Nukleotida

& Asam Nukleat

 Nukleotida dan asam nukleat
 Struktur Mononukleotida & polinukleotida
 Peran nukleotida
 Pembelahan asam nukleat
 DNA & RNA
 Fungsi asam nukleat
 Nucleotides and nucleic acids
Nucleotides are the building blocks (molekul penyusun) of
nucleic acids

Nucleotide
RNA DNA

Nucleotides also play other important roles in the cell

Basa utama yang terdapat pada asam nukleat

• Penulisan basa disingkat

dengan huruf awalnya (A,
G, C, T, U).
• Basa purin (A, G) terdapat
pada RNA and DNA

• Basa pirimidin, C
terdapat pada RNA and
DNA, tetapi
• T hanya ada pada DNA,
dan
• U hanya ada RNA
 Ikatan hidrogen pada DNA

Watson-Crick base pairing

32
 Peran nukleotida

• Makromolekul terbesar dlm sel

• Sebagai penyusun asam nukleat (RNA, DNA)
• Pembawa informasi genetik
• Pembawa energi pada metabolisme sel (ATP:
adenosine triphosphate)
• Efektor alosterik
• Kofaktor pada beberapa enzim (NAD:
nicotinamide adenine dinucleotide)
• Dikemas dalam suatu struktur yg disebut
kromosom
 Sel manusia normal
mempunyai 46 khromosom.

Satu khromosom manusia

rata-rata = 3x 109 pasang
basa  5 cm.

46 khromosom  2 m DNA
dalam nukleus dengan Ø ±
10 m.
 Sejarah proyek genom manusia
• Hlm 105 harper 29
• 1944:pembuktian DNA sbg bahan herediter
• 1953: Ditemukan struktur helix ganda DNA
• 1966: kode genetik berhasil dipecahkan
• 1972; pengembangan rekayasa genetik
• 1986; penentuan sekuen DNA secara
otomatis
 Proyek-proyek genom
• 1990: Peluncuran Human Genom Project di AS
• 2003: Penentuan sekuen genom manusia pertama kali selesai
• 2010: Dimulai skuensing 1000 orang utk melihat tingkat keberagaman
genetik manusia
• 2011: > 180 genom eukariot, prokariot & arkea berhasil ditentukan
• 2012: >5000 spesies MH sdh dilaporkan
• 2014: selesainya proyek sekuensing sejuta orang guna menentukan
diagnosis & pengobatan pasien bdsk susunan genetiknya (proyek
kedokteran perancang)
• 2013— The first integrated map of genetic variations across 1092
individuals from fourteen populations is published
 Asam Nukleat
• DNA mengandung gen yang membawa informasi genetik
yang akan ditransmisikan ke sel anak ketika sel
membelah
• Informasi genetik juga dibutuhkan untuk sintesa protein
fungsional dan RNA
• DNA Mengandung segmen yang berperan dalam ekspresi
genetik (promotor)
• RNA ribosom (rRNA) berperan dalam sintesis protein
• Messenger RNAs(mRNA) membawa informasi genetik
dari ribosom ke RNA
• Transfer RNAs (tRNAs) menterjemahkan informasi
dalam untai mRNA ke dalam urutan asam-asam amino
• Beberapa RNA ada yang berfungsi sebagai katalisator
Struktur gen
GEN

• Sebagian besar gen

manusia:
diselingi oleh
intron
 Structure of nucleotides
Nucleotides have three characteristic components:

Basa nitrogen
Gugus fosfat (pyrimidines or purine)

Gula pentosa
 Structure of nucleosides

Remove the phosphate group, and you have a nucleoside

(nukleosida).

H
ATP is a nucleotide - energy currency

Base (adenine)
triphosphate
Ribose sugar

G = -50 kJ/mol
 NAD is an important enzyme cofactor

nicotinamide

NADH is a hydride transfer agent,

or a reducing agent.
Derived from Niacin
Nucleotides play roles in regulation
 Ribosa
• Jenis gula yang terdapat
pada DNA adalah
deoksiribosa. Berbeda
dengan ribosa pada
Deoksiribosa 2' OH
digantikan dengan H.
Variasi pada gugus fosfat
• Adenosine 3', 5'-cyclic
monophosphate (cyclic AMP,
or cAMP) adalah nukleotida
yang berperan sebagai
regulator.
cAMP • Variasi lain seperti ATP
(multi fosfat)

10/10/05
 Deoksiribonukleotida
Gula 2'-deoksiribosa
Degn basa purin (contoh
adenin atau guanin)
Terikat pada posisi C-1'
disebut:
deoksiribonukleosida
(disini deoksiadenosin dan
deoksiguanosin).

