Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic

Repeats (CRISPR) Systems for COVID-19 Diagnosis

Kelompok 9
Natalia Suryanata A 171 088
Nurlastri A 171 092
Raifa Sachra H.N. A 171 095
Sonia Nurhasanah A 171 100
Windania Barkah A 171 110
 Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats (CRISPR)

Pengertian Bagian dari DNA prokariota (bakteri dan archae) yang

mengandung urutan dasar nukleotida pendek dan berulang.
Memungkinkan para peneliti membuat perubahan yang
diinginkan dalam urutan genom yang dapat mengubah fungsi
gen.

Kecepatan deteksi yang tinggi (yaitu, 30 menit dari sampel

CRISPR Keuntungan mentah untuk mencapai hasil), sensitivitas dan presisi tinggi,
mudah dibawa, dan tidak perlu laboratorium khusus peralatan.

Pertama→ sistem tipe I [Cas3 nuclease digunakan untuk

memotong DNA], III [Cas10 nuklease dapat memotong RNA],
dan IV
Kelas
Kedua → tipe II [Cas9 endonuklease untuk memotong DNA], V
[Cas12 untuk memotong DNA], dan VI [Cas13 nuclease untuk
memotong RNA target]
 SISTEM YANG DIKEMBANGKAN
• Specific High-sensitivity Enzymatic Reporter
Unlocking (SHERLOCK) → mendeteksi nukleat sampel
klinis urutan asam secara portabel dan ultrasensitif.

• DNA Endonuclease-targeted CRISPR Trans Reporter

(DETECTR) → sistem diagnostik berbasis CRISPR lain
(CRISPR / Cas12) → mendeteksi infeksi virus dengan
cepat (∼30min), tidak mahal, dan akurat.

• Kedua sistem untuk deteksi SARS-CoV-2 tersebut telah

disetujui dan tersedia secara komersial, memiliki
spesifisitas dan sensitivitas tinggi, sebanding dengan
PCR tetapi tidak membutuhkan peralatan canggih yang
Ilustrasi skema alur kerja SHERLOCK dan DETECTR dan mahal.
mekanisme utama yang terlibat dalam sistem diagnosis berbasis
CRISPR.
 • DETECTR → RNA SARS-CoV-2 yang diekstrak dari sampel
• CRISPR/Cas12a-NER untuk meningkatkan dan mempercepat
Gambar ilustrasi sistem CRISPR yang sering digunakan, CRISPR-Cas
(Cas3, Cas9, Cas12 dan Cas13) yang digunakan untuk deteksi
SARS-CoV-2
usap saluran pernapasan pasien dalam waktu < 40 menit. Metode
ini → penggabungan sistem CRISPR / Cas12a DETECTR dengan
amplifikasi isothermal yang secara bersamaan melakukan
Reverse Transcription And Isothermal Amplification By Loop-
mediated Replication (RT-LAMP) untuk RNA murni dari usap
nasofaring atau orofaringeal. Sistem ini adalah alternatif visual
dan kecepatan tinggi untuk rRT-PCR untuk mendeteksi SARS-
CoV-2 dengan masing-masing 95% dan 100% kesepakatan untuk
prediksi positif dan negatif.
deteksi Genom SARS-COV-2. CRISPR / Cas12a-NER dapat
dengan cepat, andal, dan sensitif mendeteksi, setidaknya 10 gen
virus dalam 40 menit tanpa perlu instrumen khusus. Sistem yang
dirancang terdiri dari protein Cas12, SARS-COV-2-spesifik
crRNA, dan molekul DNA beruntai tunggal sebagai reporter
(diberi label hijau fluorescent off - pada molekul). Ketika
genom SARS-COV-2 ada dalam sampel dan dideteksi oleh
sistem diagnostik yang dirancang, molekul reporter dibelah oleh
protein Cas12, menghasilkan warna hijau. Cahaya fluorescent
terlihat dengan mata telanjang pada 458 nm.
Tabel 1 Deteksi Cepat dan Sensitif COVID 19 dengan CRISPR

Sistem Tipe Cas Waktu Tes Keuntungan Kekurangan

DETECTR Cas 12a 30-40 menit Akurat, mudah dilaksanakan, waktu
pendeteksian cepat, tidak perlu
thermocycling, spesifitas satu target
nukleotida, dan tidak perlu infrastruktur
laboratorium yang kompleks
perlu ekstraksi asam nukleat, akses
terbatas untuk ekstraksi, peralatan
dan reagen, perlu peralatan
perlindungan diri

CRISPR/Cas Cas 12a 45 menit Mudah, sensitif, spesifik, tidak perlu perlu ekstraksi asam nukleat, akses
12a-NER instrument spesial, cepat, dapat dilihat terbatas untuk ekstraksi, peralatan
dengan mata dan reagen
CASdetec Cas12b 1 jam Tidak reaktivitas silang, mengurangi rasio perlu ekstraksi asam nukleat, akses
positif palsu dan akurat terbatas untuk ekstraksi, peralatan
dan reagen
STOPCovid Cas12b 1 jam Mudah, cocok untuk analisis titik perawatan,
sensitif, harga murah, dapat untuk tes
komponen, tidak perlu ekstraksi RNA
Tabel 2 Perbandingan Protein Cas Yang Digunakan Dalam Dalam Diagnosis SARS-CoV-2

