LAPORAN PRAKTIKUM BIOLOGI UMUM 2

Ekstrasi DNA

Di susun oleh :

1. Danik Triyas Handayani 14312241008

2. Thifli Habibi Nur Salim Nava 14312241015
3. Nurhidayati 14312241023
4. Dayu Firdania 14312241031

JURUSAN PENDIDIKAN ILMU PENGETAHUAN ALAM

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS NEGERI YOGYAKARTA
2015
A. Tujuan

1. Dapat Mengetahui proses isolasi DNA dari sel-sel buah

2. Dapat memahami gambaran umum DNA hasil isolasi sebagai unit hereditas

B. Latar Belakang

C Dasar Teori

Deoxyribonucleic acid (DNA) merupakan persenyawaan kimia yang paling

penting pada makhluk hidup yang membawa keterangan genetik dari sel khusunya
atau dari makhluk dalam keseluruhannya dari satu generasi ke generasi
selanjutnya.Molekul DNA terdapat pada nukleus, mitokondria, plastida dan
sentriol(Suryo, 2012:59).
Keseluruhan DNA dalam suatu sel akan membentuk genom. Genom
meliputi bagian gen yang fungsional maupun non-fungsional dalam sel organisme
(Campbell, 2002:211). Menurut Jusuf (2001:7), DNA prokariot dan eukariot
mempunyai perbedaan bentuk. Organisme prokariot memiliki DNA berbentuk
sirkular, sedang organisme eukariuot mempunyai DNA berbentuk linear.
Struktur DNA pertama kali dijelaskan oleh James Watson dan Francis
Crick.Watson dan Crick menyimpulkan bahwa struktur DNA merupakan rantai
ganda (double helix). Terdiri dari gugus fosfat, basa nitrogen, gula ribosa, dan
adanya ikatan hidrogen yang menghubungkan kedua basa nitrogen(Sadaya,
2004:218-220).

Komponen gula pada DNA adalah gula

deoksiribosa, yaitu gula ribosa yang kehilangan satu
atom oksigen.Ada dua macam basa nitrogen yaitu
purin dan pirimidine. Menurut Sadaya (2004:220),
DNA memiliki fungsi yang amat penting bagi
Gambar 1. Struktur DNA
makhluk hidup yaitu
Sumber :pixshark.com
1. Tempat menyimpan dan menyalurkan informasi genetik suatu makhluk hidup.
 2. Fungsi heterokatalis yaitu fungsi untuk melaksanakan pengaturan pembuatan
molekul-molekul lain yang penting dalam tubuh dan fungsi autokatalis, yaitu
fungsi DNA untuk mereplikasi dirinya sendiri.

DNA eukariot tidak hanya dijumpai pada nukleus, tetapi dapat ditemukan
pada mitokondria dan kloroplas.DNA yang diisolasi dari kloroplas menunjukkan
sifat berbentuk sirkular, terdiri dari untai ganda, replikasi semikonservatif, dan
bebas dari protein histon (Raven, 2002:94).DNA juga dijumpai pada organisme
prokariotik.DNA prokariotik mempunyai DNA ekstranuklear yang dinamakan
plasmid.Plasmid merupakan DNA yang tidak terlalu esensial bagi fungsi kehidupan
bakteri, tetapi penting dalam pengaturan siklus hidup dan pertumbuhan lokasi
hidupnya.
Kebanyakan plasmid adalah sirkular dan tersusun dari beberapa ribu
pasangan basa.Plasmid mempunyai titik ori (origin of replication) sehingga mampu
mereplikasi diri tanpa pengaturan dari DNA kromosom.Replikasi dimulai dari titik
ori hingga semua plasmid tereplikasi.

