BAB IITINJAUAN PUSTAKA

Biokimia adalah ilmu yang mengenal dasar molekuler kehidupan. Di seluruh

dunia biokimia dianggap sangat menggairahkan kerena berbagai alasan; pertama, mekanismekim
ia banyak sentral pada kehidupan kini mulai dipahami. Kedua, pola dan prinsif-prnsipmolekular
yang umum mendasri penampilan. Ketiga, biokimia sangat mendasari ilmukedokteran. Keempat,
perkembangan yang cepat (Stryer, 1995).
Pengamatan aktivitas biokimia atau metabolisme mikroorganisme yang diketahuidari
kemampuan mikroorganisme untuk menggunakan dan menguraikan molekul yangkompleks
seperti karbohidrat, lemak, protein dan asam nukleat. Selain itu dilakukan pula pengamatan
pada molekul-molekul sederhana seperti asam amino dan monosakarida. Danhasil dari berbagai
uji ini digunakan untuk perincian dan identifikasi mikroorganisme.Penggunaan zat hara
tergantung dari aktivitas metabolisme mikroba.Metabolisme seringkali menghasilkan hasil
sampingan yang dapat digunakan untukidentifikasi mikroorganisme. Pengamatan aktivitas
metabolisme diketahui dari kemampuanmikroorganisme untuk menggunakan dan menguraikan
molekul yang kompleks seperti zat pati, lemak, protein dan asam nukleat. Selain itu pengamatan
juga dilakukan pada molekulyang sederhana seperti amino dan monosakarida (Dwidjoseputro,
1980).
Uji biokimia bakteri merupakan suatu cara atau perlakuan yang dilakukan
untukmengidentifikasi dan mendeterminasi suatu biakan murni bakteri hasil isolasi melalui sifat-
sifat fisiologinya. Proses biokimia erat kaitannya dengan metabolisme sel, yakni selamareaksi
kimiawi yang dilakukan oleh sel yang menghasilkan energi maupun yangmenggunakan energi
untuk sintesis komponen-komponen sel dan untuk kegiatan selular,seperti pergerakan. Ciri
fisiologi ataupun biokimia merupakan kriteria yang amat pentingdi dalam identifikasi spesimen
bakteri yang tidak dikenal karena secara morfologis biakanataupun sel bakteri yang berbeda
dapat tampak serupa, tanpa hasil pegamatan fisiologisyang memadai mengenai kandungan
organik yang diperiksa maka penentuan spesiesnyatidak mungkin dilakukan. Karakterisasi dan
klasifikasi sebagian mikroorganisme
seperti bakteri berdasarkan pada reaksi enzimatik maupun biokimia. Mikroorganisme dapat
tumbuh pada beberapa tipe media yang memproduksi tipe metabolit yang dapat dideteksi dengan
reaksi antara mikroorganisme dengan reagen test yang dapat menghasilkan perubahan warna
reagen (Cowan, 2004).Berikut beberapa uji Biokimia yang digunakan untuk identifikasi bakteri
antaralain:
1.Indol
Media ini biasanya digunakan dalam indetifikasi yang cepat. Hasil uji indolyang
diperoleh negatif karena tidak terbentuk lapisan (cincin) berwarna merahmuda pada permukaan
biakan, artinya bakteri ini tidak membentuk indol daritryptopan sebagai sumber karbon, yang
dapat diketahui dengan menambahkanlarutan kovaks. Asam amino triptofan merupakan
komponen asam amino yanglazim terdapat pada protein, sehingga asam amino ini dengan mudah
dapatdigunakan oleh mikroorganisme akibat penguraian protein.
2. MR-VP

Uji MR Uji MR dengan hasil positif, terjadi perubahan warna menjadi merah
setelahditambahkan methyl red. Artinya, bakteri ini mengahasilkan asam campuran(metilen
glikon) dari proses fermentasi glukosa yang terkandung dalam mediumMR-VP. Terbentuknya
asam campuran pada media akan menurunkan pH sampai5,0 atau kurang, oleh karena itu bila
indikator metil ditambahkan pada biakantersebut dengan pH serendah itu maka indikator tersebut
menjadi merah. Hal inimenandakan bahwa bakteri ini peragi asam campuran.
Uji VP Media yang dipakai adalah pepton glukosa phosphat. Uji ini digunakanuntuk
mengetahui pembentukan asetil metil karbinol (asetoin) dari hasilfermentasi glukosa. Interpretasi
hasil : negatif (-) : tidak terjadi perubahan warnamedia menjadi merah setelah ditambahkan a
naphtol 5% dan KOH 40%. Positif(+) terjadi perubahan warna media menjadi merah setelah
ditambahkan a naphtol5% dan KOH 40%, artinya hasil akhir fermentasi bakteri adalah
asetilmetil karbinol (asetoin) (Colome, 2001).