Length Target
Kelas CRISPR Organism Shortcomings Accuracy
(amino acids) molecule
Francisella novicida, Ability to
DNA
Acidaminococcus sp., Target site must be distinguish one
Cas12 Class II-type V ∼ 1100 - 1300 (dsDNA or
Lachnospiraceae sp., near the PAM nucleotide
ssDNA)
Prevotella sp. between targets
Can only be used
for RNA targets-
need to convert
Ability to
Leptotrichia shahii, DNA to RNA to
distinguish one
Cas13a Ruminococcus RNA identify DNA
Class II-type VI 900 - 1300 nucleotide
flavefaciens, (ssRNA) targets-restriction
between targets
Leptotrichia buccalis of protein activity
due to the
secondary
structure of RNA
Ability to single
FnCas9 Class II-type II Target site must be
Franscisella novicida 1629 DNA nucleotide
near the PAM
variation detection
Perform collateral High specificity
Class I-type I ssDNA clevage fpr single
Cas3 Escherchia coli 700 - 1100 DNA
only in sequnces nucleotide
containing PAM discrimination
 DIAGNOSA SARS-COV-2 BERDASARKAN CRISPR / CAS13

SHERLOCK Testing In One Pot (STOP) didirikan sebagai upaya berharga untuk mendiagnosis SARSCoV-2,
yang cocok untuk digunakan pada titik perawatan dan dapat dilakukan dalam waktu satu jam.

Metode STOP Covid sebanding dalam kepekaan terhadap teknik berbasis RT-qPCR dan juga memiliki LOD 100
eksemplar per reaksi genom virus dalam sampel saliva atau NP. Hasil tes diperoleh dengan menggunakan flow
lateral atau pembacaan fluoresensi dalam 70 dan 40 menit,.

Metode STOPCovid adalah teknik yang berharga untuk pengembangan sistem diagnosis tempat perawatan
untuk mendeteksi SARS-Cov-2 dan memiliki kemampuan untuk membantu dalam pengukuran tes isolasi untuk
mengakhiri penyebaran COVID-19 dan memulihkan kesehatan publik.

Zhang et al. mengembangkan protokol untuk meningkatkan dan memajukan diagnosis COVID-19, menggunakan
Metode CRISPR-based SHERLOCK. Menggunakan fragmen RNA buatan dari virus, mereka dapat
mengidentifikasi urutan target COVID-19 dalam kisaran 20 dan 200 aM (10−100 salinan per microliter
masukkan). Protokol yang ditetapkan dapat dilakukan dalam waktu kurang dari 1 jam menggunakan RNA yang
diekstrak dari sampel klinis, tanpa kebutuhan laboratorium lanjutan.
 DIAGNOSA SARS-COV-2 BERBASIS FNCAS9

Dengan tujuan deteksi asam nukleat yang cepat dan akurat, dikembangkan prosedur FnCas9 editor linked
uniform detection assay (FELUDA) menggunakan pembacaan enzimatik yang sangat akurat untuk mendiagnosis
urutan asam nukleat.

Pendekatan FELUDA tidak membutuhkan instrumen ribet dan dapat menjadi metode diagnostik alternatif yang
efektif dan nyaman seperti metode berbasis PCR, yang diperiksa untuk diagnosis SARS-CoV-2. Penggunaan
FELUDA untuk deteksi SARS-CoV-2 menggunakan kompleks RNP FnCas9 spesifik mengarah ke urutan SARS-
CoV-2 dalam sintetis DNA.

Metode FELUDA mampu membedakan antara urutan SARS-CoV-2 dan SARS-CoV-1 yang berbeda dalam satu
nukleotida. Akhirnya, setelah deteksi yang efektif tanda khusus virus dari sejumlah kecil total RNA asam nukleat
yang dikumpulkan dari kasus SARS-CoV-2 dalam 1 jam, mereka memverifikasi validitas alat aliran lateral
seperti cepat, murah, dan alternatif mesin-independen untuk Prosedur deteksi yang ada.
 KESIMPULAN

Teknik CRISPR efektif digunakan untuk mendiagnosis SARS-CoV-2 dalam studi terbaru. CRISPR memiliki
kecepatan, akurasi, daya, biaya rendah, sensitivitas, dan keserbagunaan dalam upaya untuk menghalau penyakit
dari manusia. Diagnostik berbasis CRISPR sistem telah dikembangkan yang mencakup penggunaan Cas12a dan
enzim Cas13. Seperti Cas9, Cas12a nuclease terikat area genom yang diinginkan melalui gRNA dan membuat
pemutusan. Dalam prakteknya, bagaimanapun, perbedaan antara Cas12 dan Cas9 adalah bahwa ketika Cas12
mulai membelah DNA target, itu juga dimulai untuk membelah DNA untai tunggal nonspesifik tetangga, jadi
reporter fluorescent yang terpecah di sekitar genom target bisa dideteksi. Cas13 nuclease memiliki fungsi
yang mirip dengan Cas12a, tetapi tidak seperti Cas12a, ia bekerja pada urutan RNA.
THANK YOU