MAKALAH BAKTERIOLOGI III

ISOLASI DAN IDENTIFIKASI MIKROORGANISME CAMPURAN

(API 20E DAN VITEX 2 COMPACT)

Makalah ini diajukan untuk memenuhi salah satu nilai mata kuliah Bakteriologi III di semester
genap

Dosen pengampu:
Iis Kurniati, S.Pd., M.Kes
Asep Dermawan, SKM, M.Kes
Hafizah Ilmi Sulfa, S.Pd., M.Si
Deni Rudiansyah, S.ST

Disusun oleh:
Amanda Putri P17334119401
Farah Salvia Maharani P17334119411
Kamila Hurummaqshurot P17334119421
Lilis Yunarni P17334119423

POLITEKNIK KESEHATAN KEMENKES BANDUNG

TEKNOLOGI LABORATORIUM MEDIS 
Jalan Babakan Loa No.10 A, 
Pasir Kaliki, Kec. Cimahi Utara, Kota Cimahi, 40154 
Telp : (022) 6628141 Fax : (022) 662814 
TAHUN PELAJARAN 2021

i
 KATA PENGANTAR

Dengan menyebut nama Allah Yang Maha Pengasih dan Penyayang kami panjatkan puji
dan syukur kepada Allah SWT yang telah memberikan nikmat dan rahmat-Nya sehingga kami
dapat menyelesaikan makalah ini dengan baik dan tepat waktu. Tanpa pertolongan-Nya tentunya
penulis tidak akan sanggup untuk menyelesaikan makalah ini dengan baik dan tepat waktu.
Shalawat serta salam semoga senantiasa tercurah limpahkan kepada jungjunan kita yaitu Nabi
Muhammad SAW, keluarganya, para sahabatnya, dan kita sebagai umatnya hingga akhir zaman.

Kami mengucapkan syukur kepada Allah SWT atas limpahan nikmat sehat-Nya, baik
berupa sehat secara fisik maupun akal pikiran, sehingga kami mampu untuk menyelesaikan
pembuatan makalah ini sebagai salah satu tugas mata kuliah Bakteriologi III yang berjudul
Isolasi dan Identifikasi Mikroorganisme Campuran (API 20E dan VITEX 2 Compact)

Kami menyadari bahwa makalah ini masih jauh dari kata sempurna dan masih banyak
terdapat kesalahan serta kekurangan di dalamnya. Untuk itu, kami mengharapkan kritik serta
saran dari pembaca untuk makalah ini agar makalah ini dapat menjadi makalah yang lebih baik
lagi. Apabila terdapat banyak kesalahan pada makalah ini kami memohon maaf yang sebesar-
besarnya.

Kami mengucapkan terima kasih kepada semua pihak yang telah berkontribusi kepada
semua pihak yang telah terlibat dalam pembuatan makalah ini, yaitu teman-teman, orang tua, dan
khususnya kepada dosen mikologi kami yang telah membimbing dalam menulis makalah ini.
Kami berharap semoga makalah ini dapat bermanfaat bagi para pembaca.

Bandung, Maret 2021

Penulis

ii
 DAFTAR ISI
J u d u l ..........................................................................................................................................................i
K a t a p e n g a n t a r ....................................................................................................................................i i
D a f t a r i s i ...............................................................................................................................................i i i
I . P E N D A H U L U A N ....................................................................................................................1 - 2
1 . 1 L a t a r B e l a k a n g ...............................................................................................................1
1 . 2 R u m u s a n M a s a l a h ..........................................................................................................2
1 . 3 T u j u a n ................................................................................................................................2
I I . P E M B A H A S A N ......................................................................................................................3 - 3 7
A . I n f e k s i S a l u r a n K e m i h .................................................................................................3 - 1 3
2 . 1 P e n g e r t i a n I n f e k s i S a l u r a n K e m i h ..........................................................................3
2 . 2 E p i d e m i o l o g i ...................................................................................................................3
2 . 3 K l a s i f i k a s i I n f e k s i S a l u r a n K e m i h .........................................................................4
2 . 4 M a n i f e s t a s i K l i n i s ........................................................................................................4
2 . 5 P a t o f i s i o l o g i I n f e k s i S a l u r a n K e m i h .....................................................................5
2 . 6 B a k t e r i P e n y e b a b I n f e k s i S a l u r a n K e m i h ............................................................6
2 . 7 P e m e r i k s a a n I n f e k s i S a l u r a n K e m i h ....................................................................1 1
2 . 8 P e n g o b a t a n ....................................................................................................................1 3
B . B i o l o g i M o l e k u l e r ( P e m e r i k s a a n C a n g g i h ) ......................................................1 5 - 2 3
2 . 9 P e r k e m b a n g a n M e t o d e I d e n t i f i k a s i M i k r o o r g a n i s m e ....................................1 5
2 . 1 0 P r o s e d u r I d e n t i f i k a s i M i k r o o r g a n i s m e B a s i s M o l e k u l e r .............................1 6
C . I d e n t i f i k a s i d e n g a n A p i 2 0 E d a n V i t e x 2 c o m p a c t .......................................2 3 - 3 7
2 . 1 1 I d e n t i f i k a s i B a k t e r i M e t o d e A P I ..........................................................................2 3
2 . 1 2 A P I 2 0 E ..........................................................................................................................2 5
2 . 1 3 V I T E X 2 0 E ....................................................................................................................2 9
2 . 1 4 I d e n t i f i k a s i B a k t e r i ....................................................................................................3 1
2 . 1 5 T e s t K e p e k a a n A n t i b i o t i k a V I T E X 2 ..................................................................3 4
2 . 1 6 P r o s e d u r K e r j a .............................................................................................................3 6
I I I . P E N U T U P .......................................................................................................................3 8 - 4 0
A . K e s i m p u l a n ..........................................................................................................................3 8
3 . 1 I n f e k s i S a l u r a n K e m i h ..............................................................................................3 8
3 . 2 B i o l o g i M o l e k u l e r ( P e m e r i k s a a n C a n g g i h ) ......................................................3 8
3 . 3 I d e n t i f i k a s i d e n g a n A p i 2 0 E d a n V i t e x 2 c o m p a c t ........................................3 9
D A F T A R P U S T A K A .............................................................................................................4 1 - 4 2

iii
 BAB I
PENDAHULUAN

1.1. LATAR BELAKANG

Infeksi Saluran Kemih (ISK) adalah suatu keadaan yang disebabkan karena adanya
invasi bakteri pada saluran kemih. Saluran kemih manusia yaitu terdiri dari ginjal, ureter,
kandung kemih dan uretra merupakan organ-organ yang bekerja untuk memproduksi,
menampung dan mengeluarkan urin. Infeksi saluran kemih disebabkan oleh bakteri
Escherechia coli, Klebsiella pneumonia dan Pseudomonas aeruginosa. Infeksi dapat dibagi
berdasarkan letak anatomisnya menjadi infeksi saluran kemih atas yaitu infeksi yang terjadi
pada ginjal serta ureter dan infeksi saluran kemih bawah yaitu infeksi yang terjadi pada
kandung kemih, prostat, epididimis, dan uretra.

Infeksi saluran kemih dapat mengenai baik pria maupun wanita dari semua umur baik
anak, remaja, dewasa maupun umur lanjut. Wanita lebih sering terinfeksi dari pria dengan
angka populasi umum kurang lebih 5-15%. Pasien dapat didiagnosis infeksi saluran kemih
apabila urinnya mengandung lebih dari 105 bakteri/ml, sedangkan dalam keadaan normal
urin juga mengandung mikroorganisme sekitar 102 sampai 104 bakteri/ml urin.

Data penelitian epidemiologi klinik melaporkan 25-35% perempuan dewasa pernah

mengalami infeksi saluran kemih (ISK), umumnya empat sampai lima kali lebih mudah
terinfeksi ISK dibandingkan pria karena uretra wanita lebih pendek dibandingkan pria.
Menurut WHO sebanyak 25 juta kematian di seluruh dunia pada tahun 2011, Sekitar
150 juta penduduk di seluruh dunia tiap tahunnya terdiagnosis menderita infeksi saluran
kemih. Menurut Departemen Kesehatan Republik Indonesia jumlah penderita ISK di
Indonesia masih cukup banyak, mencapai 90-100 kasus per 100.000 pendud uk pertahun nya
atau sekitar 180.000 kasus baru pertahun.

Penggunaan antibiotik merupakan pilihan utama untuk pengobatan infeksi saluran

kemih. Pemilihan antibiotik harus berdasarkan indikasi yang tepat, karena penggunaan
antibiotik yang tidak rasional dapat menyebabkan resistensi, reaksi alergi, toksisitas, dan
perubahan fisiologi, sehingga perlu dilakukan evaluasi penggunaan antibiotik yang rasional
yaitu sesuai dengan indikasi penyakit, penggunaan obat yang efektif sesuai dengan kondisi
pasien dan pemberian dosis yang tepat.

Pada dekade terakhir ini resistensi kuman patogen penyebab ISK terhadap satu atau
lebih antibiotik semakin meningkat, seperti ampisilin dan amoksisilin terhadap bakteri

1
Escherichia coli. Begitu juga terhadap amikasin (32,5%), nitrofurantoin (26,7%) dan
imipenem (3,7%) telah resisten terhadap Enterobacteriaceae secara in vitroSelain itu
antibiotik penisilin, sefuroksim, dan sulfametoksazol juga telah resisten terhadap kuman
penyebab.

1.2. RUMUSAN MASALAH

Berdasarkan latar belakang diatas dapat dirumuskan masalah makalah sebagai berikut:
1. Apa itu infeksi saluran kemih (ISK)?
2. Apa saja bakteri penyebab infeksi saluran kemih (ISK)?
3. Apa gejala dari infeksi saluran kemih (ISK)?
4. Metode apa yang dugunakan untuk mengidentifikasi infeksi saluran kemih (ISK)?
5. Bagaimana cara pengobatan yang tepat untuk infeksi saluran kemih (ISK)?

1.3. TUJUAN
1. Untuk mengetahui pengertian dari infeksi saluran kemih (ISK).
2. Untuk mengetahui bakteri penyebab infeksi saluran kemih (ISK).
3. Untuk mengetahui gejala yang yang terjadi pada penderita infeksi saluran kemih
(ISK).
4. Untuk mengetahui metode yang digunakan dalam mengidentifikasi infeksi saluran
kemih (ISK).
5. Untuk mengetahui pengobatan yang tepat bagi penderita infeksi saluran kemih
(ISK).

2
 BAB II
PEMBAHASAN

A. INFEKSI SALURAN KEMIH

2.1 PENGERTIAN INFEKSI SALURAN KEMIH
ISK adalah keadaan yang menunjukkan keberadaan mikroorganisme pada saluran
kemih yang ditandai dengan adanya kolonisasi bakteri di dalam saluran kemih. Saluran
kemih manusia merupakan organ-organ yang bekerja untuk mengumpul dan menyimpan urin
serta organ yang mengeluarkan urin dari tubuh, yaitu ginjal, ureter, kandung kemih dan
uretra. Bakteriuria merupakan indikator utama infeksi saluran kemih. Adanya bakteriuria
bermakna menunjukkan pertumbuhan mikroorganisme sebanyak ≥ 100.000 cfu/ml pada
kultur urine. Penderita dengan bakteriuria bermakna terkadang tanpa disertai tanda dan gejala
klinis atau dapat disertai tanda dan gejala klinis ISK.

2.2 EPIDEMIOLOGI
Infeksi Saluran Kemih merupakan infeksi yang paling sering terjadi dan masih menjadi
masalah kesehatan dan dapat menjadi penyebab sepsis terbanyak setelah infeksi saluran nafas
(Mangatas, S.M dan Suwitra,K, 2004). Infeksi saluran kemih dapat menyerang pasien dari
segala usia, perempuan lebih sering mengalami ISK daripada laki-laki. Perempuan umumnya
beresiko empat hingga lima kali mengalami infeksi saluran kemih dibandingkan dengan laki
– laki. Hal tersebut disebabkan oleh anatomi uretra perempuan lebih pendek dibandingkan
uretra laki – laki, sehingga mikroorganisme dari luar lebih mudah mencapai kandung kemih
yang letaknya dekat dengan daerah perianal (Febrianto,A.W dkk, 2013).

Prevalensi ISK meningkat secara signifikan dari 5%-10% pada usia 70 tahun menjadi
20% pada usia 80 tahun. Diperkirakan 150 juta orang didiagnosis menderita ISK setiap
tahunnya. Perempuan dewasa (25% - 35%) pernah mengalami Infeksi saluran kemih. Faktor
pencetusnya berupa kebersihan organ intim, penggunaan kontrasepsi atau gel spermisida, dan
aktivitas sex yang memungkinkan bakteri terodong masuk ke saluran kemih, wanita hamil
pun beresiko ISK akibat perubahan hormonal (Dharma,P.S dkk, 2015).

Prevalensi infeksi meningkat mencapai 10% pada usia lanjut. Produksi hormon
estrogen menurun pada perempuan usia postmenopouse mengakibatkan pH pada cairan
vagina naik sehingga perkembangan mikroorganisme pada vagina meningkat (Adib,M.
2011). Infeksi saluran kemih pada laki – laki biasanya dikarenakan adanya kelainan anatomi,
batu saluran kemih atau penyumbatan pada saluran kemih (Sudoyo dkk, 2006).

