SEKUENSING DNA

Metode untuk menentukan urutan-urutan basa nukleotida(A,C,G, dan T) dalam suatu gen dan
asam nukleat.
Analisis sekuen merupakan suatu teknik yang dianggap paling baik untuk melihat
keanekaragaman hayati suatu kelompok organisme
Pendukung utama :
1. enzim restriksi
2. elektroforesis gel
3. kloning
4. teknik kimia (Maxem-Gilbert),teknik dideoksinukleotida (Sanger),
Teknik kimia (Allan Maxem dan Walter Gilbert)
Prinsip : degradasi struktur kimia DNA
Ke(-) : DNA yang disintesa < 250 nukleotida
Ke(+) : Menggunakan bahan kimia yg mudah diperoleh
Lanjutan
Menggunakan 4 reaksi kimia yang berbeda untuk memisahkan rantai DNA
Metode ini memerlukan label radioaktif pada satu ujung dan pemurnian fragmen DNA yang
akan disekuens. Sehingga sebuah seri dari fragmen yang dilabel dihasilkan dari ujung yang
diradiolabel ke situs pemutusan pertama pada tiap molekul.
Fragmen pada ke-empat reaksi diatur bersebelahan pada gel elektroforesis untuk pemisahan
berdasarkan ukuran. Untuk memvisualisasi fragmen, gel diekspos kepada X-ray film untuk
autoradiografi.
menghasilkan sebuah seri band yang gelap yang masing-masing mewakili fragmen DNA
yang diradiolabel.
Metode Dideoxy (Sanger)
Chain terminator method : ujung 3 OH tidak dapat membentuk polimer pada ujung ddNTP
Campuran dari semua dNTP
dATP, dGTP, dCTP, dTTP
Campuran dari semua ddN TP dlm jumlah terbatas, ddATP, ddGTP, ddCTP, ddTTP
Senyawa yg diperlukan :
Primer : komplementer dg DNA yg akan disekuen
Template : dapt berupa utas tunggal/ganda
DNA Polimerase
2,3-Dideoksiribonukleosida trifosfat:
2,3-Dideoksiribotimidin trifosfat(ddTTP) ii. 2,3-Dideoksiribositidin trifosfat(ddCTP) iii.
2,3-Dideoksiriboadenosin trifosfat(ddATP) iv. 2,3-Dideoksiriboguanosin trifosfat(ddGTP)
Setelah fragmen DNA dipisah menjadi 4 reaksi paralel dan diperoleh rantai template dengan
proses denaturasi, kemudian dipisah oleh elektroforesis gel poliakrilamid dan posisinya akan
dideteksi oleh autoradiografi. Fragmen terpendek akan pindah ke jarak terjauh dan mengarah
ke anoda.
Teknik sekuensing otomatis
Penggunaan pewarna fluoresen untuk mendeteksi DNA
Pemisahan produk -dari reaksi yang 4 tadi- menggunakan gel tunggal atau tabung kapiler.
Menggunakan fotosel untuk mendeteksi pewarna fluoresen tadi.
Transfer langsung dari fotosel ke komputer, sehingga dapat dilakukan analisis, rekaman, dan

presentasi hasil secara otomatis.

MUTAGENESIS
Deletion mutagenesis
Site-directed mutagenesis
PCR mutagenesis
Salah satu keuntungan dapat diisolasi dan dikloningnya gen adalah kemudahan untuk
memodifikasi gen (sekuen as.amino, menyisipkan gen buatan) ke dlm protein melalui
teknologi DNA rekombinan.
Mutagenesis digunakan untuk :
Mempelajari hubungan antara struktur protein dan fungsi biologi
Mengkarakterisasi sekuen promoter
Sekuen DNA spesifik diperlukan utk menjelaskan karakteristik sekuen promoter
Deletion mutagenesis (mutagenesis delesi) merupakan teknik yg sederhana dengan
menghilangkan sekuen dari kedua ujung dari klon cDNA menggunakan enzim seperti
exonuclease III (memotong rantai nukleotida dari arah 3 '-ke-5' ). Dengan waktu inkubasi
tertentu enzim ini akan menghilangkan urutan DNA insert sehingga menghasilkan fragmen
lebih pendek. Enzim lain, nuklease S1 (Nuklease kacang hijau) digunakan untuk
menumpulkan ujung untai DNA. Setelah itu, plasmid rekombinan diligasi kembali dan
digunakan untuk transformasi bakteri. Metode ini umumnya digunakan untuk memasukkan
urutan cDNA yang besar, juga digunakan untuk menghapus coding sequence untuk
menghapus gugus karboksil atau ujung amino dan menghasilkan potongan protein.
Site-directed mutagenesis
Merupakan teknik yang sangat memerlukan energi dimana perubahan situs tertentu pada
sekuen DNA dihasilkan secara invitro, sebagai contoh untuk merubah sisa asam amino
kedalam bentuk lain dengan merubah codon sequence dalam urutan gen.
SDM juga digunakan untuk merekayasa protein untuk berbagai tujuan seperti :
Peningkatan kestabilan, merubah kespesifikan dan mengurangi toksisitas.
Oligonucleotide-based mutagenesis is the most commonly used method to introduce
mutations in coding sequence = site-direct mutagenesis
PCR mutagenesis dapat digunakan untuk menghasilkan delesi atau mutasi titik.

REPLIKASI DNA DAN PEWARISAN SIFAT

Konservasi Informasi Genetika

Untuk mempertahankan hidupnya organisme berkembang-biak dengan
cara kawin ataupun dengan cara tidak kawin. Kawin merupakan cara
pembiakan utama pada organisme tingkat tinggi. Pada organisme tingkat
rendah, cara tidak kawin merupakan strategi utamanya. Nampaknya, arah
perubahan evolutif bergerak dari strategi tidak kawin menjadi strategi
kawin [mengapa?]. Baik cara kawin atau tidak kawin, prinsipnya adalah
menghasilkan turunan berikutnya yang sama atau sedikit sama. Jadi,
setiap organisme yang berbiak harus memiliki sifat dan kemampuan
meng-kopy dirinya sendiri menjadi copy lainnya yang serupa.
Sel adalah unit dasar hidup. Semua organisme hidup tersusun
dari unit sel tunggal atau sel banyak. Untuk mempertahankan hidupnya,
sel memperbanyak dirinya dari satu generasi ke generasi lain dengan cara
meng-copy dirinya dari satu menjadi dua, dari dua menjadi empat, dan
seterusnya. Bukan saja soal jumlah sel yang berlipat-ganda, volume sel
pun meningkat linier searah dengan peningkatan jumlah sel.
Karena komposisi dan jumlah zat-zat penyusun sel tunggal dari satu
generasi ke generasi selanjutnya relatif tetap, maka terjadi peningkatan
biomasa secara linier sesuai dengan jumlah sel. Artinya bahwa seiring
dengan peningkatan jumlah sel, berlangsung biosintesis senyawasenyawa penyusun tubuh sel terutama karbohidrat, protein, asam-asam
nukleat dan lemak. Mereka adalah bahan baku penyusun tubuh sel seperti
dinding sel, membrane, cairan sel, dan organela; atau menjadi mesinmesin fungsional bekerjanya aspek-aspek fisiologis sel seperti enzim,
penghantaran dan alih-ragam signal (signal transduction), sistem
kekebalan tubuh, atau cadangan energi kimia.
Keempat golongan senyawa penyusun utama tubuh sel itu disintesis dari
senyawa-senyawa antara seperti asam amino, nukleotida, gula dan asam
lemak. Senyawa-senyawa antara ini disintesis dari unsur-unsur yang jauh
lebih sederhana lagi seperti glukosa, amonia, dan garam-garam
anorganik. Dalam hal ini, glukosa disintesis langsung oleh organisme
berklorofil, melalui proses fotokimia dan biokimia fiksasi CO2 dan
konversi energi radiasi matahari ke dalam ikatan-ikatan kimia karbon
glukosa. Organisme yang tidak berklorofil bergantung penyediaan energi
dan senyawa karbon dari organisme berklorofil.
Pertanyaannya ialah, apa kiranya yang menyebabkan sel dan organisme
mampu memperbanyak dirinya sendiri dan mewariskan semua informasi
genetis yang terkandung kepada sel turunannya? Teori kromosom
tentang pewarisan informasi menerangkan bahwa selama proses mitosis
satu sel membela menjadi dua sel. Namun sebelum pembelahan sel
berlangsung, jumlah kromosomnya berlipat-ganda. Pada sel manusia dari
46 menjadi 92 sebelum kemudian dipilah menjadi masing-masing 46
untuk sel-sel turunannya. Dalam pembelahan meiosis, satu sel diploid

menggandakan bahan genetiknya sekali namun diikuti oleh pembelahan

sel dua kali. Sehingga, satu sel diploid menghasilkan empat sel haploid.
Setiap sel memiliki jumlah kromosom separuh dari jumlah kromosom sel
induknya.
Dengan membandingkan jumlah DNA pada sel-sel diploid dan
sel-sel haploid diperoleh data bahwa jumlah DNA pada sel-sel diploid
memiliki jumlah DNA dua kali-lipat. Seandainya satu sel diploid
memiliki 9 pg (pico gram; 10-12 g) DNA maka sel haploid memiliki 4.5
pg DNA. Dalam hal ini, jumlah kelipatan DNA selaras dengan jumlah
kelipatan kromosom. Dengan demikian, setiap sekali pembelahan sel
mitosis jumlah DNA-nya pun bertambah dua dua kali.
Visualisasi replikasi DNA berselaras dengan replikasi kromosom selama
proses pembelahan sel mitosis didemonstrasikan oleh Herber Taylor
(1958). Ia memberi makan tanaman keluarga lili dengan thimin
radioaktif, setelah sel-selnya membelah. Tanaman-tanaman tersebut
kemudian dipindahkan ke dalam media tanpa radioisotop. Preparat
kromosom yang berasal baik sebelum, selama dan setelah perlakuan
isotop disiapkan dipermukaan slide kaca, dan disingkap kepermukaan
film fotograf.
Hasilnya bahwa sebelum kromosom itu diperlakukan dengan isotop
thimin, kromosomnya tidak menghasilkan "pengenal" dalam kromosom
berupa warna "hitam hangus" di permukaan film. Kromosom yang
langsung dipersiapkan dari perlakuan thimin menghasilkan "pengenal"
pada kedua pasang kromosom dipermukaan film. Menariknya,
kromosom yang dipersiapkan dari tanaman yang telah dipindahkan ke
media tanpa thimin isotop yang sebelumnya diperlakukan dengan
radioisotop, terdapat kromosom yang satu dari pasangannya tidak
ditemui pengenal (kecuali di daerah pindah-silang). Eksperimen ini
membuktikan bahwa Sintesis DNA berselaras dengan replikasi DNA dan
bersifat linear terhadap struktur kromosom, dan terjadi sekali untuk setiap
kali pembelahan sel.
Sifat memperbanyak diri secara vegetatif demikian tidak hanya
dimiliki oleh bahan genetik dalam kromosom. DNA sirkuler yang disebut
plasmid atau DNA batangan pada virus berkemampuan memperbanyak
diri dengan cara mengkopi molekul DNA tunggal menjadi sepasang
ikatan DNA ganda. Proses mengkopi diri sendiri dari polimer DNA
menjadi jiplakan-jiplakan DNA identik disebut replikasi DNA.
Replikasi DNA
Selang beberapa saat setelah publikasi Crick dan Watson mengenai
struktur rantai ganda DNA, mereka kemudian mengemukakan implikasi
struktur rantai ganda ini kepada mekanisme cetak-kopi informasi. Baik
penelitian E. Chargaff dan Herbert Taylor membuktikan bahwa DNA
bereplikasi semikoservatif. Artinya bahwa dalam sintesis DNA, dengan
bahan awal DNA yang mampu memperbanyak diri, replicon, seperti
plasmids dan kromosom, setiap rantai tunggal DNA berfungsi sebagai
cetakan bagi sintesis rantai DNA baru pasangannya.