Fosforilasi pada ujung 5'

didapat deoksinukleotida :
deoksiadenilat dan
deoksiguanilat

Deoksiribonukleotida disingkat (contohnya) dA (deoxyA),

atau dAMP (deoxyadenosine monophosphate)
 Ribonukleotida
• The ribose sugar with a
base (here, a pyrimidine,
uracil or cytosine) attached
to the ribose C-1' position
is a ribonucleoside (here,
uridine or cytidine).
• Phosphorylate the 5'
position and you have a
ribonucleotide (here,
uridylate or cytidylate)

• Ribonucleotides are abbreviated (for example) U, or UMP

(uridine monophosphate)
Ribonukleotida yang utama
Asam nukleat
Monomer nukleotida
Dapat disatukan melalui ikatan
fosfodiester
Yang terbentuk antara 3' -OH
dari nukleotida
Dengan fosfat pada
nukleotida lain
Kedua ujung poly- or
oligonucleotide yang terbentuk
tersebut :
Posisi rantai pada ujung 5’ nya
tidak ada nukleotida
Posisi rantai pada ujung 3’ juga
tidak terdapat nukleotida
 Sugar-phosphate backbone

• Polinukleotida atau tulang punggung asam nukleat terdiri dari

fosfat dan residu gula
• Urutan ditulis dari ujung 5' ke 3' ,contoh : 5'-ATGCTAGC-3'
Perbandingan polinukleotida dan polipeptida

• Seperti pada protein, urutan rantai samping

(basa pada asam nukleat) berperan penting
dalam memainkan fungsinya
• Struktur asam nukleat bergantung pada
urutan basa dan jenis gulanya.
• Ikatan hidrogen berperan penting dalam
struktur asam nukleat.
 Ikatan hidrogen pada DNA

Watson-Crick base pairing

32
 Perbedaan DNA dan RNA
 Gula deoksiribosa  Gula ribosa
 Basa nitrogen : Adenin,  Basa nitrogen : Adenin,
Sitosin Guanin dan Sitosin Guanin dan
Timin Uracil
 Double helix  Mono helix
 Sintesis protein dan  Sintesis protein
pewarisan sifat
 DNA inti dan DNA  RNA ribosom, RNA
mitokondria transfer dan RNA
duta/messeger
KODE GENETIK UNIVERSAL
Ribosom
 RNA mempunyai struktur yang bervariasi

Pasangan basa
Watson-
Crick
(heliks; umumnya tipe
A).
Helix adalah struktur
skunder.
RNA : A-U

DNA juga
dapat
mempunyai
struktur
seperti ini
 TRANSMISI
INFORMASI GENETIK
Informasi genetik ditransmisikan dari sel induk ke sel
anak pada proses pembelahan sel melalui proses replikasi,
yaitu membuat salinan dari keseluruhan DNA.

Replikasi DNA terjadi secara semikonservatif, dimana

tiap untaian DNA digunakan sebagai suatu cetakan bagi DNA
keturunan / anak, yang bersifat komplementer.
Sesudah replikasi terjadi 2 dupleks molekul keturunan DNA
yang sama dengan DNA induk, dimana masing-masing
mengandung satu untaian utuh dari DNA induk.

Biosintesis Protein 34
REPLIKASI
• Adalah penggandaan DNA
• Terjadi pada saat pembelahan sel
• Terdapat 3 macam kemungkinan model replikasi
• Yang lebih mendekati kebenaran adalah replikasi DNA
yang dibuktikan oleh Meselson dan Stahl, (model semi
konservatif) dimana setiap DNA asal membentuk
pasangannya sendiri

Biosintesis Protein 35
• Sebelumnya, ada 3 pendapat mengenai proses
replikasi :
1. Replikasi konservatif
2. Replikasi dispertif
3. Replikasi semi konservatif

Biosintesis Protein 36
 Komponen-komponen yang berperan
dalam replikasi DNA
1. DNA cetakan
2. Enzim topoisomerase
3. Enzim helikase
4. Protein pengikat untai tunggal DNA
( single stranded DNA binding protein / protein SSB )
5. Enzim primase
6. Enzim DNA polimerase III
7. Enzim polimerase I
8. Enzim ligase

Biosintesis Protein 38
Tahap Proses Replikasi DNA
 Tahap Proses Replikasi DNA
❶ Inisiasi
❷Sintesis Primer
❸Sintesis leading strand
❹Sintesis lagging Strand (untai tertinggal)
❺Penghapusan Primer
❻Ligasi
❼Terminasi (pemutusan)
 Mekanisme replikasi
• Mula-mula, heliks ganda DNA (merah)
dibuka menjadi dua untai tunggal oleh
enzim helikase dengan bantuan
topoisomerase yang mengurangi tegangan
untai DNA.
• Untaian DNA tunggal dilekati oleh protein-
protein pengikat untaian tunggal untuk
mencegahnya membentuk heliks ganda
kembali.
• Primase membentuk oligonukleotida RNA
yang disebut primer dan molekul DNA
polimerase melekat pada seuntai tunggal
DNA dan bergerak sepanjang untai tersebut
memperpanjang primer, membentuk
untaian tunggal DNA baru yang disebut
leading strand dan lagging strand .
• DNA polimerase yang membentuk lagging
strand harus mensintesis segmen-segmen
polinukleotida diskontinu (disebut fragmen
Okazaki).
• Enzim DNA ligase kemudian
menyambungkan potongan-potongan lagging
strand tersebut.
 SOAL BELAJAR
1. Apa yang dimaksud dengan central dogma?
2. Gula yang menyusun RNA & DNA adalah….
3. Basa nitrogen yang termasuk purin ….. Dan pirimidin……
4. Apa yang dimaksud dengan nukleosida, bedanya dg
nukleotida?
5. Replikasi adalah……..& terjadi di….
6. Sebutkan 7 macam enzim/protein yang terlibat dalam
replikasi
7. Tuliskan untai DNA komplemen dari untai berikut:
5'-ATGCTAGC-3‘
RNA displays interesting tertiary structure

Single-
Yeast tRNAPhe
stranded
(1TRA)
RNA
right-
handed
helix
Hammerhead ribozyme
(1MME)

T. thermophila intron,
A ribozyme (RNA enzyme)
(1GRZ)