3
2.3 KLASIFIKASI INFEKSI SALURAN KEMIH
Infeksi saluran kemih dapat dibagi menjadi dua kategori umum berdasarkan lokasi
anatomi, yaitu:
a. Infeksi saluran kemih atas
Infeksi saluran kemih atas meliputi pielonefritis, abses intrarenal dan perinefrik
yang dibagi menjadi dua, yaitu :
1. Pielonefritis akut, yaitu proses inflamasi parenkim ginjal yang disebabkan
oleh infeksi bakteri
2. Pielonefritis kronik, yaitu akibat proses infeksi bakteri berkelanjutan atau
infeksi yang didapat sejak dini. Obstruksi saluran kemih dan refluks
vesikoureter dengan atau tanpa bakteriuria kronik sering diikuti pembentukan
jaringan ikat parenkim ginjal yang ditandai dengan pielonefritis kronik yag
spesifik (Sukandar, E. 2006).

B. Infeksi saluran kemih bawah

Infeksi saluran kemih bawah terdiri dari uretritis (infeksi uretra) dan sistitis
(infeksi kandung kemih). Prostatitis (infeksi prostat) dan epididimidis (infeksi
epididimis) juga dapat ditemui pada laki – laki (Sukandar, E. 2006).

2.4 MANIFESTASI KLINIS

Manifestasi klinis infeksi saluran kemih sangat bervariasi, dari tanpa gejala
(asimptomatis) ataupun disertai gejala (simptom) (Ikram,A.F.Z. 2015) dari yang ringan
(panas, uretritis, sistitis) hingga cukup berat (pielonefritis akut, batu saluran kemih dan
bakteremia) (Semaradana,W.G.P. 2014).

Gejala yang timbul antara lain rasa nyeri pada saluran kemih, rasa sakit saat buang air
kecil atau setelahnya, anyang-anyangan, warna air seni sangat pekat seperti air teh, nyeri pada
bagian pinggang, hematuria (kencing berdarah), perasaan tertekan pada perut bagian bawah,
rasa tidak nyaman pada bagian panggul serta tidak jarang pula penderita mengalami panas
tubuh (Dharma, P.S. 2015). Kasus asimptomatik berhubungan dengan meningkatnya resiko
terjadinya infeksi simptomatik berulang yang dapat menyebabkan kerusakan ginjal
(Anggraini,P. 2014).

Manifestasi klinis infeksi saluran kemih juga bergantung pada lokalisasi infeksi dan
umur penderita. Infeksi saluran kemih atas pielonefritis yang paling sering dijumpai, ditandai
dengan adanya demam, nyeri perut atau pinggang, mual, muntah, kadang-kadang disertai

4
diare. Pielonefritis pada neonatus umumnya tidak spesifik berupa mudah terangsang, tidak
nafsu makan dan berat badan yang menurun, pada anak usia <2 tahun dapat disertai demam
(Andriani,R. 2010)

2.5 PATOFISIOLOGI INFEKSI SALURAN KEMIH

Infeksi saluran kemih terjadi ketika bakteri (kuman) masuk ke dalam saluran kemih dan
berkembang biak. Saluran kemih terdiri dari kandung kemih, uretra dan dua ureter dan ginjal
(Purnomo, 2014). Sejauh ini diketahui bahwa saluran kemih atau urin bebas dari
mikroorganisma atau steril. Infeksi saluran kemih terjadi pada saat mikroorganisme ke dalam
saluran kemih dan berkembang biak di dalam media urin (Israr, 2009). Mikroorganisme
penyebab ISK umumnya berasal dari flora usus dan hidup secara komensal dalam introitus
vagina, preposium, penis, kulit perinium, dan sekitar anus. Kuman yang berasal dari feses
atau dubur, masuk ke dalam saluran kemih bagian bawah atau uretra, kemudian naik ke
kandung kemih dan dapat sampai ke ginjal (Fitriani, 2013).

Mikroorganisme memasuki saluran kemih melalui empat cara, yaitu:

a. Ascending, kuman penyebab ISK pada umumnya adalah kuman yang berasal
dari flora normal usus dan hidup secara komensal introitus vagina, preposium
penis, kulit perineum, dan sekitar anus. Infeksi secara ascending (naik) dapat
terjadi melalui empat tahapan, yaitu :
a) Kolonisasi mikroorganisme pada uretra dan daerah introitus vagina
b) Masuknya mikroorganisme ke dalam buli-buli
c) Mulitiplikasi dan penempelan mikroorganisme dalam kandung kemih
d) Naiknya mikroorganisme dari kandung kemih ke ginjal (Israr, 2009).
b. Hematogen (descending) disebut demikian bila sebelumnya terjadi infeksi
pada ginjal yang akhirnya menyebar sampai ke dalam saluran kemih melalui
peredaran darah.
c. Limfogen (jalur limfatik) jika masuknya mikroorganisme melalui sistem
limfatik yang menghubungkan kandung kemih dengan ginjal namun yang
terakhir ini jarang terjadi (Coyle dan Prince, 2009).
d. Langsung dari organ sekitar yang sebelumnya sudah terinfeksi atau eksogen
sebagai akibat dari pemakaian kateter (Israr, 2009)

5
2.6 BAKTERI PENYEBAB INFEKSI SALURAN KEMIH
Bakteri yang menjadi penyebabnya merupakan bakteri gram negatif aerob yang biasa
ditemukan pada saluran pencernaan (Enterobacteriaceae) dan jarang disebabkan oleh bakteri
anaerob (Samirah dkk, 2004). Bakteri Escherichia coli merupakan penyebab utama sebesar
70% – 90% (Sudoyo dan dkk, 2006) dan bakteri lainnya berupa Pseudomonas, Proteus,
Klebsiella, kadang Enterobacter berperan pada sebagian kecil infeksi ringan (Adib,M. 2011),
ke3mbudian juga Staphylococcus sp dan Streptococcus sp. Bakteri Proteus dan Pseudomonas
sering dikaitkan dengan ISK berulang, tindakan instrumentasi, dan infeksi nosokomial.
a. Enterobacteriaceae
Enterobacteriaceae adalah bakteri yang hidup di usus besar manusia dan
hewan, tanah, air dan dapat pula ditemukan pada komposisi material. Sebagian
bakteri ini tidak menimbulkan penyakit pada host (tuan rumah) bila bakteri tetap
berada di usus besar, tetapi pada keadaan-keadaan dimana terjadi perubahan pada
host atau bila ada kesempatan memasuki bagian tubuh yang lain, banyak diantara
bakteri ini mampu menimbulkan penyakit pada tiap jaringan tubuh manusia.
Organisme- organisme di dalam famili ini pada kenyataannya mempunyai peranan
penting di dalam infeksi nosokomial misalnya sebagai penyebab infeksi saluran
kemih, infeksi pada luka, dan infeksi lainnya.
Enterobacteriaceae adalah bakteri berbentuk batang pendek dengan ukuran 0,5
um x 3,0 um Gram negatif tidak berspora, gerak positif dengan flagel peritrikh
(Salmonella, Proteus, Escherichia) atau gerak negatif (Shigella, Klebsiella),
mempunyai kapsul/selubung yang jelas seperti pada Klebsiella atau hanya berupa
selubung tipis pada Escherichia atau tidak berkapsul sama sekali. Sebagian besar
spesies mempunyai fili atau fimbriae yang berfungsi sebagai alat perlekatan dengan
bakteri lain.
Koloni bakteri biasanya basah, halus, keabu-abuan, permukaannya licin.
Hemolisis yaitu bila ada tipe beta. Pada perbenihan cair tumbuh secara difus.
Sebagian besar bakteri Gram negatif memiliki lipopolisakarida kompleks pada
dinding selnya. Zat ini suatu endotoksin, mempunyai efek patofisiologis. Banyak
bakteri Gram negatif menghasilkan eksotoksin yang penting dalam klinik.
Spesies Enterobacteriaceae yang sering menjadi penyebab terjadinya Infeksi
Saluran Kemih adalah sebagai berikut:

6
1. Escherichia coli

Escherichia coli adalah salah satu jenis bakteri yang secara normal hidup
dalam saluran pencernaan baik manusia maupun hewan yang sehat. Bakteri ini
berbentuk batang pendek, gemuk, berukuran 2,4 um x 0,4 um sampai 0,7 um,
Gram negatif, motil berbentuk flagel peritrik, tidak berspora, ada yang bersifat
aerobik dan anaerobik fakultatif. Escherchia coli dapat meragikan laktosa secara
khas menunjukkan hasil positif pada tes indol, lisin dekarboksilase, dan fermentasi
manitol, serta menghasilkan gas dari glukosa maupun laktosa (Jawetz, dkk, 2008).

Escherichia coli merupakan bakteri flora normal intestinal yang paling sering
menyebabkan Infeksi Saluran Kemih (ISK) dan merupakan penyebab infeksi
saluran kemih pertama pada kira-kira 90% wanita muda. E. coli memiliki faktor
virulensi yang dapat meningkatkan kolonisasi dan invasi bakteri ke dalam saluran
kemih untuk menyebabkan infeksi.

Sifat patogenisitas lain dari E. coli yaitu berhubungan dengan toksin. Beberapa
toksin E. coli diantaranya seperti α-hemolisin, cytotoxic necrotizing factor-1(CNF-
1), dan iron reuptake system (aerobactin danenterobactin) (Sudoyo dkk, 2006).
Escherichia coli yang nefropatogenik secara khas menghasilkan hemolisin.
Kebanyakan infeksi disebabkan oleh Escherichia coli dengan sejumlah kecil
tipe antigen O. Antigen K tampaknya penting dalam patogenesis infeksi
saluran kemih atas. Jenis-jenis pembawa antigen K dapat menyebabkan timbulnya
pielonefritis. Yang biasa menyebabkan infeksi saluran kemih ialah Escherichia
coli yang mempunyai antigen jenis O1, O2, O4, O6, dan O7. Pieloneftritis
berhubungan dengan jenis philus khusus, philus P yang mengikat zat golongan
darah P. Infeksi saluran kemih misalnya sistitis, pielitis dan pielonefritis dapat

7
terjadi akibat sumbatan saluran kemih karena adanya pembesaran prostat dan
kehamilan.

Gejala dan tanda-tandanya antara lain sering kencing, disuria, hematuria,

dan piuria. Nyeri pinggang berhubungan dengan infeksi saluran kemih bagian
atas. Tak satupun dari gejala atau tanda-tanda ini bersifat khusus untuk
bakteri Escherichia coli. Infeksi saluran kemih dapat mengakibatkan bakterimia
dengan tanda-tanda khusus sepsis.

2. Klebsiella pneumoniae

Klebsiella pneumoniae kadang-kadang menyebabkan infeksi saluran

kemih dan bakteremia dengan lesi fokal pada pasien yang lemah. Bakteri K.
pneumoniae adalah bakteri urutan kedua terbanyak yang ditemukan pada urin
pasien ISK (Adisasmito & Tumbelaka, 2006). Ditemukan pada selaput lendir
saluran napas bagian atas, usus dan saluran kemih dan alat kelamin. Klebsiella
pneumoniae merupakan salah satu bakteri gram negatif, aerob, nonmotil, tumbuh
pada perbenihan biasa dengan membuat koloni berlendir yang besar yang daya
lekatnya berlainan. Faktor – faktor virulensi yang dimiliki oleh K. pneumoniae
antara lain, meliputi kapsul polisakarida (CPS), protein adesin, lipopolisakarida
(LPS), dan eksotoksin ekstraselular (siderophores).

3. Enterobacter aerogenes

8
 Bakteri ini mempunyai kapsul yang kecil, berbentuk batang, dapat hidup
bebas seperti dalam saluran usus, serta menyebabkan saluran kemih dan sepsis.
Infeksi saluran kemih terjadi melalui infeksi nosokomial.

4. Proteus sp

Bakteri ini adalah bakteri patogen oportunistik. Dapat menyebabkan

infeksi saluran kemih atau kelainan lain seperti abses, infeksi luka, infeksi
telinga atau saluran napas. Proteus sp dapat menyebabkan infeksi pada
manusia hanya bila bakteri itu meninggalkan saluran usus. Spesies ini
ditemukan pada infeksi saluran kemih dan menyebabkan bakterimia,
pneumonia dan lesi fokal pada penderita yang lemah atau pada penderita yang
menerima infus intravena. P. mirabilis menyebabkan infeksi saluran kemih dan
kadang-kadang infeksi lainnya. Karena itu, pada infeksi saluran kemih oleh
Proteus, urin bersifat basa, sehingga memudahkan pembentukan batu dan
praktis tidak mungkin mengasamkannya. Pergerakan cepat oleh Proteus
mungkin ikut berperan dalam invasinya terhadap saluran kemih. Spesies
Proteus menghasilkan urease mengakibatkan hidrolisis urea yang cepat dengan
pembebasan amonia.

b. Pseudomonas aeroginosa

Bakteri ini sering dihubungkan dengan penyakit pada manusia. Organisme ini
merupakan penyebab 10-20% infeksi nosokomial. Sering diisolasi dari penderita
yang neoplastik, luka dan luka bakar yang berat. Bakteri ini juga dapat

