Diterjemahkan dari bahasa Inggris ke bahasa Indonesia - www.onlinedoctranslator.

com

Lihat diskusi, statistik, dan profil penulis untuk publikasi ini di:https://www.researchgate.net/publication/363126956

Efek perlindungan spesies Bacillus yang berasosiasi dengan Rumex dentatus terhadap
penyakit tularan tanah pascapanen pada umbi kentang dan profil metabolit GC-MS

Artikeldi dalamArsip Mikrobiologi · Agustus 2022

DOI: 10.1007/s00203-022-03213-0

KUTIPAN BACA
2 169

9 penulis, termasuk:

Ntemafack Agustin Rekha Chouhan

Universitas Indiana-Universitas Purdue Indianapolis Institut Kedokteran Integratif India
16PUBLIKASI88KUTIPAN 26PUBLIKASI135KUTIPAN

LIHAT PROFIL LIHAT PROFIL

Nitika Kapoor Amit Kumar

Institut Kedokteran Integratif India
19PUBLIKASI 153KUTIPAN
65PUBLIKASI615KUTIPAN
LIHAT PROFIL

LIHAT PROFIL

Semua konten setelah halaman ini diunggah olehNtemafack Agustinpada 02 September 2022.

Pengguna telah meminta penyempurnaan file yang diunduh.

Arsip Mikrobiologi https://doi.org/
(2022) 204:583
10.1007/s00203-022-03213-0

KERTAS ASLI

Efek perlindungan dariBasilspesies yang berasosiasi denganRumex dentatus

terhadap penyakit tular tanah pascapanen pada umbi kentang dan profil
metabolit GC-MS

Agustin Ntemafack1,2· Rekha Chouhan2,3· Nitika Kapoor1,2·Amit Kumar4· Shakti Kumar Dhiman4· Ravi
Singh Manhas5· Asha Chaubey5· Qazi Parvaiz Hassan6· Sumit G. Gandhi1,2

Diterima: 11 April 2022 / Direvisi: 2 Agustus 2022 / Diterima: 22 Agustus 2022

© Penulis, di bawah lisensi eksklusif untuk Springer-Verlag GmbH Jerman, bagian dari Springer Nature 2022

Abstrak
Kentang selalu terpapar berbagai jenis fitopatogen yang menyebabkan penyakit selama tahap perkembangan dan penyimpanan
pasca panen. Investigasi ini dirancang untuk menguji aktivitas anti-fitopatogen bakteri endofit dan efek penekanannya terhadap
penyakit busuk pada kentang. Penelitian ini juga bertujuan untuk menyaring isolat untuk mengetahui sifat-sifat yang mendorong
pertumbuhan tanaman dan menetapkan profil metabolit berbasis GC-MS dari isolat kuat tersebut. Endofit diisolasi dariRumex
dentatus dan diidentifikasi berdasarkan gen 16S rRNA. Mereka disaring dalam uji kultur ganda terhadap fitopatogen jamur dan
isolat yang kuat diuji kemampuannya dalam menekan penyakit busuk Fusarium pada umbi kentang. Mekanisme kerja endofit pada
fitopatogen dinilai menggunakan pemindaian mikroskop elektron. Isolat juga disaring secara in vitro untuk mengetahui
kemampuannya menghasilkan fitohormon, enzim hidrolitik, dan melarutkan fosfat. Isolat endofit menghasilkan protease dengan
diameter zona halo berkisar antara 7 hingga 32 mm.Basilsp. KL5 menunjukkan produksi asam indol asetat (IAA) tertinggi yaitu
sebesar 104,28 µg/mL dan merupakan antagonis paling ampuh terhadapFusarium oksisporum DanVerticillium dahliaedengan
persentase penghambatan masing-masing sebesar 61,53 dan 100%. Hal ini menunjukkan penurunan tingkat keparahan penyakit
busuk kentang lebih dari 50%. GC–MS fraksi aktif KL5 menunjukkan adanya dibutilftalat dan 2,4-ditert-butilfenol sebagai metabolit
utama. Dari penelitian ini terbukti bersifat endofitBasilspesies dariR.dentatusmerupakan antagonis kuat dariF.oksisporumDan
V.dahliae.Basilsp. KL5 adalah penghambat patogen yang ampuhF.oksisporumpada umbi kentang dan dapat dikembangkan
sebagai agen biokontrol.

Kata kunciEndofit · Potensi biokontrol · Penyakit busuk akar · Profil GC–MS ·Basil· Umbi kentang

Dikomunikasikan oleh Erko Stackebrandt. Perkenalan

* Qazi Parvaiz Hassan
Kentang (Solanum tuberosumL.) merupakan salah satu tanaman utama
qphassan@iiim.res.in
dengan nilai gizi tinggi yang dikonsumsi dan dibudidayakan di seluruh
* Sumit G. Gandhi
dunia (Khedher et al.2021). Produksi dunia global diperkirakan sekitar
sumit@iiim.res.in ; sumitgandhi@gmail.com
368 juta ton (Samsatly et al. 2014). Namun, tanaman ini terus-menerus
1
Akademi Penelitian Ilmiah dan Inovatif (AcSIR), terkena berbagai jenis fitopatogen yang mempengaruhi kentang selama
Ghaziabad 201002, India tahap perkembangan dan selama penyimpanan umbi pasca panen,
2 sehingga menyebabkan kerugian ekonomi yang sangat besar di seluruh
Divisi Bioteknologi Tanaman, CSIR-Institut
Pengobatan Integratif India, Jammu, India dunia (Larkin dan Halloran2014). Diantaranya, jamur dianggap sebagai
3 patogen tanaman yang lebih agresif (Prashith et al.2014). Penyakit
Universitas Guru Nanak Dev, Amritsar, India
4
Divisi Instrumentasi, CSIR-Institut tanaman akibat jamur biasanya merupakan penyakit yang ditularkan
Kedokteran Integratif India, Jammu, India melalui tanah yang disebabkan oleh jamur yang tersebar luas dan
5
Divisi Teknologi Fermentasi, CSIR-Indian Institute of sangat persisten dan sangat sulit dikendalikan, termasuk Fusarium
Integrative Medicine, Jammu, India oksisporumDanVerticillium dahliae. Kedua jamur tersebut
6
Divisi Bioteknologi, CSIR-Institut Pengobatan Integratif menggunakan mekanisme serupa untuk menginfeksi tanaman,
India, Sanat Nagar, Srinagar, India menyebabkan penyebaran yang luas

