Micro RNA

CHALID FIRDAUS
Magister Biomedik Unissula
Definisi
Fenomena miRNA ini pertama kali ditemukan pada
tahun 1993 oleh Lee dkk, tetapi istilah microRNA
baru diperkenalkan tahun 2001.
MicroRNA (miRNA) adalah single stranded
noncoding RNA dengan panjang 17-22 nukleotida
yang penting sebagai regulator ekpresi gen.
miRNA merupakan salah satu dari beberapa small
noncoding RNA, termasuk small interfering RNA
(siRNA), ribosomal (r)RNA, transfer (t)RNA dan
small nuclear (sn)RNA
 miRNA menghambat peran (downregulate) gen
sasarannya pada tahap pasca-transkripsi dari
ekspresi gen.
Pada hewan, mekanisme penghambatan
(suppression) terjadi tanpa degradasi,
sementara pada tumbuhan miRNA akan
menempel pada messenger RNA, sehingga
terjadi RNA berkas ganda, yang merupakan
substrat bagi enzim-enzim peredam (silencer).
 RNA-mikro ditranskrip dari DNA namun tidak
diproses menjadi protein/polinukleotida,
sehingga dikatakan dihasilkan oleh bagian non-
kode dari DNA.
Bagian DNA ini dikenal sebagai faktor
transkripsi (transcription factor), karena
mengganggu proses transkripsi
 Dipercaya terdapat lebih dari 1000 gen miRNA pada
genom manusia yang diperkirakan berperan dalam
meregulasi proses transkripsi mRNA.
MiRNA berinteraksi dengan sekuen spesifik mRNA
sehingga dapat menganggu proses translasi untuk
menghasilkan protein tertentu.
MikroRNA mencegah translasi transkrip mRNA
menjadi protein dengan berkomplementasi
membentuk base pairing secara komplementer
dengan mRNA yang berfungsi.
 Pri-miRNA yang terbentuk memiliki struktur
hairpin akan mengalami dicing oleh enzim
Dicer menghasilkan miRNA duplex (double
stranded).
miRNA duplex akan terpisah menjadi miRNA
single stranded yang akan berikatan dengan
protein kompleks, jika miRNA tidak membentuk
ikatan sempurna dengan mature mRNA, maka
proses translasi akan terhambat.
Biogenesis
MiRNA dikode oleh intron atau ekson gen pengkode protein
maupun gen bukan pengkode protein. Gen-gen tersebut
ditranskripsi oleh RNA polymerase II menghasilkan primary
miRNA (pri-miRNA) yang berbentuk hairpin loop, dengan
tudung (cap) pada ujung 5 dan poli A tail pada ujung 3.
Struktur hairpin loop tersebut dapat dikenali oleh protein
nucleus DiGeorge Syndrome Critical Region 8 (DGCR8) yang
berasosiasi dengan enzim Drosha. DGCR8 akan menginisiasi
aktivitas katalitik RNase III dari Drosha yang akan memotong
miRNA 11 nukelotida sehingga dihasilkan struktur dua
nukleotida dengan gugus hidroksil pada ujung 3 dan gugus
fosfat pada ujung 5 yang disebut pre-miRNA atau prekursor
miRNA.
 Pre-miRNA yang terbentuk akan di transport menuju
sitoplasma dan kemudian mengalami pemotongan/dicing
pada bagian loop oleh enzim Dicer sehingga terbentuk
miRNA duplex (double stranded).
MiRNA duplex akan terpisah menjadi 2 bagian single
stranded, satu bagian akan mengalami denaturasi sedangkan
bagian yang lain akan mengalami pematangan menjadi
mature miRNA.
Pada sitosol, mature miRNA ini akan berikatan dengan
mature mRNA secara parsial, karena miRNA dengan
komponen lain seperti Ago2, Dicer, TRBP dan PACT
membentuk miRNA induced silencing complex (miRISC)
yang dapat berikatan dengan 3 UTR dari mRNA 21 sehingga
menghambat proses translasi dari protein-protein tertentu.
miRNA dan siRNA sebagai RNA
interference (RNAi)
Banyak sekali jenis-jenis RNA sebagai komponen
dari proses sintesis protein, seperti mRNA, rRNA,
tRNA, snRNA, hnRNA dan sebagainya. Namun,
RNA yang berperan dalam regulasi epigenetik salah
satunya yaitu miRNA yang memiliki banyak
persamaan dengan siRNA.
siRNA dan miRNA, merupakan model proteomik
yang digunakan untuk studi berbagai aspek ekspresi
gen dimana keduanya sama-sama dibentuk dari
prekursor mRNA yang diproduksi di sitoplasma
oleh enzim Dicer.