9
menyebabkan infeksi pada saluran pernapasan bagian bawah, saluran kemih, mata
dan lain-lainnya.
1. Morfologi
Batang Gram negatif, (0,5-1,0) um x (3,0-4,0) um. Umumnya bersifat motil
mempunyai flagel polar, tetapi kadang-kadang 2-3 flagel, dapat muncul dalam
bentuk tunggal, berpasangan atau kadang-kadang dalam bentuk rantai pendek. Bila
tumbuh pada perbenihan tanpa sukrosa terdapat lapisan lendir polisakarida
ekstraseluler. Struktur dinding sel sama dengan famili Enterobacteriaceae.
Galur yang diisolasi dari bahan klinik sering sering mempunyai pili untuk
perlekatan pada permukaan gel dan memegang peranan penting dalam
resistensi terhadap fagositosis.
2. Pertumbuhan
Pseudomonas aeruginosa tumbuh baik pada suhu (37-42) oC;
pertumbuhannya pada suhu 42°C membantu membedakan spesies ini dari
spesies Pseudomonas lain. Bakteri ini oksidase positif dan tidak meragi
karbohidrat, tetapi banyak galur mengoksidasi glukosa. Pengenalan biasanya
berdasarkan morfologi koloni, sifat oksidase positif, adanya pigmen yang khas
dan pertumbuhannya pada suhu 42°C. Untuk membedakan Pseudomonas
aeruginosa dengan yang lain berdasarkan aktivitas biokimiawi, dibutuhkan
pengujian dengan berbagai substrat.
3. Struktur Antigen dan Toksin
Pili (fimbriae) menjulur dari permukaan sel dan membantu pelekatan pada
sel epitel inang. Simpai polisakarida membentuk koloni mukoid yang terlihat
pada biakan dari penderita penyakit fibrosis kistik. Pseudomonas aeruginosa
dapat ditentukan tipenya berdasarkan imunotipe lipopolisakarida dan
kepekaannya terhadap piosin (bakteriosin). Kebanyakan isolat P. aeruginosa
dari infeksi klinis menghasilkan enzim ekstrasel, termasuk elastase, protease
dan dua hemolisin yaitu suatu fosfolipase C yang tidak tahan panas dan suatu
glikolipid yang tahan panas.
Banyak galur P. aeruginosa yang menghasilkan eksotoksin A, yang
menyebabkan nekrosis jaringan dan dapat mematikan hewan bila disuntikkan
dalam bentuk murni. Toksin ini menghambat sintesis protein dengan cara kerja
yang sama dengan cara kerja toksin difteria, meskipun struktur kedua toksin itu
tidak sama. Antitoksin terhadap eksotoksin A ditemukan dalam beberapa
10
 serum manusia, termasuk serum penderita yang telah sembuh dari infeksi
Pseudomonas aeruginosa yang berat .
4. Patogenesis
Pseudomonas aeruginosa bersifat patogen bila masuk ke daerah yang
fungsi pertahanannya abnormal, misalnya bila selaput mukosa dan kulit
"robek" karena kerusakan kulit langsung; pada pemakaian kateter intravena
atau kateter air kemih; atau bila terdapat netropenia, misalnya pada kemoterapi
kanker. Bakteri melekat dan mengkoloni selaput mukosa atau kulit dan
menginvasi secara lokal dan menimbulkan penyakit sistemik. Proses ini
dibantu oleh pili, enzim dan toksin. Lipopolisakarida berperan langsung yang
menyebabkan demam, syok, oliguria, leukositosis, dan leukopenia,
disseminated intravascular coagulation (DIC) dan respiratory distress
syndrome (RDS).

P. aeruginosa menimbulkan infeksi pada saluran kemih bila masuk bersama

kateter dan instrumen lain atau dalam larutan untuk irigasi. P.aeruginosa dapat
dilihat pada bahan pewarnaan Gram.

2.7 PEMERIKSAAN INFEKSI SALURAN KEMIH

Urinalisis dapat menggambarkan keadaan sistemik khususnya kondisi ginjal dan saluran
kemih (Aulia,D dan Lydia,A. 2014) sehingga dapat digunakan dalam menegakkan diagnosis
infeksi saluran kemih (Kee,J.L, 2007) karena pemeriksaan urinalisis cepat dan tersedia secara
luas (Khairina,A. 2013).
Cara pengambilan sampel urin juga perlu diperhatikan agar terhindar dari kontaminasi
(Hasanah,N. 2015). Sampel urin yang digunakan untuk urinalisa khususnya dalam
pemeriksaan skrining maupun diagnosa infeksi saluran kemih tidak boleh dilakukan
penundaan transport sampel urin ke laboratorium (Strasinger, S.K, 2008). Jenis sampel urin
yang digunakan sesuai kebutuhan pemeriksaan. Berikut jenis – jenis sampel urin, yaitu urin
sewatu, urin 24 jam, urin pagi, urin 3 gelas atau urin 2 gelas, urin porsi tengah (midstream /
clean catch urine), urin porsi pertama (first void urine), urin kateter, urin suprapubik sering
dilakukan pada anak.
Urinalisis terdiri dari pemeriksaan urin rutin berupa pemeriksaan kimia, pemeriksaan
mikroskopis (sedimen) urin, dan kultur urin (Hasanah,N. 2015).
1. Pemeriksaan Strip Kimia Urin
Metode carik celup atau reagen strip tes ini dapat digunakan untuk pemeriksaan

11
kimia urin. Parameter pemeriksaannya meliputi pH, BJ, leukosit esterase, nitrit,
protein, glukosa, dan keton. Parameter pemeriksaan kimia urin yang utama digunakan
sebagai pemeriksaan skrining dan penunjang diagnosa infeksi saluran kemih adalah
leukosit esterase dan nitrit (Gaw, A dkk, 2011).

Reagen strip tes dicelupkan ke dalam sampel urin yang homogen selama beberapa
detik. Hasil dibaca dengan matameter ataupun menggunakan reader. Interpretasi
berdasarkan warna yang terbentuk dibandingkan dengan warna standar pada reagen
yang disediakan oleh manufactor.

2. Pemeriksaan Sedimen Leukosit

Salah satu parameter yang bermakna dalam mendiagosis infeksi saluran kemih
adalah jumlah leukosit dalam sedimen urin Sedimen urin didapatkan dari sampel urin
yang disentrifugasi dengan kecepatan 1500 - 2000 rpm selama 5 menit (Munthe,I.G.
2014). Pemeriksaan sedimen urin dapat dilakukan dengan ataupun tanpa pewarnaan.
Hasil positif apabila terdapat > 5 leukosit per lapang pandang besar (LPB). Piuria
atau leukosituria merupakan salah satu petunjuk dalam mendiagnosis infeksi saluran
kemih. Leukosit dalam bentuk silinder yang ditemukan pada sedimen urin
menunjukkan adanya keterlibatan infeksi ginjal. Jika ditemukan leukosituria yang
bermakna, maka perlu dilanjutkan dengan pemeriksaan kultur urin (San,N.M., 2010).

3. Pemeriksaan Kultur Urin

Bakteriuria (bakteri dalam urin) dapat diketahui melalui pemeriksaan bakteriologik

secara konvensional dilakukan dengan metode biakan (kultur) dan dihitung jumlah
kuman dalam colony forming unit /mL urin (Munthe,I.G., 2014).
Pemeriksaan kultur urin merupakan pemeriksaan gold standard dalam
mendiagnosis infeksi saluran kemih secara akurat. Pemeriksaan kultur urin
membutuhkan waktu yang cukup lama, yaitu sekitar 3 sampai dengan 5 hari (Lisa dan
Suryanto, 2012). Spesimen yang digunakan berupa urin kateter, aspirasi suprapubik,
clean catch (Vandepitte,J dkk 2005). Metode yang digunakan adalah metode dilusi
dan metode tanpa pengenceran (Ardhiyand,S., 2011).
Interpretasi hasil kultur urin secara kuantitatif berdasarkan jumlah kuman yang
tumbuh pada media kultur (Ardhiyand,S., 2011). Beberapa katagori yang digunakan
dalam menginterpretasikan hasil, yaitu :
a. < 104 CFU per ml, dilaporkan sebagai “kemungkinan tidak ada infeksi

12
 saluran kemih” kecuali jika sampel diambil melalui pungsi suprapubik aau
sitoskopi pada pasien dengan gejala atau disertai leukosituria dilaporkan
hasil identifikasi dan hasil uji kepekaan.
b. Antara 104 – 105 CFU per ml, jika pasien tanpa disertai dengan gejala
infeksi saluran kemih, ulangi pemeriksaan dengan penngambilan spesimen
kedua.
c. > 105 CFU per ml, hasil dilaporkan berdasarkan jumlah bakteri yang
tumbuh. Kriteria ini sering digunakan untuk menunjukkan adanya
bakteriuria, yaitu
d. ≥105 CFU/mL, kriteria ini terlihat dari adanya >100 koloni kuman di media
kultur walaupun tidak disertai dengan gejala (Vandepitte,J dkk 2005).

Jumlah koloni <103 koloni/ml urin kemungkinan besar bakteri yang tumbuh hanya
merupakan kontaminasi flora normal dari muara uretra. Kemungkinan kontaminasi
belum dapat disingkirkan dan sebaiknya dilakukan biakan ulang dengan bahan urin
yang baru. Faktor yang dapat mempengaruhi jumlah kuman adalah kondisi hidrasi
pasien, frekuensi berkemih dan pemberian antibiotika sebelumnya (Susilo,F.C.D.
2014).

2.8 PENGOBATAN
Pemilihan antibiotik harus didasarkan pada pola resistensi kuman setempat atau
lokal, dan bila tidak ada dapat digunakan profil kepekaan kuman yang terdapat dalam
literatur.6,26 Umumnya hasil pengobatan sudah tampak dalam 48-72 jam pengobatan.
Bila dalam waktu tersebut respon klinik belum terlihat mungkin antibiotik yang
diberikan tidak sesuai atau mungkin yang dihadapi adalah ISK kompleks, sehingga
antibiotik dapat diganti. Selain pemberian antibiotik, dianjurkan untuk meningkatkan
asupan cairan. Berbagai antibiotik dapat digunakan untuk pengobatan ISK, baik
antibiotik yang diberikan secara oral maupun parenteral, seperti terlihat pada tabel
berikut:
1. Pilihan antimikroba oral pada infeksi saluran kemih

Jenis antibiotik Dosis per hari

Amoksisilin 20-40 mg/kgbb/hari dibagi dalam 3 dosis
Sulfonamid
- trimetroprim (TMP) – sulfametoksazol 6-12 mg TMP dan 30-60 mg SMX /kgbb/hari
(SMX) dibagi dalam 2 dosis
- sulfisoksazol 120-150 mg/kgbb/hari dibagi dalam 4 dosis

13
 Sefalosporin:
- Sefiksim 8 mg/kgbb/hari dibagi dalam 2 dosis
- Sefpodiksim 10 mg/kgbb/hari dibagi dalam 2 dosis
- Sefprozil 30 mg/kgbb/hari dibagi dalam 2 dosis
- Sefaleksin 50-100 mg/kgbb/hari dibagi dalam 4 dosis
- Lorakarbef 15.30 g/kgbb/hari dibagi dalam 2 dosis

2. Pilihan antimikroba parenteral pada infeksi saluran kemih

Jenis antbiotik Dosis per hari
Seftriakson 75 mg/kgbb/har
Sefotaksim 150 mg/kgbb/hari dibagi setiap 6 jam
Seftazidim 150 mg/kgbb/hari dibagi setiap 6 jam
Sefazolin 50 mg/kgbb/hari dibagi setiap 8 jam
Gentamisin 7,5 mg/kgbb/hari dibagi setiap 6 jam
Amikasin 15 mg/kgbb/hari dibagi setiap 12 jam
Tobramisin 5 mg/kgbb/hari dibagi setiap 8 jam
Tikarsilin 300 mg/kgbb/hari dibagi setiap 6 jam
Ampisilin 100/kgbb/hari dibagi setiap 6 jam

3. Pilihan Antibiotik untuk Terapi Infeksi Saluran Kemih dari Panduan

Penatalaksanaan Infeksi pada Traktus Genitalis dan Urinarius
Kelas Antibiotik Dosis Rute
Beta-laktam Amoksisilin 250-500 mg tid oral
Ampisilin 250-500 mg qid oral
Ampisilin 1000 mg qid Iv
amoksisilin/clavulanat 500mg tid atau 125 mg oral
ampisilin/sulbactam 3 gram qid Iv
Sefotaksim 1-2 gram q4-12 h Iv
Seftriakson 1-2 gram qd Iv
Sefepim 1-2 gram q12 h Iv
Sefadroksil 500 mg bid oral/iv
piperasilin/tazobactam 2,5-4,5 gram q6-8 h Iv
Piperasilin 2 gram bid Iv
Amikasin 15 mg/kg qd Iv
Sulfonamida Trimethoprim 100 mg bid/200mg qd oral
trimethoprim- 160/800mg bid oral
sulfametoksazol
Quinolon siprofloksasin 500-750mg bid oral
400 mg bid Iv
Ofloksasin 200-400 mg bid oral/iv
levofloksasin 250-750mg bid oral/iv
aminoglikosid Gentamisin 2 - 7 mg/kg
a
lain-lain Nitrofuration 100 mg qid oral

14
 Fosfomisin 300 mg satu dosis
imipenem/cilastatin 500mg qd Iv
Ertapenem 1gram qd Iv
Meropenem 1 gram tid Iv

B. MIKROBIOLOGI MOLEKULER
2.9. PERKEMBANGAN METODE IDENTIFIKASI MIKROORGANISME
1. Identifikasi Berdasarkan Morfologi dan Reaksi Biokimiawi

Identifikasi bakteri dapat dilakukan dengan menggunakan metode konvensional

dan molekuler. Metode konvensional dapat dilakukan dengan berdasarkan pada
karakteristik fenotip yaitu pewarnaan Gram, morfologi dan reaksi biokimia. Namun,
metode identifikasi bakteri secara konvensional ini memiliki beberapa kelemahan.
Metoda ini tidak dapat digunakan untuk organisme yang belum teridentifikasi. Lebih
lanjut, kita kadang-kadang dihadapkan dengan organisme yang menunjukkan
karakteristik biokimia yang tidak cocok dengan pola setiap genus dan spesies yang
dikenal. Sementara itu, identifikasi organisme yang ketika dikultur tumbuhnya lambat
menjadi sangat sulit (Woo dkk., 2003). Karena karakter fisik dan biokimiawi
merupakan karakter yang tidak statis dan berubah karena adanya stress dan evolusi,
maka hal ini juga mempengaruhi hasil identifikasi (Ochman et al., 2005)

Metode dengan reaksi-reaksi biokimiawi ini kemudian berkembang dalam bentuk

kit-kit yang lebih praktis digunakan seperti: API 20E i’dentifica- tion system, Microbact
Biochemical Identification Kits untuk bakteri. Kit API 20E mampu mengenali 11 genera
dan 17 spesies bakteri (Washington e/ a/., 1971; Smith et al., 1972). Namun laporan
Iain menyebutkan bahwa hasil yang diperoleh dari penggunaan kit ini tidak akurat
(Aldridge et al., 1978: Aldridge et a/., 1981: Jones et a/., 2000; Robinson e/ a/., 1995)

Dengan adanya kekurangan-kekurangan yang ditemukan melalui penggunaan

metode ini, maka dikembangkan suatu metode identifikasi dengan pendekatan
molekuler. Pada tahun 1990, kelompok peneliti Stephen Giovani dan David Wa rd's
mengembangkan metode molekuler berdasarkan analisis sekuen 16S rDNA untuk
mengidentifikasi keanekaragaman bakteri di laut Sargaso dan sumber air panas (Fry,
2000).