Jil.:(0123456789)
 583 Halaman 2 dari 14
berbagai penyakit tanaman seperti tanaman layu dan kerdil,
pembuluh darah menjadi coklat, klorosis daun dan nekrosis pada
daun, dan akhirnya kematian tanaman (Kidd et al.2011; Klimes dkk.
2015; Klosterman dkk.2009; Pegg dan Brady2002). Pada kentang,
kedua patogen tersebut merupakan agen penyebab penyakit layu
pada tahap pertumbuhan. Selain itu,Fusariumspesies ini dilaporkan
sangat ganas pada kentang, menyebabkan pembusukan pada
umbi, menyebabkan hilangnya 60% kentang selama penyimpanan
pascapanen (Khedher et al.2021). Penyakit ini merupakan salah satu
masalah akut bagi industri makanan dan pertanian modern di
seluruh dunia (Fry et al.2001).VertikilliumSpesies ini merupakan
salah satu fitopatogen paling ganas yang menginfeksi banyak
spesies tanaman dikotil di seluruh dunia, termasuk tanaman herba
semusim dan tanaman keras berkayu (Gao et al.2010; Klosterman
dkk.2009; Pegg dan Brady2002).
Bahan kimia sintetik banyak digunakan untuk mengendalikan
penyakit pada tanaman. Namun, penggunaan intensif dan
penyalahgunaan bahan kimia ini telah mengakibatkan beberapa
dampak berbahaya. Selain itu, sebagian besar menunjukkan efek
toksik pada organisme non-target. Mereka juga menimbulkan
masalah sisa dan menginduksi perkembangan resistensi patogen
(Prashith et al.2014). Fungisida seperti propikonazol dan
difenokonazol telah digunakan dalam pengelolaan penyakit pada
tanaman (Gopinath et al.2006; Munkvold dkk.2001). Namun,
beberapa penyakit tanaman seperti infeksi Verticillium sangat sulit
dikendalikan dengan menggunakan pestisida karena kolonisasi
sistem pembuluh darah inang dan kelangsungan hidup patogen
dalam tanah dalam jangka panjang (Wang et al.2016). Saat ini
biokontrol merupakan alternatif yang menjanjikan untuk
mengendalikan penyakit tanaman karena hemat biaya dan ramah
lingkungan (Ekefan et al.2009). Bakteri endofit dikenal sebagai agen
biokontrol yang ampuh melawan penyakit layu karena
kemampuannya berkoloni dan bersaing untuk tumbuh dengan
patogen penyebab penyakit layu pembuluh darah pada tanaman
inang (Kaouthar et al. 2016). Di antara bakteri, genusBasilbaru-baru
ini mendapat perhatian karena kemungkinannya untuk
diintegrasikan ke dalam strategi pengelolaan penyakit tanaman
seperti busuk kering (Khedher et al.2021). Lebih jauh,Basilspesies
memiliki kemampuan untuk membentuk endospora yang
memungkinkan mereka bertahan dalam kondisi lingkungan yang
keras, sehingga menawarkan keuntungan besar untuk formulasi
dan penyimpanan jangka panjang (Fiddaman dan Rossall1995).
Seperti disebutkan dalam laporan kami sebelumnya (Ntemafack et al.
2022),R.dentatusadalah tanaman obat dengan efek farmakologis yang
kuat. Selanjutnya, kami menunjukkan hal ituR.dentatusmengandung
actinomycetes endofit dengan aktivitas biologis yang kuat. Oleh karena
itu upaya untuk mengisolasi lebih banyak endofit termasuk
aktinomisetes, bakteri dan jamur, terus dilanjutkan. Investigasi ini
dirancang untuk mengevaluasi potensi biokontrolBasilendofit
berasosiasi denganR.dentatus melawan patogen jamur kentang dan
menetapkan profil metabolisme isolat yang paling kuat. Penelitian ini
juga bertujuan untuk mengevaluasi sifat-sifat yang mendorong
pertumbuhan tanaman dari isolat-isolat tersebut. Pelajaran ini
13
Arsip Mikrobiologi (2022) 204:583
adalah laporan pertama tentang bakteri endofit yang diisolasi
R.dentatus.
Bahan dan metode
Isolasi dan identifikasi endofit
Rumex dentatusdipanen dan diidentifikasi dari Jammu dan
Budgam, Jammu dan Kashmir, India seperti yang dijelaskan
dalam laporan kami sebelumnya (Ntemafack et al.2022). Isolasi
endofit dilakukan pada media kultur yang berbeda termasuk
agar kentang dekstrosa (PDA), tripton soya agar (TSA), garam
mineral pati (ISP4: pati 10 g/L, CaCO33 g/L, K2PHO4
1 gram/L, (NH4)2JADI42 g/L, NaCl 1 g/L, MgSO41 g/L, agar 2%)
dan agar air (WA: 2% agar) mengikuti metode yang dijelaskan
oleh (Fisher et al.1992) dengan sedikit modifikasi. Identifikasi
mikroskopis bakteri endofit dilakukan setelah pewarnaan gram
pada isolat dan pengamatan pada perbesaran 40x di bawah
mikroskop cahaya seperti yang dijelaskan dalam laporan kami
sebelumnya (Ntemafack et al.2022).
Identifikasi molekuler endofit
Endofit terisolasi diinokulasi dalam kaldu Luria Bertani (LB) dan
diinkubasi selama 24 jam pada suhu 28 ± 2 °C pada shaker dengan
kecepatan 180 rpm. Kaldu disentrifugasi pada 10.000 rpm selama 5
menit, dan supernatan dibuang perlahan. Sedikit butiran kaca
ditambahkan ke dalam pelet, dihancurkan menggunakan alu
eppendorf dan divorteks selama beberapa detik. 500 μL buffer
ekstraksi (250 mM NaCl, 50 mM EDTA, 50 mM Tris-HCl, sukrosa
1,5%) ditambahkan dengan penambahan berikutnya 80 μL SDS
20%. Campuran divorteks selama beberapa detik dan diinkubasi
pada suhu 65 °C selama 30 menit. Ditambahkan 150 µL amonium
asetat 7,5 M dan dicampur dengan cara divorteks. Tabung disimpan
pada suhu 4 °C selama 15 menit dan disentrifugasi pada 10.000
rpm selama 5 menit, setelah penambahan 500 μL kloroform:
isoamil alkohol (24:1 v/v). Supernatan dipindahkan ke dalam tabung
sentrifugasi baru, ditambahkan 70% volume isopropanol dan
diinkubasi pada suhu 4 °C selama 30 menit. Campuran
disentrifugasi pada 13.000 rpm selama 10 menit. Supernatan
dihilangkan dan 500 μL etanol 70% digunakan untuk mencuci pelet
dengan cara disentrifugasi pada 13.000 rpm selama 5 menit. Etanol
dibuang, pelet dikeringkan di udara dan dilarutkan dalam air mili Q.
Amplifikasi gen bakteri 16S rRNA dilakukan menggunakan primer
universal B27F (5'-AGAGTTGATCMTGGCTCAG-3') dan 1525R
(5'AAGGAGGTGWTCCARCC-3'). Volume total 100 µL media reaksi
disiapkan yang mengandung 45 µL air mili Q, 10 µL buffer 10X Taq
(Sigma Aldrich, USA), 10 µL (3 µM) masing-masing primer (Teknologi
DNA Terpadu), 10 µL (50 ng/µL) cetakan DNA, 4 µL (25 mM) MgCl2
(Sigma Aldrich, AS) dan 1 µL (5 unit/
Arsip Mikrobiologi (2022) 204:583
μL) dari Taq polimerase (Sigma Aldrich, USA). Program PCR
dilakukan di thermocycler (TAKARA, Jepang). Program yang
dilakukan adalah: denaturasi/aktivasi selama 5 menit pada suhu 95
°C diikuti dengan 38 siklus selama 40 detik pada suhu 95 °C.℃,40
detik pada 55℃dan 1 menit 30 detik pada 72℃,dan perpanjangan
terakhir 10 menit pada 72℃. Gen yang diamplifikasi dielusi dari gel
(1% agarosa) menggunakan kit elusi gel (MinElute, Qiagen,
Germany) dan amplikon diurutkan menggunakan metode Sanger
dideoksi. Setiap sekuens dianalisis dengan NCBI BLAST untuk
identifikasi molekuler dari isolat dan endofit yang diidentifikasi
disimpan di Pusat Sumber Daya Mikroba Jammu (MRCJ,
WDCM1117), India. Pohon filogenetik sampel dibuat menggunakan
perangkat lunak MEGA 7.0.
Skrining isolat untuk aktivitas antijamur
Endofit disaring terhadap fitopatogen jamur Fusarium
oksisporumMTCC1755 danVerticillium dahliaeMTCC1351 dalam
kultur ganda pada PDA dan YEM (agar manitol ekstrak ragi).
Kegiatan tersebut juga dilakukan pada skim milk agar (SMA)
terhadapF.oksisporum.Sebelum digunakan, patogen diaktivasi
dengan mengkultur miselia pada YEM pada suhu 28 °C selama
4 hari. Fragmen miselia muda dari patogen tersebut terlihat
pada media dan koloni bakteri endofit digores secara vertikal
dengan jarak 3 cm atau 2 cm dari titik tersebut.F.oksisporum
DanV.dahliae, masing-masing. Pelat kontrol diinokulasi dengan
patogen saja. Semua pelat disimpan dalam inkubator pada
suhu 28 °C selama 1-2 minggu dan diperiksa setiap 24 jam
untuk mengetahui perkembangan miselia jamur dan
kemungkinan penghambatan pertumbuhan patogen. Jari-jari
koloni patogen di piring kontrol dan kultur ganda diukur, dan
laju penghambatan miselia jamur dihitung menggunakan
rumus.
C−C
IR =1 2×100,
C1
di mana IR adalah laju penghambatan, C1adalah jari-jari