Pertanyaannya ialah, bagaimana mekanisme biosintesis DNA

sesungguhnya terjadi di dalam sel? Arthur Kornberg menjawab
pertanyaan ini dengan mendekatinya melalui pendekatan ensimatik. Ia
berpendapat: "replikasi rantai nukleotida pasti dikatalisis oleh suatu
enzim". Atas dasar pandangan tersebut, ia berusaha mengisolasi enzim
yang bertanggungjawab pada biosintesis DNA dan mempelajari
mekanisme aksi ensimnya.
Ia membuat ekstrak protein dari bakteri E. coli dan menambahkannya ke
dalam suatu campuran reaksi dengan sejumlah komponen berikut:
deoksinukleosida trifosfat dimana atom P dan C-nya menggunakan 32P
atau 14C dan deoksinukleosidanya mengandung keempat basa nitrogen A,
T, G, C; Mg++, serta DNA sebagai cetakan. Dengan campuran ini dalam
tabung reaksi, diharapkan akan terbentuk polinukleotida dengan berat
molekul yang lebih tinggi.
Usahanya berhasil, dan bukti-bukti menunjukkan bahwa bahwa
polimerisasi dimaksud menunjuk kepada biosintesis DNA. Ia
mendemonstrasikan bahwa polimerisasi DNA hanya dapat berhasil jika
keempat deoksinukleosida trifosfat dan cetakan ada dalam komponen
reaksi. Selanjutnya, dengan adanya alat uji (bioassay) aktifitas enzim
yang mensintesis DNA, memungkinkan diisolasinya enzim yang
bertanggung-jawab pada reaksi tersebut. Kornberg menamai enzim
tersebut DNA polimerase.
Reaksi kimia yang dipercepat oleh DNA polimerase adalah mensintesis
polinukleotida sambil melepaskan satu molekul pirofosfat (P-P) untuk
setiap penambahan satu nukleosida trifosfat ke dalam rantai baru. Bukti
yang paling kuat mendukung bahwa reaksi in vitro dipercepat oleh DNA
polimerase bukan sekedar polimerisasi acak nukleotida, tetapi terlibat
dalam replikasi DNA, adalah bahwa DNA cetakan yang ditambahkan ke
dalam campuran reaksi tidak hanya diperlukan agar polimerisasi
berlangsung, tetapi juga sebenarnya menentukan ciri dari polinukleotida
yang di bentuk.
Melalui analisis komposisi basa nukleotida yang terbentuk setelah reaksi
enzimatis dari berbagai macam DNA cetakan, Arthur Kornberg berhasil
menunjukan bahwa DNA yang disintesis mengikuti ciri komposisi basa
cetakan DNA-nya. Penelitian lanjut membuktikan bahwa DNA cetakan
mengarahkan tidak hanya komposisi keseluruhan basa yang terbentuk,
tetapi frekuensi relatif dari basa-basa yang terbentuk.
Berdasarkan studi sintesis DNA secara in vitro, dapat dikatakan bahwa
DNA bertindak langsung sebagai cetakan dalam proses kopolimerisasi
teratur replika-replika yang terbentuk tanpa membutuhkan sintesis
senyawa antara bukan DNA. Dalam perkembangan studi biokimia,
kemudian dapat dirancang bangunan yang lebih detil replikasi DNA, serta
berbagai enzim yang terlibat.
Mekanisme pembelahan sel
Pertanyaan lanjut ialah, bagaimana sesungguhnya sel menggandakan
DNA nya sendiri dan kemudian mendistribusikannya secara meraka
kepada sel turunannya secara sama? Untuk menjawab pertanyaan

tersebut, sel berhadapan dengan persoalan koordinasi antar bagian dan

proses, yaitu bahwa karena replikasi DNA hanya berlangsung sekali
untuk setiap sekali pembelahan sel, replikasi DNA harus terpadu dengan
pembelahan sel. Replikasi DNA harus mendahului pembelahan sel agar
sebelum pembelahan sel berlangsung, telah tersedia bahan genetik untuk
diagihkan kepada masing-masing sel turunan.
Untuk menjawab pertanyaan tersebut, maka replikasi DNA
merupakan bagian keseluruhan dari pembelahan sel, dan merupakan
proses awal bagi sel berkomitmen meneruskan proses pembelahan sel.
Sekali pembelahan sel diawali ia tidak bisa kembali lagi ketahap semula,
dan harus menyelesaikan proses sintesis DNA sebelum pembelahan sel
berlangsung. Pembelahan sel tidak boleh terjadi jika replikasi DNA
belum selesai. Di dalam kenyataannya, selesainya proses replikasi
merupakan pemicu bagi terjadinya pembelahan sel. Jika aturan ini
dilanggar, maka transmisi informasi akan mengalami kegalauan.
Pada prokarion, replikasi DNA berawal di suatu tempat yang
amung yang disebut daerah pengawalan (origin). Sebaliknya pada
eukarion, replikasi DNA dimulai di awal fase S, yaitu fase yang memiliki
periode yang panjang dalam pembelahan sel, yang dalam periode tersebut
sintesis DNA berlangsung, bahkan berlangsung di banyak titik-titik
pengawalan di dalam genom.

SIFAT FISIK DAN KIMIA DNA

Proses pewarisan informasi genetik dari orang tua kepada keturunannya disebut Hereditas.
Gen adalah bagian dari DNA kromosom yang mengkode satu buah molekul RNA spesifik,
yang selanjutnya mengkode untuk polipeptida tertentu.
Gen tersusun dari DNA (Deoxyribo Nucleic Acid).
DNA bersama-sama dengan protein histon dan non histon membentuk benang-benang
kromatin yang selanjutnya menyusun kromosom.
DNA merupakan dasar secara kimiawi dari hereditas.
DNA adalah polimer dari nukleotida-nukleotida.
Nukleotida-nukleotida dalam DNA dihubungkan satu dengan yang lainnya oleh ikatan
fosfodiester, yaitu ikatan yang terjadi antara Carbon katida dari satu nukleotida terdiri dari
sebuah gula pentosa (deoksiribosa), satu buah fosfat dan satu basa nitrogen. Basa nitrogen
tersebut berikatan dengan carbon pertama dari gula deoksiribosa, sedangkan fosfat berikatan
dengan Carbon kelima dari gula yang sama.
Basa nitrogen yang menyusun nukleotida dikelompokan menjadi 2 yaitu:
1. Purine, yaitu basa nitrogen yang strukturnya berupa dua cincin. Termasuk diantaranya
adalah : adenin dan guanin.
2. Primidin, yaitu basa nitrogen yang strukturnya berupa satu cincin. Termasuk diantaranya
adalah : citosin dan timin.
Struktur basa pirimidine, purine, Ribonucleic acid dan
deoxyribonucleic acid.

Ribonucleic acid dan

deoxyribonucleic acid.
Untuk memaksimumkan pengemasan pasangan basa tersebut, kedua ulang punggung gulafosfat tersebut berpilin membentuk double helix dengan satu putaran komplementer setiap
10 pasang basa.
* Polaritas dari rantai DNA ditunjukkan dengan sebutan ujung 5 dan ujung 3. Arah
pembacaan basa nukleotida dari ujung-5 menuju ujung-3.
HUKUM CHARGAFF
Chargaff meneliti proporsi relatif dari purin dan purimidin dalam suatu DNA dari sejumlah
organisma. Hasil penelitiannya menunjukkan bahwa dalam DNA dari organisma apapun
jumlah A=T dan C=G. Dengan menggunakan difraksi sinar X diketahui bahwa DNA
mempunyai susunan helix.
WATSON DAN CRICK
Watson dan Crick menemukan bahwa DNA berbentuk doubel helix. Setiap molekul DNA
terdiri dari dua rantai polinukleotida yang tersusun secara anti paralel membentuk struktur
duobel helix.
Dua rantai polinukleotida tersebut tersusun dalam a coiled double helix.
1. Rantai gula dan fosfat membentuk rangka luar dari
helix.
2. Basa nitrogen-basa nitrogen yang melekat pada gula
menonjol ke dalam pusat helix.
Bentuk skematik double-helix DNA
Jarak antara 2 strand adalah 1,1 nm yang diisi oleh basa nitrogen
Jarak antara 2 basa adalah 3,4 A
Setiap putaran dalam helix terdapat 10 basa Setiap putaran dalam helix mempunyai jarak 34
A.
Jarak antara dua strain
Kedua stran (rantai polinukleotida) anti paralel, artinya suatu rantai mempunyai arah yang
berlawanan dengan rantai pasangannya.
Misalnya suatu stran berakhir dengan gugus 5 fosfat sedang rantai pasangannya berakhir
dengan gugus 3 OH (hidroksil).
Kedua rantai polinukleotida komplementer artinya urutan nukleotida pada suatu rantai
menentukan urutan nukleotida pada rantai pasangannya. Antara satu basa nitrogen dengan
basa pasangannya dihubungkan oleh ikatan hidrogen. (Dua ikatan hidrogen antara A dan T,
tiga ikatan hidrogen antara C dan G).
Basa nitrogen A hanya dapat berpasangan dengan T, sedangkan C dengan G.
* Kemungkinan jumlah urutan basa adalah tidak terbatas, urutan yang berbeda menkode
informasi yang berlainan.
Ikatan hidrogen antara dua basa
Kromosom, gen,DNA, sinthesis
protein dan regulasi
Bahan aktif yang ada di dalam nukleus disebut sebagai nuclein.
Kromosom merupakan struktur seperti benang pada nukleus sel eukariot yang nampak
pada saat sel mulai membelah.
Kromosom bersifat diploid pada setiap selnya dan pada autosomal maupun seks-kromosom
membawa gen-gen yang berpasangan, kecuali pada kromosom-Y.
Gena adalah unit heriditas suatu organisme hidup yang dikode dalam material genetik
organisme, dan di kenal sebagai molekul DNA atau RNA pada beberapa virus . Ekspresi
gen dipengaruhi oleh lingkungan internal atau eksternal seperti perkembangan fisik atau

perilaku dari organisme itu.

