Aplikasi Bioteknologi Akuakultur Dengan Menggunakan Genetik Marker Untuk Budidaya Ikan Titang (Scatophagus sp.

)
A. Biologi Ikan Titang Di Indonesia, ikan titang dikenal dengan nama yang cukup banyak, seperti keper (Jakarta), kiper bidang (Jawa), kiper (Balikpapan), ketang-ketang (Makassar), dan masih banyak lagi, yaitu bindang, kitam, kipat, keper laut, ilik, ikan bintik-bintik, ikan tanda-tanda dan sebagainya. Bahkan secara keliru, ada menyebutnya beronang atau llayak. Atau biasa juga disebut ikan kepe-kepe tikar atau gayam. Penyebutan nama ikan titang yang keliru berdasarkan kenyataan, bahwa ikan titang mempunyai bentuk seperti ikann beronang atau ikan kepe-kepe tikar. Pada bagian tubuh tertentu titang mempunyai bintik-bintik mirip dengan ikan-ikan tersebut. Bahkan di kalangan akademis pun acap kali keliru mengenali ikan titang ini. Dalam klasifikasi yang lama, titang dikelompokkan dalam famili Chaetodontidae yang berarti titang satu suku dengan kepe-kepe. Tetapi klasifikasi terbaru, ikan titang digolongkan ke dalam famili tersendiri, yakni Scatophagidae. Secara sistematik, titang diklasifikasikan sebagai berikut: Filum Klas Ordo Family Genus Spesies : Chordata : Pisces : Perciformes : Scatophagidae : Scatophagus : Scatophagus sp.

Gambar 1. Ikan titang (Scatophagus sp.)

Ikan titang sering di tangkap bersama ikan beronang dan ikan kepe-kepe. Hal inilah yang menyebabkan penduduk menyebutnya sebagai ikan beronang atau ikan kepe-kepe. Pemeliharaan ikan beronang di keramba jaring apung (KJA) sering membesarkan ikan titang bersama ikan beronang. Di pasar-pasar pun sering ikan titang dijual bersama ikan beronang. Titang mempunyai tubuh yang ditutupi sisik-sisik kecil. Warna tubuhnya keperakperakan dengan banyak bintik hitam. Warna tubuh ini kadang-kadang sangat bervariasi, begitu juga warna latar belakangnya, mulai dari warna perak kehijauan sampai sampai warna tua kehijau-hijauan. Bintik-bintik pada tubuhnya berwarna hitam dan berderat tak teratur yang ukurannya kira-kira sebesar matanya. Di atas garis samping, bintik-bintik itu melebur hingga membentuk jalur-jalur vertikal. Nuansa kemerah-merahan dapat berkembang membentuk jalurjalur vertikal pada ikan-ikan tua. Ikan ini mempunyai tubuh gemuk pendek, bertubuh lebar, dan tergolong ikan kecil. Ikan ini tumbuh hanya sampai mencapai ukuran 30 cm, tetapi ukuran yang sering tertangkap dan dipasarkan antara 15 20 cm. Bagian sirip punggung yang mengeras hampir terpisah dengan bagian sirip yang lunak. Pada sirip punggung terdapat tulang-tulang yang kokoh sebanyak 11 jari-jari keras dan 16 18 jari-jari lunak. Pada sirip anal terdapat 4 jari-jari keras dan 14 15 jari-jari lunak, 4 tulang keras pada siri anal dan pada tutup insang merupakan suatu ciri tak biasa di antara sebangsa kerapu dan membantu dalam pengenalan ikan ini. Habitat (tempat hidup) ikan titang ini adalah muara sungai sekitar estuaria, bahkan masuk ke sungai dan tambak-tambak bersalinitas tinggi hingga rendah. Bisa dipelihara di akuarium air tawar, tetapi lebih baik di air payau. Di Australia, ikan titang dipelihara di tambak air payau. Seringkali ikan ini berenang bergerombol, tetapi kadang-kadang juga sendirian dan atau bergabung dengan ikan beronang atau ikan kepe-kepe. Benih titang dapat ditangkap di muara sungai dan sekitar muara sungai dengan dasar perairan berlumpur pada kedalaman 0.5 1 meter. Makanan ikan titang berupa rumput-rumputan, potongan-potongan daun, algae, dan detritus. Ikan titang termasuk vegetarian atau herbivora. Makanan yang disukai berupa lumut sutera (Enteromorpha sp.) dan rumput laut jenis Gracillaria sp. Tetapi, titang juga memakan cacing, udang, remis bercampur dengan pasir dan lumpur. Anak titang memakan detritus dan algae. Ikan titang bertelur dengan meletakkan telurnya pada celah-celah batu. Larva titang melalui suatu tahap yang berbeda dengan tahap dewasa yang disebut tholichtys. Pada tahap ini,