koloni yang dikontrol, C2adalah jari-jari koloni dalam kultur
ganda yang diukur pada sisi antara koloni jamur dan
endofit.
Pemindaian mikroskop elektron patogen jamur
Miselia jamur dikeluarkan secara aseptik dari media kultur
pada daerah interaksi antara jamur patogen dan bakteri
endofit menggunakan jarum steril dan diletakkan pada kaca
penutup. Fiksasi, dehidrasi dan pemindaian mikroskopis
sampel menggunakan mikroskop elektron (JOEL, Jepang)
dilakukan seperti yang dijelaskan dalam laporan kami
sebelumnya (Kapoor et al.2022).
Halaman 3 dari 14 583
Skrining endofit untuk produksi
enzim litik
Isolat disaring untuk kemampuannya menghasilkan
selulase dan protease pada karboksi metil selulosa (CMC)
dan agar susu skim (SMA), mengikuti protokol yang
dijelaskan dalam laporan kami sebelumnya (Kapoor et al.
2022; Ntemafack dkk.2022).
Skrining endofit untuk mengetahui ciri-ciri pertumbuhan tanaman
Kelarutan fosfat
Pengujian dilakukan dalam cawan Petri yang mengandung
medium Pikovskaya (PVK) (glukosa 10 g, Ca3(PO4)25 gram,
(NH4)2JADI40,5 gram, NaCl 0,2 gram, MgSO4.7 jam2O 0,1 g,
KCl 0,2 g, ekstrak ragi 0,5 g, MnSO4.7 jam2HAI 0,002 gram,
FeSO4.7 jam2O 0,002 g, per liter, pH 7). Media diwarnai
dengan 0,01% bromofenol biru sebelum diautoklaf. Koloni
endofit terlihat di tengah media kultur dan cawan disimpan
dalam inkubator selama 14 hari pada suhu 28 °C.
Pengamatan zona halo di sekitar koloni menunjukkan
kemampuan isolat bakteri dalam melarutkan kompleks tri-
kalsium fosfat.
Penapisan endofit untuk produksi asam
indole‑3‑asetat
Kadar IAA yang dihasilkan endofit ditentukan dengan
menggunakan metode Gordon dan Weber (1951). Tes ini
dilakukan seperti yang dijelaskan dalam laporan kami
sebelumnya (Ntemafack et al.,2022). Jumlah IAA dalam
kaldu fermentasi ditentukan dengan memplot kurva
standar IAA (kamu=0,014X+0,062;R2= 0,997) setelah dicatat
serapannya (OD) dalam spektrofotometer pada 530 nm.
Persiapan ekstrak dan fraksi
EndofitBasilsp. KL5 diisolasi dari daunR.dentatusdipilih untuk
studi lebih lanjut. Isolat diinokulasi dalam 150 mL kaldu susu
skim yang terkandung dalam labu 250 mL dan diinkubasi
selama 5 hari pada suhu 28 °C pada orbital shaker dengan
kecepatan 180 rpm. Setelah itu, kultur disentrifugasi selama 10
menit pada 6000 rpm, supernatan dipindahkan ke corong pisah
dan ditambahkan etil asetat dengan volume yang sama.
Campuran dikocok dengan baik dan disimpan selama beberapa
jam pada suhu kamar. Lapisan atas yang mengandung pelarut
diperoleh kembali dan proses diulangi dua kali. Pelarut
diuapkan dengan menggunakan rotary evaporator. Setelah itu,
ekstrak dilarutkan dalam air suling dan fraksi dibuat berturut-
turut menggunakan pelarut yang polaritasnya meningkat yaitu.
n-heksana, etil asetat, kloroform, dan bagian residu merupakan
fraksi air.
13
583 Halaman 4 dari 14
Skrining ekstrak dan fraksi untuk aktivitas
antijamur
Ekstrak dan fraksi disaringV.dahliaeDan
F.oksisporumterlihat di YEMA menggunakan metode difusi
agar sumur. Sebuah sumur berdiameter 6 mm dilubangi ke
dalam media kultur dan fragmen miselia jamur
ditempatkan kira-kira 3 cm dari sumur. Ekstrak dan fraksi
disiapkan pada konsentrasi 2,5 mg/mL. 100 µL ekstrak/
fraksi dimasukkan ke dalam sumur dan pelat kontrol
diinokulasi dengan fitopatogen saja. Semua pelat diinkubasi
pada suhu 28 °C masing-masing selama 3 dan 7 hari, dan
efek penghambatan ekstrak/fraksi dievaluasi seperti dalam
kasus uji kultur ganda.
Analisis GC – MS
Profil metabolit GC-MS dari fraksi aktif ekstrak dilakukan pada
Shimadzu (GC-2030) seri GC-MS yang dilengkapi dengan
Headspace (HS-20). Kolom yang digunakan adalah SH-Rxi-5
SILMS (0,25×30×0,25). Helium digunakan sebagai gas pembawa
dengan laju aliran 1,69 mL/menit dan analisis dilakukan seperti
yang dijelaskan oleh Dahibhate et al. (2022) dengan sedikit
modifikasi. Analisis Real-time Shimadzu digunakan dalam
pengelolaan sistem GC-MS, pengaturan parameter untuk GC
dan spektrometri massa, serta penerimaan dan pemrosesan
data. Terakhir, perpustakaan Institut Standar dan Teknologi
Nasional (NIST) digunakan untuk mengidentifikasi senyawa
tersebut.
Uji Biokontrol Penyakit Busuk Fusarium Pada Kentang
EndofitBasilsp. KL5 diuji efek biokontrolnya terhadap penyakit
Fusarium yang disebabkan pada kentang. Pengujian dilakukan
seperti yang dijelaskan oleh Khedher et al. (2021) dengan sedikit
modifikasi. Secara singkat, umbi kentang (Solanum tuberosumL.)
dari Kufri Himalini cv. (diketahui rentan terhadap penyakit
Fusarium) dibeli dari pasar lokal dan disimpan pada suhu kamar
selama 6 minggu sebelum digunakan. Selama masa penyimpanan,
dilakukan pemeriksaan terhadap gejala penyakit busuk yang
mungkin timbul selama penyimpanan pasca panen. Setelah itu,
umbi kentang yang sehat disterilkan permukaannya selama 5 menit
menggunakan etanol (70%) dan dibilas tiga kali menggunakan air
suling yang diautoklaf. Inokulum patogen dan endofit disiapkan
pada jam 108konidia/mL dan 108CFU/mL, masing-masing. 100 µL
masing-masing inokulum diinokulasi ke dalam lubang dengan
kedalaman kurang lebih 6 mm dan diameter 7 mm yang dilubangi
ke dalam umbi kentang. Lima kelompok berbeda ditetapkan dalam
percobaan ini. Kelompok 1 yang diinokulasi dengan fitopatogen
saja berfungsi sebagai kontrol. Kelompok 2 diinokulasi patogen dan
endofit menjadi dua
13
Arsip Mikrobiologi (2022) 204:583
sumur yang berbeda dilubangi dengan jarak 3 cm satu sama
lain. Kelompok 3 dianggap sebagai kelompok pra-inokulasi dan
umbi kentang terlebih dahulu diinokulasi dengan endofit diikuti
dengan inokulasi denganFusariumsetelah inkubasi 3 hari. Pada
kelompok 4, kentang diinokulasi bersamaFusariumDanBasil di
sumur yang sama. Kelompok 5 dianggap sebagai kelompok
pasca terinfeksi dan pertama kali diinokulasiFusariumdiikuti
oleh Basilsp. KL5 setelah inkubasi 3 hari. Percobaan dilakukan
dalam rangkap tiga.
Analisis statistik
Data dinyatakan dalam bentuk Mean ± SD (standar deviasi)
rangkap tiga (N=3). Analisis Varians Satu Arah (ANOVA)
digunakan dalam perbandingan dan uji Waller-Duncan
digunakan untuk menentukan perbedaan signifikan antara
rata-rata (P<0,05) menggunakan perangkat lunak Statistical
Package for the Social Sciences (SPSS) versi 16.0 for
Windows.
Hasil
Bakteri endofit dariR.dentatus
Sebanyak 45 bakteri endofit diisolasi dari berbagai jaringan
Rumex dentatustermasuk akar (20), batang (6) dan daun
(19). Dua puluh tiga isolat diperoleh dari sampel yang
dikumpulkan dari Jammu dan dua puluh dua diisolasi dari
sampel yang dikumpulkan dari Kashmir. Akar sampel dari
Kashmir ditemukan sebagian besar terkolonisasi
sedangkan sebagian besar endofit ditemukan hidup di
dalam jaringan daun sampel dari Jammu. Lima endofit dari
Jammu (JL4, JL6, JL7, JL11, JL13) dan empat dari Kashmir (Kt5,
Kt8, KL1, KL5) diidentifikasi setelah mengurutkan gen 16S
rRNA, dan semua isolat ditemukan termasuk dalam genus
Basil. Identifikasi molekuler terhadap isolat lainnya masih
dalam proses. Urutan dan isolat yang teridentifikasi
masing-masing diserahkan ke NCBI GenBank dan Microbial
Resource Center of Jammu, India (WDCM 1117). Nomor
aksesi GenBank dan nomor strainnya dialokasikan (Tabel1).
Pohon filogenetik (Gambar.1) berdasarkan gen 16S rRNA
isolat menunjukkan empat cluster berbeda dengan strain
bakteri dari GenBank. JL6 dan JL7 ditemukan berbagi cluster
yang samaBacillus cereussedangkan Kt8 ditemukan milik
clusterBacillus subtilis. Kt5 dan JL13 berbagi cluster yang
samaBacillus megaterium. KL5 ditemukan termasuk dalam
clusterBasilspesies dan berbagi clade yang sama dengan
Basilsp. strain DQ108 dari GenBank. KL1 dan JL11 berbagi
cluster yang sama Bacillus likeniformisDanBacillus pumilis,
masing-masing.
Arsip Mikrobiologi (2022) 204:583 Halaman 5 dari 14 583