1. Isolasi DNA
Untuk mendapatkan DNA murni dari suatu sel dalam jaringan tubuh
makhluk hidup dapat dilakukan suatu tekhnik yang disebut isolasi DNA.DNA
pada makhluk hidup dapat diisolasikan secara sederhana.Pengisolasian DNA
secara sederhana dapat dilakukan dengan memecahkan dinding sel, membran
plasma dan membran inti, baik secara mekanik maupun secara kimiawi.Isolasi
DNA merupakan suatu teknik yang digunakan untuk memperoleh DNA murni
yaitu tanpa protein dan RNA dari suatu sel dalam jaringan (Klug, 2008:58).
Isolasi DNA merupakan langkah yang tepat untuk mempelajari
DNA.Prinsipnya ada dua yaitu sentrifungsi dan presipitasi.Sentrifungsi
merupakan teknik untuk memisahkan campuran berdasarkan berat molekulnya.
Molekul yang mempunyai berat molekul besar akan berada di bagian bawah
tabung dan molekul ringan akan berada pada bagian atas.
 Hasil sentrifungsi akan menunjukkan dua macam fraksi yang terpisah yaitu
supernatan pada bagian atas dan pelet pada bagian bawah (Campbell, 2002:115).
Presipitasi merupakan langkah yang dilakukan untuk mengendapkan suatu
komponen dari campuran (Albert, 1994:254).
Proses isolasi DNA diawali dengan proses ekstraksi DNA. Hal ini bertujuan
untuk memisahkan DNA dengan partikel lain yang tidak diinginkan. Proses ini
harus dilakukan dengan hati-hati sehingga tidak menyebabkan kerusakan DNA.
Untuk mengeluarkan DNA dari sel, dapat dilakukan dengan memecahkan
dinding sel, membran plasma, dan membran inti dengan cara mekanik maupun
kimiawi.
a. Mekanik
Dilakukan dengan pemblenderan atau penggerusan menggunakan mortar
dan pistil.
b. Kimiawi
Dilakukan dengan pemberian detergen.Penambahan sabun dan garam
adalah unuk melisiskan membran inti untuk mengeluarkan DNA.
Menurut Jamilah (2005:38) saat penghancuran, terjadi pelepasan senyawa
polifenol dan polisakarida. Plolivenol yang teroksidasi akan terikat kovalen
dengan DNA, sedang polisakarida mengalami koprespitasi dengan asam nukleat
dengan penambahan alkohol, terbentuk matriks seperti lem. Hal ini menyebabkan
DNA kental.
Presipitor DNA terlihat seperti serabut putih yang terkumpul di atas larutan
karena massa jenis air. Menurut Jamilah (2005) DNA dapat mengalami
denaturasi dan renaturasi. Tahapan isolasi DNA yaitu : preparasi ekstrak sel,
pemurnian DNA , dan presipitasi DNA. Jika isolasi DNA dilakukan dengan
sampel buah yang kadar airnya berbeda, hasilnya berbea pula. Buah berkadar air
tinggi menghasilkan anisolat berbeda dengan kadar air rendah. Makin tinggi air,
maka sel yang terlarut makin sedikit, sehingga DNA yang terpresipitasi sedikit.
 Cara pemekatan yang sering dilakukan adalah presipitasi ethanol. Dan
dengan adanya garam (kation kovalen seperti Na+) dan pada suhu di bawah 20º C
atau kurang, ethanol absolut akan mempresipitasi asam nukleat polimerik dengan
baik. Pemekatan ini dilakukan dengan penambahan ethanol pada lapisan atas
sampel sehingga terjadi presipitasi DNA pada pembatasan kedua larutan. Dalam
proses ini, Na+akan membentuk ikatan dengan kutub negatif ion fosfor DNA.
Kutub tersebut bila menyebabkan bisa menyebabkan molekul-molekul saling
tolak menolak satu sama lain sehingga pada saat ion Na+ membentuk ikatan
dengan kation kutub negatif fosfat DNA, DNA akan berkumpul (Jamilah, 2005).
Selain itu, garam berperan penting untuk menghilangkan protein dan karbohidrat
karena garam dapat menyebabkan keduanya terpresipitasi, dan bersama dengan
detergen, keduanya berfungsi sebagai lysing buffer.
Penambahan detergen menyebabkan rusaknya membran sel melalui ikatan
yang dibentuk melalui sisi hidrofobik detergen dengan protein dan lemak pada
membran membentuk senyawa “lipi protein-detergen kompleks”.Senyawa
tersebut dapat terbentuk karena protein dan lipid memiliki ujung hidrofilik dan
hidrofobik, demikian juga dengan detergen sehingga dapat membentuk ikatan
kimia.
D. Alat dan Bahan

a. Alat

1. Pisau 6. Beker Glass

2. Alas untuk memotong 7. Objek Glass

3. Plastik 8. Mikroskop

4. Gelas Beker 9. Gunting

5. Pengaduk 10. Tusuk gigi

b. Bahan

1. Pisang

2. Deterjen cair

3. Aquades

4. Garam

5. Ethanol dingin

E. Cara Kerja

Mengupas 1 buah pisang ambon yang telah tersedia

Mengambil separuh pisang ambon, memasukkannya ke dalam plastik

Menekan-nekan dan melumatkan pisang dalam plastic dengan tangan

Menggunting ujung plastik setelah pisang lumat kemudian memasukkan lumatan pisang
ke dalam beker glass

Menambahkan sedikit air, kemudian menambahkan sedikit deterjen dan mengaduknya

sampai larut

Menambahkan etanol dingin dengan mengalirkannya pada dinding beker glass secara hati-
hati, setelah itu mengamati apa yang terjadi
E. Pembahasan

F. Kesimpulan

G. Daftar Pustaka

H. Jawaban Diskusi