Seekor ikan ajaib bernama Ponyo sedang bermain-main
dengan saudari-saudarinya . Kemudian Ponyo tertidur diatas ubur-ubur yang membuatnya berada di atas lautan. Ponyo kemudian tertangkap oleh jaring nelayan. Ponyo berusaha untuk keluar dari jaring sampai akhirnya berakhir di pantai. Sosuke, seorang anak laki-laki yang sedang bermain kapal mainan di dekat pantai menemukan ponyo dan memasukkan Ponyo ke dalam sebuah gelas. Ponyo kemudian dibawa oleh Sosuke ke sekolah. Ponyo yang merasa diperhatikan oleh Sosuke merasa tertarik dengannya. Sosuke kemudian membawakan Ponyo makan-makanan manusia yang seharusnya tidak boleh dimakan oleh Ponyo karena membuat Ponyo berubah menjadi manusia. Berkat cinta Ponyo, akhirnya Ponyo berubah menjadi manusia dan menjadi sahabat Sosuke. Cinta Ponyo terhadap Sosuke membuat kawasan rumah Sosuke dan seluruh desanya menjadi banjir penuh dengan air laut. Karena tsunami yang terjadi tersebut, Sosuke terpisah dengan ibunya. Akhirnya, Sosuke dan Ponyo berhasil menyelamartkan ibu Sosuke yang terjebak di panti jompo bersama dengan warga lainnya. Melihat kejadian tersebut, Ibu Ponyo yang merupakan seorang Dewi Lautan kemudian mendatangi Ponyo dan Keluarga Sosuke untuk merestui Ponyo dan Sosuke sebagai pasangan yang akan mewakili lautan dan daratan