3.Uji katalaseMerupakan suatu pengujian terhadap bakteri tertentu untuk mengetahuiapakah

bakteri tersebut merupakan bakteri aerob, anaerob fakultatif, atau anaerobobligat. Bakteri yang
memerlukan oksigen manghasilkan hidrogen peroksida(H2O2) yang sebenarnya beracun bagi
bakteri sendiri. Namun mereka dapat tetaphidup dengan adanya antimetabolit tersebut karena
mereka menghasilkan enzimkatalase yang dapat mengubah hidrogen peroksida menjadi air dan
oksigen (Volkdan Wheeler, 1993).
4. Uji sitrat
Pada Uji sitrat Media yang dipakai adalah Simons citrat. Tujuan dari uji iniadalah untuk
mengetahui apakah kuman menggunakan sitrat sebagai sumberkarbon. Pada media Simons citrat
berisi indikator BTB (Brom Tymol Blue).Apabila bakteri menggunakan sitrat sebagai sumber
karbon maka media berubahmenjadi basa dan berubah warna menjadi biru. Interpretasi hasil :
negatif (-) : tidakterjadinya perubahan warna media dari hijau menjadi biru. Artinya bakteri ini
tidakmempunyai enzim sitrat permease yaitu enzim spesifik yang membawa sitrat kedalam sel.
Sehingga kuman tidak menggunakan citra sebagai salah satu/satu-satunya sumber karbon. Positif
(+) : terjadinya perubahan warna media dari hijaumenjadi biru, artinya kuman menggunakan
citrat sebagai salah satu/satu-satunyasumber karbon (Ratna, 2012).

5. Uji Gelatin
Hidrolisis Gelatin terdapat Enzim-enzim yang menguraikan
golongan potein disebut protenase/protease. Contoh pada hidrolisis gelatin dimana proteindiperol
eh dari hidrolisis kalogen, yaitu zat pada jaringan penghubung dan tendondari hewan. Gelatin
akan terurai oleh mikrobia yang mensintesis enzim proteolisis.Larutan gelatin bersifat cair pada
suhu ruang atau suhu kamar dan padat
apabila berada di dalam refrigerator. Dan apabila gelatin sudah dihidrolisis oleh mikroba,maka
akan tetap bersifat cair (Hadioetomo, 1993).