2. Identifikasi Berbasis Molekuler

Sejak penemuan Polymerase Chain Reaction dan sekuensing DNA, perbandingan

15
 urutan gen dari spesies bakteri menunjukkan bahwa gen 16S rDNA sangat kekal dalam
suatu spesies dan di antara spesies yang sama genusnya, dan dapat digunakan sebagai
teknik baru untuk identifikasi bakteri pada tingkat spesies (Olsen dan Woese, 1993). 16S
subunit kecil ribosom DNA (rDNA) adalah molekul yang saat ini menjadi pilihan untuk
mengidentifikasi bakteri dan mikroorganisme lainnya di tingkat spesies. Identifikasi
berbasis rDNA bersifat akurat untuk sampai tingkat spesies karena urutan 16S rDNA
yang memiliki kesamaan ≥ 99% dari sekuen yang ada di GenBank. Identifikasi pada
tingkat genus dapat dilakukan apabila urutan sekuen 16S rDNA memiliki kesamaan ≥
97% dengan sekuen yang ada di GenBank. Kegagalan dalam mengidentifikasi
dimungkinkan apabila sekuen 16S rDNA memiliki homologi lebih rendah dari 97%
dibandingkan sekuen yang ada di GenBank pada saat analisis (May, 1999). Lebih jauh
lagi fleksibilitas yang luar biasa membuatnya sangat berarti dalam hal skrining dan
identifikasi mikroorganisme.

Pada prokariot atau bakteri, ada tiga macam ribosom DNA (rDNA) yaitu 23 S-rDNA
(S=Svedberg unit; 2900 nukleotida), 16S-rDNA (1500 nukleotida), dan SS-rDNA (sekitar
120 nukleotida) (Madigan et al., 2000). Gen 16S-rDNA ditemukan di seluruh sel bakteri,
sudah ada sejak dahulu dan keberadaanya terkonservasi, sehingga sangat menguntungkan
untuk analisis filogenetik pada studi sistematika bakteri di tingkat famili, genus, spesies
ataupun subspesies (Chen et a/., 2000). Ditambahkan, lebih dari 16.000 sekuen 16S-
rDNA dari berbagai spesies bakteri telah disimpan dalam datadase.

Gen 16S- rDNA mempunyai daerah sekuen yang konservatif sehingga dapat
digunakan untuk menduga hubungan kekerabatan secara alami antara spesies yang
mempunyai kekerabatan jauh serta dapat digunakan untuk membedakan spesies yang
mempunyai kel‹erabatan dekat dari berbagai daerah. Dari hasil sekuensing gen 16S-rDNA
isolat baru yang akan diidentifikasi kemudian dibandingkan dengan sehuen 16S-rDNA
mikroba dari Bank Data maka akan didapatkan identitas mikroba tersebut (berapa %
kemiripan dengan mikroba yang ada dalam bank data tersebut) (Rhodes et a/., 1998).
Penerapan filogenetik molekuler pada ekologi mikroba menunjukkan adanya diversitas
prokariotik yang teqadi secara alami.

2.10. PROSEDUR DASAR IDENTIFIKASI MIKROORGANISME BERBASIS

MOLEKULER
1. Isolasi/Ekstraksi DNA

16
 Ekstraksi DNA merupakan salah satu langkah yang sangat penting dalam analisis

biologi molekuler. Pengembangan-pengembangan metode ini terus dilakukan sampai

saat ini unNk mendapatkan metode yang terbaik. Telah banyak metode yang ditemukan

untuk mendapatkan DNA, baik dari lingkungan alam langsung maupun dari

organismenya. Pada dasarnya metode untuk ekstraksi DNA meliputi proses

penghancuran dinding sel (lysis), pemusnahan protein dan asam ribonukleat (RNA), serta

pemumian DNA (Muladno, 2002). Penghancuran dinding sel dapat dilakukan dengan

menggunakan lysozim, etilendiamin tetraasetat (EDTA), dan sodium dodesil sulfat (SDS).

EDTA berfungsi untuk merusak dinding sel dengan cara mengikat ion magnesium. Ion

ini berfungsi untuk mempertahankan integritas sel maupun mempertahankan aktivitas

enzim nuklease yang merusak asam nukleat. Adapun SDS dapat digunakan untuk

merusak membran sel. Penambahan senyawa kimia ini mengakibatkan sel mengalami

lysis (lisis).

Kotoran sel yang dihasilkan akibat penghancuran sel ini dibersihkan dengan cara

menambahkan fenol ataupun kloroform yang berfungsi untuk menghilangkan protein

dan mengikat polisakarida dari larutan. Sisa-sisa protein juga dapat dihilangkan dengan

bantuan enzim proteinase. Molekul RNA dapat dibersihkan dari larutan dengan

menggunakan enzim RNAse. Untuk mendapatkan DNA maka ditambahkan etanol dan

natrium klorida (NaCI) yang berfungsi untuk msmekatkan, memisahkan, dan

mengendapkan DNA dari larutan. . Endapan DNA yang tampak bersama putih

tersebut kemudian dilarutkan dengan penambahan air atau buffer TE (Tris-EDTA).

DNA yang diperoleh kemudian digunakan untuk berbagai analisis molekuler. Saat
ini juga telah tersedia banyak kit untuk mengekstrak DNA seperti Genomic DNA
Purification Kit (Fermentas), Fast DNA SPIN Kit for Soil (BIO 101, La J olla, CA,
U. S.A. ) untuk mempermudah proses ekstraksi. Bakteri da ri golongan gram negatif
dapat juga digunakan secara langsung untuk proses amplifikasi 165 rDNA dengan cara

17
 menambahkan bakteri tersebut ke dalam campuran reaksi Polymerase Chain Reaction
(PCR) (Harvatin & Piel, 2007). Nantinya dinding sel bakteri ini akan pecah pada saat
proses PCR yaitu pada saat danaturasi menggunakan suhu 95°C, atau juga meng guna
kan metode freeze-boiling ya itu memanaskan dan mendinginkan bakteri pada suhu
95°C dan -80°C tiga sampai lima kali (Mahbubani & Bej, 1g 4).

2. Amplifikasi DNA/Proses PCR

Setelah DNA didapatkan, maka Iangkah selanjutnya adalah melakukan
amplifikasi DNA yang sering disebut sebagai proses PCR PCR adalah suatu teknik
amplifikasi fragmen DNA yang diinginkan secara in vitro, yang melibatkan beberapa
tahap yang berulang (siklus) dan pada setiap siklus terjadi duplikasi jumlah target
DNA untai ganda. Menurut Bednarski 2006, tehnik molekuler yang telah berkembang
untuk menganalisis suatu mikroorganisme melalui asam nukleatnya adalah
menggunakan tehnik PCR (Polymerase Chain Reaction). PCR merupakan suatu tehnik
amplifikasi potongan DNA secara in vitro pada daerah spesifik. Untai ganda DNA
templat (unamplified DNA) dipisahkan dengan denaturasi termal dan kemudian
didinginkan hingga mencapai suatu suhu tertentu untuk memberi waktu pada primer
menempel (anneal primers) pada daerah tertentu dari target DNA. Polimerase DNA
digunakan untuk memperpanjang primer (extend primers) dengan adanya dNTPs
(dATP, dCTP, dGTP dan dTTP) dan buffer yang sesuai. Umumnya keadaan ini
dilakukan antara 20–40 siklus. Target DNA yang diinginkan (short ”target” product)
akan meningkat secara eksponensial setelah siklus keempat dan DNA non-target (long
product) akan meningkat secara linier seperti tampak pada bagan di atas (Newton dan
Graham, 1994). Terdapat beberapa tahapan dalam PCR (Polymerase Chain Reaction) :
1. Tahap denaturasi (pemisahan) Pada tahap ini, temperatur dinaikan pada suhu
mendekati titik didih, yaitu 90O –95OC. Hal ini dilakukan dengan tujuan
double strand DNA akan terpisah sebagian, yang nantinya berfungsi untuk
menyisipkan primer. Waktu yang digunakan biasanya tidak lama, sehingga
memungkinkan DNA untuk dapat kembali ke bentuk double helix. Tambahan
DNA kembali lagi ke posisi double helix karena adanya ikatan hidrogen pada
masing-masing basa DNAnya, sehingga dengan penurunan suhu, DNA akan
saling berikatan kembali.
2. Tahap annealing (penempelan) Ketika suhu diturunkan di sekitar suhu 50O -
65OC, DNA mulai berikatan kembali. Pada saat inilah kesempatan dari primer

18
 untuk menyerang posisinya, sehingga akan terbatasi jumlah penempelan dari
DNA awal. Suhu annealing ini berbeda-beda untuk masing-masing proses
PCR, ini bergantung pada Tm masing-masing primer yang digunakan. Apabila
suhu tidak tepat akan menyebabkan tidak terjadinya penempelan pada daerah
spesifik atau primer akan menempel di sembarang tempat, sehingga DNA
polimerase akan berikatan sehingga ikatan hidrogen tersebut akan menjadi
sangat kuat dan tidak bisa putus apabila dilakukan reaksi polimerase pada suhu
72OC.
3. Tahap extension (polimerase/perpanjangan) Tahap ini disebut juga tahap
perpanjangan. Dengan bantuan enzim taq Polymerase, DNA baru disusun
dengan menggunakan dNTP sebagai bahan baku. Taq polymerase ini
membutuhkan kation bivalen dalam aktifitasnya, biasanya menggunaka MgCl2
sebagai kofaktornya.

Dalam suatu proses PCR dibutuhkan asam nukleat sebagai sumber informasi
genetik, yang secara kimia merupakan suatu rangkaian dari unit yang lebih kecil
yaitu nukleotida yang dibentuk oleh ribose, deoxyribose, phosphate, dan basa
(adenin, guanine, cytosine, thymine untuk DNA dan urasil sebagai pengganti
thymine untuk RNA). Pada umumnya DNA yang 12 digunakanpada proses PCR
adalah DNA total atau DNA genom yang diekstraksi dari sel.
Proedurnya sampel DNA yang telah diisolasi dilarutkan dalam campuran berisi
primer forward, primer reverse, deoxynucleoside triphospat (dNTPs), enzim Taq DNA
polymerase, magnesium diklorida (MgCI2) dan buffer. Campuran tersebut
kemudian dimasukkan dalam mesin PCR. Proses PCR dilakukan sebanyak 35 siklus,
dalam beberapa tahap yang sebelumnya telah dijelaskan yaiu:

19
 - Pre denaturasi: suhu 94°C selama 5 menit
- Denaturasi: suhu 94°C selama 60 detik
- Annealing: suhu 56°C selama 7S detik
- Ekstensi: suhu 72°C selama 90 detik
- Ekstensi akhir: suhu 72°C selama 7 menit
- Penyimpanan: 4°C - (seterusnya).
Saat ini juga telah tersedia campuran reaksi tersebut dalam bentuk mix. Seperti
kit PureTaq Ready-To-Go PCR Beads (GE Healthcare, UK), Paltinum PCR SuperMix
(lnvitrogen) sehingga untuk melakukan proses PCR hanya perlu
menambahkan DNA dan primer saja. Primer yang digunakan untuk PCR 16S-
rDNA bersifat universal dengan mengambil urutan pada susunan nukleotida 16S-
rDNA dari Escherichia coli,' perbedaannya hanya mengambil pada posisi tertentu.
Berikut ini beberapa primer yang biasa digunakan untuk analisis PCR 16S-rDNA:
Primer Primer
Sekuens (5’-3’) Sekuens (5’-3’) Referensi
forward refers
8F GGATCCAGACTTT 907R CCGTCAATTCMTTTGA Felske ef a/ ., 1997;
GATYMTGGCTC GTTT Lane et a/., 1985
AG
27F AGAGTTTGATCM 1492R GGTTACCTTGTTACGA Harris ef a/ .. 2004
TGGC CTT
TCAG
27F AGAGTTTGAT 1SOSR CCTTGTTACG tsenbarger ef a/.,
2008
27F GAG AGT TTG 1495R CTACGGCTACCTTGTT Studholme et al .,
ATC CTG GCT ACGA 1999
CAG
27F AGA GTT TGA 1327R CTA GCG ATTCCG Aim et a/ ., 1996
ACA TGG ACT
CTG TCA
20F TGGCTCAGAACG 1482R TACCTTGTTACGACTTC Cruz ef a/ ., 2001
AACG ACCCCAGTC
CTGGCGGC
62F CAGGCCTAACACA 1387R GGGCGGWGTGTACAA Marchesi et a/ .,
GGC AAGTC GGC 1998