suatu perisai kuat yang berduri berkembang di kepala dan tengkuk, tetapi kemudian lenyap. Informasi mengenai perkembangbiakan ikan titang belum banyak diketahui dan ikan titang jarang dibiarkan dalam kurungan terapung atau akuarium. Dari beberapa spesies yang disebutkan di atas, ternyata yang umum dikenal adalah Scatophagus argus. Di Australia, ikan ini disebut butterfishes (ikan mentega), karena dagingnya lunak seperti mentega. Ikan titang juga dikenal sebagai ikan mata argus, karena bintik-bintik mirip mata di tubuhnya, mengingatkan kita pada argus yang bermata seratus pada dongeng Yunani. Nama ilmiah Scatophagus berarti pemakan kotoran hewan yang menunjuk pada kebiasaan ikan ini yang memakan sampah dan kotoran, meskipun tumbuh-tumbuhan dan hewan (yang biasanya sudah mati) juga dimakan. Di restoran sea food titang dikenal sebagai ikan bakar yang cukup banyak peminatnya. Rasa lezat dengan aroma khas dan kualitas daging tidak bertulang merupakan daya tarik ikan titang. Di samping itu, ikan titang merupakan salah satu ikan hias yang banyak penggemarnya. Di Australia ikan titang merupakan salah satu ikan hias air laut popular. Penyebaran ikan titang meliputi Indo Pasifik, India, Cina Selatan, Filipina, Malaysia, dan Australia. Di Indonesia, titang terdapat di perairan Sumatera, Jawa, Madura, Bali, Sulawesi, Ambon, Halmahera, Bacan, dan Irian Jaya. B. Genetik Marker Penanda genetik, juga disebut dengan penanda, marker, marka, atau markah di berbagai kepustakaan, merupakan penciri individu yang terlihat oleh mata atau terdeteksi dengan alat tertentu yang menunjukkan genotipe suatu individu. Bentuknya dapat berupa penampilan fenotipe/morfologi tertentu, kandungan senyawa (protein atau produk biokimia tertentu), berkas (band) pada suatu lembar hasil elektroforesis gel atau kromatogram, atau hasil pembacaan sekuensing. Suatu penanda genetik dapat diketahui lokasinya pada kromosom maupun tidak. Penanda yang lokasinya dapat diketahui pada kromosom lebih disukai karena dapat memberikan informasi lebih jauh menuju karakterisasi suatu gen. Aplikasi penanda genetik sangat luas. Bidang-bidang kedokteran, pertanian, ilmu pangan, lingkungan, antropologi, sejarah, hukum menggunakannya sebagai alat analisis atau alat pembuktian. Beberapa penanda genetik sangat tepercaya karena bersifat lembam (tidak mudah berubah karena pengaruh lingkungan).

Prinsip Pemanfaatan Penanda Genetik Penanda genetik hanya berguna apabila ia polimorfik dan terpaut dengan sifat yang akan diamati atau dengan penanda genetik lain. Syarat polimorfik diperlukan karena penanda genetik harus bisa mengelompokkan individu-individu ke dalam sejumlah subpopulasi berdasarkan alel yang teramati. Penanda harus terpaut dengan gen atau faktor-faktor lain karena ia akan dipakai sebagai "tanda pengenal" yang harus melekat pada sifat yang diteliti. Penanda genetik mengikuti Hukum Pewarisan Mendel sehingga dapat digunakan dalam analisis genetik. Dalam kaitan dengan hal ini terdapat dua kelas penanda genetik:

Penanda bersifat kodominan, artinya dapat membedakan ketiga kelas genotipe pada generasi F2 (dua homozigot dan heterozigot); Penanda bersifat dominan, yang tidak bisa memisahkan heterozigot dari salah satu kelas homozigot.