Tabel 1Molekuler
Isolasi kode Jaringan tanaman yang digunakan Nomor saring Jenis Jenderal NCBI-
identifikasi endofit dari aksesi bank
R.dentatus nomor

JL7 Daun MRCJ965 Bacillus cereus MW440683

JL4 Daun MRCJ963 Bacillus thuringiensis MW440681
JL6 Daun MRCJ964 Bacillus cereus MW440682
JL13 Daun MRCJ967 Bacillus megaterium MW440685
JL11 Daun MRCJ966 Bacillus pumilus MW440684
Kt5 Akar MRCJ968 Bacillus megaterium MW440688
Kt8 Akar MRCJ969 Bacillus subtilis MW440689
KL1 Daun MRCJ970 Bacillus likeniformis MW440686
KL5 Daun MRCJ971 Bacillus sp. MW440687

Ciri-ciri pemacu pertumbuhan tanaman dan
produksi enzim
Melalui literatur, endofitbasildikenal sebagai pemacu
pertumbuhan tanaman dan agen biokontrol yang ampuh. Jadi,
diidentifikasiBasilspesies yang diisolasi dariR.dentatusdiuji
kemampuannya dalam menghasilkan enzim, fitohormon, dan
melarutkan kompleks tri-kalsium fosfat. Hasil (Tabel2)
menunjukkan bahwa semua isolat menghasilkan protease pada
agar susu skim dengan diameter zona halo berkisar antara 7
hingga 32 mm. Hanya dua isolat JL13 dan Kt5 yang
menunjukkan kemampuan memproduksi selulase, dan isolat
JL13 ditemukan lebih kuat dalam aktivitas ini. Endofit yang
diisolasi juga menunjukkan produksi IAA dalam jumlah yang
bervariasi mulai dari 1,71 hingga 104,8 µg/mL, dengan KL5
sebagai isolat yang paling kuat (104,28 µg/mL). Yang terakhir
ini juga ditemukan paling kuat dalam produksi protease dan
pelarutan fosfat (Gambar 2).2). Isolat Kt5, Kt8, JL7 dan JL13 juga
menunjukkan potensi pelarutan fosfat.
Efek anti-fitopatogen dari isolat endofit
Efek antagonis dari endofit dievaluasi dalam kultur bersama
terhadap patogen tanaman jamur berfilamenF.oksisporumDan
V.dahliaedi media yang berbeda. Hasil menunjukkan bahwa semua
isolat menghambat setidaknya satu patogen tanaman, dengan
persentase penghambatan berkisar antara 28 hingga 68% (Tabel2).
Isolat KL5 dan JL7 lebih poten dengan persentase penghambatan
lebih besar dari 50% terhadap kedua patogen tersebut, dan
V.dahliaeditemukan lebih dihambat oleh endofit pada media YEM
(Gambar 2).3). KL5 menghambat sepenuhnya pertumbuhan
V.dahliaedi PDA.
Untuk mengevaluasi mekanisme kerja bakteri endofit
terhadap patogen jamur, pemindaian mikroskop elektron
dilakukan pada sampel terpilih yang menunjukkan efek
penghambatan paling besar dalam kultur ganda. Mikrograf
(Gambar.4) menunjukkan miselia fitopatogen yang dimilikinya
benar-benar kehilangan morfologinya (Gbr.4B,C,F) dibandingkan
dengan kontrol. Miselia sampel uji juga menunjukkan adanya pori-
pori (panah) yang lebih sering ditemukanV.dahliaedalam kultur
bersama dengan isolat JL7.V.dahliaedalam budaya ganda dengan
Basilsp. KL5 (Gbr.4E) menunjukkan banyak kelainan pada miselia
(bintang), dengan pembengkakan dan pengeritingan miselia
dibandingkan dengan kontrol.
Aktivitas anti-fitopatogen dan profil metabolit
GC-MSBasilsp. KL5
Basilsp. KL5 menunjukkan aktivitas paling ampuh di hampir
semua pemutaran sebelumnya dan dipilih untuk studi lebih
lanjut. Isolat diinokulasi dalam 150 mL kaldu susu skim dan
kaldu fermentasi digunakan untuk ekstraksi metabolit
sekunder. Dari kaldu diperoleh 61,2 mg ekstrak etil asetat
dengan rendemen 40,8% (b/v). Pecahan yang berbeda
yaitu. fraksi heksana (21 mg), fraksi etil asetat (15,2 mg),
fraksi kloroform (12,7 mg), dan fraksi air (9,2 mg) diperoleh
dari ekstrak etil asetat. Ekstrak dan semua fraksi disaring
F.oksisporumDanV.dahliae. Ekstrak, fraksi kloroform dan
fraksi air tidak menunjukkan efek penghambatan terhadap
patogen. Fraksi etil asetat mampu menghambat kedua
fungi tersebut dengan persentase penghambatan masing-
masing sebesar 58,33% dan 62,5%. Fraksi heksana juga
menunjukkan daya hambat sebesar 66,66%.V.dahliae.
Profil metabolit berbasis GC-MS dari dua fraksi kuat (Gbr.
5) menunjukkan adanya metabolit yang berbeda dengan
intensitas puncak dan waktu retensi yang berbeda.
Metabolit sekunder yang mudah menguap ditemukan lebih
dominan pada fraksi heksana (Tabel3) dengan
dibutylphthalate sebagai metabolit utama (24,54%) diikuti
oleh 1-heptadecene (15,88%). 2,4-di-tert-butilfenol dan
dibutilftalat merupakan metabolit dominan pada fraksi etil
asetat dengan kelimpahan relatif masing-masing sebesar
26,61% dan 26,07%.

