Mata kuliah
DASAR – DASAR GENETIKA
Noor Syarifuddin Yusuf
Kompetensi Dasar
Mahasiswa mampu:
• Menguraikan pengertian seleksi dan
breeding
• Memahami prinsip-prinsip seleksi untuk
mendapatkan induk unggul
• Mengenal beberapa metode breeding
pada ikan
GENETIKA IKAN
dan
BREEDING
GENETIKA:
• mempelajari tentang HEREDITAS (pewarisan
keturunan)
• Mempelajari tentang bagaimana karakter-
karakter yang BERBEDA antar individu,
diturunkan dari generasi awal ke generasi
selanjutnya
• Mempelajari tentang bagaimana kode
informasi genetik DIGUNAKAN dan
DIMANFAATKAN dalam pertumbuhan dan
fungsi-fungsi lainnya pada kultivan
(Taryono, 2008)
Three Major Areas of Genetics
Classical Genetics Molecular Genetics Evolutionary
(Transmission) Genetics
Mendel’s Principles Genome Quantitative Genetics
Meiosis + mitosis DNA structure Population Genetics
Sex determination Chemistry of DNA Evolution
Sex linkage Transcription Speciation
Chromosomal Translation
mapping
Cytogenetics Control of gene
expression
DNA cloning
Major Subdisciplines of Genetics
• Transmission Genetics:
difokuskan pada proses-proses transmisi
(perpindahan) materi-materi genetik dan kromosom
pada individu dari generasi ke generasi
• Molecular Genetics:
difokuskan pada struktur dan fungsi tiap-tiap materi
genetik pada tingkat molekular
• Population Genetics:
difokuskan pada bagaimana satu atau sedikit gen
dalam individu dapat mempengaruhi hereditas dalam
kelompok-kelompok populasi yang lebih besar
• Quantitative Genetics:
difokuskan pada bagaimana gen-gen berfungsi
secara simultan dalam hereditas kelompok-kelompok
populasi yang lebih besar
BREEDING:
What is breeding?
Suatu proses:
• Produksi tanaman atau hewan yang secara
khusus bertujuan untuk mengembangkan
jenis/strain yang baru atau yang lebih baik
• Perkembangbiakan dan modifikasi organisme
untuk tujuan seleksi benih/bibit unggul
• Penerapan dari beberapa teknik hibridisasi
dan seleksi
• Penerapan ilmu genetika
Prinsip-prinsip Dasar dan Strategi Breeding:
• Sebelum melakukan breeding, pelaku harus
memahami secara jelas dan ilmiah mengenai:
1. Sasaran kegiatan breeding
2. Karakter Genetis organisme sasaran
(keunggulan dan kekurangan)
3. Sifat breeding yang Evolutif
4. Metode-metode baku dan teruji
5. Bersifat praktis dan etis
Prinsip-prinsip Dasar dan Strategi Breeding
(lanjutan):
• Setiap program breeding harus memiliki TUJUAN
yang JELAS, baik secara ekonomis maupun biologis
– Secara ekonomis, breeder harus yakin sehingga biaya yang
dikeluarkan, sepadan dengan nilai ekonomis strain yang
akan dihasilkan
– Secara biologis, breeder harus yakin dalam hal pengetahuan
ilmiah dan mengenal benar kondisi spesifik organisme
(kualitas dan kuantitas)
• Setiap pengambilan keputusan harus merunut pada
Tujuan Awal Breeding, terutama mengenai:
– Seleksi Indukan (jenis dan keunggulan spesifik)
– Metode breeding yang akan digunakan
– Hasil breeding, apakah diteruskan atau dihentikan
Sistematika Proses Breeding:
1. Menentukan tujuan breeding
2. Mengenal karakteristik kultivan (objek