6.Uji Urenase
Tujuan dari uji ini adalah untuk mengetahui apakah kuman mempunyaienzim urease yang dapat
menguraikan urea membentuk amoniak. Media urea berisiindikator phenol red. Interpretasi hasil
: negatif (-) : tidak terjadi perubahan warnamedia menjadi pink/merah jambu, artinya kuman
tidak memecah urea membentukamoniak. Positif (+) : tidak terjadi perubahan warna media
menjadi pink/merah jambu, artinya kuman memecah urea membentuk amoniak (Lim,
2006).Enzim merupakan katalis yang lebih efisien daripada kebanyakan katalislaboratorium atau
industri. Enzim juga memungkinkan suatu selektivitas pereaksi-pereaksidan suatu pengendalian
laju reaksi yang tidak dimungkinkan oleh katalis lain. Kespesifikanenzim disebabkan oleh
bentuknya yang unik dan oleh gugus-gugus polar (atau nonpolar)yang terdapat dalam struktur
enzim tersebut. Beberapa enzim bekerja bersama suatukofaktor nonprotein, yang dapat berupa
senyawa organik maupun anorganik (Lehninger,1995).Bakteri memiliki berbagai aktivitas
biokimia (pertumbuhan dan perbanyakan)dengan menggunakan raw material (nutrisi) yang
diperoleh dari lingkungan sekitarnya.Transformasi biokimia dapat timbul di dalam dan di luar
dari bakteri yang diatur olehkatalis biologis yang dikenal sebagai enzim. Setiap bakteri memiliki
kemampuan dalammenggunakan enzim yang dimilikinya untuk degradasi karbohidrat, lemak,
protein, danasam amino. Metabolisme atau penggunaan dari molekul organik ini
biasanyamenghasilkan produk yang dapat digunakan untuk identifikasi dan karakterisasi
bakteri(Pelczar, 2006.).
Uji Sitrat digunakan untuk melihat kemampuan mikroorganisme menggunakansitrat sebagai
satu-satunya sumber karbon dan energi. Untuk uji ini dapat digunakanmedium sitrat-koser
berupa medium cair atau medium sitrat-Simmon berupa medium padat.
Simmon’s citrate agar merupakan medium sintetik dengan Na sitrat sebagai satu-satunya sumber
karbon, NH4+ sebagai sumber N dan brom thymol blue sebagai
indikator pH, sedangkan medium sitratkoser tida mengandung indikator. Bila mikroorganismema
mpu menggunakan sitrat, maka asam akan dihilangkan dari medium biakan,
sehinggamenyebabkan peningkatan pH dan mengubah warna medium dari hijau menjadi
biru.Perubahan warna menunjukkan bahwa mikroorganisme mampu menggunakan sitratsebagai
satu-satunya sumber karbon. Sedangkan pada medium sitrat-oser kemampuanmenggunakan
sitrat ditunjukkan oleh kekeruhan yang menandakan adanya pertumbuhan(Lay dan Hastowo,
1994).
Beberapa mikroorganisme mampu menghasilkan enzim urease yang menguraikanurea menjadi
ammonium dan CO2. Aktivitas enzim urease ini dpaat diamati denganmenumbuhkan
mikroorganisme dalam media biakan yang mengandung urea dan indikator pH (biasanya phenol
red). Bila urea dihidrolisiskan, NH4+ terakumulasi dalam media biaandan menyebabkan pH
media menjadi basa. Perubahan warna dari merah-jingga menjadimerah-ungu merupakan
petunjuk terjadinya hidrolisis urea. Urea bersifat labil, sehinggamedia urea tidak dapat
disterilisasikan dengan autoklaf. Sterilisasi dilakukan denganfiltrasi (Lay dan Hastowo, 1994).
BAB IIIMETODOLOGI PERCOBAAN3.1 Waktu dan Tempat
Praktikum uji biokimia(identifikasi mikrob) dilaksanakan pada hari Selasa, 20Maret 2018 pukul
13:00- selesai WIB, di Laboratorium Mikrobiologi Jurusan BiologiFakultas Matematika dan
Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Bengkulu.
3.2 Alat dan Bahan
Adapun Alat yang digunakan pada praktikum uji biokimia(identifikasi mikrob) iniyaitu cawan
petri, tabung reaksi, inkubator, jarum ose dan gelas objek.Adapun bahan yang digunakan yaitu
iodin, media simon sitrat, sukrosa, glukosa,laktosa, media SIM dan H2O.
3.3 Cara Kerja1.