13
 583 Halaman 6 dari 14 Arsip Mikrobiologi (2022) 204:583

Gambar 1Pohon filogenetik dari bakteri endofit yang teridentifikasi: Pohon strain dariBasilspesies dari GenBank. Setiap spesies didahului
filogenetik yang bergabung dengan tetangga berdasarkan analisis urutan gen dengan nomor aksesi GenBanknya. Angka-angka pada node adalah
16S rRNA, menunjukkan hubungan bakteri endofit dengan beberapa nilai bootstrap berdasarkan 1000 replikasi

13
Arsip Mikrobiologi (2022) 204:583 Halaman 7 dari 14 583

Meja 2Fosfat Media Kt5 Kt8 KL1 KL5 JL7 JL4 JL6 JL13 JL11
pelarutan, enzim (diameter
zona halo dalam mm) dan selulase cmc + - - - - - - ++ -
produksi IAA (µg/mL), efek
Protease SMA 19 12 7 32 21 17 15 13 7
penghambatan endofit
IAA LBB 4.00 6,38 3,19 104,28 4,38 1,71 50,85 6.19 34.61
Fosfat PVK + + - ++ + - - + +
% penghambatan

FO SMA 38,46 38,46 50,00 61.53 42.30 - - 50.00 46.66

PDA tidak 36.00 WIB 44.00 53,84ng tidak 36.00 36.00
VD PDA tidak 53,84ng 100 38.46ng tidak 46.15 44.44
YA - 60,00 33,33 68,00 68.00 28.00 44.00 60.00 64.00

− tidak ada aktivitas, + kemampuan melarutkan fosfat dan menghasilkan selulase (jumlah + mewakili potensi isolat),
tidaktidak ada pertumbuhan endofit pada media

Gambar 2Produksi protease (A) dan pelarutan fosfat (B) efek dariBasilsp. KL5

Efek dariBasilsp. KL5 tentang penyakit busuk Fusarium
Umbi kentang terinfeksiF.oksisporumdan diinokulasi dengan
bakteri endofitBasilsp. KL5. Setelah 20 hari inkubasi, kentang
menunjukkan gejala yang parah pada kelompok yang terinfeksi
jamur patogen (FO), dengan eksudat dari tempat infeksi (Gbr.
2).6A). Pada kelompok koinokulasi (FK), prainokulasi (PIK) dan
pasca inokulasi (PTK) dengan endofit, virulensi patogen pada
kentang berkurang secara signifikan dan umbi kentang
berkecambah dibandingkan dengan kelompok yang hanya
diinfeksi patogen tersebut. . Bagian umbi (Gbr.6B)
menunjukkan bahwa patogen (FO) menyebabkan pembusukan
parah pada kentang (lebih dari 60%). Pada umbi yang
diinokulasi jamur patogen dan endofit pada lokasi berbeda,
penyakit lebih parah pada lokasi yang diinokulasi jamur dan
meluas ke arah kebalikan dari lokasi endofit. Di dalam
Pada sampel pra-inokulasi (PIK), miselia jamur ditemukan hanya
tumbuh pada bagian atas lubang, sedangkan pada sampel ko-
inokulasi (FK), miselia jamur tumbuh pada seluruh lubang, namun
tidak menyebabkan penyakit pada kedua kelompok. Pada sampel
pasca infeksi (PTK), penyakit bermula (panah) namun tidak meluas
ke umbi. Untuk menilai tingkat keparahan penyakit pada umbi
kentang, diukur besarnya infeksi. Hasil (Gbr.7) menunjukkan bahwa
tingkat keparahan penyakit menurun secara signifikan (P0,05) pada
semua kelompok yang diberi perlakuan endofit dibandingkan
dengan kelompok kontrol (FO). Ukuran infeksi sekitar 5 cm diukur
pada sampel yang terinfeksiF.oksisporumdan 2,5 cm pada sampel
yang terinfeksi patogen dan endofit (FO-KL5), sesuai dengan
pengurangan keparahan penyakit sebesar 50% pada sampel yang
diinokulasi. Pada kelompok lain ukuran infeksinya kira-kira 1 cm,
yang berarti pengurangan keparahan penyakit setidaknya 80%.

13
583 Halaman 8 dari 14
Gambar 3Efek antagonis isolat KL5 dan JL7 pada kultur ganda denganF.oksisporum(FO di SMA) danVerticillium dahliae(VD di YEM)
Diskusi
Spesies bakteri yang berbeda diisolasi dariR.dentatus dengan
frekuensi endofit bervariasi dari satu jaringan ke jaringan
lainnya. Semua isolat yang teridentifikasi ditemukan termasuk
dalam genusBasil. Laporan sebelumnya telah menunjukkan
bahwa bakteri endofit ada di mana-mana pada tanaman dan
dapat ditemukan di berbagai jaringan termasuk bakal biji,
buah, akar, daun, batang, biji, umbi, dan bintil kacang-
kacangan (Benhizia et al. 2004; Hallmann dkk.1997; Sturz dkk.
1997). Genus Basiltelah dilaporkan berada di antara sebagian
besar bakteri endofit yang diisolasi dari tanaman obat
(Hallmann et al.1997).
Semua bakteri yang diisolasi menunjukkan efek antagonis
terhadap setidaknya satu patogen tanaman jamur yang diuji dalam
kultur ganda. Mereka juga menunjukkan kemampuan
memproduksi protease pada media susu skim. Bakteri endofit
dikenal sebagai penghasil antibiotik potensial yang memiliki efek
penghambatan terhadap berbagai patogen (Sessitsch et al.2004;
Zhang dkk.2020). Hasil penelitian ini mendukung kemampuan
endofit untuk melindungi inangnya melalui berbagai mekanisme
termasuk produksi antibiotik terhadap patogen tanaman (Katoch
dan Pull2017; Yao dkk.2017; Zabalgogeazcoa2008). Bakteri endofit
telah menunjukkan hal ini
13
Arsip Mikrobiologi (2022) 204:583
kemampuan mereka untuk menghambat fitopatogen termasuk
Fusarium oksisporumDanRhizoctonia solani(Han dkk.2005; Putih
dkk.2018). Beberapa laporan mengenai percobaan kultur bersama
juga telah diterbitkan, yang tidak diragukan lagi mendukung
budidaya dua atau lebih mikroorganisme pada media yang sama.
Metode ini telah dianggap sebagai alat yang ampuh untuk
mengaktifkan gen diam yang mengarah pada produksi senyawa
bioaktif yang mungkin bermanfaat atau berbahaya bagi spesies
yang terlibat (Marmann et al.2014; Netzker dkk.2015). Profil
metabolit GC – MS dariBasilsp. Fraksi KL5 mengungkapkan berbagai
metabolit sekunder yang mudah menguap dengan 2,4-di-tert-
butilfenol, dibutilftalat dan 1-heptadesen sebagai senyawa yang
paling melimpah. Laporan sebelumnya telah ditargetkan Basil
spesies termasukB.velezensissebagai penghasil senyawa volatil
yang menunjukkan efek antagonis terhadap fitopatogen jamur
dengan mengurangi diameter koloni dan menghambat
perkecambahan konidia (Zhang et al.2020). Lebih lanjut, dibutil
ftalat telah dilaporkan sebagai senyawa volatil utamaStreptomyces
ekstrak yang menginduksi efek penghambatan terhadap
fitopatogen jamurRhizoctonia solani(Ahsan dkk.2017). 2,4-di-tert-
butilfenol diisolasi dariPseudomonas monteiliitelah menunjukkan
efek penghambatannya terhadap pertumbuhan hifa dan
perkecambahan sporaF.oksisporum(Ahsan dkk.2017). Jadi, aktivitas
antijamurnya ampuh
Arsip Mikrobiologi (2022) 204:583
Gambar 4Pemindaian mikrograf elektron dariFusarium oksiporumDan
Verticillium dahliae.A:F.oksisporumkontrol,B:F.oksisporumdalam budaya
bersama dengan KL5,C:F.oksisporumbekerja sama dengan JL7,D:V.
dariBasilsp. KL5 mungkin disebabkan oleh senyawa volatil
yang dihasilkan oleh isolat.
Memindai mikrograf elektron fitopatogenF.oksisporumDan
V.dahliaepada kultur ganda dengan bakteri endofit menunjukkan
deformasi jamur yang berbeda dengan pembengkakan hifa dan
adanya pori-pori pada miselia jamur. Dalam kebanyakan kasus,
sampel menunjukkan miselia datar dengan
Halaman 9 dari 14 583
dahliaekontrol,E:V.dahliaedalam budaya bersama dengan KL5,F:V.dahliae
bekerja sama dengan JL7
hilangnya morfologi mereka sepenuhnya. Kelainan yang
terakhir mungkin disebabkan oleh adanya pori-pori pada
miselia yang menyebabkan kebocoran dan hilangnya
kandungan sitoplasma jamur. Perforasi membran jamur
mungkin disebabkan oleh produksi enzim litik oleh endofit
yang telah mendegradasi komponen dinding sel
fitopatogen (Kubicek et al.2001; Saba dkk.2012). Nyatanya,
13
583 Halaman 10 dari 14
Gambar 5Kromatogram GC–MS fraksi heksana (FH) dan fraksi etil asetat (FEA) dariBasilsp.KL5
endofit telah menunjukkan kemampuannya untuk
menghasilkan kitinase yang dikenal sebagai enzim litik
membran jamur. Kitinase merupakan enzim litik penting
dengan aktivitas degradasi pada membran jamur karena efek
pencernaannya pada kitin yang merupakan salah satu
komponen utama dinding sel jamur (Kubicek et al.2001; Lea
dkk.1991; Saba dkk.2012). Dinding sel jamur berfilamen seperti
F.oksisporumjuga mengandung protein yang mungkin
terdegradasi oleh protease yang dihasilkan oleh endofit,
sehingga memfasilitasi aktivitas enzim litik (Sivan dan Chet1989
; Suárez dkk.2005). Kelainan miselia juga mungkin disebabkan
oleh produksi metabolit sekunder oleh isolat yang merusak
morfologi dan integritasnya (Manczinger et al.2002).
Basilsp. KL5, isolat paling ampuh dalam produksi protease,
produksi IAA dan pelarutan fosfat juga ditemukan mengurangi
keparahan penyakit busuk akar yang disebabkan oleh umbi
kentang denganF.oksisporumsebesar 50% bila diinokulasi di
tempat yang berbeda. Isolat tersebut mampu menekan
penyakit pada perlakuan lain yang diberikan pada kentang
yaitu. pra-inkulasi, koinfeksi dan pasca inokulasi, serta
menginduksi perkecambahan umbi kentang. Hasil ini sesuai
dengan pernyataan bahwa endofit memberikan efek
perlindungan pada tanaman inang terhadap predator seperti
13
Arsip Mikrobiologi (2022) 204:583
serangga, herbivora dan hama (Kanani et al.2020; Khan dan Lee
2013; Mantzoukas dan Grammatikopoulos2020; Rho dkk.2020).
Bakteri endofit termasuk spesies yang berbedaBasiltelah
dilaporkan karena efek anti-fitopatogennya terhadap fitopatogen
jamur sepertiFusariumDan alternatif(Khedher dkk.2021; Zhang dkk.
2020).Bacillus velezensisDanBacillus subtilistelah menunjukkan
sebelumnya efek penindasannya terhadapAlternaria solaniDan
Fusarium sp. masing-masing (Zhang dkk.2020). Laporan
sebelumnya juga menunjukkan kemampuanB.subtilisuntuk
mengurangi keparahan penyakit layu Fusarium dan penyakit busuk
akar kering FusariumFusariumsp. dalam kentang (Khedher et al.
2021). Bakteri endofit dikenal sebagai agen biokontrol yang ampuh
melawan penyakit tanaman karena kemampuannya untuk
berkolonisasi dan bersaing untuk tumbuh pada tanaman yang
sama yang menampung patogen penyebab penyakit (Kaouthar et
al.2016).Basilsp. KL5 mungkin menggunakan mekanisme ini untuk
menekan penyakit pada kentang atau mungkin telah menghasilkan
senyawa yang larut dan mudah menguap untuk mengurangi
keparahan penyakit.
Efek aktivasi perkecambahan diamati pada kentang yang
diberi perlakuan endofitBasilsp. KL5 mungkin disebabkan
oleh produksi senyawa yang mudah menguap seperti
dibutilftat yang merupakan ester ftalat. Kelas menengah ini
Arsip Mikrobiologi (2022) 204:583 Halaman 11 dari 14 583