3. Sekuensing DNA
Sekuensing DNA atau pengurutan DNA adalah proses atau teknik penentuan urutan
basa nukleotida pada suatu molekul DNA. Urutan tersebut dikenal sebagai sekuens DNA,
yang merupakan informasi paling mendasar suatu gen atau genom karena megandung
instruksi yang dibutuhkan untuk pembentukan tubuh makhluk hidup. Sekuensing DNA

20
dapat dimanfaatkan untuk menentukan identitas maupun fungsi gen atau fragmen DNA
lainnya dengan cara membandingkan sekuens-nya dengan sekuens DNA lain yang sudah
diketahui.
Pada dasarnya ada dua metode untuk mensekuens potongan DNA secara cepat yaitu
metode Maxam-Gilbert dan metode Sanger yang keduanya diperkenalkan pada tahun
1977. Karena lebih mudah, praktis dan efisien, metode Sanger lebih sering digunakan.
Pada metode Maxam-Gilbert (metode kimia) sejumlah DNA yang di digesti oleh
enzim restriksi endonuklease, sehingga memisahkan DNA untai tunggal melalui
beberapa perlakuan kimia yang memisahkan molekul DNA dan menyusunnya menjadi
fragmen-fragmen berdasarkan perbedaan urutan jumlah pasang DNA. Fragmen-fragmen
tersebut kemudian dibagi menjadi empat bagian yaitu, T, C, G, A, dan dielektrofolisis
untuk dideteksi dengan menggunakan autoradiography. Keempat kombinasi basa yaitu
A, G+A, C, T+C dibandingkan untuk mengetahui basa-basa yang terdapat pada fragmen
dan menentukan susunan basanya. Zat kimia yang digunakan dalam reaksi ini adalah zat
dimetilsulfat (DMS) yang berfungsi dalam reaksi untuk memotong basa purin dan
mengikat adenin, sedangkan untuk memotong sitosin maupun timin digunakan hydrazine
(Maxam-Gilbert, 1977).

Contoh PAGE sekuensing dengan metode Maxam-Gilbert

Pada metode terminasi rantai atau dideoksi pada metode Sanger, mengacuh pada
terminasi prematur dari sintesis DNA yang menghasilkan chainterminating
dideoxynucleotides, yaitu tidak ada 3‟-hidroksil deoksiribosa dalam reaksi DNA
polimerase. Sintesis DNA yang terinisiasi oleh primer menghasilkan empat reaksi yang
terpisah yang berjalan serempak. Tiap reaksi mengandung satu dideoksinukleotida (A, C,
G, T), pada tahap selanjutnya akan menghentikan sintesis DNA. Hal ini terjadi karena
tidak ditemukannya grup 3‟-hidroksil untuk penambahan nukleotida berikutnya,
sehingga dihasilkan seri dari molekul DNA berlabel yang tiap serinya mengalami
terminasi pada basa yang dipresentasikan oleh dideoksinukleotida. Faktor-faktor tersebut

21
dipengaruhi oleh penggunaan enzim restriksi untuk memotong DNA menjadi fragmen-
fragmen, pensintesisan untai DNA yang berkomplemen dengan fragmen yang
direstriksikan, penggabungan modifikasi nukleotida yang berfungsi menghalangi sintesis
DNA, dari hasil proses tersebut kemudian dielektroforesis untuk memisahkan fragmen
berdasarkan panjangnya, kemudian dibandingkan satu sama lainnya (Sanger et al., 1977).

Skema sekuensing DNA reaksi polimerisasi dan terminasi

Skema sekuensing DNA, PAGE untuk melihat ukuran fragmen

Tehnik elektroforesis digunakan untuk mengetahui ukuran dan jumlah pasangan
basa yang terdapat pada suatu sekuens DNA tertentu. Dalam prosesnya menggunakan
label pada fragmen-fragmen DNA untuk meningkatkan daya fluoresensi dari DNA
sehingga bisa terlihat jelas, dan menggunakan pewarna untuk fragmen-fragmen DNA
pada gel, sedangkan marker digunakan untuk penanda posisi pasangan basa dari molekul
DNA yang bermigrasi.
Metode Maxam-Gilbert dan metode Sanger memiliki perbedaan, yaitu pada metode
Maxam-Gilbert melibatkan degradasi kimia dari DNA asli, sedangkan pada metode
Sanger melibatkan sintesis untai tunggal DNA template menjadi untai ganda dengan
bantuan DNA polimersae. Metode sekuens Sanger ini sering digunakan pada saat ini
karena memiliki kelebihan antara lain memiliki susunan basa yang lebih lengkap dari
DNA template dan menggunakan bahan yang relatif mudah didapatkan walaupun proses
pengerjaannya lama dan kurang ekonomis.
Hasil dari proses sekuensing berupa kromatogram dari nukleotida fragmen DNA
target. Analisis terhadap kromatogram sekuens dapat dilakukan dengan bantuan

22
perangkat lunak seperti Sequence Scanner, ChromasPro dan DNA MAN untuk
menentukan fragmen DNA yang diinginkan.

23
 4. Analisis Hasil Sekuensing
Hasil sekuen yang diperoleh dapat dikiriman ke database (Gen Bank) yang ada untuk
di analisa. Hasil sekuensing digunakan untuk mengetahui kemiripan sekuen DNA
dengan sekuen DNA bakteri lain yang ada pada Gen Bank menggunakan bantuan
progam Basic Local Alignment Search Tool (BLAST). Database yang tersedia antara
lain European Molecular Biology Laboratory (EMBL), Genebank National Center
Biotechnology Information (NCBI), DNA Database of Japan (DDBJ), dan Ribosomal
Database Project (RDP). Pada situs NCBI, EMBL, dan DDBJ analisis sekuennya
menggunakan program basic local alignment search tool (BLAST). Analisis
menggunakan BLAST ini akan menghasilkan out-put berupa sekuen-sekuen yang
mempunyai kemiripan tinggi dengan sekuen mikroba sampe. Daftar sekuen hasil
BLAST biasanya terdiri dari accesion, description, max score, Query coverage, E-value,
max ident, link.
Dalam membaca hasil, yang perlu diperhatikan adalah Max ident (persen kemiripan)
dipilih yang paling besar, dan E-value yang paling kecil untuk menentukan yang paling
mendekati jenis mikroorganisme. Jika keduanya sama maka dillhat nilai max score yang
paling tinggi. Untuk menentukan spesies suatu isolat biasanya diperlukan analisis lebih lanjut
yaitu dengan pembuatan pohon filogenetik. Kekerabatan bakteri disajikan dalam bentuk
gambar pohon filogenenetik yang dibuat dengan batuan program Phylogeny. fr.
Program ini tersedia di situs http://www. phylogeny.fr.

C. IDENTIFIKASI BAKTERI DENGAN API 20E DAN VITEK 2 COMPACT

2.11. IDENTIFIKASI BAKTERI DENGAN METODE ANALYTICAL PROFILE

INDEX (API)
Metode Analytical Profile Index (API) merupakan pemeriksaan identifikasi manual
komersial yang mulai dipublikasi pada tahun 1971. Awalnya produk ini diproduksi oleh
Analytab Product Division of American Home Product dan pada tahun 1986 dibeli oleh
Biomerieux. Metode API terdiri dari strip plastik (gambar 2.1) yang tersusun dari tube dan
cupules (gambar 2.4). Setiap microtube terisi oleh substrat yang terdehidrasi untuk tes yang
berbeda. Awalnya metode ini diciptakan oleh Buissiere dan Nardon yang banyak
menciptakan metode micromethode dan dimodifikasi oleh Hartman (Biomerieux, 2010;
Smith et al 1972, Leboffe et al, 2011). Metode API dapat memeriksa berbagai bakteri untuk
spesifikasi bakteri tertentu seperti Enterobacteriaceae, Staphylococcus, Micrococcus,

24
Streptococcus, Listeria, Yeast, Camylobacter, Listeria, Bacillus dan Neiserria seperti
tampak pada tabel 2.1 (Biomerieux, 2009).
Tabel 2.1. Jenis pemeriksaan metode API (Biomerieux, 2009)

Jenis API Mikroorganisme Suspensi Mc Inkubasi Atmosfer

Farland
API 20E Enterobacteriaceae, 5mL NaCL 1 koloni 370C Aerob
Batang Gram negatif 0,85% 18-24 jam
non fastidius
Lain
Rapid 20E Enterobacteriaceae 5mL NaCL 0,5 370C Aerob
0,85% 4 jam
API 20S Enterobacteriaceae, 5mL NaCL 1 koloni 370C Aerob
Batang Gram negatif 0,85% 18-24 jam
non fastidius lain
API 20NE Non 2mL NaCL 0,5 370C Aerob
Enterobacteriaceae, 0,85% 24-48 jam
Batang Gram negatif
non fastidius lain

API STAPH Staphylococcus, API Staph 0,5 370C Aerob

Micrococcus medium 24-48 jam
API 20 STREP Streptococcus 2mL API 20 4 370C Aerob
Strep medium 24-48 jam

API Coryne Corynebacterium sp 3mL medium 6 370C Aerob

24 jam
Api Listeria Listeria 2mL medium 1 370C Aerob
18-24 jam
API Candida Yeast 2mL NaCL 3 370C Aerob
0,85% 18-24 jam
API 20 AUX Yeast 2mL NaCL 2 300C Aerob
0,85% 48-72 jam
API 20 A Anaerob API 20A 3 370C Anaereob
medium 24 jam
API Campy Campylobacter 3mL NaCL 6 370C Aerob
0,85% 24-48 jam
API NH Neisseria, 2mL NaCL 4 370C Aerob
Haemophilus 0,85% 2 jam
API 50 CH Bacillus 2mL NaCL 2 300C Aerob
0,85% + 24-48 jam
medium
API 50 CHL Lactobacillus API CHL 2 370C Aerob
medium 48 jam

3.

25
 Gambar 2.1. Strip plastik API (Leboffe, 2011)

2.13. API 20E

API 20 E merupakan metode pemeriksaan bakteri untuk batang Gram negatif
golongan Enterobacteriaceae dan non fastidius lainnya. Strip API 20 E terdiri dari 20
compartment microtube untuk tes biokimia. Bahan kimia yang dipakai untuk tes biokimia
pada microtube API 20 E tampak seperti tabel 2.4 (O’Hara,2005;
Biomeriux,2008;2009;2010;Darbandi,2010).
Tabel 2.2 Tes biokimia dan reaksi substrat pada API 20E (Biomeriux,2010)

Test Komposisi Reaksi Hasil

Negatif Positif
ONPG 2 Nitrophenyl ßD Ortho Nitrophenyl ßD Tidak Kuning
Galactopyranoside Galactopyranosidase berwarna
ADH L-Arginine Arginine Dihydrolase Kuning Merah-orange
LDC L-Lysin Lysine Decarboxilase Kuning Merah-Orange
ODC L-Ornithin Ornithine decarboxilase Kuning Merah-Orange
[CIT] Trinatriumcitrat Citrate utilization Hijau-kuning Hijau kebiruan-
pucat biru
H2S Natriumthiosulfat Produksi H2S Tidak Deposit hitam
berwarna-
kehijauan
URE Urea Urease Kuning Merah-orange
TDA L-Tryptophane Trypthophane deaminase Kuning Cokelat
kemerahan
IND L-Tryptophane Produksi indol Tidak Merah muda
berwarna-hijau
pucat- kuning
pucat
[VP] Natriumpyruvat Produksi acetoin Tidak Merah muda-
berwarna- merah
merah muda
pucat
[Gel] Gelatin Gelatinase Tidak ada Pigmen hitam
difusi

26
 Glu D-glukosa Fermentasi-oksidasi Biru-biru Kuning –
kehijauan kuning
kehijauan
Man D-manitol Fermentasi-oksidasi Biru-biru Kuning
kehijauan

INO Inositol Fermentasi-oksidasi Biru-biru Kuning

kehijauan
SOR D-sorbitol Fermentasi-oksidasi Biru-biru Kuning
kehijauan
RHA L-Rhamnosa Fermentasi-oksidasi Biru-biru Kuning
kehijauan
SAC D-sakarosa Fermentasi-oksidasi Biru-biru Kuning
kehijauan
MEL D-melibiosa Fermentasi-oksidasi Biru-biru Kuning
kehijauan
AMY Amygdalin Fermentasi-oksidasi Biru-biru Kuning
kehijauan
ARA L-arabinosa Fermentasi-oksidasi Biru-biru Kuning
kehijauan
OX Tes oksidase Cytochrome-oksidase
(tidak termasuk
dalam paket)

Metode ini memerlukan beberapa reagen dan material lain yang tidak termasuk dalam
paket seperti medium API NaCl 0.85 %, API Suspension Medium, API 20 E reagent kit,
JAMES, VP 1 + VP 2, NIT 1 + NIT 2, reagen Zn , oksidase, mineral oil, dan API Web
identification software (Biomerieux,2010)

Satu koloni

Gambar 2.2. Prosedur pemeriksaan dengan API 20 E (Biomerieux,2002)

