Sejarah geologi daerah penelitian berlangsung dari Miosen Awal.

Berikut
urutan sejarahnya:

1. Fase pengendapan batupasir

Batupasir merupakan satuan batuan tertua yang terdapat pada daerah
penelitian. Terendapkan pada kedalaman 200-2000 m. Pada akhir kala Miosen
Awal sampai Miosen Tengah, setelah terjadi peningkatan aktivitas vulkanik
kemudian terjadi pengendapan satuan batupasir sedang karbonatan. Sifat
karbonatan ini mencirikan pengendapan dipengaruhi oleh proses genang laut.
Pada kondisi naiknya muka air laut ini mengakibatkan material sedimen yang
bersifat karbonatan seperti batupasir karbonatan dapat terendapkan dengan baik.

2. Fase pengendapan batubreksi

Batubreksi merupakan salah satu batuan yang mendominasi di formasi
semilir. Lingkungan pengendapan formasi semilir menunjukkan pendangkalan
kearah atas, yang semula laut dangkal berubah menjadi darat
Pada saat pengendapan bagian atas formasi, material letusan gunungapi
yang mengalami kontak dengan air hingga mengakibatkan terbentuknya
batubreksi pumis.
Erupsi besar yang membentuk formasi semilir diduga berpusat di
Cekungan Baturetno.
3. Fase pengendapan batuan piroklastik (tuff, tuff lapili)
Merupakan produk dari letusan dasyat gunungapi yang terjadi di
pegunungan selatan menyebabkan adanya lontaran abu dan material gunungapi
yang akhirnya terjadi pengendapan batuan piroklastik seperti batu tuf, batu lapilli,
batu breksi pumis. Batuan piroklastik terendapkan setelah batu breksi pumis
terendapkan.