Tabel 3 Profil metabolit fraksi heksana (FH) dan fraksi etil asetat (FEA) dariBacillus sp.KL5

Pecahan Menggabungkan Rumus kimia Penyimpanan Daerah puncak (%)

waktu (menit)

FH asam 3-metilbutanoat C5H10HAI2 4.775 1.34

asam 2-metilbutanoat C5H10HAI2 5.010 0,80
Isoforon C9H14HAI 11.525 3.97
1-dodesen C12H24 19.945 0,45
1-pentadesen C15H30 16.795 8.47
Tetradekana C14H30 16.970 2.56
1-heptadesen C17H34 22.250 15.88
heksadekana C16H34 22.395 3.48
3-metilheptadekana C18H38 25.665 0,36
heneikosan 26.160 2.39
Asam siklopropanakarboksilat, 1-hidroksi-, (2,6-di-t-butil-4-metilfenil) ester C19H28 26.940 0,97
1,2-benzenedikarboksilat, bis(2-metilpropil)ester C16H22HAI4 27.030 0,61
7,9-Di-tert-butil-1-oxaspiro(4,5)deka-6,9-diena-2,8-dione C17H24 27.740 0,35
2,5-Di-tert-Butil-1,4-benzokuinon C14H20HAI2 28.155 1,00
Dibutilftalat C16H22HAI4 28.425 24.54
3,7,11-Trimetil-1-dodekanol C15H32HAI 28.555 0,60
Alkohol behenik C22H46HAI 28.955 8.21
Siklooktasiloksan, heksadekametil C16H48HAI8Ya8 29.930 0,43
2-Metildodekana C13H28 31.475 0,49
Bis(2-etilheksil)ftalat 3,3- C24H38HAI4 35.465 2.78
FEA Dimetiloktan, C10H22 7.930 7.35
2,6,10-Trimetildodekana C15H32 8.522 13.18
4-metilundekana, C12H26 8.615 3.50
5,7-Dimetilundekana C13H28 8.305 3.58
Isoforon C9H14HAI 9.705 5.95
4,6-dimetildodekana C14H30 12.047 5.81
2,4-Di-tert-butilfenol 1- C14H22HAI 16.704 26.61
Iodoheksadekana C16H33SAYA 19.938 3,95
Asam siklopropanekarboksilat, 1-hidroksi-, (2,6-di-t-butil-4-metilfenil) ester C19H28 22.894 4.00
Dibutilftalat C16H22HAI4 23.029 26.07

