11/16/2016

Pautan Gen, Pindah Silang

dan Pemetaan Kromosom

Segregasi Gen
dan Kromosom
Ketika Meiosis

Analisis Percobaan
Mendel Monohibrid

Gen
bersegregasi
menurut
segregasi
kromosom

11/16/2016

Segregasi Gen
dan Kromosom
Ketika Meiosis

Analisis
Percobaan
Mendel Dihibrid
Gen berpadu
bebas juga
mengikuti
perpaduan
bebas
kromosom

Gen Terpaut/Berangkai (Linkage Gene)

Beberapa gen terletak pada kromosom yang sama
bersegregasi secara bersama-sama dan tidak
berpadu secara acak

AB/ab

11/16/2016

2 Macam Pautan:

- PAUTAN SEMPURNA
Gen-gen yang terpaut letaknya amat
berdekatan, maka selama meiosis gen-gen itu
tidak mengalami perubahan letak. Sehingga
gen-gen itu bersama-sama dalam gamet.
- PAUTAN TIDAK SEMPURNA
Gen-gen yang terpaut pada satu kromosom
letaknya tidak berdekatan satu sama lainnya,
sehingga gen-gen itu dapat mengalami
perubahan letak yang disebabkan karena ada
penukaran segmen dari kromatid-kromatid sepasang
kromosom homolog

Pindah Silang (Crossing Over)

Pindah
silang

Penukaran segmen dari kromatidkromatid bukan bersaudara (non sister

chromatide)dari sepasang kromosom
homolog
Terjadi pada saat meiosis/mitosis

11/16/2016

11/16/2016

11/16/2016

Chiasmata: penanda tempat rekombinasi

11/16/2016

Pindah silang menghasilkan rekombinasi: sumber variasi baru

Tetrad

11/16/2016

11/16/2016

Bukti Pindah Silang: Pindah Silang Tunggal (PST)/Single

Crossing Over (SCO)

Thomas Hunt
Morgan
mengawinkan
Drosophila mata
merah dan sayap
normal (pr+pr+
vg+vg+) dengan
mata ungu dan
sayap vestigal (prpr
vgvg)
Lalat F1 disilang uji
dengan tetua resesif
Observed deviation
from the 1:1:1:1
ratio

Cis (Coupling) = Penggabungan

11/16/2016

Coupling Cross Chi-Square Test

F1 Gamete

Observed

Expected

(O-E)2/E

pr+ vg+

1339

709.75

557.9

pr+ vg

151

709.75

439.9

pr vg+

154

709.75

435.2

pr vg

1195

709.75

331.8

Total

2839

2839

X2=1764.8

10

11/16/2016

Bukti bahwa gen itu terpaut

Morgan memberikan hipotesis bahwa alel-alel dari
dua gen yang terletak berdekatan tidak dapat
memisah secara bebas ke dalam gamet-gamet
Pengaturan tetua mungkin muncul bersama dalam
gamet
Morgan melakukan perkawinan antar Drosophila
kedua untuk membuktikan hipotesis
Ia menyilangkan Drosophila mata merah dan
sayap vestigal (pr+pr+ vgvg) dengan warna ungu
dan sayap normal (prpr vg+vg+)
Lalat F1 yang dihasilkan ini diuji silang

Parent :

pr+pr+ vgvg x prpr vg+vg+

(red eye, vestigal wing)

F1

(purple eye, normal wing)

pr+pr vgvg+ x testcross

11

11/16/2016

F1 Gamete Testcross Distribution Gamete Type

pr+ vg+

157

Recombinant

pr+ vg

965

Parental

pr vg+

1067

Parental

pr vg

146

Recombinant

Repulsion Cross Chi-Square Test

Observed

pr+ vg+

157

583.75

312.0

pr+ vg

965

583.75

249.0

pr vg+

1067

583.75

483.3

pr vg

146

583.75

328.3

2335

2335

Total

Expected

(O-E)2/E

F1 Gamete

X2=1372.6

12

11/16/2016

Terminologi dalam Analisis Pautan Gen

Coupling the F1 configuration where both dominant alleles
reside on the same chromosome; also called CIS
The Development Of The Coupling Chromosome

Repulsion - the F1 configuration where one dominant and

one recessive allele reside on the same chromosome; also
called TRANS
The Development Of The Repulsion Chromosome

13

11/16/2016

Menentukan Jarak Keterpautan

Frekuensi rekombinasi digunakan untuk
menentukan jarak keterpautan atau jarak
antar gen pada suatu kromosom.
Jarak antar gen menggunakan Satu unit
peta (map unit, mu) yang sama dengan
satu persen gamet rekombinan
Untuk menghormati Morgan, satu unit peta
juga disebut satu centimorgan (cM)
1 mu = 1% = 1 cM
Jumlah Rekombinan
Jarak antara dua gen:
x100%
Jumlah Total

