Pembentukan Malaysia di tentang oleh dua negara tetangga, yakni Indonesia dan
Filipina.Ketika konsep Malaysia diumumkan pada pertengahan tahun 1961, Indonesia masih
melakukan perjuangan untuk Irian Baratdari tangan Belanda. Karena itu Soekarno dan para
pemimpin Indonesia lainnya seakan-akan tidak keberatan dengan pembentukan Malaysia.
Seorang pakar berpendapat bahwa reaksi negatif pertama terhadap pembentukan Malaysia di
Indonesia justru datang dari partai PKI. Pendapat pakar didasarkan pada resolusi sidang pleno ke
3 Komite Setral PKI. Isi resolusi tersebut menuduh Malaysia sebgai produk dari "intrik kaum
kolonial" yang tidak dapat diterima oleh rakyatnya sendiri dan diciptakan oleh koonialisme
Inggris dalam rangka mempertahankan kepentingan mereka di wilayah itu. Namun setelah
konflik Irian terselesaikan, dan kemenangan diperoleh Indonesia (September 1961), para
pemimpin nonkomunis yang mulai menyatakan penolakan terhadap rencana pembentukan
Malaysia.
Banyak sekali interpretasi atas latar belakang kampaye gayang malaysia yang
diluncurkan Indonesia. Para pemimpin Malaysia biasanya mengacu kepada irihatian Indonesia
atas sukses negara itu dalam pembangunan ekonominya. Mereka juga menggap konfrontaso
sebagai akibat keberhasilan kaum komunis Indonesia dan RRC dalam menarik Soekarno. Jadi
Cinq berada dibelakang konfrontasi indonesia. Bernad K. Gordon memandangnya sebagai bukti
atas ideologo ekspansionis Indonesia.
Hidley, mengajukan kemungkinan beberapa tentang motif dari tindakan Indonesia untuk
melancarkan konfrontasi. Para pemimpin Indonesia dibawah Soekatno menyimpan beberapa
kekecewaan terhadap Malaysia. Mereka yakin bahwa pemberontakan Dahrul Islam yang
mengancam eksitrnsi Indonesi pada tahun 1948-1962 sebenarnya diduung dan dibiyai oleh Barat
melalui Malaya. Wilayah Malaya digunakan pula untk membantu pemberontakan separatis pada
tahu 1950an, dan para pemimpin pemberontakan tersebut diberi perlindungan oleh Malaya.
Soekarno dan para pendukunya juga yakin bahwa Malaysia yang masih bera dibawah
penguasaan Inggris akan tetap menjadi basis bagi aktifitas subversif terhadap Indonesia.
Kecuriagan itu ditambah dengan bahwa para pemimpin Malaya dan inggris tidak berkonsultasi
terlebih dahulu dengan Jakarta ketika mereka merencanakan pembentukan Malaysia. Cita-cita
Soekarno menjadikan Indonesia sebagai negara paling dominan di kawasan itu juga menjadi
salah satu faktor pendukungnya. Faktor lain yaitu kepribadian yang saling berlawanan antar
Soekarno dan Tunku Abdul Rahman serta ketidak senangan Soekarno atas sikap Tunku yang
dianggap terlalu pro Barat.
Sejak tahun 1957-1962 hubungan Indonesia dengan Malay sudah mencapai tahap
hubungan bertetangga yang tidak baik. Alasannya adalah:
2. Kuala Lumpur juga memandang Soekarno sebagai tokoh politik yang berbahaya karena sangat
bersimpati kepada PKI ketika Malaya sedang menghadapi pemberontakan bersenjata kaum
komunis.
3. Malaya mengambil posisi abstain dalam pemungutan suara di PBB dalam masalah Irin Barat.
4. Pandangan yang sangat kontars antara Tunku dan Soekarno mengenai komunisme dan
sosialisme.
Menurut Hauswedell, menjrlang tahun 1963 ad dua konflik regional yang dianggap
mengganggu perdamaian dan stabilitas di Asia Tenggra. Yaitu Vietnam dan Malaysia.sitiasi
poitik di Vietnam tengah berkembang ke arah suatu konflik bersenjata besar-besaran yang
kemungkinan melibatkan secara langsung salah satu dari negara adidaya.
Seteal Soekarno mengumumkan kampanye gayang Malayia pada akhir tahun 1963,
dukunganCina makin vokal. Peetalian Cina-Indonesia disebut oleh seorang pakar sebagai usaha
untuk melancarkan strategi kekuatan ketiga gua medopra isolasi Internasional tersebut.