Gambar 6Efek dariBasilsp.KL5padaF.oksisporumpada umbi kentang

13
 583 Halaman 12 dari 14
Gambar 7Efek dariBasilsp. KL5 tentang tingkat keparahan busuk akar
Fusarium pada umbi kentang. Batang dengan huruf berbeda berbeda nyata.
FO: kontrol (F.oksisporumsendiri); FO-KL5, FK, PIK, PTK: diobati dengan umbi
yang terinfeksiBasilsp. KL5
metabolit telah dilaporkan untuk efek aktivasi perkecambahan
biji (Mohammed et al.2013; Ntemafack dkk., 2022). Senyawa
yang mudah menguap seperti asetoin dan 2,3-butanediol juga
diketahui terlibat dalam peningkatan pertumbuhan tanaman
(Ryu et al.2003).
Kesimpulan
Penelitian ini tentangR.dentatusmenyebabkan isolasi 45 bakteri
endofit, sembilan diantaranya diidentifikasi termasuk dalam
genusBasil. Penyelidikan mereka terhadap efek antijamur
menunjukkan potensi penghambatannya terhadap patogen
tanamanF.oksisporumDanV.dahliae. Dari penyelidikan kami,
ternyata daunnya endofitBasilsp. KL5 adalah penghambat
ampuhF.oksisporumdan dapat digunakan sebagai agen
biokontrol di bidang pertanian untuk mengatasi penyakit
pascapanen busuk akar Fusarium pada kentang dan untuk
meningkatkan pertumbuhan tanaman.
Ucapan Terima KasihAN berterima kasih kepada TWAS-CSIR (The World
Academy of Science-Council of Scientific and Industrial Research). RC
didukung oleh CSIR-SRF, NK didukung oleh ICMR-SRF. SGG berterima
kasih kepada CSIR-IIIM atas hibah: MLP3012 dan CSIR atas hibah Misi
Phytopharma: HCP0010.
Kontribusi penulisAN berkontribusi dalam menyusun dan merancang
eksperimen, melakukan sebagian besar eksperimen teknis, menganalisis
data, dan menulis draf awal; RC berkontribusi pada identifikasi
molekuler dari isolat; NK membantu produksi enzim dan IAA, serta
aktivitas antijamur; RSM berkontribusi pada pengumpulan tanaman dan
isolasi endofit; AK berkontribusi dalam analisis pecahan GC-MS; SKD
melakukan pemindaian mikroskop elektron terhadap sampel; AC
menyediakan fasilitas laboratorium dan memandu isolasi endofit; QPH
dan SGG berpartisipasi dalam merancang penelitian, memandu
kemajuan pekerjaan dan mengoreksi naskah dan gambar/tabel. Semua
penulis membaca dan menyetujui naskah akhir.
13
Arsip Mikrobiologi (2022) 204:583
PendanaanPekerjaan ini didukung oleh hibah: MLP3012 dan HCP0010
masing-masing dari CSIR-IIIM dan CSIR.
Ketersediaan data dan materiSemua data yang dihasilkan selama penelitian
ini disertakan dalam naskah.
Ketersediaan kodeTak dapat diterapkan.
Deklarasi
Konflik kepentinganPara penulis tidak memiliki konflik kepentingan.
Referensi
Ahsan T, Chen J, Zhao X, Irfan M, Wu Y (2017) Ekstraksi dan identifikasi
klasifikasi senyawa bioaktif (eicosane dan dibutyl phthalate) yang
dihasilkan olehStreptomycesstrain KX852460 untuk pengendalian
biologisRhizoctonia solaniAG-3 strain KX852461 untuk mengendalikan
penyakit bercak sasaran pada daun tembakau. AMB Ekspres 7:1–9.
https://doi.org/10.1186/s13568-017-0351-z
Benhizia Y, Benhizia H, Benguedouar A, Muresu R, Giacomini A,
Squartini A (2004) Proteobakteri gamma dapat membentuk bintil pada kacang-
kacangan dari genusHedysarum. Sistem Aplikasi Mikrobiol 27:462–468. https://
doi.org/10.1078/0723202041438527
Dahibhate NL, Dwivedi P, Kumar K (2022) GC–MS dan UHPLC-
Profil metabolit berbasis HRMSBruguiera gimnorhiza
mengungkapkan senyawa bioaktif utama. S Afr J Bot.https://
doi.org/10. 1016/j.sajb.2022.02.004
Ekefan EJ, Jama A, Gowen SR (2009) PotensiTrichoderma merusak
zianumisolat dalam biokontrolColletotrichum capsicimenyebabkan
antraknosa pada lada (Capsicumspp.) di Nigeria. J Appl Biosci
20:1138–1145
Fiddaman PJ, Rossall S (1995) Pemilihan antagonis bakteri untuk
pengendalian biologisRhizoctonia solanidalam pemerkosaan biji minyak
(Brassica napus). Tanaman Pathol 44:695–703.https://doi.org/10.1111/j.
1365-3059.1995.tb01693.x
Fisher PJ, Petrini O, Scott HML (1992) Distribusi beberapa jamur
dan bakteri endofit pada jagung (Zea mungkinL.). Fitol Baru
122:299–305.https://doi.org/10.1111/j.1469-8137.1992.tb042
34.x
Fry W, Thurston H, Stevenson W (2001) Penyakit busuk daun. Ringkasan dari
penyakit kentang, edisi ke-2. Persatuan Fitopatologi Amerika, St
Paul, hlm 28–30
Gao F, Zhou BJ, Li GY, Jia PS, Li H, Zhao YL, Zhao P, Xia GX, Guo
HS (2010) Protein kaya asam glutamat diidentifikasi dalamVerticillium
dahliaedari mutagenesis insersi mempengaruhi pembentukan
mikrosklerosial dan patogenisitas. PLoS SATU.https://doi.org/10.1371/
jurnal.pone.0015319
Gopinath K, Radhakrishnan NV, Jayaraj J (2006) Pengaruh propicona-
zole dan difenoconazole terhadap pengendalian antraknosa buah cabai yang
disebabkan olehColletotrichum capsici. Keuntungan Pangan 25:1024–1031.
https://doi.org/10.1016/j.cropro.2006.02.001
Gordon SA, Weber RP (1951) Estimasi kolorimetri indoleasetat
asam. Fisiol Tumbuhan 26:192–195.https://doi.org/10.1104/pp.26.1. 192
Hallmann J, Quadt-Hallmann A, Mahaffee WF, Kloepper JW (1997)
Bakteri endofit pada tanaman pertanian. Bisakah J Mikrobiol
43:895–914.https://doi.org/10.1139/m97-131
Han J, Sun L, Dong X, Cai Z, Sun X, Yang H, Wang Y, Lagu W (2005)
Karakterisasi strain bakteri pemacu pertumbuhan tanaman baru
Delftia tsuruhatensisHR4 baik sebagai diazotrof maupun potensial
Arsip Mikrobiologi (2022) 204:583
agen biokontrol terhadap berbagai patogen tanaman. Sistem Aplikasi
Mikrobiol 28:66–76.https://doi.org/10.1016/j.syapm.2004.09.003 Kanani
P, Modi A, Kumar A (2020) Biotisasi endofit di
mikropropagasi: musuh yang membantu. Mikroba endofit-prospek
untuk pertanian berkelanjutan. Penerbitan Woodhead, Sawston, hlm
357–379
Kaouthar F, Ameny FK, Yosra K, Walid S, Ali G, Faical B (2016)
Tanggapan transgenikArabidopsistanaman dan sel ragi rekombinan
yang mengekspresikan TdMnSOD mangan superoksida dismutase
gandum durum baru terhadap berbagai tekanan abiotik. J Fisio
Tumbuhan 198:56–68.https://doi.org/10.1016/j.jplph.2016.03.019 Kapoor
N, Ntemafack A, Chouhan R, Gandhi SG (2022) Anti-phy-
topatogenik dan pertumbuhan tanaman meningkatkan potensi
jamur endofit yang diisolasiDisoksilum gotadhora. Perlindungan
Tanaman Fitopatol Lengkungan 55(4):454–473.https://doi.org/
10.1080/ 03235408.2022.2027674
Katoch M, Pull S (2017) Jamur endofit berasosiasi denganMonarda
citriodora, tanaman aromatik dan obat serta potensi
biokontrolnya. Farmasi Biol 55:1528–1535.https://doi.org/
10.1080/ 13880209.2017.1309054
Khan AL, Lee IJ (2013) EndofitPenicillium funiculosumLHL06
mengeluarkan giberelin yang memprogram ulangGlisin maksL.
pertumbuhan selama stres tembaga. Biol Pabrik BMC 13:1–14.https://
doi.org/10. 1186/1471-2229-13-86
Khedher SB, Mejdoub-Trabelsi B, Tounsi S (2021) Potensi hayati
awal dariBacillus subtilisV26 untuk pengendalian penyakit layu Fusarium dan
busuk kering umbi pada kentang yang disebabkan olehFusariumspesies dan
meningkatkan pertumbuhan tanaman. Kontrol Bio.https://doi.org/10. 1016/
j.biokontrol.2020.104444
Kidd BN, Kadoo NY, Dombrecht B, Tekeoglu M, Gardiner DM,
Thatcher LF, Aitken EA, Schenk PM, Manners JM, Kazan K (2011)
Pensinyalan dan transportasi auksin meningkatkan kerentanan terhadap
