjadi 2.0
 kesuburan biru menjadi 2,1 ( memberi warna biru keuntungan
reproduktif 0,05).
 Mulai populasi awal menjadi setengah biru (mulai-proporsi-biru =
0.5 )

Jalankan eksperimen (minimal 10 kali ) dengan mengeklik setup , lalu

jalankan eksperimen (yang akan menjalankan eksperimen beberapa
kali). Hasil dari setiap uji coba akan muncul di kotak teks kuning.

7. Berapa kali biru punah? 1:10 (1 dari 10 kali, atau 10% dari waktu)

Sekarang atur kesuburan biru ke 2.01 dan jalankan eksperimen

(setidaknya 10 kali ). Pastikan untuk mengklik tombol pengaturan
setelah mengubah nilai kesuburan biru.

** Petunjuk : Selalu klik tombol penyiapan sebelum memulai

eksperimen baru atau setelah mengubah parameter apa pun.**

8. Berapa kali biru punah? 2:10 (2 dari 10 kali, atau 20% dari waktu)

9. Bandingkan hasil Anda untuk pertanyaan 7 dan 8. Apakah mereka

berbeda? Mengapa perubahan kesuburan tidak memengaruhi
proporsi kepunahan merah? Petunjuk: nomor acak dari setiap
warna mati setiap putaran. Ya mereka berbeda. Dengan
mengubah fertilitas dari 2,10 anak menjadi 2,01 anak, maka
fertilitas penduduk biru mendekati angka yang sama dengan
penduduk merah yaitu 2,0. Dengan melakukan itu, ini mengubah
kesuburan biru populasi menjadi punah 10% lebih banyak
daripada percobaan sebelumnya. Saat beralih dari perbedaan
keunggulan 10% menjadi 1%, merah masih memiliki peluang yang
lebih baik dalam persaingan, namun saat mereka berada di 2,10
anak, mereka memiliki keunggulan kebugaran yang lebih tinggi
daripada saat kami mengubahnya menjadi 2,01. Either way
populasi merah masih memiliki keuntungan namun lebih
kompetitif karena anak-anak mendekati jumlah yang sama. Ya
modelnya beda. Ketika keunggulan kesuburan berkurang dari
10% menjadi 1%, jumlah kematian acak berdampak pada kedua
Tiffany Mulai
Musim Semi B 2021
Bio 345: Evolusi
16 Maret 2021
populasi secara lebih merata. Ketika keuntungan kesuburan biru
lebih tinggi, dampak kematian acak lebih rendah karena jumlah
mereka lebih banyak untuk memulai.

10. Lihat definisi adaptasi di CogBooks. Apakah kesuburan

yang lebih tinggi merupakan adaptasi? Mengapa atau mengapa
tidak? “Adaptasi adalah konsep sentral dalam biologi. Kata
tersebut memiliki dua arti yang berhubungan. “Adaptasi” berarti
proses evolusi yang melaluinya, selama beberapa generasi,
organisme diubah menjadi lebih baik sehubungan dengan ciri-ciri
yang memengaruhi kelangsungan hidup atau reproduksi.
"Adaptasi" adalah karakteristik organisme yang berevolusi
melalui seleksi alam. Kedua makna tersebut sulit untuk
didefinisikan secara tepat [1, 2] . Adaptasi adalah karakteristik
yang meningkatkan kelangsungan hidup atau reproduksi
organisme yang menyandangnya, relatif terhadap keadaan
karakter alternatif.”

Saya percaya bahwa dalam eksperimen ini fertilitas yang lebih

tinggi bukanlah adaptasi karena kami diberi tahu bahwa populasi
dan hasilnya benar-benar diacak. Tidak ada keuntungan selain
memiliki titik awal untuk salah satu populasi yang lebih tinggi
dari yang lain. Jika kita diberi tahu bahwa ada mutasi, seleksi
alam di mana suatu sifat telah memberikan keuntungan atau
bahkan kerugian pada salah satu dari dua populasi, maka saya
akan mengatakan bahwa saya percaya kesuburan yang lebih
tinggi dalam memiliki adaptasi menyebabkan hasil yang
signifikan. karena kebugaran (atau ketiadaan) di salah satu dari
dua populasi kami bereksperimen melalui simulasi.

Mari kita periksa apa yang terjadi jika alel baru yang menguntungkan
untuk fertilitas yang lebih baik memasuki suatu populasi, mungkin
melalui mutasi (yaitu awalnya langka). Dalam skenario ini, populasi
asli akan berwarna merah, sedangkan individu dengan alel baru yang
lebih menguntungkan akan berwarna biru.