Gena tersusun atas daerah urutan basa nukleotida baik yang mengkode suatu informasi
genetik (coding-gene region as exon) dan juga daerah yang tidak mengkode informasi
genetik (non-coding-gene region as intron), hal ini penting untuk pembentukan suatu
protein yang fungsinya diperlukan di tingkat sel, jaringan, organ atau organisme secara
keseluruhan.
Lanjutan..
Jarak antara nukleotida satu dengan berkutnya adalah 3.4 nm. Ujung 3 membawa gugus
OH bebas pada posisi 3 dari cincin gula, dan ujung 5 membawa gugus fosfat bebas pada
posisi 5 dari cincin gula. DNA dobel heliks dapat dikopi secara persis karena masingmasing untai mengandung sekuen nukleotida yang persis berkomplemen dengan sekuen
untai pasangannya. Masing-masing untai dapat berperan sebagai cetakan untuk sintesis
dari untai komplemen baru yang identik dengan pasangan awalnya.
Sintesis Protein
Proses sintesis protein terbagi atas transkripsi dan translasi.
DNA sebagai media untuk proses transkripsi suatu gen berada di kromosom dan terikat oleh
protein histon.
Ketika transkripsi berjalan, biasanya didahului signal dari luar berupa suatu protein atau
molekul lain yang dibutuhkan untuk proses pertumbuhan, perkembangan,metabolisme, dan
fungsi lain di tingkat sel maupun jaringan.
Kemudian RNA polymerase II akan mendatangi daerah regulator element dari gen yang akan
ditranskripsi. RNA polymerase ini akan menempel (binding) di daerah promoter spesifik
dari gene yang akan disintesis proteinnya,
Daerah promoter merupakan daerah consesus sequences, pada urutan -10 dan -35 dari titik
inisiasi (+1) yang mengandung urutan TATA-Box sebagai basal promoter. Setelah itu,
polimerase akan membuka titik inisiasi (kodon ATG) dari gene tersebut dan mengkopi
semua informasi secara utuh baik daerah exon maupun intron, dalam bentuk molekul
immature mRNA (messenger RNA).
Immature mRNA ini diolah pada proses splicing dengan menggunakan smallnuclear
RNA (snRNA) complex yang akan memotong hanya daerah intron, dan semua exon akan
disambungkan menjadi satu urutan gen utuh tanpa non-coding area dan disebut sebagai
mature mRNA.
Regulasi gen
Gen adalah unit fisik dan fungsional dari hereditas yang mengandung informasi untuk
sintesis protein
Gen-gen membawa informasi yang harus dikopi secara akurat untuk ditransmisikan kepada
generasi berikutnya.
Protein adalah molekul makro yang berperan dalam hampir semua fungsi sel yaitu: sebagai
bahan pembangun struktur sel dan membentuk enzim-enzim yang mengkatalisis reaksireaksi kimia di dalam sel; meregulasi ekspresi gen, memungkinkan sel untuk bergerak dan
berkomunikasi antar sel.
fungsi paling penting dari DNA adalah membawa gen yang mengandung informasi yang
menentukan jenis protein yang harus disintesis, kapan, dalam tipe sel yang mana, dan
seberapa banyak jumlah protein yang harus disintesis.
Dengan semakin berkembangnya pengetahuan molekuler maka definisi dari gen adalah :
Keseluruhan sekuen asam nukleat yang dapat ditranskrip menjadi RNA fungsional dan
protein, pada waktu dan tempat yang tepat selama pertumbuhan dan perkembangan
oraganisma.
Komposisi gen adalah: daerah pengkode (exon and intron) yang mengkode RNA atau

protein+sekuen-sekuen pengaturan (Regulatory sequences: termasuk. Promoter yang

menginisiasi terjadinya transkripsi, enhancer/silencer yang menentukan tinggi rendahnya
aktivitas transkripsi, polyadenylation site, splicing sites serta signal terminasi transkripsi).
Produk gen :RNA yang kemudian ditranslasi menjadi protein
Hanya RNA seperti rRNA, tRNA, snRNA, snoRNA dan miRNA
Satu gen mempunyai potensi menghasilkan banyak produk karena adanya :promoterpromoter yang berbeda alternative splicing
Proses sintesis protein pada prokariota
Daerah regulasi gen, exon, intron, dan signal akhir proses
Transkripsi dari gen prokariota dan eukaryota.
Sekian dan terimakasih..

SIFAT FISIK DAN KIMIA DNA

Proses pewarisan informasi genetik dari orang tua kepada keturunannya disebut Hereditas.
Gen adalah bagian dari DNA kromosom yang mengkode satu buah molekul RNA spesifik,
yang selanjutnya mengkode untuk polipeptida tertentu.
Gen tersusun dari DNA (Deoxyribo Nucleic Acid).
DNA bersama-sama dengan protein histon dan non histon membentuk benang-benang
kromatin yang selanjutnya menyusun kromosom.
DNA merupakan dasar secara kimiawi dari hereditas.
DNA adalah polimer dari nukleotida-nukleotida.
Nukleotida-nukleotida dalam DNA dihubungkan satu dengan yang lainnya oleh ikatan
fosfodiester, yaitu ikatan yang terjadi antara Carbon katida dari satu nukleotida terdiri dari
sebuah gula pentosa (deoksiribosa), satu buah fosfat dan satu basa nitrogen. Basa nitrogen
tersebut berikatan dengan carbon pertama dari gula deoksiribosa, sedangkan fosfat berikatan
dengan Carbon kelima dari gula yang sama.
Basa nitrogen yang menyusun nukleotida dikelompokan menjadi 2 yaitu:
1. Purine, yaitu basa nitrogen yang strukturnya berupa dua cincin. Termasuk diantaranya
adalah : adenin dan guanin.
2. Primidin, yaitu basa nitrogen yang strukturnya berupa satu cincin. Termasuk diantaranya
adalah : citosin dan timin.
Struktur basa pirimidine, purine, Ribonucleic acid dan
deoxyribonucleic acid.
Ribonucleic acid dan
deoxyribonucleic acid.
Untuk memaksimumkan pengemasan pasangan basa tersebut, kedua ulang punggung gulafosfat tersebut berpilin membentuk double helix dengan satu putaran komplementer setiap
10 pasang basa.
* Polaritas dari rantai DNA ditunjukkan dengan sebutan ujung 5 dan ujung 3. Arah
pembacaan basa nukleotida dari ujung-5 menuju ujung-3.
HUKUM CHARGAFF
Chargaff meneliti proporsi relatif dari purin dan purimidin dalam suatu DNA dari sejumlah
organisma. Hasil penelitiannya menunjukkan bahwa dalam DNA dari organisma apapun
jumlah A=T dan C=G. Dengan menggunakan difraksi sinar X diketahui bahwa DNA
mempunyai susunan helix.
WATSON DAN CRICK
Watson dan Crick menemukan bahwa DNA berbentuk doubel helix. Setiap molekul DNA
terdiri dari dua rantai polinukleotida yang tersusun secara anti paralel membentuk struktur

duobel helix.
Dua rantai polinukleotida tersebut tersusun dalam a coiled double helix.
1. Rantai gula dan fosfat membentuk rangka luar dari
helix.
2. Basa nitrogen-basa nitrogen yang melekat pada gula
menonjol ke dalam pusat helix.
Bentuk skematik double-helix DNA
Jarak antara 2 strand adalah 1,1 nm yang diisi oleh basa nitrogen
Jarak antara 2 basa adalah 3,4 A
Setiap putaran dalam helix terdapat 10 basa Setiap putaran dalam helix mempunyai jarak 34
A.
Jarak antara dua strain
Kedua stran (rantai polinukleotida) anti paralel, artinya suatu rantai mempunyai arah yang
berlawanan dengan rantai pasangannya.
Misalnya suatu stran berakhir dengan gugus 5 fosfat sedang rantai pasangannya berakhir
dengan gugus 3 OH (hidroksil).
Kedua rantai polinukleotida komplementer artinya urutan nukleotida pada suatu rantai
menentukan urutan nukleotida pada rantai pasangannya. Antara satu basa nitrogen dengan
basa pasangannya dihubungkan oleh ikatan hidrogen. (Dua ikatan hidrogen antara A dan T,
tiga ikatan hidrogen antara C dan G).
Basa nitrogen A hanya dapat berpasangan dengan T, sedangkan C dengan G.
* Kemungkinan jumlah urutan basa adalah tidak terbatas, urutan yang berbeda menkode
informasi yang berlainan.
Ikatan hidrogen antara dua basa
Kromosom, gen,DNA, sinthesis
protein dan regulasi
Bahan aktif yang ada di dalam nukleus disebut sebagai nuclein.
Kromosom merupakan struktur seperti benang pada nukleus sel eukariot yang nampak
pada saat sel mulai membelah.
Kromosom bersifat diploid pada setiap selnya dan pada autosomal maupun seks-kromosom
membawa gen-gen yang berpasangan, kecuali pada kromosom-Y.
Gena adalah unit heriditas suatu organisme hidup yang dikode dalam material genetik
organisme, dan di kenal sebagai molekul DNA atau RNA pada beberapa virus . Ekspresi
gen dipengaruhi oleh lingkungan internal atau eksternal seperti perkembangan fisik atau
perilaku dari organisme itu.
Gena tersusun atas daerah urutan basa nukleotida baik yang mengkode suatu informasi
genetik (coding-gene region as exon) dan juga daerah yang tidak mengkode informasi
genetik (non-coding-gene region as intron), hal ini penting untuk pembentukan suatu
protein yang fungsinya diperlukan di tingkat sel, jaringan, organ atau organisme secara
keseluruhan.
Lanjutan..
Jarak antara nukleotida satu dengan berkutnya adalah 3.4 nm. Ujung 3 membawa gugus
OH bebas pada posisi 3 dari cincin gula, dan ujung 5 membawa gugus fosfat bebas pada
posisi 5 dari cincin gula. DNA dobel heliks dapat dikopi secara persis karena masingmasing untai mengandung sekuen nukleotida yang persis berkomplemen dengan sekuen
untai pasangannya. Masing-masing untai dapat berperan sebagai cetakan untuk sintesis
dari untai komplemen baru yang identik dengan pasangan awalnya.
Sintesis Protein
Proses sintesis protein terbagi atas transkripsi dan translasi.

DNA sebagai media untuk proses transkripsi suatu gen berada di kromosom dan terikat oleh
protein histon.
Ketika transkripsi berjalan, biasanya didahului signal dari luar berupa suatu protein atau
molekul lain yang dibutuhkan untuk proses pertumbuhan, perkembangan,metabolisme, dan
fungsi lain di tingkat sel maupun jaringan.
Kemudian RNA polymerase II akan mendatangi daerah regulator element dari gen yang akan
ditranskripsi. RNA polymerase ini akan menempel (binding) di daerah promoter spesifik
dari gene yang akan disintesis proteinnya,
Daerah promoter merupakan daerah consesus sequences, pada urutan -10 dan -35 dari titik
inisiasi (+1) yang mengandung urutan TATA-Box sebagai basal promoter. Setelah itu,
polimerase akan membuka titik inisiasi (kodon ATG) dari gene tersebut dan mengkopi
semua informasi secara utuh baik daerah exon maupun intron, dalam bentuk molekul
immature mRNA (messenger RNA).
Immature mRNA ini diolah pada proses splicing dengan menggunakan smallnuclear
RNA (snRNA) complex yang akan memotong hanya daerah intron, dan semua exon akan
disambungkan menjadi satu urutan gen utuh tanpa non-coding area dan disebut sebagai
mature mRNA.
Regulasi gen
Gen adalah unit fisik dan fungsional dari hereditas yang mengandung informasi untuk
sintesis protein
Gen-gen membawa informasi yang harus dikopi secara akurat untuk ditransmisikan kepada
generasi berikutnya.
Protein adalah molekul makro yang berperan dalam hampir semua fungsi sel yaitu: sebagai
bahan pembangun struktur sel dan membentuk enzim-enzim yang mengkatalisis reaksireaksi kimia di dalam sel; meregulasi ekspresi gen, memungkinkan sel untuk bergerak dan
berkomunikasi antar sel.
fungsi paling penting dari DNA adalah membawa gen yang mengandung informasi yang
menentukan jenis protein yang harus disintesis, kapan, dalam tipe sel yang mana, dan
seberapa banyak jumlah protein yang harus disintesis.
Dengan semakin berkembangnya pengetahuan molekuler maka definisi dari gen adalah :
Keseluruhan sekuen asam nukleat yang dapat ditranskrip menjadi RNA fungsional dan
protein, pada waktu dan tempat yang tepat selama pertumbuhan dan perkembangan
oraganisma.
Komposisi gen adalah: daerah pengkode (exon and intron) yang mengkode RNA atau
protein+sekuen-sekuen pengaturan (Regulatory sequences: termasuk. Promoter yang
menginisiasi terjadinya transkripsi, enhancer/silencer yang menentukan tinggi rendahnya
aktivitas transkripsi, polyadenylation site, splicing sites serta signal terminasi transkripsi).
Produk gen :RNA yang kemudian ditranslasi menjadi protein
Hanya RNA seperti rRNA, tRNA, snRNA, snoRNA dan miRNA
Satu gen mempunyai potensi menghasilkan banyak produk karena adanya :promoterpromoter yang berbeda alternative splicing
Proses sintesis protein pada prokariota
Daerah regulasi gen, exon, intron, dan signal akhir proses
Transkripsi dari gen prokariota dan eukaryota.
Sekian dan terimakasih..