Terdapat bermacam-macam penanda genetik, yang masing-masing memiliki kelebihan dan kelemahan. a. Penanda morfologi Penanda ini mudah dilihat oleh mata dan telah banyak digunakan sejak masa awal genetika. Contohnya adalah warna, ukuran, atau bentuk organ tertentu. Walaupun mudah dan masih dipakai (biasanya digunakan untuk mengontrol berhasilnya suatu persilangan), penanda morfologi dapat termodifikasi oleh pengaruh lingkungan sehingga dianggap tidak stabil. Selain itu, penanda morfologi jumlahnya sangat terbatas dan untuk mengamatinya orang harus menunggu hingga sifat penanda itu muncul. Penanda biokimia Penanda biokimiawi biasanya memerlukan alat atau metode khusus untuk mengamatinya. Kajian genetik hewan dan kedokteran di masa lalu banyak menggunakan penanda ini, misalnya untuk menentukan golongan darah atau kehadiran suatu penyakit dengan uji serologi). Kalangan genetika tumbuhan banyak menggunakan penanda biokimia sejak tahun 1960-an dengan menggunakan isoenzim (isozim). Penanda isoenzim bersifat kodominan sehingga dapat dipakai pada populasi segregasi dengan individu heterozigot. Meskipun cukup diskriminatif dan tidak mudah terpengaruh lingkungan, penanda ini seringkali diekspresikan pada waktu dan organ tertentu saja. Jumlahnya tidak banyak dan analisisnya

memakan waktu dan biaya. Semenjak ditemukannya enzim endonuklease restriksi, penanda biokimia mulai ditinggalkan penggunanya. Penanda biokimia hingga sekarang masih digunakan oleh industri benih gandum untuk menyeleksi galur-galur berdasarkan kandungan glutennya. b. Penanda molekul Yang dimaksud dengan penanda molekul adalah penanda yang mengandalkan sifat-sifat aplikatif DNA atau cDNA. Jadi, penanda biokimia tidak termasuk di dalamnya meskipun sebenarnya juga merupakan molekul. Penanda molekul bersifat stabil karena DNA bersifat baka dan tidak terpengaruh lingkungan. Penanda ini mulai dipakai semenjak ditemukannya secara berturut-turut enzim endonuklease restriksi, teknik Southern blot, dan PCR pada dasawarsa 1970-an. Teknik elektroforesis gel, yang juga menjadi prasyarat penggunaan penanda ini, telah dipakai bertahuntahun sebelumnya. Dukungan dari bidang automasi, robotika, dan bioinformatika terhadap teknik sekuensing pada tahun 1990-an hingga awal abad ke-21 menjadikan penanda molekul menjadi hal yang relatif ekonomis untuk dikerjakan. Berikut ini adalah beberapa penanda molekul yang dipakai dalam berbagai analisis genetik:

RFLP minisatelit atau VNTR RAPD mikrosatelit (dikenal juga sebagai SSR atau STR) inter-SSR AFLP STS SCAR SNP microarray SAGE

Penggunaan penanda genetik Penanda genetik digunakan untuk berbagai macam kepentingan yang biasanya bersifat diagnostik serta forensik. Selain itu, penanda genetik bisa dipakai sebagai alat bantu seleksi dan pengukur keanekaragaman genetik. Contoh-contoh aplikasi penanda genetik:

Sidik jari DNA pada pembuktian forensik. Uji serologi untuk mengetahui kehadiran penyakit tertentu. Pembuatan peta genetik. Seleksi berbantuan marker (marker-assisted selection, MAS). Deskripsi keanekaragaman genetik. Analisis hubungan kekerabatan etnis manusia. Analisis kekerabatan/taksonomi. Analisis kualitas lingkungan. Analisis kandungan bahan pangan/pakan.