Mengatur:
 kapasitas angkut sampai 100
Tiffany Mulai
Musim Semi B 2021
Bio 345: Evolusi
16 Maret 2021
 menatap-proporsi-biru menjadi 0,01 , jadi hanya ada 1 organisme
biru dan 99 merah pada awalnya.
 kesuburan biru kembali ke 2.1

Tekan penyiapan dan jalankan eksperimen hingga simulasi mencapai

hasil setidaknya 10 kali .

11. Berapa kali biru punah? 9:10 (9 dari 10 kali, atau 90% dari
waktu)

12. Bandingkan hasil Anda di pertanyaan 11 dengan jawaban

Anda untuk pertanyaan 7. Apakah mereka berbeda? Mengapa
perubahan kelangkaan sifat menguntungkan memengaruhi
proporsi kepunahan merah? Ya mereka sangat berbeda. Untuk
pertanyaan nomor 7, populasi biru punah 1 dari 10 kali
dibandingkan kali ini populasi biru punah 9 dari 10 kali, membuat
perbedaan 80% yang merupakan perbedaan dramatis/drastis.
Dampak dari salah satu individu dengan sifat tertentu yang
sekarat ketika hanya ada sedikit dari Anda memiliki dampak
yang sangat besar dibandingkan dengan memiliki populasi yang
sangat besar yang hanya sedikit yang memiliki sifat sekarat ini,
kemungkinan besar tidak akan berdampak pada populasi yang
lebih besar. segera atau cepat, jika itu terjadi sama sekali
(mungkin tidak akan melakukan apa pun dari generasi ke
generasi, itu akan / bisa memudar / jatuh). Ketika tingkat
kesuburan tinggi, itu adalah keuntungan besar, tetapi ketika
populasinya sangat sedikit, akan lebih sulit untuk bersaing
dengan populasi merah. Dampak kematian acak jauh lebih tinggi
pada populasi.

Latihan 2: Bertahan Hidup

Di sudut kanan atas klik "Pilih File" untuk Mengunggah Model.

Temukan Simple Death Rates Fixation.nlogo tempat Anda
menyimpannya dan unggah ke NetLogo.

Sejauh ini, kita hanya mensimulasikan seleksi berdasarkan perbedaan

reproduktif/fertilitas. Tetapi kelangsungan hidup juga penting dalam
seleksi alam. Dalam model ini, Anda dapat mengatur probabilitas
Tiffany Mulai
Musim Semi B 2021
Bio 345: Evolusi
16 Maret 2021
kelangsungan hidup relatif dari warna biru dibandingkan dengan warna
merah. Catatan: keuntungan bertahan hidup hanya membuat individu
lebih mungkin untuk bertahan hidup, tetapi tidak menjamin
kelangsungan hidup mereka.

Klik pada tab “Model Info” di bagian bawah halaman untuk mengakses
informasi penting tentang simulasi dan menjawab pertanyaan-
pertanyaan berikut:

13. Mungkinkah kura-kura merah dan biru memiliki tingkat

kesuburan yang berbeda dalam simulasi ini? Tidak karena dalam
informasi model disebutkan bahwa populasi merah dan biru
“akan bergerak dan bereproduksi dengan tingkat kelahiran yang
sama”, artinya tingkat kesuburan akan sama persis. Kami
bereksperimen dengan fokus seleksi alam sebagai lawan dari
tingkat kelahiran.

14. Mungkinkah kura-kura merah dan biru memiliki

kemungkinan kematian yang berbeda dalam simulasi ini? Ya
karena kita menggunakan simulasi ini untuk melakukan
percobaan probabilitas keuntungan dan kerugian dari jumlah
organisme/individu biru dibandingkan dengan yang merah.
Variabel ini tidak akan dijaga konstan karena inilah yang kami
coba coba / amati sebab dan akibat dari tingkat kematian melalui
seleksi alam dll.

15. Apa yang menyebabkan penyu “mati” dalam simulasi? Kura-

kura dalam simulasi ini “mati” saat daya dukung medan
terlampaui.