DNA dan RNA

Asam nukleat adalah polinukleotida yang terdiri dari unit-unit mononukleotida, jika unit-unit
pembangunnya dioksinukleotida maka asam nukleat itu disebut dioksiribonukleat(DNA) dan
jika terdiri dari unit-unit mononukleotida disebut asam ribonukleat(RNA).
DNA dan RNA mempunyai sejumlah sifat kimia dan fisika yang sama sebab antara unit-unit
mononukleotida terdapat ikatan yang sama yaitu melalui jembatan fosfodiester antara posisi
3 suatu mononukleotida dan posisi 5 pada mononukleotida lainnya(Harpet, 1980).
Asam-asam nukleat seperti asam dioksiribosa nukleat (DNA) dan asam ribonukleat (RNA)
memberikan dasar kimia bagi pemindahan keterangan di dalam semua sel. Asam nukleat
merupakan molekul makro yang memberi keterangan tiap asam nukleat mempunyai urutan
nukleotida yang unik sama seperti urutan asam amino yang unik dari suatu protein tertentu
karena asam nukleat merupakan rantai polimer yang tersusun dari satuan monomer yang
disebut nukleotida(Dage, 1992).
Dua tipe utama asam nukleat adalah asam dioksiribonukleat(DNA) dan asam
ribonukleat(RNA). DNA terutama ditemui dalam inti sel, asam ini merupakan pengemban
kode genetik dan dapat memproduksi atau mereplikasi dirinya dengan tujuan membentuk selsel baru untuk memproduksi organisme itu dalam sebagian besar organisme, DNA suatu sel
mengerahkan sintesis molekul RNA, satu tipe RNA, yaitu messenger RNA(mRNA),
meninggalkan inti sel dan mengarahkan tiosintesis dari berbagai tipe protein dalam
organisme itu sesuai dengan kode DNA-nya(fessenden, 1990).
Meskipun banyak memiliki persamaan dengan DNA, RNA memiliki perbedaan dengan
DNA, antara lain yaitu(Poedjiati, 1994):
1. Bagian pentosa RNA adalah ribosa, sedangkan bagian pentosa DNA adalah dioksiribosa.
2. Bentuk molekul DNA adalah heliks ganda, bentuk molekul RNA berupa rantai tunggal
yang terlipat, sehingga menyerupai rantai ganda.
3. RNA mengandung basa adenin, guanin dan sitosin seperti DNA tetapi tidak mengandung
timin, sebagai gantinya RNA mengandung urasil.
4. Jumlah guanin dalam molekul RNA tidak perlu sama dengan sitosin, demikian pula jumlah
adenin, tidak perlu sama dengan urasil.
Selain itu perbedaan RNA dengan DNA yang lain adalah dalam hal(Suryo, 1992):

1. Ukuran dan bentuk

Pada umumnya molekul RNA lebih pendek dari molekul DNA. DNA berbentuk double helix,
sedangkan RNA berbentuk pita tunggal. Meskipun demikian pada beberapa virus tanaman,
RNA merupakan pita double namun tidak terpilih sebagai spiral.
2. Susunan kimia
Molekul RNA juga merupakan polimer nukleotida, perbedaannya dengan DNA yaitu:
a. Gula yang menyusunnya bukan dioksiribosa, melainkan ribosa.
b. Basa pirimidin yang menyusunnya bukan timin seperti DNA, tetapi urasil.
3. Lokasi
DNA pada umumnya terdapat di kromosom, sedangkan RNA tergantung dari macamnya,
yaitu:
a. RNA d(RNA duta), terdapat dalam nukleus, RNA d dicetak oleh salah satu pita DNA yang
berlangsung didalam nukleus.
b. RNA p(RNA pemindah) atau RNA t(RNA transfer), terdapat di sitoplasma.
c. RNA r(RNA ribosom), terdapat didalam ribosom.
4. Fungsinya
DNA berfungsi memberikan informasi atau keterangan genetik, sedangkan fungsi RNA
tergantung dari macamnya, yaitu:
a. RNA d, menerima informasi genetik dari DNA, prosesnya dinamakan transkripsi,
berlangsung didalam inti sel.
b. RNA t, mengikat asam amino yang ada di sitoplasma.
c. RNA t, mensintesa protein dengan menggunakan bahan asam amino, proses ini
berlangsung di ribosom dan hasil akhir berupa polipeptida.
Ada beberapa cara untuk menentukan DNA dan RNA, yaitu(Frutan and Sofia, 1968):
1. Jaringan hewan dan alkali hangat
RNA akan terpecah menjadi komponen-komponen nukleotida yang larut dalam asam. DNA
sulit dipecah atau dirusak oleh alkali.
2. Metode Schnider
Jaringan dan asam trikloro asetat panas dan diperkirakan DNA dapat diuji oleh reaksi
kalorimetri dengan difenilanin, yang mana akan bereaksi dengan purin dioksiribosa dan tidak
bereaksi dengan purin ribosa.
3. Metode Feligen
Fuchsin sulfurous acid akan berwarna merah dengan DNA, dan tidak dengan RNA. Reaksi
ini diterapkan untuk mempelajari distribusi RNA dan DNA didalam bagian-bagian sel.
4. Secara Spektroskopi
Pengaukuran absorbsi cahaya oleh RNA dan DNA pada 260nm dimana spektra cincin purin
dan pirimidin asam nukleat menunjukkan maksimal.
Tiga bentuk utama RNA yang terdapat didalam sel adalah mRNA(messenger RNA),
rRNA(ribosa RNA), dan tRNA(transfer RNA). Tiap bentuk RNA ini mempunyai berat
molekul dan komposisi yang berlainan, tetapi khas untuk tiap macam bentuk RNA.
Semua RNA terdiri dari rantai tunggal poliribonukleotida. Pada sel bakteri, hampir semua
RNA ada di dalam sitoplasma. Disel hati kira-kira 11% terdapat dalam nukleus(terutama
mRNA), sekitar 15% dalam mitokondria, lebih dari 50% dalam ribosom, dan kira-kira 24%
dalam strosol.

oke deh semoga penjelasan di atas bermanfaat gan...thanks before

Kegunaan sekuensing asam nukleat

Sekuens DNA menyandikan informasi yang diperlukan bagi makhluk hidup untuk
melangsungkan hidup dan berkembang biak. Dengan demikian, penentuan sekuens DNA
berguna di dalam ilmu pengetahuan 'murni' mengenai mengapa dan bagaimana makhluk
hidup dapat hidup, selain berguna dalam penerapan praktis. Karena DNA merupakan ciri
kunci makhluk hidup, pengetahuan akan sekuens DNA dapat berguna dalam penelitian
biologi manapun. Sebagai contoh, dalam ilmu pengobatan sekuensing DNA dapat digunakan
untuk mengidentifikasi, mendiagnosis, dan mengembangkan pengobatan penyakit genetik.
Demikian pula halnya, penelitian pada agen penyebab penyakit (patogen) dapat membuka
jalan bagi pengobatan penyakit menular. Bioteknologi, yang dapat pula memanfaatkan
sekuensing DNA, merupakan bidang yang berkembang pesat dan berpotensi menghasilkan
banyak barang dan jasa berguna.
Karena RNA dibentuk dengan transkripsi dari DNA, informasi yang dikandung RNA juga
terdapat di dalam DNA cetakannya sehingga sekuensing DNA cetakan tersebut sudah cukup
untuk membaca informasi pada RNA. Namun demikian, sekuensing RNA dibutuhkan
khususnya pada eukariota, karena molekul RNA eukariota tidak selalu sebanding dengan
DNA cetakannya karena pemotongan intron setelah proses transkripsi.
[sunting] Metode
Dewasa ini, hampir semua usaha sekuensing DNA dilakukan dengan menggunakan metode
terminasi rantai yang dikembangkan oleh Frederick Sanger dan rekan-rekannya [1]. Teknik
tersebut melibatkan terminasi atau penghentian reaksi sintesis DNA in vitro yang spesifik
untuk sekuens tertentu menggunakan substrat nukleotida yang telah dimodifikasi.

[sunting] Metode Sanger

Gel sekuensing metode Sanger yang telah dilabel radioaktif.

Pada metode terminasi rantai (metode Sanger), perpanjangan atau ekstensi rantai DNA
dimulai pada situs spesifik pada DNA cetakan dengan menggunakan oligonukleotida pendek
yang disebut primer yang komplementer terhadap DNA pada daerah situs tersebut. Primer
tersebut diperpanjang menggunakan DNA polimerase, enzim yang mereplikasi DNA.
Bersama dengan primer dan DNA polimerase, diikutsertakan pula empat jenis basa
deoksinukleotida (satuan pembentuk DNA), juga nukleotida pemutus atau penghenti rantai
(terminator rantai) dalam konsentrasi rendah (biasanya di-deoksinukleotida). Penggabungan
nukleotida pemutus rantai tersebut secara terbatas kepada rantai DNA oleh polimerase DNA
menghasilkan fragmen-fragmen DNA yang berhenti bertumbuh hanya pada posisi pada DNA
tempat nukleotida tertentu tersebut tergabungkan. Fragmen-fragmen DNA tersebut lalu
dipisahkan menurut ukurannya dengan elektroforesis gel poliakrilamida, atau sekarang
semakin lazim dengan elektroforesis menggunakan tabung gelas berjari-jari kecil (pipa
kapiler) yang diisi dengan polimer kental.
Seiring dengan perkembangannya, kini terdapat beberapa macam metode sekuensing
terminasi rantai yang berbeda satu sama lain terutama dalam hal pendeteksian fragmen DNA
hasil reaksi sekuensing.
[sunting] Metode Sanger asli
Pada metode yang asli, urutan nukleotida DNA tertentu dapat disimpulkan dengan membuat
secara paralel empat reaksi perpanjangan rantai menggunakan salah satu dari empat jenis
basa pemutus rantai pada masing-masing reaksi. Fragmen-fragmen DNA yang kemudian
terbentuk dideteksi dengan menandai (labelling) primer yang digunakan dengan fosfor
radioaktif sebelum reaksi sekuensing dilangsungkan. Keempat hasil reaksi tersebut kemudian
dielektroforesis pada empat lajur yang saling bersebelahan pada gel poliakrilamida.

Hasil pengembangan metode ini menggunakan empat macam primer yang ditandai dengan
pewarna berpendar (fluorescent dye). Hal ini memiliki kelebihan karena tidak menggunakan
bahan radioaktif; selain menambah keamanan dan kecepatan, keempat hasil reaksi dapat
dicampur dan dielektroforesis pada satu lajur pada gel. Metode ini dikenal sebagai metode
dye primer sequencing.
[sunting] Sekuensing dye terminator

Contoh hasil bacaan suatu sekuensing metode dye terminator.