27
 Sebelum melakukan pemeriksaan, sebaiknya diperiksa tanggal kedaluwarsa,
perubahan bentuk cupule, keutuhan kemasan dan kemasan desiccant. Pemakaian strip yang
mengalami kerusakan akan mempengaruhi hasil analisis. Prosedur pemeriksaan harus diikuti
dan interpretasi dibuat dengan memperhatikan riwayat penderita, jenis spesimen dan
pemeriksaan mikroskopik morfologi isolat. Strip dikemas dalam kemasan clip seal
aluminium dengan desiccant sachet, strip disimpan pada suhu 2-80C dan tahan sampai 10
bulan setelah kemasan aluminium dibuka. API 20 E tidak dapat digunakan untuk memeriksa
spesimen secara langsung. Bakteri yang akan diidentifikasi harus diisolasi dahulu di media
kultur. Prosedur identifikasi bakteri dengan API 20 E dapat dilihat pada gambar 2.2
(Biomerieux,2010).
Sebelum membuat suspensi bakteri, terlebih dahulu dilakukan tes oksidase. Hasil tes
oksidase akan dimasukkan ke lembar hasil akhir. Secara garis besar langkah pemeriksaan
meliputi persiapan strip tes API, persiapan inokulum dan inokulasi strip API. Setiap strip API
terdiri dari nampan inkubasi (tray) dan tutupnya (lid). Honey combed dalam nampan diisi
dengan 5 mL distilled water atau demineralized water untuk membuat suasana lembab.
Identitas penderita ditulis di nampan dan sebaiknya jangan menulis identitas pada tutup
nampan karena dapat tertukar. Nampan (tray) dan tutup nampan (lid) serta penulisan identitas
dapat dilihat pada gambar 2.2 (Biomerieux,2010).
Inokulum disiapkan dengan membuka ampul media API (NaCl 0,85% 5 mL) atau
dapat juga menggunakan 5 mL saline atau distiled water steril dalam tabung steril. Isolat
bakteri tunggal yang terisolasi dengan baik kemudian diemulsikan ke dalam tabung tersebut
dengan menggunakan PSIpette atau ose steril. Isolat bakteri diemulsikan secara hati-hati
sehingga diperoleh suspensi bakteri yang homogen. Isolat bakteri yang dipakai adalah isolat
yang berumur 18-24 jam. Suspensi bakteri ini segera diinokulasikan ke strip API 20 E dengan
menggunakan pipette. Diusahakan agar tidak terbentuk gelembung udara pada microtube,
nampan dimiringkan dan microtube diisi dengan menempatkan ujung pipette pada sisi
cupule. Tes ADH, LDC, ODC, H2S dan URE diisi inokulum bakteri hanya pada tube
kemudian bagian cupule diisi mineral oil untuk menciptakan suasana anaerob. Tes [CIT],
[VP] dan [GEL] diisi suspensi bakteri pada tube dan cupule. Tes yang lain diisi inokulum
bakteri hanya pada tube (Biomerieux,2010; Smith,1972; Darbandi,2010).
Setelah semua microtube pada strip diinokulasi dengan suspensi bakteri, nampan
ditutup dan diinkubasi pada suhu 360C ± 2 selama 18-24 jam. Strip dibaca dengan merujuk
pada warna rujukan API 20 E (gambar 2.3). Jika tiga atau lebih tes hasilnya positif, catat hasil

28
spontan pada lembar hasil (gambar 2.4) dan lanjutkan tes yang memerlukan reagen tambahan
seperti pada tes:
1. Tes TDA : tambahkan 1 tetes reagen PDA, hasil positif berwarna cokelat kemerahan
2. Tes IND : tambahkan 1 tetes reagen James, reaksi positif menunjukkan warna merah
muda. Tes indol harus dikerjakan paling akhir karena dapat memproduksi gas
yang dapat mengganggu tes lainnya.
3. Tes VP: tambahkan masing-masing 1 tetes reagen VP 1 dan VP 2 , ditunggu selama
10 menit. Reaksi positif menunjukkan warna merah muda atau merah. Warna merah
muda yang pucat setelah 10 menit memungkinkan reaksi yang negatif.
Interpretasi hasil identifikasi dilakukan dengan memasukkan hasil tes positif atau negatif
ke lembar hasil (gambar 2.4). Lembar hasil terdiri dari kelompok tes yang setiap kelompok
berisi tiga jenis tes. Setiap tes mempunyai nilai 1, 2 atau 4. Nilai pada kelompok yang terdiri
dari tiga tes tadi dijumlahkan, sehingga diperoleh tujuh digit angka yang menunjukkan profile
bakteri (gambar 2.4 angka itu 5315173). Identifikasi bakteri profile tersebut dicocokkan
dengan tabel profile atau dapat disesuaikan dengan apiweb software. tujuh digit angka
tersebut tidak cukup untuk identifikasi bakteri pada beberapa kasus, sehingga diperlukan tes
tambahan seperti reduksi nitrat, adanya gas N2, motility (MOB), growth on Mc Conkey
(McC), oksidasi glukosa (OF-O), fermentasi glukosa (OF-F) (Biomerieux,2010).

Gambar 2.3. Rujukan nilai positif dan negatif API 20 E (Biomerieux,2002).

Gambar 2.4. Contoh kertas hasil tes API 20 E (Biomerieux,2010)

29
 Tes reduksi nitrat menjadi nitrit (NO2) dan produksi gas N2 dilakukan dengan
menambahkan reagen NIT 1 dan NIT 2 ke cupule glukosa kemudian ditunggu 2-5 menit.
Warna merah menunjukkan reaksi nitrit positif sedangkan warna kuning menunjukkan reaksi
negatif. Reduksi menjadi gas N2 diperiksa dengan menambahkan 2-3 mg reagen Zn ke
cupule glukosa, setelah 5 menit dan warna tetap kuning menunjukkan reaksi N2 positif.
Warna jingga-merah menunjukkan reaksi N2 negatif, nitrat masih ada di cupule setelah
direduksi oleh Zn (Biomerieux,2010). Tes motility dikerjakan dengan inokulasi bakteri pada
media API M, pertumbuhan di media Mc Conkey, media OF-O dan OF-F juga dikerjakan
sehingga diperoleh sembilan digit angka (Biomerieux,2010).
Program pemantapan mutu metode ini dilakukan dengan menilai performa metode
terhadap kuman kontrol yang dilakukan sesuai dengan instruksi. Beberapa kuman kontrol
yang direkomendasikan antara lain Proteus mirabilis ATCC 35659, Stenotrophomonas
malthophilia ATCC 51331, Enterobacter cloacae ATCC 13047, Eschericia coli ATCC 25922,
Klebsiella pneumonia ssp pneumoniae ATCC35657 (Biomerieux,2010).

2.13. VITEK 20 COMPACT

VITEK 2 merupakan alat analisis mikrobiologi generasi baru dari Biomerieux yang
prinsipnya berdasarkan metode fluorescent. Metode ini mampu mengidentifikasi bakteri
dalam rentang yang luas termasuk Gram negatif (GN), Gram positif (GN), anaerobik dan
Corynebacterium (ANC), Bacillus (BCL), Neisseria haemophilus (NH), dan jamur (YST).
Analyzer dan kartu dapat dilihat pada gambar 2.5 dan 2.6. VITEK 2 menggunakan software
advanced expert system (AES) yang mudah digunakan. Identifikasi bakteri memakai
metode kolorimetri, dengan menilai reaksi biokimia, pemakaian karbon pada substrat dan
aktivitas enzim. Pemilihan kartu yang dipakai pada pemeriksaan identifikasi bakteri
berdasarkan hasil pengecatan Gram pada isolat bakteri. Kartu GN digunakan untuk bakteri
aerob Gram negatif sedangkan kartu GP untuk bakteri aerob kokus Gram positif dan batang
tanpa spora. Kartu ANC dipakai untuk identifikasi mikroorganisme anaerob dan
Corynebacterium sp. Kartu BCL digunakan untuk identifikasi bakteri batang Gram positif
yang membentuk spora. VITEK 2 menggunakan dua kartu pada setiap pemeriksaan yaitu
kartu untuk identifikasi bakteri dan tes kepekaan antibiotika
(Biomeriux,2008;Biomeriux,2013, Darbandi,2010).

30
 Gambar 2.5. VITEK 2 analyzer (Darbandi,2010)
Gambar 2.6. Contoh kartu Gram negatif VITEK 2 (Darbandi,2010)

VITEK 2 menggunakan botol kultur BacT/ALERT FA Plus untuk menumbuhkan

bakteri aerobik dan anaerobik termasuk jamur. Pertumbuhan bakteri yang positif dideteksi
secara kolorimetri dan refleksi cahaya. Bakteri yang tumbuh akan memproduksi karbon
dioksida (CO2) akibat metabolisme substrat media kultur. BacT/Alert FA Plus mengandung
1,6 g adsorbent polymeric bead dan 30 mL media komplek. Adsorbent polymeric bead
bermanfaat dalam menetralkan antibiotika. Antibiotika yang dapat dinetralkan dengan
adsorbent polymeric bead seperti penicillin, glycylcyclines, polyenes, macrolide, triazole,
echinocandin, cefazolin, cefoxitin, ceftraroline, aminoglycoside, fluoroquinolon,
lincosamide, glycopeptide, dan oxazolidinone. Cefotaxime dan ceftriaxone dineutralisasi
tidak sempurna sedangkan ceftazidime dan cefepime tidak dapat dineutralisasi (Biomerieux,
2013).
Media komplek terdiri dari casein peptone 1%, yeast extract 0,45%, soybean peptone
0,3 %, meat peptone 0,1 %, sodium polyanethol sulfonate (SPS) 0,083%, menadione
0,00005%, hemin 0,0005%, L-cysteine 0,03%, pyruvic acid 0,1%, pyridoxine HCl 0,001%,
nicotinic acid 0,0002%, panthothenic acid 0,0002%, thiamine HCl 0,0001% , komplek asam
amino dan subtrat karbohidrat. Botol BacT/ALERT FA Plus juga mengandung gas N2, O2
dan CO2. Botol BacT/ALERT yang sudah diisi spesimen sebaiknya segera diletakkan di
BacT/ALERT microbial detection system. Pertumbuhan bakteri positif pada BacT/ALERT
tetapi tidak didapatkan pertumbuhan pada subkultur biasanya disebabkan oleh bakteri

31
fastidious yang memerlukan media khusus seperti Haemophillus sp dan Neisseria sp.
Spesimen darah dengan kadar leukosit yang tinggi juga dapat dideteksi positif di
BacT/ALERT tetapi hasil pengecatan Gram dan subkultur negatif (Biomerieux, 2013).

Gambar 2.7. Alur pemilihan kartu pada VITEK 2 (Biomerieux,2013)

2.14. IDENTIFIKASI BAKTERI

Identifikasi bakteri menggunakan kartu identifikasi, biasanya yang sering dipakai

adalah kartu GP dan GN (alur pemilihan kartu ditampilkan pada gambar 2.7). Kartu ini
terdiri dari 64 buah sumuran kecil yang mengandung substrat tertentu. Aktivitas
mikroorganisme pada substrat seperti asidifikasi, hidrolisis enzim, alkalisasi dan hambatan
pertumbuhan pada inhibitor akan diukur untuk identifikasi mikroorgnisme. Setiap kartu
berisi film optic yang mencegah tercampurnya substrat dan berfungsi untuk mengalirkan
oksigen. Kartu juga mempunyai saluran untuk inokulasi mikroorganisme. Saluran ini
terhubung dengan tabung suspensi bakteri di mana kartu dan tabung diletakkan pada suatu
rak khusus. Suspensi bakteri akan diaspirasi secara otomatis ke dalam sumuran kartu.
Identifikasi bakteri dinilai secara optikal berdasarkan reaksi uji biokimia yang memerlukan
waktu sekitar 15 menit (Biomerieux,2006;2013).
Kartu identitifikasi Gram positif VITEK 2 (GP) merupakan kartu identifikasi
otomatis untuk bakteri coccus Gram positif yang didasari aktivitas biokimia, pemakaian
karbon dan aktivitas enzim. Terdapat 43 uji biokimia pada kartu ini yang dilakukan sekitar
delapan jam untuk menentukan identifikasi bakteri. Uji biokimia kartu GP dapat dilihat
pada tabel 2.3. Kartu identifikasi Gram negatif VITEK 2 (GN) merupakan kartu identifikasi
otomatis untuk bakteri batang Gram negatif non fastidious baik yang memfermentasi
maupun yang tidak memfermentasi laktosa. Kartu GN mempunyai 48 uji biokimia yang

32
 dapat dilihat pada tabel 2.4. Kedua kartu ini hanya sesuai untuk sistem VITEK 2. Sebelum
dipakai sebaiknya diperiksa tanggal kedaluwarsa, keutuhan kemasan, dan keutuhan dan
keberadaan dessicant. Kartu disimpan pada suhu 20-80C dalam kemasan yang tertutup.
Sebelum dipakai, kartu dibiarkan dulu pada suhu ruang sebelum kemasan dibuka.
Pengerjaan pemeriksaan sebaiknya memakai sarung tangan yang tidak mengandung serbuk
karena dapat berpengaruh terhadap optic (Biomerieux,2013).
Tabel 2.3 Uji biokimai pada kartu GP VITEK 2 (Biomerieux,2013)