Coupling Data
F1 Gamete

Testcross Distribution

Gamete Type

pr+ vg+

1339

Parental

pr+ vg

151

Recombinant

pr vg+

154

Recombinant

pr vg

1195

Parental

pr vg distance = ((151 +154)/2839)*100% = 10.7 m.u

= 10.7 cM

14

11/16/2016

Repulsion Data
F1 Gamete

Testcross Distribution

Gamete Type

pr+ vg+

157

Recombinant

pr+ vg

965

Parental

pr vg+

1067

Parental

pr vg

146

Recombinant

pr vg distance = ((157 + 146)/2335)*100% = 13.0 cM

Jarak Gen
Coupling

pr

vg

10.7 cM

Repulsion

pr

vg
13.0 cM

15

11/16/2016

Penentuan Jarak Keterpautan dan Urutan

Gen dari Three-Point Crosses

Analisis tiga gen untuk menentukan urutan gen serta jarak keterpautan
Test Cross F1 menyimpang dari rasio 1: 1: 1: 1: 1: 1: 1: 1
What are the expected gametes when three linked genes are
considered?

Analyzing Three-Point Test Cross Data

Genotype Observed
ABC
390
abc
374
AbC
27
aBc
30
ABc
5
abC
8
Abc
81
aBC
85
Total
1000

16

11/16/2016

What are the parental genotypes and

DCOs?
The genotypes most frequently found are the parental
genotypes
ABC and abc are the parental genotypes
ABC = 390
abc = 374

The genotypes few frequently found are the DCOs

genotypes.
ABc = 5
abC = 8

What is the gene order?

* Menentukan susunan gen dengan
memperhatikan Tipe Parental dan Tipe DCO
Urutan tipe Parental (ABC/abc)
dibandingkan dengan hasil DCO
pengamatan (ABc/abC)
Pada DCO, pindahkan alel bukan parental
(ABc/abC) ke tengah antara dua alel
parental (AcB/aCb)
Jadi gen C berada diantara gen A dan B
(Urutan gen = A C B)

17

11/16/2016

Analyzing Three-Point Test Cross Data

Genotype

ACB
acb
ACb
acB
AcB
aCb
Acb
aCB
Total

Observed

Type of Gamete

390

Parental

374

Parental

27

Single-crossover between genes C and B

30

Single-crossover between genes C and B

Double-crossover

Double-crossover

81

Single-crossover between genes A and C

85

Single-crossover between genes A and C

1000

What are the linkage distances?

Jarak keterpautan sama dengan jumlah SCO dan
semua DCO dibagi jumlah total gamet

Jarak =

18

11/16/2016

Genotype

ACB
acb
ACb
acB
AcB
aCb
Acb
aCB
Total

Observed
390
374
27
30

*Jarak A - C =
((81+85+5+8)/1000)*100 = 17.9 cM
*Jarak C - B =
((27+30+5+8)/1000)*100 = 7.0 cM

5
8
81
85

C
17,9 cM

B
7,0 cM

1000

Contoh lain :
Genotype
v cv+ ct+
v+ cv ct
v cv ct+
v+ cv+ ct
v cv ct
v+ cv+ ct+
v cv+ ct
v+ cv ct+

Observed
580
592
45
40
89
94
3
5

Total

1448

19

11/16/2016

Menentukan genotipe parental

Genotipe yang paling sering muncul:
v cv+ ct+ = 580 dan v+ cv ct = 592

Menentukan Urutan Gen

Rekombinan:
v cv+ ct = 3 dan v+ cv ct+ = 5
Gen ct merupakan pasangan yang berbeda dari
genotipe parental.
Jadi gen ct terletak di tengah.

20

11/16/2016

Genotype

Observed

v ct+ cv+

580

Parental

v+ ct cv

592

Parental

v ct+ cv

45

Single-crossover between genes ct and cv

v+ ct cv+

40

Single-crossover between genes ct and cv

v ct cv

89

Single-crossover between genes v and ct

v+ ct+ cv+

94

Single-crossover between genes v and ct

v ct cv+

Double-crossover

v+ ct+ cv

Double-crossover

Total

Type of Gamete

1448

Jarak Keterpautan
v-ct = ((89+94+3+5)/1448)*100 = 13.2 cM
ct-cv = ((45+40+3+5)/1448)*100 = 6.4 cM

21

11/16/2016

Interference
Interferensi interaksi antar pindah silang
Pindah silang pada segemen kromosom tertentu
mengurangi kemungkinan terjadinya pindah silang
pada segmen kromosom didekatnya.
Pindah silang di daerah I mengurangi terjadinya
pindah silang pada daerah II
Mengakibatkan frekuensi pindah silang ganda lebih
kecil dari yang diharapkan.

I=1 . .

Coefficient of coincidence (c.o.c.)