Cara lain pelabelan primer adalah dengan melabel pemutus rantainya, lazim disebut metode
sekuensing dye terminator. Keunggulan cara ini adalah bahwa seluruh proses sekuensing
dapat dilakukan dalam satu reaksi, dibandingkan dengan empat reaksi terpisah yang
diperlukan pada penggunaan primer berlabel. Pada cara tersebut, masing-masing
dideoksinukleotida pemutus rantai ditandai dengan pewarna fluoresens, yang berpendar pada
panjang gelombang yang berbeda-beda. Cara ini lebih mudah dan lebih cepat dibandingkan
penggunaan primer berwarna, namun dapat menimbulkan ketidaksamaan tinggi kurva atau
puncak (peak) yang disebabkan oleh ketidaksamaan penggabungan pemutus rantai berwarna
berukuran besar pada pertumbuhan DNA (ketidaksamaan tersebut bergantung pada DNA
cetakan). Masalah tersebut telah dapat dikurangi secara nyata dengan penggunaan macammacam enzim dan pewarna baru yang meminimalkan perbedaan dalam penggabungan.
Metode ini kini digunakan pada sebagian besar usaha reaksi sekuensing karena lebih
sederhana dan lebih murah. Primer-primer yang digunakan tidak perlu dilabel secara terpisah
(yang bisa jadi cukup mahal untuk primer yang dibuat untuk sekali pakai), walaupun hal
tersebut tidak terlalu bermasalah dalam penggunaan universal primer.
[sunting] Automatisasi dan penyiapan sampel
Mesin sekuensing DNA automatis modern mampu mengurutkan 384 sampel berlabel
fluoresens sekaligus dalam sekali batch (elektroforesis) yang dapat dilakukan sampai 24 kali
sehari. Hal tersebut hanya mencakup proses pemisahan dan proses pembacaan kurva; reaksi
sekuensing, pembersihan, dan pelarutan ulang dalam larutan penyangga yang sesuai harus
dilakukan secara terpisah.
Untuk memperoleh hasil reaksi berlabel yang dapat dideteksi dari DNA cetakan, metode
"sekuensing daur" (cycle sequencing) paling lazim dilakukan. Dalam metode ini dilakukan
berturut-turut penempelan primer (primer annealing), ekstensi oleh polimerase DNA, dan
denaturasi (peleburan atau melting) untai-untai DNA cetakan secara berulang-ulang (2540
putaran). Kelebihan utama sekuensing daur adalah lebih efisiennya penggunaan pereaksi
sekuensing yang mahal (BigDye) dan mampunya mengurutkan templat dengan struktur
sekunder tertentu seperti hairpin loop atau daerah kaya-GC. Setiap tahap pada sekuensing
daur ditempuh dengan mengubah temperatur reaksi menggunakan mesin pendaur panas

(thermal cycler) PCR. Cara tersebut didasarkan pada fakta bahwa dua untai DNA yang
komplementer akan saling menempel (berhibridisasi) pada temperatur rendah dan berpisah
(terdenaturasi) pada temperatur tinggi. Hal penting lain yang memungkinkan cara tersebut
adalah penggunaan enzim DNA polimerase dari organisme termofilik (organisme yang hidup
di lingkungan bertemperatur tinggi), yang tidak mudah terurai pada temperatur tinggi yang
digunakan pada cara tersebut (>95 C).
[sunting] Metode Maxam-Gilbert
Pada waktu yang kira-kira hampir bersamaan dengan dikenalkannya metode sekuensing
Sanger, Maxam dan Gilbert mengembangkan metode sekuensing DNA yang didasarkan pada
modifikasi kimiawi DNA yang dilanjutkan dengan pemotongan DNA [2]. Metode ini
mulanya cukup populer karena dapat langsung menggunakan DNA hasil pemurnian,
sedangkan metode Sanger pada waktu itu memerlukan kloning untuk membentuk DNA untai
tunggal. Seiring dengan dikembangkannya metode terminasi rantai, metode sekuensing
Maxam-Gilbert menjadi tidak populer karena kerumitan teknisnya, digunakannya bahan
kimia berbahaya, dan kesulitan dalam scale-up.
[sunting] Pyrosequencing
Artikel utama untuk bagian ini adalah: pyrosequencing
Pyrosequencing adalah teknik pemetaan DNA yang berdasarkan deteksi terhadap pirofosfat
(PPi) yang dilepaskan selama sintesis DNA.[1] Teknik ini memanfaatkan reaksi enzimatik
yang dikatalisis oleh ATP sulfurilase dan luciferase untuk pirofosfat inorganik yang
dilepaskan selama penambahan nukleotida.[1]
[sunting] Sekuensing DNA skala besar
Metode sekuensing DNA yang kini ada hanya dapat merunut sepotong pendek DNA
sekaligus. Contohnya, mesin sekuensing modern yang menggunakan metode Sanger hanya
dapat mencakup paling banyak sekitar 1000 pasang basa setiap sekuensing [3]. Keterbatasan
ini disebabkan oleh probabilitas terminasi rantai yang menurun secara geometris seiring
dengan bertambahnya panjang rantai, selain keterbatasan fisik ukuran dan resolusi gel.
Sekuens DNA dengan ukuran jauh lebih besar kerap kali dibutuhkan. Sebagai contoh, genom
bakteri sederhana dapat mengandung jutaan pasang basa, sedangkan genom manusia terdiri
atas lebih dari 3 milyar pasang basa. Berbagai strategi telah dikembangkan untuk sekuensing
DNA skala besar, termasuk strategi primer walking dan shotgun sequencing. Kedua strategi
tersebut melibatkan pembacaan banyak bagian DNA dengan metode Sanger dan selanjutnya
menyusun hasil pembacaan tersebut menjadi sekuens yang runut. Masing-masing strategi
memiliki kelemahan sendiri dalam hal kecepatan dan ketepatan; sebagai contoh, metode
shotgun sequencing merupakan metode yang paling praktis untuk sekuensing genom ukuran
besar, namun proses penyusunannya rumit dan rentan kesalahan.
Data sekuens bermutu tinggi lebih mudah didapatkan bila DNA bersangkutan dimurnikan
dari pencemar yang mungkin terdapat pada sampel dan diamplifikasi. Hal ini dapat dilakukan
dengan metode reaksi berantai polimerase bila primer yang dibutuhkan untuk mencakup
seluruh daerah yang diinginkan cukup praktis dibuat. Cara lainnya adalah dengan kloning
DNA sampel menggunakan vektor bakteri, yaitu memanfaatkan bakteri untuk

"menumbuhkan" salinan DNA yang diinginkan sebanyak beberapa ribu pasang basa
sekaligus. Biasanya proyek-proyek sekuensing DNA skala besar memiliki persediaan pustaka
hasil kloning semacam itu.

Antara DNA dan RNA

DNA adalah singkatan dari asam deoksiribonukleat dan RNA untuk asam ribonukleat.
Mereka ditemukan di semua organisme hidup, dan merupakan alasan bagi keberadaan
kehidupan. Molekul-molekul dalam semua organisme hidup dapat berkembang karena
mereka berikatan dengan asam nukleat. Asam nukleat mengandung nukleotida, yang
membantu untuk mengenali molekul DNA dan RNA. Sebuah nukleotida adalah senyawa
kimia yang mengandung tiga bagian utama. Memiliki gula dan senyawa lainnya. DNA dan
RNA keduanya mengandung asam nukleat.
Nukleotida adalah molekul dan tidak asam, dan mereka ketika bergabung bersamasama, mereka membuat struktur yang dikenal sebagai DNA atau RNA. Itulah hubungan
dengan kedua komponen utama kehidupan.
Nukleotida juga penting untuk metabolisme dalam tubuh. Mereka juga merupakan
sumber utama energi kimia. Mereka menyebabkan beberapa reaksi pada tingkat enzim.
Sebuah nukleotida pada dasarnya memiliki Basa nukleotida, lima kimia berbasis karbon gula
dan tiga gugus fosfat. Ini memiliki komposisi yang sangat rumit. Mendapatkan disintesis
nukleotida ini dalam rangka untuk membentuk struktur. Tanpa nukleotida, struktur DNA dan
RNA tidak dapat dibuat. Jika ini tidak dapat dibuat, maka tidak akan ada kehidupan. Jadi
penciptaan struktur rumit ini saling bergantung satu sama lain.
Nukleotida DNA memiliki gula dan deoxyribo terdiri dari adenin, guanin, sitosin dan
timin. Sementara RNA nukleotida memiliki ribo gula dan terdiri dari adenin, guanin, sitosin
dan urasil. Sini urasil menggantikan timin, yang hadir dalam DNA nukleotida.

Perbedaan Antara struktural DNA dan RNA

Bentuk penuh DNA adalah asam deoksiribonukleat, dan dianggap sebagai blok
bangunan dari segala bentuk kehidupan. Semua organisme hidup memiliki DNA dan RNA.
DNA dan RNA yang berbeda satu sama lain dalam ukuran, bentuk, struktur, fungsi dan
lokasi. DNA dan RNA bersama-sama membentuk struktur spiral ganda.
DNA memiliki struktur heliks ganda, yang panjang dan berisi rantai panjang
nukleotida. DNA ketika mengulurkan bisa sepanjang enam meter. Padahal, RNA merupakan
rantai nukleotida lebih pendek dan juga merupakan struktur heliks. The nukleotida yang
menyusun DNA Adenin, Guanin, Timin, dan Sitosina. Mereka diwakili dengan huruf seperti
A, G, T dan C yang merupakan huruf pertama dari nama-nama nucleobases. Sekuens DNA
tipikal digambarkan dalam bentuk ATTGCTGAAGGTGCGG.
DNA diukur berdasarkan jumlah pasangan basa itu. Dalam satu tubuh manusia, jika
struktur DNA semua ditulis dengan menggunakan huruf-huruf dalam format tersebut, maka
akan mengisi 4 ribu buku, masing-masing 500 halaman. Hal ini karena struktur DNA dari
masing-masing begitu lama.
RNA sangat mirip dengan DNA. Mereka memiliki basis nitrogen, atau nucleobases,
gula dan fosfat. RNA struktur beruntai tunggal. Memiliki sebagai Basa nukleotida urasil,
sedangkan DNA telah timin. Jadi urutan abjad pada RNA sama sekali berbeda dari DNA
karena lebih berkaitan dengan informasi sintesis protein. Juga, RNA tidak sepanjang DNA,
dan tidak memiliki banyak fungsi.

Fakta Tentang DNA dan RNA

Asam nukleat molekul informasi, yang memiliki kode atau seperangkat petunjuk untuk
memperbanyak diri. Juga, molekul-molekul ini memiliki informasi tentang penggunaan
sintesis protein dan enzim. Semua kegiatan metabolik dalam tubuh bergantung pada sintesis
protein. Berikut adalah beberapa fakta tentang DNA dan RNA.
Awalnya, ahli biologi Amerika dan ahli biologi Inggris bersama-sama mengusulkan
bahwa DNA bisa memiliki struktur heliks. Ini adalah sebuah penemuan yang tahap
ditetapkan untuk beberapa penemuan tentang DNA dan RNA.
Semua organisme hidup di dunia memiliki dasar ini disebut asam nukleat DNA dan
RNA. Mereka bersama-sama mengandung protein yang berisi kode tentang cara untuk
membuat asam amino yang dibutuhkan oleh tubuh.
Struktur dalam DNA diwakili dengan beberapa huruf, dan masing-masing surat-surat
ini diwakili dengan nama asam. Sebagai contoh, T singkatan untuk thiamin, A untuk adenin
dan
seterusnya.
DNA adalah molekul yang sangat kuat dan dapat bertahan lama. Satu tunggal DNA dapat