 Selain itu keduanya termasuk dalam RNA interference (RNAi) yang
dapat bergabung dengan kompleks protein RNA-induced silencing
complec (RISC) sehingga RISC akan teraktivasi. Namun yang
membedakan, kompleks RISC yang teraktivasi oleh siRNA akan
memutus dan mendegradasi mRNA pada bagian yang mengandung
sekuens homolog dengan siRNA atau dapat dikatakan berikatan
secara sempurna.
Seperti halnya aRNA yang dapat berikatan membentuk duplex
dengan mRNA yang sangat mudah terdegradasi oleh enzim
pendegradasi ribonukleat, ribonuclease, di dalam sel. Sedangkan
RISC yang teraktivasi oleh miRNA dapat menghambat translasi
mRNA karena miRNA tidak dapat berikatan secara sempurna
dengan molekul mRNA tersebut.
 miRNA yang menghambat proses translasi mRNA mayoritas
berasal dari sel animalia. Sedangkan miRNA dan siRNA yang
berasal dari sel tumbuhan dapat berikatan secara sempurna dengan
mRNA, sehingga kompleks ikatan tersebut akan dikenali oleh
protease dan akan dihancurkan.
Atas dasar inilah, terdapat perkembangan riset mengenai
penggunaan siRNA sebagai target terapi untuk sel kanker, karena
siRNA akan berikatan dengan mRNA yang akan mengekspesikan
protein-protein tertentu (pro kanker), misalnya protein-protein
yang dapat meningkatkan proses proliferase sel yang tak terkontrol,
akan dihancurkan oleh protease, sehingga protein-protein pro
kanker tidak diekspresikan.
Fungsi miRNA dalam Sel
Fungsi miRNA adalah pada regulasi ekspresi gen. Untuk
menjalankan fungsinya, sekuen miRNA harus komplementari
dengan sekuen sebagian mRNA. Pada hewan, miRNA
biasanya komplementari dengan bagian 3-untranslated
region (3-UTR), sedangkan pada tanaman biasanya
komplementari dengan coding-region dari mRNA.
Ikatan (annealing) miRNA dengan mRNA ini akhirnya
menghambar translasi protein, tetapi terkadang menfasilitasi
degradasi mRNA. Proses ini diperkirakan model aksi yang
utama pada miRNA tanaman. Pembentukan untai ganda RNA
melalui ikatan miRNA ini memicu degradasi mRNA, seperti
yang terjadi pada proses RNAi. Namun pada kasus lain
diperkirakan bahwa kompleks miRNA memblokir mesin
translasi protein atau mencegah translasi tanpa degradasi
mRNA.
Hubungan miRNA dengan penyakit
miRNA ditemukan berhubungan dengan beberapa
penyakit. Salah satu contohnya adalah kanker. Studi
pada mencit menunjukan bahwa miRNA memiliki efek
terhadap pekembangan kanker. Mencit yang direkayasa
untuk memproduksi miRNA dalam jumlah yang banyak
di dalam sel limfoma menjadi kanker dalam waktu 50
hari dan mati 2 minggu berikutnya.
Sementara mencit yang tidak menghasilkan miRNA bisa
hidup lebih dari 100 hari. Studi lain menemukan bahwa
dua miRNA menghambat translasi protein E2F1, yang
mengatur proliferasi sel. miRNA sepertinya berikatan
dengan mRNA sebelum terjadinya translasi.
 Dengan mengukur aktivitas 217 gen yang
mengkodekan miRNA, pola aktivitas gen dapat
membedakan tipe kanker yang ada. Artinya
miRNA dapat digunakan untuk klasifikasi
kanker, yang memungkinkan dokter untuk
menentukan tipe jaringan asli yang
menyebabkan kanker dan memberikan
terapi yang tepat berdasarkan tipe jaringan
asli tersebut.
Saat ini, profil miRNA telah bisa menentukan
apakah pasien leukemia limfositik kronik memiliki
kanker tipe agresif atau tidak.
 miRNA juga telah dibuktikan memiliki
hubungan dengan penyakit jantung. Mencit
yang direkayasa sehingga miRNA yang spesifik
untuk otot jauh berkurang, memperlihatkan
penyakit jantung umum dengan frekuensi yang
tinggi.
Mencit ini juga memperlihatkan gejala
hiperplasia (peningkatan sel otot jantung yang
mengakibatkan pembesaran jantung) dan aliran
panas jantung yang tidak normal.
miRNA dan penyakit kanker
Micro-RNA memiliki potensi sebagai onkogen
maupun sebagai gen supresor tumor, tergantung
sasarannya.
Kalau mRNA yang menjadi sasarannya adalah
supresor tumor maka miRNA berfungsi sebagai
onkogen
sedangkan kalau mRNA sasarannya adalah
onkogen maka ia berfungsi sebagai supresor.