Mengatur:
 mulai proporsi warna biru sampai 0,5 (setengah)
 kapasitas angkut sampai 100
 keuntungan bertahan hidup biru menjadi 1.1 (maksimum)

Tekan penyiapan dan jalankan eksperimen hingga simulasi mencapai

hasil setidaknya 10 kali .
Tiffany Mulai
Musim Semi B 2021
Bio 345: Evolusi
16 Maret 2021
16. Berapa kali biru punah? 0:10 (0 dari 10 atau tidak sama
sekali/tidak punah sama sekali)

Sekarang atur blue survival advantage ke 1.01 , tekan setup dan run-
experiment hingga simulasi mencapai hasil setidaknya 10 kali .

17. Berapa kali blues punah? 1:10 (1 dari 10 kali, atau 10%)

18. Bandingkan hasil Anda untuk pertanyaan 16 dan 17. Apakah

mereka berbeda? Mengapa perubahan keunggulan bertahan
hidup memengaruhi proporsi kepunahan merah? Ya mereka
berbeda. Ketika keunggulan blues survival adalah 1,1
(maksimum) blues tidak pernah punah sedangkan ketika
keunggulan blues survival diubah menjadi 1,01 (perbedaan 0,09)
itu memang menciptakan perbedaan besar, meskipun mungkin
tidak terlihat seperti perbedaan besar tetapi terus berjalan. dari
nol/tidak punah sama sekali menjadi punah 10% atau 1 dari 10
kali merupakan perbedaan yang signifikan. Ini tidak besar, tetapi
itu pasti sesuatu yang perlu Anda waspadai dan perhatikan.

19. Baik dalam simulasi Tingkat Kelahiran dan Kelangsungan

Hidup, populasi biru berkali-kali tumbuh lebih cepat daripada
populasi merah, akhirnya mendorong populasi merah menuju
kepunahan. Bandingkan dan kontraskan bagaimana peningkatan
kesuburan atau kelangsungan hidup memengaruhi cara populasi
biru meningkat dalam simulasi yang berbeda. Peningkatan
kesuburan memengaruhi cara populasi biru meningkatkan
kelangsungan hidup mereka dalam berbagai simulasi
berdasarkan angka yang kami kerjakan. Misalnya, mengingat
perubahan sekecil apa pun dalam keuntungan bertahan hidup
sebenarnya membuat masalah besar untuk beralih dari tidak
punah sama sekali / tingkat kelangsungan hidup menjadi 100%
dibandingkan dengan mengubah tingkat kelangsungan hidup dari
1,10 menjadi 1,01 (perbedaan 0,09) membuat tingkat
kelangsungan hidup populasi biru naik dari 100% menjadi 90%.
Yang juga mengubah tingkat kelangsungan hidup populasi merah.
Mereka punah 100% saat tingkat keuntungan bertahan hidup biru
adalah 1,10 menjadi tingkat kelangsungan hidup mereka menjadi
10% saat kami mengubah tingkat keuntungan bertahan hidup
Tiffany Mulai
Musim Semi B 2021
Bio 345: Evolusi
16 Maret 2021
biru menjadi 1,01. Mulai dari tidak bertahan sama sekali hingga
setidaknya bertahan sebesar 10% juga sangat signifikan. Kalau
dipikir-pikir lagi, pada dasarnya punah atau terancam punah
adalah dua hal yang sama sekali berbeda. Itu ada atau tidak.
Bahkan bertahan dari 10%, secara teknis Anda bisa menjadi yang
paling selamat dengan kemungkinan berevolusi dan beradaptasi
melalui mutasi, pergeseran genetik atau seleksi alam, dll. Siapa
tahu apa pun bisa terjadi, terutama kadang-kadang dengan
keberuntungan 'undian, kartu mana pun yang Anda pilih, Anda
mungkin beruntung' seperti memenangkan lotre.

Latihan 3: Perkawinan Acak

Di sudut kanan atas klik "Pilih File" untuk Mengunggah Model.

Temukan Random Mating Diploid Selection.nlogo tempat Anda
menyimpannya dan unggah ke NetLogo.

Dinamika evolusi sedikit berubah dari skenario sebelumnya ketika

organisme diploid dan mungkin memiliki alel resesif dan dominan. Ini
karena genotipe yang berbeda dapat menghasilkan fenotipe yang
sama, dan fenotipe adalah hasil dari seleksi alam.

Dalam model ini, Anda dapat mengatur kebugaran (yaitu keturunan

yang dihasilkan) dari setiap genotipe; AA (merah), Aa (biru), atau aa
(hijau), serta frekuensi masing-masing genotipe dalam populasi. Kali
ini, warna tidak mewakili populasi yang berbeda, melainkan mewakili
genotipe yang berbeda dalam suatu populasi . Setelah populasi
mencapai daya tampung, kura-kura biru, merah, atau hijau acak mati.