lebih dari 6 kaki panjang jika ditarik keluar. Sel-sel ini, jika diletakkan bersama-sama, bisa
tinggal dengan cara yang sama selama ribuan tahun.
Bahkan virus dan bakteri memiliki DNA dan RNA
Jika DNA dan RNA tubuh manusia dibekukan, maka mereka dapat menjadi abadi.
DNA dan RNA membentuk struktur spiral ganda bersama-sama. Namun, sangat sulit
untuk melihat mereka karena mereka ditutupi dengan kromosom. DNA terletak dalam
sesuatu yang disebut sel somatik.
RNA sangat tergantung pada DNA untuk mendapatkan petunjuk
Sumber makanan RNA
RNA merupakan bagian penting dari sebuah sel karena mengubah pesan dikodekan
dalam DNA ke dalam sekuens asam amino yang dapat digunakan. Mengatur jumlah RNA
dalam tubuh akan menjadi cara yang efektif peraturan jumlah asam amino yang berbeda, dan
karenanya, protein.
Sumber makanan utama RNA adalah ikan dan kacang. Makanan yang kaya konten
RNA adalah ikan, seafood, jamur, kacang-kacangan, daging sapi, sayur sup dan kaldu.
Sarden adalah sumber terkaya mengandung RNA dan asam nukleat 1,5 persen, sebagai lawan
dari daging merah yang berisi hanya 0,05 persen dari asam nukleat. Tapi sarden segar
memiliki 17 kali lebih banyak konten RNA dari kaleng sarden. RNA juga ditemukan dalam
ragi, asparagus, daging, kembang kol, roti manis, kalkun, ginjal, ayam hutan, ikan, kerang,
kerang, ikan asin, dan ikan trout.
Suplemen gizi seperti chlorella dan spirulina juga mengandung RNA.
Makanan kaya pada RNA meningkatkan sistem kekebalan tubuh, memperbaiki
kerusakan sel, menetralisir racun, dan meningkatkan elastisitas kulit. Terapi RNA, atau
dengan mengkonsumsi makanan yang kaya pada RNA, dapat membantu orang-orang yang
sistem kekebalan tubuh telah diganggu oleh penyakit berat atau usia atau terapi radiasi atau
kemoterapi.
RNA yang seharusnya hadir dalam jumlah yang tinggi dalam air susu manusia, dan
karenanya, mungkin penting dalam perkembangan bayi, terutama yang berkaitan dengan
perkembangan usus bayi.
Sebelumnya diasumsikan oleh para ilmuwan bahwa RNA tidak esensial bahwa orang
harus bawa lewat makanan kaya RNA. Itu diasumsikan bahwa tubuh memiliki kemampuan
untuk mensintesis jumlah yang dibutuhkan RNA jika diperlukan. Namun, kini telah keluar
dari sel-sel tertentu dalam tubuh seperti limfosit, eritrosit dan sel-sel sumsum tulang tidak
mampu mensintesis RNA. Oleh karena itu, penting untuk melengkapi makanan kaya RNA
dalam makanan sehari-hari.
Bagaimana RNA Berbeda dari DNA?

DNA dan RNA adalah protein yang membentuk tubuh manusia. Mereka ditemukan di semua
organisme hidup. Mereka adalah yang paling penting serangkaian kode yang memiliki
informasi rahasia yang sangat kelangsungan hidup di planet ini. Namun, ada beberapa faktor
yang membedakan DNA dari RNA.
DNA adalah sejenis asam nukleat yang bertanggung jawab untuk pengembangan dan
fungsi dari semua organisme hidup. Ini memiliki instruksi untuk fungsi sel. RNA juga
merupakan asam nukleat yang membantu untuk menerjemahkan informasi yang diberikan
oleh DNA untuk produk-produk protein dalam tubuh.
DNA toko dan transfer informasi genetik, sedangkan RNA dan transfer memahami
pesan dari DNA ke ribosom.
DNA dan RNA juga berbeda dalam struktur. DNA adalah molekul untai ganda,
sedangkan RNA adalah sebuah molekul untai tunggal. DNA memiliki rantai panjang
nukleotida, dan RNA memiliki rantai pendek nukleotida.
DNA terletak dalam inti sel dan RNA dalam nukleus dan juga sitoplasma.
DNA dipasangkan sebagai AT atau Adenin dan tiamin. RNA dipasangkan sebagai GC
atau Guanina dan Sitosina.
DNA ditemukan dalam sel tidak sangat reaktif, dan mereka juga kuat dan stabil. Enzim
sangat sulit untuk kerusakan DNA. RNA sangat reaktif dan tidak stabil dengan alam. Mereka
rentan terhadap serangan enzim karena sifat reaktif mereka.
RNA dapat digunakan kembali waktu dan kembali ketika mereka dirobohkan. Di sisi
lain, DNA tidak dapat direstrukturisasi. Mereka rentan terhadap kerusakan akibat sinar
ultraviolet matahari.
Apa RNA?
RNA adalah singkatan dari asam ribonukleat. Ini adalah molekul yang terdiri dari nukleotida
dan ditemukan di dalam struktur sel. Setiap nukleotida dalam RNA terdiri dari basa nitrogen,
gula dan fosfat ribosom. RNA sangat mirip dengan DNA, tetapi berbeda dalam hal struktur
dan fungsi.
RNA adalah asam nukleat beruntai tunggal. Hal ini terbentuk melalui sintesis DNA
yang dikenal sebagai tempat enzim RNA polimerase yang digunakan oleh sel. RNA sangat
penting untuk sintesis protein, dan berbagai jenis RNA yang bertanggung jawab untuk fungsi
yang berbeda dalam sel. Sebagai contoh, mRNA bertanggung jawab untuk mengangkut
informasi dari DNA ribosom. Ribosom, pada gilirannya, memahami pesan ini dan kemudian
membawanya ke dalam protein.
RNA juga digunakan untuk mengubah dan mengubah RNA lainnya. Ini biasanya
terjadi setelah transkripsi dimana intron dari RNA yang disambung. Namun, RNA juga dapat
mengubah dengan mengubah nukleotida.

Sama seperti DNA, RNA bahkan bertanggung jawab atas yang mengandung informasi
genetik. Bahkan, para ilmuwan telah menemukan bahwa ada virus yang memiliki genom
yang terdiri dari RNA.
Tahun 1939, para ilmuwan telah memiliki firasat bahwa RNA yang penting untuk
sintesis protein. Namun, sintesis RNA ditemukan beberapa tahun kemudian oleh Severo
Ochoa yang memenangkan Hadiah Nobel untuk Kedokteran pada tahun 1959. Demikian
pula, banyak ilmuwan telah memenangkan Hadiah Nobel untuk menemukan unsur-unsur
yang berbeda RNA. Hari ini, para ilmuwan dan mikrobiologi tahu banyak tentang RNA.
Bahkan, salah satu penemuan terbaru adalah bahwa RNA yang mengatur gen. Hal ini telah
menyebabkan para ilmuwan berusaha untuk menciptakan obat-obatan dari RNA yang dapat
digunakan untuk mengontrol dan menenangkan gen tertentu.
Dimana letak RNA?
RNA, atau asam ribonukleat, adalah salah satu dari dua dasar asam nukleat yang
ditemukan dalam organisme hidup. Yang lain dan lebih umum asam nukleat DNA. RNA
disintesis oleh transkripsi dari salah satu untaian DNA heliks ganda. Ada banyak berbagai
jenis RNA, dan masing-masing jenis ini biasanya terletak di kawasan yang spesifik dari sel.
RNA terutama ditemukan dalam organel sel yang dikenal ribosom, yang hadir dalam
sitoplasma. molekul mRNA disintesis di dalam inti sel ketika DNA ditranskripsi menjadi
mRNA oleh enzim RNA polimerase dikenal. Molekul mRNA ini kemudian diangkut dari inti
sel ke sitoplasma setelah mengalami modifikasi. tRNA juga ditemukan dalam ribosom di
mana membantu dalam sintesis protein.
Modifikasi yang terjadi pada RNA biasanya terjadi melalui splicing. MRNA yang
belum diubah terdegradasi. Selama proses splicing, intron akan dihapus dari mRNA, dan
hanya ekson tetap. Intron adalah daerah-daerah non-coding DNA yang diberikan kepada
mRNA prekursor. Ekson berisi kode untuk sintesis protein spesifik. RNA ini kemudian
diangkut ke ribosom di mana ia membantu dalam sintesis protein.
RNA juga ditemukan dalam mitokondria, yang memiliki seperangkat mereka sendiri
DNA dan RNA. RNA merupakan bahan genetik utama dari RNA virus.
RNA ditemukan pada retikulum endoplasma kasar di mana terletak ribosom. Nuklir
Kecil RNA ditemukan dalam inti sel-sel eukariotik seperti namanya. RNA nukleolus kecil
ditemukan di wilayah nukleolus.

DNA dan RNA

Posted 17 Januari 2011 by woachiedhadinoer in materi. Tinggalkan sebuah Komentar

DNA dan RNA

Persenyawaan antara protein dan asam nukleat disebut nukleo protein. Nukleo protein
merupakan penyusun kromosom. Dari kedua senyawa tersebut, hanya asam nukleat yang
dapat membawa informasi genetik dari induk kepada keturunannya. Jadi, sebenarnya asam
nukleat merupakan materi genetik atau faktor hereditas, meskipun kromosom yang umum
disebut sebagai faktor hereditas. Asam nukleat sebagai materi DNA terdiri atas DNA
(deoxyribonucleic acid) dan RNA (ribonucleid acid). Untuk mengetahui tentang DNA dan
RNA, mari cermati uraian berikut ini.

1. DNA (Deoxyribonucleic Acid)

Dari berbagai penelitian mengungkapkan bahwa DNA adalah pembawa sebagian besar atau
seluruh sifat-sifat genetik di dalam kromosom. DNA terdapat di dalam nukleus dan bersama
senyawa protein membentuk nukleo protein. Selain di dalam nukleus, molekul DNA juga
terdapat dalam mitokondria, plastid, dan sentriol.
Susunan kimia DNA adalah sebuah makromolekul yang kompleks. Molekul DNA disusun
oleh dua rantai polinukleotida yang amat panjang. Satu rantai polinukleotida terdiri atas
rangkaian nukleotida. Sebuah nukleotida tersusun atas:
a) Gugus gula deoksiribosa (gula dengan lima atom karbon atau pentosa)
b) Gugus asam fosfat (fosfat terikat pada C kelima dari gula)
c) Gugus basa nitrogen (gugus ini terikat pada C pertama dari gula)
Basa nitrogen dapat digolongkan menjadi dua, yaitu basa purin dan basa pirimidin. Basa
purin terdiri atas adenin (A) dan Guanin (G), sedangkan basa pirimidin terdiri atas sitosin (S)
dan timin (T).

Gula dengan basa membentuk ikatan antara C pada gula dengan N pada basa purin dan N-H
pada basa pirimidin. Senyawa yang terbentuk disebut nukleosida atau deoksiribonukleosida.
Nukleosida dapat dibedakan menjadi empat macam, yaitu:
1) Persenyawaan antara gula dengan basa adenin (deoksi adenosin).
2) Persenyawaan antara gula dengan basa guanin (deoksi guanosin).
3) Persenyawaan antara gula dengan basa timin (deoksitimidin).
4) Persenyawaan antara gula dengan basa sitosin (deoksisitidin).
Selanjutnya, fosfat membentuk ester dengan nukleosida melalui pembentukan ikatan C5 pada
gula. Ester fosfat -5- nukleosida ini disebut nukleotida. Ada 4 macam nukleotida, yaitu

adenosin deoksiribonukleotida, guanosin deoksiribonukleotida, sitidin deoksiribonukleotida,