Uji Hidrolisis Pati

Pertama media pati steril dicairkan, kemudiang dituang kedalam petri dandibiarkan memadat dan
petri dibagi menjadi 2 kuadran. Selanjutnya suspensi biakan dalam tabung reaksi diambil dengan
ose, biakan I pada kuadran I,
biakan II pada kuadran II digoreskan. Kemudian diinkubasi selama 24-48 jam dengan suhu37O
C. Selanjutnya iodin diteteskan ke atas permukaan koloni. Uji positif terdapatdaera/zona bening
disekeliling koloni.
2. Uji Sitrat
Pertama 3 tabung media miring simon sitrat disiapkan, tabung I diinokulasidengan E. Coli,
tabung II diinokulasi dengan Enterobacter cloacea, tabung IIIsebagai control. Selanjutnya
diinkubasi selama48 jam dengan suhu 37O
C.Kemudian perubahan warna pada media diamati, uji positif ditandai dengan perubahan warna
media dari hijau menjadi biru. Hasil pengamatan dilaporkan.
3.Uji Karbohidrat
Pertam media sukrosa (I), glukosa (II), dan laktosa (III) disiapakan. Itabung reaksi
disiapkan sebagai kontrol, pada masing-masing tabung diberi tabungdurham. Selanjutnya bakteri
yang ditentukan ke dalam tabung I, II, dan IIIdiinokulasi. Selanjutnya diinkubasi selama 48 jam
dengan suhu
37OC.Kemudian perubahan warna diamati, adanya gelembung pada tabung durham sebagai uji p
ositif.
4. Uji Motilitas
Pertama media SIM dalam tabung reaksi disiapakan. Selanjutnya bakteridiinokulasi dengan ose
pada media dengan cara ditusukkan hingga setengan
media pada tabung reaksi. Selanjutnya diinkubasi selama 24-25 jam pada suhu 37 OC.Terakhir
jejak pergerakan bakteri diamati.
5. Uji Katalase
Pertma gelas objek yang bersih disiapakan. Selanjutnya 1 lup ose bikaan
bakteri pada permukaan gelas objek diinokulasi. Kemudian 2-3 tete H2O
ditambahakan pada permukaan olesan. Terakhir uji positif apabila terlihat pembentukangelembu
ng ( gelembung terbentuk dari hasil penguraian H2O2.