Aplikasi Genetik Marker Untuk Budidaya Ikan Titang Genetik marker merupakan alat bantu seleksi. Dengan adanya genetik marker, maka kita bisa menyeleksi induk ikan yang unggul, khususnya ikan titang. Ikan titang merupakan salah satu komoditas ekspor yang cukup penting. Oleh karena itu, kita memerlukan pengelolaan dan memanfaatkan kemajuan IPTEK agar mampu menghasilkan produksi ikan titang yang baik. Sebagai contoh, berikut ini aplikasi genetik marker untuk identifikasi kerapu unggul: Aplikasi analisis RAPD Karena teknik RAPD yang sederhana dan biaya yang diperlukan lebih murah maka terdapat aplikasi yang sangat luas dari RAPD pada berbagai area biologi. Beberapa area tersebut antara lain: 1. Kemampuan RAPD mendeteksi variasi intra-specifik dapat digunakan untuk melakukan screening untuk tingkat inbreeding pada induk kerapu untuk mencegah peningkatan frekuensi alel resesif yang merugikan dalam populasi. 2. Marker species-specific digunakan dalam inter-specific gene flow dan identifikasi hybrid. Sama halnya dengan marker population-specific akan bermanfaat dalam identifikasi populasi hibrid. Marker RAPD lebih cocok untuk organisme klonal dibandingkan organisme yang bereproduksi secara seksual. Karena bereproduksi secara aseksual, maka fragmen polimorfik antar individual dapat digunakan untuk menentukan identitas klonal. Walaupun metode RAPD relatif cepat, murah dan gampang dilaksanakan dibandingkan metode marker DNA lain, isu konsistensi/reproducibility menjadi perhatian sejak

dipublikasikannya teknik ini. RAPD sangat sensitif terhadap perubahan kondisi reaksi PCR. Problem reproducibility/konsistensi biasanya terjadi pada band dengan intensitas yang rendah. Hal ini mungkin terjadi karena primer tidak cocok secara sempurna pada sekuen priming site, amplifikasi pada beberapa siklus mungkin tidak terjadi sehingga band tetap samar. Aplikasi analisis RFLP RFLP merupakan metode yang digunakan oleh molecular biologists mengikuti urutan tertentu DNA seperti yang disampaikan ke sel lain. RFLPs dapat digunakan dalam berbagai macam pengaturan yang berbeda untuk mencapai tujuan. RFLP, sebagai tanda molekular, adalah khusus untuk tunggal clone / pembatasan enzim kombinasi. RFLP tanda yang paling dominan (baik alleles dalam sampel heterozygous akan terdeteksi) dan sangat-tempat tertentu. RFLPs dapat digunakan menentukan status penyakit individu. RFLPs dapat digunakan untuk mengukur tingkat recombination yang dapat mengakibatkan genetik peta dengan jarak antara RFLP loci diukur centiMorgans. Perbedaan dalam ukuran fragmen batasan antara individu dapat dideteksi oleh Southern blotting dengan pemeriksaan khusus untuk wilayah DNA diketahui mengandung RFLP. Dan pemisahan yang meiotic recombination seperti DNA polymorphisms dapat diikuti seperti biasa genetik markers. RFLP analisis ikan dapat mendeteksi pemisahan yang RFLP yang dapat digunakan untuk menguji statistik signifikan untuk linkage ke allele untuk warisan penyakit ikan. RFLP merupakan sebuah penyelidikan yang berlabel urutan DNA yang hybridizes dengan satu atau lebih dari fragmen dicerna sampel DNA setelah mereka dipisahkan oleh gel electrophoresis, sehingga menyatakan unik blotting pola karakteristik tertentu genotip di tempat tertentu. Pendek, satu atau rendah menyalin genomic DNA atau cDNA clones biasanya digunakan sebagai RFLP probes. RFLP probes yang sering digunakan dalam genome pemetaan dan analisis variasi (genotyping, forensics, hal tes, turun temurun diagnosa penyakit, dll). Dengan adanya RFLP, kita dapat mengetahui asal usul keturunan induk kerapu, karena dengan mengetahui asal usul keturunan induk kerapu, kita dapat mengetahui seberapa unggul kerapu tersebut. Aplikasi analisis mikrosatelit Sebagai penanda genetik, mikrosatelit sangat berlimpah. Suatugen dapat memiliki lebih dari dua mikrosatelit. Mikrosatelit bersifatkodominan dan dapat diketahui letak lokasi pada DNA. Dengan demikian, pada SSR sesuai berfungsi untuk mendeteksiheterozigos itas.