dan timidin deoksiribonukleotida. Nukleotida-nukleotida tersebut dapat bergabung
membentuk suatu rangkaian yang disebut polinukleotida. Benang polinukleotida yang saling
berpilin (heliks ganda) membentuk DNA. Untuk lebih mengetahui struktur nukleotida dan
polinukleotida, mari cermati Gambar 3.4. Berdasarkan hasil analisis refraksi sinar X oleh
kristal DNA, James Watson (Amerika) dan Francis Crick (Inggris) pada 1953 menyimpulkan
bahwa struktur molekul DNA berbentuk heliks ganda.
Molekul DNA mempunyai sifat-sifat, antara lain:
1) DNA berbagai organisme mempunyai kandungan adenin (A) yang sama dengan Timin
(T). Perbedaan antara DNA dari spesies yang berlainan terletak antara kandungan A + T atau
G + C.
2) Setiap molekul DNA disusun oleh dua rantai polinukleotida. Basa-basa dari kedua rantai
tersebut berpasangan dengan aturan adenin berpasangan dengan Timin dan Guanin
berpasangan dengan sitosin. Antara kedua basa yang berpasangan terbentuk ikatan hidrogen.
Adanya ikatan inin memberikan kelenturan pada DNA. 3) DNA merupakan struktur yang
aktif melakukan fungsi biologi.
2. RNA
Pada sel-sel organisme prokariot dan eukariot, selain DNA terdapat pula asam nukleat lain
yang penting, yaitu RNA atau asam ribonukleat. RNA merupakan seutas benang tunggal
yang tersusun molekul gula ribosa, gugus fosfat, dan asam nitrogen. Basa nitrogen RNA
terdiri atas golongan purin (adenin dan guanin) dan golongan pirimidin (sitosin dan urasil).
RNA dibentuk oleh DNA di dalam nukleus, melalui proses transkripsi DNA. Hasil transkripsi
digunakan RNA untuk sintesis protein dalam sitoplasma sel.
Berdasarkan letak dan fungsinya, RNA dibedakan menjadi tiga macam, yaitu:
a) RNA duta (RNA-d) atau m RNA
RNA duta adalah RNA yang menjadi model cetakan dalam proses penyusunan asam amino
pada rantai polipeptida atau sintesis protein. Disebut RNA duta, karena molekul ini
merupakan penghubung DNA dengan protein dan membawa pesan berupa informasi genetik
dari DNA untuk membentuk protein. Informasi genetik berupa urutan basa N pada RNA duta
yang memesan suatu asam amino yang disebut kodon. Penyusunan rantai polipeptida
tergantung dari urutan kodon pada RNA duta.
Urutan kodon pada RNA-d yang dicetak DNA tergantung pada macam protein yang akan
disintesis.
b) RNA transfer (RNA-t)
RNA-t mempunyai fungsi menerjemahkan kodon yang terdapat pada RNA-d menjadi satu
jenis asam amino. Kemampuan menerjemahkan ini, disebabkan oleh adanya anti kodon yang
merupakan komplemen dari kodon RNA-d. RNA-t juga berfungsi mengangkut asam amino
ke permukaan ribosom pada saat translasi. Translasi adalah penerjemahan urutan nukleotida
RNA-d menjadi urutan asam amino polipeptida.

c) RNA ribosom (RNA-r)

RNA-r merupakan RNA terbanyak, sekitar 83% dari RNA yang dikandung oleh suatu sel.
RNA-r berperan dalam sintesis rantai protein sebagai tempat pertemuan RNA-d dan RNA-t.
RNA dan DNA memiliki perbedaan. Cermati perbedaannya pada Tabel 3.1 di bawah

Macam-Macam RNA
Macam-macam RNA
RNA dapat dibedakan menjadi dua kelompok utama, yaitu RNA genetik dan RNA nongenetik.
1. RNA genetik
RNA genetik memiliki fungsi yang sama dengan DNA, yaitu sebagai pembawa keterangan
genetik. RNA genetik hanya ditemukan pada makhluk hidup tertentu yang tidak memiliki
DNA, misalnya virus. Dalam hal ini fungsi RNA menjadi sama dengan DNA, baik sebagai
materi genetik maupun dalam mengatur aktivitas sel.
1. RNA non-genetik
RNA non-genetik tidak berperan sebagai pembawa keterangan genetik sehingga RNA jenis
ini hanya dimiliki oleh makhluk hidup yang juga memiliki DNA. Berdasarkan letak dan
fungsinya, RNA non-genetik dibedakan menjadi mRNA, tRNA, dan rRNA.
1) mRNA (messenger RNA) atau ARNd (ARN duta)
mRNA merupakan RNA yang urutan basanya komplementer (berpasangan) dengan salah
satu urutan basa rantai DNA. RNA jenis ini merupakan polinukleotida berbentuk pita tunggal
linier dan disintesis oleh DNA di dalam nukleus. Panjang pendeknya mRNA berhubungan
dengan panjang pendeknya rantai polipeptida yang akan disusun. Urutan asam amino yang
menyusun rantai polipeptida itu sesuai dengan urutan kodon yang terdapat di dalam molekul
mRNA yang bersangkutan. mRNA bertindak sebagai pola cetakan pembentuk polipeptida.
Adapun fungsi utama mRNA adalah membawa kode-kode genetik dari DNA di inti sel
menuju ke ribosom di sitoplasma. mRNA ini dibentuk bila diperlukan dan jika tugasnya
selesai, maka akan dihancurkan dalam plasma.
A
2) tRNA (transfer
RNA) atau ARNt
(ARN transfer)

RNA jenis ini dibentuk di dalam nukleus, tetapi menempatkan diri di dalam sitoplasma.
tRNA merupakan RNA terpendek dan bertindak sebagai penerjemah kodon dari mRNA.
Fungsi lain tRNA adalah mengikat asam-asam amino di dalam sitoplasma yang akan disusun
menjadi protein dan mengangkutnya ke ribosom. Bagian tRNA yang berhubungan dengan
kodon dinamakan antikodon.
Gb. Struktur tRNA
3) rRNA (ribosomal RNA) atau ARNr (ARN ribosomal)
RNA ini disebut ribosomal RNA karena terdapat di ribosom meskipun dibuat di dalam
nukleus. RNA ini berupa pita tunggal, tidak bercabang, dan fleksibel. Lebih dari 80% RNA
merupakan rRNA. Fungsi dari RNA ribosom adalah sebagai mesin perakit dalam sintesis
protein yang bergerak ke satu arah sepanjang mRNA. Di dalam ribosom, molekul rRNA ini
mencapai 30-46%.
Dengan adanya penjelasan materi di atas, terdapat perbedaan antara DNA dan RNA.
Tabel . Perbedaan DNA dan RNA
DNA (Deoxyribo Nukleat
Acid)

RNA (Ribo Nukleat Acid)

Dalam inti sel, mitokondria,

kloroplas, senriol.

Dalam inti sel, sitoplasma dan

ribosom.

- Bentuk

Polinukleotida ganda yang

terpilin panjang

Polinukleotida tunggal dan

pendekl

- Gula

Deoxyribosa

Ribosa

Letak

- Basanya Golongan purin : adenine dan

guanine

Golongan purin : adenine dan

guanine

Golongan pirimidin : cytosine

dan timin
mengontrol sifat yang
menurun

Golongan pirimidin : cytosine

dan urasil
sintesis protein

- Fungsi

sintesis protein

sintesis RNA
- Kadarnya Tidak dipengaruhi sintesis
protein.

Dipengaruhi sintesis protein.

Macam ARN :

Letak basa nitrogen dari kedua

pita ADN saling berhadapan
dengan pasangan yang tetap

ARN duta

yaitu Adenin selalu berpasangan ARN ribosom

dengan Timin, Cytosin dengan
Guanin. Kedua pita itu diikatkan ARN transfer
oleh ikatan hidrogen.
Gb. Jenis-jenis RNA yang dibentuk dari hasil transkripsi DNA merupakan bahan dasar
sintesis protein

Asam deoksiribonukleat
StrukturmolekulDNA. Atomkarbonberwarna hitam,oksigenmerah,nitrogenbiru, fosforhijau,
danhidrogenputih.
Asam deoksiribonukleat
, lebih dikenal dengan
DNA
(bahasaInggris:
Deoxyribo nucleic acid
), adalah sejenisasam nukleatyang tergolongbiomolekulutama penyusunberat
keringsetiaporganisme.Di dalamsel,DNA umumnya terletak di dalaminti sel. Secara garis
besar, peran DNA di dalam sebuah sel adalah sebagaimateri genetik;artinya,
DNAmenyimpan cetak biru bagi segala aktivitas sel. Ini berlaku umum bagi setiap
organisme. Diantara perkecualian yang menonjol adalah beberapa jenisvirus(dan virus tidak
termasukorganisme) sepertiHIV(Human Immunodeficiency Virus).
Struktur DNA
DNA merupakanpolimeryang terdiri dari tiga komponen utama, yaitu gugus fosfat,
guladeoksiribosa, dan basa nitrogen. Sebuah unitmonomerDNA yang terdiri dari ketiga
komponentersebut dinamakannukleotida,sehingga DNA tergolong sebagai
polinukleotida
. Rantai DNAmemiliki lebar 22

24,sementara panjang satu unit nukleotida 3,3 . Walaupun unit monomerini sangatlah
kecil, DNA dapat memiliki jutaan nukleotida yang terangkai seperti rantai.Misalnya,
kromosom terbesar pada manusia terdiri atas 220 juta nukleotida.Struktur untai
komplementer DNA menunjukkan pasangan basa (adenin dengan timindan guanin dengan
sitosin) yang membentuk DNA beruntai ganda. Rangka utama untai DNAterdiri dari
gugusfosfatdangulayang berselang-seling. Gula pada DNA adalah gulapentosa (berkarbon
lima), yaitu 2-deoksiribosa. Dua gugus gula terhubung dengan fosfat
melaluiikatanfosfodiesterantara atom karbon ketiga pada cincin satu gula dan atom karbon
kelima pada gulalainnya. Salah satu perbedaan utama DNA dan RNA adalah gula
penyusunnya; gula RNA adalahribosa. DNA terdiri atas dua untai yang berpilin membentuk
strukturheliks ganda.Pada strukturheliks ganda, orientasi rantai nukleotida pada satu untai
berlawanan dengan orientasi nukleotidauntai lainnya. Hal ini disebut sebagai
antiparalel
. Masing-masing untai terdiri dari rangka utama,sebagai struktur utama, dan basa nitrogen,
yang berinteraksi dengan untai DNA satunya pada

heliks. Kedua untai pada heliks ganda DNA disatukan oleh ikatan hidrogen antara basabasayang terdapat pada kedua untai tersebut. Empat basa yang ditemukan pada DNA
adalahadenin(dilambangkan A),sitosin(C, dari
c
ytosine
),guanin(G), dantimin(T). Adenin berikatan hidrogen dengan timin, sedangkan guanin
berikatan dengan sitosin.
Fungsi biologis
Pada replikasi DNA, rantai DNA baru dibentuk berdasarkan urutan nukleotida pada DNA
yangdigandakan.Replikasimerupakan proses pelipatgandaan DNA. Proses replikasi ini
diperlukanketika sel akanmembelah diri.Pada setiap sel, kecualisel gamet,pembelahan diri
harus disertai dengan replikasi DNA supaya semua sel turunan memiliki informasi genetik
yang sama. Padadasarnya, proses replikasi memanfaatkan fakta bahwa DNA terdiri dari dua
rantai dan rantaiyang satu merupakan "konjugat" dari rantai pasangannya.Dengan kata lain,
dengan mengetahui susunan satu rantai,maka susunan rantai pasangan dapat dengan mudah
dibentuk.Ada beberapa teori yang mencoba menjelaskan bagaimanaproses replikasi DNA ini
terjadi. Salah satu teori yang palingpopuler menyatakan bahwa pada masing-masing DNA
baruyang diperoleh pada akhir proses replikasi; satu rantai tunggalmerupakan rantai DNA
dari rantai DNA sebelumnya,sedangkan rantai pasangannya merupakan rantai yang
barudisintesis. Rantai tunggal yang diperoleh dari DNAsebelumnya tersebut bertindak
sebagai "cetakan" untukmembuat rantai pasangannya.Proses replikasi memerlukan protein
atauenzimpembantu; salah satu yang terpenting dikenal dengan namaDNA polimerase,yang
merupakan enzim pembantupembentukan rantai DNA baru yang merupakan
suatupolimer. Proses replikasi diawali dengan pembukaan untaian gandaDNA pada titik-titik
tertentu di sepanjang rantai DNA. Prosespembukaan rantai DNA ini dibantu oleh beberapa
jenis proteinyang dapat mengenali titik-titik tersebut, dan juga protein yangmampu membuka
pilinan rantai DNA. Setelah cukup ruang terbentuk akibat pembukaan untaianganda ini, DNA
polimerase masuk dan mengikat diri pada kedua rantai DNA yang sudah terbukasecara lokal
tersebut. Proses pembukaan rantai ganda tersebut berlangsung disertai denganpergeseran
DNA polimerase mengikuti arah membukanya rantai ganda. Monomer DNAditambahkan di
kedua sisi rantai yang membuka setiap kali DNA polimerase bergeser. Hal iniberlanjut
sampai seluruh rantai telah benar-benar terpisah.Proses replikasi DNA ini merupakan proses
yang rumit namun teliti. Proses sintesisrantai DNA baru memiliki suatu mekanisme yang
mencegah terjadinya kesalahan pemasukanmonomer yang dapat berakibat fatal. Karena
mekanisme inilah kemungkinan terjadinyakesalahan sintesis amatlah kecil.
Biosintesis protein
Asam ribonukleat
Asam ribonukleat(bahasa Inggris:
ribonucleic acid
, RNA) senyawa yang merupakanbahan genetikdan memainkan peran utama dalamekspresi
genetik.Dalamdogma pokok (
central dogma
)genetika molekular,RNA menjadi perantara antara informasi yang dibawa DNAdan
ekspresifenotipikyang diwujudkan dalam bentuk protein.
Struktur RNA
Struktur dasar RNA mirip denganDNA.RNA merupakanpolimeryang tersusun dari
sejumlahnukleotida.Setiap nukleotida memiliki satu gugus fosfat, satu gugus gula ribosa,
dansatu gugus basa nitrogen (basa N). Polimer tersusun dari ikatan berselang-seling antara
gugusfosfat dari satu nukleotida dengan gugus gula ribosa dari nukleotida yang lain.
Perbedaan RNAdengan DNA terletak pada satu gugushidroksiltambahan pada