3. No Sumuran Uji Biokimia Singkatan Jumlah Data

Sumuran

1 2 D-amygdalin AMY 0,1875 mg

2 4 PhosphatidylinositolphospholipaseC PIPLC 0,015 mg
3 5 D-Xylose dXYL 0,3 mg
4 8 Arginine dihydrolase ADH 1 0,111 mg
5 9 Bera-Galactosidase BGAL 0,036 mg
6 11 Alpha-Glucosidase AGLU 0,036 mg
7 13 Ala-Phe-Pro Arylamidase APPA 0,0384 mg
8 14 Cyclodextrin CDEX 0,3 mg
9 15 L-Aspartate Arylamidase AspA 0,024 mg
10 16 Beta Galactopyranosidase BGAR 0,00204 mg
11 17 Alpha-Mannosidase AMAN 0,036 mg
12 19 Phosphatase PHOS 0,0504 mg
13 20 Leucine Arylamidase LeuA 0,0234 mg
14 23 L-Proline Arylamidase ProA 0,0234 mg
15 24 Beta Glucuronidase BGURr 0,0018 mg
16 25 Alpha Galactosidase BGAR 0,00204 mg
17 26 L-Pyrrolydonyl-Arylamidase PyrA 0,018 mg
18 27 Beta-Glucoromidase BGUR 0,0378 mg
19 28 Alanine Arylamidase PyrA 0,018 mg
20 29 Tyrosine Arylamidase TyrA 0,0276 mg
21 30 D-Sorbitol dSOR 0,1875 mg
22 31 Urease URE 0,15 mg
23 32 Polymixin B Resistance POLYB 0,00093 mg
24 37 D-Galactosa dGAL 0,3 mg
25 38 D-Ribosa dRIB 0,3 mg
26 39 L-Lactate alkalinization ILATk 0,15 mg
27 42 Lactose LAC 0,96 mg
28 44 N-Acetyl-D-Glucosamine NAG 0,3 mg
29 45 D-Galactosa dMAL 0,3 mg
30 46 Bacitracin resistance BACI 0,0006 mg
31 47 Novobiocin resistance NOVO 0,000075 mg
32 50 Growth 6,5%NaCl NC 6,5% 1,68 mg
33 52 D-Manitol dMAN 0,1875 mg

33
34 53 D-Mannose dMNE 0,3 mg
35 54 Methyl-B-Glucopyranoside MBdG 0,3 mg
36 56 Pullulan PUL 0,3 mg
37 57 D-Raffinose dRAF 0,3 mg
38 58 O/129 Resistance(comp.vibrio) O129R 0,0084 mg
39 59 Salicin SAL 0,3 mg
40 60 Saccharose/sucrose SAC 0,3 mg
41 62 D-Trehalose dTRE 0,3 mg
42 63 Arginine Dihidrolase 2 ADH2s 0,27 mg
43 64 Optochin resistance OPTO 0,000399 mg
Tabel 2.4. Uji biokimia kartu GN VITEK (Biomerieux,2013)
No Sumuran Uji biokimia Singkatan Jumlah dalam
Sumuran
1 2 Ala-Phe-Pro Arylamidase APPA 0,04 mg
2 3 Adonitol ADO 0,19 mg
3 4 L-Pyrrolydonyl- PyrA 0,02 mg
Arylamidase
4 5 L-Arabitol IARL 0,30 mg
5 7 D-Cellobiose dCEL 0,030 mg
6 9 Beta-Galactosidase BGAL 0,04 mg
7 10 H2S H2S 0,01 mg
8 11 Beta-N-Acetyl- AGLTp 0,03 mg
Glucosaminidase
9 12 Glutamyl Arylamidase AGL Tp 0,03 mg
Pna
10 13 D-Glucose dGlu 0,30 mg
11 14 Gamma-Glutamyl- GGT 0,02 mg
Transferase
12 15 Fermentation/Glucose OFF 0,45 mg
13 17 Beta-Glucosidase BGLU 0,30 mg
14 18 D-Maltose dMAL 0,3 mg
15 19 D-Mannitol dMAN 0,1875 mg
16 20 D-Mannose dMNE 0,3 mg
17 21 Beta-Xylosidase BXYL 0,0424 mg
18 22 Beta-Alanine-arylamidase Balap 0,0174 mg
pNA
19 23 L-Proline Arylamidase ProA 0,0234 mg
20 26 Lipase LIP 0,0192 mg
21 27 Palatinose PLE 0,3 mg
22 29 Tyrosine Arylamidase TyrA 0,0276 mg
23 31 Urease URE 0,15 mg
24 32 D-Sorbitol dSOR 0,1875 mg
25 33 Saccharose SAC 0,3 mg
26 34 D-Tagatose dTAG 0,3 mg
27 35 D-Trehalose dTRE 0,3 mg
28 36 Citrate CIT 0,054 mg

34
 29 37 Malonate MNT 0,15 mg
30 39 5-Keto-D-Gluconate 5KG 0,3 mg
31 40 L-Lactate ILATk 0,15 mg
32 41 Alpha-Glukosidase AGLU 0,036 mg
33 42 Succinate alkalinization SUCT 0,15 mg
34 43 Beta-N-Acetyl- NAGA 0,0306 mg
Galactosaminidase
35 44 Alpha-Galactosaminidase AGAL 0,036 mg
36 45 Phosphatase PHOS 0,0504 mg
37 46 Glycine Arylamidase GlyA 0,012 mg
38 47 Ornithine decarboxylase ODC 0,3 mg
39 48 Lysine decarboxylase LDC 0,15 mg
40 52 Decarboxylase base ODEC NA
41 53 L-Histidine assimilation IHISa 0,087 mg
42 56 Courmarate CMT 0,126 mg
43 57 Beta-Glucoronidase BGUR 0,0378 mg
44 58 O/129 Resistance O129R 0,0105 mg
45 59 Glu-Gly-Arg-Arylamidase GGAA 0,0576 mg
46 61 L-Malate assimilation IMLTa 0,042 mg
47 62 ELLMAN ELLM 0,03 mg
48 64 L-Lactate assimilation ILATa 0,186 mg
Jika pola identifikasi yang unik tidak dikenal maka akan diperlihatkan tabel
mikroorganisme yang mungkin. Lembaran hasil akan menyarankan untuk melakukan
pemeriksaan tambahan jika diperlukan. Software akan memberikan hasil percent probality.
Probalitas 96% - 99% dinyatakan sebagai excellent, 93% - 95% sebagai very good, 89% -
92% sebagai good, 85% - 88% sebagai acceptable dan keberadaan dua sampai tiga taxa yang
memiliki pola yang sama dinyatakan sebagai low discmrimination (Biomerieux,2013,
Pincus,2014).

Program pemantapan mutu untuk kartu GP dianjurkan menggunakan kuman kontrol

Enterococcus casseliflavus ATCC 700327 dan Staphylococcus saprophyticus ATCC BAA
750 sedangkan untuk kartu GN dianjurkan menggunakan Enterococcus hormaechei ATCC
700323 dan Stenotrophomonas maltophilia ATCC 17666 (Biomerieux,2013).

2.15 TES KEPEKAAN ANTIBIOTIKA VITEK 2

Tes kepekaan antibiotika dilakukan pada mikroorganisme yang berperan dalam

proses infeksi, biasanya banyak diminta jika mikroorganisme penyebab infeksi ini mampu
menghambat atau resisten terhadap antibiotika yang biasa diberikan. Hasil tes kepekaan
antibiotika merupakan upaya untuk menentukan Minimum Inhibitory Concentration (MIC)
yang merupakan konsentrasi antibiotika yang diperlukan di tempat infeksi untuk menghambat
pertumbuhan mikroorganisme. Konsentrasi antibiotika yang digunakan pada tes merupakan

35
antibiotika dengan konsentrasi berbeda dan serial yang biasanya diencerkan melalui tekhnik
two fold dilution. Interpretasi dari pengukuran MIC dinyatakan sebagai sensitif, intermediate
dan resisten (Biomerieux,2013).
Sistem kartu AST VITEK 2 merupakan metode automatis yang berdasarkan pada
prinsip MIC yang dilaporkan oleh Mac Lowry, Marsh dan Gerlach. Kartu AST merupakan
bentuk miniatur dari tekhnik two fold dilution MIC. Kartu AST terdiri dari sumuran kecil
yang mengandung antibiotika tertentu yang dicampur dengan media kultur. Setiap kartu AST
juga mempunyai sumuran untuk kontrol yang hanya diisi dengan media kultur. Suspensi
bakteri yang dilarutkan dengan saline 0,45% sehingga diperoleh suspensi bakteri dengan
tingkat kekeruhan tertentu. Kartu AST kemudian diisi dengan suspensi bakteri ini, diletakkan
di inkubator. Pertumbuhan bakteri di setiap sumuran yang mengandung antibiotika dianalisis
dan nilai MIC ditentukan untuk setiap antibiotika dalam kartu (Biomerieux,2013).
Sebelum digunakan, kartu AST harus diperiksa tanggal kedaluwarsa, kartu disimpan
dalam kemasan tertutup. Kartu yang mengalami kerusakan kemasan atau tidak ada desiccant
tidak boleh digunakan. Kartu dibiarkan dulu di suhu ruang sebelum dibuka dan pengerjaan
sebaiknya menggunakan sarung tangan tanpa bubuk. Kartu AST digunakan hanya pada
VITEK 2 disesuaikan dengan hasil identifikasi bakteri. Kartu AST GP untuk bakteri Gram
positif dengan katalase positif. Bakteri Gram positif dengan katalase negatif diperiksa dengan
kartu AST. Bakteri Gram negatif menggunakan kartu AST GN 93, AST N316, dan AST
N317. Perbedaan ketiga kartu ini terletak pada antibiotika yang digunakan sebagai penyaring
pola resistensi. Tabung suspensi bakteri tidak boleh menggunakan tabung kaca melainkan
tabung plastik. Setelah inokulasi perhatikan keutuhan isolasi, jika terdapat kerusakan maka
kartu tidak dapat digunakan. Volume salin dalam tabung setelah pengisian kartu juga
diperhatikan untuk menjamin pengisian kartu secara benar (Biomerieux,2013).
Pemantapan mutu internal untuk kartu AST dilakukan dengan pemeriksaan kuman
kontrol dan nilai rujukan dapat dilihat di setiap insert kit jenis kartu AST. Kuman kontrol
yang dianjurkan atau yang dapat diperiksa dengan kartu AST VITEK 2 antara lain Eschericia
coli ATCC 35218, Eschericia coli ATCC 25922, Klebsiella pneumonia spp pneumonia
ATCC 700603, Pseudomonas aeruginosa ATCC 27853, Enterococcus faecalis ATCC 29212,
Enterococcus faecalis ATCC 51299, Staphylococcus aureus ATCC 29213, Staphylococcus
aureus ATCC BAA- 976, Staphylococcus aureus ATCC BAA-977, Staphylococcus aureus
ATCC BAA-1026, Streptococcus pneumoniae ATCC 49619, Candida krusei ATCC 6258,
dan Candida parapsilosis ATCC 22019 (Biomerieux,2013).

36
 2.16 PROSEDUR IDENTIFIKASI BAKTERI

Adapun alat dan bahan yang diperlukan untuk identifikasi bakteri metode API dan
metode VITEX 20 adalah sebagai berikut:

Identifikasi Metode API Identifikasi Dan TKA Metode VITEK 2

Analyzer VITEK 2
- Compact system
Media kultur Blood agar Blood agar
Mac Conkey agar Mac Conkey agar
Suspensi
API Medium (Salin 0,85%) Salin 0,45%-0,5%
Bakteri
Standar Mc Farland VITEK 2 DensiCHEK
Inokulasi Bakteri API 20E
Inkubasi Inkubator
API reading table
Pembacaan Hasil
dan API Web secara manual -

A. IDENTIFIKASI BAKTERI METODE API

1. Dilakukan tes biokimia sederhana dan pengecatan Gram terhadap isolat bakteri untuk
menentukan jenis strip API yang digunakan. Isolat kokus Gram positif dengan katalase
positif menggunakan API Staph, kokus Gram positif dengan katalase negatif memakai
API Strep, batang Gram negatif dengan oksidase negatif memakai API 20E dan batang
Gram negatif dengan oksidase positif menggunakan API 20NE. Isolat bakteri yang
dipakai berumur 18 – 24 jam
2. Suspensi bakteri dibuat dengan memasukkan isolat bakteri ke medium API dengan
memakai PSIpette atau sengkelit steril. Suspensi bakteri yang dipakai dengan tingkat
kekeruhan yang sesuai (0,5 Mc Farland untuk API Staph dan API 20NE, lebih dari 4 Mc
Farland untuk API Strep dan satu koloni untuk API 20E)
3. Kotak inkubasi disiapkan (nampan dan tutupnya), nampan diisi dengan air suling atau
demineralized water untuk melembabkan, identitas penderita ditulis di nampan supaya
tidak tertukar. Strip API yang sesuai hasil tes sederhana ditempatkan di nampan
4. Suspensi bakteri diinokulasikan ke strip API dengan menggunakan PSIpette.
Diusahakan tidak terbentuk gelembung udara dengan cara strip dimiringkan ke depan
dan tempatkan ujung PSIpette di cupule. Strip diisi hanya pada bagian tube (sedikit
underfill), sedangkan substrat dengan tanda [ ] diisi pada bagian tube dan cupule
5. Uji yang memerlukan suasana anaerob yang ditandai dengan garis bawah “ “ diberi
mineral oil

37
 6. Nampan ditutup dan strip diinkubasi pada suhu 36 0C ± 20C selama 18 – 24 jam (untuk
API Staph dan API 20E). API Strep diinkubasi 4 - 4,5 jam dahulu untuk pembacaan
pertama yang dilanjutkan 24 jam inkubasi lagi untuk pembacaan kedua.
7. Warna hasil uji biokimia dibaca setelah diinkubasi dengan merujuk pada nilai rujukan
positif atau negatif API.
8. API 20E memerlukan reagen tambahan ( PDA untuk tes TDA, James untuk tes IND,
VP1 dan VP2 untuk tes VP ), API 20NE memerlukan reagen tambahan (NIT1 dan NIT2
untuk tes NO3, James untuk tes TRP ). Jika profile bakteri tidak ditemukan atau hasil tes
“ not valid “reagen NIT1, NIT2, dan James dikeluarkan dari tes NO3 dan TRP. Tes ini
ditambahi dengan mineral oil dan dilanjutkan inkubasi 24 jam lagi