patogen jamur yang menginfeksi akarFusarium oksisporumdi dalam
Arabidopsis. Interaksi Mikroba Tumbuhan Mol 24:733–748.https://
doi.org/10.1094/MPMI-08-10-0194
Klimes A, Dobinson KF, Thomma BP, Klosterman SJ (2015)
Genomik mendorong kemajuan pesat dalam pemahaman kita tentang
biologi patogen layu pembuluh darah dalam genus tersebutVertikillium.
Ann Rev Fitopatol 53:181–198.https://doi.org/10.1146/annur ev-
phyto-080614-120224
Klosterman SJ, Atallah ZK, Vallad GE, Subbarao KV (2009) Diver-
kota, patogenisitas, dan pengelolaanVertikilliumjenis. Ann
Rev Fitopatol 47:39–62.https://doi.org/10.1146/annur ev-
phyto-080508-081748
Kubicek CP, Mach RL, Peterbauer CK, Lorito M (2001)triko-
kulit: dari gen hingga biokontrol. J Tanaman Pathol 83:11–23.
https://www.jstor.org/stable/41998018
Larkin RP, Halloran JM (2014) Efek pengelolaan penyakit sup-
rotasi tanaman yang menekan terhadap hasil kentang dan penyakit yang
ditularkan melalui tanah serta implikasi ekonominya terhadap produksi
kentang. Am J Kentang Res 91:429–439.https://doi.org/10.1007/
s12230-014-9366-z Leah R, Tommerup H, Svendsen I, Mundy J (1991) Biokimia dan
karakterisasi molekuler dari tiga protein biji jelai dengan
sifat antijamur. J Biol Kimia 266:1564–1573.https://doi. org/
10.1016/S0021-9258(18)52331-0
Manczinger L, Antal Z, Kredics L (2002) Ekofisiologi dan
perkembangbiakan mikoparasitTrichodermastrain. Acta Mikrobiol
Imunol Digantung 49:1–14.https://doi.org/10.1556/amicr.49.
2002.1.1
Mantzoukas S, Grammatikopoulos G (2020) Pengaruh tiga
endofit entomopatogen sorgum manis terhadap pertumbuhan
dan kinerja makan hama,Wijen nonagrioideslarva, dan
kemanjurannya di kondisi lapangan. Pangkas Prot 127:104952.
https://doi.org/10.1016/j.cropro.2019.104952 Marmann A, Aly
AH, Lin W, Wang B, Proksch P (2014) Budidaya bersama
vation—alat baru yang ampuh untuk meningkatkan bahan kimia
Halaman 13 dari 14 583
keanekaragaman mikroorganisme. Mar Narkoba 12:1043–1065.https://
doi.org/10.3390/md12021043
Mohammed R, Ramadan K, Hassanien S, Francis RR, Abdel AAZ
(2013) Butil-iso-butil ftalat sebagaiOrbanche crenatapenggerak
perkecambahan biji yang disekresikan oleh akarVicia faba. J Biol
Kimia 8:157–167.http://dspace.must.edu.eg/handle/123456789/
213
Munkvold GP, Martinson CA, Shriver JM, Dixon PM (2001) Masalah
kemampuan penggunaan fungisida yang menguntungkan terhadap penyakit
bercak daun abu-abu pada jagung hibrida. Fitopatologi 91:477–484.https://
doi.org/10. 1094/PHYTO.2001.91.5.477
Netzker T, Fischer J, Weber J, Matter DJ, König CC, Valiante V,
Schroeckh V, Brakhage AA (2015) Komunikasi mikroba
mengarah pada aktivasi cluster gen metabolit sekunder jamur
yang diam. Mikrobiol Depan 6:299.https://doi.org/10.3389/
fmicb.2015.00299
Ntemafack A, Ahmed S, Kumar A, Chouhan R, Kapoor N,
Bharate SB, Hassan QP, Gandhi SG (2022) Potensi pemacu
pertumbuhan tanaman butil isobutil ftalat dan Streptomyces
sp. dari Rumex dentatus pada nasi. Aplikasi Mikrobiol
Bioteknologi 106(7):2603–2617.https://doi. org/ 10.1007/
s00253-022-11862-w
Pegg GF, Brady BL (2002) Verticillium layu, edisi pertama. Pub CABI-
bagus, Wallingford
Prashith KTR, Vivek MN, Junaid S, Rakesh KN, Dileep N, Manasa
M, Kambar Y (2014) Aktivitas penghambatanPolialthia
longifolia,Anaphalis lawiiDanGnidia glaucamelawan
Colletotrichum capsicidan patogen saluran kemih. Sci Technol
Arts Res J 3:26–30
Rho H, Doty SL, Kim SH (2020) Endofit meringankan peningkatan
BERSAMA2penurunan fotosintesis pada padi yang bergantung pada ketergantungan,
khususnya pada kondisi keterbatasan nitrogen. J Exp Bot 71:707–718.https://doi. org/
10.1093/jxb/erz440
Ryu CM, Farag MA, Hu CH, Reddy MS, Wei HX, Paré PW, Kloep-
menurut JW (2003) Bakteri yang mudah menguap mendorong pertumbuhan
Arabidopsis. Proc Nat Acad Sci 100:4927–4932.https://doi.org/10.1073/
pnas.0730845100
Saba H, Vibhash D, Manisha M, Prashant KS, Farhan H, Tauseef A
(2012)Trichoderma–Stimulan pertumbuhan tanaman dan agen
biokontrol yang menjanjikan. Mikosfer 3:524–531
Samsatly J, Jawhari M, Najjar C, Sobh H, Abou-Jawdah Y (2014)
Modifikasi teknik serologis dan evaluasinya untuk mendeteksi virus
kentang dalam kegiatan terkait sertifikasi benih. Pangkas
Keuntungan 61:51–57.https://doi.org/10.1016/j.cropro.2014. 03.007
Sessitsch A, Reiter B, Berg G (2004) Komunitas bakteri endofit
nitas tanaman kentang yang ditanam di lapangan dan kemampuannya dalam
meningkatkan pertumbuhan tanaman dan antagonisnya. Bisakah J Mikrobiol 50:239–
249. https://doi.org/10.1139/w03-118
Sivan A, Chet I (1989) Degradasi dinding sel jamur oleh
enzim litik dariTrichoderma harzianum. Mikrobiologi
135(3):675–682
Sturz A, Christie B, Matheson B, Nowak J (1997) Keanekaragaman Hayati
bakteri endofit yang mengkolonisasi bintil, akar, batang dan dedaunan
semanggi merah serta pengaruhnya terhadap pertumbuhan inang. Biol
Subur Tanah 25:13–19.https://doi.org/10.1007/s003740050273 Suárez
MB, Sanz L, Chamorro MI, Rey M, González FJ, Llobell A,
Monte E (2005) Analisis protein dari protein yang disekresikan dari
Trichoderma harzianum: identifikasi protease aspartik yang
diinduksi dinding sel jamur. Genet Jamur Biol 42(11):924–934 Wang
S, Xing H, Hua C, Guo HS, Zhang J (2016) Peningkatan sin-
Strategi kloning gle-step menyederhanakanAgrobacterium
tumefaciens-metode gangguan gen berbasis transformasi yang
dimediasi (ATMT) untukVerticillium dahliae. Fitopatologi 106:645–
652. https://doi.org/10.1094/PHYTO-10-15-0280-R
13
 583 Halaman 14 dari 14
White JF, Kingsley KI, Kowalski KP, Irizarry I, Micci A, Soares
MA, Bergen MS (2018) Perlindungan penyakit dan interaksi
alelopati dari pseudomonad endofit yang ditularkan melalui benih
rumput buluh invasif (Phragmites australis). Tanaman Tanah
422:195– 208.https://doi.org/10.1007/s11104-016-3169-6
Yao YQ, Lan F, Qiao YM, Wei JG, Huang RS, Li LB (2017) Endo-
jamur fitat yang bersarang di akarSophora tonkinensisGapnep:
keanekaragaman dan potensi biokontrol terhadap fitopatogen.
MikrobiologiTerbuka 6:e00437.https://doi.org/10.1002/
mbo3.437 Zabalgogeazcoa I (2008) Jamur endofit dan interaksinya
dengan patogen tanaman. Rentang J Agric Res 6:138–146
Zhang Q, Acuña JJ, Inostroza NG, Duran P, Mora ML, Sadowsky MJ,
Jorquera MA (2020) Diferensiasi niche dalam komposisi,
13
Lihat statistik publikasi
Arsip Mikrobiologi (2022) 204:583
fungsi yang diprediksi, dan jaringan kejadian bersama dalam komunitas
bakteri yang terkait dengan tumbuhan vaskular Antartika. Mikrobiol
Depan 11:1036.https://doi.org/10.3389/fmicb.2020.01036
Catatan PenerbitSpringer Nature tetap netral sehubungan dengan klaim
yurisdiksi dalam peta yang dipublikasikan dan afiliasi kelembagaan.
Springer Nature atau pemberi lisensinya memegang hak eksklusif atas artikel ini
berdasarkan perjanjian penerbitan dengan penulis atau pemegang hak lainnya;
Pengarsipan mandiri penulis atas versi naskah artikel ini yang diterima semata-mata
diatur oleh ketentuan perjanjian penerbitan tersebut dan hukum yang berlaku.