breeding), secara biologis (genetis) dan
ekonomis
3. Menguasai teknik dan metode breeding
4. Menyusun material dan bahan breeding
5. Melakukan Seleksi
6. Evaluasi hasil
7. Rilis – produksi terbatas
8. Produksi Massal
Hal-hal yang harus dipahami dalam breeding:
A. Local/domestic adaptation
B. Genetic base
C. Recombination
D. Population
E. Trial and Multiplication
F. Genetic conservation
A. Local / Domestic adaptation:
• Ikan yang berasal dari lokasi yang berbeda-
beda, akan melakukan adaptasi pada lokasi
budidaya baru:
– Merubah fenotip tanpa merubah genotip:
local/domestic adaption
– Jika merubah fenotip sekaligus merubah genotip:
mutagenesis
1. SELEKSI
2. HIBRIDISASI BUATAN SEKSUAL
3. TRANSPLANTASI NUCLEAR
4. TRANSFER GEN
1. SELEKSI
“Suatu Proses Penentuan Individu-individu dalam
suatu Populasi Perkembang-biakan
berdasarkan Genotipe-genotipe yang Berbeda”
2. Positive selection
– Hanya ikan-ikan dengan karakter yang paling baik yang
diseleksi (diambil) untuk kemudian digunakan sebagai
indukan
– Benih hasil indukan terseleksi tersebut kemudian dijadikan
satu dan dibesarkan bersama-sama
2. HIBRIDISASI BUATAN SEKSUAL
• Metode tradisional
• Menghasilkan strain/varietas baru
• Breeding bisa dilakukan lintas strain (ikan
beda jenis, namun secara taksonomi masih
dekat), dengan menghasilkan strain baru
dengan karakter yang beragam
• Contoh:
1. Inter-Genus sexual hybridization
2. Inter-subFamily sexual hybridization
Inter-Genus sexual hybridization:
Common carp Crucian carp
(Carassius auratus) ♀
(Cyprinus carpio) ♀
X X
Common carp
Crucian carp
(Carassius auratus) ♂ (Cyprinus carpio) ♂
X
Blunt-snout bream
(Megalobrama amblycephala) ♂
Streamline Available
TRANSPLANTASI NUCLEAR(lanjutan)
Contoh kasus:
• gene hGH telah dapat dibawa oleh sperma pada
common carp
• Khao et. al. (21) menggunakan sperma ikan zebra
untuk membawa plasmid DNA PUSVCAT dan pxGH5
ke dalam fertilized eggsRecently, our group (51)
reported that goldfish
• Sperm yang diinkubasi dengan gen antifreeze protein
(AFP) dapat membuahi telur dan menghasilkan ikan
goldfish transgenik.
Streamline Available
Proses ICSI
(Intracytoplasmic sperm injection)
Biolistic (particle bombardement)
Prinsip:
• Biolistik menerapkan konsep balistik dan
biology.
• Biolistik melibatkan tembakan partikel
mikroskopik (biasanya terbuat dari emas)
yang dilapisi dengan suatu konstruksi DNA
dan diarahkan secara langsung ke dalam sel.
• Beberapa partikel yang dapat digunakan
untuk teknik ini, memang masih sedang
diteliti lebih lanjut; termasuk ukuran, bentuk
dan komposisi kimianya.
Streamline Available
Lipofection
Prinsip:
• Lipofeksi telah secara luas digunakan dalam proses
transformasi kultur sel pada beberapa penelitian,
termasuk enkapsulasi konstruksi DNA di dalam
vesikel lemak (lipid vesicle) dan kemudian
membawanya ke dalam sel target. Dengan cara ini,
diharapkan bahwa akan terjadi fusi dengan membran
plasma dan atau endositosis.
Karena faktor-faktor:
1. Ke-alamiah-an produk
2. Derajat pembentukan karakter
3. Efektifitas modifikasi karakter,
4. dll.