9. Hasil bacaan dimasukkan ke API web atau disesuaikan dengan API reading table untuk
menentukan strain (Biomerieux,2002, 2003, 2007, 2009)

B. IDENTIFIKASI BAKTERI METODE VITEK 20

1. Isolat yang diinokulasikan dipilih dari koloni tunggal yang tampak serupa
2. Dilakukan tes biokimia sederhana dan pengecatan Gram terhadap isolat bakteri untuk
menentukan jenis kartu yang akan digunakan. Isolat kokus Gram positif menggunakan
kartu VITEK 2 GP, batang Gram negatif memakai kartu VITEK 2 GN
3. Larutan salin steril 3 mL (0,45% - 0,50%, pH 4,5 – 7,0) dimasukkan ke dalam tabung
plastik bersih secara aseptik untuk membuat suspensi bakteri
4. Isolat bakteri yang tampak sama dimasukkan ke larutan salin dengan menggunakan
swab atau sengkelit steril untuk membuat suspensi bakteri.
5. Suspensi bakteri dihomogenkan dan dibuat kekeruhan bakteri 0,50 – 0,63 Mc Farland
dengan menggunakan VITEK 2 DensiCHEK. Suspensi bakteri ini tidak boleh lebih dari
30 menit diinokulasi ke kartu VITEK 2.
6. Tabung suspensi bakteri dan kartu VITEK 2 (GP,GN,AST) dimasukkan ke rak khusus
(cassette)
7. Rak yang berisi suspensi bakteri dan kartu dimasukkan ke vacuum chamber station baik
secara manual (VITEK 2 Compact) atau dipindahkan secara automatis (VITEK 2 dan
VITEK 2 XL). Suspensi bakteri dipindahkan ke sumuran oleh alat. Tabung transfer
dipotong secara otomatis
8. Kartu dipindahkan ke ruang inkubator setelah 15 menit, setelah diinkubasi akan
dianalisis secara otomatis
9. Hasil dianalisis secara automatis oleh system dan diinterpretasikan sebagai sensitif,
intermediate dan resisten (Biomerieux,2013, Pincus)

38
 BAB III
PENUTUP
3.1. KESIMPULAN
a. Infeksi Saluran Kemih
Infeksi saluran kemih atau ISK merupakan istilah umum yang menunjukkan
keberadaan mikroorganisme dalam urin. Infeksi saluran kemih sering menyerang pria
maupun wanita dari berbagai usia dengan berbagai tampilan klinis dan episode. ISK
sering menyebabkan morbiditas dan dapat secara signifikan menjadi mortalitas.
Walaupun saluran kemih normalnya bebas dari pertumbuhan bakteri, bakteri yang
umumnya naik dari rektum dapat menyebabkan terjadinya ISK. Ketika virulensi
meningkat atau pertahanan inang menurun, adanya inokulasi bakteri dan kolonisasi,
maka infeksi pada saluran kemih dapat terjadi. Konsep virulensi atau patogenisitas
bakteri dalam saluran kemih diduga bahwa tidak semua spesies bakteri bersama-sama
mampu dalam menginduksi infeksi. Semakin baik mekanisme pertahanan alami
tubuh semakin kecil virulensi dari strain bakteri manapun untuk menginduksi infeksi.

Infeksi saluran kemih (ISK) adalah salah satu penyakit infeksi yang paling
dominan yang memiliki beban finansial yang penting di tengah masyarakat. Infeksi
saluran kemih merupakan penyakit infeksi yang sering tidak terdiagnosis dan
manifestasi klinis yang tidak spesifik dan bervariasi menyebabkan ISK sering
terlambat didiagnosis, manifestasi klinis disertai pemeriksaan urinalisis dapat
memandu tenaga kesehatan untuk membat diagnosis tersangka ISK. Pada kasus
infeksi saluran kemih perlu dilakukan terapi antibiotik dengan segera dikarenakan
mencegah mikroorganisme menginfeksi secara ascending, sehingga pemberian
antibiotik spektrum luas perlu dilakukan bersamaan dengan pemeriksaan specimen
untuk mengetahui jenis bakteri dan untuk menentukan terapi yang paling tepat. Hal
ini juga dilakukan agar meminimalkan persentase komplikasi, karena semakin cepat
melakukan terapi maka kemungkinan mikroorganisme tersebut menginfeksi jaringan
lain akan semakin kecil, dan pemberian antibiotik berspektrum luas sangat
diperlukan untuk menekan aktivitas bakteri, walaupun masih ada kemungkinan
terjadinya resistensi obat

b. Mikrobilogi Molekuler
Materi genetik adalah cetak biru mahluk hidup dan menentukan sifat fisik,
biokimia dan fisiologi mahluk hidup. Informasi genetik mikroorganisme pada

39
umumnya dapat digunakan untuk keperluan identifikasi maupun pengelompokannya.
Dibandingkan dengan metode biokimia dan imunokimia, identifikasi berdasarkan
profil genetik dianggap lebih akurat karena tidak dipengaruhi oleh faktor internal
seperti tahap pertumbuhan maupun faktor eksternal seperti lingkungan tempat
tumbuh/hidup.

Identifikasi bakteri dapat dilakukan melalui penentuan 16S rDNA (gen 16S
rRNA) dengan metode Polymerase Chain Reaction (PCR) sekuensing. Segmen 16S
rDNA bakteri diamplifikasi melalui PCR, lalu urutannya ditentukan melalui
sekuensing. Urutan basa dari 16S rDNA tersebut dibandingkan dengan berbagai
urutan 16S rDNA dari berbagai organisme prokariot pada gene bank. Perbandingan
urutan 16S rDNA juga merupakan cara untuk mengetahui filogenetik dan evolusi
diantara berbagai organisme prokariot, karena gen ini mengandung sekuen urutan
DNA yang sangat terkonservasi (highly conserved sequence patterns).

c. Metode API 20E dan VITEK 2 Compact

Metode API merupakan pemeriksaan identifikasi mikroorganisme konvensional
komersial berdasarkan prinsip kolorimetri yang sudah dipakai secara luas sejak tahun
1971. Metode ini relatif lebih murah dari metode semiautomatis atau automatis karena
tidak memerlukan alat analisis yang harganya milyaran rupiah. Metode API
menggunakan 20 tes biokimia yang berisi substrat terdehidrasi dalam minitube yang
dikemas dalam strip plastik. Suspensi bakteri dengan tingkat kekeruhan tertentu
dimasukkan ke minitube tersebut dan diinkubasi dalam waktu tertentu. Hasil reaksi
biokimia berupa perubahan warna disesuaikan dengan nilai rujukan positif atau
negatif, dibaca secara manual. Hasil positif atau negatif ini disesuaikan dengan hasil
pada API reading table atau API web untuk menentukan strain bakteri. Metode API
hanya terbatas pada pemeriksaan identifikasi mikroorganisme sehingga pemeriksaan
tes kepekaan antibiotika biasanya dilanjutkan dengan metode tes kepekaan antibiotika
konvensional. (Mindray,2013; Smith,1972).
Metode VITEK 2 merupakan tekhnik pemeriksaan identifikasi
mikroorganisme dan tes kepekaan antibiotika komersial secara automatis dari
Biomerieux berdasarkan prinsip kolorimetri. Identifikasi bakteri pada VITEK 2
menggunakan kartu ID yang terdiri dari 64 sumuran kecil untuk tes biokimia. Kartu
ID yang sering dipakai adalah kartu GP untuk bakteri Gram positif dan kartu GN
untuk Gram negatif. Suspensi bakteri dengan tingkat kekeruhan tertentu, yang dibuat

40
dari isolat bakteri akan diaspirasi secara automatis oleh alat. Hasil reaksi biokimia
setelah diinkubasi akan dibaca oleh alat dan dibandingkan dengan database untuk
menentukan strain bakteri. Tes kepekaan antibiotika pada VITEK 2 menggunakan
kartu AST yang berisi antibiotika dalam berbagai konsentrasi yang memakai prinsip
broth microdilution. Suspensi bakteri dengan tingkat kekeruhan tertentu akan
diaspirasi oleh alat secara automatis. Hasil Minimal Inhibitory Concentration (MIC)
kemudian diinterpretasikan sebagai sensitif, intermediate atau resisten
(Biomerieux,2013).

41
 DAFTAR PUSTAKA
Infeksi Saluran Kemih
1. Ikatan Ahli Urologi Indonesia. 2015. Guidline Pentalaksanaan Infeksi Saluran Kemih
dan Genitalia Pria 2015. (Edisi ke-2). DSAK-IAUI. Jakarta
2. Ikatan Dokter Anak dan Unit Kerja Koordinasi Nefrologi. 2011. Konsensus Infeksi
Saluran Kemih Pada Anak. (Edisi pertama). DSAK-IDA. Jakarta
3. Adnan, L., M. 2019. Wanita Usia 26 Tahun, Multigravida Hamil 25 Minggu dengan
Diagnosis Infeksi Saluran Kemih. Jurnal Ilmiah Mahasiswa Kedokteran Indonesia. 7
(2) : 54-59
4. Pardede, O., S. (2018). Infeksi pada Ginjal dan Saluran Kemih Anak: Manifestasi
Klinis dan Tata Laksana. Seri Pediatri. 19 (6): 364-374
5. Muhartono,Sari, P., R. (2018). Angka Kejadian Infeksi Saluran Kemih (ISK) dan
Faktor Resiko Yang Mempengaruhi Pada Karyawan Wanita di Universitas Lampung.
Majority. 7 (3) : 115-120
6. Apriani, Yashir., M. (2019). Variasi Bakteri Pada Penderita Infeksi Saluran Kemih
(ISK). Jurnal Media Kesehatan. 12 (2) : 102-109
7. Bako, D., A. (2019). Identifikasi Bakteri Escherichia Coli Pada Pasien Infeksi Saluran
Kemih Penderita Penyakit Ginjal Kronik Di RSUP. H. Adam Malik Medan. Karya
Tulis Ilmiah. Poltekkkes Kemenkes RI Medan. Medan
8. Yulianto. (2009). Pola Kepekaan Bakteri Gram Negatif dari Pasien Infeksi Saluran
Kemih terhadap Antibiotik Golongan Beta Laktam Di Laboratorium Mikrobiologi
Klinik FKUI Tahun 2001-2005. Skripsi. Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia.
Jakarta

Mikroorganisme Molekuler

1. Fawzya, Y., N., dan Patantis, G. (2009). Teknik Identifikasi Mikroorganisme Secara
Molekuler. Squalen. 4 (2) : 72-82
2. Sogandi. (2018). Biologi Molekuler Identifikasi Bakteri Secara Molekuler. Cetakan
pertama. Universitas 17 Agustus 1945. Jakarta
3. Prihanto, A., A., Nursyam, H. (2018). Identifikasi Molekuler Bakteri Endofit
Mangrove Rizhopora Mucronata Penghasil Gelatinase (MMP2). Jurnal Pengolahan
Hasil Perikanan. 21 (1) : 143-147
4. Simbala, I., E., H., Yudistira, A., dan Rau, H., C. (2018). Isolasi, Identifikasi Secara
Molekuler Menggunakan Gen 16S Rrna, dan Uji Aktivitas Antibakteri Bakteri
42
 Simbion Endofit yang Diisolasi Dari Alga Halimeda Opuntia. Jurnal Ilmiah Farmasi.
7 (2) : 53-61
5. Setiawan, B. (2016). Karakterisasi Fisiologi Dan Molekuler Bakteri Simbion-
Nematoda Entomopatogen Berdasarkan Sekuen Gen Pengkode 16s Rrna Dari Bromo
Kabupaten Probolinggo. Tesis. Program Studi Magister Biologi Fakultas Matematika
Dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Jember. Jember

Identifikasi Bakteri Dengan API 20E dan VITEK 2 Compact

1. Biomerieux, 2002, Annexe API 20 Strep, Lyon France Biomerieux, 2002, Annexe
API 20E, Lyon France Biomerieux, 2002, Annexe API 20NE, Lyon France
Biomerieux, 2002, Annexe API Staph, Lyon France Biomerieux, 2002, API NaCl
0,85% Medium, Lyon France Biomerieux, 2003, Mc Farland Standard, Lyon France
2. Biomerieux, 2008, Non-Hazardous Product Statement, Lyon France, Biomerieux,
2009, API Identification Databases, Lyon France
3. Biomerieux, 2009, API 20E, Identification System for Enterobacteriaceae and Other
Non Fastidious Gram Negative Rods, Lyon France
4. Biomerieux, 2010, API 20NE,Identification System for Non Fastidious, Non Enteric
Gram Negative Rods, Lyon France
5. Biomerieux, 2010, API Staph, Identification System for Staphylococcus, Lyon France
6. Biomerieux, 2006, API Strep Identification System for Streptococcus, Lyon France
7. Biomerieux, 2007, API Strep Identification System for Streptococcus, Lyon France
8. Biomerieux, 2013, Vitek 2 TM Technology Product Information, Lyon France
9. Card R, Zhang J, Das P, Cook C, Woodford N, Anjum MF, 2013, Evaluation of an
Expanded Microarray for Detecting Antibiotic Resistance Genes in a Broad Range of
Gram Negative Bacterial Pathogens, Journal Antimicrobial Agents and Chemotherapy
ASM, January 2013, volume 57, www.aac.asm.org, pp 458-465
10. Darbandi F, 2010, Parallel Comparison of Acuracy in Vitek 2 Analyzer and API 20 E/
API 20 NE Microsystem, University of Boras School of Enginering, Sjukhus-Boras

43