cincingularibosa(sehingga dinamakan ribosa). Basa nitrogen pada RNA sama dengan DNA,
kecualibasatiminpada DNA diganti denganurasilpada RNA. Jadi tetap ada empat pilihan:
adenin, guanin, sitosin, atau urasiluntuk suatu nukleotida. Selain itu, bentuk konformasi RNA
tidak berupa pilin gandasebagaimana DNA, tetapi bervariasi sesuai dengan tipe dan
fungsinya.
Tipe-tipe RNA
RNA hadir di alam dalam berbagai macam/tipe. Sebagai bahan genetik, RNA
berwujudsepasang pita (Inggris
double-stranded RNA
,dsRNA
).Genetika molekularklasik mengajarkan adanya tiga tipe RNA yang terlibat dalam proses
sintesis protein:1.
RNA-kurir (bahasa Inggris:
messenger-RNA
,mRNA),2.
RNA-ribosom (bahasa Inggris:
ribosomal-RNA
,rRNA),3.
RNA-transfer (bahasa Inggris:
transfer-RNA
,tRNA).Pada akhir abad ke-20 dan awal abad ke-21 diketahui bahwa RNA hadir dalam
berbagaimacam bentuk dan terlibat dalam proses pascatranslasi. Dalam pengaturan ekspresi
genetikorang sekarang mengenal RNA-mikro(miRNA)yang terlibat dalam "peredaman gen"
atau
genesilencing
dan
small-interfering RNA
(siRNA)yang terlibat dalam proses pertahanan terhadapseranganvirus.
Fungsi RNA
Peran penting RNA terletak pada fungsinya sebagai perantara antaraDNAdanprotein dalam
prosesekspresi genetikkarena ini berlaku untuk semua organisme hidup. Dalam peran
ini,RNA diproduksi sebagai salinan kode urutan basa nitrogen DNA dalam
prosestranskripsi.Kodeurutan basa ini tersusun dalam bentuk 'triplet', tiga urutan basa N, yang
dikenal dengan namakodon.Setiap kodon berelasi dengan satuasam amino(atau kode untuk
berhenti), monomer yang menyusun protein. Lihatekspresi genetikuntuk keterangan lebih
lanjut. Penelitianmutakhir atas fungsi RNA menunjukkan bukti yang mendukung atas
teori'dunia RNA',yang
menyatakan bahwa pada awal prosesevolusi,RNA merupakan bahan genetik universal
sebelumorganisme hidup memakai DNA.
Interferensi RNA
Suatu gejala yang baru ditemukan pada penghujung abad ke-20 adalah adanyamekanisme
peredaman (
silencing
) dalam ekspresi genetik. Kode genetik yang dibawa RNA tidakditerjemahkan (translasi)
menjadi protein oleh tRNA. Ini terjadi karena sebelum sempatditranslasi, mRNA
dicerna/dihancurkan oleh suatu mekanisme yang disebut sebagai "interferensiRNA".

Mekanisme ini melibatkan paling sedikit tiga substansi(enzimdan protein lain). Gejala ini
pertama kali ditemukan padanematoda
Caenorhabditis elegans
tetapi selanjutnya ditemukanpada hampir semua kelompok organisme hidup.
Kromosom
Gambar 1:
Kromosom. (1) Kromatid. Salah satu dari dua bagian identik kromosom yangterbentuk
setelahfase Spada pembelahan sel. (2) Sentromer. Tempat persambungan keduakromatid, dan
tempat melekatnya mikrotubulus. (3) Lengan pendek (4) Lengan panjang.
Kromosom
merupakan strukturmakromolekulbesar yang memuatDNAyang membawa informasi
genetikdalamsel.DNA terbalut dalam satu atau lebih kromosom. Sebuah kromosom
(dalambahasa Yunani
chroma
= warna dan
soma
= badan) adalah seberkasDNA yang sangat panjang dan berkelanjutan, yang terdapat
banyakgenunsur regulatordan sekuens nukleotidalainnya.Dalam kromosomeukariota,DNA
yang tidak terkondensasi berada dalam struktur order-quasidalamnukleus,dimana ia
membungkushiston(proteinstruktural, Gambar 1), dan di mana material komposit ini
disebutchromatin.Selamamitosis(pembelahan sel), kromosom terkondensasi dan disebut
kromosommetafase.Hal ini menyebabkan masing-masing kromosomdapat diamati
melaluimikroskopoptik.Setiap kromosom memiliki dua lengan, yang pendek disebut
lengan p
(daribahasa Perancis
petit
yang berarti kecil) dan lengan yang panjang
lengan q
(q mengikuti p dalam alfabet).Prokariotatidak memiliki histon atau nukleus. Dalam keadaan
santainya, DNA dapat diaksesuntuktranskripsi,regulasi, danreplikasi. Kromosom pertama
kali diamati olehKarl Wilhelm von Ngelipada1842dan ciri-cirinya dijelaskan dengan detil
olehWalther Flemmingpada1882.Pada1910, Thomas Hunt Morgan membuktikan bahwa
kromosom merupakan pembawagen.
Transkripsi
Penyalinan kode genetik dariDNAmenjadiRNAdalam prosesekspresi genetik.Proses ini
terutama dikendalikan olehenzimRNA polimerase
Replikasi DNA
Replikasi DNA bersifat
semikonservatif
, yaitu kedua untai tunggalDNA bertindak sebagai cetakan untuk pembuatan untai-untaiDNA
baru; seluruh untai tunggal cetakan dipertahankan dan untaiyang baru dibuat dari nukleotidanukleotida.
Replikasi DNA
adalah proses penggandaan molekulDNAuntaiganda. Padasel,replikasi DNA terjadi
sebelumpembelahan sel. Prokariotaterus-menerus melakukan replikasi DNA.
Padaeukariota,waktu terjadinya replikasi DNA sangatlah diatur, yaitupada fase Sdaur
sel,sebelummitosisataumeiosisI. Penggandaan tersebut memanfaatkanenzim
DNA polimerase
yang membantupembentukan ikatan antaranukleotida-nukleotidapenyusunpolimer DNA.
Proses replikasi DNA dapat pula dilakukan

in vitro
dalam proses yang disebutreaksi berantai polimerase (PCR).
Garpu replikasi
Garpu replikasi atau cabang replikasi (
replication fork
) ialah struktur yang terbentuk ketika DNAbereplikasi. Garpu replikasi ini dibentuk akibat
enzim
helikase
yang memutusikatan-ikatanhidrogenyang menyatukan kedua untaian DNA, membuat
terbukanya untaian ganda tersebutmenjadi dua cabang yang masing-masing terdiri dari
sebuah untaian tunggal DNA. Masing-masing cabang tersebut menjadi "cetakan" untuk
pembentukan dua untaian DNA baruberdasarkan urutan nukleotida komplementernya. DNA
polimerase membentuk untaian DNAbaru dengan memperpanjang oligonukleotida(RNA
)yang dibentuk oleh enzim
primase
dandisebut
primer
.DNA polimerase membentuk untaian DNA baru dengan menambahkan nukleotida

dalam halini, deoksiribonukleotida

ke ujung 3'-hidroksil bebas nukleotida rantai DNA yang sedang

tumbuh. Dengan kata lain, rantai DNA baru (DNA "anak") disintesis dari arah 5'3',
sedangkanDNA polimerase bergerak pada DNA "induk" dengan arah 3'5'. Namun
demikian, salah satuuntaian DNA induk pada garpu replikasi berorientasi 3'5', sementa
ra untaian lainnya
berorientasi 5'3', dan helikase bergerak membuka untaian rangkap DNA dengan arah
5'3'.
Oleh karena itu, replikasi harus berlangsung pada kedua arah berlawanan tersebut.Replikasi
DNA. Mula-mula, heliks ganda DNA (merah) dibuka menjadi dua untai tunggal olehenzim
helikase (9) dengan bantuan topoisomerase (11) yang mengurangi tegangan untai
DNA.Untaian DNA tunggal dilekati oleh protein-protein pengikat untaian tunggal (10)
untukmencegahnya membentuk heliks ganda kembali. Primase (6) membentuk
oligonukleotida RNAyang disebut
primer
(5) dan molekul DNA polimerase (3 & 8) melekat pada seuntai tunggalDNA dan bergerak
sepanjang untai tersebut memperpanjang primer, membentuk untaian tunggalDNA baru yang
disebut
leading strand
(2) dan
lagging strand
(1). DNA polimerase yangmembentuk
lagging strand
harus mensintesis segmen-segmen polinukleotida diskontinu (disebutfragmen Okazaki (7)).
Enzim DNA ligase (4) kemudian menyambungkan potongan-potongan
lagging strand
tersebut.

Pembentukan
leading strand
Pada replikasi DNA,
untaian pengawal
(
leading strand
) ialah untaian DNA yang disintesis
dengan arah 5'3' secara berkesinambungan. Pada untaian ini, DNA polimerase mampu
membentuk DNA menggunakan ujung 3'-OH bebas dari sebuah primer RNA dan sintesis
DNAberlangsung secara berkesinambungan, searah dengan arah pergerakan garpu replikasi.
Pembentukan
lagging strand
Lagging strand
ialah untaian DNA yang terletak pada sisi yang berseberangan dengan
leadingstrand
pada garpu replikasi. Untaian ini disintesis dalam segmen-segmen yang disebut
fragmenOkazaki
. Pada untaian ini, primase membentuk primer RNA. DNA polimerase dengan demikiandapat
menggunakan gugus OH 3' bebas pada primer RNA tersebut untuk mensintesis DNA
dengan arah 5'3'. Fragmen primer RNA tersebut lalu disingkirkan (misalnya dengan RNase
H
dan DNA Polimerase I) dan deoksiribonukleotida baru ditambahkan untuk mengisi celah
yangtadinya ditempati oleh RNA. DNA ligase lalu menyambungkan fragmen-fragmen
Okazakitersebut sehingga sintesis
lagging strand
menjadi lengkap.