Pendiri Pondok pesantren Annuqayah pada tahun 1230 H / 1887 M adalah : Kiai Haji Muhammad Assyarqawi / Syarqowi bin Raden Shodiqromo (orang jawa menyebutnya Sudiromo) Ada pula yang menyebutnya Sudirono bin Kyai Kanjeng Sinuwun bin R. Martowidjoyo bin Raden Tirtokusumo bin Raden arya Kering bin Raden Arya Penyangkringan bin Pangeran Kebiji Dipokusumo bin Pangeran Krapyak Yudhobongso bin Penembahan Pakaos bin Raden Jakfar Shadiq alias Sunan Kudus, Jawa Tengah. Kiai Muhammad Assyarqawi dilahirkan di Kota Kudus, Jawa Tengah, pada sekitar tahun 1250 Hijriah atau 1835 Masehi dan wafat tahun 1329 H / 1911 M. Umur beliau kl. 76 tahun). Jarak umur KH. Muhammad Assyarqowi dengan Syekh Nawawi al Bantanni kl. 38 tahun Beliau menuntut ilmu ke Makkah pada tahun kl. 1289 H / 1873 M. Sedangkan Syekh Nawawi Banten lahir pada tahun 1230 Hijriyah atau 1815 Masehi, wafat pada tahun 1897 Masehi (umur kl. 82 tahun).Beliau teman sekaligus guru Syekh Muhammad Asyarqowi. Jarak umur antar wafatanya KH. Syarqowi dengan Syekh Nawawi lebih dulu wafatnya Syekh nawai kl. 6 tahun. Pemberi nama Pesantren Annuqayah adalah putera terua KH. Moh. Ilyas, yaitu K. Moh. Khazin Ilyas atas persetujuan KH. Moh. Ilyas setelah wafatnya KH. Abdullah Sajjad (w.1947) bin KH. Moh. Assyarqowi (w. 1911 M) dengan nama “Madrasah Annuqayah Assalafiyah Assyafi’iyah”, kemudian dirubahlah Namanya oleh KH. Moh. Ilyas dengan nama Ma’had Annuqayah al Islami setelah wafatnya K. Moh. Khazin pada tahun 1948 H dalam umur kl. 32 tahun di Area Annuqayah. Ketika beliau mukim di PP. Sukorejo, Situbondo, karena menghindar dari niat buruk penjajah, Belanda, beliau sempat merintis lembaga pendidikan agama sistem klasikal berupa Madrasah Diniyah yang waktu itu di PP Sukorejo belum ada Madrasah Diniyah. Madrasah ini hingga sekarang masih berlangsung keberadaannya. SANAD KEILMUAN KH. MOH. ASSYARQOWI (1250 - 1329 H / 1835-1911 M) Guru-Guru beliau mayoritas di Makkah al Mukarromah • SyekhAbdurahman al-Falimbani • Syekh Abdush Shamad bin Syekh Yusuf bin Muhammad Arsyad al-Banjari • Syekh Abdush Shamad bin Syekh Syihabuddin Syekh Zainuddin Aceh • Syekh Junaid al-Batawi • Syekh Muhammad bin Sulaiman Hasbullah al- Maliki • Syekh Muhammad Khatib Duma al-Hambali • Syekh Ahmad Dimyati • Syekh Abdul Ghani al-Bimawi • Syekh Sahal al-BantannI • Sekh Abul Mu’thi Nawawi al Battanni • Sudikromo (Ayahnya sndiri) • Syekah Muhammad Assyarqowi al Qudusi Sementara KH. Hasyim Asy’ari lahir pada tahun 1287 Hijriah, atau 1871 Masehi. Wafat pada tahun 1947 M (dalam tahun yang sama dengan meninggalnya KH. Abdullah sajjad). atau 1366 H . Sementara KH. Kholil Bangkalan, lahir pada tahun 1835 Masehi atau 1252 Hijriyah dan wafat pada tahun 1925 M atau 1343 H. Dalam tahun yang sama kelahiran KH. Moh. Amir Ilyas). SANAD KEILMUAN KH. MUHAMMAD ILYAS BIN MUHAMMAD ASSYARQOWI– -1300 - 1376 H / 1883- 1959 M) Syekh Muhammad Assyarqowi al Qudusi KH. Imam, Karay Ganding KH. Mahmud, Karay, Ganding KH. Kholil Latif Bangkalan (1835 1925). KH. Hasyim Asy’ari, Jombang (1871-1947) KH. Muhammad Aly, Siwalanpanji, Sidoarjo KH. Hamdany, Siwalanpanji, Sidoarjo Dari Makkah adalah Sayid Abbas Alawi al Maliki al Hasani, kakek Sayid Muhammad Alawi al Maliki (1328 H / 1910 M). SANAD KEILMUAN K.MOH. KHAZIN BIN MOH. ASSYARQOWI (1913 - 1948 M / 1331 - 1367 H.) 1. KH. Moh. Ilyas (ayahnya sendiri) selama 12 tahun 2. KH. Hasyim Asy’ari 3. KH. Wahab Hasbullah 4. KH. Wahid Hasyim Kontribusinya terhadap sistem pendidian di lingkungan PP Annuqayah adalah dalam bidang kelembagaan, yaitu membuat silabi terendiri, yang diberikan pada jenjang Madrasah Ibtidaiyah Salafiyah. Silabus yang diberikan di Madrasah Ibtidaiyah Salafiyah adalah sama dengan yang ada di Madrasah Nidhamiyah Tebuireng. Silabus ini berhulu pada paham berupa Akidah yang disebut I’tiqad Ahlusunnah Wal Jama’ah; Fiqiyah yang menjalur pada empat imam madzhab, utamanya Madzhab Syafi’iyah; Akhlak Tasawuf yang berujung pada rumusan al- Juneid al-Baghdadi dan al-Ghazali.
SANAD KEILMUAN KH. MOH. AMIR ILYAS (1925 –
1996 M / 1345 – 1416 H) 1. KH. Moh. Ilyas bin KH. Moh. Asyarqowi 2. KH. Djauhari Khotib, Prenduan 3. KH. Hasyim Asy’ari Tebuireng 4. Syekh Dardum al Palembani Assyafi’ie 5. Syekh Yasin Al Fadani Asyafi’ie 6. Syekh Ismail al Yamani Assyafi’ie 7. Sayid Muhammad Alawi al Hasani al Maliki
SANAD KEILMUAN KH. AHMAD BASYIR AS. (1348 -
1438 H / 1930 -2017 M) 1. KH. Abdullah Sajjad bin KH. Moh. Assyarqowi 2. KH. Moh. Ilyas bin KH. Moh. Asyarqowi 3. KH. Abd. Djalil bin Fadlil, Sidogiri (wafat 1947) 4. KH. Cholil Nawawi (Sidogiri) 5. KH. Zayadi (Probolinggo) 6. KH. Sansuri Badawi, Tebuireng (W. 1417 H / 1997 M) H. Muhammad Muhsin Amir 1444 H / 2022 M