Pertama, kita akan mengeksplorasi berapa lama waktu yang

dibutuhkan alel dominan dengan keunggulan kebugaran untuk
mencapai fiksasi ketika jarang terjadi.

Mengatur:
 kapasitas angkut sampai 100
 frekuensi awal AA homozigot ke 0
 frekuensi awal heterozigot (Aa) pada frekuensi 0,01 (ini berarti
Anda mulai dengan hanya 1 alel A dalam populasi).
 fitness dari aa ke 1
Tiffany Mulai
Musim Semi B 2021
Bio 345: Evolusi
16 Maret 2021
 fitness AA dan Aa menjadi 2 sehingga alel A dominan dan
memiliki keunggulan BESAR

20. Jika AA diset ke 0, dan Aa diset ke 0.01, berapakah

frekuensi aa? 0,99

Tekan penyiapan dan jalankan eksperimen hingga simulasi mencapai

hasil setidaknya 10 kali .

21. Berapa kali alel A mengalami fiksasi (yaitu tidak ada

individu Aa atau aa yang tersisa, sehingga alel a tidak lagi ada
dalam populasi)? 8:10 (8 dari 10 atau 80% dari waktu),
tampaknya harus ada beberapa populasi yang memiliki alel
resesif yang bersembunyi di suatu tempat atau bahwa mutasi /
penyimpangan genetik terjadi di mana alel resesif muncul.

Sekarang atur frekuensi heterozigot awal menjadi 0,1 (10%), bukan

0,01, sehingga alel A lebih jarang, dan dengan demikian kecil
kemungkinannya untuk hilang karena kematian acak (yaitu
penyimpangan genetik – kita akan belajar lebih banyak tentang
penyimpangan genetik di modul selanjutnya). Tekan penyiapan dan
jalankan eksperimen hingga simulasi mencapai hasil setidaknya 10
kali .

22. Berapa kali A pergi ke fiksasi dalam kasus ini? 10:10 (10
dari 10 kali, atau 100%)

Bandingkan ini dengan saat alel yang menguntungkan bersifat resesif.

Mengatur:
 kebugaran AA ke 1
 fitness Aa sampai 1
 fitness dari aa menjadi 2
 frekuensi awal AA menjadi 0,9
 tinggalkan frekuensi awal Aa pada 0,1

Tekan penyiapan dan jalankan eksperimen hingga simulasi mencapai

hasil setidaknya 10 kali .
Tiffany Mulai
Musim Semi B 2021
Bio 345: Evolusi
16 Maret 2021
23. Berapa kali alel a mengalami fiksasi? 6:10 (6 dari 10, atau
60%)

24. Bandingkan jawaban Anda dengan pertanyaan 21, 22, dan

23. Faktor apa yang menyebabkan jawaban 21 lebih mirip dengan
23 daripada 22? yaitu, mengapa alel dominan yang jarang
memiliki nasib yang sama dengan alel yang lebih sering tetapi
resesif? Jika alel dominan yang langka dan alel resesif
dibandingkan, keduanya langka dalam diri mereka sendiri. Alel
resesif adalah 20% lebih mungkin terjadi daripada alel dominan
yang jarang sehingga masuk akal mengapa perhitungan itu
terjadi: untuk alel dominan yang jarang adalah 80%, untuk alel
resesif adalah 60% dan untuk heterozigot adalah 100%. Faktor-
faktor yang berperan adalah bahwa 'munculan' yang umum atau
skenario/alel yang lebih mungkin terjadi adalah yang muncul
lebih sering daripada tidak, yang lagi-lagi ditunjukkan dengan
angka dan percobaan simulasi.

25. Jelaskan evolusi suatu sifat ketika diberikan oleh alel

resesif dan ketika diberikan oleh alel dominan. Evolusi suatu
sifat ketika itu adalah alel dominan menguntungkan karena
dominan sehingga Anda hanya perlu satu alel untuk menurunkan
sifat ini dibandingkan dengan alel resesif yang membutuhkan dua
(atau keduanya) alel menjadi resesif sejak itu tidak dominan.
Jauh lebih sulit untuk alel dan sifat resesif untuk diturunkan
serta diekspresikan karena bersifat resesif. Misalnya, di Punnett
Square antara induk Homozigot Dominan dan induk lainnya
adalah induk Heterozigot, kemungkinan hasil keturunannya
adalah: 25% Homozigot Dominan, 50% Heterozigot, dan 25%
Homozigot Resesif.