CONTOH
PROGRAM-PROGRAM
KOMBINASI BREEDING
UNGGULAN DALAM
DI AKUAKULTUR
1. SEX REVERSAL DAN TRIPLOIDISASI
2. GENETIC ENGINEERING DAN CROSS-
BREEDING
3. GENETIC ENGINEERING, SELEKSI,
CROSSBREEDING, STRAINS DAN
HIBRIDISASI
4. SELEKSI, CROSSBREEDING DAN SEX
REVERSAL
5. GINOGENESIS, SELEKSI DAN HIBRIDISASI
6. dll.
SEX REVERSAL DAN TRIPLOIDISASI
Prinsip:
• Produksi Ikan Monosex secara hormonal
– Pilih salah satu jenis kelamin yang pertumbuhannya lebih
unggul
– Implikasi: steril
• Produksi Ikan Triploid
– Agar pertumbuhannya lebih baik dari jenis normal (diploid)
Tujuan:
1. Superior Growth rate
2. Superior flesh quality
Contoh:
• Rainbow Trout (♀)
• Nila Jantan Super (♂)
GENETIC ENGINEERING DAN CROSS-BREEDING
Prinsip:
• Transfer promoter (pemicu karakter genetik khusus)
• Transfer pada ikan yang berbeda strain
• Memicu sifat unggul pada satu jenis ikan ke strain jenis ikan lain
yang juga memiliki keunggulan “double impact”
Tujuan:
Tercipta keunggulan yang lebih baik daripada seleksi secara
konvensional
– 18 x lebih baik daripada breeding alami (di alam)
– 13 x lebih baik daripada breeding indukan dari alam dengan indukan
dari hatchery
– 9 x lebih baik daripada breeding indukan dari hatchery
– 2,5 x lebih baik daripada breeding indukan crossbreeding tanpa
adanya proses genetic engineering (Devlin et al.,2001)
Contoh:
Penggunaan promoter Salmon metallothionein (MT) / Salmon
Growth hormone Complementary DNA (GH1 cDNA), (OnMTGH1)
pada ikan Raibow Trout (Devlin et al.,2001)
GENETIC ENGINEERING, SELEKSI,
CROSSBREEDING, STRAINS DAN HIBRIDISASI
Prinsip:
• Penggunaan serangkaian metode yang lebih
baik dari single method
Tujuan:
Potential and value of Product
Contoh:
– Common carp
– Channel Cat-fish
Dengan transfer materi dari Salmon Growth-hormone,
menunjukkan peningkatan pertumbuhan 41%, dari normal
(Dunham, 2001)
SELEKSI, CROSSBREEDING DAN SEX REVERSAL
Prinsip:
• Penggunaan serangkaian metode yang lebih
baik dari single method
• Seleksi untuk memilih indukan unggulan
• Crossbreeding antar strain untuk membentuk
benih-benih strain unggulan
• Sex-reversal untuk membentuk pertumbuhan
yang optimal
Contoh:
Genetically Male Tilapia (GMT)
Document Available
Nila Betina ♀ Nila Jantan ♂
Normal (XX) x Normal (XY)
Histologi gonad ikan jantan Histologi gonad ikan betina Histologi gonad
Keterangan : ikan hermaprodite
S : Spermatozoa N : Nukleus
K : Sitoplasma A : Sel telur
B : Sel sperma
GINOGENESIS, SELEKSI DAN HIBRIDISASI
Prinsip:
• Seleksi:Pemilihan Induk unggulan
• Ginogenesis: Pemanfaatan karakter unggulan
dari induk betina
• Hibridisasi: Pembentukan benih hibrida
unggulan dari indukan beda strain
Contoh:
– Peningkatan persentase pembentukan sex jantan
pada Nila
– Peningatan respon imunitas pada Common carp
Masalah Lingkungan
terkait Produk Transgenik
FAKTOR-FAKTOR YANG PERLU DIPERTIMBANGKAN DALAM
PENILAIAN RISIKO TERHADAP IKAN TRANSGENIK
Document Available