Pemanfaatannya tidak memerlukan waktu lama (dua hari). Mikrosatelit merupakan penanda berbasisPCR, sehingga memerlukan primer. Karena kelebihan-kelebihan ini, mikrosatelit disukai sebagai penanda. Kelemahan mikrosatelit adalah pembuatan primernya memerlukan investasi yang besar karena ikan harus melakukansekuensing dan primer mikrosatelit bersifat spesifikspes ies (sukar dipertukarkan antarspesies). Bentuk pengulangan sekuen DNA sederhana yang berulang-ulang menjadikan marka mikrosatelit sering disebut simple sequence repeat (SSR), short tandem repeats (STRs) atau simple sequence length polymorphisms (SSLPs) yang sekarang menjadi salah satu marka paling banyak digunakan secara luas untuk pemetaan genetik, analisis keragaman genetik, dan studi evolusi. Marka ini muncul sebagai marka yang sangat variatif dan mudah diulang, menjadikan sangat ideal untuk pemetaan genom. Mikrosatelit kloroplas (cpSSRs) sama dengan mikrosatelit di dalam inti sel, tetapi ulangan hanya bisa 1 pasang basa (misal (T)n). Setiap spesies biasanya memiliki ciri khas dalam pengulangan sekuen sederhana ini. Repetitive DNA atau segmen DNA yang berulang adalah salah satu aspek dari genome yang tidak dapat diuji secara mendetail. Salah satu tipe dari repetitive DNA adalah Tandemly Repeated DNA (TR DNA) yang sangat umum terdapat pada genome eukariotik dan terdapat pula pada genome prokariotik dengan frekuensi yang lebih sedikit. TR DNA disebut juga satelit DNA karena pada saat dilakukan fraksinasi genome DNA dengan uji gradien kerapatan, fragmen- fragmen DNA yang banyak mengandung sekuen berulang secara berurut berada pada daerah pita satelit (daerah di luar pita utama). Minisatelit dan mikrosatelit adalah tipe lain dari TR DNA. Meskipun tidak tampak pada daerah pita satelit ketika dilakukan pengujian, namun minisateli dan mikrosatelit juga dimasukkan dalam DNA satelit. Kemungkinan yang menyebabkan tidak tampaknya minisatelit dan mikrosatelit pada pita satelit adalah jumlahrepeat DNA yang sedikit. Minisatelit mempunyai unit ulangan mencapai 25 pb sedangkan mikrosatelit berkisar 13 pb ke bawah. Oleh karena itu mikrosatelit disebut juga Short Tandem Repeat. Minisatelit mempunyai asosiasi yang penting pada struktur kromosom. Telomer DNA ikan mengandung minisatelit dengan motif 5-TTAGGG-3. Sedangkan contoh dari mikrosatelit ditemukan pada lokus reseptor sel-T ikan. Mikrosatelit mempunyai tingkat keragaman yang rendah. Oleh karena itu, banyak yang menganggap minisatelit dan mikrosatelit tidak fungsional (junk DNA). Namun, hasil sekuen

terbaru terhadap beberapa genome menunjukkan bahwa repeat-DNA tidak hanya terdapat pada daerah intron tapi ditemukan juga pada promoter dan daerah coding. Dari sini, timbul suatu analisis apabila repeat-DNA banyak pada daerah exons (>30%) memungkinkan terjadinya fenomene dimana variasi genetic antar organisme dapat dipengaruhi olehrepeat-DNA selain Single Nucleotide Polymorphism (NSP) yang selama ini diketahui. Hal ini juga didukuing oleh suatu bukti bahwa tidak ada satu organisme pun yang mempunyai kandungan mikrosatelit yang sama dengan organisme yang lain. DNA Satelit ditemukan dalam sentromer dan juga di tempat lain dalam kromosom eukaryot. Sebuah genom dapat berisi beberapa tipe DNA Satelit yabg berbeda-beda, setiap Satelit dengan sebuah perbedaan unit yang berulang-ulang, unit tersebut berkisar antara 5-200 bp. Tiga kelompok Satelit dalam DNA manusia meliputi 4 perbedaan dari tipe berulang. Salah satu tipe DNA Satelit yang ditemukan dalam ikan adalah alphoid DNA yang berulang, terdapat di bagian sentromer dalam kromosom Jenis-jenis genetik marker tersebut memiliki keunggulan dan kelemahan masing-masing. Namun, tetap memiliki satu tujuan yang sama. Yaitu menghasilkan komoditas ikan titang yang unggul untuk memenuhi kualitas ekspor. Genetik marker diterapkan untuk mengetahui induk unggul ikan titang. Sebab, dengan mengetahui induk unggul ikan titang, maka kita dapat menghasilkan benih-benih yang unggul pula. Benih unggul inilah yang akan dibudidayakan untuk memenuhi kualitas ekspor.