BAB IVHASIL DAN PEMBAHASAN4.1 Hasil

Dari percobaan yang telah dilakukan, didapatkan hasil data biakan murni sebagai berikut:Tabel
1. Hasil Pengamatan uji katalase No SpesiesHasil Keterangan1 2 1 21
Staphylococcus aereus
+ + Ada gelembung gas Ada gelembung gas2
Staphylococcus aereus
+ + Ada gelembung gas Ada gelembung gas3
Staphylococcus aereus
+ + Ada gelembung gas Ada gelembung gas4
Salmonella thypii
+ + Ada gelembung gas Ada gelembung gas5
Salmonella thypii
+ + Ada gelembung gas Ada gelembung gas6
Salmonella thypii
+ + Ada gelembung gas Ada gelembung gas7
Escherichia coli
+ + Ada gelembung gas Ada gelembung gas8
Escherichia coli
+ + Ada gelembung gas Ada gelembung gas9
Escherichia coli
+ + Ada gelembung gas Ada gelembung gasGambar : Hasil Uji Katalase dengan menggunakan
isolat
Salmonella thypii.
Sebelum ditambahkan isolat Sesudah ditambahkan isolat
Tabel 2. Hasil Pengamatan Uji Sukrosa No SpesiesHasil Keterangan1 2 1 21
Staphylococcus aereus
+ + Kuning Kuning2
Staphylococcus aereus
- -3
Staphylococcus aereus
+ - Kuning4
Salmonella thypii
+ + Kuning Kuning5
Salmonella thypii
+ + Kuning Kuning6
Salmonella thypii
+ + Kuning Kunig7
Escherichia coli
+ + Kuning Kuning8
Escherichia coli
+ + Kuning Kuning9
Escherichia coli
+ - Kuning Merah mudaGambar : Hasil Uji Sukrosa dengan menggunakan isolat
Salmonella thypii.
Sebelum ditambahkan isolat Sesudah ditambahkan isolatTabel 3. Hasil Pengamatan Uji
Glukosa No SpesiesHasil Keterangan1 2 1 21
Staphylococcus aereus
+ + Kuning2
Staphylococcus aereus
+ - Kuning
Pembahasan
Bakteri yang kami uji adalah bakteri S.aureus didapat hasil negatif pada ujimaltosa, sukrosa,
glukosa, dan laktosa, sedangkan pada kelompok 1 dan 3 yang jugamenggunakan bakteri S.
aureusmendapatkan hasil yang positif, hal ini dapat terjadidikarenakan terjadinya kesalahan pada
saat melakukan percobaan atau mungkin terjadinyakontaminasi sehingga hasil yang didapatkan
negatif.Pada bakteriStaphyllococcus aureusdidapat media glukosa, maltosa, laktosadan sukrosa
terjadi pembentukan asam yang ditandai dengan perubahan warna media darimerahmenjadkiuningdantidakadanyagelembung
padatabungdurhamyangmenunjukkantidakadanya pembentukan gas. Sedangkan pada media MR mendapatkan hasil positif dan negatifPada
bakteri yang menggunakan perbenihan gula-gula didapat pada media glukosa
terjadi pembentukan asam yang ditandai dengan perubahan warna dari merah menjadi kuning pa
da media glukosa, artinya bakteri ini membentuk asam dari fermentasi glukosa. Padamedia
glukosa juga terbentuk gelembung pada tabung durham yang diletakkan terbalikdidalam tabung
media artinya hasil fermentasi berbentuk gas. Sedangkan pada mediumsukrosa, laktosa, maltosa
dan manitol didapat tidak adanya pembentukan gas yang ditandaidengan tidak berubahnya warna
pada medium dan juga tidak terjadi pembentukan gas yangditandai dengan tidak adanya
gelembung pada tabung durham (Fardiaz, 2002).dengan ditandai ada dan tidaknya perubahan
warna pada media. Pada uji ureadidapatkan hasil positif karena terjadinya perubahan warna
menjadi merah muda. Pada ujisitrat mendapatkan hasil yang negatif karena tidak terjadinya
perubahan warna pada media.Pada uji katalase didapatkan hasil yang positif ditandai dengan
terbentuknya gelembung pada media.Pada bakteri
Salmonella typhii, pada media MR didapatkan hasil negatifdikarenakan tidak adanya perubahan
warna pada media. Pada media glukosa, maltosa,laktosa dan sukrosa terjadi pembentukan asam
yang ditandai dengan perubahan warnamediadarimerahmenjadikuningdantidakadanyagelembungpadatabungdurhamyangmenunjukkantidakadanya
pembentukangas.BedahalnyadenganbakteriS.aureus pada media sitrat yang mendapatkan hasil negatif
sedangkan pada bakteri S. typhii mendapatkanhasil yang positif dikarenakan terjadinya
perubahan warna pada media. Pada uji ureadidapatkan hasil positif karena terjadinya perubahan
warna menjadi merah muda. Pada ujikatalase didapatkan hasil yang positif ditandai dengan
terbentuknya gelembung padamedia.Pada bakteri Escherichia coli, pada media MR didapatkan
hasil negatif dikarenakantidak adanya perubahan warna pada media. Pada media glukosa,
maltosa, laktosadan sukrosa terjadi pembentukan asam yang ditandai dengan perubahan warna
media darimerahmenjadikuningdantidakadanyagelembungpadatabungdurhamyangmenunjukkantidakadanya pembentukan gas. Pada uji sitrat untuk kelompok 7 dan 8
mendapatkan hasil yang positif dikarenakan
terjadinya perubahan warna pada media, sedangkan pada kelompok 9mendapatkan hasil yang
negatif, hal ini dapat terjadi dikarenakan ada kesalahan pada saatmelakukan percobaan atau
mungkin terjadinya kontaminasi. Pada uji katalase didapatkanhasil yang positif ditandai dengan
terbentuknya gelembung pada media. Pada uji ureadidapatkan hasil positif karena terjadinya
perubahan warna menjadi merah muda.

BAB VKESIMPULAN DAN SARAN5.1 Kesimpulan

Dari hasil praktikum yang telah dilakukan dapat disimpulkan bahwa untukidentifikasi bakteri
dapat dilakukan dengan uji biokimia yaitu uji methyl red, sitrat, urea,katalase, dan fermentasi
karbohidrat. Dimana uji methyl red negatif. Dari hasil uji sitratdiperoleh hasil negatif terjadi
pada bakteri
Enterobacter

aureus
dan
Escherichia coli
.Sedangkan pada bakteri
Salmonella thypi
terjadi perubahan warna hijau menjadi biru. Ujiurea hasilnya positif. Pada Uji Fermentasi
Karbohidrat uji glukosa, sukrosa, dan maltosahasilnya positif, sedangkan laktosa negatif. Uji
katalase hasilnya positif.
5.2 Saran
Sebaiknya untuk praktikum selanjutnya dilakukan dengan menggunakan bakteri patogen lain,
dan dilakukan dengan lebih aseptis agar tidak terjadi kontaminasi.