Koefisien koinsidensi adalah ukuran dari
kekuatan interferensi dan merupakan nisbah
antara frekuensi pindah silang ganda yang
diamati dan frekuensi pindah silang ganda
yang diharapkan
c. o. c =

Banyaknya DCO yang sesungguhnya

Banyaknya DCO yang diharapkan

22

11/16/2016

Apabila interferensi sempurna (1,0) maka

tidak ada pindah silang ganda yang dapat
diamati
Apabila semua pindah silang ganda yang
diharapkan dapat diamati maka
interferensinya nol (0)

Interpretasi Koinsidensi dan Interferensi

Nilai
Koinsidensi

Makna

Interferensi

Koninsidensi

Interferensi

Tidak terjadi hambatan

Kedua SCO bebas satu
SCO yang satu oleh SCO
sama lainnya
yang lain

>1

<0

SCO yang satu meningkatkan SCO yang

lain sehingga terjadi
peningkatan DCO

Terjadi hambatan negatif

atau terjadi dorongan
SCO yang satu oleh SCO
yang lain

<1

>0

SCO yang satu menekan SCO yang lain

sehingga kejadian
DCO menurun

Terjadi hambatan SCO

yang satu oleh SCO
lainnya

23

11/16/2016

Calculating Interference Values From The Example

v - ct = 0.132 recombination frequency

ct - cv = 0.064 recombination frequency

Expected double crossover frequency equal the product of the

two single crossover frequency
expected double crossover frequency = 0.132 x 0.064 = 0.0084
Total double crossovers = 1448 x 0.0084 = 12
Observed double crossovers = 8
c.o.c = 8/12 = 0.67 ------> 67%.
SCO antara v ct menekan SCO antara ct cv atau
sebaliknya, sehingga DCO menurun.
I for example = [1 -(8/12)] = 0.33 -----> 33%
Interferensi bernilai > 0, mengindikasikan interferensi positif.
SCO antara v ct menghambat SCO antara ct cv atau
sebaliknya, sehingga juga menghambat kejadian DCO.

Menggabungkan Beberapa Data Percobaan

Semakin besar n, semakin akurat dugaan

24

11/16/2016

Penggabungan Peta Jarak Genetik

Penggabungan dengan Peta Fisik

Pengamatan peta fisik kromosom vs peta genetik
Contoh pada Tomat

25

11/16/2016

Analisis Keterpautan dari Data F2

William Bateson dan Reginald C. Punnet
(1905-1908) pertama kali melaporkan
adanya penyimpangan data F2 terhadap
Hukum Perpaduan Bebas Mendel dan
menyimpulkan adanya keterpautan.
Keduanya melakukan analisis keterpautan
dengan menggunakan frekuensi
rekombinasi dari Data F2 pada tanaman
kapri yang merupakan zuriat F1 x F1
Sifat: warna bunga dan pollen

26

11/16/2016

Dengan Silang Uji:

Parental
PL/PL
(ungu, panjang)

F1

pl/pl
(merah, bulat)

PL/pl
(ungu, panjang)

ppll
(merah, bulat)

Progeny :

Tipe parental :

ungu, panjang (P_L_)

merah, bulat (ppll)

Tipe rekombinan : ungu, bulat (P_ll)

merah, panjang (ppL_)

284
55
21
21

Frekuensi rekombinan (Recombinant Frequency, FR):

RF =

100%

21 + 21
100% = 11.02%
284 + 55 + 21 + 21
Jarak gen:
P
L
11.02

27

11/16/2016

Rekombinasi dari F1 x F1
Data dari Bateson dan Punnett (F1 x F1 coupling)
F1

PL/pl
(ungu, panjang)

x
PL/pl
(ungu, panjang)

F2

: ungu, panjang (P_L_)

ungu, bulat (P_ll)
merah, panjang (ppL_)
merah, bulat (ppll)

:
:
:
:

(a1)
(a2)
(a3)
(a4)

Data dari Bateson dan Punnett (F1 x F1 repulsion)

F1

Pl/pL
(ungu, panjang)

x
Pl/pL
(ungu, panjang)

F2

: ungu, panjang (P_L_)

ungu, bulat (P_ll)
merah, panjang (ppL_)
merah, bulat (ppll)

:
:
:
:

(a1)
(a2)
(a3)
(a4)

28

11/16/2016

Rumus menghitung persentase rekombinasi apabila

F1 heterozigot:
Z=

Hasil kali tipe rekombinan

Hasil kali tipe tetua

Coupling Z =

* Repulsion Z =

Data dari Bateson dan Punnett (F1 x F1 coupling)

F1:
PL/pl
x
PL/pl
(ungu, panjang)
(ungu, panjang)
F2:

ungu, panjang
ungu, bulat
merah, panjang
merah, bulat

Coupling

Z=

(P_L_)
(P_ll)
(ppL_)
(ppll)

: 269 (a1)
: 19 (a2)
: 27 (a3)
: 85 (a4)

= 0.0238

Nilai Z = 0.0238

29